Responsable scientifique: Johanne Tremblay Responsable technique: Gilles Corbeil

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1 Responsable scientifique: Johanne Tremblay Responsable technique: Gilles Corbeil

2 Service de biopuces Équipements Affymetrix au CRCHUM Acquisition en 2004 (FCI - Dr Hamet) Système GeneChip (Format cartouche) Applications: Transcription Génotypage CNV Régulation génique Acquisition en 2010 (FCI - Dr Prentki et Dr Hamet) Applications: Système GeneTitan (Format plaque) Transcription (haut débit) En plaques de 16, 24 ou 96 échantillons Génotypage (haut débit) En plaque de 96 échantillons seulement

3 Service de biopuces Équipements au CRCHUM Acquisition en 2004 Bioanalyseur 2100 d Agilent Applications: Analyse de la qualité de l ARN Analyse de l ARNc Analyse de l ADNc fragmenté Acquisition en 2008 PCR en temps réel 7900HT de Life Technologies Applications: Transcription Essais TaqMan et SYBR Green Génotypage CNV Essais TaqMan Essais TaqMan Applications: Acquisition en 2010 Robot Biomek FX P de Beckman Coulter Automatisation de protocoles Affymetrix pour la préparation des échantillons Génotypage de souris et de rats

4 Integrated Platform DNA Analysis: Genetic Variation Family based linkage studies Whole-genome disease association Pharmacogenetics Chromosomal copy number Population genetics Linkage Disequilibrium RNA Analysis: Phenotypic Variation Biomarker discovery Transcriptome analysis Alternative splicing Epigenetics (micrornas) Transcription factor binding (ChIP on chip) Affymetrix

5 Evolution of Affymetrix Genome-Wide SNP Arrays K K K 2006 GW GW 6.0 SNPs Copy Number Probes Axiom: A new Genotyping System from Affymetrix (2010) T A C G 96 ARRAY PLATE NEW ASSAY AUTOMATED/HANDS FREE HYB, WASH, STAIN, SCAN ON GENETITAN UP TO 700K SNPs PER ARRAY AUTOMATED TARGET PREP ON BECKMAN BIOMEK FX P TARGET PREP EXPRESS Affymetrix

6 Genomic locus mrna transcripts { Human Transcriptome Array 2.0 Human Transcriptome Array 2.0 WT Assay mer probes Number of replicates required per group More replicates = more power Increasing the number of replicates increases the probability of detecting smaller changes with more confidence Affymetrix

7 Two examples of alternative splicing analysis using Partek Genomics Suite

8 Overview of data analysis workflow Primary Quality Control Normalization/Summarization RMA GCRMA Secondary Statistical analysis ANOVA/Contrast method (LSD) Multiple test correction (FDR) List of significant changes Gene-level Exon-level Alternative splicing Tertiary Biological interpretation Pathway/Network analysis DAVID (free) IPA (5-users license/ $2500 each user)

9 Affymetrix Transcriptome Analysis Console (TAC) Software Works in conjunction with Affymetrix Expression Console software Enables analysis and identification of: Differential expression at the Gene (Transcript) level Differential expression at the Exon level Detection of Alternative Splicing TAC minimum system requirements: 64-bit computer running Windows 7 or better Quad-core or better running at 2.83 GHz or higher 8 GB of RAM required (16GB or more recommended) Best of all It s Free! TAC performs the statistical analysis and includes many visualization tools for easy interpretation Affymetrix

10 Utilisation par le client: Service de génotypage de souris et de rats Kit d extraction «REDExtract-N-Amp Tissue PCR kit» XNAT-1KT, 100 extractions, GRM: , prix: $ XNATR-1KT, 1000 extractions, GRM: , prix: $ À fournir par le client: La «RED TAQ» incluse dans les kits XNAT et XNATR Les oligos (tubes concentrés) du gène d intérêt Les conditions PCR (températures et cycles) et le poids moléculaire des bandes Un aliquot de 120 µl d ADN dans un tube Eppendorf de 1.5 ml bien identifié Le service s engage à: Génotyper les échantillons d ADN extraits par le client en utilisant le robot Biomek FX P de Beckman Coulter Envoyer au client un fichier Excel contenant une image du gel avec l identification des échantillons Tester 12 échantillons pour tout nouveau gène Aviser le service, une semaine à l avance, du nombre approximatif de souris à génotyper

11 SERVICES ET TARIFICATION* Biopuces en cartouche prix/échantillon prix total Gene 2.0 ST (humain, souris et rat) 450 $ HTA 2.0 ( souris et rat disponibles bientôt) 560 $ HTA FFPE 620 $ mirna 4.0 (toutes les espèces sur une biopuce) 420 $ SNP 6.0 (44 échantillons incluant au moins 15 femmes) 670 $ $ Biopuces en plaque Axiom Genome-Wide Exome 1 Array Plate (96) 250 $ $ Axiom Genome-Wide Array Plate - CEU, ASI, AFR (96) 355 $ $ Autres services Bioanalyseur 2100 (12 échantillons par nanopuce) 5 $ 60 $ Purification de l ARN total avec RNeasy MinElute Kit 10 $ Extraction de l ARN (Trizol/RNeasy) et Bioanalyseur $ Génotypage de souris et de rats 2 $ Essais TaqMan - Génotypage 1.60 $ Essais TaqMan - CNV (N=4/échantillon) 8 $ Essais TaqMan - Transcription (N=3/échantillon) 8 $ Taux horaire - Analyses Statistiques et autres 43 $ Les prix incluent les réactifs, le service et les taxes. Les prix pourraient être sujets à modification. * Tarifs pour chercheurs réguliers CRCHUM, autres tarifs disponibles sur demande.

12 À CONTACTER Responsable du service Dr Johanne Tremblay Téléphone: Courriel : johanne.tremblay@umontreal.ca Responsable technique Gilles Corbeil Local: R Téléphone: poste Courriel : gilles.corbeil.chum@ssss.gouv.qc.ca