La fonction data() :

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1 La fonction data() : Cette fonction permet de lire des données internes un data.frame ou de lister les data frame existants Exemples: data() # liste de tous les data frame dans le package par défaut «datasets» data(usarrests) # charge le data frame USArrests help(usarrests) # donne des informations sur le data frame «USArrests», si elles existent data(package =.packages(all.available = TRUE))# Donne la liste de tous les data frames de tous les packages disponibles try(data(package = "rpart") )# liste des data frame dans le package rpart

2 La fonction library() Exemples: library():donne la liste des packages disponibles On peut en charger d autres par le CRAN par exemple library(cluster);data(agriculture);permet de charger le data frame «agriculture» du package «cluster» data(agriculture, package=«cluster»); permet aussi de charger ce data frame

3 Importer des fichiers read.table() Rappel: Pour les lectures et écritures dans un fichier,r utilise le repertoire de travail. getwd():permet de connaître ce repertoire setwd():permet de modifier le repertoire de travail exemple setwd(«c:/data») R peut lire des données stockées dans un fichier texte (ascii):read.table() la sortie est un data.frame arguments de cette fonction: file= nom du fichier, complet ou bien relatif au working directory sep= séparateur (espace par défaut) header= booléen (=TRUE si le nom des colonnes est en tête, FALSE sinon)

4 read.table(file=,sep=,header=) Exemple: import du fichier C:/ArR/fic.txt F=read.table(«C://ArR//fic.txt», sep=«\t»,header=true) Variantes:read.csv(), read.delim(),read.fwf() ou des fichiers dans d autres formats(excell,sas,spss), bases de données SQL les fonctions ne sont pas toujours dans le package base

5 et exporter Ecriture d un fichier write.table(file=,append=, col.names=,row.names=) file= nom du fichier append= booléen si TRUE ajoute au fichier existant, si FALSE ecrase le fichier existant col.names= booléen si TRUE écrit les noms de colonnes row.names= idem pour les lignes

6 Sauvegarder certains objets en binaire ou en ASCII et les restaurer Fonctions: dump(): sauve en ascii des objets R source():recharge les objets sauvés par dump(),par exemple un script sauvegardé sous le nom test.r sera rappelé par source(«test.r», echo=true) save(): comme dump() mais en binaire load(): comme source() mais en binaire

7 En pratique, on pourra créer un repertoire de travail par analyse de données, et y déposer: les fichiers de données brutes le fichier script contenant les commandes R le workspace et les fichiers résultats(textes et graphiques)

8 Export de résultats, ou comment, une fois les analyses effectuées, exporter des tableaux ou des graphes dans un traitement de texte ou une application externe

9 Export manuel de tableaux, copie() du package rgrs Sous Windows, copie(tab)transforme l'objet tab en html et le place dans le presse papier. On peut ensuite récupérer dans excell puis dans Word ou Openoffice par un simple Coller

10 Export d'un tableau via un fichier Valable sur toutes les plateformes copie(tab, file=true)le résultat est placé par défaut dans un fichier nommé temp.html dans le répertoire courant copie(tab, file=true, filename= «nom.de.fichier») On l'intègre ensuite dans Word ou openoffice par l'onglet Insertion/Fichier/Nom.du.fichier

11 Export de graphiques Sous Windows,dans l'interface graphique, Fichier/Sauver sous qui permet de choisir un format de sortie (jpeg,png,tiff...) Fichier/Copier dans le presse papier puis Coller dans le tr de texte

12 Export avec des commandes R Fonctionne sur toutes les plateformes, permet des mises à jour rapides, 2 possibilités: Exporter le contenu d'une fenêtre dejà créée exemple: plot(...) dev.copy(device=png,file=«nom.de.fichier») dev.off() Beaucoup de formats possibles, pour obtenir la liste complète?devices

13 suite Rediriger directement avant de faire un graphique, commandes de redirection:bmp(),png(),jpeg(),postscript,pdf(),svg()... Avec des options width, height,(largeur et hauteur de l'image),... Exemple: png(file=«nom.de.fichier»,width=9,height=9) plot(...) dev.off()

14 Génération automatique de rapports 1 On peut inclure du code R dans un document de type traitement de texte et procéder ensuite au remplacement automatique du code par le résultat sous forme de texte, tableau ou figure Ne fonctionne qu'avec openoffice, nécessite l'extension odfweave install.packages(«odfweave»,dep=true) Nécessite des applications de compression et décompression de fichiers au format zip (placer zip.exe et unzip.exe dans c:\windows ou c:\winnt

15 Génération automatique de rapports 2 Créer dans le même répertoire: un fichier Openoffice contenant du texte et du code R, séparé du reste du txte par <<>>= en haut en bas Un fichier R contenant R>library(odfWeave) R>odfWeave(«nomduficprecedent.odt», «nomduficgenere.odt»)

16 Génération automatique de rapports 3 L'execution de ces instructions génère un nouveau fichier, pour lequel le code R a été exécuté. Options: echo=false supprime l'affichage du code R dans le fichier de sortie results=hide supprime l'affichage du résultat du code results=xml indique que le résultat ne sera pas du texte mais un objet au format openoffice