Web : http://mi.pytheas.univ-amu.fr Plateau technique "Cluster de calcul intensif HPC" FONCTIONNEMENT CHARTE D UTILISATION Référence : 01 - v03 Date d apprbatin : 12/02/2015 SUIVI DES DIFFERENTES VERSIONS DATE VERSION CHAPITRE CONCERNÉ COMMENTAIRES ET MODIFICATIONS 30/05/2012 01 Tus Créatin 12/02/2013 02 mdificatins M. Libes 25/02/2013 03 mdificatins C. Pinaz 10/02/2015 04 actualisatin C. Pinaz M. Libes RÉDACTEUR VÉRIFICATEUR APPROBATEUR NOM Christel PINAZO Maurice LIBES Richard SEMPERE FONCTION Respnsable Scientifique de la Platefrme Respnsable infrmatique de la Platefrme Directeur MIO VISA
Charte d utilisatin de la platefrme «Cluster de calcul intensif HPC» de l'osu Pythéas SOMMAIRE 1. Définitin p2 2. Objectifs p2 3. Cmpsitin du cluster p3 4. Missins des respnsables p3 5. Obligatins du demandeur p4 6. Déntlgie p4 ***** 1. DÉFINITION La mdélisatin cnstitue l'un des utils les plus prmetteurs pur cmprendre le fnctinnement des systèmes marins, et pur en prédire l'évlutin future dans le cadre du changement glbal attendu. Au sein de I'OSU Institut Pythéas, le MIO est frtement impliqué dans ces recherches, dans le cadre d'études réalisées à différentes échelles spatiales et temprelles, et sur divers dmaines gégraphiques. La pluridisciplinarité des thèmes cuverts au sein de l'osu Institut Pythéas et les pssibilités d'interactins transverses entre ces thèmes sulèvent le besin d une utilisatin cncertée des myens de calcul dispnibles à l'institut Pythéas. Cette utilisatin cncertée est réalisée sus la frme d'une structure dénmmée "platefrme de calcul HPC" (HPC=High Perfrmance Cmputing) ayant cmme bjectif de furnir des ressurces de calcul intensif mutualisées ainsi que d ptimiser les demandes d'équipement et leur maintenance de façn à favriser l'excellence scientifique au sein de l'osu. La platefrme technique "Cluster de calcul intensif", est uverte à tus les membres de l'institut Pythéas suivant une charte d utilisatin et en relatin avec le Service Infrmatique de Pythéas (S.I.P) pur la demande d'uverture de cmpte.
2. OBJECTIFS Furnir des myens de calcul intensif pur les équipes de recherche des différentes UMR de l'osu Pythéas (CEREGE, IMBE, LAM, LPED, MIO) mdélisatin 3D cuplée physique - bigéchimique mdélisatin 3D hydrdynamique mdélisatin hydrsédimentaire biinfrmatique, génétique des ppulatins etc... Mettre à dispsitin les myens techniques et les cmpétences des persnnels de l équipe assciés à ces myens de calcul à travers un espace dcumentaire appelé «Wiki». Mutualiser les achats d équipements et centraliser les pératins de veille et de maintenance. Favriser les cntacts entre les membres de l Institut autur du calcul et dévelpper des cllabratins au sein de l Institut. le SIP gère les matériels et lgiciels du cluster et l'rdnnancement des jbs de calcul : réalise une veille technlgique permanente pur faire évluer les myens de calcul, furni une assistance de prximité, installatin de lgiciels et de librairies de traitement de dnnées sur mesure que les utilisateurs n'auraient pas dans des centres de traitement extérieurs, maintient à jur les licences lgicielles Intel F90, Intel MPI, Matlab, R, Ferret, gère des ressurces lgicielles et matérielles (espace disque, prcesseurs ), assure la relatin avec les utilisateurs sur la gestin équilibrée des ressurces disques et prcesseurs, assiste les utilisateurs pur la prise en main du fnctinnement du cluster et le lancement de leur jbs de calcul. 3. COMPOSITION DU CLUSTER DE CALCUL Cmpsitin du cluster au 10/2/2015 23 nœuds de calcul BiPr quadcre cmprtant 24 G de RAM 6 nœuds de calcul bipr hexacre cmprtant 48G de RAM 2 nœuds de calcul bipr Oct cre cmprtant 64 G de RAM 4 nœuds de calcul bipr Oct cre cmprtant 64 G de RAM (à venir Juin2015)
1 nœud frntal de sumissin des jbs de calcul 1 baie de disques LSI prcurant 48 T d'espace disque dispnible, 1 réseau faible latence Infiniband QdR (40Gb/s) sit un ttal d'envirn : 288 ceurs de calcul. 4. MISSIONS DES RESPONSABLES Leurs missins peuvent être déclinées en différentes tâches qui relèvent d une démarche assurance qualité : Respnsabilité, capacité : Le Service infrmatique de Pythéas (SIP) Au sein du SIP le cluster est géré plus particulièrement par C. Yhia et M. Libes La respnsable scientifique est C. Pinaz Engagements & Niveaux de Service : L'assistance au cluster (rebt de nœuds, gestin des jbs...) est furnie de 8h a 18h du lundi au vendredi le gestinnaire du cluster : maintient à jur les licences lgicielles Intel F90, Intel MPI, Matlab, R, Ferret gère le fnctinnement du cluster (installatin des nœuds de calcul ) et les ressurces cnsmmées (rdnnancement des jbs de calcul ). Il avertit les utilisateurs des risques de dépassement de ressurces disques et prcesseurs, réalise une veille technlgique permanente pur faire évluer les myens de calcul L'assistance ne cmprte pas le dévelppement d'applicatins et de cde surce dans un langage évlué Indicateurs de mesure & qualité : Statistiques du Nmbre de jbs de calcul turnant surveillance avec le lgiciel ganglia : http://cluster.supytheas.fr/ganglia/ nmbre d'appels de maintenance sur le site http://assistance.supytheas.fr Indice de satisfactin client au sein d'une cmmissin d'utilisateurs spécifique au cluster Assurer l améliratin cntinue et inscrire la platefrme de calcul dans une démarche qualité Vérificatin du respect, par les utilisateurs, de la charte Infrmatique et de la Charte spécifique à la platefrme "Cluster de calcul intensif HPC".
Cmmissin «cluster» : Une cmmissin cluster cmpsée d au mins un représentant des UMR de l'osu Pytheas qui utilisent ce cluster, se réunit 1 fis par an. Elle est chargée d'examiner les cnditins de fnctinnement du cluster, les améliratins et les investissements nécessaires. 5. OBLIGATIONS DU DEMANDEUR ET COÛT D'ENTRÉE La platefrme HPC est destinée aux chercheurs, enseignants et étudiants mdélisateurs, ayant des besins de calcul intensif haute perfrmance. Le cluster est dispnible de manière permanente 365j/365, mdul les pérides annncées de maintenance matérielle et système. Ce service est accessible à tus les chercheurs des UMRs de Pythéas (CEREGE, LAM, IMBE, MIO, LPED) qui se snt assciées et regrupées pur avir des myens de calcul cmmuns et respectant les bligatins suivantes: Demander l'uverture d'un cmpte sur le cluster au SIP (http://assistance.pytheas.univ-amu.fr) et se cnnecter en «ssh» à machine frntale du cluster cluster.pytheas.univ-amu.fr Apprendre à utiliser le gestinnaire de lancement et pririsatin des jbs de calcul SGE, cnnaître l'rganisatin des files de sumissin de jbs existantes, lire et cntribuer à faire évluer la dcumentatin spécifique au cluster : Cût d'entrée http://cluster.pytheas.univ-amu.fr/pmwiki si les besins de calcul snt mdestes (e.g quelques heures de calcul pendant quelques jurs, espace disque cnsmmé faible) et qu ils peuvent être pris en charge aisément par les ressurces actuelles du cluster, sans perturber l ensemble des utilisateurs actuels, alrs l utilisatin peut se faire rapidement sans qute part à l architecture du cluster en revanche si les besins snt imprtants en terme d espace disque cnsmmé (> 2T par exemple), de machines de calcul mbilisées pendant une lngue péride (>150h cntinues par exemple) et entraînent une attente imprtante des jbs de calcul, alrs il sera demandé à l'équipe de recherche d investir dans l achat de quelques machines de calcul u de disques supplémentaires Les machines achetées rentrent dans le «pl» cmmun du cluster et snt gérées au mieux pur un partage équitable par l'rdnnanceur de taches (SGE u OAR) et par l'équipe de gestin du SIP qui veille à une répartitin qui satisfasse l'ensemble des utilisateurs. En cas de litige, la cmmissin cluster se réunira pur analyser les besins et les pririser 6. DÉONTOLOGIE Les gestinnaires infrmatiques et administratifs du cluster et l'ums suhaitent avir un retur sur les bénéfices scientifiques apprtés par l'utilisatin du cluster de manière à puvir le valriser. Aussi les utilisateurs du cluster snt invités à : citer le Service Infrmatique de Pythéas (SIP) sit dans les remerciements des publicatins, sit à faire figurer les persnnels en c-auteurs seln leur implicatin dans le prjet. Nus remercins auteurs de publicatins ayant utilisé le cluster de bien vulir nus cmmuniquer les publicatins
réalisées Seln l'imprtance de l'aide qui vus aura été furnie, Vici une mentin à faire apparaître dans les remerciements des publicatins: The authrs acknwledge the staff f the "Cluster de calcul intensif HPC" Platfrm f the OSU Institut Pythéas (Aix-Marseille Université, INSU-CNRS) fr prviding the cmputing facilities The authrs gratefully acknwledge M. Libes and C. Yhia frm the Service Infrmatique de Pythéas (SIP) fr technical assistance. Les respnsables du cluster de calcul se réservent le drit d empêcher l accès à un utilisateur en cas de dépassement de l'utilisatin des ressurces dispnibles sur le cluster, u en cas de nn respect des règles énncées dans le présent dcument et dans la charte Infrmatique. Après lecture du dcument, l utilisateur et le respnsable scientifique du prjet s engagent à respecter ce règlement intérieur. Dans le cas de travaux cnfidentiels, les dnnées ne peuvent être stckées dans les rdinateurs assciés aux différents appareils du fait de leur libre accès. L utilisateur est respnsable, dans ce cas, de la récupératin et de la gestin de ses prpres dnnées. Le respnsable du cluster ne peut en aucune façn être cnsidéré cmme respnsable sit de la perte de ces dnnées, sit de leur diffusin.
Acceptatin de la charte d utilisatin de la platefrme «Cluster de calcul intensif HPC» Nm et prénm : Equipe : m engage à respecter les présentes cnditins de la charte d utilisatin de la platefrme «Cluster de calcul intensif HPC»*. Date : Signature : * les respnsables de la platefrme se réservent le drit de refuser l accès à un utilisateur en cas de nn respect des règles énncées dans la charte