Rapport du comité d'experts

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1 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Spectrométrie de Masse Biologique et Protéomique - UMSR de l'ecole Supérieure de Physique Chimie Industrielles mai 2008

2 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Spectrométrie de Masse Biologique et Protéomique - UMSR de l'ecole Supérieure de Physique Chimie Industrielles mai 2008

3 Rapport du comité d'experts L'Unité de recherche : Nom de l'unité : Spectrométrie de Masse Biologique et Protéomique Label demandé : UMSR N si renouvellement : Nom du directeur : Mme Joëlle VINH Université ou école principale : Ecole Supérieure de Physique Chimie Industrielles (ESPCI) Autres établissements et organismes de rattachement : CNRS Date(s) de la visite : 26 mars

4 Membres du comité d'évaluation Président : M. Christian ROLANDO, Université de Lille Experts : M. Bruno DOMON, ETH Zurich, Suisse Expert(s) représentant des comités d évaluation des personnels (CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD ) : M. Alain M. GARDIER, Expert CoNRS section 30, Université Paris 11 Observateurs Délégué scientifique de l'aeres : M. Pascal DUMY Représentant de l'université ou école, établissement principal : M. Jacques PROST, Directeur M. Claude BOCCARA, Directeur scientifique Représentant(s) des organismes tutelles de l'unité : Mme Evelyne JOUVIN MARCHE 3

5 Rapport du comité d'experts 1 Présentation succincte de l'unité 5 permanents, 1 enseignant-chercheur, 1 chercheur, 3 ingénieurs, 2 doctorants, 1 postdoc 0 HDR, 0 HDR encadrant des thèses 0 membre bénéficiant d une PEDR 1 publiant 2 Déroulement de l'évaluation 8 h 30-8 h 45 Accueil du comité 8 h 45-9 h 30 Présentation générale du projet (Joëlle Vinh) 9 h h 30 Questions et Discussion 10 h h 00 Visite du laboratoire et discussions devant les affiches 12 h h 00 Repas du comité en présence des autorités de tutelles et délibération du comité 14 h h 00 Visite du laboratoire et discussions devant les affiches 15 h h 30 Délibération du comité 16 h 30 Restitution de synthèse par le Président 3 Analyse globale de l unité, de son évolution et de son positionnement local, régional et européen La Plateforme de protéomique, associée à celle de l Institut Curie est labélisée «opérationnelle RIO» (RIO : réunion interorganisme, CNRS, INSERM, CEA, INRA, Ministère de la Recherche), le plus haut niveau de labellisation. Elle est l une des sept plateformes françaises à avoir ce label. L Unité dispose d un parc d équipement récent et de haut niveau (spectromètre FT-MS, MALDI TOF-TOF, orbitrappe MALDI) et des spectromètres de base (MALDI, Q-TOF) pour l analyse protéomique ainsi que d un parc de nanochromatographie et en particulier de nanochromatographie bidimensionnelle impressionnant. Ce parc est complété par les robots de préparation des échantillons. L effort entreprit en terme de démarche qualité mérite d être souligné. La protéomique est une science «intégrative» qui couvre un ensemble de domaine de la biologie à la bioinformatique en passant par les sciences séparatives et la spectrométrie de masse. Cette demande de création d Unité bénéficie de ce point de vue d une position privilégiée en étant à l École Supérieure de Physique et Chimie de la Ville de Paris qui lui permet de bénéficier en interne de contacts aisés avec des équipes de chimie analytique, de microfluidique et de chimie organique d audience internationale. Le campus Montagne Sainte-Geneviève et en particulier la structure RTRA «De la Molécule aux Thérapies» facilite les collaborations dans le domaine biologique. L Unité est engagée dans de très nombreuses collaborations avec des équipes universitaires et industrielles tant de la région parisienne que de la France entière. Un effort devra être entrepris pour internationaliser ce réseau de collaboration. 4

6 4 Analyse équipe par équipe et par projet Le projet de l équipe comporte deux volets : un lié à l aspect service et l autre à l aspect recherche. Les très nombreuses collaborations, et la longévité de certaines témoignent de la qualité des services rendus. L Unité a fait le choix de se focaliser sur un certain nombre de techniques et de ne pas prendre en charge certains aspects de la protéomique (préparation des échantillons, électrophorèse bidimensionnelle). Ce choix est judicieux eu égard de sa taille critique. L électrophorèse bidimensionnelle est accessible dans le cadre du partenariat de la plateforme RIO avec l équipe de l Institut Curie. Le volet développement analytique porte sur deux projets majeurs : la mise en œuvre des techniques 2D-LC on-line qui permettent d obtenir une meilleure identification des protéines minoritaires tout en préservant un haut niveau de sensibilité et de haut-débit, et mise en œuvre de la technique MALDI-Orbitrappe. Le développement en nanolc bénéficie de la collaboration avec le laboratoire de chimie analytique de l ESPCI et le deuxième résulte de la mise à disposition d une machine de présérie (valeur approximative euros) par le constructeur. Dans les deux cas les recherches conduites sont à la pointe de la recherche du domaine. La plateforme participe au-delà des collaborations ponctuelles à des projets biologiques majeurs : Alzheimer (dans le cadre d un partenariat international et d un projet ANR), étude du dégradome des cellules épithéliales (en partenariat avec un industriel international de la cosmétique), étude de la signalisation du système immunitaire inné par analyse protéomique (en partenariat avec un laboratoire strasbourgeois), étude de la protéine mcuta chez la souris (en partenariat avec le Département de biologie de l ENS). Globalement de 2004 à 2008, les membres de l Unité ont publié huit publications de développement méthodologique dans les revues de références de la discipline et vingt-sept en collaboration avec des équipes de biologie. 5 Analyse de la vie de l'unité En termes de management : Le personnel de cette demande ce création d Unité est issue de l'umr L équipe de protéomique fonctionnait déjà comme une équipe autonome au sein de l'umr-7637 et l essentiel de ses recherches se faisait en collaboration avec des équipes extérieures. La demande de labellisation concrétise cette situation. Le Comité a noté avec plaisir que les deux directeurs d Unité s étaient mis d accord pour le fonctionnement des infrastructures et des consommables qui devraient rester communs. En termes de ressources humaines : La taille de l unité, qui est celle d une équipe, et les départs au cours de la précédente contractualisation rendent la nouvelle unité très homogène et opérationnelle. Le Comité note cependant l absence de chercheur titulaire de l habilitation à diriger les recherches et incite très fermement le porteur du projet à concrétiser sa soutenance, amplement possible. En termes de communication : Un effort doit être fait pour la participation aux congrès internationaux de la discipline et pour la présentation de communications orales et de conférences. L organisation depuis de nombreuses années d une formation permanente deux fois par an dans le cadre de la formation permanente du CNRS est un élément incontestable du rayonnement de l Unité. 5

7 6 Conclusions Points forts : Le point fort de cette demande de création d Unité est incontestablement la qualité des résultats obtenus en analyse protéomique sur des sujets complexes comme l analyse des modifications post-traductionnelles. Ce point fort est lié à son parc d équipement qui en fait une des plateformes de protéomique les mieux équipées de France, et très compétitive au plan international, mais encore plus à la compétence de l équipe tant du porteur de projet, que des ingénieurs et des doctorants et post-doctorants sur le sujet et à sa longue tradition dans le domaine. Points à améliorer : Le comité commande une focalisation sur des projets majeurs et l élagage des sujets hors des champs principaux. Pour le volet technologique les couplages multidimensionnels en nanolc en partenariat avec le laboratoire de Chimie analytique de l ESPCI et l approche MALDI, Orbitrappe ont paru à développer prioritairement. En biologie les collaborations avec des équipes de Strasbourg, de l École Normale Supérieure, la thématique Alzheimer et le partenariat avec un grand groupe international de la cosmétique sont particulièrement intéressants. Le Comité recommande également un effort de en terme de publication rapide des résultats. Globalement le Comité pense que le nombre des papiers reflète mal la qualité des développements et le travail fourni par la plateforme. Recommandations : Le comité donne un avis très positif sur la création d une Unité de Recherche et de Service centrée sur la protéomique. Il recommande aux tutelles d affecter de nouveau personnel statutaire, et de maintenir en cas de mobilité les postes affectés pour permettre une mise en œuvre optimale de la plateforme. Symétriquement le Comité recommande un engagement de l ensemble des personnels d Unité dans la participation à des contrats de type ANR ou contrats européens permettant le recrutement de doctorant ou de post-doctorant. 6