La base de données MEDLINE

La base de données MEDLINE La base de données MEDLINE est produite par la National Library of Medicine (NLM) aux Etats-Unis. Elle couvre tous les domaines biomédicaux : médecine, biologie, toxicologie, sciences infirmières, médecine dentaire, pharmacie, médecine vétérinaire, systèmes de santé et sciences médicales fondamentales, etc. MEDLINE est la principale base de données biomédicale internationale, avec 21 millions de références bibliographiques à des articles scientifiques parus depuis 1948 (90% en anglais). Environ 5 500 périodiques sont analysés. MEDLINE via PubMed Accès public et gratuit http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed 1. Syntaxe de recherche...2 2. Le thesaurus MeSH : Medical Subject Headings...3 3. Les limites...8 4. La recherche par index dans un champs précis...10 5. L historique...10 6. Les formats d affichage des résultats de recherche...11 7. La récupération des données...13 8. La fonction My NCBI...15 9. Sites complémentaires...17 Entrez, the Life Sciences Search Engine...17 Medline Plus...18 Specialized Information Services (SIS)...19 MEDLINE FULLTEXT via EbscoHost Accès réservé aux postes reconnus sur le réseau de l'ehesp (Reconnaissance IP) http://search.ebscohost.com Voir Support de Formation EbscoHost Voir Aide en ligne http://support.ebsco.com/training/lang/fr/fr.php SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 1 sur 19

Recherche dans MEDLINE via PubMed 1. Syntaxe de recherche Recherche par défaut avec l'opérateur AND sur tous les champs d'indexation Opérateurs booléens AND - OR - NOT (en majuscule et en anglais) Troncature utilisation de l'étoile * Recherche d'une expression utilisation des guillemets "..." Indexation Thesaurus MeSH (Medical Subject Headings) SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 2 sur 19

2. Le thesaurus MeSH : Medical Subject Headings Accès depuis la page d accueil : More Resources / MeSH Database Le MeSH est le thesaurus de MEDLINE, c'est-à-dire un vocabulaire contrôlé et hiérarchisé qui permet de décrire précisément le contenu de l'article indexé. Les descripteurs MeSH sont choisis parmi un ensemble de synonymes pour décrire un concept de façon univoque. Le MeSH Browser permet, dans le but d'une requête dans PubMed : de recherche les mots clés du thesaurus en ayant connaissance de l'environnement hiérarchique de chaque terme d'utiliser des qualificatifs pour en limiter le sens de les combiner entre eux Consulter la version bilingue du thesaurus MeSH sur : Site de l INSERM http://mesh.inserm.fr/mesh/index.htm Portail Terminologique de Santé du CHU de Rouen http://pts.chu-rouen.fr SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 3 sur 19

Recherche dans le MeSH Formulaire de recherche d un mot clé dans le thesaurus MeSH Nombre de mots clés proposés Liste des mots clés avec leurs définitions et la date de création du terme SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 4 sur 19

Notice d un mot clé du MeSH Définition et année d introduction du terme Qualificatifs : permet de limiter la requête à un aspect particulier du mot clé MeSH Major Topic = Sujet principal de l article Synonymes Interdit l explosion = exclut les termes spécifiques Arborescence = position du terme dans la hiérarchie du MeSH Termes génériques Termes spécifiques SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 5 sur 19

En sélectionnant le mot clé "Air Pollution, Indoor", les références obtenues sont en trop grand nombre pour être traitées. "Air Pollution, Indoor"[Mesh] Il faut donc affiner la recherche. Plusieurs options sont proposées : Restreindre la recherche aux articles pour lesquels "Air Pollution, Indoor" est l un des sujets principaux des articles, en utilisant l option «Restrict Search to Major Topic headings only». "Air Pollution, Indoor"[Majr] Interdire l explosion du terme, en utilisant l option «Do Not Explode this term» "automatic explosion" (explosion automatique) : dans PubMed, les descripteurs MeSH (ainsi que les qualificatifs se trouvant en tête d'une arborescence) sont automatiquement "explosés" pour trouver des références contenant le descripteur MeSH spécifié ainsi que les descripteurs MeSH spécifiques associés placés en dessous dans l'arborescence "Air Pollution, Indoor"[Mesh:NoExp] Limiter la recherche à un aspect particulier du sujet, en utilisant les qualificatifs «Subheadings» d un mot clé MeSH. "Air Pollution, Indoor/adverse effects"[majr] Utiliser ce qualificatif permet de limiter la recherche aux effets indésirables de la pollution de l air intérieur, et d exclure les autres articles. Consulter la liste des 83 qualificatifs et leurs règles d'utilisation, traduits en français sur le site de l INSERM. http://mesh.inserm.fr/mesh/qualifs.htm Combiner plusieurs mots clés "Air Pollution, Indoor/adverse effects"[majr] AND "Occupational Exposure"[Majr] SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 6 sur 19

1. Cocher le terme retenu (avec ses qualificatifs si nécessaire) 2. Envoyer la requête dans PubMed (en choisissant l opérateur approprié) 3. La requête est formulée dans le formulaire de recherche PubMed 4. Lancer la recherche dans la base de données MEDLINE Lorsque le mot clé n existe pas, saisir dans le formulaire de recherche le mot suivi de [tw] ou [text] pour lancer la recherche sur les champs suivants : titre, résumé, mesh, substances chimiques. SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 7 sur 19

3. Les limites Accès depuis toutes les pages (en haut du formulaire de recherche) : RSS - Save search - Limits - Advanced - Help Pour affiner la stratégie de recherche, on peut également utiliser la fonction «Limits» qui permet de restreindre une recherche à certains critères. Choix de la période de publication : Depuis 30 jours, 1an, ou une période donnée Choix des types de publications Langue Human = aspect clinique Animal = aspect expérimental Filtres par groupes de revues, par thématiques Recherche de références avec résumés, avec texte intégral Genre Choix de la tranche d âge (enfants, adolescents, ) Choix d un champ de recherche supplémentaire : journal, auteur, ISBN Pour valider les limites, cliquer sur "Search" du formulaire de recherche SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 8 sur 19

Attention : les limites sont mémorisées pendant toute la session d'interrogation Pour annuler les limites, cocher la case «Remove» Choix des types de publications Essai clinique Editorial Lettre Méta-analyse Note pratique Essai clinique randomisé Article de Revue SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 9 sur 19

4. La recherche par index dans un champs précis Accès depuis toutes les pages (en haut du formulaire de recherche) : RSS - Save search - Limits - Advanced - Help La recherche par index permet notamment de faire une recherche sur un auteur précis, ou sur un titre de périodique précis. Selectionner le champ de recherche : Title, Author, Journal Ajouter à la ligne de recherche 5. L historique Accès depuis toutes les pages (en haut du formulaire de recherche) : Advanced Search / Search History Cette fonction permet de visualiser les étapes de recherche de la session en cours d'associer des étapes entre elles en utilisant les opérateurs booléens : AND, OR, NOT (Attention : saisir les opérateurs en majuscules). SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 10 sur 19

6. Les formats d affichage des résultats de recherche Related Articles = lien vers des références similaires. => Permet de compléter une bibliographie sur un thème où on trouve peu de références Il existe deux types de fiches dans MEDLINE : Des fiches en cours de traitement (sans descripteurs MeSH) : [PubMed - in process] ou pas encore traitées :[PubMed - as supplied by publisher], [PubMed ahead of print] Des fiches complètes et définitives (avec descripteurs MeSH) : [PubMed - indexed for Medline] Format Summary Titre de l article Auteurs Source Related articles Lien vers l article en ligne gratuit sur le site Pubmed Central Format par défaut Format Abstract Format Summary + Résumé + Lien vers l article en ligne sur le site de l éditeur(s il existe) + Types de publication + Mots MeSH Format détaillé Format MEDLINE Ensemble des champs d indexation de l article (par exemple AB pour Abstract, AU pour les auteurs, LA pour le langage de publication de l article, MH pour les mots MESH, etc.) Format complet utilisé pour récupérer les références dans un logiciel de gestion bibliographique (Reference Manager, Zotero, ) SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 11 sur 19

SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 12 sur 19

7. La récupération des données Sélectionner les références intéressantes (en cochant les références dans le carré situé à gauche du numéro de la référence) et choisir le format de sauvegarde Par défaut, si aucune sélection n'est faite, l'option «Send to» sauvegarde l'ensemble des références trouvées (jusqu'à 10 000 références). Send to File Permet d'envoyer les références sélectionnées dans un fichier sur son poste de travail En sélectionnant le format MEDLINE, les références pourront être intégrées dans un logiciel de gestion bibliographique. Send to Collections Permet d enregistrer les références dans son profil «My NCBI» Send to Clipboard Permet de stocker et sauvegarder temporairement pendant 8 heures - (au fur et à mesure d'une même session dans PubMed, même pour des recherches différentes) une sélection de références. Ce panier de sélection peut contenir au maximum 500 références Send to E-mail Permet d'envoyer les références sélectionnées par mail SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 13 sur 19

Send to Clipboard : Les références envoyées dans le panier de sélection sont identifiables. SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 14 sur 19

8. La fonction My NCBI Se créer un profil «My NCBI» est intéressant pour : Sauvegarder les stratégies de recherche Ré-exécuter automatiquement des recherches sauvegardées antérieurement dans «PubMed Searches / Show what s new» Recevoir des alertes sur les nouvelles références d une équation de recherche sauvegardée dans «PubMed Searches» Sauvegarder définitivement des références d articles dans ma collection «PubMed Collections» Sauvegarder ces propres articles dans «PubMed Bibliography» Se créer un compte My NCBI Sauvegarder une requête Après une recherche dans PubMed, cliquer sur My NCBI dans le menu à gauche 1- s'identifier avec login et mot de passe 2- cliquer sur Sign in 3- aller dans le menu History et sélectionner la requête à sauvegarder, en cliquant sur le n de la requête 3- sauvegarder la requête avec : save in My NCBI SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 15 sur 19

Attention : Ne pas utiliser les n des étapes de recherche pour sauvegarder une requête (#5 AND #8), car les informations de l historique s efface automatiquement au bout de 8 heures Relancer la requête avec les termes de recherche sous la forme développée avec les termes de la recherche : "Occupational Exposure"[Majr] AND "Air Pollution, Indoor/adverse effects"[majr] SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 16 sur 19

9. Sites complémentaires Entrez, the Life Sciences Search Engine Système de recherche croisée dans les différentes bases du NCBI : permet d obtenir des indications sur le nombre d occurrences trouvées dans chaque base Accès direct : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/ Nucleotide : recherche de nucléotides dans GenBank Protein : séquences protéiques Génome : références et données sur le génome Structure : Molecular Modeling Database structure 3D PMC PubMed Central : accès aux articles accessibles en texte intégral via PubMed Journals : base de données des journaux de toutes les bases du NCBI Books : livres biomédicaux en ligne SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 17 sur 19

Medline Plus Site destiné à l information du grand public Accès direct : http://medlineplus.gov/ SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 18 sur 19

Specialized Information Services (SIS) Portail d'information spécialisée sur les ressources en toxicologie, santé environnementale, chimie, biomédecine, etc Accès direct : http://sis.nlm.nih.gov/ SF_Medline_2011.doc - Crée le 10/12/2009 Mis à jour le 25/11/2011 Page 19 sur 19