Brest (29) Lessay (50), Mars 2012

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1 Conclusions Projet Aquamanche Aquatic management of catchments for health and environment Gestion des eaux des bassin versants pour la santé et l environnement Brest (29) Lessay (50), Mars 2012

2 Les outils TSM appliqués au niveau des bassins versants Une quinzaine de marqueurs testée : - Marqueurs Bacteroidales Humain, Ruminant, Porc, Mouton - marqueurs Humain et Ruminant efficaces - marqueur Bacteroidales Porc : intérêt limité pour lisiers épandus - marqueur Ovin : retrouvé dans l environnement mais seuil de détection élevé - Entérocoques - marqueur Humain et marqueur Humain + bovin - pas de résultat quantitatif - Génogroupes I-IV des bactériophages - génogroupe II Humain : détecté dans l environnement - génogroupe I Animal : pas de mise en évidence pollution bovine - genogroupes III et IV : peu retrouvés dans l environnement - Bactériophages de Bacteroides GB124 - seulement marqueur Humain : détecté dans l environnement - ADN mitochondriaux - indiquent une contamination autre que fécale - pas bien corrélé avec les indicateurs de contamination fécale

3 Application de l ensemble des marqueurs TSM du projet sur des échantillons d eaux communs 29 septembre prélèvements par site sur une période de 3 h. Marqueurs Bacteroidales Marqueurs Bacteroidales Concentrations > > SP < PB 2 D SP Steer Point FC / 100 ml SF / 100 ml Salinité 34 34,9 PB Pulisch Bridge FC / 100 ml SF / 100 ml Salinité > D Bactériophages FRNAPH I-IV Bactériophages FRNAPH I-IV Bactériophages de Bacteroides Bactériophages de Bacteroides ADN mitochondriaux ADN mitochondriaux

4 Application de l ensemble des marqueurs TSM du projet sur des échantillons d eaux communs 29 septembre prélèvements par site sur une période de 3 h. SP Steer Point PB Pulisch Bridge FC / 100 ml SF / 100 ml Salinité 34 34,9 FC / 100 ml SF / 100 ml Salinité 0 - Contamination humaine mise en évidence par la majorité des marqueurs (PB) - Contamination par des ruminants également mise en évidence - Bacteriophages de Bacteroides GB124 semblent moins sensibles - Résultats peuvent varier selon les cibles et selon les protocoles - Essais à réaliser sur d autres eaux

5 Les connaissances acquises sur les sites - Bassin versant de l Ouse (Sussex) - Sur les 26 sites suivis, conc. E. coli > 500 / 100 ml - Présence de phages somatiques (26 sites), phage humain (22 sites) - Présence de contamination humaine et non-humaine - Bassin versant de l Yealm (Devon) - Contamination principalement par les ruminants sur les 2 sites - Contamination peut varier sur un même site au cours du t temps - Faible corrélation avec les paramètres physico-chimiques - Bassin versant de l Ay (Normandie) - Présence d une contamination par les ovins notamment dans et en sortie du havre - Contamination humaine également détectée - Bassin versant de la Mignonne (Bretagne, Finistère) - Contamination mixte au niveau de Daoulas - Contamination principalement par les ruminants dans certains sous-bassins agricoles amont - Faible contamination des sites côtiers

6 Le projet AquaManche - Réunions entre les partenaires tous les 6 mois - Formation dans les autres laboratoires - Dissémination des résultats : publications, participations à des conférences, réunions avec des groupes de travail sur les sites

7 Publications AquaManche - Publications Nnane D.E., Ebdon J.E., Taylor H.D., 2011 Integrated analysis of water quality parameters for cost-effective faecal pollution management in river catchments, Water Research, 45, Mauffret A., Mieszkin S., Morizur M., Alfiansah Y., Lozach S., Gourmelon M., soumis à JAM. Recent innovation in microbial source tracking using bacterial real-time PCR markers in shellfish. Mauffret A., Caprais M.P., Gourmelon M., en revision à AEM. Relevance of Bacteroidales and F-specific RNA bacteriophages for efficient tracing of fecal contamination at catchment level. Mieszkin S., Caprais MP., Le Mennec C., Le Goff M., Gourmelon M., soumis à AEM. Identification of the origin of fecal contamination in shellfish and environmental waters from a French estuary using Bacteroidales markers and F-specific RNA bacteriophages.

8 Perspectives Projet RiskManche? Projet soumis le 13 Février 2012 Réponse le 21 Juin 2012 Principaux objectifs : - Recherche de bactéries et virus entériques pathogènes en association avec les marqueurs TSM (microbiens et chimiques) dans l environnement - Evaluation de la virulence et de la résistance aux antibiotiques de souches isolées - Poursuite de la modélisation BV sur le site de l Université de Brighton - Perception et communication des risques - Sites d étude en France et en Angleterre Géosciences

9 Pour plus de détails sur les traceurs de sources microbiennes - Dossier sur les traceurs de Sources Microbiennes : revue Technique Sciences Méthodes N 3 Mars Gourmelon M., Caprais M.P., Kay D., Stapleton, Techniques de dépistage des sources de pollution microbiennes : méthodologies, application et retour d expériences concernant l identification des pollutions en zones littorales en France et au Royaume-Uni. Techniques Sciences Méthodes, N 4, Mieszkin S. Diagnostic moléculaire de l'origine des contaminations fécales dans l'environnement littoral - Développement de marqueurs Bacteroidales spécifiques de l'hôte. Thèse Doctorat UBO, octobre 2010 ( - Colloque Qualité sanitaire des eaux de baignade et conchylicoles Le point sur les traceurs de sources microbiennes (TSM) pour identifier l origine des pollutions fécales. Octobre (résumés et présentation : - Publications sur les traceurs TSM autres que celles du projet AquaManche Contact: mgourmel@ifremer.fr ; alain.rince@unicaen.fr

10 Merci pour votre attention Merci également A tous les partenaires d AquaManche et au programme Interreg Manche à l ASTEE pour les numéros TSM