Notice biographique Repères biographiques communs. Grade : Professeur à l'université de Bordeaux depuis 1994

Transcription

1 Nom : ROLIN Corps : Professeur des universités Equipe de recherche Ecole doctorale Notice biographique Repères biographiques communs Prénom : DOMINIQUE Grade : Professeur à l'université de Bordeaux depuis 1994 Section : 66 THEMES DE RECHERCHE : Biologiste de formation, j ai consacré l essentiel de mes recherches à comprendre le métabolisme des plantes (Soja, Maïs, Tomate, Melon, etc.) et des microorganismes (Hebeloma mossea, Bradyrhizobium japonicum, etc). Aujourd hui au sein de l UMR Biologie du Fruit et Pathologie, nous essayons de développer des approches de biologie des systèmes pour comprendre le développement des fruits charnus en utilisant la tomate comme modèle des fruits charnus. L objectif finalisé de notre recherche est de mieux comprendre la biologie du fruit et de fournir des connaissances pour améliorer la qualité du fruit et le rendement. Les outils de la génomique fonctionnelle comme la métabolomique et la fluxomique nous permettent d explorer la complexité des réseaux métaboliques et d en étudier leur régulation. La qualité du fruit et le rendement dépendent fortement des caractéristiques du métabolisme carboné, nos efforts portent actuellement sur l étude de la plasticité et/ou l'élasticité du métabolisme au cours du développement des fruits soumis aux contraintes de l environnement. Directeur de thèse Etablissement du doctorat

2 Garant de l' habilitation à diriger les recherches

3 Publications caractéristiques des domaines de spécialités PUBLICATIONS : H. Ferry-Dumazet, L. Gil, C. Deborde, A. Moing, S. Bernillon, D. Rolin, M. Nikolski, A. de Daruvar and D. Jacob (2011) MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant NMR metabolomic profiles. BMC Plant Biology 11:104 - E. Allen, A. Moing, J. Wattis, T. Larson, M. Maucourt, I. Graham, D. Rolin, M. Hooks (2011) Evidence that ACETATE NON-UTILIZING 1 prevents carbon leakage from peroxisomes during lipid mobilization in Arabidopsis seedlings Biochemical Journal 437, Neily MH, Matsukura C, Maucourt M, Bernillon S, Deborde C, Moing A, Yin Y, Saito T, Mori K, Asamizu E, Rolin D, Moriguchi T, Ezura H (2010) Enhanced polyamine accumulation alters carotenoid metabolism at the transcriptional level in tomato fruit over-expressing spermidine synthase. Journal of Plant Physiology 168: A. Moing, A. Aharoni, B. Biais, I. Rogachev, S. Meir, L. Brodsky, W. Allwood, A. Erban, W. Dunn, L. Kay, S. Koning, R. de Vos, H. Jonker, R. Mumm, C. Deborde, M. Maucourt, S. Bernillon, Y. Gibon, T. Hansen, S. Husted, R. Goodacre, J. Kopka, J. Schjoerring, D. Rolin and R. Hall (2011) Extensive metabolic cross-talk in melon fruit revealed byspatial and developmental combinatorial metabolomics. New Phytologist 190: Allen E, Moing A, Ebbels TMD, Maucourt M, Tomos AD, Rolin D, Hooks M (2010). Correlation Network Analysis reveals a sequential reorganization of metabolic and transcriptional states during germination and gene-metabolite relationships in developing seedlings of Arabidopsis. BMC Systems Biology 4: 62. Biais B, Beauvoit B, William Allwood J, Deborde C, Maucourt M, Goodacre R, Rolin D, Moing A. (2010). Metabolic acclimation to hypoxia revealed

4 by metabolite gradients in melon fruit. J. Plant Physiol. 167: Champagne A, Bernillon S, Moing A, Rolin D, Legendre L, Lebot V (2010). Carotenoid profiling of tropical root crop chemotypes from Vanuatu, South Pacific. Journal of Food Composition and Analysis: 23: Horchani F., Stammitti-Bert LO., Baldet P., Cabasson C., Brouquisse R.,., Rolin D., Aschi-Smiti S., Raymond P. and Gallusci P.(2010) Effect of prolonged root hypoxia on the antioxydant content of tomato fruit. Plant Sciences 179: How Kit A., Boureau L., Stammitti-Bert L., Rolin D., Teyssier E. and Gallusci P. (2010) Functional analysis of SlEZ1 a tomato Enhancer of zeste (E(z)) gene demonstrates a role in flower development. Plant Molecular Biology 74: Ward J., Baker J.M., Miller S., Deborde C., Maucourt M., Biais B., Rolin D., Moing A., Moco S., Vervoort J., Lommen A., Schäfer H., Humpfer E., Beale M.H. (2010) An inter-laboratory comparison demonstrates that [1H]-NMR metabolite fingerprinting is a robust technique for collaborative plant metabolomic data collection. Metabolomics, 6: Titres et diplomes : Diplômes : HDR 2003 Université de Rennes, Thèse de l Université de Rennes 1987 Parcours : Professeur à l Université Bordeaux Segalen Maître de Conférences à l'université de Rennes I : Ingénieur commercial pour SERONO (Société de diagnostic en biologie) : Chargé de recherche au United States Department of Agriculture, Plant and Soil Biophysics Unit. (Philadelphie, USA) : Chercheur contractuel du Ministère de l'industrie et de la Recherche à l'université de Rennes : Assistant à l'université de Rennes I : Professeur au Lycée Lyautey à Casablanca (Maroc).

5 Activités professionnelles dans le Supérieur : CHARGES ADMINISTRATIVES et SCIENTIFIQUES à l'université de Bordeaux: Membre de la commission de spécialistes de l Université Membre élu du conseil de l UFR des Sciences de la Vie Chargé des relations internationales à l UFR des Sciences de la Vie Membre élu du conseil scientifique du Département de Biologie Végétale (INRA) Directeur de la plate-forme de Métabolomique et Fluxomique de Bordeaux Membre de la section CNU Directeur de l UMR 619 Physiologie et Biotechnologie Végétales (INRA-UB1-UBS) Responsable scientifique de l Equipe «Régulation Métabolisme» Fondateur et trésorier du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) Directeur de l UMR 619 Biologie du fruit (INRA-UB1-UBS) Président de la section 66 du CNU Directeur du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux Président du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique Président de la Commission Scientifique Spécialisée EGBIP de l INRA Membre nommé du conseil scientifique du Département de Biologie Végétale (INRA)

6 Autres activités professionnelles : Directeur du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux Le Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux (CGFB) est une structure fédérative portée par l Université Bordeaux Segalen (UBS) en partenariat avec l Université Bordeaux 1 (UB1), l Institut Polytechnique de Bordeaux (IPB), le CNRS, l INRA, l INSERM, le CHU de Bordeaux et l Institut Bergonié. Le projet a permis la mise en place d une infrastructure scientifique et technologique destinée à l étude du vivant à l échelle cellulaire et moléculaire. L impact du projet est à la fois scientifique et socio-économique. L infrastructure mise en place constitue un facteur de compétitivité pour les équipes régionales de recherche et favorise les rapprochements entre les laboratoires de recherche et le secteur industriel. Cette double mission se traduit par une implication de l infrastructure dans plusieurs pôles de compétitivité labellisés (Route des Lasers et Xylofutur) ainsi que dans la filière Vigne et Vin. Sept plates-formes scientifiques et technologiques existent et sont opérationnelles au sein du CGFB : Génome Transcriptome, Protéomique, Métabolome, Biologie Structurale, Imagerie (Bordeaux Imaging Center) et Bioinformatique (CBIB) Elles permettent de mutualiser du personnel et des équipements lourds. Chaque plate-forme couvre un domaine technologique et assure 3 types d activités : - prestation de services de haute technicité, - formation (initiale et continue) et animation scientifique, - développement méthodologique et/ou technologique. Chaque plate-forme doit favoriser les activités de valorisation industrielle notamment autour des activités de développement technologique. Les plates-formes s efforcent de se conformer à la charte des plates-formes de recherche en sciences du Vivant qui a été définie au niveau national par les organismes de recherche dans le cadre du GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie (IBiSA) ( ). Toutes les plates-formes ont été labellisées plates-formes IBiSA et trois plates-formes (Bioinformatique, Génome-Transcriptome et Métabolome) ont été reconnues «Plate-forme Stratégique» pour l INRA.

7 Informations complémentaires : Président du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) L'analyse du métabolisme connaît un essor considérable depuis l'émergence d'approches globales permettant de caractériser le comportement métabolique à l'échelle d'une cellule, d un tissu ou d'un organisme entier. La métabolomique représente ainsi l'étude des petites molécules du vivant (les métabolites) et complète, avec la génomique, le transcriptomique et la protéomique, différentes approches permettant soit de phénotyper le vivant, soit de caractériser finement les mécanismes métaboliques à l'échelle cellulaire ou tissulaire, avec des domaines d'applications très 8pxs couvrant la santé, la nutrition, l'agriculture, le développement durable, les biotechnologies, l'environnement, la pharmacologie, etc. Domaine en plein essor, la métabolomique a été identifiée par la revue Nature comme l un des enjeux scientifiques majeurs pour la décennie à venir (Nature, 2010, 463 : 26-32). Dans un contexte international très compétitif, la communauté nationale a ressenti dès 2005 le besoin de se rassembler et de se structurer autour de cette discipline émergente. Créé en 2005, le Réseau Français de Métabolomique-Fluxomique (RFMF) a ainsi pour but de rassembler tous ceux qui contribuent au développement de la métabolomique-fluxomique et plus 8pxment de l analyse globale du métabolisme en France, de faciliter les relations entre chercheurs, ainsi que d'assurer leur représentation dans les organismes nationaux et internationaux. Depuis cinq ans, ce réseau a mené différentes actions (journées scientifiques, école chercheurs, annuaire des sites & compétences, etc.) couvrant l ensemble des champs d applications de la métabolomqiue. Il représente de ce fait un observatoire privilégié de la structuration et de l évolution de cette discipline à l échelle nationale. Le réseau s est fixé comme objet de contribuer au développement de la Métabolomique-Fluxomique et plus 8pxment de l analyse globale du métabolisme en France par diverses actions : Favoriser les relations entre les chercheurs français (et étrangers) travaillant dans le monde de la Métabolomique-Fluxomique (public et privé) ; Favoriser / structurer l'enseignement et la formation en Métabolomique- Fluxomique; Organiser ou soutenir l organisation de congrès/colloques nationaux et internationaux, de journées thématiques. Favoriser la participation des jeunes chercheurs aux congrès nationaux et internationaux par des bourses. Attribuer des fonds de mission ou des prix pour des travaux en Métabolomique-Fluxomique