CATALOGUE DES PRESTATIONS DE LA
|
|
- Valentine Dumas
- il y a 8 ans
- Total affichages :
Transcription
1 1/23
2 La plate-forme Biopuces et Séquençage de Strasbourg est équipée des technologies Affymetrix et Agilent pour l étude du transcriptome et du génome sur puces à ADN. SOMMAIRE ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE... 3 ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE SUR PUCE 3 EUCARYOTE AFFYMETRIX... 4 ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE SUR PUCE EXON 1.0 ST AFFYMETRIX... 7 ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE SUR PUCE GENE 1.0 ST AFFYMETRIX ANALYSE DES VARIATIONS DE L ADN GENOMIQUE GENOTYPAGE DE SNP SUR PUCE AFFYMETRIX HYBRIDATION GENOMIQUE COMPARATIVE (CGH) SUR PUCE AGILENT ANALYSE DES SITES DE LIAISON DE PROTEINES REGULATRICES SUR L ADN ANALYSE DES PRODUITS D'IMMUNOPRECIPITATION CHROMATINIENNE SUR PUCE AGILENT (ChIP-on-Chip) CONTACT Plate-forme Biopuces et Séquençage de Strasbourg IGBMC 1 rue Laurent Fries ILLKIRCH Cedex Dr Philippe Kastner Tél: kastner@igbmc.fr www-microarrays.u-strasbg.fr 2/23
3 ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE PRESTATIONS STANDARD Pour l étude de l expression génique, notre plate-forme propose un service pour l ensemble des solutions clé en main de la Société Affymetrix. Trois lignes de produits sont actuellement disponibles : Les puces «3» eucaryotes Affymetrix : Ces puces pan-génomiques constituent la première génération des puces d expression Affymetrix et sont disponibles pour une trentaine d espèces différentes. Elles contiennent des oligonucléotides de 25-mer qui interrogent la région 3 des transcrits, proche de la queue poly A (~600 bases). Les puces «Exon» Affymetrix : Ces puces, commercialisées depuis fin 2005 ont une densité 5 fois supérieure aux puces «3». Elles permettent d explorer simultanément l expression génique et les patterns d épissage alternatif à l échelle du génome sur une seule puce. Elles interrogent plus d un million d exons dans les régions transcrites connues, mais aussi prédites. Affymetrix propose des puces «Exon» pour l homme, le rat et la souris uniquement. Les puces «Gene» Affymetrix: Dernières nées des puces d expression Affymetrix, ces puces sont destinées à mesurer l activité transcriptionnelle totale des gènes les mieux annotés chez l homme, la souris ou le rat en utilisant des oligonucléotides distribués sur toute la longueur des transcrits. De part leur prix attractif, elles représentent un outil avantageux pour les nouveaux utilisateurs de puces à ADN ou pour ceux souhaitant augmenter le nombre de réplicats biologiques dans leurs expériences. PRESTATIONS A LA CARTE En complément de ces prestations standard et pour répondre à des besoins spécifiques, nous pouvons adapter les protocoles existants ou réaliser des projets en utilisant d autres technologies. Ainsi par le passé, nous avons conduit des analyses transcriptionnelles sur des puces procaryotes à façon Affymetrix, sur des puces d expression de la Société Agilent ou sur des puces à oligonucléotides spottées sur lames de verre. Nous collaborons également fréquemment avec des équipes de recherche pour développer de nouvelles applications. Les produits en cours d évaluation actuellement sur notre plate-forme concernent l analyse des mirna sur puces Agilent. 3/23
4 ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE SUR PUCE 3 EUCARYOTE AFFYMETRIX Les puces «3» eucaryotes Affymetrix utilisent des ARNc biotinylés comme sonde dans une hybridation à une couleur où chaque échantillon à comparer est hybridé sur une puce distincte. Notre plate-forme prend en charge l ensemble des étapes depuis la validation des ARN totaux jusqu à l extraction des données d expression des images de puces. 1. GENECHIP 3 EXPRESSION ARRAYS Sur ces puces à haute densité, chaque transcrit est interrogé par un set de 11 à 16 paires d oligonucléotides distinctes. Les oligonucléotides d une longueur de 25-mer sont dirigés préférentiellement contre la région 3 des messagers, proche de la queue polya. Chaque paire d oligonucléotides est constituée d un oligonucléotide «perfect match» complémentaire à la séquence d intérêt et d un oligonucléotide «mismatch» identique au «perfect match» correspondant, à l exception de la base centrale qui a été mutée. L oligonucléotide «mismatch» sert à détecter et éliminer le signal non spécifique. Le tableau ci-dessous résume les caractéristiques générales de quelques unes des puces Affymetrix utilisées par la plate-forme à ce jour. Pour une liste exhaustive des puces ou pour de plus amples informations, veuillez consulter le site web GeneChip Arrays Human Genome U133 Plus 2.0 Array Mouse Genome Array Rat Genome Array Arabidopsis ATH1 Genome Array Drosophila Genome 2.0 Array Conditionnement 2, 6, 30 2, 6, 30 2, 6, 30 5, 30 2, 6, 30 Nombre de transcrits interrogés ~47400 ~39000 ~30000 ~24000 ~18500 Nombre de gènes interrogés ~38500 ~34000 ~28000 n/a n/a Nombre de sets d oligonucléotides >54000 >45000 >31000 > Source principale des séquences Paires d oligonucléotide/ transcrit interrogé GenBank, dbest, RefSeq, UniGene Database Build133, 04/2001 GenBank, dbest, RefSeq, UniGene Database Build107, 06/2002 GenBank, dbest, RefSeq, UniGene Database Build99, 06/2002 TIGR-ATH1 Data base, 12/2001 D. melanogaster genome Release 3.1 de FlyBase et BDGP /23
5 2. SERVICES PROPOSES Quantification et validation des ARN totaux par spectrophotométrie et électrophorèse capillaire Synthèse d ARNc biotinylés Hybridation, lavage et scanning des puces Extraction des données, normalisation et calcul du signal avec les algorithmes statistiques d Affymetrix (version MAS 5.0) et/ou les algorithmes Robust Multiarray Average (RMA) à l aide du logiciel «Expression Console» d Affymetrix L analyse des transcrits différentiellement exprimés entre groupes expérimentaux qui requiert l utilisation d outils additionnels n est pas prise en charge dans la prestation standard. Elle peut néanmoins être réalisée sous la forme de collaboration avec des membres des plate-formes ou des équipes de recherche de l IGBMC. 3. ECHANTILLONS DE DEPART Le succès final de l expérience est étroitement lié à la qualité des échantillons d ARN totaux de départ. Un soin tout particulier doit être pris pour éviter toute trace de contamination (phénol, DEPC, ADN génomique ) ou de dégradation. Quantité Concentration Caractéristiques des ARN totaux à fournir Quantité optimale : 600 à 1000 ng Quantité minimale : 20 à 50 ng ng/ul DO260/DO280 1,8 Qualité Réplicats biologiques Conditions d envoi Absence de signe de dégradation sur un gel d agarose ou Ratio 28S/18S 1,6 et/ou RIN 6 sur un profil du Bioanalyzer d Agilent Nombre recommandé : 5 Nombre minimal : 3 En solution dans de l eau sur de la carboglace Les tubes doivent être bien identifiés et accompagnés d une fiche descriptive avec la concentration et le volume total de chaque ARN 5/23
6 4. CONTROLES QUALITE Qualité des ARNc synthétisés Rendement Taille moyenne Ratio des intensités 3 /5 des gènes contrôles (actine, GAPDH ) 30 µg à partir de 250 ng d ARN total nt 3-4 Qualité des hybridations ARNc procaryote BioB (0.75 pm) ARNc procaryotes BioC (2.5 pm), BioD (12.5 pm), Cre (50 pm) «Présent» dans 50% des échantillons «Présent» dans 100% des échantillons Bruit de fond moyen 150 bruit (variation de pixel à pixel) 4 Pourcentage de gènes détectés Intensité globale des puces 20-30% et ne variant pas plus de 10 à 15% entre des échantillons biologiques équivalents ne variant pas plus de 2 à 3 fois entre des échantillons biologiques équivalents 5. LIVRAISON DES RESULTATS A la fin de son projet, le client reçoit sous forme électronique (sur DVD) : Une copie de l ensemble des données brutes Affymetrix (fichiers.xml,.dat,.cel,.chp) Une copie des données d expression (fichier.chp) au format Excel Un document résumant l ensemble des contrôles qualité effectués lors du projet 6/23
7 ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE SUR PUCE EXON 1.0 ST AFFYMETRIX Les puces «Exon» Affymetrix utilisent des ADNc simple brin biotinylés comme sonde dans une hybridation à une couleur où chaque échantillon à comparer est hybridé sur une puce distincte. Notre plate-forme prend en charge l ensemble des étapes depuis la validation des ARN totaux jusqu à l extraction des données d expression avec les outils Affymetrix. 1. GENECHIP EXON 1.0 ST ARRAYS Ces puces qui contiennent de 4 à 5.5 millions d oligonucléotides, permettent de mesurer le niveau d expression non seulement des transcrits mais aussi des exons individuellement. La plupart des exons d une taille > 25 pb sont représentés sur la puce par au moins une probe set. Les probe sets sont constituées de 4 oligonucléotides «perfect match» de 25- mer en moyenne, pour un total de >30 oligonucléotides pour la majorité des transcrits. Les sondes ont été conçues à partir de séquences génomiques. Elles sont annotées avec leurs coordonnées génomiques et leur appartenance aux transcrits et exons connus ou prédits. Les probe sets ont été classifiées en fonction du niveau de confiance de leur annotation (Core set : sondes basées sur les séquences d ADNc, Extended set : Core set + sondes basées sur les séquences d EST, Full set : Extended set + sondes basées sur les séquences prédites). Les utilisateurs peuvent aisément choisir d analyser leurs données à l un ou l autre des 3 degrés d annotation des probe sets, au niveau des transcrits et/ou des exons. Le tableau ci-dessous résume les caractéristiques générales des puces «Exon» Affymetrix. Pour de plus amples informations, veuillez consulter le site web GeneChip Arrays Human Exon 1.0 ST array Mouse Exon 1.0 ST array Rat Exon 1.0 ST array Conditionnement 2, 6, 30 2, 6, 30 2, 6, 30 Nombre total de probe sets 1.4 million 1.2 million 1.0 million Nombre total d exon clusters Nombre total de transcrit clusters Source principale des séquences >1 million ~1 million ~ 850,000 > > > Juillet 2003 (GenBank, dbest, RefSeq, UCSC genome synteny maps, Ensembl, GENSCAN ) Mai 2004 (GenBank, dbest, RefSeq, UCSC genome synteny maps, Ensembl, GENSCAN ) Juin 2003 (GenBank, dbest, RefSeq, UCSC genome synteny maps, Ensembl, GENSCAN ) 7/23
8 2. SERVICES PROPOSES Quantification et validation des ARN totaux par spectrophotométrie et électrophorèse capillaire Synthèse d ADNc biotinylés Hybridation, lavage et scanning des puces Extraction des données, normalisation et calcul du signal avec les algorithmes Robust Multiarray Average (RMA) pour les sondes du Core set au niveau des transcrits et des exons, à l aide du logiciel «Expression Console» d Affymetrix L analyse des transcrits ou des exons différentiellement exprimés entre groupes expérimentaux qui requiert l utilisation d outils commerciaux additionnels tels que Array Assist de Stratagene, Xray de Biotics System ou Genomic suite de Partek, n est pas prise en charge dans la prestation standard. Elle peut néanmoins être réalisée sous la forme de collaboration avec des membres des plate-formes ou des équipes de recherche de l IGBMC. 3. ECHANTILLONS DE DEPART Le succès final de l expérience est étroitement lié à la qualité des échantillons d ARN totaux de départ. Un soin tout particulier doit être pris pour éviter toute trace de contamination (phénol, DEPC, ADN génomique ) ou de dégradation. Quantité Concentration Caractéristiques des ARN totaux à fournir Quantité optimale : 5 à 7 μg Quantité minimale : 1 à 2 μg 600 ng/μl DO260/DO280 1,8 Qualité Réplicats biologiques Conditions d envoi Absence de signe de dégradation sur un gel d agarose ou Ratio 28S/18S 1,6 et/ou RIN 6 sur un profil du Bioanalyzer d Agilent Nombre recommandé : 5 Nombre minimal : 3 En solution dans de l eau sur de la carboglace Les tubes doivent être bien identifiés et accompagnés d une fiche descriptive avec la concentration et le volume total de chaque ARN 8/23
9 4. CONTROLES QUALITE Qualité des sondes synthétisées Rendement de la synthèse d ARNc Taille moyenne des ARNc Rendement de la synthèse d ADNc simple brin 20 μg à partir de 2 μg d ARN total nt 5.5 μg à partir de 8 à 10 μg d ARNc Qualité des hybridations Intensités des sondes bactériennes contrôles poly-adénylées ajoutées aux Ilys<Iphe<Ithr<Idap échantillons avant synthèse Intensités des sondes procaryotes contrôles ajoutées aux échantillons IBioB< IBioC<IBioD<ICre avant hybridation Pos vs Neg auc 0.80 Pourcentage de gènes détectés 20-30% et ne variant pas plus de 10 à 15% entre des échantillons biologiques équivalents 5. LIVRAISON DES RESULTATS A la fin de son projet, le client reçoit sous forme électronique (sur DVD) : une copie des données brutes Affymetrix à l exception des fichiers DAT (fichiers.xml,.cel,.chp) Une copie des résultats d expression au format.txt Un document résumant l ensemble des contrôles qualités effectués lors du projet. 9/23
10 ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE SUR PUCE GENE 1.0 ST AFFYMETRIX Les puces «Gene» Affymetrix utilisent des ADNc simple brin biotinylés comme sonde dans une hybridation à une couleur où chaque échantillon à comparer est hybridé sur une puce distincte. Notre plate-forme prend en charge l ensemble des étapes depuis la validation des ARN totaux jusqu à l extraction des données d expression. 1. GENECHIP GENE 1.0 ST ARRAYS Les puces «Gene» bénéficient d un design simplifié utilisant les informations de séquences génomiques les plus récentes. Chaque gène est interrogé par un seul set de 26 oligonucléotides «perfect-match» en moyenne. Ces oligonucléotides de 25-mer sont distribués sur toute la longueur du locus génomique. Lors de l analyse, leurs signaux sont compilés en une seule valeur représentant tous les transcrits d un même gène. Le tableau ci-dessous résume les caractéristiques générales des puces «Gene» Affymetrix. Pour de plus amples informations, veuillez consulter le site web GeneChip Arrays Human Gene 1.0 ST array Mouse Gene 1.0 ST array Rat Gene 1.0 ST array Conditionnement 2, 6, 30 2, 6, 30 2, 6, 30 Nombre total d oligonucléotides Nombre de gènes interrogés ~28869 ~28853 ~27342 Assemblage du génome Mars 2006 (UCSC Hg18 ; NCBI build 36 Fev (UCSC mm8 ; NCBI build 36 Nov (UCSC rn4 ; Baylor HGSC build SERVICES PROPOSES Quantification et validation des ARN totaux par spectrophotométrie et électrophorèse capillaire Synthèse d ADNc biotinylés Hybridation, lavage et scanning des puces Extraction des données, normalisation et calcul du signal avec les algorithmes Robust Multiarray Average (RMA) à l aide du logiciel «Expression Console» d Affymetrix L analyse des transcrits différentiellement exprimés entre groupes expérimentaux qui requiert l utilisation d outils additionnels n est pas prise en charge dans la prestation standard. Elle peut néanmoins être réalisée sous la forme de collaboration avec des membres des plate-formes ou des équipes de recherche de l IGBMC. 10/23
11 3. ECHANTILLONS DE DEPART Le succès final de l expérience est étroitement lié à la qualité des échantillons d ARN totaux de départ. Un soin tout particulier doit être pris pour éviter toute trace de contamination (phénol, DEPC, ADN génomique ) ou de dégradation. Quantité Concentration Caractéristiques des ARN totaux à fournir Quantité optimale : 600 à 1000 ng Quantité minimale : 100 à 250 ng 50 ng/μl DO260/DO280 1,8 Qualité Réplicats biologiques Conditions d envoi Absence de signe de dégradation sur un gel d agarose ou Ratio 28S/18S 1,6 et/ou RIN 6 sur un profil du Bioanalyzer d Agilent Nombre recommandé : 5 Nombre minimal : 3 En solution dans de l eau sur de la carboglace Les tubes doivent être bien identifiés et accompagnés d une fiche descriptive avec la concentration et le volume total de chaque ARN 4. CONTROLES QUALITE Qualité des sondes synthétisées Rendement de la synthèse d ARNc Taille moyenne des ARNc Rendement de la synthèse d ADNc simple brin 20 μg à partir de ng d ARN total nt 5.5 μg à partir de 8 à 10 μg d ARNc 11/23
12 Intensités des sondes bactériennes contrôles polyadénylées ajoutées aux échantillons avant synthèse Intensités des sondes procaryotes contrôles ajoutées aux échantillons avant hybridation Qualité des hybridations Pos vs Neg auc 0.80 [all probe set rle mean]max [all probe set rle mean]min All probeset mad-residual mean 0.65 Ilys<Iphe<Ithr<Idap IBioB< IBioC<IBioD<ICre 0.3 entre des échantillons biologiques équivalents 5. LIVRAISON DES RESULTATS A la fin de son projet, le client reçoit sous forme électronique (sur DVD) : une copie de l ensemble des données brutes Affymetrix (fichiers.xml,.dat,.cel,.chp) Une copie des résultats d expression au format Excel Un document résumant l ensemble des contrôles qualités effectués lors du projet. 12/23
13 ANALYSE DES VARIATIONS DE L ADN GENOMIQUE PRESTATIONS STANDARD Notre plate-forme propose deux types de technologies distinctes pour l analyse des variations de l ADN génomique : les puces de cartographie (ou puce SNP) de la Société Affymetrix et les puces à hybridation génomique comparative (CGH) de la Société Agilent. Les puces de Cartographie Affymetrix: Leur application première est le génotypage des polymorphismes à simple nucléotide (SNP). Cependant, à haute densité, elles peuvent être simultanément mises à profit pour cartographier les gains et les pertes de régions chromosomiques. Les GeneChip Mapping 10K 2.0 et 100K Array sets ont été abondamment mis à profit pour des études de liaison et d association, néanmoins, Affymetrix recommande l utilisation du plus récent «GeneChip Mapping 500K Array Set pour ces applications. De même, si les GeneChip Mapping 100K et 500K Array sets ont été utilisés avec succès pour les analyses de variation du nombre de copies, Affymetrix préconise l utilisation de leur nouvelle puce «Genome-Wide Human SNP Array 6.0» (ci-dessous) pour cette application. Les puces CGH Agilent: Elles sont destinées à mesurer les pertes et les gains de chromosomes ou de régions sub-chromosomiques. Elles contiennent des oligonucléotides de 50- à 60-mer localisés à des positions connues du génome dans les régions codantes et non codantes. Les puces sont disponibles en 3 formats qui se distinguent respectivement, par le nombre d oligonucléotides synthétisés par array (44 000, ou ) et le nombre d arrays par lame (4, 2 ou 1). PRESTATIONS A LA CARTE En complément de ces prestations standard, nous pouvons effectuer des prestations à la carte afin de fournir les outils les mieux adaptés à vos recherches. A titre d exemple, par le passé, nous avons réalisé des analyses de variation du nombre de copie des gènes chez la levure, sur des puces d expression Affymetrix et sur des puces CGH à façon Agilent. Depuis mi-2008, Affymetrix commercialise une nouvelle puce contenant plus de 1,8 million de marqueurs dont 906,600 SNPs et 946,000 sondes non polymorphiques («Genome- Wide Human SNP Array 6.0»). le personnel de notre plate-forme a été formé par Affymetrix pour l utilisation de ces puces et peut d ores et déjà réaliser des projets de génotypage et d analyse de variation du nombre de copies sur ces microarrays. 13/23
14 GENOTYPAGE DE SNP SUR PUCE MAPPING AFFYMETRIX La préparation des sondes à hybrider sur puce de cartographie fait intervenir une réduction de la complexité du génome via une digestion de l ADN génomique par une ou plusieurs enzymes de restriction, suivie d une amplification des fragments obtenus par PCR. Chaque échantillon d ADN à analyser est ensuite hybridé sur une puce distincte après fragmentation et marquage terminal à la biotine. Notre plate-forme prend en charge l ensemble des étapes depuis la validation des ADN génomiques de départ jusqu'à l extraction des données d hybridation. 1. GENECHIP MAPPING ARRAYS Sur les puces de cartographie, chaque SNP est interrogé par un set de 12 à 20 paires d oligonucléotides de 25-mer distinctes. Une paire est constituée d un oligonucléotide «perfect match» (PM) complémentaire à la séquence d intérêt et d un oligonucléotide «mismatch» (MM) identique au PM correspondant, à l exception de la base centrale qui a été mutée. L oligonucléotide MM est utilisé pour détecter et éliminer le signal non spécifique. Les 24 ou 40 oligonucléotides sont organisés en quartets interrogeant les deux allèles possibles sur l un des deux brins d ADN ou sur les deux. Le tableau ci-dessous résume les caractéristiques générales des puces de génotypage utilisées par notre plate-forme à ce jour. Pour de plus amples informations, veuillez consulter le site web Human Mapping Arrays Nb de puces Nb de SNPs interrogés Distance intermarqueur moyenne Hétérozygosité moyenne Mapping 10K 2.0 array kb 0.38 Mapping 100K set 2 x 50K* kb 0.30 Mapping 500K set 2 x 250K* kb 0.30 *Chaque puce du set peut être utilisée individuellement 2. SERVICES PROPOSES Quantification et validation des ADN génomiques par spectrophotométrie et électrophorèse sur gel d agarose Préparation des sondes d ADN biotinylées à partir d ADN génomique Hybridation, lavage et scanning des puces Extraction des données d hybridation avec les outils Affymetrix, «GeneChip Genotyping Analysis Software» (GTYPE) pour les puces 10K et «Genotyping Console» (GTC) pour les puces 50 et 250K. 14/23
15 3. ECHANTILLONS DE DEPART Caractéristiques des ADN génomiques à fournir Sang Sources validées par Affymetrix Méthodes d extraction validées par Affymetrix Quantité Concentration Qualité Conditions d envoi Lignées cellulaires Cellules dérivées de la muqueuse buccale Digestion SDS/Protéinase K, extraction phénol/chloroforme, ultra-purification et concentration sur microcon ou centricon (Millipore) QIAamp DNA Blood Maxi kit de Qiagen Quantité optimale : 1 µg Quantité minimale : 300 ng (par puce) ng/μl DO260/DO280 1,8 Absence de signe de dégradation sur un gel d agarose Affymetrix recommande une étape de nettoyage de tout ADN suspecté de contenir des contaminants par précipitation à l éthanol En solution dans du tampon TE réduit (0.1 mm EDTA ph 8.0, 10 mm Tris-HCl ph 8.0) ou en solution dans l eau Les tubes doivent être bien identifiés et accompagnés d une fiche descriptive avec la concentration et le volume total de chaque ADN 4. CONTROLES QUALITE Qualité des sondes d ADN marquées Rendement de la PCR 20 μg pour les puces 10K et 50K Taille des amplicons 90 μg pour les puces 250K nt pour les puces 10K nt pour les puces 50K Contrôles négatifs (sans ADN) effectués lors des étapes de digestion/ligation (T DL ) et de PCR (T PCR ) nt pour les puces 250K Absence de contaminant sur gel d agarose 15/23
16 Qualité des hybridations 4 oligonucléotides contrôles Affymetrix (2.5 à 7.5 pm) ajoutés avant hybridation Pourcentage de SNP génotypés «SNP calls rate» détectés dans tous les échantillons 92 pour la puce 10K 95 pour les puces 50K 93 pour les puces 250K 5. LIVRAISON DES RESULTATS : A la fin de son projet, le client reçoit sous forme électronique (sur DVD) : Une copie des données brutes Affymetrix (fichiers.xml,.cel,.chp et.cn) Une copie des résultats de génotypage et/ou de variation du nombre de copie au format.txt (fichier.chp,.cn) Un document résumant l ensemble des contrôles qualité effectués lors du projet 16/23
17 HYBRIDATION GENOMIQUE COMPARATIVE (CGH) SUR PUCE AGILENT Cette application mesure les variations du nombre de copies d ADN entre deux échantillons en utilisant un processus d hybridation à 2 couleurs. Pour chaque couple d ADN à analyser sur une même puce, l échantillon de référence et l échantillon expérimental sont marqués avec deux fluorochromes distincts. Le choix de la polarité du marquage est à définir lors du design de l expérience. La préparation des sondes fait intervenir une digestion des ADN génomiques par deux enzymes de restriction suivie d un marquage des fragments obtenus par amorçage aléatoire (random priming). Notre plateforme se propose de prendre en charge l ensemble des étapes depuis la validation des ADN génomiques de départ jusqu à l obtention des données normalisées. Une concertation préalable avec le personnel de la plate-forme concernant le design expérimental est hautement conseillée pour chaque projet traité. 1. OLIGO acgh MICRORRAYS La Société Agilent distribue des puces CGH de densité variable pour l homme, la souris et le rat. Elles contiennent des oligonucléotides de 50- à 60-mer synthétisés in situ par la technologie Inkjet SurePrint TM. Contrairement aux puces d expression génique, les oligonucléotides pour la CGH ne sont pas confinés à la région 3 des séquences exprimées mais peuvent aussi être localisés dans les régions introniques et intergéniques. Néanmoins, la sélection des sondes a été biaisée vers les gènes. Une attention particulière a été mise sur les gènes les mieux caractérisés, les promoteurs, les mirnas et les régions télomériques. Le tableau ci-dessous résume les caractéristiques générales des puces CGH humaines Agilent. Pour une liste exhaustive des puces ou pour de plus amples informations, veuillez consulter le site web CGH Arrays Human Genome CGH 244A Human Genome CGH 105A Human Genome CGH 44K Nb d arrays par lame Nb de séquences représentées Distance inter-oligo médiane 1 x 244K kb 2 x 105K kb 4 x 44K kb Assemblage du génome Mars 2006 (UCSC Hg18 ; NCBI build 36) Mars 2006 (UCSC Hg18 ; NCBI build 36) Mars 2006 (UCSC Hg18 ; NCBI build 36) 17/23
18 2. SERVICES PROPOSES Quantification et validation des ADN génomiques par spectrophotométrie et électrophorèse sur gel d agarose Marquage fluorescent des ADN génomiques Hybridation, lavage et scanning des puces Extraction et normalisation des données avec le logiciel «Feature Extraction» d Agilent Normalisation additionnelle avec un outil développé par notre plate-forme. L analyse des variations du nombre de copies d ADN par le logiciel «CGH Analytics» d Agilent ou par un outil équivalent n est pas prise en charge dans la prestation standard. Elle peut néanmoins être réalisée sous la forme de collaboration avec des membres des plate-formes ou des équipes de recherche de l IGBMC. 3. ECHANTILLONS DE DEPART Caractéristiques des ADN génomiques à fournir Lignées cellulaires Source validées par Agilent Tissus congelés Méthodes d extraction validées par Agilent Quantité Concentration DNeasy Blood and Tissue kit de Qiagen Quantité optimale : 3 µg Quantité minimale : 1.5 µg 200 ng/μl DO260/DO280 1,8 Qualité Conditions d envoi Absence de signe de dégradation sur un gel d agarose En solution dans de l eau Les tubes doivent être bien identifiés et accompagnés d une fiche descriptive avec la concentration et le volume total de chaque ADN 18/23
19 4. CONTROLES QUALITE Qualité des sondes d ADN marquées Taille des fragments de restriction 200 à 500 pb Rendement du marquage 5 μg >25 pmol/μg pour le marquage Cy3 Activité spécifique des sondes >20 pmol/μg pour le marquage Cy5 Qualité des hybridations Valeur du «derivative of log ratio» (DLR) 0.2 spread 5. LIVRAISON DES RESULTATS A la fin de son projet, le client reçoit un expliquant la démarche à suivre pour récupérer les données, téléchargeables sur le site FTP de notre plate-forme, et contenant des informations sur l analyse effectuée. Les données disponibles comprennent : Une copie de l ensemble des données brutes et normalisées issues de «Feature Extraction» au format.txt Une copie du fichier «Grid template» au format.xml décrivant l organisation des sondes sur la puce (nécessaire pour l analyse des données sur CGH analytics) Une copie du QC report généré par «Feature Extraction» au format.pdf 19/23
20 ANALYSE DES SITES DE LIAISON DE PROTEINES REGULATRICES SUR L ADN PRESTATIONS STANDARD La technologie que nous avons mise en œuvre pour l étude des sites de liaison de protéines telles que les facteurs de transcription, les histones ou les polymérases sur un génome cible est la technologie ChIP-on-Chip d Agilent. Cette Société propose des microarrays couvrant soit les génomes dans leur ensemble, soit uniquement les régions promotrices des gènes. Elle offre également un service en ligne (e-array) pour le design de puces à façon permettant de cibler les régions d intérêt à interroger. PRESTATIONS A LA CARTE Le récent développement du séquençage haut débit offre une nouvelle alternative pour l étude des sites de liaison de protéines régulatrices sur l ADN via la technique de ChIP- Seq. La plate-forme a récemment acquis le Système Genome Analyzer II de la Société Illumina et peut prendre en charge dès à présent vos projets de séquençage sur simple demande. 20/23
21 ANALYSE DES PRODUITS D'IMMUNOPRECIPITATION CHROMATINIENNE SUR PUCE AGILENT (ChIP-on-Chip) Le principe de cette application est de comparer via un processus d hybridation à 2 couleurs un couple d échantillons constitué d ADN génomique issu de chromatine immunoprécipitée avec un anticorps dirigé contre une protéine d intérêt et d ADN génomique contrôle, par exemple issu de chromatine totale (input). Pour chaque couple d échantillon à analyser sur une même puce, l IP (chromatine immuno-précipitée avec l anticorps) est marqué à la Cyanine 5 (Cy5) tandis que le contrôle est marqué avec la Cyanine 3 (Cy3). La préparation des échantillons à hybrider comprend de multiples étapes dont plusieurs sont à la charge du porteur du projet. En effet, la plate-forme ne prend en charge les échantillons qu après immunoprécipitation et amplification des fragments d ADN. Le porteur du projet doit donc effectuer la fixation des complexes protéine-adn in vivo, la lyse des cellules et la fragmentation de l ADN, l immunoprécipitation des complexes protéine- ADN avec l anticorps de son choix et l amplification de l ADN immunoprécipité. Un protocole de référence est disponible sur le site web 1. CHIP-ON-CHIP MICROARRAYS Les puces ChIP-on-chip de la Société Agilent sont composées d oligonucléotides de 60- mer, espacés de ~ pb dans les régions d intérêt couvrant des séquences codantes et non-codantes. Les formats disponibles incluent des puces pan-génomiques ou des puces dédiées interrogeant les régions promotrices des gènes. Le tableau ci-dessous résume les caractéristiques générales des puces promoteurs humaines et murines Agilent utilisées par la plate-forme. Pour une liste exhaustive des puces ou pour de plus amples informations, veuillez consulter le site web ChIP- on-chip Arrays Nb de lames par array Nb de transcrits représentés Région interrogée autour du site d initiation de la transcription Human Promoter set 2 x 244K ~ kb à kb Mouse Promoter set 2 x 244K ~ kb à kb Assemblage du génome Mars 2006 (UCSC Hg18 ; NCBI build 36.1) Février 2006 (UCSC mm8 ; NCBI build 36) 21/23
CHAPITRE 3 LA SYNTHESE DES PROTEINES
CHAITRE 3 LA SYNTHESE DES ROTEINES On sait qu un gène détient dans sa séquence nucléotidique, l information permettant la synthèse d un polypeptide. Ce dernier caractérisé par sa séquence d acides aminés
Plus en détailTD de Biochimie 4 : Coloration.
TD de Biochimie 4 : Coloration. Synthèse de l expérience 2 Les questions posées durant l expérience 2 Exposé sur les méthodes de coloration des molécules : Générique Spécifique Autres Questions Pourquoi
Plus en détailIntroduction à la Génomique Fonctionnelle
Introduction à la Génomique Fonctionnelle Cours aux étudiants de BSc Biologie 3ème année Philippe Reymond, MER PLAN DU COURS - Séquençage des génomes - Fabrication de DNA microarrays - Autres méthodes
Plus en détailBiomarqueurs en Cancérologie
Biomarqueurs en Cancérologie Définition, détermination, usage Biomarqueurs et Cancer: définition Anomalie(s) quantitative(s) ou qualitative(s) Indicative(s) ou caractéristique(s) d un cancer ou de certaines
Plus en détailBASE. Vous avez alors accès à un ensemble de fonctionnalités explicitées ci-dessous :
BASE BioArray Software Environment (BASE) est une base de données permettant de gérer l importante quantité de données générées par des analyses de bio-puces. BASE gère les informations biologiques, les
Plus en détailMise en place d une solution automatique de stockage et de visualisation de données de capture des interactions chromatiniennes à l échelle génomique
Rapport de stage de deuxième année de DUT Génie Biologique option Bioinformatique Mise en place d une solution automatique de stockage et de visualisation de données de capture des interactions chromatiniennes
Plus en détailPlateforme. DArT (Diversity Array Technology) Pierre Mournet
Plateforme DArT (Diversity Array Technology) Pierre Mournet Lundi 8 avril 203 Pourquoi des DArT? Développement rapide et peu onéreux de marqueurs : Pas d information de séquence nécessaire. Pas de pré-requis
Plus en détailIsolement automatisé d ADN génomique à partir de culots de cellules sanguines à l aide de l appareil Tecan Freedom EVO -HSM Workstation
PROTOCOLE AUTOMATISÉ Isolement automatisé d ADN génomique à partir de culots de cellules sanguines à l aide de l appareil Tecan Freedom EVO -HSM Workstation Mode d emploi des produits A1751 et A2751 Réservé
Plus en détailRapport Scientifique Seine-Aval 3
Rapport Scientifique Seine-Aval 3 Séminaire Seine-Aval 2008 Fiches de synthèse des propositions SA4 THEME 3 : TABLEAU DE BORD ET INDICATEURS OPERATIONNELS PUCES A ADN CHEZ MYTILUS EDULIS - 2005 - Danger
Plus en détailaltona altona RealStar CMV PCR Kit 1.0 always a drop ahead. 04/2015 altona Diagnostics GmbH Mörkenstr. 12 22767 Hamburg Germany
altona DIAGNOSTICS altona DIAGNOSTICS RealStar CMV PCR Kit 1.0 04/2015 altona Diagnostics GmbH Mörkenstr. 12 22767 Hamburg Germany phone +49 40 548 06 76-0 fax +49 40 548 06 76-10 e-mail info@altona-diagnostics.com
Plus en détailUniversité d Evry-Val d Essonne Ecole Doctorale des Génomes Aux Organismes. Thèse
Université d Evry-Val d Essonne Ecole Doctorale des Génomes Aux Organismes Thèse Présentée pour obtenir le grade de Docteur en sciences de l université d Evry-Val d Essonne Spécialité Bioinformatique par
Plus en détailANTICORPS POLYCLONAUX ANTI IMMUNOGLOBULINES
L OUTIL IDEAL POUR TOUTES LES DETECTIONS IMMUNOCHIMIQUES pour toutes les techniques immunodosages (EIA/ELISA) dot/ westernblot immunohistochimie immunocytochimie cytométrie en flux quel que soit le système
Plus en détailGènes Diffusion - EPIC 2010
Gènes Diffusion - EPIC 2010 1. Contexte. 2. Notion de génétique animale. 3. Profil de l équipe plateforme. 4. Type et gestion des données biologiques. 5. Environnement Matériel et Logiciel. 6. Analyses
Plus en détailDr E. CHEVRET UE2.1 2013-2014. Aperçu général sur l architecture et les fonctions cellulaires
Aperçu général sur l architecture et les fonctions cellulaires I. Introduction II. Les microscopes 1. Le microscope optique 2. Le microscope à fluorescence 3. Le microscope confocal 4. Le microscope électronique
Plus en détailBiochimie I. Extraction et quantification de l hexokinase dans Saccharomyces cerevisiae 1. Assistants : Tatjana Schwabe Marcy Taylor Gisèle Dewhurst
Biochimie I Extraction et quantification de l hexokinase dans Saccharomyces cerevisiae 1 Daniel Abegg Sarah Bayat Alexandra Belfanti Assistants : Tatjana Schwabe Marcy Taylor Gisèle Dewhurst Laboratoire
Plus en détailGénoToul 2010, Hôtel de Région Midi Pyrénées, Toulouse, 10 décembre 2010
GénoToul 2010, Hôtel de Région Midi Pyrénées, Toulouse, 10 décembre 2010 Analyse de la diversité moléculaire des régions génomiques de 30 gènes du développement méristématique dans une core collection
Plus en détailGénétique et génomique Pierre Martin
Génétique et génomique Pierre Martin Principe de la sélections Repérage des animaux intéressants X Accouplements Programmés Sélection des meilleurs mâles pour la diffusion Index diffusés Indexation simultanée
Plus en détailSpectrophotomètre double faisceau modèle 6800
Spectrophotomètre double faisceau modèle 6800 Spectrophotomètre double faisceau modèle 6800 Double faisceau avec optiques parfaitement stables. Bande passante 1,5 nm. Logiciel de navigation Jenway Flight
Plus en détailBig data et sciences du Vivant L'exemple du séquençage haut débit
Big data et sciences du Vivant L'exemple du séquençage haut débit C. Gaspin, C. Hoede, C. Klopp, D. Laborie, J. Mariette, C. Noirot, MS. Trotard bioinfo@genopole.toulouse.inra.fr INRA - MIAT - Plate-forme
Plus en détailDÉFIS DU SÉQUENÇAGE NOUVELLE GÉNÉRATION
DÉFIS DU SÉQUENÇAGE NOUVELLE GÉNÉRATION PRINCIPES DE BASE SUR LES DONNEES ET LE CALCUL HAUTE PERFORMANCE Lois de Gray sur l ingénierie des données 1 : Les calculs scientifiques traitent des volumes considérables
Plus en détailSERVICES DE SEQUENÇAGE
MARCH 16, 2014 SERVICES DE SEQUENÇAGE Centre d innovation Génome Québec et Université McGill Services de Validation et détection de SNP Technologie de Séquençage de Nouvelle Génération Guide de l utilisateur
Plus en détailIntroduc)on à Ensembl/ Biomart : Par)e pra)que
Introduc)on à Ensembl/ Biomart : Par)e pra)que Stéphanie Le Gras Jean Muller NAVIGUER DANS ENSEMBL : PARTIE PRATIQUE 2 Naviga)on dans Ensembl : Pra)que Exercice 1 1.a. Quelle est la version de l assemblage
Plus en détailHépatite chronique B Moyens thérapeutiques
Hépatite chronique B Moyens thérapeutiques Dr Olfa BAHRI Laboratoire de Virologie Clinique Institut Pasteur de Tunis INTRODUCTION Plus de 300. 10 6 porteurs chroniques de VHB dans le monde Hépatite chronique
Plus en détail2D-Differential Differential Gel Electrophoresis & Applications en neurosciences
2D-Differential Differential Gel Electrophoresis & Applications en neurosciences Jean-Etienne Poirrier Centre de Neurobiologie Cellulaire et Moléculaire Centre de Recherches du Cyclotron Université de
Plus en détailGénomique Comparative et intégrative
Génomique Comparative et intégrative Introduction : Le big data : on peut traiter des données massives à présent, l'objectif à présent est d'éviter les transferts de données trop longs. On a tout à portée
Plus en détailATELIER IMAGEJ. Différentes applications vous sont proposées pour apprendre à utiliser quelques fonctions d ImageJ :
Différentes applications vous sont proposées pour apprendre à utiliser quelques fonctions d ImageJ : 1. ANALYSE QUANTITATIVE D UN GEL D ELECTROPHORESE... 2 2. NUMERATION DE COLONIES BACTERIENNES SUR UNE
Plus en détailContrôle de l'expression génétique : Les régulations post-transcriptionnelles
Contrôle de l'expression génétique : Les régulations post-transcriptionnelles http://perso.univ-rennes1.fr/serge.hardy/ utilisateur : biochimie mot de passe : 2007 L'ARNm, simple intermédiaire entre le
Plus en détailLes bases de données transcriptionnelles en ligne
Les bases de données transcriptionnelles en ligne Différents concepts en régulation transcriptionnelle sites de fixation - in vitro/vivo? - quelle technique? - degré de confiance? facteur de transcription
Plus en détailAGRÉGATION DE SCIENCES DE LA VIE - SCIENCES DE LA TERRE ET DE L UNIVERS
AGRÉGATION DE SCIENCES DE LA VIE - SCIENCES DE LA TERRE ET DE L UNIVERS CONCOURS EXTERNE ÉPREUVES D ADMISSION session 2010 TRAVAUX PRATIQUES DE CONTRE-OPTION DU SECTEUR A CANDIDATS DES SECTEURS B ET C
Plus en détailUniversité de Montréal. Développement d outils pour l analyse de données de ChIP-seq et l identification des facteurs de transcription
Université de Montréal Développement d outils pour l analyse de données de ChIP-seq et l identification des facteurs de transcription par Eloi Mercier Département de bioinformatique Faculté de médecine
Plus en détailwww.gbo.com/bioscience 1 Culture Cellulaire Microplaques 2 HTS- 3 Immunologie/ HLA 4 Microbiologie/ Bactériologie Containers 5 Tubes/ 6 Pipetage
2 HTS 3 Immunologie / Immunologie Informations Techniques 3 I 2 ELISA 96 Puits 3 I 4 ELISA 96 Puits en Barrettes 3 I 6 en Barrettes de 8 Puits 3 I 7 en Barrettes de 12 Puits 3 I 8 en Barrettes de 16 Puits
Plus en détailMAB Solut. vos projets. MABLife Génopole Campus 1 5 rue Henri Desbruères 91030 Evry Cedex. www.mabsolut.com. intervient à chaque étape de
Mabsolut-DEF-HI:Mise en page 1 17/11/11 17:45 Page1 le département prestataire de services de MABLife de la conception à la validation MAB Solut intervient à chaque étape de vos projets Création d anticorps
Plus en détailMise en place d une plateforme de gestion de matériels biologiques : quels avantages pour les chercheurs?
Mise en place d une plateforme de gestion de matériels biologiques : quels avantages pour les chercheurs? Dr Xavier Manival, Laboratoire IMoPA, CR, CNRS Françoise Tisserand-Bedri, Documentaliste, Inist-CNRS
Plus en détailLes OGM. 5 décembre 2008. Nicole Mounier
Les OGM 5 décembre 2008 Nicole Mounier Université Claude Bernard Lyon 1 CGMC, bâtiment Gregor Mendel 43, boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex OGM Organismes Génétiquement Modifiés Transfert
Plus en détailAnnales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale
Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale ARN du virus de l hépatite C : ARN-VHC ARN-VHC 03VHC1 Novembre 2003 Edité : mars 2006 Annales ARN-VHC 03VHC1 1 / 8 ARN-VHC 03VHC1
Plus en détailLes outils de génétique moléculaire Les techniques liées aux acides nucléiques
Les outils de génétique moléculaire Les techniques liées aux acides nucléiques Sommaire Preparation des acides nucléiques Extraction / purification Les enzymes agissant sur les acides nucléiques Les enzymes
Plus en détailUE : GENE 2208. Responsable : Enseignant : ECUE 1. Enseignant : ECUE 2. Dr COULIBALY Foungotin Hamidou
UE : GENE 2208 Responsable : Enseignant : ECUE 1 Enseignant : ECUE 2 Dr COULIBALY Foungotin Hamidou Spécialités : Génétique Humaine Biologie de la Procréation Cytogénétique Spermiologie Essais Cliniques
Plus en détailContrôle de l'expression génétique :
Contrôle de l'expression génétique : Les régulations post-transcriptionnelles L'ARNm, simple intermédiaire entre le génome et les protéines? gène protéine L'ARNm, simple intermédiaire entre le génome et
Plus en détailgénomique - protéomique acides nucléiques protéines microbiologie instrumentation
génomique - protéomique acides nucléiques protéines microbiologie instrumentation Génomique, protéomique - Acides nucléiques Extraction d acides nucléiques ADN... Kit de filtration par colonnes... ADN
Plus en détailMaxwell 16 Blood DNA Purification System
Manuel Technique Maxwell 16 Blood DNA Purification System Attention, cartouches à manipuler avec précaution, les bords scellés peuvent être tranchants. 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA Dispositif
Plus en détailCuves pour Spectrophotomètres
Cuves pour Spectrophotomètres Tél : 01.45.12.90.80 Fax : 01.45.12.94.75 info@bioserv.fr Page 25 TRAYCELL Ultra Micro Cuve à Fibres Optiques La TrayCell Hellma est une ultra micro cuve à fibres optiques
Plus en détailPlateforme Transgenèse/Zootechnie/Exploration Fonctionnelle IBiSA. «Anexplo» Service Transgenèse. Catalogue des prestations
Plateforme Transgenèse/Zootechnie/Exploration Fonctionnelle IBiSA «Anexplo» Service Transgenèse Catalogue des prestations 04/01/12 - Page 1 sur 8 Présentation du service de Transgenèse Le service de Transgenèse
Plus en détailModule Analyse de Génomes 2011-2012 Master 2 module FMBS 326 Immunoinformatique
Module Analyse de Génomes 2011-2012 Master 2 module FMBS 326 Immunoinformatique Planning du Module : Date Heure Salle 12/12 9h-12h TD info TA1Z bat 25 13h-17h TD info TA1Z bat 25 13/12 9h-12h TD info TA1Z
Plus en détailTravaux dirigés de Microbiologie Master I Sciences des Génomes et des Organismes Janvier 2015
Andrew Tolonen atolonen@genoscope.cns.fr Travaux dirigés de Microbiologie Master I Sciences des Génomes et des Organismes Janvier 2015 A- Généralités I- La vie sur terre telle que nous la connaissons ne
Plus en détailVI- Expression du génome
VI- Expression du génome VI-1.- EXPRESSION DU GÉNOME- PRINCIPES GÉNÉRAUX DOGME CENTRAL Les gènes et l information génétique sont conservés sous forme d acides nucléiques La perpétuation à l identique de
Plus en détailÉCOLES NORMALES SUPÉRIEURES ÉCOLE NATIONALE DES PONTS ET CHAUSSÉES CONCOURS D ADMISSION SESSION 2013 FILIÈRE BCPST COMPOSITION DE BIOLOGIE
ÉCOLES NORMALES SUPÉRIEURES ÉCOLE NATIONALE DES PONTS ET CHAUSSÉES CONCOURS D ADMISSION SESSION 2013 FILIÈRE BCPST COMPOSITION DE BIOLOGIE Épreuve commune aux ENS de Cachan, Lyon, Paris et de l ENPC Durée
Plus en détailProcédure d utilisation du Beckman CEQ 2000 XL pour la réalisation de programmes de séquençage ou de génotypage.
MODE OPERATOIRE Code : SSG / 003 UMR 1229 MGS Microbiologie et Géochimie des Sols 17 rue Sully BP86510 21065 Dijon Cedex Rédigé par : D. Bru / S. Hallet. Procédure d utilisation du Beckman CEQ 2000 XL
Plus en détailCritères pour les méthodes de quantification des résidus potentiellement allergéniques de protéines de collage dans le vin (OIV-Oeno 427-2010)
Méthode OIV- -MA-AS315-23 Type de méthode : critères Critères pour les méthodes de quantification des résidus potentiellement allergéniques de protéines de collage (OIV-Oeno 427-2010) 1 Définitions des
Plus en détailCASA SPERM CLASS ANALYZER
CASA SPERM CLASS ANALYZER Microptic, spécialisé depuis 20 ans dans l analyse automatique de spermes Entreprise innovatrice dans le développement de système CASA (Computer aided semen analysis) le plus
Plus en détail4 : MÉTHODES D ANALYSE UTILISÉES EN ÉCOLOGIE MICROBIENNE
4 : MÉTHODES D ANALYSE UTILISÉES EN ÉCOLOGIE MICROBIENNE L écologie microbienne (ou étude des micro-organismes de l environnement) étudie : les relations entre les différentes populations de micro-organismes
Plus en détailSéquence 2. L expression du patrimoine génétique. Sommaire
Séquence 2 L expression du patrimoine génétique Sommaire 1. La synthèse des protéines 2. Phénotypes, génotypes et environnement Synthèse de la séquence 2 Exercices de la séquence 2 Glossaire des séquences
Plus en détailUne puce à ADN ciblée sur la région du Complexe Majeur d Histocompatibilité chez le porc : construction et premières exploitations
2006. Journées Recherche Porcine, 38, 119-124. Une puce à ADN ciblée sur la région du Complexe Majeur d Histocompatibilité chez le porc : construction et premières exploitations Laurence FLORI (1), Christine
Plus en détailApproche par groupe de gènes pour les données longitudinales d expression génique avec une application dans un essai vaccinal contre le VIH
Approche par groupe de gènes pour les données longitudinales d expression génique avec une application dans un essai vaccinal contre le VIH Boris Hejblum 1,2,3 & Rodolphe Thiébaut 1,2,3 1 Inserm, U897
Plus en détailévaluation des risques professionnels
évaluation des professionnels Inventaire des Etablissement : Faculté de Médecine Unité de travail : Laboratoire de Biochimie Médicale Année : 2013 Locaux Bureaux Salle de Microscopie Culture cellulaire
Plus en détailIntroduction, présentation de la plateforme South Green. h"p://southgreen.cirad.fr/
Introduction, présentation de la plateforme South Green. h"p://southgreen.cirad.fr/ SupAgro, Montpellier, 10 février 2014 Le déluge de données NGS Next-generation sequencing Rappel: synthèse de l ADN 5
Plus en détailAGREGATION DE BIOCHIMIE GENIE BIOLOGIQUE
AGREGATION DE BIOCHIMIE GENIE BIOLOGIQUE CONCOURS EXTERNE Session 2005 TRAVAUX PRATIQUES DE BIOCHIMIE PHYSIOLOGIE ALCOOL ET FOIE L éthanol, psychotrope puissant, est absorbé passivement dans l intestin
Plus en détailLa PCR quantitative (qpcr) et le guide de bonnes pratiques MIQE : adaptation et pertinence dans le contexte de la biologie clinique
Synthèse Ann Biol Clin 2014 ; 72 (3) : 265-9 La PCR quantitative (qpcr) et le guide de bonnes pratiques MIQE : adaptation et pertinence dans le contexte de la biologie clinique Quantitative PCR (qpcr)
Plus en détailAnalyse d échantillons alimentaires pour la présence d organismes génétiquement modifiés
Analyse d échantillons alimentaires pour la présence d organismes génétiquement modifiés Module 4 Extraction et purification de l ADN M. Somma WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION
Plus en détailCytokines & Chimiokines
Cytokines & Chimiokines I. (D après Förster, R. et al. (1999) Cell 99:23) Dans le but d étudier la régulation de la circulation des leucocytes dans l organisme, des souris déficientes pour le récepteur
Plus en détailMABioVis. Bio-informatique et la
MABioVis Modèles et Algorithmes pour la Bio-informatique et la Visualisation Visite ENS Cachan 5 janvier 2011 MABioVis G GUY MELANÇON (PR UFR Maths Info / EPI GRAVITE) (là, maintenant) - MABioVis DAVID
Plus en détailTEST ELISA (ENZYME-LINKED IMMUNOSORBENT ASSEY)
TEST ELISA (ENZYME-LINKED IMMUNOSORBENT ASSEY) Lise Vézina, technicienne de laboratoire Michel Lacroix, agronome-phytopathologiste Direction de l innovation scientifique et technologique Au Laboratoire
Plus en détailLES BIOTECHNOLOGIES DANS LE DIAGNOSTIC DES MALADIES INFECTIEUSES ET LE DÉVELOPPEMENT DES VACCINS
CHAPITRE 1.1.7. LES BIOTECHNOLOGIES DANS LE DIAGNOSTIC DES MALADIES INFECTIEUSES ET LE DÉVELOPPEMENT DES VACCINS INTRODUCTION Les méthodes de biologie moléculaire ont de plus en plus d applications dans
Plus en détailL immunoenzymologie. Technique puissante couramment utilisée e en recherche et en diagnostic cificité des anticorps pour leurs nes
L immunoenzymologie Technique puissante couramment utilisée e en recherche et en diagnostic Basée e sur la très s grande spécificit cificité des anticorps pour leurs antigènes nes Test qualitatif Détection
Plus en détail10. Instruments optiques et Microscopes Photomètre/Cuve
0. Instruments s et Microscopes GENERAL CATALOGUE 00/ Cuve à usage unique pour spectrophotomètre Cuve jetable, moulée en et en pour UV. Avec parois traitées Kartell ment pour une transparence optimale
Plus en détailBases de données et outils bioinformatiques utiles en génétique
Bases de données et outils bioinformatiques utiles en génétique Collège National des Enseignants et Praticiens de Génétique Médicale C. Beroud Date de création du document 2010-2011 Table des matières
Plus en détailprésentée DEVANT L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 pour obtenir le grade de : DOCTEUR DE L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 PAR Emilie GUÉRIN TITRE DE LA THÈSE :
N Ordre de la Thèse 3282 THÈSE présentée DEVANT L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 pour obtenir le grade de : DOCTEUR DE L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 Mention : BIOLOGIE PAR Emilie GUÉRIN Équipe d accueil : École Doctorale
Plus en détailRôle des acides biliaires dans la régulation de l homéostasie du glucose : implication de FXR dans la cellule bêta-pancréatique
Rôle des acides biliaires dans la régulation de l homéostasie du glucose : implication de FXR dans la cellule bêta-pancréatique Tuteur : Anne Muhr-Tailleux cardiovasculaires et diabète (Equipe 1) Institut
Plus en détailI. La levure Saccharomyces cerevisiae: mode de vie
LES LEVURES UE «levures» -5 avril: généralités (MN Simon) -6 avril: analyse génétique (MN Simon) -6 avril: Cycle cellulaire I: la réplication (E. bailly) -7 avril: Cycle cellulaire II: la mitose (E. Bailly)
Plus en détailDiagnostic et suivi virologique des hépatites virales B et C. Marie-Laure Chaix Virologie Necker
Diagnostic et suivi virologique des hépatites virales B et C Marie-Laure Chaix Virologie Necker OUTILS DIAGNOSTIQUES VHC Transaminases Recherche des Anticorps! Tests indirects - Anticorps! ELISA! RIBA
Plus en détailEXERCICES : MECANISMES DE L IMMUNITE : pages 406 407 408 409 410
EXERCICES : MECANISMES DE L IMMUNITE : pages 406 407 408 409 410 EXERCICE 1 PAGE 406 : EXPERIENCES A INTERPRETER Question : rôles respectifs du thymus et de la moelle osseuse dans la production des lymphocytes.
Plus en détailBases moléculaires des mutations Marc Jeanpierre
Bases moléculaires des mutations Marc Jeanpierre Chaque enfant qui naît hérite de 10 à 30 nouvelles mutations ponctuelles. L essentiel des ces mutations sont heureusement des variations neutres de séquence
Plus en détailChapitre 7 : Structure de la cellule Le noyau cellulaire
UE2 : Structure générale de la cellule Chapitre 7 : Structure de la cellule Le noyau cellulaire Professeur Michel SEVE Année universitaire 2010/2011 Université Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits
Plus en détail!-.!#- $'( 1&) &) (,' &*- %,!
0 $'( 1&) +&&/ ( &+&& &+&))&( -.#- 2& -.#- &) (,' %&,))& &)+&&) &- $ 3.#( %, (&&/ 0 ' Il existe plusieurs types de simulation de flux Statique ou dynamique Stochastique ou déterministe A événements discrets
Plus en détailAnalyse de la vidéo. Chapitre 4.1 - La modélisation pour le suivi d objet. 10 mars 2015. Chapitre 4.1 - La modélisation d objet 1 / 57
Analyse de la vidéo Chapitre 4.1 - La modélisation pour le suivi d objet 10 mars 2015 Chapitre 4.1 - La modélisation d objet 1 / 57 La représentation d objets Plan de la présentation 1 La représentation
Plus en détailLa métrologie au laboratoire. vigitemp 10. centrale de surveillance et de traçabilité vigitemp kit de cartographie vigicart
La métrologie au laboratoire vigitemp 10 centrale de surveillance et de traçabilité vigitemp kit de cartographie vigicart La métrologie au laboratoire vigitemp 10 Base de données Utilisateur Principe général
Plus en détailLa gestion de données dans le cadre d une application de recherche d alignement de séquence : BLAST.
La gestion de données dans le cadre d une application de recherche d alignement de séquence : BLAST. Gaël Le Mahec - p. 1/12 L algorithme BLAST. Basic Local Alignment Search Tool est un algorithme de recherche
Plus en détailMaster de Bioinformatique et Biologie des Systèmes Toulouse http://m2pbioinfo.biotoul.fr Responsable : Pr. Gwennaele Fichant
Master de Bioinformatique et Biologie des Systèmes Toulouse http://m2pbioinfo.biotoul.fr Responsable : Pr. Gwennaele Fichant Parcours: Master 1 : Bioinformatique et biologie des Systèmes dans le Master
Plus en détailProduction d une protéine recombinante
99 Production d une protéine recombinante Lic. B. PIRSON Lic. J-M. SERONT ISICHt - Mons Production de la protéine recombinante GFP (Green Fluorescent Protein d Aequoria victoria) par une bactérie ( E.
Plus en détailHRP H 2 O 2. O-nitro aniline (λmax = 490 nm) O-phénylène diamine NO 2 NH 2
! #"%$'&#()"*!(,+.-'/0(,()1)2"%$ Avant d effectuer le dosage en IR de la biotine, il est nécessaire de s assurer de la reconnaissance du traceur par la streptavidine immobilisée sur les puits. Pour cela,
Plus en détailBiologie Appliquée. Dosages Immunologiques TD9 Mai 2015. Stéphanie Sigaut INSERM U1141 stephanie.sigaut@inserm.fr
Biologie Appliquée Dosages Immunologiques TD9 Mai 2015 Stéphanie Sigaut INSERM U1141 stephanie.sigaut@inserm.fr 1 ELISA 2 3 4 [Ac] 5 6 7 8 9 Correction : Faire la moyenne D0-1 et D0-2 pour toute les valeurs
Plus en détail«SERVICES D INGENIERIE»
PUNCH POWERGLIDE STRASBOURG 45 années d expériences Le pôle R & D de PPS rassemble plus d une centaine d experts, chefs de projet, ingénieurs et techniciens expérimentés en recherche et développement,
Plus en détailSEQUENÇAGE LI-COR DNA 4200
SEQUENÇAGE LI-COR DNA 4200 Le gel de séquence contient 64 puits au maximum soit 16 clones traités en parallèle. Les oligos utilisés (modifiés en 5 ) fluorescent à 700/800 nm. Une amorce permet de séquencer
Plus en détailIntroduction. I Étude rapide du réseau - Apprentissage. II Application à la reconnaissance des notes.
Introduction L'objectif de mon TIPE est la reconnaissance de sons ou de notes de musique à l'aide d'un réseau de neurones. Ce réseau doit être capable d'apprendre à distinguer les exemples présentés puis
Plus en détailIdentification de nouveaux membres dans des familles d'interleukines
Identification de nouveaux membres dans des familles d'interleukines Nicolas Beaume Jérôme Mickolajczak Gérard Ramstein Yannick Jacques 1ère partie : Définition de la problématique Les familles de gènes
Plus en détailConférence technique internationale de la FAO
Décembre 2009 ABDC-10/7.2 F Conférence technique internationale de la FAO Biotechnologies agricoles dans les pays en développement: choix et perspectives pour les cultures, les forêts, l élevage, les pêches
Plus en détailTest d immunofluorescence (IF)
Test d immunofluorescence (IF) 1.1 Prélèvement du cerveau et échantillonnage Avant toute manipulation, il est fondamental de s assurer que tout le personnel en contact avec un échantillon suspect soit
Plus en détailIMMUNOLOGIE. La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T. Informations scientifiques
IMMUNOLOGIE La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T Informations scientifiques L infection par le VIH entraîne des réactions immunitaires de l organisme qui se traduisent par la production
Plus en détailSéquence 1. Reproduction conforme de la cellule et réplication de l ADN Variabilité génétique et mutation de l ADN
Séquence 1 Reproduction conforme de la cellule et réplication de l ADN Variabilité génétique et mutation de l ADN Sommaire 1. Reproduction conforme de la cellule et réplication de l ADN 2. Variabilité
Plus en détail3: Clonage d un gène dans un plasmide
3: Clonage d un gène dans un plasmide Le clonage moléculaire est une des bases du génie génétique. Il consiste à insérer un fragment d'adn (dénommé insert) dans un vecteur approprié comme un plasmide par
Plus en détailInternet et Multimédia Exercices: flux multimédia
Internet et Multimédia Exercices: flux multimédia P. Bakowski bako@ieee.org Applications et flux multi-média média applications transport P. Bakowski 2 Applications et flux multi-média média applications
Plus en détailThermostate, Type KP. Fiche technique MAKING MODERN LIVING POSSIBLE
MAKING MODERN LIVING POSSIBLE Fiche technique Thermostate, Type KP Les thermostats de type KP sont des commutateurs électriques unipolaires dont le fonctionnement est lié à la température (SPDT). Un thermostat
Plus en détailSélection du Reader s Digest ajoute un nouveau chapitre au marketing direct personnalisé à l aide du Lab 1:1 de Xerox
Étude de cas Sélection du Reader s Digest ajoute un nouveau chapitre au marketing direct personnalisé à l aide du Lab 1:1 de Xerox Mathieu Péloquin, Vice-président marketing lignes de produits, Sélection
Plus en détailTable des matières. Renseignements importants sur la sécurité 2. Nettoyage et élimination 4. Spécifications 4
Système FlashGel TM Lonza Rockland, Inc. www.lonza.com scientific.support@lonza.com Assistance scientifique : 800-521-0390 Service à la clientèle : 800-638-8174 Rockland, ME 04841 Table des matières Renseignements
Plus en détailSystème de sécurité de périmètre INTREPID
TM Système de sécurité de périmètre INTREPID La nouvelle génération de systèmes de sécurité de périmètre MicroPoint Cable combine la technologie brevetée de Southwest Microwave, la puissance d un micro
Plus en détailIsolement et Diversité Génétique des Dugongs de Nouvelle Calédonie
Isolement et Diversité Génétique des Dugongs de Nouvelle Calédonie Rapport final Marc OREMUS, Claire GARRIGUE & Christophe CLEGUER Opération Cétacés B.P. 12 827, 98802 Nouméa, Nouvelle-Calédonie Tél. /
Plus en détailMANUEL D INSTALLATION ET DE MISE EN SERVICE SOMMAIRE. Fonction. Avertissements Gamme de produits Caractéristiques techniques
8/FR www.caleffi.com Groupes de transfert pour installations solaires Copyright Caleffi Séries 8 9 MANUEL D INSTALLATION ET DE MISE EN SERVICE SOMMAIRE Fonction Avertissements Gamme de produits Caractéristiques
Plus en détailTHEME 2 : CORPS HUMAIN ET SANTE : L EXERCICE PHYSIQUE
THEME 2 : CORPS HUMAIN ET SANTE : L EXERCICE PHYSIQUE Introduction générale : L Homme, pour vivre, a besoin de se nourrir. La nutrition fait appel à différentes fonctions que sont l alimentation, la respiration
Plus en détailGETINGE CLEAN MANAGEMENT SYSTEM CENTRALE DE DOSAGE LESSIVIEL GETINGE
GETINGE CLEAN MANAGEMENT SYSTEM CENTRALE DE DOSAGE LESSIVIEL GETINGE 2 Getinge Clean Management System GETINGE CLEAN MANAGEMENT SYSTEM (CMS) UN PROCESSUS OPTIMISÉ, UNE SOLUTION UNIQUE Getinge peut vous
Plus en détailCRYOPRÉSERVATION DE TISSUS, CELLULES ET LIQUIDES BIOLOGIQUES ISSUS DU SOIN
RECOMMANDATIONS DE BONNE PRATIQUE CRYOPRÉSERVATION DE TISSUS, CELLULES ET LIQUIDES BIOLOGIQUES ISSUS DU SOIN RECOMMANDATIONS Septembre 2009 1 L argumentaire scientifique de cette évaluation est téléchargeable
Plus en détailAvantages. Protection des réseaux corporatifs de gestion centralisée
Protégez votre univers Protection des réseaux corporatifs de gestion centralisée Avantages Gestion centralisée de protection des postes de travail des serveurs de fichier Windows et des serveurs de messagerie
Plus en détail