Formations du 3 au 7 juin et du 9 au 13 septembre. Michel Ndoumbé Nkeng, Irad, Douala, Cameroun. Christian Cilas, Cirad, Montpellier, France

Transcription

1 RAPPORT DE FORMATION Contrat de Désendettement et de Développement Programme d Appui à la Recherche 2013 Techniques de collecte, de traitement statistique et d analyses factorielles multivariées, avec le logiciel R, de données issues d expérimentations agricoles Formations du 3 au 7 juin et du 9 au 13 septembre Michel Ndoumbé Nkeng, Irad, Douala, Cameroun Christian Cilas, Cirad, Montpellier, France

2 Ce rapport a été élaboré dans le cadre du Contrat de Désendettement et de Développement - Programme d'appui à la Recherche par Michel Ndoumbé Nkeng et Christian Cilas. Formations du 3 au 7 juin et du 9 au 13 septembre Techniques de collecte, de traitement statistique et d analyses factorielles multivariées, avec le logiciel R, de données issues d expérimentations agricoles. Cirad, Direction régionale en Afrique Centrale, 2013.

3 Sommaire INTRODUCTION... 4 PREMIERE SESSION DE FORMATION JUIN Objectifs de la formation... 5 Déroulement de l atelier... 5 > Les participants... 5 > Démarche pédagogique... 5 Résultats obtenus... 6 Conclusion et recommandations... 6 DEUXIEME SESSION DE FORMATION SEPTEMBRE Objectifs de la formation... 8 Déroulement de l atelier... 8 > Les participants... 9 > Démarche pédagogique... 9 Résultats obtenus... 9 Conclusion et recommandations ANNEXES Annexe 1. Liste des participants à la première session de formation Annexe 2. Chronogramme détaillé du premier atelier Annexe 3. Liste des participants à la deuxième session de formation Annexe 4. Chronogramme détaillé du second atelier Annexe 5. Liste des abréviations d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 3

4 Introduction Il est généralement reconnu que la recherche est la pierre angulaire du développement technologique. Dans cette recherche, celle agronomique est l un des principaux facteurs de l amélioration de la production alimentaire mondiale des trente dernières années. Au Cameroun comme dans tous les pays en voie de développement, les progrès technologiques en agriculture sont, en grande partie, tributaires des résultats de la recherche agronomique. Ces progrès contribuent à l accroissement de la production alimentaire et des revenus des paysans, participant ainsi à la lutte contre la pauvreté. La recherche agronomique procède par expérimentation ou par des enquêtes dans la recherche des solutions aux problèmes de production. Les données ainsi collectées doivent ensuite être analysées et interprétées. Malheureusement, du fait de leur capacité limitée à effectuer les analyses statistiques de ces données collectées sur le terrain, les chercheurs ont assez souvent beaucoup de mal à publier les résultats des travaux de recherche dans les revues scientifiques. Dans le but d assurer une mise à niveau de ces scientifiques en matière de maîtrise d utilisation de logiciel de traitement et d analyses statistiques des données, l équipe de coordination des projets C2D PAR a organisé une première session de formation intitulée «Techniques de collecte et de traitement statistique», avec le logiciel R, des données issues d expérimentations agricoles». Le présent rapport fait état, dans une première partie, du déroulement des travaux et de quelques recommandations formulées lors de cette session. Suite à ce premier atelier, une des recommandations formulées était l organisation d une autre session de formation, portant sur des modules statistiques plus avancés. C est dans ce cadre que s est inscrit une deuxième session de formation du 9 au 13 septembre Outre la présence du biostatisticien Irad, les participants ont également bénéficié de la présence d un biostatisticien senior du Cirad, avec qui l atelier a été co-animé. Le présent rapport fait état, dans une seconde partie, du déroulement des travaux et de quelques recommandations formulées à l issue de cette seconde session de formation. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 4

5 Première session de formation - juin 2013 Objectifs de la formation L objectif général de la formation était de fournir aux chercheurs impliqués, les outils méthodologiques nécessaires pour affiner leurs protocoles d essais ou d enquête et mieux traiter les données qui en sont issues. De manière spécifique, il s est agi de : Parcourir les principes généraux d expérimentation agricole et d enquête. Effectuer et interpréter quelques techniques classiques d analyses statistiques. Familiariser les chercheurs à l utilisation d un logiciel spécialisé d analyses statistiques (R). Déroulement de l atelier L atelier s est déroulé durant cinq jours consécutifs, du 3 au 7 juin Les horaires de travail allaient de 9h00 à 17h00. Chacune des journées était ponctuée par deux pauses (10h30 11h00, 13h00-14h00). La première journée de la formation, présidée par le directeur général adjoint de l Irad accompagné du représentant du directeur régional du Cirad, a commencé par un partage des termes de référence. Cet exercice s est effectué en deux phases successives : Présentation de l orientation et contenu de l atelier. Présentation de la démarche pédagogique. A partir du deuxième jour, les travaux commençaient par une restitution de la journée précédente, faite par les participants. > Les participants Il y a eu 17 participants, représentant neuf projets, notamment les projets «Plantain», «Manioc», «Pomme de terre», «Sorgho», «Riz», «Légumineuses», «Horticulture», «Agroforesterie», et «Volaille» (cf. figure 1). 18 % des participants étaient de sexe féminin. L absence des membres du projet «Agrosystèmes du Nord» a été déplorée. La modération et l animation de l atelier ont été assurées par Michel Ndoumbé Nkeng, biométricien. (cf. liste des participants en annexe 1) > Démarche pédagogique Pendant la formation, le consultant a alterné exposés théoriques et travaux pratiques. Au cours des travaux pratiques, les participants ont travaillé chacun sur leur poste. Les participants ont été responsabilisés par projet pour prendre des notes afin d élaborer le compte rendu le lendemain et de s assurer du respect du timing. Les exposés des restitutions journalières ont servi au consultant de moyen d évaluation progressive du degré de maîtrise des connaissances acquises. Les divers exposés du consultant ont été progressivement remis aux participants. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 5

6 Une évaluation a permis un examen de la formation à la fin de la session. Elle a consisté à emmener les formés à porter un jugement sur la pertinence des thèmes, la démarche pédagogique et le degré d assimilation. En fin de formation, des attestations ont été remises aux participants. Résultats obtenus À l issue de cet atelier, les résultats suivants ont été obtenus : Les participants se sont approprié les notions de principes généraux d expérimentation et d enquête. Les participants se sont davantage familiarisés à l utilisation du logiciel d analyses statistiques R. Les participants des sont familiarisés aux notions de traitement de base des données, notamment : - Mise en forme et apurement des données. - Transfert des données vers le logiciel R. - Statistique descriptive (techniques graphiques et résumés numériques). - Analyse de régressions. - Analyse de variance et tests de comparaisons des moyennes. - Analyse de covariance. Conclusion et recommandations Au vu des résultats de l évaluation par les participants, il est possible d affirmer que les travaux de cet atelier se sont bien déroulés. L ambiance était cordiale et détendue. Les 6 objectifs liés à cette formation ont été atteints. Les participants ont jugé les méthodes pédagogiques très satisfaisantes. Ils ont loué le professionnalisme du formateur dont l approche était active, participative et instructive. Ils ont, pour la plupart, apprécié le fait d avoir insisté sur l étape de mise en forme des données avec MS EXCEL, pratique qui leur permettait d avoir un aperçu global des données, préalable aux analyses statistiques proprement dites. La disponibilité d une connexion Internet dans la salle de formation a été grandement appréciée. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 6

7 Certains participants ont néanmoins eu à déplorer l environnement de travail, qu ils n ont pas trouvé adéquat tant au niveau de l espace (salle jugée petite pour le nombre de participants) que de la climatisation. D autres participants ont estimé que le formateur était par moments très rapide dans les explications. Du fait de la proximité du lieu de formation avec les bureaux des chercheurs locaux, certains ont souvent dus être sollicités pour d autres services. De façon générale, les participants ont émis le vœu que ce genre d expérience puisse se renouveler. A l issue de cet atelier, les recommandations suivantes peuvent être formulées : Pour capitaliser les notions acquises au cours de cette formation, il serait nécessaire qu à court terme, un autre atelier soit organisé avec les mêmes participants, pour aborder des modules plus avancés, notamment ceux relatifs aux techniques d analyses factorielles multivariées (analyses en composantes principales, analyse factorielle des correspondances, classification ascendante hiérarchique et analyse discriminante) et/ou au modèle linéaire généralisé. Il serait souhaitable que le prochain atelier se tienne hors des locaux de l Irad, voire hors de la ville de Yaoundé, pour que tous les participants puissent pleinement se consacrer à la formation proprement dite. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 7

8 Deuxième session de formation - septembre 2013 Objectifs de la formation L objectif général de cette deuxième session de formation était de familiariser les chercheurs à la pratique des techniques d analyses factorielles multivariées afin de mieux valoriser les données issues d enquêtes ou d expérimentations agricoles. De manière spécifique, il s est agi de : Parcourir les principes généraux d expérimentation agricole et d enquête. Effectuer et interpréter quelques techniques classiques d analyses statistiques. Familiariser les chercheurs à l utilisation d un logiciel spécialisé d analyses statistiques, R. Déroulement de l atelier L atelier s est déroulé durant cinq jours consécutifs, du 9 au 13 septembre Les horaires de travail allaient de 9h00 à 17h00. Chacune des journées était ponctuée par deux pauses (10h30 11h00, 13h00-14h00). La première journée de la formation, co-présidée par le directeur régional du Cirad et le directeur général adjoint de l Irad, a commencé par un partage des termes de référence, sur le même principe que celui suivi lors de la première formation. Par la suite, le déroulement de cet atelier s est reposé les mêmes bases que celles du précédent atelier ayant eu lieu en juin. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 8

9 > Les participants Il y a eu 12 participants, représentant les dix projets C2D-PAR, notamment les projets «Plantain», «Manioc», «Pomme de terre», «Sorgho», «Riz», «Légumineuses», «Horticulture», «Agroforesterie», «Volaille», et «Agrosystèmes du Nord» (cf. figure 1), avec 25% des participants du genre féminin. La formation a été assurée par Dr Christian Cilas (biométricien Cirad) et Dr Michel Ndoumbe Nkeng (biométricien Irad). (cf. liste des participants en annexe 3). > Démarche pédagogique La démarche pédagogique de cette formation est en tout point identique à celle de la formation précédente (cf. page 5 ci-dessus). Résultats obtenus À l issue de cet atelier, les participants sont capables de : Effectuer et interpréter une analyse en composantes principales (Principal Component Analysis). Effectuer et interpréter une analyse des correspondances (Correspondance analysis). Effectuer et interpréter une analyse discriminante (Discriminant analysis). Effectuer et interpréter une analyse de classification ascendante hiérarchique (Cluster analysis). Les participants se sont également davantage familiarisés à l utilisation du logiciel d analyses statistiques R, logiciel statistique libre et gratuit. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 9

10 Conclusion et recommandations Tout comme lors de l atelier tenu au mois de juin, il est possible d affirmer au vu des résultats de l évaluation par les participants, que les travaux de cet atelier se sont bien déroulés ; l ambiance était cordiale et détendue ; les objectifs liés à cette formation ont été atteints. Les participants ont globalement trouvé l environnement de travail calme et convivial. Les méthodes pédagogiques et le contenu de la formation ont été jugés très satisfaisants. Certains participants ont néanmoins eu à déplorer le cadre de travail qu ils ont trouvé restreint, avec une connexion Internet pas toujours satisfaisante. D autres participants ont estimé que, lors des exposés théoriques, les formateurs étaient par moments très rapides. Pour d autres encore, la partie du cours sur l analyse spatiale leur a paru superflue. Les formateurs ont exprimé leur disponibilité à répondre aux sollicitations éventuelles des participants. A l issue de cet atelier, la principale recommandation formulée est que les participants présentent à leurs équipes respectives et aux autres membres des projets ce qu ils ont appris durant ces sessions de formation. Ceci les amènerait, non seulement à revisiter de fond en comble les notions acquises, mais aussi à partager ces connaissances avec leurs autres collègues. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 10

11 Annexes 1. Liste des participants à la première session de formation. 2. Chronogramme détaillé du premier atelier. 3. Liste des participants à la deuxième session de formation. 4. Chronogramme détaillé du second atelier. 5. Liste des abréviations. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 11

12 Annexe 1. Liste des participants à la première session de formation d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 12

13 Annexe 2. Chronogramme détaillé du premier atelier Horaires Journée H00-10H30 Inscription des participants. Partage des TDR. Désignation des rapporteurs. Mot DR/Cirad. Mot d ouverture (DG/Irad). Restitution jour 1. Principes généraux d expérimentation. Rappel de quelques dispositifs expérimentaux classiques. Restitution jour 2. Mise en forme des données et transfert vers le logiciel R. Restitution jour 3. Test d indépendance de deux caractères qualitatifs. Restitution jour 4. Statistique inférentielle: Comparaison des moyennes de 2 échantillons indépendants. 10H30 11H00 11H00 13H00 13H00 14H00 Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café Présentation générale de la problématique de l harmonisation du système de traitement des données issues des essais. Rappel de quelques dispositifs expérimentaux classiques (suite). Statistique descriptive: Techniques graphiques. Statistique inférentielle: Comparaison des moyennes de 2 échantillons indépendants. Statistique inférentielle: Comparaison des moyennes de plus de 2 échantillons (ANOVA 1). Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner 14H00 17H00 Installation et présentation du logiciel spécialisé d analyses statistiques R. Elaboration d un dictionnaire des données et d un masque de saisies. Statistique descriptive : Résumés numériques. Statistique inférentielle : Analyse de corrélation et de régression linéaire. Analyse des résidus. Synthèse formation. Evaluation de l atelier. Fin de l atelier. NB : Tous les exercices pratiques se feront avec le logiciel R. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 13

14 Annexe 3. Liste des participants à la deuxième session de formation d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 14

15 Annexe 4. Chronogramme détaillé du second atelier Horaires 9H00-10H30 10H30 11H00 11H00 13H00 13H00 14H00 Journée Inscription des participants. Partage des TDR. Désignation des rapporteurs. Mot DR/Cirad. Mot d ouverture (DG/Irad). Restitution jour 1. Analyse bivariée: Analyse des corrélations. Restitution jour 2. Test d indépendance de deux caractères qualitatifs. Analyse factorielle des correspondances (AFC). Restitution jour 3. Classification ascendante hiérarchique (CAH). Restitution jour 4. Introduction aux techniques d analyse spatiale (notions de géostatistique). Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café Pause-café Rappel des notions de Statistique descriptive. Analyse en composantes principales (ACP). Analyse factorielle des correspondances (AFC). Classification ascendante hiérarchique (CAH). Synthèse formation. Evaluation de l atelier. Fin de l atelier. Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner Pause déjeuner 14H00 17H00 Rappel Statistique descriptive : techniques graphiques et résumés numériques. Analyse en composantes principales (ACP). Analyse factorielle des correspondances multiples (ACM). Introduction à l analyse discriminante (AD). NB : Tous les exercices pratiques se feront avec le logiciel R. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 15

16 Annexe 5. Liste des abréviations ACP, Analyse en composantes principales. ACM, Analyse factorielle des correspondances multiples. AD, Analyse discriminante. AFC, Analyse factorielle des correspondances. ANOVA, Analyse de la variance. C2D, Contrat de désendettement et de développement. CAH, Classification ascendante hiérarchique. CIRAD, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement. DG, Directeur général. DR, Directeur régional. IRAD, Institut de recherche agricole pour le développement. PAR, Programme d appui à la recherche. SAF, Système agroforestier. TDR, Termes de références. d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 16

17 NOTES d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 17

18 d expérimentations agricoles. Sessions 3-7 juin et 9-13 septembre M. Ndoumbé Nkeng (Irad), C. Cilas (Cirad). 18

19

20 Direction régionale Afrique centrale Rue Joseph Elig Essono Balla Yaoundé, Cameroun Tél. :