Débuter avec R. Maxime Hervé. UMR 1099 INRA Agrocampus Ouest Université Rennes 1 BiO3P. 28 avril 2011

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1 Débuter avec R Maxime Hervé UMR 1099 INRA Agrocampus Ouest Université Rennes 1 BiO3P 28 avril 2011 Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

2 R, c est quoi? Trois caractéristiques importantes : multi-plateforme gratuit libre Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

3 R, c est quoi? Trois caractéristiques importantes : multi-plateforme gratuit libre N importe où, n importe quand! Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

4 R, ça sert à quoi? Analyser des données : calculs tests d hypothèses simulations Une table d ANOVA classique Response: reponse Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) facteur < 2.2e-16 *** Residuals Signif. codes: 0 *** ** 0.01 * Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

5 R, ça sert à quoi? Tracer des graphes : Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

6 R est un langage à la syntaxe intuitive Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

7 R est un langage à la syntaxe intuitive Créer des objets > a <- 5 Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

8 R est un langage à la syntaxe intuitive Créer des objets > a <- 5 > a [1] 5 Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

9 R est un langage à la syntaxe intuitive Créer des objets > a <- 5 > a [1] 5 > b <- "Bonjour foule en delire" > b [1] "Bonjour foule en delire" Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

10 R est un langage à la syntaxe intuitive Créer des objets > a <- 5 > a [1] 5 > b <- "Bonjour foule en delire" > b [1] "Bonjour foule en delire" > taille.hommes <- c(171,185,175,169,187,186,175,172,182,184) > taille.hommes [1] Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

11 R est un langage à la syntaxe intuitive Créer des objets > a <- 5 > a [1] 5 > b <- "Bonjour foule en delire" > b [1] "Bonjour foule en delire" > taille.hommes <- c(171,185,175,169,187,186,175,172,182,184) > taille.hommes [1] > taille.femmes <- c(160,167,166,167,170,173,161,173,168,165) Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

12 R est un langage à la syntaxe intuitive Créer des objets > a <- 5 > a [1] 5 > b <- "Bonjour foule en delire" > b [1] "Bonjour foule en delire" > taille.hommes <- c(171,185,175,169,187,186,175,172,182,184) > taille.hommes [1] > taille.femmes <- c(160,167,166,167,170,173,161,173,168,165) De nombreux types de jeu de données peuvent être importés : feuilles Excel bases de données fichiers SAS, SPSS, Stata Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

13 R est un langage à la syntaxe intuitive Effectuer des opérations > talons <- c(0,5,3,2,0,6,2,2,4,0) Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

14 R est un langage à la syntaxe intuitive Effectuer des opérations > talons <- c(0,5,3,2,0,6,2,2,4,0) > taille.femmes - talons [1] Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

15 R est un langage à la syntaxe intuitive Effectuer des opérations > talons <- c(0,5,3,2,0,6,2,2,4,0) > taille.femmes - talons [1] > taille.femmes2 <- taille.femmes - talons Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

16 R est un langage à la syntaxe intuitive Réaliser des tests statistiques > t.test(taille.hommes,taille.femmes2) Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

17 R est un langage à la syntaxe intuitive Réaliser des tests statistiques > t.test(taille.hommes,taille.femmes2) Welch Two Sample t-test data: taille.hommes and taille.femmes2 t = , df = , p-value = 6.199e-05 alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 95 percent confidence interval: sample estimates: mean of x mean of y Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

18 R peut être étendu à l infini Si une fonction n existe pas, on la créé! Exemple : calcul de l erreur standard d une moyenne ESM = écart - type effectif Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

19 R peut être étendu à l infini Si une fonction n existe pas, on la créé! Exemple : calcul de l erreur standard d une moyenne ESM = écart - type effectif 3 fonctions à utiliser : écart - type : sd() racine carrée : sqrt() effectif (longueur du vecteur) : length() Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

20 R peut être étendu à l infini Si une fonction n existe pas, on la créé! Exemple : calcul de l erreur standard d une moyenne ESM = écart - type effectif 3 fonctions à utiliser : écart - type : sd() racine carrée : sqrt() effectif (longueur du vecteur) : length() Créer sa propre fonction > err.std <- function(vecteur) { sd(vecteur)/sqrt(length(vecteur)) } Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

21 R peut être étendu à l infini Si une fonction n existe pas, on la créé! Exemple : calcul de l erreur standard d une moyenne ESM = écart - type effectif 3 fonctions à utiliser : écart - type : sd() racine carrée : sqrt() effectif (longueur du vecteur) : length() Créer sa propre fonction > err.std <- function(vecteur) { sd(vecteur)/sqrt(length(vecteur)) } > err.std(taille.hommes) [1] Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

22 R peut être étendu à l infini Toutes les fonctions sont contenues dans des packages : certains sont installés avec R Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

23 R peut être étendu à l infini Toutes les fonctions sont contenues dans des packages : certains sont installés avec R R étant libre, beaucoup d autres sont disponibles en ligne sur le CRAN (the Comprehensive R Archive Network) Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

24 R peut être étendu à l infini Toutes les fonctions sont contenues dans des packages : certains sont installés avec R R étant libre, beaucoup d autres sont disponibles en ligne sur le CRAN (the Comprehensive R Archive Network) Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

25 R ne vous laisse pas seul L aide fournie avec R : manuels An Introduction to R Writing R Extensions R Data Import/Export The R Language Definition R Installation and Administration R Internals Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

26 R ne vous laisse pas seul L aide fournie avec R : manuels An Introduction to R Writing R Extensions R Data Import/Export The R Language Definition R Installation and Administration R Internals aide des fonctions : utilité utilisation exemples mail de l auteur... Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

27 R ne vous laisse pas seul L aide en ligne : aide des packages Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

28 R ne vous laisse pas seul L aide en ligne : aide des packages Utiliser le moteur de recherche intégré à R > RSiteSearch("regression") Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

29 R ne vous laisse pas seul L aide en ligne : aide des packages Utiliser le moteur de recherche intégré à R > RSiteSearch("regression") documents rédigés par des utilisateurs : R pour les débutants (E. Paradis) Lire ; Compter ; Tester... avec R (C. Genolini) R pour les sociologues (J. Barnier) R pour les statophobes (D. Poinsot) Brise Glace - R (A. Robinson & A. Scholesing) Aide - mémoire de statistique appliquée à la biologie (M. Hervé) Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

30 R peut aussi être utilisé via une interface graphique R Commander, JGR, Sci-Views R, Rattle, GrapheR... Avantages : pratique rapide pédagogique Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

31 R peut aussi être utilisé via une interface graphique R Commander, JGR, Sci-Views R, Rattle, GrapheR... Avantages : pratique rapide pédagogique Inconvénients : limité évolution lente pas de mémoire Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

32 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Très peu de lignes de commandes à utiliser console Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

33 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Très peu de lignes de commandes à utiliser console Procédure plus longue, répétitive, structurée... éditeur de script Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

34 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Très peu de lignes de commandes à utiliser console Procédure plus longue, répétitive, structurée... éditeur de script Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

35 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Très peu de lignes de commandes à utiliser console Procédure plus longue, répétitive, structurée... éditeur de script Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

36 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Très peu de lignes de commandes à utiliser console Procédure plus longue, répétitive, structurée... éditeur de script Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

37 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Très peu de lignes de commandes à utiliser console Procédure plus longue, répétitive, structurée... éditeur de script Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

38 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Très peu de lignes de commandes à utiliser console Procédure plus longue, répétitive, structurée... éditeur de script Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

39 R peut aussi être utilisé via une interface graphique Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

40 R est réellement de plus en plus utilisé Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

41 Fin Merci de votre attention Maxime Hervé (UMR BiO3P) Débuter avec R 28 avril / 23

a) Il n y a pas de contre indication à utiliser la loi normale. On peut donc utiliser des tests basés sur la loi normale comme ceux vus au cours.

a) Il n y a pas de contre indication à utiliser la loi normale. On peut donc utiliser des tests basés sur la loi normale comme ceux vus au cours. Probabilités et statistique Été 2006 ELEC, MICRO, MX Dr. Diego Kuonen Corrigé du TP 2 Exercice 1. Test de Student Normal Q Q Plot Sample Quantiles 985 990 995 1000 1005 1.5 1.0 0.5 0.0 0.5 1.0 1.5 a) Il

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