Cahier des Clauses Techniques Particulières

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1 MARCHES PUBLICS DE FOURNITURES COURANTES ET SERVICES INRA Centre de Recherche ANGERS - NANTES SERVICES DECONCENTRES D APPUI A LA RECHERCHE Service des Marchés Rue de la Géraudière Bâtiment Erdre BP NANTES CEDEX 3 Tél: ACQUISITION, INSTALLATION ET MISE EN SERVICE D UN SPECTROMETRE DE MASSE MALDI-MS/MS POUR DES ANALYSES DE POLYSACCHARIDES ET DES ANALYSES PROTEOMIQUES Cahier des Clauses Techniques Particulières

2 Institut National de la Recherche Agronomique REPUBLIQUE FRANCAISE MINISTERE DE L'AGRICULTURE ET DE LA PECHE MINISTERE DE LA RECHERCHE ET DE L'ENSEIGNEMENT SUPERIEUR Unité Biopolymères, Interactions, Assemblages B.P F44316 Nantes Cedex 3 - Tél. (33) Fax Cahier des charges (CCTP) Objet : Acquisition, installation et mise en service d un spectromètre de masse à source d ionisation par MALDI (en mode positif et négatif), permettant de réaliser des mesures de type MS (en mode linéaire et réflectron) et MS/MS. Contact : Hélène Rogniaux courrier électronique : helene.rogniaux@nantes.inra.fr tel : Descriptif La composante spectrométrie de masse de la plate-forme instrumentale BIBS (INRA Unité de recherche BIA, Nantes) souhaite s équiper d un spectromètre de masse à ionisation MALDI muni d un analyseur à temps de vol, permettant de réaliser des mesures de masse en modes linéaire ou réflectron, ainsi que de réaliser des mesures de masse sur les ions fragments produits par fragmentation métastable en source ou post source, ou par CID (collision induced dissociation). Cet instrument sera utilisé prioritairement pour analyser les produits de dégradation enzymatique de polysaccharides d origines variées (mélanges de composés de nature oligosaccharidique ; oligosaccharides neutres, acides uroniques et polyuroniques, oligosaccharides méthylés, feruoylés, sulfatés, ). L instrument sera également utilisé pour réaliser des identifications de protéines en protéomique (par empreinte de masses peptidiques et par empreinte de fragments peptidiques), ainsi que pour développer des applications en imagerie moléculaire par spectrométrie de masse. Le système proposé devra posséder a minima les caractéristiques suivantes : 1- Source MALDI : Laser à phase solide avec vitesse de tir variable (possibilité de vitesse de tir supérieure à 200 Hz). Le profil énergétique doit être équivalent à celui d un laser à azote de façon à obtenir des résultats équivalents sur des préparations en couche mince avec des matrices de type DHB ou HCCA. Laser garanti (fonctionnement sans maintenance) pour un minimum de 800 millions de tirs Atténuation du laser réglable (réglage piloté par informatique) Focalisation du laser réglable (réglage piloté par informatique) entre 10µm (ou moins) et 100µm (ou plus).

3 Déplacements des cibles motorisé en X et Y, avec un pas de 2 µm ou moins Cibles MALDI réutilisables pouvant accueillir 384 dépôts. Deux seront fournies à la livraison. Cibles MALDI réutilisables pouvant accueillir 96 dépôts, au format standard (plaques de microtitration). Dix seront fournies à la livraison. Cibles fonctionnalisées avec un matériel hydrophobe permettant de concentrer le dépôt (taille du dépôt inférieure à 0.5 mm). Cinq seront fournies à la livraison. Caméra CCD haute résolution (agrandissement minimum d un facteur 25) avec visualisation de l image sur le PC d acquisition Extraction retardée des ions (paramètres réglables informatiquement) Les lentilles d extraction des ions doivent être accessibles et permettre un entretien en routine aisé par l utilisateur La source sera équipée d un système de nettoyage ne nécessitant pas la mise à l air de l appareil. 2- Analyseur TOF : Analyseur à temps de vol. Tube linéaire de longueur supérieure à 120 cm Réflecteur électrostatique. Longueur effective du tube en mode réflectron supérieure à 200 cm Opération en modes positif et négatif Gamme de masse : 0 à Da (ou plus) mode linéaire 0 à Da (ou plus) mode réflectron Résolution : supérieure à 5000 FWHM (mesurée sur m/z 2500) mode linéaire supérieure à FWHM (mesurée sur m/z 3000) mode réflectron Précision de mesure de masse : o Mode linéaire : inférieure ou égale à 50 ppm calibration interne inférieure ou égale à 200 ppm calibration externe o Mode réflectron : inférieure ou égale à 5 ppm calibration interne inférieure ou égale à 20 ppm calibration externe Les spécifications ci-dessus doivent pouvoir être obtenues dans un environnement climatisé standard (21 C ± 1.5 C). Sensibilité : meilleure que 500 attomole (quantité déposée, pour des peptides de m/z inférieurs à 4000) 3- MS/MS : Acquisition des spectres MS/MS en une seule étape d analyse Sélection automatisée possible des ions à fragmenter Sélection des ions avec une résolution meilleure que 500 FWHM à m/z 1000 Possibilité de fragmenter par CID haute énergie (> 5 kev) (collision induced dissociation) avec addition de gaz Possibilité d analyser les fragments métastables (PSD en un seul spectre ou ré accélération des ions métastables) Possibilité de fragmenter par ISD (in source decay) une protéine entière (MW de 30 kda ou plus) pour un séquençage N-terminal en acides aminés Résolution des spectres MS/MS : supérieure à 3000 FWHM (mesurée sur m/z 2500) Précision de mesure de masse en MS/MS : inférieure ou égale à 50 ppm calibration interne inférieure ou égale à 150 ppm calibration externe Sensibilité : meilleure que 500 attomoles (pour un dépôt de Glu-Fibrinopeptide, avec obtention d un rapport signal/bruit de 10/1 sur les ions fragments en 1000 tirs)

4 4- Détection et acquisition du signal. Informatique : Deux détecteurs (linéaire et réflectron) à galettes de micro-canaux de type ADC (Analog to Digital Converter). Conversion A/D à 2 GHz Station d acquisition de type PC (fournie sous Windows XP) intégrant deux processeurs de dernière génération, un disque dur de 500 Gb, 3 GB de RAM. Un écran couleur LCD 20'', un clavier, une souris, une imprimante laser Un logiciel d acquisition sous environnement Windows XP, permettant l optimisation automatique et complète du signal avant l acquisition, l acquisition et le stockage automatique des données Une licence du logiciel sera fournie. Un logiciel de retraitement complet des spectres obtenus, permettant notamment : o L assignation automatique des fragments sur les spectres MS/MS ; la nature (acides aminés, sucres) et le type de fragments être paramétrables par l utilisateur o Le calcul d une formule chimique à partir d un m/z donné o Le traitement quantitatif des spectres MS et MS/MS o L export automatique des données acquises en format de type Excel. o Un éditeur de séquences protéiques, permettant d effectuer l assignation du signal (MS et MS/MS) à une séquence définie o Le séquençage de novo d un peptide à partir de son spectre MS/MS o L interfaçage avec le logiciel MASCOT (Matrix Science) pour identifier les protéines dans les banques de données Deux licences de ce logiciel seront fournies. 5- Encombrement : Encombrement au sol de 1.3 x 1.3 m 2 au maximum. Hauteur inférieure à 2,5 m. 6- Formation : Formation à l utilisation du système décrit lors de l installation, d une durée minimum de 2 jours, pour 3 utilisateurs. Formation au logiciel de retraitement des données (3 utilisateurs) Formation complémentaire sur site après quelques semaines de fonctionnement, après entente avec l Ingénieur responsable du laboratoire (1 journée, 3 utilisateurs) Formation de premier niveau à la maintenance préventive (2 utilisateurs). 7- Garantie : 3 années de garantie totale (pièces, main d œuvre et déplacement) avec visite de maintenance préventive Evolution des logiciels fournis (acquisition et retraitement) assurée dans la période de garantie L'offre précisera les délais et les modalités d intervention (coût du déplacement et coût horaire de l'intervention sur site) en termes de Service Après Vente. 8- Evolutivité : Insertion des cibles automatisée par un robot 9- Délais de livraison et d installation : La livraison et l installation auront lieu dans un délai de 4 mois maximum à la notification du marché

5 OPTIONS Option 1 : Un robot de préparation automatisé des échantillons pour l imagerie moléculaire par MALDI (vaporisation de la solution de matrice avec une résolution spatiale inférieure ou égale à 50 µm) Option 2 : Un logiciel d acquisition automatique d images par spectrométrie de masse MALDI-MS et de reconstitution de cartes en 2 dimensions (X, Y) (pour un m/z considéré, avec une indication d intensité). Option 3 : Cibles 96 positions permettant de réaliser des mesures en MALDI sans matrice et éventuels adaptateurs. Cinq seront fournies.