L Équipe de Microbiologie Aquatique

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1 L Équipe de Microbiologie Aquatique Unité Mixte de Recherche INRA Université de Savoie Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Écosystèmes Limniques

2 Les effectifs au 9 novembre 2005 Chercheurs à Thonon 1 DR INRA qui part en 2006 (pour un autre Institut)? 1 DR IRD qui part en 2006 (en retraite) 2 jeunes CR1 1 jeune CR2 également HDR Pas de recrutement prévu en enseignants-chercheurs de l Université de Savoie 1 PR qui partira en 2009 (retraite) 1 jeune MC en délégation INRA Aucun recrutement prévu en ingénieurs 2 AI (1 à Thonon et 1/5 à l Université de Savoie) 1 IE qui part en 2008 (retraite) Aucun recrutement prévu en techniciens 2 TR à Thonon Aucun recrutement prévu en étudiants en thésards, 4 Masters

3 Problématique de Recherche évaluer la diversité, la dynamique et le fonctionnement des communautés microbiennes aquatiques des virus aux protozoaires

4 Terrains de jeu Les lacs Léman, d Annecy et du Bourget Les 3 plus grands lacs naturels français

5 Terrains de jeu Des lacs de haute montagne (Haute-Savoie), des rivières (La Morcille, l Arve, le Mercube) et d autres lieux plus inattendus (réseaux d assainissement, lacs réservoirs africains, lacs réservoirs du Bassin de la Seine)

6 Thèmes de Recherche & personnels scientifiques impliqués Dynamique et diversité du phytoplancton (microalgues) - Bio-indicateur d état trophique - Efflorescences - Criminalistique - Paléolimnologie - Productivité des écosystèmes - Algothèque Jean-Claude DRUART Rémy TADONLEKE Stéphan JACQUET Agnès BOUCHEZ Jean-François HUMBERT Éliane MENTHON Anne ROLLAND Enora BRIAND *

7 Thèmes de Recherche & personnels scientifiques impliqués Dynamique et diversité des communautés microbiennes caractéristiques de la boucle microbienne - Virus, bactéries, picocyanobactéries, flagellés, ciliés - identité, rôle, fonction Stéphan JACQUET Isabelle DOMAIZON Dominique FONTVIEILLE Rémy TADONLEKE Jean-François HUMBERT Brigitte LEBERRE Annie MILLERY Sébastien PERSONNIC Ursula DORIGO Lyria BERDJEB Dynamique spatio-temporelle de ces Cécile LEPERE * communautés et identification des facteurs et processus contrôlant cette dynamique et diversité

8 Thèmes de Recherche & personnels scientifiques impliqués Dynamique et diversité des cyanobactéries, unicellulaires, coloniales et filamenteuses - Taxonomie classique et moléculaire - Dynamique des populations et déterminisme des proliférations - Espèces invasives & évolution - Production de toxines Jean-François HUMBERT Philippe DUFOUR Stéphan JACQUET Jean-Claude DRUART Rémy TADONLEKE Brigitte LEBERRE Éliane MENTHON Jean-Pierre BOSSE Laura OBERHAUS * Anne ROLLAND Enora BRIAND *

9 Thèmes de Recherche & personnels scientifiques impliqués Impact des xénobiotiques sur la structure et le fonctionnement des communautés microbiennes aquatiques (bio-indicateurs) - Effets simultanés sur la diversité et la réponse fonctionnelle au sein de communautés naturelles (planctoniques et benthiques) et utilisation d organismes modèles (cultures) - utilisation comme outils d évaluation - Relations structure fonction - Notions de résistance et résilience Agnès BOUCHEZ Jean-François HUMBERT Rémy TADONLEKE Brigitte LEBERRE Éliane MENTHON Aurélie VILLENEUVE

10 Biologie Moléculaire - 2 appareils à PCR, 3 générateurs/cuves à électrophorèse, 1 système de DGGE, 1 système PFGE en cours d acquisition - Appareil à PCR quantitative - Séquenceur automatique - Système numérique pour saisie de gels + soft d analyse Biochimie - Lecteur de microplaques (absorbance), lumino-fluorimètre en plaques - Fluorimètre (Turner) - Chaîne HPLC (Waters) avec détecteur UV à barrette de diode, détecteur de fluorescence, passeur automatique d'échantillons Microscopie à épifluorescence, inversée, classique Cytomètrie en flux / trieur de cellules FACSCALIBUR Compteur à scintillation liquide Les moyens matériels Chambres et enceintes de culture, 1 algothèque 1 laboratoire de chimie minérale «complet» Équipements pour le terrain (bateaux, sonde spectro-fluorimétrique immergeable, 2 systèmes de mesure de lumière LI-COR, 1 irradiance-mètre )

11 L Écologie virale à Thonon Mi-2002: naissance de la thématique à Thonon : Thèse de Sébastien PERSONNIC! Dynamique de la communauté sur les 3 lacs! Rôle des virus bactériophages comme agents de mortalité bactérienne et liens avec les prédateurs flagellés : Thèse d Ursula DORIGO! Diversité des cyanophages du lac du Bourget 2004: Master2 de Solange DUHAMEL! Dynamique de la communauté sur le Léman et rôle des virus comme agents de mortalité bactérienne! Détection des virus dans les sédiments lacustres 2006: Master2 de Lyria BERDJEB (et thèse on espère!)! Dynamique de la communauté virale pour les lacs d Annecy et du Bourget! Rôle des virus dans la redistribution des ressources nutritives et des modifications de la diversité bactérienne

12 L Écologie virale à Thonon Jacquet, S., T. Sime-Ngando, U. Dorigo, A. Millard, B. Leberre, J. Lepault and B. Delmas. A new virus infecting PE-rich freshwater picocyanobacteria. En préparation pour J. Phycol. Personnic, S., I. Domaizon, U. Dorigo, B. Leberre and S. Jacquet. Flow cytometric analyses of microbial communities (viruses, bacteria and small phytoplancton) on Lakes Annecy, Bourget and Geneva, France. En préparation pour Aquat. Microb. Ecol. Sime-Ngando, T., I. Domaizon, P. Perney, U. Dorigo, S. Personnic and S. Jacquet. Diel patterns of virus-bacteria interactions at two different periods of the year in the largest natural French lake. En préparation pour Aquat. Microb. Ecol. Jacquet, S., T. Sime-Ngando, I. Domaizon and S. Personnic. Do small grazers only influence viral-induced bacterial mortality? Soumis à Limnol. Oceanogr. Dorigo, U., S. Personnic and S. Jacquet. Necessary tests for accurate counting of freshwater microbial communities using either flow cytometry or epifluorescence microscopy. En révision pour Water Res. Duhamel, S. and S. Jacquet. Flow cytometric analysis of bacteria and virus-like particles in lake sediments. Sous presse dans J. Microbiol. Methods Jardillier, L., D. Boucher, S. Personnic, S. Jacquet, A. Thénot, D. Sargos, C. Amblard and D. Debroas. Relative importance of nutrients and mortality factors on prokaryotic community composition in two lakes of different trophic status. Sous presse dans FEMS Microbiol. Ecol. Duhamel, S., I. Domaizon, S. Personnic and S. Jacquet. Assessing the microbial community dynamics and the role of viruses as bacterial mortality agents in Lake Geneva. Sous presse dans La Revue des Sciences de l eau Jacquet, S., I. Domaizon, S. Personnic, S. Duhamel, A. S. Pradeep Ram, M. Heldal and T. Sime-Ngando Estimates of protozoan and virus-mediated mortality of bacterioplankton in Lake Bourget (France). Fresh. Biol. 50: Dorigo, U., S. Jacquet and J.-F. Humbert Cyanophage diversity, inferred from g20 sequence analyses, in the largest French lake in France, Lake Bourget. Appl. Environ. Microbiol. 70:

13 L Écologie virale à Thonon Personnic, S. et S. Jacquet. Les virus, gouverneurs des écosystèmes aquatiques. La Recherche (accepté) Duhamel, S., S. Personnic, Y. Bettarel, T. Sime-Ngando et S. Jacquet. Les virus planctoniques un compartiment biologique clé des écosystèmes aquatiques. Le Courrier de l Environnement (soumis) Duhamel, S., S. Personnic et S. Jacquet Importance des virus en milieu lacustre. INRA mensuel n 122, pp 8-9 Jacquet, S Virus planctoniques: des tueurs très utiles! Biofutur 213:57-61