SYLLABUS MASTER. Mention BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES

Transcription

1 SYLLABUS MASTER Mention BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES Année universitaire 2011/2012

2

3 Le Master de Biochimie-BioTechnologies propose une association de formations professionnelles et de recherche sur les aspects moléculaires de la biologie et des biotechnologies. Après un M1 où vous aurez la possibilité de vous familiariser avec le monde de la recherche, vous pourrez en M2 choisir une orientation vers la recherche, (M2 Biologie Structurale et Fonctionnelle) ou vers la professionnalisation scientifique (M2 Expression Génique et Protéines Recombinantes, M2 Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique, M2 BioIngénierie) ou encore vers une double compétence (M2 Propriété Intellectuelle en Biotechnologies). Le choix de la répartition des M2 en 3 Masters Professionnels pour un Master Recherche, associé à la possibilité d incorporer des formations de double compétence (un master Pro) s appuie sur notre expérience du devenir des étudiants précédents mais aussi sur les impératifs du tissu économique actuel. L objectif scientifique du master Biochimie Biotechnologie est la maîtrise des fondamentaux scientifiques et techniques dans le domaine de la biochimie et des biotechnologies. Nous voulons en particulier 1) vous permettre d acquérir des connaissances concernant le décryptage des bases et des mécanismes moléculaires du vivant. 2) faire de vous des scientifiques capables de maîtriser les concepts et les outils nécessaires à l exploitation des développements récents dans les domaines de la biochimie, de la biologie moléculaire et des biotechnologies. Il s'agit d'un enseignement large abordant, au niveau moléculaire et supramoléculaire, les structures, les mécanismes d'action et l'évolution du vivant et notre capacité à intervenir sur son fonctionnement dans des conditions normales ou pathologiques. La conception de molécules destinées à la pharmacologie ou la thérapeutique et le développement de stratégies innovantes dans le domaine des biotechnologies est un puissant thème fédérateur des enseignements de la mention. Le but pédagogique de la formation est : - De compléter les connaissances scientifiques dans les domaines de la biochimie et des biotechnologies. - De s initier à la vie en laboratoire d un chercheur ou d un ingénieur. - D apprendre et expérimenter des compétences transversales qui aideront à l insertion professionnelle et/ou permettra d acquérir une «double compétence», en particulier sur la valorisation de la recherche et le transfert de technologie. L'ensemble des compétences acquises permet de former des cadres qui s'intégreront dans les domaines de la recherche ou au sein des départements de recherche et développement, aussi bien dans le service public que dans les entreprises du secteur privé, mais également de préparer par la suite un doctorat menant à un recrutement en tant que chercheur, enseignant-chercheur, ingénieur, dans le service public (Universités, CNRS, INSERM, CEA, INRA, ) ou sur des postes de niveau équivalent dans le secteur privé. Cette formation convient également aux étudiants qui envisagent une carrière d ingénieur de recherche ou de développement dans le secteur industriel des biotechnologies, de l agroalimentaire et de la santé ou qui envisagent un métier dans le de la Qualité, la Certification d entreprise (consultant, normes ISO et analyse du risque), la Veille technologique et concurrentielle (consultant, PME), le Marketing (produits de haute technologie, IAA), le Management de la recherche (gestion de projets multi-sites, multi-culturels), l entrée dans des Agences (AFSSA, AFSSE, IVS) et des Structures de (DRIRE, DRASS ) et la propriété intellectuelle.

4 Enseignant responsable : Maryelle TROPIS Rémy POUPOT marielle.tropis@ipbs.fr, Remy.Poupot@inserm.fr MASTER 1 BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES Secrétariat pédagogique : IBCG/CNRS 118 route de Narbonne TOULOUSE cedex Tél vergues@biotoul.fr CONDITIONS d ADMISSION : Accès de plein droit aux étudiants titulaires d une licence de Biochimie et Biochimie Moléculaire. Pour tout autre cas, inscription soumise à la décision de l équipe de formation (préinscription sur le site web de l UPS). SCHEMA des ETUDES : 3 parcours PARCOURS 1 SCIENTIFIQUE PARCOURS 2 DOUBLE COMPETENCE PARCOURS 3 BIOINGENIERIE SEMESTRE 7 Analyse et traitement de données (obligatoire aux 3 parcours) EM7BTBM 6 ECTS 1er choix (2 UE obligatoires) PARCOURS 1 2ème choix (3 UE obligatoires + 1 UE libre) Mémoire bibliographique EM7BTAM 6ECTS Mémoire bibliographique EM7BTAM 6 ECTS Projet expérimental en bioch. et biotech. EM7BTCM 9 ECTS Initiation à la recherche EM7BTCH1 18 ECTS Bonnes pratiques de labo. et qualité EM7BTDM 3 ECTS + 1 UE libre scientifique 6 ECTS PARCOURS 2 (4 UE obligatoires) PARCOURS 3 (3 UE obligatoires) Sciences de l'ingénieur EM7BTGM 6 ECTS Mémoire bibliographique EM7BTAM 6 ECTS Projet expérimental en bioch. et biotech. EM7BTCM 9 ECTS Projet expérimental en bioch. et biotech. EM7BTCM 9 ECTS Bonnes pratiques de laboratoire et qualité EM7BTDM 3 ECTS Bonnes pratiques de lab. et qualité EM7BTDM 3 ECTS Marketing EM7BTFM 6 ECTS 1 UE parmi les 3 ci-dessous : Toxicologie-sécurité des aliments EM7BTHM 6 ECTS Génétique moléculaire végétale EM7BTIM 6 ECTS Pharmacologie moléculaire et appliquée EM7BTJM 6 ECTS

5 SEMESTRE 8 1 UE à choix libre (obligatoire aux 3 parcours) 6 ECTS 1 UE de langue (obligatoire aux 3 parcours) EM8BTLVM 3 ECTS PARCOURS 1 PARCOURS 2 PARCOURS 3 Méthodologies en bioch. et biotech. (obligatoire aux parcours 1 et 2) EM8BTAM 6 ECTS 1 UE d'ouverture (obligatoire aux parcours 1 et 2) 3 ECTS 2 UE de 6 ECTS parmi 1 UE obligatoire 6 ECTS 2 UE obligatoires Projet de création d'entreprise EM8BTMM Biotechnologies EM8BTGM 1 UE de 6 ECTS parmi Immersion en entreprise 3 ECTS Du métabol. au métabolo. EM8BTHM Biotechnologies EM8BTGM EM8BTRM Biologie struct. des macromo. EM8BTIM Du métabolisme au métabolome EM8BTHM Stage EM8BTSM 18 ECTS Analyse struct. des biomo. EM8BTJM Biologie struct. des macromo. EM8BTIM Analyse struct. des biomolécules EM8BTJM Biochimie analytique quantitative EM8BTNM

6 EM7BTAM - Mémoire de recherche bibliographique Semestre 7 6 ECTS Nom, prénom : Clottes Eric Laboratoire : IPBS 205 rte de Narbonne Toulouse cedex : : clottes@ipbs.fr Heures CM : TD : TP : 60 Terrain (1/2 journée) : Contenu : A partir d un article scientifique rédigé en anglais sur un sujet d'actualité (cancer, maladie infectieuses, HIV, Alzheimer ), les étudiants (1) effectuent une recherche bibliographique (sujet scientifique, techniques utilisées dans l étude, résultats obtenus, conclusions tirées), (2) rédigent en français un rapport synthétique présentant une analyse de la publication (3) exposent ce travail oralement en un temps court (4) répondre à des questions ayant trait à la publication étudiée. Chaque étudiant est encadré par un tuteur qui, au cours de réunions personnalisées périodiques accompagne l'étudiant dans sa recherche. Il s agit pour chaque étudiant, au terme de l analyse de la publication, de pouvoir répondre à un certain nombre de questions : quel est le sujet? quelle est la problématique explorée? quelles sont les techniques utilisées dans cette étude? quel est leur principe? etc Au cours du semestre, les étudiants sont conviés à assister à 2 ou 3 conférences scientifiques sur le contenu desquelles ils sont également amenés à être évalués par écrit. Mots-clés : analyse d'articles scientifique, outils bibliographiques, expression écrite, expression orale. Continu Examen Terminal TOTAL

7 EM7BTBM Analyse et traitement de données Semestre 7 6 ECTS Nom, prénom :Mathé, Catherine Laboratoire : LRSV, UMR5546 Tél , mathe@lrsv.ups-tlse.fr Heures CM :22 TD : 42 TP : Terrain (1/2 journée) : Contenu: Traitement de données expérimentales : L objectif proposé par cet enseignement est d être capable de : - poser en termes de biochimiste les questions nécessaires à une approche expérimentale et à l interprétation de ses résultats, - choisir les méthodes d analyse appropriées pour y répondre : représentations graphiques, intervalles de confiance, tests, analyse de variance, corrélation, analyse de régression, analyse et modélisation multidimensionnelles La mise en œuvre de ces méthodes à l aide d un logiciel convivial sera réalisée avec des exemples spécifiques de biochimie et de biotechnologie. Bioanalyse : - présentation et interrogation des principales banques de données biologiques : banques de séquences, d expression, de données métaboliques - principes et objectifs des différents types d alignement de séquences : alignement local ou global, par paire ou multiple - recherche d homologies dans les banques de séquences : principe et limites du programme BLAST ; analyse de familles protéiques et recherche de domaines ; application à l annotation des génomes et à la reconstruction métabolique. - Exploitation de lots de gènes issus d analyses à grande échelle (génomique, transcriptomique ) : corrélation avec des signaux de régulation, des voies métaboliques, des catégories fonctionnelles Mots-clés : analyse de données, comparaison de séquences, voies métaboliques Continu 20 RS Examen Terminal TOTAL

8 EM7BTEM Initiation à la recherche Semestre 7 18 ECTS Nom, prénom : Nieto, Laurence Laboratoire : IPBS-CNRS, 205 route de Narbonne, Toulouse Cedex Tél. + : : laurence.nieto@ipbs.fr Heures CM : 20 TD : TP : 160 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Formation pratique approfondie des méthodes modernes de la biochimie et des biotechnologies ; Formation «à et par» la recherche. Suite à des enseignements généraux théoriques sur la recherche bibliographique, les bonnes pratiques de laboratoire, la biochimie et les biotechnologies, les étudiants effectuent un stage d un semestre dans un laboratoire de recherche. Ils y conduisent une activité de recherche, sous l encadrement étroit d un chercheur appartenant à une équipe de recherche reconnue par une Ecole Doctorale de l UPS, ainsi que sous l encadrement de l équipe pédagogique du module. Les étudiants présentent régulièrement devant l équipe pédagogique les avancées de leurs travaux, avec des points précis effectués sur les aspects bibliographiques et théoriques de leur sujet, sur les méthodes mises en œuvre, et sur les résultats (obtention et analyse de données). Ils assistent régulièrement à des conférences de recherche en français et en anglais ainsi qu à des cours complémentaires organisés par l équipe pédagogique. A l issue du module l étudiant rédigera un rapport écrit sur ses réalisations et les présentera oralement devant le jury du module. Ces deux épreuves seront notées. Par ailleurs, le correspondant de stage rédigera un rapport sur les qualités de l étudiant. Ces trois évaluations constitueront la base de la notation du module. Mots-clés : expérience pratique en laboratoire Continu 10 RS 20 Examen Terminal TOTAL

9 EM7BTCM Projet expérimental en biochimie et biotechnologies Semestre 7 9 ECTS Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (UPS-CNRS) Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS Route de Narbonne Toulouse Cedex Tél : , Mèl : marie-pierre.bousquet@ipbs.fr Heures CM : TD : TP : 90h Présence en entreprise Contenu: Ce module a pour objectif d apporter une expertise expérimentale dans un ou plusieurs thèmes suivants : Bioingénierie, biologie cellulaire et moléculaire appliquée à la santé Bioingénierie appliquée au végétal Bioingénierie analytique en nutrition et santé Biotechnologie et biologie moléculaire Interaction protéine-ligand Structure et analyse quantitative Mots-clés : biotechnologie, techniques analytiques, interactions protéine-ligand Continu RS 20 Examen Terminal TOTAL

10 EM7BTDM Bonnes pratiques de laboratoire et qualité Semestre 7 3 ECTS Pierre Gavard (PAST, UPS) 8 impasse Saint-Jacques Tournefeuille Tél : Fax : port : Mèl : p.gavard@wanadoo.fr Matière 1 : Heures CM : 10h TD : 8h TP : Présence en entreprise Contenu: L objectif est de préparer les étudiants à intégrer un laboratoire fonctionnant sous un système qualité et en toute sécurité. Pour cela les enseignements reprennent tous les éléments nécessaires allant de la sécurité à la connaissance des référentiels qualité. Connaître les règles de sécurité et les bonnes pratiques de laboratoire Initiation à la qualité et présentation de la norme ISO Métrologie dans un laboratoire Les travaux dirigés permettront à chaque étudiant d élaborer un projet de mise en place de la qualité dans un laboratoire (travail personnel puis présentation orale devant le groupe). Mots-clés : bonnes pratiques de laboratoire, qualité en laboratoire. Continu (RS) Examen Terminal TOTAL Matière 2 : Plan d expériences Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (UPS-CNRS) Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS Route de Narbonne Toulouse Cedex Tél : , Mèl : marie-pierre.bousquet@ipbs.fr Equipe pédagogique : Florence Benoît-Marquié (MCU, UPS), Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (MCU, UPS-CNRS Heures CM : 8h TD : TP : 4h Présence en entreprise Contenu: Enseignements théoriques des plans d expérience et de la validation de méthodes Mots-clés : Plans d expériences Continu Examen Terminal TOTAL

11 EM7BTFM Le Marketing, facteur de développement des entreprises de biotechnologies Semestre 7 6 ECTS Nom, prénom : GAYRAUD Maryse Laboratoire : Tél / maryse.gayraud@laposte.net Heures CM :30 TD : 20 TP : 10 Terrain (1/2 journée) : Objectif : Comme toute organisation, l entreprise de biotechnologie est confrontée à son marché. La qualité d un produit est bien souvent insuffisante pour permettre à l entreprise de s imposer à sa concurrence. La maîtrise des techniques du marketing donne à l entrepreneur un savoir-faire réel dans l approche des marchés (en particulier des marchés industriels intéressés par la biotechnologie). De l étude de marché à la gestion des différentes variables du marketing, cet enseignement se propose de développer les connaissances en marketing nécessaires à une entreprise de biotechnologie mais également de transmettre la philosophie de cette discipline fondée sur l écoute du marché. Programme : Le concept de marketing et la démarche marketing Le diagnostic externe et interne Les études de marché - études documentaires - études quantitatives - études qualitatives Objectifs et stratégies Le mix - produit - prix - distribution - communication Le marketing à l export La négociation Les biotechnologies - panorama des entreprises de biotechnologies - les aides aux entreprises de biotechnologies - le marketing dans la recherche et développement Mots-clés : MARKETING / BIOTECHNOLOGIES Continu RS 30 Examen Terminal TOTAL

12 EM7BTGM Sciences de l ingénieur Semestre 7 6 ECTS Pierre Gavard (PAST, UPS) 8 impasse Saint-Jacques Tournefeuille Fax : port : p.gavard@gaca.fr Heures CM : 24h TD : 24h TP : 12h Présence en entreprise Contenu: L objectif est de préparer les étudiants à intégrer une entreprise en leur fournissant : Les éléments de législation et droit du travail, les ressources humaines, les types de management Des principes généraux d une démarche qualité dans l entreprise Des techniques de présentations et de communication dans l'entreprise (élaboration d une synthèse et présentation sous forme de power point) Basé sur des enseignements théoriques et des travaux pratiques ou dirigés pour des mises en situation Mots-clés : Connaissance du droit et du management, des principes généraux de la qualité et des techniques de présentations et de communication dans l'entreprise. Continu (RS) Examen Terminal TOTAL

13 EM7BTHM Toxicologie et sécurité des aliments, réglementation Semestre 7 6 ECTS PERIQUET Alain Coordonnées de l enseignant responsable : Adresse postale : Bat U3 Université Paul Sabatier Toulouse 3, 118 Route de Narbonne Toulouse Cedex4 Tel : Mèl : periquet@cict.fr Heures CM :30 TD : 15 TP : 15 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Préparer à l expertise toxicologique notamment dans le secteur agroalimentaire Donner les bases de Pharmacologie et de Toxicologie fondamentales. Cours, enseignements théoriques: Absorption Distribution Métabolisme Elimination Modes d action des toxiques Organes cibles Identification et caractérisation des dangers. Analyse et gestion des risques dans un contexte de Sécurité des Aliments. Additifs et auxiliaires de technologies-matériaux au contact des denrées alimentaires Arômes et colorants alimentaires Contaminants et produits néoformés. Produits phytosanitaires. Enseignements dirigés : Etudes de cas concrets : dioxines Polychlorobiphényles, Hydrocarbures aromatiques polycycliques- Acrylamide - Produits phytosanitaires Exemples de gestion de crise. Etudes des principaux textes réglementaires liés à l utilisation des additifs, des auxiliaires de technologies, des matériaux au contact des denrées alimentaires et à la présence de contaminants dans les aliments. Enseignements pratiques : Quantification par diverses méthodes analytiques (HPLC, Immunoenzymologie etc ) de divers contaminants et additifs alimentaires (pesticides, antioxydants, colorants, etc). Mots-clés : Toxicologie-Toxicocinétique-Expertise-Sécurité des aliments-identification des dangers et gestion des risques. Continu (RS) 20 (RS) (RS) 30 (RS) Examen Terminal TOTAL

14 EM7BTIM Génétique moléculaire végétale Semestre 7 6 ECTS Enseignant(s) responsable(s) Nom, prénom : ROCHANGE Soizic Laboratoire : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales, Auzeville Tél ; rochange@lrsv.ups-tlse.fr Autres enseignants : Jean-Philippe Galaud, Valérie Pacquit, Chantal Teulières, Christiane Marque Heures CM : 36 TD : 24 TP : 0 Terrain (1/2 journée) : 0 Contenu: COURS Organisation, stabilité et plasticité des génomes les 3 génomes des plantes. Stérilité mâle cytoplasmique. régulation de l'expression génique applications en amélioration des plantes les transposons végétaux : structure, mobilité Outils moléculaires pour l'analyse des génomes programmes de séquençage systématique marqueurs moléculaires, élaboration de cartes génétiques et physiques. sélection assistée par marqueurs, création d'idéotypes exploitation de la synténie Génie génétique culture in vitro transformation génétique Analyse génétique - obtention et analyse de mutants EMS et de mutants d'insertion : génétique directe et inverse, clonage positionnel, TILLING. Mécanismes épigénétiques de régulation de l'expression génique silencing, RNAi ARN non codants : mirna, sirna TRAVAUX DIRIGES Exercices de mise en application du cours sur des données expérimentales Exemples d'études intégrées faisant intervenir différentes notions et stratégies Réalisation de synthèses bibliographiques à partir d'une ou deux publications de référence et d'une question proposée par les enseignants. Mots-clés : génétique, épigénétique, expression des gènes, biotechnologies végétales, amélioration des plantes Ecrit T. P. Oral Total Ecrit T. P. Oral Tot al Continu RS 20 (20) Examen Terminal TOTAL

15 EM7BTJM Pharmacologie moléculaire et appliquée Semestre 7 6 ECTS Philippe VALET (UPS-Inserm, HDR, PES), Bernard FRANCES (UPS-CNRS, HDR, PES) Coordonnées de l enseignant responsable : Equipe Sécrétions adipocytaires, Obésités & Pathologies associées Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires, I2MC Adresse postale : UMR 1048 Inserm-UPS, BP 84225, F Toulouse Cedex 4 Tel : Mèl : philippe.valet@inserm.fr Heures CM :20 TD :20 TP :20 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Basé sur l étude des cibles pharmacologiques associées à des exemples physiopathologiques, cet enseignement porte sur l'étude du mode d'action cellulaire et moléculaire des médicaments, de leur devenir dans l'organisme, des conséquences toxicologiques potentielles, de leur utilisation dans le cas de pathologies représentatives (maladies métaboliques, cardiovasculaires, neurodégénératives et cancer) et le développement de stratégies de recherche et d étude de nouvelles cibles pharmacologiques. Mots-clés : médicament, récepteur, pharmacologie, toxicologie. Continu RS RS 20 Examen Terminal TOTAL

16 EM8BTAM Méthodologies en biochimie et biotechnologies Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : Paquereau, Laurent Laboratoire : IPBS-CNRS, 205 route de Narbonne, Toulouse Cedex Tél ; laurent.paquereau@ipbs.fr Nom, prénom : Ducoux-Petit, Manuelle Laboratoire : IPBS-CNRS, 205 route de Narbonne, Toulouse Cedex Tél ; manuelle.ducoux@ipbs.fr Equipe pédagogique: C. Albenne, MP. Bousquet-Dubouch, F. Couderc, M. Ducoux-Petit, F. Dumas, N. Eynard, C. Lebrun, A. Lemassu, F. Létisse, L. Maveyraud, L. Nieto, L. Paquereau, JC. Portais, V. Puech, S. Tranier. Heures CM :30 TD :20 TDM : 10 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Rappel et approfondissement des principales méthodes biochimiques et biotechnologiques utiles pour produire et analyser une protéine : clonage, expression et purification de protéines. Analyse et caractérisation de molécules par RMN, cristallographie, et spectrométrie de masse. Mots-clés : Méthodologies, biotechnologie, mutagenèse, PCR, biomembrane, production protéique, interaction protéine-ligand, RMN, cristallographie, spectrométrie de masse. Continu Examen Terminal TOTAL

17 EM8BTCM Initiation juridique Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : FISCHER Jérôme (MCU) Secrétariat : IBCG/CNRS- 118 route de Narbonne Tél , secens@ibcg.biotoul.fr Heures CM :24 TD : TDM : Terrain (1/2 journée) : Contenu : Initiation juridique aux notions de base : Organisation judiciaire Sources du droit en matière scientifique (Traités, Constitution, Loi, règlements, usages), L instrument contractuel et les principaux types de contrats Continu Examen Terminal TOTAL

18 EM8BTDM Co-évolution, exemples des interactions hôte pathogène Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : VERCELLONE Alain (MCU, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél , alain.vercellone@ipbs.fr Heures CM :24 TD : TDM : Terrain (1/2 journée) : Contenu : L enseignement a pour objectif de montrer au niveau moléculaire comment les interactions entre organismes procaryotes et eucaryotes ont permis l évolution de ces organismes. Les différentes étapes de l infection de l homme par les bactéries pathogènes seront décrites (Pénétration, adhérence, invasion, résistance aux défenses de l hôte, création de dommages) au travers d exemples. Cet enseignement repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de la génétique, de l immunologie et de la microbiologie. Mots-clés : Co-évolution, bactéries pathogènes, mécanismes moléculaires. Continu Examen Terminal TOTAL

19 EM8BTEM Introduction à la modélisation moléculaire Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : Czaplicki, Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél , cgeorge@ipbs.fr Heures CM :10 TD : 10 TP : 4 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Présentation de concepts de base de la modélisation de structures biomoléculaires. Seront abordés les aspects théoriques et computationnels de la détermination de structures tridimensionnelles de molécules d'intérêt biologique par l'approche empirique, basée sur le champ de force et l'optimisation de géométrie. La partie pratique du module sera consacrée à la création, visualisation, modification et optimisation de structures moléculaires. Mots-clés : visualisation de molécules, mécanique moléculaire, champ de force, minimisation d'énergie, algorithmes déterministes. Continu RS Examen Terminal TOTAL

20 EM8BTFM Modélisation moléculaire avancée Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : Czaplicki, Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél , cgeorge@ipbs.fr Heures CM :10 TD : 10 TP: 4 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Approfondissement et développement des approches visant la détermination de structures biomoléculaires. Méthodes de prédiction de structures de complexes protéine-protéine et protéineligand. Discussion de problèmes associés avec le docking et le criblage virtuel. Mots-clés : algorithmes stochastiques, dynamique moléculaire, complexe récepteur-ligand, pharmacophore, chimiothèque, docking, criblage virtuel. Continu RS Examen Terminal TOTAL

21 EM8BTGM Biotechnologies 2 : Les stratégies en biologie moléculaire Semestre 8 6 ECTS Enseignant responsable : Nom, prénom : PAQUEREAU Laurent Laboratoire : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale UMR5089 Adresse postale : 205 route de Narbonne Toulouse Tél.: laurent.paquereau@ipbs.fr Heures CM :16 TD : 32 TP : 12 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Chaque Cours/TD développera une ou plusieurs stratégies faisant appel à différentes techniques dont certaines auront déjà été introduites dans d autres UE ou en L3. Ces stratégies couvrent différents domaines et différents modèles (animal, procaryote, végétal). Expression génique et régulation (Micro/Macro array, quantification par PCR, pet Chip, IF gènes rapporteurs, SiRNA, ShRNA, mirna, KO sur souris, système Tet on/tet off ) Biotechnologie (Gènes synthétiques et Evolution moléculaire in vitro, Stratégies et systèmes de production de protéines recombinantes, Domain Trapping, DNA shuffling, Split, Aptamères et stratégies de SELEX, stratégies de séquençage des génomes ) Mots-clés : Biotechnologie moléculaire, Stratégies expérimentales Continu Examen Terminal TOTAL

22 EM8BTHM Du métabolisme au métabolome Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : PORTAIS Jean-Charles Laboratoire : Laboratoire d Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés Tél jean-charles.portais@insa-toulouse.fr Heures CM :22 TD : 20 TP : 18 Terrain (1/2 journée) : Contenu: L étude du métabolisme connait un renouveau très important depuis quelques années et a été défini comme l un des enjeux scientifiques majeur pour la décennie en cours, avec des domaines d applications très larges qui vont des biotechnologies à la santé. Ce renouveau s appuie sur des approches modernes qui ne visent pas à une description de voies métaboliques mais à comprendre comment fonctionne vraiment le métabolisme à l échelle d une cellule, d un organe, ou d un organisme. Ces approches «fonctionnelles» (métabolomique = analyse de l ensemble des métabolites, fluxomique = analyse des flux métaboliques) s appuient sur des outils analytiques comme la spectrométrie de masse et la résonance magnétique nucléaire. Dans cet enseignement, qui ne visera pas à un apprentissage des voies métaboliques, nous appréhenderons d une part, les notions d analyse fonctionnelle du métabolisme et, d autre part, l apport des outils analytiques (RMN et MS) pour l étude du métabolisme. Les thèmes traités en cours seront illustrés en Travaux Dirigés et en Travaux Pratiques. Une attention particulière est portée dans ce module aux Travaux Pratiques, pour que les concepts et outils vus en cours puissent être manipulés expérimentalement. Mots-clés : métabolisme, métabolomique, réseaux métaboliques, RM, spectrométrie de masse Continu Examen Terminal TOTAL

23 EM8BTIM Biologie structurale des macromolécules Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : Czaplicki, Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél , cgeorge@ipbs.fr Heures CM :40 TD : 10 TP : 10 Terrain (1/2 journée) : Contenu : Elucidation de structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques et de complexes supramoléculaires. Seront abordés les fondements théoriques et applications pratiques des méthodes principales de la biologie structurale : la cristallographie, les méthodes de diffusion/diffraction des rayonnements et la résonance magnétique nucléaire. Les TP seront réalisés en laboratoire de recherche, en utilisant les équipements actuels. Mots-clés : rayons X, diffusion de neutrons, RMN, structure 3D Continu Examen Terminal TOTAL

24 EM8BTJM Analyse structurale des biomolécules Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom :Puech Pages, Virginie Laboratoire : LRSV, Pôle de biotechnologie végétale, 24 chemin de Borde Rouge CASTANET -TOLOSAN Tél , puech@lrsv.ups-tlse.fr Heures CM :22 TD : 22 TP : 16 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Cet enseignement sera basé sur l interprétation de données bibliographiques permettant l analyse structurale de biomolécules. Un accent particulier sera porté sur la mise en œuvre de dégradations chimiques contrôlées, l analyse structurale d échantillons en spectrométrie de masse et en RMN. Mots-clés : Biochimie structurale, spectrométrie de masse, RMN, dégradations chimiques, interprétations bibliographiques Continu RS 20 Examen Terminal TOTAL

25 EM8BTKM Physiologie et pathogénie bactériennes Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : VERCELLONE Alain Laboratoire : IPBS, 205 route de Narbonne Toulouse Tél , alain.vercellone@ipbs.fr Heures CM :30 TD : 14 TP : 16 Terrain (1/2 journée) : Contenu: L enseignement a pour objectif de présenter la structure,la biosynthèse, l organisation et rôles physiologiques des constituants bactériens ainsi que le métabolisme des bactéries. Pour ce dernier aspect, l accent est mis sur le transport des nutriments, la régulation au niveau énergétique et les systèmes généraux d adaptation des bactéries à leur environnement. Seront développés les relations structure-fonction des principaux constituants bactériens pour la physiologie et la pathogénie bactériennes ainsi que les mécanismes moléculaires impliqués lors des différentes étapes d une infection bactérienne. Cet enseignement repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de l immunologie et de la microbiologie mais se veut accessible aux étudiants des masters 1 de biologie santé, de microbiologie agrobiosciences et de biochimie biotechnologies. Continu RS 20 Examen Terminal TOTAL