Studio. HERITIER Emmanuelle PERSYN Elodie. SCHMUTZ Amandine SCHWEITZER Guillaume

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1 Studio HERITIER Emmanuelle PERSYN Elodie SCHMUTZ Amandine SCHWEITZER Guillaume Cours R Présentation projet 10/10/2013

2 Introduction RStudio est une interface créé par JJ Allaire Elle est sortie le 11 Février 2011 (version Beta) Tourne avec la version de R installée sur l ordinateur Téléchargeable sur :

3 Plan Introduction I)Présentation de l interface Description des fenêtres Outils de personnalisation II) Fonctionnalités de RStudio Aide à la rédaction du code Particularités des sorties graphiques Conclusion

4 Présentation : Description des fenêtres

5 I) a) Description des fenêtres Script Workspace/History Console Files/Plots/Packages /Help

6 I) a) Description des fenêtres La fenêtre «script» Le jeu de données apparaît dans le Workspace

7 I) a) Description I) Présentation des fenêtres de l interface La fenêtre «script» - Différents onglets => Ouverture de plusieurs scripts et de jeux de données

8 I) a) Description des fenêtres La fenêtre «script» <- Flèches de passage d un jeu de données à l autre 2 <- Enregistrement du script 3 <- Ré-exécution de la commande précédente 4 <- Répertoire de travail

9 I) a) Description des fenêtres La fenêtre «script» - Onglet de recherche

10 I) a) Description des fenêtres La fenêtre «script» - Outils de codage (développé plus loin)

11 I) a) Description des fenêtres Nom du script en cours (en rouge* si les dernières modifications n ont pas été enregistrées). Compiler le code sous forme de notebook HTML.

12 I) a) Description des fenêtres Création d un notebook HTML avec le code et les sorties correspondantes

13 I) a) Description des fenêtres Script Workspace/History Console Files/Plots/Packages /Help

14 I) a) Description des fenêtres La fenêtre Workspace/ History Visualisation de tous les objets de l espace de travail

15 I) a) Description des fenêtres La fenêtre Workspace/ History Historique des commandes

16 I) a) Description des fenêtres Script Workspace/History Console Files/Plots/Packages /Help

17 I) a) Description des fenêtres La console d exécution RStudio R Interrompre le calcul en cours -Erreurs mises en valeur -Option d arrêt des calculs bien mise en évidence. Présente que lorsqu il y a un calcul en cours -Bouton stop présent tout le temps

18 I) a) Description des fenêtres Script Workspace/History Console Files/Plots/Packages /Help

19 I) a)description des fenêtres Fenêtre des fichiers, packages etc Affichage de tous les éléments d un dossier Ouverture des fichiers en cliquant dessus : - Dans R quand possible - Dans une fenêtre à part sinon

20 I) a) Description des fenêtres Affichages de tous les packages Vision des packages chargés => ils sont cochés Chargement des package en cochant Ouverture de l aide dans l onglet «help» en cliquant dessus

21 I) a) Description des fenêtres

22 I) a) Description des fenêtres RStudio Barre d outils générale constante Barre d outils spécifique à chaque fenêtre (comme R ) mais visible tout le temps R En fonction de la fenêtre active, la barre d outils change Exemple : Lorsque la fenêtre active est celle d un graphe, le bouton stop n est pas visible

23 Présentation : Outils de personnalisation

24 I) b) Outils de personnalisation Personnalisation de l interface Choix de la taille des différentes fenêtres

25 I) b) Outils de personnalisation Personnalisation de l interface Changement des couleurs

26 I) b) Outils de personnalisation Personnalisation de l interface Modification de l ordre des différentes fenêtres

27 Comparaison Avec RStudio Sans RStudio Une interface personnalisable Barre d outils constante Fenêtre à compartiment personnalisable où les sorties sont rangées dans des espaces prédéfinis Une interface plus facile d utilisation car plus visuelle et plus intuitive Une interface simple et fixée Barre d outils changeante Ouverture de multiples «fenêtres», organisation anarchique Pas de raccourci pour visionner le jeu de données, ouvrir l aide

28 Fonctionnalités : Aide à la rédaction du code

29 II) a) Aide à la rédaction du code Aide à la gestion du code Fermeture automatique des parenthèses, crochets, accolades et guillemets.

30 II) a) Aide à la rédaction du code Edition de fonction Dans R, nécessité d une ligne de code : fix(nom_fonction). R Editor moins ergonomique (ni folding ni gestion des couleurs).

31 II) a) Aide à la rédaction du code Code Tools Suggestion de code Recherche dans l onglet help Affiche le code source de la fonction Extrait les informations du code pour en faire une fonction Réajustement automatique des indentations Réorganisation automatique des retours à la ligne dans les zones de commentaire Passe la ligne ou le groupe de lignes selectionné en commentaire (ou en code si elle était déjà de type commentaire)

32 II) a) Aide à la rédaction du code Suggestion de code Code Tools / Code Completion (Tab) Suggestion d éléments : fonctions, objets présents dans l environnement de travail Suggestion d arguments au sein d une fonction.

33 II) a) Aide à la rédaction du code La suggestion de code dans R (Tab) R liste simplement le code ou les arguments disponible, sans description ni possibilité de sélection.

34 II) a) Aide à la rédaction du code Source Viewer Code Tools / Go To Function Definition (F2) Permet d afficher le code source de la fonction sélectionnée.

35 II) a) Aide à la rédaction du code Gestion des indentations Code Tools / Reindent Lines (Ctrl+i) Mettre à jour les indentations du script pour le rendre plus lisible.

36 II) a) Aide à la rédaction du code Conversion Code/Commentaire Code Tools / Comment/Uncomment Lines (Ctrl+Maj+C) Rajoute un # devant l ensemble des lignes sélectionnées (ou le supprime s il y en a au moins un devant toutes les lignes sélectionnées).

37 II) a) Aide à la rédaction du code Folding et mise en place de sections. Repérage automatique de code pouvant être «caché» (boucles ou fonctions) Cliquer pour cacher le code, cliquer à nouveau (ou sur la double flèche bleue) pour réafficher. Définition d une section : # nom_section #### (La ligne doit terminer par 4 ou plus «#», «-», ou «=». Alternative : Menu/Code/Insert Section Se déplacer au sein des sections. Alternative : Menu/Code/Jump To

38 II) a) Aide à la rédaction du code Projets et Packages. Un projet R permet d enregistrer et de charger un ensemble de paramètres : un environnement de travail, un ensemble de jeux de données, du code par défaut etc Ces Projects permettent également de créer des packages. L outil de création de package est intégrée dans RStudio, alors que rien n est disponible dans R par défaut. Pour rendre l outil entièrement fonctionnel, il suffit de télécharger un compilateur de code C/C++, ainsi qu un éditeur de manuels et vignettes R. Tous les liens sont disponibles sur le site de RStudio.

39 Fonctionnalités : Les sorties graphiques

40 II) b) Sorties graphiques Localisation Fenêtre en bas à droite onglet «plots»

41 II) b) Sorties graphiques Visualisation des graphiques précédents

42 II) b) Sorties graphiques Visualisation des graphiques précédents

43 Exportation des graphiques Exportation des graphiques Sous l onglet «plots», cliquer sur «export»

44 II) b) Sorties graphiques Exportation des graphiques Possibilité de choisir le format de l image à enregistrer : -PNG -JPEG - TIFF - BMP, -Metafile - SVG - EPS. Tout comme dans R

45 II) b) Sorties graphiques Lors d une session R sans utilisation de RStudio 2 fenêtres graphiques

46 II) b) Sorties graphiques Lors d une session R sans utilisation de RStudio Possibilité de sauver le graphique sous plusieurs formats, avec un clic droit sur la fenêtre graphique

47 II) b) Sorties graphiques Lors d une session R sans utilisation de RStudio Possibilité de sauver le graphique sous plusieurs formats en allant dans Fichier/Sauver sous

48 II) b) Sorties graphiques Package «manipulate» spécifique à RStudio

49 II) b) Sorties graphiques Packages «manipulate» spécifique à RStudio

50 II) b) Sorties graphiques Packages «manipulate» spécifique à RStudio La fonction «slider» permet de faire varier la valeur numérique d un paramètre

51 II) b) Sorties graphiques Packages «manipulate» spécifique à RStudio La fonction «picker» permet de choisir la valeur d un paramètre parmi une liste de valeurs.

52 II) b) Sorties graphiques Packages «manipulate» spécifique à RStudio La fonction «checkbox» permet de choisir entre les valeurs T ou F d un paramètre en cochant une case.

53 Package «manipulate» spécifique à RStudio Packages «manipulate» spécifique à RStudio Combinaison des différentes fonctions.

54 Comparaison Avec RStudio Sans RStudio Une seule fenêtre graphique autorisée Pas d écrasement automatique des graphiques Possibilité de visionner dans la fenêtre graphique les différents graphes créés lors de la session Plusieurs fenêtres graphiques autorisées Par défaut, écrasement automatique des graphiques Exportation des graphiques plus intuitive Package spécifique à RStudio pour manipuler les graphiques de manière interactive.

55 Conclusion Interface plus interactive que R Interface plus ergonomique que R Pas une interface clique bouton pour les fonctions (anova, PCA, )=> Besoin de taper les lignes de commandes (connaissance du langage R indispensable pas comme Rcmdr) Certaines fonctions propres à Rstudio Bientôt : possibilité de faire présentation power point

56 La documentation RStudio Et aussi : R Presentations, Package Development, RStudio Server, More.

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