Direction des sciences du vivant. Institut d imagerie biomédicale DU CLIENT DE RECUPERATION DE DONNEES

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1 Direction des sciences du vivant Institut d imagerie biomédicale DU CLIENT DE RECUPERATION DE DONNEES Référence 07/12/2009 Rédacteur Vérificateur Approbateur Fonction Nom Nicolas Souedet Fonction Nom Thierry Delzescaux Fonction Nom

2 / MIRCen LISTE DE DIFFUSION I²BM Diffusion pour lecture Distribution SUIVI DU DOCUMENT Indice Date Chapitre Nature des modifications 00 07/12/2009 Création du document 01 Suppression de la partie contacts T01/a Page :2/11

3 / MIRCen Sommaire 1 Introduction Objectifs et champ d'application Utilisation du client de récupération de données (BrainVISA - Data storage client) Récupérer des données Visualiser les données Ressources Internet Références T01/a Page :3/11

4 / MIRCen Introduction.1 Objectifs et champ d'application Ce document décrit l utilisation de l outil de récupération de données intégré au sein du logiciel BrainVISA [D. Rivière, D. Geffroy, I. Denghien, N. Souedet, and Y. Cointepas, 2009]. L outil de récupération de données s appuie sur NmrServer [C. Poupon]. Ce logiciel permet de récupérer les données produites par diverses équipes de recherche de l I²BM et stockées sur les serveurs de fichiers afin de pouvoir les utiliser localement ou sur des espaces de travail (pool). T01/a Page :4/11

5 / MIRCen Utilisation du client de récupération de données (BrainVISA - Data storage client) PREREQUIS : BrainVISA (pack I²BM, version 3.2) et Anatomist doivent être configurés sur la machine..1 Récupérer des données 1 ) Lancer BrainVISA : - sous Windows, double-cliquer sur l icône présente sur le bureau - sous Linux, à partir d une console, taper la commande «BrainVISA» Figure 1 : Interface BrainVISA (Etape 1) 2 ) Sélectionner la «boîte à outils» intitulée «Gestion de données», puis double cliquer sur le «traitement BrainVISA» intitulé «Client de récupération de données» Figure 2 : Lancement du "Client de récupération des données" (Etape 2) T01/a Page :5/11

6 / MIRCen 3 ) Cliquer sur le de l imageur souhaité pour visualiser les dates auxquelles des données ont été acquises. Puis, cliquer sur le de la date souhaitée pour visualiser les acquisitions réalisées. Ensuite, cliquer sur le de l acquisition pour visualiser les données disponibles. 4 ) Sélectionner les données choisies. 5 ) Pour tous les imageurs MIRCen, il est possible de visualiser les informations concernant les données sélectionnées. Pour cela cliquer avec le bouton droit de la souris sur l une des données sélectionnées. Puis cliquer sur le menu «View header attributes». Figure 3 : Sélection de l'imageur, des données et visualisation des informations d'entête (Etapes 3, 4 et 5) 6 ) Les informations concernant les données sélecti onnées sont alors affichées, ce qui permet de vérifier que ce sont bien les fichiers à télécharger qui sont sélectionnés. T01/a Page :6/11

7 / MIRCen 7 ) Pour choisir le répertoire de destination dans lequel seront placés les fichiers téléchargés, cliquer sur le bouton Puis, sélectionner le répertoire dans lequel télécharger les fichiers à l aide de l explorateur Cliquer sur le bouton «OK», pour confirmer le répertoire choisi. 8 ) Une fois les données sélectionnées et le répert oire de destination choisi, cliquer sur le bouton «ajouter» pour créer les tâches de téléchargement. Ces tâches de téléchargement apparaissent alors dans la partie droite de l interface. 9 ) Il est possible de modifier les actions à réali ser dans les listes déroulantes correspondant à chaque tâche. Les actions présentes pour les imageurs MIRCen sont les suivantes : - «get untared», pour télécharger les fichiers et les désarchiver (extraire les fichiers depuis l archive téléchargée) - «download», pour télécharger l archive contenant les fichiers Figure 4 : Création et gestion des tâches de téléchargement (Etapes 7, 8, 9 et 10) 10 ) Il est possible de supprimer une tâche de télé chargement, en la sélectionnant puis en cliquant sur le bouton «Supprimer la tâche». Il est également possible de supprimer toutes les tâches en cliquant sur le bouton «Supprimer toutes les tâches». T01/a Page :7/11

8 / MIRCen 11 ) Lancer l exécution des tâches de téléchargemen t en cliquant sur le bouton «Executer» 12 ) Une fois les tâches de téléchargement terminée s, un message confirmant la fin des téléchargements est affiché dans la partie basse de l interface. Ce message précise également les répertoires dans lesquels les données ont été téléchargées. Figure 5 : Exécution des tâches de téléchargement (Etapes 11 et 12) 13 ) Il est possible de désactiver la création auto matique des répertoires commençant par «ptk_server». Pour cela il faut cliquer dans le menu «BrainVISA» sur «Preferences». Puis choisir «Data storage» et décocher l option «enable_task_directory». Figure 6 : Modification des options (Etape 13) T01/a Page :8/11

9 / MIRCen.2 Visualiser les données 1 ) Lancer Anatomist : - sous Windows, double-cliquer sur l icône présente sur le bureau - sous Linux, à partir d une console, taper la commande «anatomist» Figure 7 : Interface Anatomist (Etape 1) 2 ) Cliquer sur le bouton «Open» et sélectionner le fichier à visualiser (dans le cas d une image issue de l IRM Varian MIRCen, ne sélectionner qu un seul fichier de l image à afficher) 3 ) Cliquer sur le bouton «OK», pour confirmer le fichier choisi. Figure 8 : Visualisation d'une image (Etapes 2, 3 et 4) T01/a Page :9/11

10 / MIRCen 4 ) Glisser-déplacer l image sélectionnée sur l icô ne correspondant à la fenêtre dans laquelle vous souhaitez visualiser l image (par exemple : ) 5 ) Vous pouvez également visualiser les informatio ns d acquisition de l image par Glissé-déplacé de l image sélectionnée sur l icône T01/a Page :10/11

11 / MIRCen Ressources Internet Pour plus d informations concernant l utilisation de BrainVISA et anatomist : - Site web de BrainVISA / Anatomist Documentation en ligne - Références [1] - D. Rivière, D. Geffroy, I. Denghien, N. Souedet, and Y. Cointepas. BrainVISA: an extensible software environment for sharing multimodal neuroimaging data and processing tools. In Proc. 15th HBM, T01/a Page :11/11