Développement d une architecture de type GRID pour l analyse des données d expression biologiques

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Gérard Juneau
il y a 8 ans
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1 Développement d une architecture de type GRID pour l analyse des données d expression biologiques O. Delemar, T. Vermat, F. Paillier & M. Deleeuw GENOME express FuturVIEW 2

2 ntexte biologique : nome et ADN Séquençage AGCTTCGACGTCATACGTCCATGGGCATAATGCATCC Les chromosomes : support de l information génétique L ADN : molécule linéaire formée de 4 bases : l Adénine, la Cytosine, la Guanine et la Thymine On représente l ADN par une chaîne dans un alphabet de 4 lettres : A, C, G et T Chez l homme : 23 paires de chromosomes pour 3 milliards de bases

: l Adénine, la Cytosine, la Guanine et la Thymine On représente l ADN par une chaîne dans un

3 ntexte biologique : gène à la protéine Activation mosome nnées originales messager (transcrit) pie de travail Gène Transcription Traduction 1 n 1 Protéine n

4 ntexte biologique : xpression des gènes t 12 (tissu sain) malade) Gène A Gène B Gène C Gène D blème : Identifier un grand nombre de transcrits hez l homme, plusieurs milliers de gènes exprimés tude de transcrits A B C D État 1 x1 x2 x3 x6 État x1 x6 x3 x6

transcrits hez l homme, plusieurs milliers de gènes exprimés tude

5 CS scriminative Analysis of Clone Signatures équençage d ADN : connaître la succession exacte des bases association d une molécule fluorescente à chaque base 1 tube = 1 séquence ACS identifier un transcrit séquençage d une seule base 1 tube = 4 signatures

molécule fluorescente à chaque base 1 tube = 1 séquence ACS

6 CS alyse d expression Matrice de distances N N(N-1) 2 N signatures comparaisons

7 CS mparaison de signatures Corrélogramme Score

8 e architecture de type GRID

9 e architecture de type GRID

10 GRID oix technologique Multi plateforme Traitement de signal LabVIEW Prototypage rapide Communications

11 GRID héma de communication plication RID

12 GRID héma de communication plication RID Création Annonce

13 GRID héma de communication plication FTP RID Load

14 GRID héma de communication plication RID

15 GRID héma de communication plication RID

16 GRID e globale plication RID

17 GRID e globale plication RID

18 ID nonces Annonce

19 sultats 34 s, 1500 signatures 12 heures de calcul 2 semaines sur un seul processeur Encore insuffisant 10 fois plus de signatures => 100 fois plus de comparaisons Capacité totale : 64 processeurs Optimiser la partie «atomique» du calcul

plus de signatures => 100 fois plus de comparaisons

20 ID ntrôles plication LOG file LOG file RID LOG file

21 nclusion Prototype Faisabilité du projet Exploitation de la puissance de calcul Améliorations Optimisation des comparaisons de signatures Souplesse et robustesse du GRID

22 Worke turversion plication 1 GRID M TCP Worke plication 2 TCP Worke

23 turlabview A quand un GRID Developers Toolkit pour LabVIEW?

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