UMR 7625 UPMC/ENS/CNRS Ecologie & Evolution

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1 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.1. Résultats et auto-évaluation de l unité UMR 7625 UPMC/ENS/CNRS Ecologie & Evolution Bilan

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3 Sommaire 1. Rapport scientifique : auto-évaluation 3 a. Evolution structurelle de l Unité 3 b. Résultats et rayonnement de l Unité 4 c. Animation scientifique et enseignement 6 d. Analyse des moyens de l Unité 7 e. Conclusions Rapport scientifique : Bilan des Equipes 15 a. «Changements Globaux et Processus Adaptatifs» 17 b. «Eco-Evolution Mathématique» 35 c. «Ecologie des Populations et des Communautés» 73 d. «Ecophysiologie Evolutive» 89 e. «Evolution des Sociétés Animales» Fiche résumée des Equipes 123 a. «Changements Globaux et Processus Adaptatifs» 125 b. «Eco-Evolution Mathématique» 129 c. «Ecologie des Populations et des Communautés» d. «Ecophysiologie Evolutive» e. «Evolution des Sociétés Animales» Organigramme fonctionnel et règlement intérieur 147 a. Organigramme 2012 b. Règlement Intérieur Liste des publications 155 2

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5 1. Rapport scientifique : auto-évaluation Depuis sa création, l UMR 7625 tente de poursuivre son projet d intégrer, au sein d une même unité de recherche, l étude des systèmes écologiques à tous leurs niveaux d organisation du gène à l écosystème. Ses performances scientifiques (mesurées par le nombre de publications dans les meilleures revues internationales), son succès dans l obtention de contrats de recherche dans un monde où la concurrence ne cesse de s accroître ainsi que sa participation à des projets d investissement national comme l Equipex PLANAQUA témoignent pour l UMR 7625 d'une riche activité scientifique au plus haut niveau d'excellence, et ce, malgré l absence d un soutien marqué et remarquable de la part de ses tutelles principales. a. Evolution structurelle de l Unité Lors du dernier plan quadriennal l UMR 7625 et l UMR 7103 (Parasitologie Evolutive) ont fusionné pour donner naissance à une nouvelle UMR 7625 d une taille acceptable plus en relation avec ses objectifs. Ce rapprochement a grandement été facilité par le fait que les 2 UMR avaient eu un passé commun et avaient mis en commun plusieurs aspects de leur fonctionnement. Lors de cette recréation l équipe «Ecologie des Populations et des Communautés» de l'agroparistech dirigée par le Professeur Roger Arditi a rejoint l UMR 7625 «réunifiée». Le spectre des champs d étude de UMR 7625 «réunifiée» s est ainsi vu fortement renforcé par ces regroupements. La capacité de recherche de l UMR dans l étude de la dynamique des réseaux trophiques et en écologie des interactions multi-spécifiques a été augmentée par l accueil de l équipe «Ecologie des Populations et des Communautés». L apport de l UMR 7103 a permis de reconsidérer la place de la parasitologie évolutive. S appuyant des orientations thématiques communes, les équipes des UMR 7625 et 7103 ont apporté à l Unité fusionnée une capacité certaine d intégration théorie/expériences dans l analyse écologique et génétique des processus de coévolution avec le développement de thématiques comme : (i) l évolution de la virulence et de la résistance dans un contexte écologique explicite ; (ii) les dynamiques de populations pathogènes dans le contexte des changements climatiques ; (iii) l influence du parasitisme sur l évolution des comportements sociaux ; ou encore (iv) l évolution des interactions symbiotiques et des stratégies parasites ou mutualistes. L UMR 7625 «Ecologie et Evolution» est une Unité Mixte de Recherche de l Université Pierre et Marie Curie, du CNRS et de l Ecole Normale Supérieure. Au 1er juillet 2012, l UMR 7625 compte 38 personnes statutaires (11 ITA/BIATOS, 10 chercheurs CNRS, 17 enseignants-chercheurs relevant de nos deux tutelles mais également d autres établissements d enseignement supérieur) et gère, avec les étudiants en thèse, ingénieurs contractuels, post-doctorants et visiteurs, plus de 60 personnes au total. L'UMR est bilocalisée, une partie se situant sur le campus Jussieu de l Université Pierre et Marie Curie, quai Saint-Bernard, l autre partie, au Département de Biologie de l École Normale Supérieure, rue d'ulm. Après avoir été dirigée du 1 er janvier 2008 jusqu au 30 juin 2011 par Jacominus van Baalen (CR CNRS), elle est actuellement dirigée par Bernard Cazelles (PR UPMC). Au début de la période quadriennale de référence, avec la fusion entre l UMR 7625, l UMR 7103 et le groupe d AgroParisTech, le fonctionnement de l'umr 7625 s est organisé autour de cinq équipes : L équipe «Changements Globaux et Processus Adaptatifs» dirigée par Manuel Massot (CR CNRS) L équipe «Eco-Evolution Mathématique» dirigée par Régis Ferrière (PR ENS) L équipe «Ecologie des Populations et des Communautés» dirigée par Roger Arditi (PR AgroParisTech) L équipe «Evolution des Sociétés Animales» dirigée par Thibaud Monin (CR CNRS) L équipe «Equipe Interactions Hôtes-Parasites» dirigée par Oliver Kaltz (CR CNRS). 3

6 La structuration en équipes de l UMR a évolué au cours de ces quatre dernières années. En 2009, à la suite du départ de 2 chercheurs CNRS, Claire Tirard (MC UPMC) a repris la direction de l équipe «Interaction Hôtes-Parasites». Puis du fait de l impossibilité de renforcer cette thématique par le recrutement d un PR UPMC en Parasitologie, cette équipe s est restructurée durant l année 2010 et a été à l origine d une nouvelle équipe intitulée «Ecophysiologie Evolutive» dirigée par Sandrine Meylan (MC IUFM Univ. Paris 4). Cette structuration entre les chercheurs et enseignants-chercheurs des équipes «Changements Globaux et Processus Adaptatifs» et «Interactions Hôtes-Parasites» a permis d afficher clairement la thématique d écophysiologie qui était présente dans ces deux équipes. Néanmoins, faute de soutien de nos tutelles, cette restructuration a fait disparaître l affichage de la thématique «Parasitologie» alors que d un point de vue sociétal, avec la résurgence des problèmes d Ecologie de la Santé, elle avait toutes les raisons scientifiques et stratégiques de connaître un développement important. La structure de l UMR s est donc stabilisée, ces deux dernières années, autour de cinq équipes (cf. l organigramme 2012 en 4.a.) : L équipe «Changements Globaux et Processus Adaptatifs» dirigée par Manuel Massot (CR CNRS) et constituée de 1 AI, 1 IE, 2 CR et 2 MC comme personnel permanent L équipe «Eco-Evolution Mathématique» dirigée par Régis Ferrière (PR ENS) et constituée de 1 IE, 1 IR, 6 CR, 1 MC et 2 PR comme personnel permanent L équipe «Ecologie des Populations et des Communautés» dirigée par Roger Arditi (PR AgroParisTech) et constituée de 3 MC et 1 PR comme personnel permanent L équipe «Ecophysiologie Evolutive» dirigée par Sandrine Meylan (MC IUFR Univ. Paris 4) et constituée de 2 AI et 6 MC comme personnel permanent L équipe «Evolution des Sociétés Animales» dirigée par Claudie Doums (MC EPHE) et constituée de 1 TCN, 1 AI, 1 CR, 2 MC et 1 DR comme personnel permanent. L orientation scientifique de ces cinq équipes est décrite dans la partie «2. Rapport scientifique : Bilan par équipes» A ces cinq équipes se rajoute des services généraux, les services de gestions et d administration et les laboratoires qui seront présentés ci-dessous dans la partie I.d. Cependant, on peut déjà souligner que du fait de 3 départs à la retraite non remplacés en , les personnels du service de gestions et d administration sont passés de 3.5 en juillet 2011 à 1 en mars 2012, laissant l UMR sans secrétariat! b. Résultats et rayonnement de l Unité La production scientifique de l UMR 7625 au cours des cinq dernières années, les recrutements effectués depuis 2007 et plus de 25 programmes de recherche financés par l ANR, le CNRS, la Région et des structures internationales soulignent la qualité et vitalité scientifique de l UMR. Ces contrats et soutiens témoignent de la vitalité des projets de l ensemble de l Unité. Ils soulignent cinq domaines d excellence de l UMR : - une approche intégrative des réponses biologiques des systèmes écologiques aux changements climatiques, - l étude des mécanismes de régulation des comportements sociaux et des flux d information dans les populations, - l analyse et la prévision des dynamiques épidémiques et des invasions biologiques, - la modélisation des processus moléculaires et écologiques de l évolution adaptative, - l évolution expérimentale, au laboratoire et en conditions naturelles. 4

7 Figure 1 : Evolution du nombre de publications et du nombre de citations dans le Web of Sciences, pour les publications contenant dans l adresse le terme «UMR 7625». Ceci n est qu une partie de nos publications car toute notre production n est pas toujours signée avec ce terme. Si l on se réfère aux «articles dans des revues à comité de lecture», nous comptons 89 articles en 2007 ; 86 en 2008 ; 63 en 2009 ; 61 en 2010 ; 50 en 2011 et 46 pour les 6 premiers mois de 2012 (cf. 5. Publications). La Figure 1 montre le nombre d articles publiés chaque année et le nombre de citations avec le terme «UMR 7625» dans l adresse des articles référencés dans le Web of Science au 1/08/2012. Ils est à noter que toute notre production n est pas toujours signée avec ce terme donc ce graphique ne représente qu une partie, importante certes, de notre production scientifique. Si l on se réfère aux «articles dans des revues à comité de lecture», nous comptons 89 articles en 2007 ; 87 en 2008 ; 63 en 2009 ; 61 en 2010 ; 50 en 2011 et 46 pour les 6 premiers mois de 2012 (cf. 5. Liste des Publications). La chute de notre production en 2011 semble due à notre fort investissement dans les projets d Avenir qui n auront pas conduit qu à l excellence! Mais les chiffres enregistrés au 30 juin 2012 semble indiquer que nous sommes en passe de retrouver notre niveau de Au delà du nombre de nos publications, leur qualité est un élément au moins aussi important. Depuis 2007, nous avons publié 4 articles dans Nature, 1 dans Science, 11 dans PNAS, 19 dans PRSB et 18 dans les journaux de PLoS ainsi que 10 dans Ecology Letters, 1 dans TREE et 29 dans The American Naturalist. Sur la base de ce bilan, l UMR 7625 a été reconnue par l Institut National d Ecologie et d Environnement (INEE) (cf. réunion des DU des unités CNRS INEE, octobre 2011) comme étant dans le top 5 des unités de l Institut pour ce qui concerne la qualité des journaux dans lesquels nous publions (Nature, Science, PNAS, PRSB, PLoS, Ecology Letters, etc ). Le rayonnement de l UMR se traduit aussi par les interactions avec des chercheurs reconnus au niveau international. Durand la période , l Unité a accueilli en séjour longue durée Sylvie Méléard (Professeur Ecole Polytechnique en année sabbatique) et Frédéric Guichard (Professeur Université McGill en année sabbatique). Elle a également accueilli pour des séjours de courtes durée : Mick Follows, chercheur au MIT ; Mercedes Pascual, Professeur à Michigan University ; Hans Metz, Professeur à Leiden University ; Vincent Jansen, Professeur à l University College London ; Maurice Sabelis, Professeur à l University of Amsterdam. Chaque équipe a également de très nombreuses collaborations internationales avec des institutions prestigieuses comme par exemple le MIT (Boston), l University of Michigan, McGill University et l University of Arizona. Les équipes de l UMR collaborent aussi avec des chercheurs de premier plan, par exemple L.R. Ginzburg, M. Leibold, R.E. Michod, B. Sinervo, M. Pascual, X. Lambin, L. Stone, N. Chr. Stenseth, cette liste n étant pas exhaustive. 5

8 Les membres de l Unité se sont investis dans l organisation d ateliers et colloques internationaux : , Congrès International de Zoologie, Paris (R. Arditi) , 2010, 2012, «Chaos and Dynamics in Biological Networks», International Worshop-School CNRS, Cargèse (B. Cazelles) , «Ecotron-Based Experimental Research on Complex Ecological Systems», Montpellier (R. Ferrière) , «From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact In Nature?» Biosphere 2, Oracle (USA) (R. Ferrière) , «MINT : Microbes in interaction», Paris (S. De Monte) , «Biology and Game Theory» International Workshop, Paris (J.-B. André). Certains membres de l Unité sont très impliqués dans des fonctions éditoriales ; Roger Arditi est Chief Editor de Acta Oecologica. D autres membres du laboratoire sont Associate-Editors pour : Ecology Letters ; Evolution ; Evolutionary Ecology ; Proceedings of the Royal Society London B ; Journal of Evolutionary Biology ; Journal of Animal Biology ; Oecologia ; Infectious Diseases: Research and Treatment ; Chaos, Solitons & Fractals. Les membres de l Unité participent à l évaluation de la Recherche en France et à l étranger : comités de visite de l AERES, expertises pour les programmes ANR, de la fondation canadienne pour l innovation FCI, de l agence inter-établissements de recherche pour le développement (AIRD) et de l Alliance AVIESAN. Les membres de l Unité reçoivent de très nombreuses sollicitations pour évaluer des manuscrits dans les «top» journaux (Nature, PNAS, Proceedings of the Royal Society B, Proceedings of the Royal Society A, PLoS Medecine, ) ainsi que dans les meilleures revues d écologie (Ecology Letters, Ecology, Evolution, The American Naturalist, ). Enfin, l Unité est représentée à l Institut Universitaire de France (Régis Ferrière, sélectionné en 2007). c. Animation scientifique et enseignement L Unité a joué un rôle communautaire majeur en pilotant, depuis 2006, le projet d Ecotron à la station biologique de l ENS à Foljuif et en obtenant, en 2008, la création de l Unité Mixte de Service «Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive (CEREEP) ECOTRON Ile-de-France» (UMS 3194). L UMS 3194 fut fondée et dirigée par Régis Ferrière de 2008 à 2010 ; depuis 2010 sa direction est assurée par Jean-François Le Galliard. Après la conception, construction, et mise en service de l Ecolab chambre environnementale hautement confinée et instrumentée pour l expérimentation sur des systèmes écologiques complexes l UMS obtenait en 2009 l inscription de l ECOTRON Ile-de-France sur la feuille de route nationale des Très Grandes Infrastructures de Recherche (TGIR). En 2010, Bruno Verdier, IR chef de projet et membre de l UMR 7625 jusqu en 2008, (muté ensuite à l UMS) recevait le Cristal du CNRS, pour l ensemble de sa contribution technique à ce projet d envergure internationale. En 2012, après le succès du projet d Equipex PLANAQUA, l équipe du CEREEP-ECOTRON dirigée par Jean-François Le Galliard, en tant que partenaire du projet ANAEE- Service (Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes) s est vue sélectionnée sur l'appel d'offre des Infrastructures nationales en biologie-santé. Le projet ANAEE-Service dotera la France d'un réseau intégré de plateformes expérimentales, analytiques et numériques dédiées à l'étude des écosystèmes continentaux, terrestres et aquatiques. Doté de 14 M d'investissement et de fonctionnement jusqu'en 2020, ce projet permettra de construire l'infrastructure en France et contribuera à la dynamique du consortium européen ANAEE qui est actuellement en phase préparatoire du forum ESFRI. Par l implication de Régis Ferrière et de Jean-François Le Galliard, notre UMR joue un rôle scientifique et managérial majeur dans le développement et l animation de ces projets et leurs retombées sur l ensemble de notre communauté scientifique. Les «Séminaires en Ecologie & Evolution» contribuent à la visibilité de l Unité en lui donnant l opportunité d accueillir chaque semaine une personnalité scientifique de haut rang national ou international. Les séminaires «SEE» sont actuellement sous la responsabilité de Jean-Baptiste André (CR) et Vincent Médoc (MC). Le programme propose des séminaires hebdomadaires de portée générale, sur des thématiques généralement intégratives et interdisciplinaires, intéressant l ensemble des équipes de l UMR. Les séminaires sont ouverts au public extérieur à l UMR, informé 6

9 par des annonces largement diffusées par voie électronique. Le laboratoire réserve un budget pour la prise en charge des frais des intervenants, budget qui suit l évolution de notre dotation CNRS... Depuis 2008, une fois par mois, les «Séminaires en Ecologie & Evolution» sont remplacés par des séminaires inter-équipes qui ont lieu, en alternance sur le site de Jussieu et sur le site de l ENS. Lors d une demi-journée, 2 à 3 intervenants d équipes différentes présentent leurs travaux. L objectif étant de s informer mutuellement des dernières avancées et des nouvelles directions des travaux des différentes équipes, ainsi que de renforcer le lien et les échanges. L'UMR 7625 est fortement impliquée dans les enseignements de Licence, de Master et de Doctorat, à l'upmc, à l'ens et à l'agroparistech. Ces trois établissements, en partenariat avec l'université de Paris-Sud, et le MNHN sont co-responsables de la Spécialité «Ecologie - Biodiversité Evolution» (EBE), qui relève de la Mention Sciences de l'univers - Environnement Ecologie (SDUEE) du Master Sciences de l'upmc. A l UPMC, avec le recrutement de cinq nouveaux MC de nombreux enseignements d Ecologie ont pu être ré-ouverts en Licence et en Master, les enseignants-chercheurs de l Unité assumant la responsabilité de nombreuses UE. De nombreux enseignants-chercheurs de l Unité participent à la rédaction des maquettes d enseignement et assurent, depuis plusieurs années, diverses responsabilités pédagogiques et administratives en Licence et Master. Les enseignants-chercheurs de l Unité participent non seulement aux filières de l Ecologie et de l Environnement (Master EBE) mais aussi aux filières destinant à l enseignement (Master Enseignement préparant au CAPES de SVT). A l ENS, l UMR assure la responsabilité et la coordination des enseignements d Ecologie en Licence et en première année de Master. L équipe «Eco-Evolution Mathématique» assure l enseignement de deux unités transdisciplinaires : le cours de mathématiques de Licence de Biologie, et le cours de Modélisation des Systèmes Complexes, inscrit au Diplôme de l ENS. Il est important de noter qu avec la mise en place des structures LMD, les flux d étudiants dans nos filières ont très fortement augmentés. Avec le déficit criant de cadres de l enseignement (professeurs) et d accompagnement administratif, ces éléments font peser sur les enseignantschercheurs de l UMR un poids considérable en termes de responsabilités d organisation et de gestion des formations. L UMR 7625 est toujours présente, avec plusieurs activités récurrentes, à la Fête de la Science, un événement annuel qui permet à nos laboratoires d interagir avec le grand public. d. Analyse des moyens de l Unité Les moyens de l Unité sont résumés ci-après en trois catégories: moyens financiers, moyens humains et moyens techniques. Les locaux sont ensuite évoqués. Moyens financiers Evolution de la dotation L'UMR 7625 reçoit principalement des dotations de deux de ses tutelles, le CNRS et l'université Pierre et Marie Curie. La dotation de l ENS est beaucoup plus faible et ne couvre qu en partie les charges locales. Depuis le 1er janvier 2008, la dotation de l'upmc, qui est fixée dans son plan quadriennal, n'a pas varié et est de 84k. On peut remarquer que cette dotation est bien moindre que les dotations qui étaient reçues par les UMR 7625 et 7103 avant leur fusion de la part de l UPMC. L UMR 7625 recevait 101k et l UMR k, la fusion s est donc traduite par une chute de près de 40% de la dotation fournie par l UPMC. Néanmoins, l avantage de cette dotation fut sa constance, malgré le recrutement de 5 MC depuis 2008 ; la gestion des politiques scientifiques de l UMR s en trouva facilitée... 7

10 La dotation du CNRS, révisée annuellement, s'est modifiée du fait de la cohérente politique implacable de notre Institut de rattachement. Cette dotation est passée de 130k en 2008, ce qui correspondait au budget CNRS des 2 UMR fusionnées à 148k en 2010 mais a chuté drastiquement par la suite pour atteindre 80k en 2012 soit une baisse de plus de 45%, alors que le nombre de chercheurs CNRS est resté constant durant la période Nous avons également obtenu de la part du CNRS une subvention de 55k sur la période pour le remplacement du séquenceur de l UMR. Nous avons acheté un séquenceur (Séquenceur Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzers) d un coût de 105k financé par cette subvention complétée par 30k puisés dans notre dotation et un prêt de 30k de l UPMC que nous rembourserons sur la période Les dotations récurrentes permettent de financer les dépenses communes de l Unité (fluides, maintenance, abonnements, petites fournitures, etc ). Dans la mesure du possible, une part substantielle de ces dotations est attribuée aux équipes. L unité de base que reçoit l équipe est la «part-chercheur». La somme reçue par une équipe est calculée en fonction du nombre de chercheurs et enseignants-chercheurs de cette équipe. Par exemple, cette «part-chercheur» était de 3000 en 2012, mais elle incluait toutes les dépenses d un chercheur, du consommables aux missions en passant par les vacations des stagiaires. Il est à noter qu avec la baisse de nos ressources propres, le nombre de stagiaires de Master 2 à fortement chuté car l Unité n a plus de budget spécifique «vacations». Les ressources propres obtenues sur contrat sont utilisées par les porteurs du projet en accord avec le cahier des charges du projet. Depuis 2011, une quote-part de 5% devrait être prélevée sur chacun de ces contrats. Comme la structure administrative des subventions s oppose généralement à la pratique de tels prélèvements, nous demandons au porteur du projet de financer un matériel commun ou de participer à une dépense commune. Ressources propres obtenues sur contrats Pour pallier la faiblesse de nos ressources financières récurrentes ainsi que leur imprévisible évolution, et grâce à la qualité de ses chercheurs et enseignants-chercheurs, l UMR a bénéficié de ressources sur contrats remportés dans le cadre de plusieurs programmes de recherche régionaux, nationaux ou internationaux. De 2005 à 2007, dix contrats ANR avaient été obtenus par les membres de l UMR. Les activités scientifiques et l utilisation des financements se sont donc poursuivis et terminés sur la période Ces projets ARN sont listés ci-dessous, tandis que seuls ceux de 2007 apparaissent dans le bilan financier demandé : - Le réseau BIOSCOPE (L Observatoire du Vivant en Méditerranée, ANR Santé 2005) - Le Projet GMBIOIMPACT (Flux de Transgènes et Impact sur la Biodiversité, ANR Biodiv 2005) - Le projet INFORMATION (ANR 2005) - Le projet REMIGE (ANR Biodiv 2005) - Le projet TRANSBIODIV (Biodiversité Transpécifique Neutre et Fonctionnelle, ANR Biodiv 2005) - Le projet MAEV (Modèles Aléatoires pour l Evolution du Vivant, ANR Blanc 2006) - Le projet FISSION, (Reproduction par fission des colonies chez les insectes sociaux : évolution, mécanismes et impact écologique, ANR Biodiv 2007) - Le projet EXTINCTION (ANR Jeunes Chercheurs 2007) - Le projet «Impact du changement climatique sur les ectothermes terrestres» (ANR Jeunes Chercheurs 2007) - Le projet «Vers un nouveau fonctionnement des méta-populations» (programme ANR Blanc 2007) Sur la période , la qualité scientifique et le dynamisme des chercheurs et enseignantschercheurs de l Unité ont permis un taux de réussite conséquent dans les appels d offres nationaux et internationaux que ses membres ont soumis. L Unité est ou fut ainsi partie prenante de 27 projets de recherche qui s ajoutent aux 10 précédents. Un des plus remarquables est sans doute est l Equipex PLANAQUA dont Jean-François Le Galliard (CR) est un des co-responsables. Au niveau international, l Unité participe à 8 projets d envergure : - 5 européens : EU FP6-NFR «Extinction Mechanisms» (J.-F. Le Galliard) 8

11 EU FP6-CAPACITIES «ANAEE Design Study : Structuring Infrastructures for the Analysis and Experimentation on Ecosystems» (R. Ferrière) EU FP7-HEALTH «DenFREE» (B. Cazelles) EU FP7-OCEAN «MicroB3 : Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics and Biotechnology» (S. De Monte) EU FP7-PEOPLE «BIOMES» (D. Classens) - 1 japonais : Aid for Scientific Research, B, overseas collaboration (C. Peeters) - 1 norvegien : Research grant from NFR (Norges forskningsråd) «Extinction mechanisms in small population» (H.P. Andreassen) - 1 NSF : Programme Frontiers In Integrative Biological Research, «From genes to ecosystems: How do ecological and evolutionary processes interact in nature» (R. Ferrière) Au niveau national, on compte 9 contrats ANR : - ANR Blanc Projet SOFTPOP (C. Bessa Gomes) - ANR Jeunes Chercheurs «Mécanismes d'extinction dans les petites populations» (J.-F. Le Galliard) - ANR Blanc «EVO-ECO : Théorie de l évolution biologique et théorie économique: modalités, fondements et perspectives d une relation à double sens» (R. Ferrière) - ANR Blanc «Extinctions chez les Hyménoptères : gènes, comportements, et dynamique des populations goulotées» (T. Spataro) - ANR Blanc «PHYTBACK» (D. Claessens) - ANR Programme «6ème Extinction» «EVORANGE» (R. Ferrière) - ANR Programme «6ème Extinction». ) «LOSERS» (S. Legendre) - ANR Equipex «PLAteforme expérimentale Nationale d'écologie AQUAtique» (PLANAQUA) (J.-F. Le Galliard) - ANR Jeune Chercheur (M. Mollet), reporté en 2013 On compte également 6 PEPS ou autre contrat CNRS: - PEPS CNRS INEE «StabEco: Ecologie et Philosophie» - 1 Programme interdisciplinaire du CNRS «Longévité et Vieillissement» - PEPS CNRS INEE «Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multi-souches» - PEPII CNRS INEE-INSMI 2011 «Modélisation stochastique et Inférence Baysienne pour l Epidémiologie des Maladies transmissibles» - 2 autres PEPS ont été obtenus en Au niveau régional, l Unité a reçu 4 subventions de la part de la région Ile-de-France pour les projets suivants : - R2DS «Ecologie et évolution des interactions hôte-parasite en zone urbaine et épidémiologie des parasites du pigeon urbain» (J. Gasparini) - R2DS «Vulnérabilité des petites populations naturelles : approches expérimentales et prédictives des mécanismes d extinction», (J.-F. LE Galliard) - MALINF «Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multi-souches» (B. Cazelles) - ASTREA «Projet Compromis entre lutte contre les ravageurs et maintien du service de pollinisation» (N. Loeuille) Le Tableau I représente l évolution de nos moyens financiers depuis On y constate la chute drastique de la dotation CNRS à partir de 2011, une chute de plus de 45%!!! Mais on constate aussi que même si le nombre contrats sur projet est conséquent, l irrégularité de leur masse financière et de leur distribution entre équipes rend particulièrement difficile la planification d une politique scientifique au niveau de l UMR et des équipes. Quant à l évolution de l activité de recherche de «l individu chercheur», un laboratoire devrait être en mesure de lui procurer un minimum de stabilité. Pour faire face à la part d aléas à laquelle la «chasse aux contrats» ne peut échapper, l attribution de crédits récurrents substantiels semble la seule possibilité. Pour conclure sur cet aspect «ressources obtenues sur contrats», il est important de souligner que «décrocher» des contrats ne suffit pas encore faut-il avoir les moyens administratifs d utiliser les subventions! Cela s est avéré acrobatique, et à la longue, décourageant pour une UMR dont le service de gestion financière se réduit à une seule personne. Ainsi, en cette fin de période quadriennale, les contraintes qui pèsent sur l activité et la productivité d un grand nombre de chercheurs et enseignants- 9

12 chercheurs de notre Unité, émanent davantage du temps disponible de la gestionnaire pour gérer leur contrat (commandes, missions mais aussi contrats de travail des vacataires, IE ou chercheurs en CDD) que du volume des budgets eux-mêmes. Tandis que nos tutelles prélèvent un pourcentage significatif sur chaque contrat qu elles gèrent, il est difficile voire impossible pour l Unité de créer en interne les ressources nécessaires à la gestion de ses contrats. On peut espérer que nos tutelles et les instances supérieures dont elles dépendent prennent conscience du degré de gravité que ce problème peut revêtir pour la «vie» (en l occurrence, la survie) d une UMR. Année Dotation UPMC en Dotation CNRS en Nombre de Contrats (*) Montant des Contrats en (*) (*) Géré par l Unité Tableau I : Evolution des moyens financiers de l UMR 7625 entre 2007 et Moyens humains Depuis son renouvellement en 2008, l'effectif des chercheurs et enseignants-chercheurs de l'umr est resté stable, les départs ayant été compensés par des recrutements, bien qu il n y ait eu aucun lien direct entre départs et recrutements. En effet les recrutements au CNRS ne dépendent que de la qualité des candidats ; quant aux recrutements de MC dans l UMR, ils concernent des postes de l UPMC alors que les départs affectaient des personnels d autres établissements. Deux chercheurs CNRS ont quitté l UMR en 2010, 1 CR et 1 DR, mais l UMR a eu la chance de pouvoir recruter durant la même période deux CR CNRS de très grande valeur : Tom van Dooren et Andres Lopez-Sepulcre. Durant la période , cinq MC ont été recrutés à l UPMC : Adrien Frantz en septembre 2007, Julien Gasparini en février 2008, Mathieu Mollet en septembre 2008, Clothilde Biard en septembre 2009 et Vincent Médoc en septembre Ces recrutements ont permis de se réapproprier et de développer des enseignements d Ecologie et de Biodiversité en Licence. Ils ont également permis de renforcer la participation de l UMR à la spécialité «Ecologie - Biodiversité Evolution» (EBE), qui relève de la Mention Sciences de l'univers - Environnement Ecologie (SDUEE) du Master Sciences de l'upmc. L examen des personnels chercheurs montre un fort déficit en chercheur de rang A (DR et PR), ce qui avait été souligné par l AERES lors de notre dernière évaluation, le rapport de l AERES recommandant de renforcer l Unité sur ce plan. En janvier 2008, l UMR comptait 2 DR CNRS, 1 PR AgroParisTech, 1 PR ENS et 1 PR UPMC. En juin 2012, il ne reste plus que 1 DR CNRS, 1 PR ENS et 1 PR UPMC ; Roger Arditi, PR AgroParisTech, partant à la retraite le 30 octobre Le déficit de recrutement au niveau des professeurs de l UPMC reste toujours inquiétant et complique considérablement les rapports de l Unité avec sa tutelle principale. Actuellement, il n y a qu un seul professeur pour représenter l écologie évolutive au niveau de l UPMC. On peut aussi regretter l absence de soutien de la part de l UPMC pour le recrutement d un PR en Parasitologie, ce qui a eu pour conséquence la réorganisation des recherches dans l UMR faisant disparaître l affichage de cette thématique, avec dans son sillage la disparition des enseignements de Parasitologie en Licence et en Master! 10

13 Année Chercheurs Enseignants- Chercheurs Chercheurs CNRS HDR ITA BIATOS (*) Doctorants et Post- Doctorants (*) Bilan effectué en juin de l année considérée. Tableau II : Evolution des moyens humains de l UMR 7625 entre 2007 et En ce qui concerne le personnel d accompagnement à la recherche, ITA et BIATOS, notre situation est restée stable jusqu en juin 2011, les départs étant plus ou moins compensés par des recrutements. Mais sur la période juin 2011-mars 2012, l UMR a connu 5 départs non compensés dont 3 départs à la retraite. Parmi ces trois départs à la retraite, 2 pleins-temps et un mi-temps concernaient directement l équipe de direction de l UMR, notamment la secrétaire et la responsable de la gestion. Ainsi en mars 2012, l UMR n avait plus de secrétariat, compliquant infiniment des taches aussi fondamentales et vitales que l accueil de stagiaires (convention, installation...) et ne disposait plus que d une personne administrative pour assurer toute la gestion de l Unité. Mais surtout cette absence de secrétariat a induit une coupure des liens de l Unité vis-à-vis de ses tutelles. Même si nos tutelles ont préféré payer un professeur de 1 ère classe pour assumer le rôle de secrétaire, il s est avéré qu il n était ni intéressé, ni compétent! La vie rendue ainsi cauchemardesque dans l Unité aura des conséquences certaines à court et moyen termes sur l évolution de l Unité et sur sa contribution au futur «Institut d Ecologie et des Sciences Environnementales de Paris». Le Tableau II montre l évolution des personnels de l UMR, il souligne la stabilité du nombre de chercheurs et enseignants-chercheurs et la chute des personnels «supports» en Au 1 er juillet 2012, l Unité comprenait 1 IR CNRS, 2 IE CNRS, 3 AI CNRS, 2 TCN CNRS, 1 ½ ATRF UPMC. Parmi ces personnels, seule Nathalie Guillory, TCN CNRS en charge de la gestion, fait partie de l équipe de «direction» de l UMR. Il est également important et agréable de souligner la promotion de 3 MC de notre UMR qui sont devenus PR. En 2010, Amaury Lambert a été recruté sur un profil de PR en probabilité à l UPMC. Il a été amené à rejoindre le laboratoire de Probabilité de l UPMC, mais il continue à collaborer avec l équipe «Eco Evolution Mathématique». En septembre 2012, Sandrine Meylan est devenue PR à l IUFM (Univ. Paris 4) et Nicolas Loeuille à l UPMC sur un profil fléché pour l UMR 7618 «BIOEMCO». Il restera néanmoins dans notre UMR jusqu en décembre Une autre recommandation importante avait été faite par l AERES lors de notre dernière évaluation, elle concernait le nombre de HDR, qui était considéré comme insuffisant. Nous avons répondu à cette critique et durant de la période quadriennale de référence sept HDR ont été soutenues, ce qui porte le nombre d HDR de l UMR à 13 soit près de la moitié des personnels chercheurs (cf. Tableau II). Moyens techniques: évolution des laboratoires et de l'informatique Secrétariat central : gestion administrative et financière L histoire se répète, nous amenant à nous interroger sur les motivations qui poussent notre Institut de rattachement au CNRS à ne pas considérer efficacement les difficultés qui affectent les besoins vitaux de notre Unité. L Unité a dû faire face pendant plus de deux ans ( ) à une situation extrêmement précaire de son secrétariat central avant que Chantal Cuisinier ne soit recrutée en 2007 pour prendre en charge les charges administratives, les ressources humaines ainsi que de la gestion du quotidien de 11

14 l UMR. Elle assura ces fonctions entre 2007 et février Son départ à la retraite replongea l Unité dans une situation critique. L absence de secrétariat est une situation invivable au jour le jour, mais à ce problème s ajoute la non-continuité de la gestion administrative et des ressources humaines qui va remettre en question tout le travail effectué entre 2007 et Les données et les dossiers des personnels ont été mis à jour et sont sûrement dans le secrétariat mais où? Un recrutement sous forme de CDD est prévu à l automne 2012, cependant cela semble être une nouvelle fois une solution provisoire De la même façon, l UMR avait connue en ce qui concerne sa gestion financière, une période de grand «flottement» à la suite du départ d un agent, laissant une seule gestionnaire pour l ensemble du laboratoire. En 2008, nous avions obtenu deux agents pour gérer financièrement l UMR, Nathalie Guillory et Sophie Gargan ( ) puis Nathalie Guillory et Elisabeth Nguyen Van ( ). En janvier 2012, nous nous sommes retrouvés une nouvelle fois avec un seul agent pour gérer l Unité lors du départ à la retraite d Elisabeth Nguyen Van. Malgré les qualités de Nathalie Guillory ainsi que son investissement important, l expérience apporte la démonstration que la gestion de notre Unité, impliquant des ressources provenant de trois établissements et donc trois systèmes de gestion différents (!) et un nombre conséquent de contrats, est une charge trop lourde pour une seule personne, ce qui a pour résultat l accumulation de retards importants dans la gestion de l Unité. Dans le contexte de cette charge de travail, il est aujourd hui impossible pour le directeur et les chefs d équipe d obtenir une vue synthétique sur l état financier de l UMR et son évolution à court terme. L activité de gestion administrative et financière de l Unité demeure donc un problème aigu surtout face à l accroissement exponentiel des tâches administratives et financières induites par nos administrations kafkaïenne dans la course à «l excellence» (excellence ni administrative ou ni financière, on suppose!!!). Informatique Le service informatique est géré par Jean-Marc Rossi (AI). L activité de recherche théorique de l Unité se traduit par des besoins informatiques importants, qui se voient enfin satisfaits partiellement localement par le développement d un équipements appropriés : serveurs et grille de calcul dédiés à la modélisation numérique et au stockage de données, logiciels adaptés Serveurs, site Jussieu : - Serveur dédié au logiciel de gestion XLAB - Serveur du site Web du labo + miroir de celui-ci - Serveur de sauvegarde - Serveur de calcul sous Linux. Serveurs, site ENS : Depuis 2011, l équipe «Eco Evolution Mathématique» a mis en commun ces budgets obtenus sur contrat pour acquérir une grille de calcul upgradable. Cette grille de calcul est actuellement gérée en partie par le centre de calcul du Département de Biologie de l ENS et en partie par les bonnes volontés des doctorants qui l utilisent. Une situation aussi précaire est intenable, étant donnée la place que tiennent la modélisation et l écologie théorique et computationnelle dans l activité et la production scientifique de l Unité. Nous demandons le recrutement rapide d un IE spécialisé en calcul scientifique afin de nous donner les moyens de gérer les outils de calcul que nos programmes de recherche nécessitent : gestion de notre grille de calcul, gestion des accès à d autres plateformes numériques et super-ordinateurs, suivi et implémentation des développements des techniques computationnelles. Notre compétitivité internationale est à ce prix. Service d Ecologie Moléculaire Le service d'écologie moléculaire permet de développer et d utiliser des marqueurs moléculaires dans le contexte des grandes problématiques d'écologie évolutive : dynamique des populations, génétique des populations, écologie comportementale, évolution des systèmes de reproduction... Ce service est donc utilisé dans une large proportion des projets de recherche de l Unité. Le service est assuré par Pierre Fédérici (AI) et Murielle Richard (IE), qui gèrent notamment le séquenceur récemment remplacé (Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzers). Il est à noter que depuis 2002, en moyenne, 7 12

15 publications par an utilisent des résultats provenant de l utilisation du séquenceur. Cela a renforcé l Unité dans sa volonté de le remplacer malgré la conjecture peu favorable. Service d Immunologie Mis en place et assuré par Claudy Haussy (AI) et Julie Legoupi (AI), le Service répond aux demandes de toutes les équipes en matière d analyses immunologiques, endocrinologiques et hématologiques. Le Service participe à l élaboration des projets et à la mise au point des protocoles. Il met au point les techniques d analyse spécifiques aux projets, détermine les limites de détection des méthodes, et assure la transmission des compétences. Les techniques utilisées ou développées incluent par exemple les dosages ELISA d immunoglobulines totales ou spécifiques pour étudier la réponse immunitaire induite ou naturelle chez différentes espèces, les dosages de testostérone, progestérone, corticostérone... La création de l équipe «Ecophysiologie Evolutive» s est fortement appuyée sur l existence et la qualité de ce service. Service de Microbiologie Le Service de Microbiologie repose sur deux laboratoires de niveau de sécurité P1 et P2 qui sont placés sous la responsabilité de Sandrine Adiba (IE). Le nouveau laboratoire de microbiologie P2 s est ouvert en juillet 2007 grâce au soutien de l IFR 101 Ecologie, Evolution, Biodiversité et du CNRS. Plusieurs projets initiés en 2007 se sont appuyés sur le Service de Microbiologie : (i) Co-évolution expérimentale de l amibe social Dictyostelium discoideum et des bactéries pathogènes de type Legionella ; (ii) Etude expérimentale de la dérive génétique sur un modèle bactérien (E. coli) ; (iii) Sélection naturelle et dérive génétique : son effet sur le polymorphisme génétique. Compte tenu de la fin de ces projets une réflexion est en cours quant au devenir du laboratoire P2, notamment à cause du coût de sa maintenance et du coût de son futur déménagement le «grille» du campus de Jussieu. Locaux L UMR est installée sur deux sites. La localisation principale est située sur le campus de Jussieu sur une surface de plus de 1400 m 2. L état de dégradation des locaux était tellement avancé, l électricité répondait à des normes tellement anciennes que des travaux ont enfin été entrepris, sous la pression, il est vrai, de la Préfecture de Police qui menaçait de fermer ces locaux! Les travaux se sont déroulés au printemps 2012 avec des conséquences non négligeables pour les personnels, les modèles animaux et les matériels scientifiques qui ont cohabité avec les ouvriers, les bruits et la poussière pendant plusieurs mois Sur le site de l'ecole Normale Supérieure, l UMR occupe un espace de 90 m 2 distribué sur deux étages du Département de Biologie, où elle cohabite avec deux autres UMR. Cet espace exigu est insuffisant pour le fonctionnement optimal de l équipe «Eco Evolution Mathématique». e. Conclusions En 2007, l'unité réunifiée avait l'ambition de se positionner sur l étude des systèmes écologiques à tous leurs niveaux d organisation du gène à l écosystème. Cette ambition a permis de développer une riche activité scientifique au plus haut niveau d'excellence ainsi qu en attestent les performances scientifiques de l Unité (mesurées par le nombre de publications dans les meilleures revues internationales), son succès dans l obtention de contrats de recherche ainsi que sa participation à des projets d excellence comme l Equipex PLANAQUA. Il convient aussi d insister sur l émergence de thèmes transversaux, à fort potentiel structurant au sein de l UMR et dans ses relations avec son environnement scientifique local, national et international: écologie et évolution des stratégies biodémographiques et des comportements sociaux, structure et dynamique des réseaux écologiques, modélisation et écologie prédictive, en particulier dans le contexte des changements globaux. l écophysiologie évolutive et fonctionnelle l écologie urbaine 13

16 Cette réussite scientifique, fruit de la dynamique interne de l Unité, contraste fortement avec les conditions de fonctionnement dans lesquelles évoluent les membres de l UMR Le fait que l'umr fonctionne encore est largement dû aux compétences scientifiques reconnues de ses chercheurs et enseignants-chercheurs et à leur enthousiasme. Mais nos tutelles auraient tort de miser sur l inoxydabilité de cet enthousiasme ; en 2012, à l'heure du bilan, un gout amer est présent. L attitude de nos tutelles et leur absence de soutien ne sont pas étrangères au malaise ressenti par beaucoup. L horizon de l écologie fondamentale et de l écologie évolutive à l UPMC s assombrit fortement car ses thématiques ne sont pas clairement soutenues par la présidence de l UPMC. Aucune possibilité ne nous a été donnée pour renforcer la thématique «Parasitologie et/ou Ecologie de la Santé», alors que le recrutement d un PR, demandé de longue date, aurait pu la stabiliser et la développer. A l heure de la discussion de la nouvelle maquette d enseignement, à laquelle de nombreux EC ont participé, force a été de constater que l écologie et la biologie de l évolution ne représenteraient qu une portion minimaliste des enseignements de Licence. Au niveau du Master la vice-présidence Enseignement a essayé de faire fusionner la spécialité EBE alors que la master EBE est, en Ecologie au niveau national, une des formations phare... Plus préoccupant encore, l ED «Diversité du Vivant» n a pas été reconduite. Ce non-renouvellement est déploré par l UMR, car la place de l Ecologie et de l Evolution n est pas évidente dans la structure protéiforme qui devrait lui succéder. Tout cela contribuera à réduire de façon significative l attractivité de l UPMC pour des chercheurs internationalement reconnus dans le domaine de l Ecologie. Alors que les questions sociétales demandent toujours plus d applications de prétendues «sciences de l environnement» (voir par exemple les conclusions de la conférence environnementale du 14 et 15 septembre 2012 présidée par François Hollande quant à l importance de la préservation de la biodiversité et du lien entre la santé, biodiversité et environnement), on semble vouloir faire l économie du socle scientifique même de ces applications. C est une erreur scientifique et stratégique flagrante, dont on aura malheureusement tôt fait de mesurer les conséquences à l aune de la compétition scientifique internationale. Du côté du CNRS notre avenir ne semble pas beaucoup moins sombre, avec la disparation de 4 ITA non remplacés depuis 2011, une chute de plus de 45% des crédits récurrents depuis 2010, une UMR sans secrétariat pendant plus de 6 mois en Une UMR une nouvelle fois sans secrétariat et avec une seule gestionnaire comme à la fin du précédent quadriennal! La direction de l INEE pourrait-elle dire clairement si, oui ou non, elle souhaite encore soutenir une UMR d Ecologie à Paris? En conclusion, l évolution de l Unité, résumée dans ce rapport, a clairement démontré la capacité de celle-ci : (i) à réorganiser ses axes de recherche en fonction de ses points forts et des faiblesses conjoncturelles auxquelles elle dut faire face ; (ii) à développer en son sein une politique forte de recherches interdisciplinaires c est une caractéristique essentielle de l UMR 7625 ; (iii) à s impliquer dans les formations universitaires, dans les réseaux scientifiques nationaux, et dans le développement de très grands équipements au service de toute la communauté scientifique, tel que l Ecotron Ile-de- France à la station biologique de Foljuif ; (iv) à tisser un réseau de collaborations actives, contribuant au rayonnement international des équipes. Par sa vocation transdisciplinaire essentielle, la science écologique de la biodiversité et de l évolution est en position idéale pour contribuer à la fédération d efforts intégratifs de la recherche biologique, du gène à l écosystème. Il est hautement souhaitable que nos tutelles ne se contentent pas de nos résultats scientifiques mais nous donnent aussi des moyens à la hauteur de ceux-ci dans le futur Institut d Ecologie et des Sciences Environnementales de Paris, en en faisant une priorité pour le bien commun de son rayonnement national et international. 14

17 2. Rapport scientifique : Bilan des Equipes a. «Changements Globaux et Processus Adaptatifs» 17 b. «Eco-Evolution Mathématique» 35 c. «Ecologie des Populations et des Communautés» 73 d. «Ecophysiologie Evolutive» 89 e. «Evolution des Sociétés Animales»

18 16

19 Rapport d activité LABORATOIRE Ecologie et Evolution (Eco-Evo) EQUIPE Changements Globaux et Processus Adaptatifs (CGPA) Responsable équipe et auteur de la fiche Manuel MASSOT Chef d équipe depuis Janvier 2006 Lieu d implantation à Jussieu 17

20 LISTE DE TOUT LE PERSONNEL DE L EQUIPE PAR ORDRE ALPHABETIQUE Responsable équipe : Manuel MASSOT Chercheurs et enseignants chercheurs BIARD Clotilde MC UPMC Arrivée en septembre 2009 et départ en novembre 2010 dans une nouvelle équipe ELARD Loïc MC UPMC Paris Départ en novembre 2010 dans une nouvelle équipe LALOI David MC UPMC LE GALLIARD Jean-François CR1 CNRS MASSOT Manuel CR1 CNRS HDR MEYLAN Sandrine MC IUFM Paris Départ en novembre 2010 dans une nouvelle équipe TULLY Thomas MC IUFM Paris VERNET Roland MC Paris VII Départ en retraite en 2010 ITA et IATOS AVNAIM Monique TCE CNRS Départ en retraite en octobre 2011 MILLOT Laurence AJT UPMC Départ dans un autre laboratoire en mai 2010 RICHARD Murielle IE2 CNRS ROSSI Jean-Marc AI CNRS Post-doctorants et chercheurs invités/associés ARTACHO Paulina Jessica Post-doctorante CONICYT Chili De avril 2010 à avril 2012 GONZALEZ Manuela Post-doctorante R2DS Espagne De janvier 2009 à janvier 2010 Doctorants BLEU Josefa Directeurs de thèse : Manuel MASSOT et Sandrine MEYLAN Soutenance : novembre 2011 BROM Thomas Directeurs de thèse : David LALOI et Manuel MASSOT LE BOURLOT Vincent Directeurs de thèse : Thomas TULLY et David CLAESSEN LEPETZ Virginie Directeurs de thèse : Jean CLOBERT et Manuel MASSOT Soutenance : septembre 2009 LIST Olivier Directeur de thèse : Loïc ELARD Soutenance : octobre 2008 MALLARD François Directeurs de thèse : Thomas TULLY et Manuel MASSOT MARTIN Mélissa Directeurs de thèse : Sandrine MEYLAN et Jean-François LE GALLIARD MUGABO Marianne Directeurs de thèse : Jean-François LE GALLIARD et Régis FERRIERE Soutenance : avril 2011 REMY Alice Directeurs de thèse : Harry ANDREASSEN et Jean-François LE GALLIARD Soutenance : novembre

21 CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES SOUTENUES ET COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES Contrats de financements ANR Programme blanc du 9 novembre 2007 au 18 novembre 2010 (coordinateur : J. CLOBERT) ANR DIAME Vers un nouveau fonctionnement des méta-populations Montant alloué à M MASSOT : 90 k 2. Programme interdisciplinaire du CNRS Longévité et Vieillissement de 2009 à 2010 (coordinateur : T. TULLY) Vieillissement de la stabilité et de la plasticité phénotypique : une approche éco-évolutive expérimentale et comparative du vieillissement dans un contexte intégrant plusieurs traits, plusieurs génotypes et plusieurs environnements chez le collembole Folsomia candida Montant alloué à T TULLY : 18 k 3. ANR Programme la 6 ème extinction du 1 er avril 2010 au 31 mars 2014 (coordinateur : O. RONCE) ANR EVORANGE Montant alloué à T TULLY 4. R2DS de la Région Ile-de-France de 2008 à 2011 (coordinateur : J-F LE GALLIARD) Vulnérabilité des petites populations naturelles : approches expérimentales et prédictives des mécanismes d extinction Montant alloué : 180 k 5. ANR Programme Jeunes chercheurs de 2008 à 2011 (coordinateur : J.-F. LE GALLIARD) Mécanismes d'extinction dans les petites populations Montant alloué à J-F LE GALLIARD : 400 k 6. Research grant from NFR (Norges forskningsråd) de 2008 à 2012 (coordinateur : H.P. ANDREASSEN). Extinction mechanisms in small populations: linking theory, experiments and observational studies in a comparative setting. Montant alloué : 2 M 7. ANR Infrastructure Nationale en Biologie-Santé de 2012 à ANR Analysis and experimentation on ecosystems Services (ANAEE-S). Montant alloué à J-F LE GALLIARD et 11 partenaires (Projet du CNRS, INRA et l Université Joseph Fourier en soutien à un réseau d infrastructures de recherche): 1,9 M 8. R2DS de la Région Ile-de-France de 2011 à 2015 (coordinateur : J-F LE GALLIARD) de 2011 à Financement DIM pour le projet Ecotron IleDeFrance. Montant alloué aux laboratoires Eco-Evo, BIOEMCO, ESE et à l Institut d'environnement de l ENS : 1,7 M 9. ANR Equipex de 2011à 2020 (coordinateurs : J-F LE GALLIARD, G LACROIX, F HULOT, C BOWLER et V MEDOC). ANR PLAteforme expérimentale Nationale d'écologie AQUAtique (PLANAQUA). Projet ENS, CNRS INEE, UPMC et Université Paris Sud. Montant alloué : 3,2 M Thèses soutenues BLEU Josefa, Thèse de l UPMC, Etude expérimentale et intégrative des contraintes et adaptations de l ovoviviparité. Directeurs de thèse : Manuel MASSOT et Sandrine MEYLAN Soutenance : novembre 2011 LEPETZ Virginie, Thèse de l UPMC, Influence du réchauffement climatique sur les évolutions de morphotypes chez le lézard vivipare. Directeurs de thèse : Jean CLOBERT et Manuel MASSOT Soutenance : septembre 2009 LIST Olivier, Thèse de l UPMC, Genetic study of the relations between the activity of a transcriptional regulator and longevity in Drosophila. Directeur de thèse : Loïc ELARD Soutenance : octobre 2008 MUGABO Marianne, Thèse de l Ecole Normale Supérieure (Ecole doctorale FDV), Structure de population et histoire de vie chez le lézard vivipare. Directeurs de thèse : Jean-François LE GALLIARD et Régis FERRIERE Soutenance : avril 2011 REMY Alice, Thèse de l Université d Oslo, Linking behaviour with individual trait and environmental conditions, and the consequences for small rodent populations. Directeurs de thèse : Harry ANDREASSEN et Jean-François LE GALLIARD Soutenance : novembre 2011 Collaborations scientifiques Department of Ecology and Evolutionary Biology, Université de Californie, Santa Cruz, USA. B. SINERVO 19

22 2. Institute of Plant Physiology and Ecology, Chinese Academy of Sciences, Shangai, China. Bu YUN 3. Department of Ecological Sciences, VU University Amsterdam, Pays-Bas. J. ELLERS 4. Department of Zoology and Ecology, Moscow Pedagogical State University, Moscow, Russia. M. POTAPOV 5. Hedmark University College, Evenstad, Norvège. H.P. ANDREASSEN 6. Department of Biology, Université d Anvers, Belgique. B. VANHOOYDONCK 7. Département d Ecologie et évolution, Université de Lausanne, Suisse. P.S. FITZE 8. Department of Biology, Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, Université d Oslo, Norvège. G GUNDERSEN, T ERGON 9. Institut de Biologie Marine et Arctique, Université de Tromsø, Norway. R.A. IMS 10. School of Biological Sciences, Université d Aberdeen, UK. X. LAMBIN 11. Department of Biology, Université du Massachusetts, USA. D.J. IRSCHICK 12. Department of Environmental and Health Studies, Faculty of Arts and Sciences, Telemark University College, Norvège. F RUSSEL 13. Instituto de Ecologia y Evolucion, Universidad Austral de Chile in Valvidia, Chili. P. ARTACHO 14. Station d'ecologie Expérimentale du CNRS de Moulis, CNRS USR 2936, Saint Girons, France. J. CLOBERT 15. Laboratoire de Microbiologie, Faculté de Pharmacie de Paris 5, France. M. J. BUTEL 16. Institut des Sciences de la Terre, CNRS UMR 7193, Paris, France. J. CUBO 17. Station Biologique de Paimpont, CNRS UMR 6553, Paimpont, France. B. HEULIN 18. Laboratoire Physiopathologie et Diagnostic des Infections Microbiennes, EPIM, Hôpital Raymond Poincaré, Paris, France. G. SAPRIEL 19. Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité, UMR 7205 MNHN/CNRS, Paris, France. L. DEHARVENG, C. D'HAESE et C. ROLLARD 20. Laboratoire Ecologie Systématique et Evolution, CNRS UMR 8079, Orsay, France. C. BESSA-GOMES 21. Centre d'etudes Biologiques de Chizé, CNRS UPR 1934, Chizé, France. O. LOURDAIS 22. Biogéochimie et écologie des milieux continentaux, UPMC, Paris, France. L. ABBADIE, M. SEBILO 20

23 TABLEAU BIBLIOMETRIQUE Cette synthèse bibliométrique, ainsi que la liste des publications qui s y rapporte, ne comporte pas les publications des 3 chercheurs qui ont quitté notre équipe pour fonder la nouvelle équipe d Ecophysiologie évolutive. En incluant ses 5 chapitres de Livre et 4 articles de vulgarisation, l équipe CGPA actuelle a ainsi produit 65 publications de 2007 à juin Revue Nombre d articles Facteur d Impact 2010 sur 5 années Champ disciplinaire Classement de la revue dans le champ disciplinaire Science Ecology Letters Ecology 3/130 Global Change Biology Ecology 6 /130 Molecular Ecology Ecology 9 /130 The New phytologist Ecology Ecology 11 /130 Evolution Ecology 12 /130 Proceedings of the Royal Ecology 16 /130 Society B The American Naturalist Ecology 19 /130 Journal of Animal Ecology Ecology 22 /130 Functional Ecology Ecology 23 /130 PLos One Oecologia Ecology 29 /130 Journal of Evolutionary Biology Ecology 30 /130 Biology Letters Ecology 35 /130 Animal Behaviour Behavioral Ecology Ecology 41 /130 Behavioral Ecology and Ecology 49 /130 Sociobiology Apidologie Pedobiologia Ecology 58 /130 Biodiversity and Conservation Ecology 59 /130 Oryx Ecology 67 /130 Evolutionary Ecology Research Ecology 77 /130 Population Ecology Ecology 69 /130 Behavioural Processes Journal of Tropical Ecology Ecology 76 /130 Molecular Ecology Resources Ecology 82 /130 Journal of Experimental

24 Zoology Part A La figure ci-dessous, qui situe nos publications dans les quartiles au sein de la discipline ECOLOGY d ISI Web) illustre bien la qualité scientifique de l équipe CGPA : l ensemble des publications concerne en effet que les 3 premiers quartiles, et le premier quartile est le plus représenté. 22

25 RESULTATS & EVOLUTIONS SCIENTIFIQUES 1 - Rappel des objectifs L équipe Changements Globaux et Processus Adaptatifs (CGPA) s intéresse d une part à l étude de l impact des changements globaux sur les individus et les populations, et d autre part à celle des processus évolutifs. L étude des changements globaux (changements climatiques; fragmentation, altération et destruction des habitats) est un enjeu critique de la recherche en écologie. Nos travaux sur les processus évolutifs (mécanismes d adaptation, processus sélectifs, systèmes d appariement et plasticité phénotypique) sont un atout pour appréhender pleinement l impact des changements globaux. Nos études des modifications majeures de l environnement induites par les activités humaines (pressions sélectives unidirectionnelles récentes auxquelles les populations ne sont pas adaptées) nous offrent des possibilités intéressantes d appréhender les processus évolutifs. Les deux thématiques de l équipe sont donc très complémentaires et s enrichissent mutuellement. Dans ce contexte général, nos principaux thèmes de recherche sont les suivants : (i) Impacts du réchauffement climatique sur les individus et les populations ; (ii) Mécanismes d extinction dans les petites populations ; (iii) Etude du vieillissement ; (iv) Etude du système de reproduction ; (v) Réponses phénotypiques et adaptatives aux variations environnementales. Nous mettons le plus souvent en œuvre des approches intégratives pouvant combiner morphométrie, comportement, physiologie, génétique, démographie et modélisation. Nos études sont menées dans des populations naturelles (suivis long-terme et expérimentations), dans des conditions semi-naturelles et en laboratoire. Nos modèles biologiques principaux sont le lézard vivipare Lacerta (Zootoca) vivipara et le collembole Folsomia candida. De 2007 à la fin 2010, l équipe CGPA a compris 7 chercheurs (2 CNRS, 5 MC), 1 ingénieur (CNRS), 3 techniciens (2 CNRS, 1 UPMC), et il y a eu simultanément jusque 2 post-doctorants et 3 thésards. Le fait marquant dans l évolution de l équipe a été le départ de 3 de ses chercheurs à la fin 2010 pour participer à la création de la nouvelle équipe Ecophysiologie évolutive. A ceci, se sont ajoutés 2 départs en retraite (1 MC, 1 technicien) et 1 départ du laboratoire (1 technicien). L équipe est ainsi actuellement composée de 5 publiants, 4 chercheurs (2 CNRS, 2 MC) et 1 ingénieur, ainsi que de 1 assistant ingénieur et 2 thésards. La scission de l équipe qui a contribué à la création de l équipe d Ecophysiologie évolutive a eu plusieurs raisons. D un point de vue scientifique, il s agissait en premier lieu de former une forte équipe d écophysiologie permise par plusieurs recrutements en parallèle avec un affaiblissement du potentiel du laboratoire en parasitologie (l ancienne équipe hôtes-parasites a été l autre composante de l UMR à l origine de la fondation de l équipe d écophysiologie). En ce qui concerne CGPA elle-même, ceci a permis d apporter une réponse aux inquiétudes émises au précédent examen AERES et qui étaient que notre équipe initiale présentait trop de thèmes d étude et trop de modèles biologiques. D un point de vue plus pratique, notre scission a aussi été une réponse à un fonctionnement peu rationnel de notre école doctorale Diversité du vivant qui considère que le nombre d attributions de thèses est à équilibrer entre les équipes, mais ce quelque soit la taille des équipes. Nos succès dans l obtention de thèses suite à notre scission en 2 équipes ont clairement validé notre décision. De plus, cette scission ne s est pas faite au détriment de la visibilité de l équipe CGPA qui a conservé une taille comparable à plusieurs équipe du laboratoire et qui affiche une production scientifique importante (65 publications) et de qualité (2/3 des articles au sein du premier quartile de la discipline ECOLOGY d ISI Web). 2 - Principaux résultats scientifiques Impacts du réchauffement climatique sur les individus et les populations Le réchauffement climatique actuel et son origine anthropique ne font plus de doutes. Les travaux sur le lézard vivipare ont illustré un grand nombre d effets du réchauffement climatique, réchauffement observé dans la zone d étude (Cévennes) ces 30 dernières années. Les effets individuels du réchauffement ont été un avancement des dates de pontes, un accroissement de la taille corporelle, ainsi qu un accroissement des tailles de ponte (Chamaillé-Jammes et al. Global Change Biology 2006, ACL37). Une relation entre la température au printemps et la survie des adultes a suggéré un autre impact possible sur le long terme. La composition des populations a également été affectée avec un changement marqué de la fréquence de morphotypes liés à la coloration dorsale 23

26 (ACL30). Ce changement a été dû à une diminution des échanges entre populations via la dispersion adulte. La dispersion du lézard vivipare a d une manière générale fortement répondu au réchauffement car il a aussi été observé une réduction de la dispersion des jeunes (ACL41). Cette réduction a été d une ampleur surprenante pour une série temporelle de seulement 16 années (Figure 1). Le taux de dispersion initialement compris entre 50 et 60% est maintenant proche de seulement 20%. La réduction de la dispersion a été liée à l augmentation des températures en Juin (ACL41). Cette inhibition de la dispersion juvénile et la diminution de la dispersion adulte témoignent d une réduction généralisée des mouvements dispersifs chez le lézard vivipare. Ceci contraste avec l augmentation de la tendance dispersive par le réchauffement chez les trois seules autres espèces où cela a été testé. Cela remet aussi en cause une prédiction générale un peu rapide comme quoi le réchauffement climatique devrait conduire à une dispersion accrue des ectothermes (Walters et al. Proc. Royal Soc. B 2006). Figure 1. Inhibition de la dispersion des jeunes chez le lézard vivipare (A) en réponse au réchauffement climatique observé dans la zone d étude (B). Source = ACL41. Une approche biogéographique des effets du réchauffement climatique sur le lézard vivipare a été menée dans le cadre d une collaboration avec B SINERVO. Un premier article a été publié dans Science (ACL52). Sur la base d un suivi de 104 sites à travers l Europe, il a été montré l extinction de 16 populations sur la dernière décennie, ainsi que le déclin des densités dans nombre de populations persistantes. Les populations éteintes et les plus en déclin sont localisées au sud de l aire de répartition de l espèce, et tout particulièrement dans les populations de faible altitude, c est-à-dire à la marge chaude de l aire géographique. De tels exemples d extinction liée au réchauffement climatique ont pour l instant très rarement été mis en évidence bien qu ils soient prédits en grand nombre dans les décennies à venir. Dans l article publié dans Science (ACL52), les données biogéographiques sur le lézard vivipare ont été incluses dans un jeu de données de nombreuses espèces de lézards sur l ensemble de la planète, et couplé avec un modèle physiologique prédictif. Au delà de l étude sur le lézard vivipare, nous avons aussi produit une revue (OS-4) sur les implications de la dispersion dans les dynamiques biogéographiques liées aux effets du réchauffement climatique sur les espèces. Cette revue a eu pour but de résumer les connaissances actuelles, de souligner les inconnues importantes et de dégager des voies de recherche à développer. Il y est notamment discuté et conclu que la capacité que l on aura de prédire les effets du changement climatique global sur les espèces dépendra de la réponse à trois questions cruciales : (i) Doit-on prendre en compte la variabilité de la dispersion au sein des espèces? (ii) Y a-t-il des effets interactifs importants entre le changement climatique, la fragmentation des habitats et les interactions entre espèces? (iii) Les effets conjugués du changement climatique et de la dispersion sont-ils les mêmes aux marges en expansion, en contraction et dans le cœur de l aire géographique? Étude du vieillissement L étude des changements de performances selon l âge (maturation, investissement terminal, sénescence) touche aux travaux de T TULLY pour notre modèle de laboratoire, le collembole, et à ceux de M MASSOT pour notre espèce suivie in natura, le lézard vivipare. Les travaux de T TULLY sur les traits d'histoire de vie et le vieillissement chez le collembole Folsomia candida ont été multiples. Il a étudié la plasticité des traits d histoire de vie montrant l'existence d'un compromis 24

27 évolutif entre plasticité et longévité (ACL54). Il a également proposé une nouvelle théorie permettant d expliquer comment la survie après la fin de la reproduction a pu être sélectionnée au cours de l évolution (ACL55). L observation de vie post-reproductive parfois importante a été longtemps considérée comme un paradoxe évolutif. Comment celle-ci, qui produit des compétiteurs «inutiles» car ne se reproduisant plus, n'a-t-elle pas disparu au cours de l évolution? Plusieurs théories ont été avancées, basées sur l idée que les grand-mères peuvent contribuer à la propagation de leurs gènes indirectement en favorisant par exemple la survie et la reproduction de leurs enfants et de leurs petits-enfants via des soins maternels ou grand-maternels. Mais chez des espèces sans soin parental ni vie sociale organisée, l existence d une vie post-reproductive reste difficile à expliquer. Il a donc été proposé une nouvelle théorie permettant de résoudre ce paradoxe évolutif. L'imprévisibilité de la durée de vie peut générer une pression de sélection favorisant les individus programmés génétiquement pour survivre après la fin de leur période de reproduction dans la mesure où cela donne une marge garantissant un potentiel maximum de reproduction avant de mourir. Nous nous sommes appuyés sur notre étude du collembole pour tester notre prédiction. En comparant la durée de vie post-reproductive de 11 lignées clonales d un collembole, nous avons montré que les lignées chez lesquelles la durée de vie est la plus imprévisible sont les lignées chez lesquelles la durée de vie post-reproductive moyenne est la plus longue, et ce en accord avec notre modèle théorique (Figure 2). Figure 2. Les résultats de simulations d'un modèle théorique (A) et les mesures expérimentales effectuées sur 11 lignées de collemboles aboutissent aux mêmes conclusions : la durée de vie postreproductive évolue conjointement avec l'imprévisibilité de la durée de vie. Source = ACL55. Les résultats sur le lézard vivipare (ACL42) ont illustré l apport d approches intégratives dans l étude du processus complexe de vieillissement. Le jeu de données analysé a consisté en 14 années d études de données de capture-recapture ( captures, 892 évènements de reproduction) enrichies de mesures physiologiques (hormone de stress, réponses immunitaire, taux métabolique). Cette étude a permis de montrer des variations en fonction de l âge pour des aspects multiples chez les femelles adultes. Ces variations avec l âge ont été tout autant des processus de maturation tôt dans la vie (pour l accès à la reproduction et la taille de ponte), que des processus de sénescence à des âges plus avancés (décroissance de la survie et du succès des pontes). En parallèle avec la sénescence, il a aussi été montré l existence d une stratégie d investissement terminal chez les femelles les plus âgées, avec une plus grande qualité des jeunes produits (taille et corpulences des jeunes). L observation d accroissements tant du taux métabolique au repos que de la réponse immunitaire cellulaire avec l âge des femelles adultes pourrait être liée aux variations d âge des composantes de la valeur sélective. Par ailleurs, des patrons de vieillissement sont fonction des conditions environnementales, de la taille corporelle des femelles, et la sénescence en survie des femelles est spécifique des femelles qui ont un fort effort de reproduction à la première reproduction. Ce dernier résultat d un coût de reproduction à l origine de la sénescence a rarement été montré, bien qu il soit prédit par les principales théories évolutives sur la sénescence. Étude du système de reproduction et de la sélection sexuelle Chez le lézard vivipare, la mise en évidence d un polymorphisme des stratégies de reproduction (polygynie, polyandrie avec coexistence de femelles monandres et polyandres) a été à l origine de nombreux travaux. L ensemble des publiants de CGPA travaillant sur le lézard vivipare se 25

28 sont ainsi intéressés à cet aspect. Les travaux de M RICHARD touchent aux choix complexes des partenaires en relation avec la condition des individus, les phénomènes de sénescence, mais également en relation avec les phénomènes de consanguinité et d adaptations locales. Il est a noté qu en tant qu ingénieur elle publie régulièrement sur ces thématiques, avec 12 articles depuis 2007 dont 3 en premier auteur. Les travaux de D LALOI, souvent en association avec M MASSOT et M RICHARD, concernent les systèmes d appariement et les choix de partenaires. Il a notamment été questionné la relation entre la dispersion et le système de reproduction (ACL29). Le couplage évolutif de ces deux aspects a fait l objet d une très vaste littérature et de beaucoup de débats sur la base de comparaisons entre espèces ou groupes taxonomiques larges (e.g., oiseaux versus mammifères). Toutefois, cet aspect n avait été examiné qu une seule fois au travers d une variabilité interindividuelle au sein d une population où coexiste des individus mono- et polygames (Chapple & Keogh Molecular Ecology 2005), et cette étude restait assez peu explicative. Au sein d une population naturelle de lézards vivipares, nous avons pu montrer une relation entre dispersion et stratégie de reproduction. Ainsi, et à l inverse de ce que prédit l hypothèse classique d un déterminisme génétique du comportement de dispersion, nous avons trouvé une ressemblance de comportement de dispersion entre les jeunes de même portée quand ils étaient issus de pères différents, ressemblance non constatée chez les jeunes de femelles qui s étaient accouplées avec un seul mâle (ACL29). Une interaction entre système de reproduction et succès de la reproduction sur la dispersion des jeunes a éclairé au moins pour partie l origine non génétique de la ressemblance entre les jeunes des mères polyandres. Un travail marquant de J-F LE GALLIARD (ACL17) a porté sur les mesures de l intensité de la sélection sexuelle, mesures cruciales dans les études de dimorphisme sexuel, de dynamique de population et de spéciation. Différentes mesures sont utilisées dans la littérature et leurs intérêts et limitations sont fortement débattues. A l aide d une expérience en conditions semi-naturelles (enclos au CEREEP) sur des populations indépendantes de lézards vivipares, le sexe ratio adulte a été manipulé. Le sexe ratio adulte est un déterminant potentiellement important de l intensité de la sélection sexuelle. Nous avons mesuré les différences d intensité de la sélection sexuelle à partir de trois mesures classiquement utilisées le gradient de sélection standardisé (beta ), l opportunité de sélection (I), et le gradient de Bateman (beta(ss)). Ces mesures ont été calculées pour différents groupes d individus et composantes de la valeur sélective. Il a été montré que les résultats basés sur I étaient opposés à ceux des deux autres mesures, alors que les résultats de beta étaient en accord avec nos connaissances sur le système de reproduction du lézard vivipare. Par ailleurs, nos estimateurs de la force et de la direction de la sélection sexuelle ont variés selon les groupes d individus considérés et les composantes de la valeur sélective. Ces observations démontrent les divergences entre les différentes mesures de la sélection sexuelle et soulignent la grande prudence nécessaire dans les comparaisons entre études et espèces. 3 Interactions avec l environnement social, économique et culturel L implication des chercheurs en tant que conseillers scientifiques est forte. T TULLY est membre du conseil d'éducation de la réserve de biosphère du Gâtinais Français depuis 2008, membre du conseil scientifique du projet PICRI "Biodiversité dans l'assiette - Plateforme pour des restaurations collectives responsables". D LALOI est membre du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN) d Ile-de-France. J-F LE GALLIARD a été membre du comité scientifique de la Réserve de Biosphère de Fontainebleau de 2007 à 2010, et est conseiller scientifique de la collection Sciences durables des éditions de la Rue d'ulm depuis 2010, membre du conseil scientifique du DIM R2DS du Conseil régional depuis 2011, éditeur associé de la revue Oecologia et membre du conseil scientifique de la station des Nouragues du CNRS depuis Les 4 chercheurs de CGPA ont participé à des manifestations auprès du public. J-F Le GALLIARD en tant qu organisateur et D LALOI en tant que participant ont contribué au 48h de la Biodiversité au CEREEP en 2010, ainsi qu à l opération Porte ouverte Bioblitz Foljuif en D LALOI a aussi participé aux Rencontres de Natureparif sur les Espèces envahissantes en Ile-de-France en J-F Le GALLIARD a par ailleurs organisé les Portes ouvertes Fête de la Science CEREEP Ecotron IleDeFrance en 2009, 2010 et 2012, et mis en place un projet technique avec un lycée. M MASSOT et T TULLY ont fait des animations pour la fête de la science. Du côté des publications, nous avons produit 4 articles de vulgarisation (2 articles pour le Bulletin de la Société Herpétologique de France, 1 article pour la Société Française d'orchidophilie et 1 article pour la revue de l'association des Professeurs de Biologie et Géologie). 26

29 4 Implication dans la formation Nos activités d enseignements sont importantes et doivent bien sûr beaucoup aux 2 Maîtres de Conférences de l équipe, D LALOI et T TULLY. Les enseignements couverts touchent essentiellement la Licence Sciences de la Vie de l UPMC, le Master Ecologie Biodiversité Evolution de l UPMC, le Master Education et formation de l UPMC, le Master EFSVT de Paris 7, le Master Formation des maîtres de l IUFM de Paris, mais aussi des enseignements à l Ecole Normale Supérieure de Paris (Licence et Master) ainsi qu à l étranger. D LALOI est responsable de 5 UE, T TULLY est responsable de 2 UE et d un semestre de parcours d initiation à la recherche. J-F LE GALLIARD est responsable d une UE de Licence. En termes de responsabilités dans l organisation des enseignements, D LALOI est représentant de l écologie au sein du conseil de la Licence Sciences de la Vie, représentant de l écologie au sein du comité de pilotage d un projet de réforme de la Licence, membre (élu depuis 2008) du Conseil de l UFR 918 Terre, Environnement, Biodiversité et membre de la commission des enseignements de cette UFR. T TULLY a été membre du conseil départemental de formation pour le premier degré de 2008 à 2011, il a été membre du jury académique de formation pour le premier degré de 2005 à 2007 et il est membre élu du CNU (section 67) depuis Il a aussi été membre du jury de l'agrégation externe de SVT de 2007 à 2010 et est actuellement membre du jury de l'agrégation interne de SVT depuis En ce concerne notre activité de formation par la recherche depuis 2007, nous avons encadré 25 étudiants de L3, 12 étudiants de M1, 13 étudiants de M2 et 5 thésards. 5 Vie de l équipe Le fait marquant dans la vie de l équipe a bien sûr été le départ de 3 de ses chercheurs à la fin 2010 pour participer à la création de la nouvelle équipe Ecophysiologie évolutive. A ceci, se sont ajoutés 2 départ en retraite (1 MC, 1 technicien) et 1 départ du laboratoire (1 technicien). L équipe est ainsi actuellement composée de 4 chercheurs (2CNRS, 2 MC), 1 ingénieur, 1 assistant ingénieur et 2 thésards. Comme présenté dans la section introductive, cette forte réduction de la taille de l équipe CGPA s est faite ni au détriment de son dynamisme avec une production scientifique importante et de qualité, ni de sa visibilité puisque l équipe CGPA a alors été d une taille comparable à plusieurs autres équipe du laboratoire. Du point de vue de l implication des membres de l équipe au fonctionnement global du laboratoire, il est à souligner que notre ingénieur M RICHARD a été l ACMO de l unité depuis 2007 et que notre assistant ingénieur J-M ROSSI a assuré la charge de l informatique du laboratoire. Pour les chercheurs, nous avons des collaborations avec 9 chercheurs des autres équipes. Un élément majeur est aussi l importante responsabilité de J-F LE GALLIARD en tant que directeur du CEREEP-Ecotron IleDeFrance depuis Cette unité de service du CNRS et de l Ecole Normale Supérieure comprend 12 techniciens et ingénieurs. De par cette direction, J-F LE GALLIARD coordonne la Très Grande Infrastructure de Recherche de l Ecotron IleDeFrance ( Le CEREEP-Ecotron IleDeFrance fait partie du réseau de l Infrastructure nationale en biologie-santé ANAEE-Service dont J-F LE GALLIARD assure aussi une partie de la coordination et de la gestion. Un bémol dans le fonctionnement de l équipe a sans doute été dû à un éparpillement géographique, avec 2 chercheurs et les personnels techniques basés à Jussieu, 1 chercheur à l ENS (T TULLY) et J-F LE GALLIARD dont l activité a été assez centrée sur le CEREEP. Pour l avenir, et si nos tutelles le permettent, il serait souhaitable qu il y ait une unité géographique des futures équipes. Pour que cette partie sur la vie de l équipe soit complète et reflète réellement nos contraintes de fonctionnement, il doit être aussi fait mention des problèmes qui se posent à notre équipe, comme à toutes les équipes du laboratoire et à de nombreuses équipes françaises. En tout premier lieu, le remplacement d une grande part de notre financement récurrent par des offres contractuelles nous conduit de fait à dépendre de sources de financement instables. Ceci enlève toute vision à moyen et long terme permettant de développer des projets pérennes au delà des 2-3 ans habituels des contrats. L instabilité des financements est aussi particulièrement dommageable lorsque des recherches reposent sur des installations expérimentales ou des équipements onéreux qu on ne peut faire vraiment fonctionner que lorsque des contrats sont décrochés. Par exemple, le nouveau séquenceur que notre UMR a eu tant de mal à financer est maintenant peu utilisé faute de moyens. Un autre disfonctionnement tient au sous-encadrement administratif de l unité qui se traduit par des relations difficiles à gérer avec le personnel administratif présent, et bien sûr par des pertes de temps considérables. 27

30 LISTES DES PUBLICATIONS DANS l EQUIPE Les publications intra équipe ACL ACL1 ACL2 ACL3 ACL4 ACL5 ACL6 ACL7 ACL8 ACL9 Baron J.-P., Le Galliard J.-F., Tully T., and Ferrière R. (2010) Cohort variation in offspring growth and survival: prenatal and postnatal factors in a late-maturing viviparous snake. Journal of Animal Ecology, 79, IF = Baron J.-P., Tully T., and Le Galliard J.-F. (2010) Sex-specific fitness returns are too weak to select for non-random patterns of sex allocation in a viviparous snake. Oecologia, 164, IF = Bleu J., Bessa-Gomes C., and Laloi D. (2012) Evolution of female choosiness and mating frequency: effects of mating cost, density and sex ratio. Animal Behaviour, 83, IF = Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S., and Massot M. (2012) Experimental evidence of early costs of reproduction in conspecific viviparous and oviparous lizards. Journal of Evolutionary Biology, 25, IF = Bleu J., Le Galliard J.-F., Meylan S., Massot M., and Fitze P.S. (2011) Mating does not influence reproductive investment, in a viviparous lizard. Journal of Experimental Zoology Part A: Ecological Genetics and Physiology, 315A, IF = Bleu J., Massot M., Haussy C., and Meylan S. (2012) Experimental litter size reduction reveals costs of gestation and delayed effects on offspring in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B, 279, IF = Bocher A., Doums C., Millot L., and Tirard C. (2008) Reproductive conflicts affect labor and immune defences in the Queenless ant Diacamma Sp NILGIRI. Evolution, 62, IF = Bonneaud C., Sinsheimer J.S., Richard M., Chastel O., and Sorci G. (2009) Mhc polymorphisms fail to explain the heritability of phytohaemagglutinin induced skin swelling in a wild passerine. Biology Letters, 5, IF = Bose M., Le Gouar P., Arthur C., Larnbourdiere J., Choisy J.P., Henriquet S., Lecuyer P., Richard M., Tessier C., and Sarrazin F. (2007) Does sex matter in reintroduction of griffon vultures Gyps fulvus? Oryx, 41, IF = ACL10 Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal, heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations. Ecology Letters, 12, IF = ACL11 Cote J., Le Galliard J.-F., Rossi J.-M., and Fitze P.S. (2008) Environmentally induced changes in carotenoid-based coloration of female lizards: a comment on Vercken et al. Journal of Evolutionary Biology, 21, IF = ACL12 Dreiss A.N., Cote J., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2010) Age and sex-specific response to population density and sex ratio. Behavioral Ecology, 21, IF = ACL13 Dreiss A.N., Silva N., Richard M., Moyen F., Théry M., Møller A.P., and Danchin E. (2008) Condition dependent genetic benefits of extrapair fertilization in female blue tits. Jounal of Evolutionary Biology, 21, IF = ACL14 Eizaguirre C., Laloi D., Massot M., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2007) Conditiondependence of reproductive strategy and the benefits of polyandry in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B, 274, IF = ACL15 Fitze P., Cote J., San-Jose L., Meylan S., Isaksson C., Andersson S., Rossi J.-M., and Clobert J. (2009) Carotenoid-based colours reflect the stress response in the common lizard. PLoS One, 4, e511. IF =

31 ACL16 Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2008) Operational sex ratio, sexual conflict and the intensity of sexual selection. Ecology Letters, 11, IF = ACL17 Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2011) Inconsistency between different measures of sexual selection. The American Naturalist, 178, IF = ACL18 Gallet R., Tully T., and Evans M.E.K. (2009) Ecological conditions affect evolutionary trajectory in a predator-prey system. Evolution, 63. IF = ACL19 Gonzalez-Suarez M., Le Galliard J.-F., and Claessen D. (2011) Population and life-history consequences of within-cohort individual variation. The American Naturalist, 178, IF = ACL20 González-Suárez M., Mugabo M., Decencière B., Perret S., Claessen D., and Le Galliard J.-F. (2011) Disentangling the effects of predator body size and prey density on prey consumption in a lizard. Functional Ecology, 25, IF = ACL21 Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G., and Arditi R. (2010) Spatial heterogeneity and functional response: an experiment in microcosms with varying obstacle densities. Oecologia, 163. IF = ACL22 Hoset K.S., Ferchaud A.-L., Dufour F., Mersch D., Cote J., and Le Galliard J.-F. (2011) Natal dispersal correlates with behavioural traits that are not consistent across early life stages. Behavioral Ecology, 22, IF = ACL23 Hoset K.S., Le Galliard J.-F., and Gundersen G. (2009) Demographic responses to milder winter climate in enclosed populations of a small rodent. Population Ecology, 51, IF = ACL24 Hoset K.S., Le Galliard J.-F., Gundersen G., and Steen H. (2008) Home range size and overlap in female root voles: the effect of season and density. Behavioral Ecology, 19, IF = ACL25 Irschick D.J., and Le Galliard J.-F. (2008) Studying the evolution of whole-organism performance capacity: sex, selection and haiku. Evolutionary Ecology Research, 10, IF = ACL26 Irschick D.J., Meyers J.J., Husak J.F., and Le Galliard J.-F. (2008) How does selection operate on whole-organism functional performance capacities? A review and synthesis. Evolutionary Ecology Research, 10, IF = ACL27 Laloi D., Eizaguirre C., Fédérici P., and Massot M. (2011) Female choice for heterozygous mates changes along successive matings in a lizard. Behavioural Processes, 88, IF = ACL28 Laloi D., and Pham-Delègue MH (2010) Patriline-level variability in olfactory learning in the honey bee. Apidologie, 41, IF = ACL29 Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009) Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology Letters, 12, IF = ACL30 Lepetz V., Massot M., Chaine A.S., and Clobert J. (2009) Climate warming and the evolution of morphotypes in a reptile. Global Change Biology, 15, IF = ACL31 Lepetz V., Massot M., Schmeller D.S., and Clobert J. (2009) Biodiversity monitoring: some proposals to adequately study species responses to climate change. Biodiversity and Conservation, 18, IF = ACL32 Loiseau C., Richard M., Garnier S., Chastel O., Julliard R., Zoorob R., and Sorci G. (2009) Diversifying selection on MHC Class I in the house sparrow (Passer domesticus). Molecular Ecology, 18, IF = ACL33 Le Cadre S., Tully T., Mazer S.J., Ferdy J.B., Moret J., and Machon N. (2008) Allee effects within small populations of Aconitum napellus Ssp lusitanicum, a protected subspecies in northern France. The New phytologist, 179. IF = ACL34 Le Galliard J.-F., Cote J., and Fitze P.S. (2008) Lifetime and intergenerational fitness consequences of harmful male interactions for female lizards. Ecology, 89, IF =

32 ACL35 Le Galliard J.-F., and Ferrière R. (2008) Evolution of maximal endurance capacity: natural and sexual selection across age classes in a lizard. Evolutionary Ecology Research, 10, IF = ACL36 Le Galliard J.-F., Gundersen G., and Steen H. (2007) Mother-offspring interactions do not affect natal dispersal in a small rodent. Behavioral Ecology, 18, IF = ACL37 Le Galliard J.-F., Marquis O., and Massot M (2010). Cohort variation, climate effects and population dynamics in a short-lived lizard. Journal of Animal Ecology, 79, IF = ACL38 Le Galliard J.-F., Paquet M., Pantelic Z., and Perret S. (2011) Effects of miniature transponders on physiological stress, locomotor activity, growth and survival in small lizards. Amphibia-Reptilia, 32, ACL39 Le Galliard J.-F., Rémy A., Ims R.A., and Lambin X. (2012) Patterns and processes of dispersal behaviour in arvicoline rodents. Molecular Ecology, 21, IF = ACL40 Marquis O., Massot M., and Le Galliard J.-F (2008) Intergenerational effects of climate generate cohort variation in lizard reproductive performance. Ecology, 89, IF = ACL41 Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction risk. Global Change Biology, 14, IF = ACL42 Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J., and Meylan S. (2011) An integrative study of ageing in a wild population of common lizards (Lacerta vivipara). Functional Ecology, 25, IF = ACL43 Mugabo M., Marquis O., Perret S., and Le Galliard J.-F. (2010) Immediate and delayed life history effects caused by food restriction early in life in a short-lived lizard. Journal of Evolutionary Biology, 23, IF = ACL44 Mugabo M., Marquis O., Perret S., and Le Galliard J.-F. (2011) Direct and socially-mediated effects of food availability late in life on life-history variation in a short-lived lizard. Oecologia, 166, IF = ACL45 Ponge J.-F., Tully T., and Gins A. (2008) Short-term responses of two collembolan communities after abrupt environmental perturbation: a field experimental approach. Pedobiologia, 52. IF = ACL46 Pouvelle S., Jouard S., Feer F., Tully T., and Ponge J.-F. (2009) The latrine effect: impact of howler monkeys on the distribution of small seeds in a tropical rain-forest soil. Journal of Tropical Ecology, 25. IF = ACL47 Rémy A., Le Galliard J.-F., Gundersen G., Steen H., and Andreassen H.P. (2011) Effects of individual condition and habitat quality on natal dispersal behaviour in a small rodent. Journal of Animal Ecology, 80, IF = ACL48 Richard M., Losdat S., Lecomte J., de Fraipont M., and Clobert J. (2009) Optimal level of inbreeding in the common lizard. Proceedings of the Royal Society B, 276, IF = ACL49 Richard M., Massot M., Clobert J., and Meylan S. (2012) Litter quality and inflammatory response are dependent on mating strategy in a reptile. Oecologia, 170, IF = ACL50 Richard M., Stevens V.M., Le Hénanff M., Coulon A., Lourdais O., and Clobert J. (2012) Fourteen new polymorphic microsatellite loci for the wall lizard Podarcis muralis (Sauria: Lacertidae). Dans Abreu, A. G. et al Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 October November (2011). Molecular Ecology Resources, 12, IF = ACL51 Rossel F., Gundersen G., and Le Galliard J.-F. (2008) Territory ownership and familiarity status affect how much male root voles (Microtus oeconomus) invest in territory defence. Behavioral Ecology and Sociobiology, 62, IF = ACL52 Sinervo B., Méndez-de-la-Cruz F., Miles D.B., Heulin B., Bastiaans E., Villagrán-Santa Cruz M., Lara-Resendiz R., Martínez-Méndez N., Calderón-Espinosa M.L., Meza-Lázaro R.N., Gadsden 30

33 H., Avila L.J., Morando M., De la Riva I.J., Sepulveda P.V., Duarte Rocha C.F., Ibargüengoytía N., Puntriano C.A., Massot M., Lepetz V., Oksanen T.A., Chapple D.G., Bauer A.M., Branch W.R., Clobert J., and Sites J.W. (2010). Erosion of Lizard Diversity by Climate Change and Altered Thermal Niches. Science, 328, IF = ACL53 Stevens V.M., Richard M., Bleay C., and Clobert J. (2011) Twelve new polymorphic microsatellite loci for the common lizard, Zootoca vivipara. Dans Agata, K. et al Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 December January (2011). Molecular Ecology Resources, 11, IF = ACL54 Tully T., and Ferrière R. (2008) Reproductive flexibility: genetic variation, genetic costs and long-term evolution in a collembola. Plos One, 3, e3207. IF = ACL55 Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against indeterminacy. Evolution, 65, IF = ACL56 Vercken E., Massot M., Sinervo B., and Clobert J. (2007) Colour variation and alternative reproductive strategies in females of the common lizard Lacerta vivipara. Journal of Evolutionary Biology, 20, IF = ACL57 White J., Richard M., Massot M., and Meylan S. (2011) Higher bacterial diversity in the cloaca of polyandrous female common lizards: a possible cost of multiple mating? PLoS One, 6(7), e IF = OS - Chapitres de livre à comité de lecture OS-1 Clobert J., Massot M., and Le Galliard J.-F. (sous presse). The common lizard: a case study of multi-determinism in natal dispersal. Dans Dispersal and Spatial Evolutionary Ecology (J Clobert, M Baguette, T Benton, and J Bullock, eds.). Oxford University Press, Oxford. OS-2 Le Galliard J.-F., and Ferrière R. (2008) The adaptive evolution of social traits. Chapter 15. Dans Behavioural ecology (E Danchin, L-A Giraldeau, and F Cézilly, eds). Oxford University Press, Oxford. OS-3 OS-4 Le Galliard J.-F., Massot M., Baron, J.-P., and Clobert J. (2011) Ecological effects of climate change on European reptiles. Dans Conserving wildlife populations in a changing climate (J Brodie, E Post, and D Doak, eds.). University of Chicago Press (sous presse). Le Galliard J.-F., Massot M., and Clobert J (sous presse). Climate change and dispersal: a review. Dans Dispersal and Spatial Evolutionary Ecology (J Clobert, M Baguette, T Benton, and J Bullock, eds.). Oxford University Press, Oxford. OS-5 Michalakis Y., Charmantier A., Gaillard J.-M., Sorci G., Tully T., and Ronce O. (2010) Evolution des traits d'histoire de vie. Dans Biologie Évolutive (De Boeck ed). ACLN ACLN1 ACLN2 Caron J., Renault O., and Le Galliard J.-F. (2010) Proposition d un protocole standardisé pour l inventaire des populations de reptiles sur la base d une analyse de deux techniques d inventaire. Bulletin de la Société Herpétologique de France 134, Massot M. Impact du réchauffement climatique sur le fonctionnement de populations de lézards vivipares (Zootoca vivipara). (2009) Bulletin de la Société Herpétologique de France , C-ACTN C-ACTN1 Selosse M., Tully T. (2009) Ecologie et Evolution. Biologie Geólogie (revue de l'apbg) n 3, C-ACTN2 Tully T. (2010) Démographie et histoire de vie d'ophrys bertolonii : premier bilan d'un suivi décennal d'une population dans la région de Nice. Cah. Soc. Fr. Orch 7, no. Actes 15e colloque de la Société Française d'orchidophilie,

34 Les publications inter équipes ACL Baron J.-P., Le Galliard J.-F., Tully T., and Ferrière R. (2010) Cohort variation in offspring growth and survival: prenatal and postnatal factors in a late-maturing viviparous snake. Journal of Animal Ecology, 79, IF = Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S., and Massot M. (2012) Experimental evidence of early costs of reproduction in conspecific viviparous and oviparous lizards. Journal of Evolutionary Biology (sous presse). IF = Bleu J., Le Galliard J.-F., Meylan S., Massot M., and Fitze P.S. (2011) Mating does not influence reproductive investment, in a viviparous lizard. Journal of Experimental Zoology Part A: Ecological Genetics and Physiology, 315A, IF = Bleu J., Massot M., Haussy C., and Meylan S. (2012) Experimental litter size reduction reveals costs of gestation and delayed effects on offspring in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B, 279, IF = Bocher A., Doums C., Millot L., and Tirard C. (2008) Reproductive conflicts affect labor and immune defences in the Queenless ant Diacamma Sp NILGIRI. Evolution, 62, IF = Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal, heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations. Ecology Letters, 12, IF = Dreiss A.N., Cote J., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2010) Age and sex-specific response to population density and sex ratio. Behavioral Ecology, 21, IF = Dreiss A.N., Silva N., Richard M., Moyen F., Théry M., Møller A.P., and Danchin E. (2008) Condition dependent genetic benefits of extrapair fertilization in female blue tits. Jounal of Evolutionary Biology, 21, IF = Eizaguirre C., Laloi D., Massot M., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2007) Conditiondependence of reproductive strategy and the benefits of polyandry in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B, 274, IF = Fitze P., Cote J., San-Jose L., Meylan S., Isaksson C., Andersson S., Rossi J.-M., and Clobert J. (2009) Carotenoid-based colours reflect the stress response in the common lizard. PLoS One, 4, e511. IF = Gonzalez-Suarez M., Le Galliard J.-F., and Claessen D. (2011) Population and life-history consequences of within-cohort individual variation. The American Naturalist, 178, IF = González-Suárez M., Mugabo M., Decencière B., Perret S., Claessen D., and Le Galliard J.-F. (2011) Disentangling the effects of predator body size and prey density on prey consumption in a lizard. Functional Ecology, 25, IF = Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G., and Arditi R. (2010) Spatial heterogeneity and functional response: an experiment in microcosms with varying obstacle densities. Oecologia, 163. IF = Laloi D., Eizaguirre C., Fédérici P., and Massot M. (2011) Female choice for heterozygous mates changes along successive matings in a lizard. Behavioural Processes, 88, IF = Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009) Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology Letters, 12, IF = Le Galliard J.-F., and Ferrière R. (2008) Evolution of maximal endurance capacity: natural and sexual selection across age classes in a lizard. Evolutionary Ecology Research, 10, IF = Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction risk. Global Change Biology, 14, IF =

35 Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J., and Meylan S. (2011) An integrative study of ageing in a wild population of common lizards (Lacerta vivipara). Functional Ecology, 25, IF = Richard M., Massot M., Clobert J., and Meylan S. (2012) Litter quality and inflammatory response are dependent on mating strategy in a reptile. Oecologia, Tully T., and Ferrière R. (2008) Reproductive flexibility: genetic variation, genetic costs and longterm evolution in a collembola. Plos One, 3, e3207. IF = Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against indeterminacy. Evolution, 65, IF = White J., Richard M., Massot M., and Meylan S. (2011) Higher bacterial diversity in the cloaca of polyandrous female common lizards: a possible cost of multiple mating? PLoS One, 6(7), e IF = OS - Chapitres de livre à comité de lecture Le Galliard J.-F., and Ferrière R. (2008) The adaptive evolution of social traits. Chapter 15. Dans Behavioural ecology (E Danchin, L-A Giraldeau, and F Cézilly, eds). Oxford University Press, Oxford. 33

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37 Rapport d activité 1er janvier juin 2012 LABORATOIRE ECOLOGIE & EVOLUTION (ECO-EVO) UMR 7625 EQUIPE ECO-EVOLUTION MATHEMATIQUE (EEM) Responsable équipe et auteur de la fiche : Régis FERRIERE Chef d équipe depuis janvier 2001 Lieu d implantation principale : Ecole Normale Supérieure, 46 rue d Ulm, Paris 35

38 PERSONNEL DE L EQUIPE DEPUIS LE 1/1/2007 Responsable équipe : Régis FERRIERE, Professeur des Universités Chercheurs et enseignants chercheurs ANDRE Jean-Baptiste, Chargé de Recherche 2ème classe, CNRS. Date d arrivée : Octobre CAZELLES Bernard, Professeur 1ère classe, UPMC, HDR. Date d arrivée : Janvier CLAESSEN David, Maître de Conférences, ENS, HDR. Date d arrivée : Janvier DE MONTE Silvia, Chargée de Recherche 2ème classe, CNRS. Date d arrivée : Mai DEPAULIS Frantz, Chargé de Recherche 1ère classe, CNRS. Date d arrivée : Octobre FERRIERE Régis, Professeur 1ère classe, ENS, HDR. Date d arrivée : Janvier LAMBERT Amaury, Professeur 2ème classe, UPMC, HDR. Date d arrivée : Septembre Date de départ : Septembre LOPEZ-SEPULCRE Andres, Chargé de Recherche 2ème classe, CNRS. Date d arrivée : Septembre VAN BAALEN Minus, Chargé de Recherche 1ère classe, CNRS. HDR. Date d arrivée : Octobre VAN DOOREN Tom, Chargé de Recherche 1ère classe, CNRS. Date d arrivée : Janvier ITA et IATOS ADIBA Sandrine, Ingénieur d Etudes, CNRS. Date d arrivée : 01/07/2005. LEGENDRE Stéphane, Ingénieur de Recherche, CNRS. Date d arrivée : 01/03/1991. VERDIER Bruno, Ingénieur de Recherche, CNRS. Date d arrivée : 01/09/2000. Date de départ : Janvier Post-doctorants et chercheurs invités/associés BEN-ARI Tamara. Post-doctorante, en co-supervision avec l université d Oslo. De juin 2010 à mai BURGARELLA Concetta. Post-doctorante. Italie. De janvier 2008 à décembre EVANS Margaret. Post-doctorante. USA. De janvier à décembre 2007 et de janvier 2009 à décembre LOPEZ-SEPULCRE. Post-doctorant. USA. De septembre 2010 à septembre NAVASCUES Miguel. Post-doctorant. Espagne. De mars 2007 à décembre WARD Benjamin. Post-doctorant. USA. De mai 2012 à mai MELEARD Sylvie. Professeur Ecole Polytechnique, année sabbatique. De septembre 2007 à août GUICHARD Frédéric. Professeur Université McGill, année sabbatique. Canada. D août 2008 à juillet PROVENZALE Antonello. Chercheur CNR Torino. Italie. De janvier 2008 à février FOLLOWS Mick. Chercheur MIT. USA. D octobre 2010 à novembre 2010 et de mai 2011 à juin PASCUAL Mercedes. Professeur, invitée UPMC. De juin 2007 à juillet ROCHE Benjamin. Chercheur IRD, invité de septembre 2010 à août METZ Hans. Professeur Leiden University, invité ENS de mars à mai BAUMARD Nicolas. Post-doctorant University of Philadelphia, visiteur. Mars TAYLOR Peter. Professeur, visiteur. Canada. De mars 2011 à avril ANTIA Rustom. Professeur, visiteur. Suède. Juillet JANSEN Vincent. Professeur University College London, visiteur. UK. Octobre SABELIS Maurice. Professeur Université d Amsterdam, visiteur. Pays-Bas. Novembre Doctorants ADIBA Sandrine. Directeur de thèse : Minus VAN BAALEN. Encadrant/Co-encadrant : Frantz DEPAULIS. Soutenance : 13/12/2010. AGUILEE Robin. Directeur de thèse : David CLAESSEN. Encadrant/Co-encadrant : Amaury LAMBERT. Soutenance : 09/2010. BALLESTEROS Sébastien. Directeur de thèse : Bernard CAZELLES. Si soutenance : 18/12/2009. BEN-ARI Tamara. Encadrant/Co-encadrant : Nils STENSETH, Bernard CAZELLES. Soutenance : 18/06/

39 BOMPARD Anaïs. Encadrant/Co-encadrant : Thierry SPATARO et Minus VAN BAALEN. En cours. CAMACHO Anton. Encadrant/Co-encadrant : Bernard CAZELLES, Amaury LAMBERT. Soutenance : 18/11/2011. CARVAL Dominique. Encadrant/Co-encadrant : Regis FERRIERE. Soutenance : 11/09/2009. ENARD David. Encadrant/Co-encadrant : Hugues ROEST-CROLLIUS, Frantz DEPAULIS. Soutenance : GARCIA Thomas. Encadrant/Co-encadrant : Silvia DE MONTE, Leonardo GREGORY-BRUNNET. En cours. GAUZENS Benoît. Encadrant/Co-encadrant : Gérard LACROIX et Stéphane LEGENDRE. Soutenance : 30/09/2011. LION sébastien. Encadrant/Co-encadrant : Minus VAN BAALEN. Soutenance : 09/2007. POCHEVILLE Arnaud. Encadrant/Co-encadrant : Regis FERRIERE. Soutenance : 20/12/2010. LE BOURLOT Vincent. Encadrant/Co-encadrant : David CLAESSEN, Thomas TULLY. En cours. SAUTEREY Boris. Encadrant/Co-encadrant : David CLAESSEN, Chris BOWLER. En cours. SOCCODATO Alicia. Encadrant/Co-encadrant : Francesco D OVIDIO, Silvia DE MONTE. En cours. 37

40 LISTES DES DISTINCTIONS & PRIX RECUS, CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES SOUTENUES ET COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES Distinctions et Prix reçus Nomination à l Institut Universitaire de France. Régis FERRIERE. Prise d effet : 1er janvier Contrats de financements PEPS CNRS INEE. Du 01 Janvier 2010 au 31 Décembre 2011 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : B. CAZELLES). «Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multisouches.» Montant alloué à l unité : euros. 2. Région IDF DIM MALINF. Du 01 Janvier 2010 au 31 Décembre 2012 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : B. CAZELLES). «Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multi-souches.» Montant alloué à l unité : euros. 3. PEPII CNRS INEE-INSMI. Du 01 Janvier 2011 au 31 Décembre 2012 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : B. CAZELLES). «Modélisation stochastique et Inférence Baysienne pour l Epidémiologie des Maladies transmissibles multi-souches.» Montant alloué à l unité : euros. 4. PEPS CNRS INEE. Du 1 janvier 2009 au 1 janvier 2011 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : M. VAN BAALEN). «StabEco: Ecologie et Philosophie.» Montant alloué à l unité : euros. 5. UPMC EMERGENCE. Du 1 janvier 2012 au 31 décembre2014 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : S. DE MONTE). «What shapes planktonic biodiversity hotspots in the open ocean?» Montant alloué à l unité : 0 (contrat géré hors unité). 6. EU FP6-NFR. Du 1 janvier 2007 au 31 décembre 2010 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : R. FERRIERE, S. LEGENDRE). «Extinction Mechanisms» Montant alloué à l unité : euros. 7. EU FP7-HEALTH Du 01 Janvier 2012 au 31 Décembre 2016 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : B. CAZELLES). «DenFREE.» Montant alloué à l unité : euros. 8. EU FP7-PEOPLE Du 1 juin 2012 au 31 mai 2014 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : D. CLAESSEN). IEF «BIOMES» Montant alloué à l unité : euros. 9. EU FP7-OCEAN Du 1 janvier 2012 au 31 décembre 2015 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : S. DE MONTE) SP-1 Collaborative Project, Large-Scale Integrative Project «MicroB3 : Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics and biotechnology» Montant alloué à l unité : 0 (contrat géré hors unité). 10. EU FP6-CAPACITIES Du 1 février 2008 au 31 janvier 2010 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : R. FERRIERE) «ANAEE Design Study : Structuring Infrastructures for the Analysis and Experimentation on Ecosystems» Montant alloué à l unité : euros. 11. NSF Programme Frontiers In Integrative Biological Research. Du 1 mars 2007 au 30 septembre 2012 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : R. FERRIERE). «From genes to ecosystems : How do ecological and evolutionary processes interact in nature» Montant alloué à l unité : euros (non géré par l unité). 12. ANR Programme «Biodiversité». Du 1 janvier 2007 au 31 août 2008 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : F. DEPAULIS). «Biodiversité transpécifique neutre et fonctionnelle» Montant alloué à l unité : euros. 38

41 13. ANR Programme «6ème Extinction». Du 1 avril 2010 au 31 mars 2014 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : R. FERRIERE). «EVORANGE» Montant alloué à l unité : euros. 14. ANR Programme «6ème Extinction». Du 1 octobre 2010 au 30 septembre 2014 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : S. LEGENDRE). «LOSERS» Montant alloué à l unité : 0 (contrat géré hors unité). 15. ANR Programme blanc. Du 10 octobre 2010 au 9 octobre 2014 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : D. CLAESSEN). «PHYTBACK» Montant alloué à l unité : euros. 16. ANR Programme blanc. Du 01/01/2009 au 31/12/2011, prolongé au 31/12/2012 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : R. FERRIERE). «EVO-ECO : Théorie de l évolution biologique et théorie économique: modalités, fondements et perspectives d une relation à double sens.» Montant alloué à l unité : euros. 17. ANR Programme JCJC. Du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2010 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : R. FERRIERE). «EXTINCTIONS» Montant alloué à l unité : euros. 18. ANR Programme blanc. Du 10 octobre 2010 au 9 octobre 2014 (coordinateur/responsable scientifique dans l équipe : A. LAMBERT). «MAEV (Modélisation Mathématique pour l Evolution du Vivant)» Montant alloué à l unité : euros. Thèses soutenues ADIBA Sandrine. Thèse UPMC, «Sélection naturelle et dérive génétique : approches théoriques et expérimentales.» Directeurs de thèse Minus VAN BAALEN et Frantz DEPAULIS. Date complète de soutenance : 13/12/ AGUILEE Robin. Thèse UPMC, «Evolution des espèces en paysage dynamique.» Directeurs de thèse : David CLAESSEN, Amaury LAMBERT. Date complète de soutenance : 09/ BALLESTEROS Sébastien. Thèse UPMC, «Dynamiques épidémiques multi-souches.» Directeur(s) de thèse Bernard CAZELLES. Date complète de soutenance : 18/12/ BEN-ARI Tamara. Thèse Université d Oslo et UPMC, «Maladies ré-émergentes et climat : Etude des données de peste dans différents foci endémiques.» Directeurs de thèse : Nils STENSETH, Bernard CAZELLES. Date complète de soutenance : 18/06/ CAMACHO Anton. Thèse UPMC, «Approches stochastiques pour la modélisation en épidémiologie.» Directeurs de thèse : Bernard CAZELLES, Amaury LAMBERT. Date complète de soutenance : 18/11/ CARVAL Dominique. Thèse UPMC, «Coévolution dans les systèmes hôte-visiteur : exploitation, mutualisme et symbiose.» Directeur(s) de thèse : Regis FERRIERE. Date complète de soutenance : 11/09/ ENARD David. Thèse UPMC, «Analysis of positive selection in Vertebrates from single individual genomes» Directeurs de thèse : Hugues ROEST-CROLLIUS et Frantz DEPAULIS. Date complète de soutenance : GAUZENS Benoît. Thèse UPMC, «Structure et fonctionnalité des réseaux trophiques : modèles et méthodes.» Directeur(s) de thèse : Gérard LACROIX et Stéphane LEGENDRE. Date complète de soutenance : 20/12/ LION sébastien. Thèse UPMC, «Evolution dans les systèmes spatialisés.» Directeur(s) de thèse : Minus VAN BAALEN. Date complète de soutenance : 09/ POCHEVILLE Arnaud. Thèse UPMC, «La niche écologique : Concepts, modèles, applications.» Directeurs de thèse Regis FERRIERE et Philippe HUNEMAN. Date complète de soutenance : 16/12/

42 Collaborations scientifiques Institut de Biologie de l ENS, Paris, France (Chris BOWLER, Hugues ROEST-CROLLIUS) 2. Laboratoire de Météorologie Dynamique, ENS Paris (Michael GHIL) 3. Laboratoire Matière et Systèmes Complexes, Univ. Paris Diderot (Maurice COURBAGE) 4. Laboratoire de Probabilités, UPMC (Amaury LAMBERT) 5. Centre de Mathématiques Appliquées, Ecole Polytechnique, Palaiseau (Sylvie MELEARD) 6. Centre de Mathématiques et leurs Applications, ENS Cachan (Laurent DESVILLETTES) 7. Laboratoire Jacques Louis-Lions, UPMC (Benoît PERTHAME) 8. LOCEAN, UPMC-CNRS, Paris, France (Marina LEVY, Francesco D OVIDO) 9. Laboratoire Ecologie-Systématique-Evolution, Orsay (Florence HULOT) 10. Departements d Ecologie et d Evolution, MNHN Paris (Xavier LAZZARO, Colin FONTAINE, Thomas HAEVERMANS) 11. Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière, Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Paris (Mario CHAVEZ) 12. Laboratoire de Mathématiques, Université de Lille (Chi VIET TRAN) 13. ISEM, Université de Montpellier (Ophélie RONCE, Isabelle OLIVIERI, Jeanne TONNABEL, Michael HOCHBERG) 14. CEFE CNRS, Montpellier (Sylvain GANDON, Olivier GIMENEZ, Sébastien LION) 15. IRD Montpellier (Jean-François GUEGAN, Samuel ALIZON) 16. IFREMER Sète (Jean-Marc FROMENTIN) 17. Station d Ecologie Expérimentale de Moulis USR 2936 (Jean CLOBERT, Alexis CHAINE) 18. UMR AGIR, Castanet Tolosan (Danièle MAGDA) 19. INRA (Elisabeta VERGU) 20. INRIA Bordeaux (Pierre DEL MORAL) 21. INRIA Nancy (Nicolas CHAMPAGNAT) 22. CNRS UMR 5588, Grenoble (Clément NIZAK) 23. INSERM U722, Hôpital Bichat, Paris (Erik DENAMUR) 24. University College London, UK (Vincent JANSEN) 25. Imperial College, Silwood Park, UK (Tim COULSON, Armand LEROI, Vincent SAVOLAINEN and Andrew HELMSTETTER) 26. University of Reading (Ken NORRIS) 27. Leiden University (Hans METZ) 28. University of Amsterdam (André DE ROOS, Maurice SABELIS) 29. Center for Ecological and Evolutionary Synthesis, Oslo Unversity, Norvège (Nils STENSETH) 30. CEU Budapest, Hongrie (O. MORIN) 31. Centre de Recherche Environnementale, Politecnico di Milano, Italie (Sergio RINALDI, Fabio DERCOLE, Marino GATTO) 32. Univ. St. Andrews, Ecosse (Nicolas CLAIDIERE) 33. Grimsö Wildlife Research Station, Suède (Guillaume CHAPRON) 34. Department of Biology, McGill University, Canada (Andrew GONZALEZ) 35. Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan, Ann Arbor (Mercedes PASCUAL) 36. Massachussets Institute of Technology (MIT), Boston, USA (Mick FOLLOWS) 37. Harvard University (Lloyd DEMETRIUS) 38. Center for Population Biology, University of California at Davis (Tom SCHOENER, David SPILLER) 39. Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona (Rick MICHOD, Judith BRONSTEIN, Brian ENQUIST) 40. Department of Biological Sciences, University of California at Riverside (David REZNICK) 41. Department of Biology, Florida State University (Joseph TRAVIS) 42. USGS, University of Miami (Don DEANGELIS) 43. Univ. Philadelphie, USA (Nicolas BAUMARD) 44. Australian National University (Hanna KOKKO) 40

43 TABLEAU BIBLIOMETRIQUE Titre de la revue Champ disciplinaire Facteur d impact Classement Nombre d articles Total glissant Nature Behavioral and Brain Sciences Multidisciplinary Sciences Behavioral Sciences / / Ecology Letters Ecology / PNAS PLoS Genetics Multidisciplinary Sciences Genetics and Heredity / / Global Change Biology Ecology / Evolution Evolutionary Biology / Journal of Applied Ecology Ecology / PLoS Computational Biology Mathematical and Computational Biology / Proceedings of the Royal Society of London Series B Ecology / American Naturalist Evolutionary Biology / Ecology Ecology / Journal of Animal Ecology PLoS Neglected Tropical Diseases Functional Ecology Ecology / Parasitology / Ecology / PLoS One Biology / Journal of the Royal Society - Interface Genetics Multidisciplinary Sciences Genetics and Heredity / / Progress in Oceanography Oceanography /

44 Journal of evolutionary Biology Molecular Phylogenetics & Evolution Evolutionary Biology Evolutionary Biology / / Oikos Ecology / Oecologia Ecology / American Journal of Botany Behavioral Ecology Plant Sciences / Ecology / BMC Infectious Diseases Infectious Diseases / Evolutionary Ecology Ecology / Evolutionary Biology Evolutionary Biology / Marine Ecology Progress Series Oceanography / Annals of the New York Academy of Sciences Multidisciplinary Sciences / Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences Fisheries / Journal of Theoretical Biology American Journal of Tropical Medicine & Hygiene Mathematical and Computational Biology Tropical Medecine / / Ecological Modelling Ecology / Vector-Borne and Zoonotic Diseases Journal of Mathematical Biology Infectious Diseases Mathematical and Computational Biology / / Theoretical Population Biology Ecology /

45 Bulletin of Mathematical Biology Mathematical and Computational Biology / Fisheries Oceanography Acta Oecologica Evolutionary Ecology Research Canadian Journal of Zoology Molecular Ecology Resources Fisheries / Ecology / Ecology / Zoology / Ecology / Chaos, Solitons, and Fractals Mathematics, Interdisciplinary Applications / ESAIM Proceedings Aquatic Living Resources Mathematics / Fisheries / Cliometrica History / International Journal of Bifurcation and Chaos Multidisciplinary Sciences / Stochastic Models Journal of Integer Sequences Mathematics / Mathematics Journal of Biological Dynamics Mathematical and Computational Biology Progress in Probability Mathematics

46 SYNTHESE: RESULTATS & EVOLUTIONS SCIENTIFIQUES 1 - Rappel des objectifs Tout en maintenant son implication forte dans la direction de l UMR 7625, le développement du CEREEP-ECOTRON IleDeFrance, et les enseignements en écologie et modélisation à l ENS (L3, M1) et en Master 2 «Ecologie-Biodiversité-Evolution», l equipe EEM fixait trois grands axes à ses objectifs scientifiques : Biomathématiques des populations : (1) Théorie mathématique des dynamiques de l extinction, applications à la modélisation de populations naturelles et expérimentales. (2) Dynamiques nonlinéaires de populations soumises à des forçages environnementaux. Eco-évolution des systèmes multi-spécifiques : (1) Eco-évolution des réseaux trophiques. (2) Dynamiques éco-évolutives des communautés marines. (3) Epidémiologie éco-évolutive. Ecologie et macroévolution : (1) Ecologie et processus de spéciation. (2) Fusions évolutives (écoévolution des associations symbiotiques obligatoires). (3) Analyse des données moléculaires. L ensemble de ces directions de recherche ont été poursuivies très activement et fructueusement. S y sont ajoutées en cours de contrat les nouvelles orientations scientifiques apportées à l équipe par les recrutements de Jean-Baptiste André (évolution génétique et culturelle de la coopération), Andres Lopez-Sepulcre (analyse des données éco-évolutives) et Tom Van Dooren (théorie des dynamiques adaptatives). 2 - Principaux résultats scientifiques Les résultats obtenus au cours de la période de référence sont présentés ci-dessous selon les trois volets structurants de l activité d EEM : fondements mathématiques, applications théoriques, interface empirique. C est dans le contexte de ce troisième volet (interface empirique) que se sont développés nos projets inter-équipes. N.B. : Les références indiquées dans la synthèse ci-dessous renvoient à la numérotation des publications «ACL» de l équipe EEM. A. Fondements mathématiques Des contributions importantes à la théorie mathématique de l écologie et de l évolution ont été faites, portant principalement sur la modélisation des dynamiques éco-évolutives dans les populations structurées physiologiquement ou spatialement ; la modélisation de la dynamique des populations finies ; et l unification des modèles de populations et de généalogies. Dynamiques éco-évolutives pour les populations structurées par âge. Nous avons généralisé le cadre mathématiques des dynamiques adaptatives au cas des populations structurées par âge (collaboration avec S. Méléard, N. Champagnat, C. Viet Tran). En vue d applications à des systèmes réels, nous avons développé une méthode générale de réduction de la structure d âge continue d une population à une structure composée d un petit nombre de classes discrètes, pour laquelle les dynamiques écologiques et évolutives peuvent s étudier analytiquement (collaboration avec A. de Roos, L. Persson). [4, 8, 21, 22, 39] Extension au cas des populations spatialement distribuées. Nous avons contribué à l extension de cette théorie au cas des populations spatialement distribuées, en utilisant une approche de type «équations des corrélations» (thèse de S. Lion, collaboration avec V. Jansen, R. Michod). La construction mathématique de la «fitness d invasion» nous a founi la pierre angulaire sur laquelle articuler une théorie éco-évolutive générale des interactions (de coopération par exemple), dans laquelle les pressions de sélection qui dirigent l évolution adaptative du système ne sont pas données a priori mais émergent des rétroactions entre processus écologiques et variation phénotypique. [12, 26, 43, 74] Le cas des populations finies : distributions quasi-stationnaires, dynamiques adaptatives et processus généalogiques. En collaboration avec N. Champagnat, nous avons approfondi l étude des conséquences de la nature finie des populations sur leurs dynamiques éco-évolutives ; et obtenu ainsi une nouvelle classe de modèles de dynamiques adaptatives intégrant la dérive génétique («diffusion canonique des dynamiques adaptatives»). Cette construction nous a poussé à une analyse 44

47 mathématique fine de processus de branchement incluant une régulation logistique de la population. Nous avons notamment établi des conditions générales sous lesquelles la distribution quasistationnaire (DQS) de la population, qui décrit asymptotiquement son état conditionnellement à la non-extinction, est unique. Nous avons également clarifié les liens mathématiques unissant processus de branchement logistiques et processus généalogiques. [5, 25] Dynamiques écologiques et dynamiques adaptatives hors-équilibre. Nous avons enfin généralisé le cadre mathématique des dynamiques adaptatives au cas où les dynamiques écologiques rendent le gradient de sélection discontinu. Dans ce cas, la dynamique adaptative d une population peut se stabiliser sur un «pseudo-équilibre», suivre de longs transients le long des bifurcations écologiques, favoriser sa diversification sans passer par des points de branchement, ou au contraire conduire à l extinction («suicide évolutif»). [58, 62, 79] B. Applications théoriques EEM utilise ses avancées mathématiques fondamentales (section A) pour mener une recherche innovante sur des problèmes théoriques généraux. Quatre thèmes ont été particulièrement développés au cours de la période contractuelle écoulée : évolution de la coopération ; évolution des mutualismes ; évolution de la virulence et dynamiques épidémiques ; évolution et structuration des communautés dans des environnements hétérogènes. Evolution de la coopération. La théorie des dynamiques adaptatives pour des populations structurées nous a permis d aborder la question de l évolution de la coopération entre différents stades du cycle de vie en particulier le problème de l évolution du parental care (thèse de S. Lion). Les modèles révèlent les conséquences de l évolution du parental care sur la structuration spatiale de la population elle-même. La question de l origine de cette structuration (et notamment la formation de groupes) est au centre de la thèse (en cours) de T. Garcia. [12, 26, 43, 94, 98, 103] Avec le recrutement de Jean-Baptiste André, l équipe a pu élargir son champ de recherche théorique sur l évolution de la coopération au problème fondamental du comportement social de l Homme, avec un enjeu théorique particulier : modéliser les interactions entre coopération et culture et intégrer des formes non-génétiques de transmission de l information. Partant de l observation que la coopération chez l Homme obéit au principe de l équité, qui est probablement universel et inné, nos modèles ont montré que des mécanismes de choix du partenaire pouvait entrainer l évolution d une stratégie de partage équitable (collaboration avec N. Baumard). Sur cette base nous avons développé une théorie alternative de la réciprocité, visant à expliquer la nature des informations véhiculées par le comportement des autres (collaboration avec O. Morin et N. Claidière). [49, 68, 69, 70, 88, 90] Coopération entre espèces : mutualismes et facilitation. Le développement de modèles de coopération entre espèces, ou mutualisme, s est poursuivi (collaboration avec J. Bronstein, S. Kéfi, S. Rinaldi, F. Dercole, M. Loreau). Nos travaux ont porté sur les réponses éco-évolutives des mutualistes au changements environnementaux, ces derniers pouvant être biotiques, avec l introduction d espèces parasites «tricheuses» potentiellement invasives ; ou abiotiques. Nos analyses ont révélé en quoi la présence d espèces tricheuses pouvait affecter la co-évolution des mutualistes ; et comment ces effets co-évolutionnaires rétroagissaient sur l écologie des parasites et leur évolution. Ces travaux nous ont conduit à proposer un nouveau cadre théorique de l écologie et de l évolution des mutualismes ; la compétition intraspécifique pour l accès à la ressource que constitue l espèce partenaire (ou exploitée) y joue un rôle central. Ce cadre permet d élargir la question de l évolution des mutualismes à celle de l évolution de la facilitation. [10, 11, 24, 40, 95] Interactions hôtes-parasites : évolution de la virulence et dynamiques épidémiques. Afin d identifier les facteurs écologiques et évolutifs impliqués dans l'émergence et la persistence de la virulence, nous utilisons des modèles emboités qui combinent une représentation explicite des processus intra-hôte (compétition pour les ressources, réponse immunitaire) à la dynamique épidémiologique. Nous avons ainsi pu établir une base mécaniste au trade-off fondamental entre transmission et virulence (collaboration avec S. Alizon). Ces modèles nous ont aussi permis d étudier le cas où le temps de génération du pathogène (VIH ou grippe, par exemple) est si court qu il est susceptible d évoluer au cours des infections individuelles de son hôte (thèses de S. Ballesteros, A. Camacho, collaborations avec S. Alizon, S. Gandon, A. Lambert). Un problème connexe est celui des co-infections, qui créent une hétérogénéité dans la population hôte ; cette hétérogénéité peut être à l origine d une pression de sélection disruptive sur le parasite et conduire à l évolution de souches 45

48 hyper-virulentes. En étudiant la réponse évolutive conjointe des défenses de l hôte nous avons montré que sous des conditions générales, la coévolution hôte-parasite tendait à favoriser des stratégies extrêmes de virulence et de défense (thèse de D. Carval). [14, 15, 16, 32, 33, 54, 71, 83, 92] Evolution et structuration des communautés en environnement hétérogène. Abordant le problème général de l origine et de la diversification des espèces, la thése de R. Aguilée nous a permis d ouvrir une direction de recherche nouvelle : l étude des processus de spéciation dans les paysages dynamiques. Les théories classiques de la divergence des espèces supposent un cadre géographique statique. Nous avons développé des modèles généraux de spéciation dans des métapopulations dynamiques. Nos résultats montrent que les échelles de temps caractéristiques de la dynamique du paysage sont déterminantes pour le processus de spéciation. [19, 31, 47, 48] De plus, en utilisant la taille corporelle moyenne (body size) comme axe fonctionnel majeur le long duquel les espèces peuvent se différencier et les interactions écologiques, se structurer, nous avons étudié par simulations la dynamique éco-évolutive de communautés écologiques distribuées sur un gradient environnemental (collaboration avec B. Enquist). Nous avons montré que l influence de la température sur le métabolisme individuel se répercutait sur les taux de spéciation et d extinction de la communauté, conduisant à une diversité maximum à des températures intermédiaires. Ces travaux ouvrent la voie vers une modélisation mécaniste des données de biodiversité (marine, dans le contexte des recherches de l équipe) à différentes échelles spatiales et fonctionnelles [44, 60, 79, 101] C. Interface empirique Au cours de la période de référence, l interface empirique des travaux de l équipe s est particulièrement développée dans trois directions : évolution expérimentale sur des systèmes microbiens ; analyse non-linéaire de séries temporelles écologiques et épidémiologiques ; analyse des processus de mutation et sélection à partir de données moléculaires. Evolution expérimentale. Nous avons utilisé D. discoideum pour étudier expérimentalement l influence de variations environnementales sur la dynamique de la coopération (collaboration avec Clément Nizak). Dans le cadre d une collaboration avec Erik Denamur, ces travaux se sont prolongés par l analyse de la variabilité naturelle des interactions entre D. discoideum et différentes souches bactériennes commensales et pathogènes humaines. Nos résultats étayent l hypothèse de coïncidence évolutive des facteurs de virulence. Le même système nous a permis d explorer les effets de la sélection naturelle et de la dérive dans l évolution du polymorphisme neutre. [1, 7, 46, 57, 104, 107] Modélisation non-linéaire de séries temporelles écologiques et épidémiologiques. EEM développe et applique des méthodes statistiques innovantes pour rechercher et mesurer les effets des rétroactions éco-évolutives sur les dynamiques de populations naturelles. Ces effets sont difficiles à détecter pour deux raisons fondamentales : ils se combinent à, et sont donc potentiellemnt masqués par, l impact écologique direct des fluctuations de l environnement sur la dynamique du système ; ils peuvent être source de non-stationnarité à l échelle de temps sur laquelle la dynamique du sytème est documentée. Les travaux d EEM cherchent à surmonter ces difficultés (1) en couplant l analyse d observations en conditions naturelles à la modélisation de données numériques et phénotypiques expérimentales (collaboration avec plusieurs équipes nord-américaines autour de l écosystème aquatique de Trinidad) ; (2) en développant des méthodes non-linéaires d analyses de séries temporelles non-stationnaires adaptées aux données écologiques. En particulier, l application de techniques de décomposition en ondelettes (dans le cadre de multiples collaborations nationales et internationales) nous a permis de montrer et de quantifier le rôle que des fluctuations climatiques à différentes échelles spatiales pouvaient jouer dans les dynamiques non-linéaires de populations et d épidémies. [3, 6, 13, 17, 20, 23, 27, 29, 30, 34, 45, 50, 51, 52, 53, 56, 59, 65, 66, 67, 72, 73, 81, 87, 96] Applications de la modélisation des processus généalogiques : estimation des taux de mutation et détection de la sélection. Nos avancées théoriques sur les modèles de processus généalogiques ont trouvé plusieurs applications en génétique des populations et phylogéographie. Ainsi, de nouveaux estimateurs statistiques de la diversité génétique de populations naturelles ou expérimentales ont été produits. L originalité de ces estimateurs, qui s appliquent à des données de marqueurs microsatellites, réside dans la prise en compte, et l évalutation simultanée, des taux de mutation des marqueurs. L application à des populations expérimentales de blé démontre 46

49 l importance du processus de mutation des marqueurs sur l estimation de la diversité génétique. En collaboration avec l équipe de Hugues Roest-Crollius (IBENS), nous avons développé de nouvelles méthodes (scans génomiques) permettant d identifier des signaux de sélection positive à différentes échelles évolutives chez différentes espèces de primates. Les gènes ainsi identifiés représentent des "points chauds" de sélection positive, et leur étude permet de mieux cerner les gènes sélectionnés spécifiquement au cours de l évolution humaine. [28, 61, 64, 97] D. Axes de recherche collaboratifs inter-equipes Plusieurs projets inter-équipes (voir section suivante) ont aussi fortement contribué aux applications empiriques des travaux théoriques d EEM. Variation phénotypique individuelle et dynamique des populations. En collaboration avec l équipe Changements Globaux et Processus Adaptatifs, nous poursuivons le développement de la modélisation des populations physiologiquement structurées que nous appliquons notamment aux organismes étudiés par l équipe CGPA (collembole Folsomia candida, lézard vivipare, vipère d Orsini). Ces travaux nous permettent de prédire comment les fluctuations de l environnement (ressources, température) affectent la stratégie d allocation des ressources aux traits biodémographiques (survie, croissance, reproduction), et comment elles se traduisent au niveau de la population, sur sa régulation, sa structure et sa dynamique temporelle (thèses de V. Le Bourlot et F. Mallard ; ANR «EVORANGE» ; collaboration avec H. Kokko et K. Norris). [2, 8, 9, 18, 35, 36, 38, 63, 77, 78, 84, 85, 93, 99, 105, 106, 108, 110, 111, 112, 114] Gradients environnementaux et diversité des traits d histoire de vie. En collaboration avec l équipe Evolution des Sociétés Animales, nous avons analysé les mécanismes responsables de la variation de la stratégie de reproduction chez une fourmi coloniale distribuée sur un gradient latitudinal (tropical-tempéré). En associant l analyse des données à un modèle de dynamique de population, nous avons montré que le pattern de variation observée le long du gradient s accordait avec les prédictions obtenues en supposant l évolution adaptative de la stratégie de reproduction sous la contrainte d un trade-off fondamental (entre qualité et quantité des descendants). Ces résultats illustrent la portée de la modélisation éco-évolutive pour explorer le rôle de facteurs adaptatifs dans la variation phénotypique le long de gradients environnementaux. [113] Modèle empirique d endosymbiose. En collaboration avec l équipe Ecophysiologie Evolutive nous avons initié le développement d un modèle d étude des impacts évolutifs et écologiques des micro-organismes commensaux (bactéries) sur la flore intestinale d hôtes (Blatella germanica et Eublaberus distenti). Ce système nous permettra de développer l interface empirique des modèles éco-évolutifs d endosymbiose que nous avons commencé d analyser pendant la période contractuelle écoulée. 3 Rayonnement et attractivité académiques 114 articles ont été publiés par les membres de l équipe dans des revues internationales référencés durant la période contractuelle écoulée ; 70 articles, soit près des deux tiers de la production d EEM, sont parus dans des revues de facteur d impact supérieur à 4. Les quatre h-index les plus élevés sont de 24 (Regis Ferriere), 19 (Bernard Cazelles), 17 (Minus van Baalen) et 16 (Tom Van Dooren). L équipe compte plusieurs éditeurs associés pour des revues importantes : Ecology Letters ; Evolution ; Proceedings of the Royal Society London B ; Journal of Evolutionary Biology ; Evolutionary Ecology ; Animal Biology ; Infectious Diseases: Research and Treatment ; Chaos, Solitons & Fractals. Les membres de l équipe sont fréquemment sollicités pour l expertise de manuscrits soumis aux journaux de haut rang international tels que Nature, Science, Ecology Letters, PloS Computational Biology, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Proceedings of the Royal Society B, American Naturalist. L interdisciplinarité de l équipe est inscrite dans son intitulé même. Elle s est traduite au cours de la période écoulée par (1) un riche ensemble de collaborations scientifiques avec plus de 40 partenaires académiques ; (2) quatre thèses avec co-encadrements extérieur à l équipe; (3) l accueil de visiteurs de haut niveau, dont 2 professeurs en séjour sabbatique. 47

50 L interdisciplinarité d EEM lui vaut aussi d être associée à l Institut de Biologie de l ENS (IBENS) et au LABEX MemoLife, ainsi qu à 3 Groupements de Recherche CNRS : «Génomique des populations et génomique évolutive» (GDR «Théorie des Jeux : Modélisation Mathématique et Applications» (GDR et «Modélisation Mathématique en Biologie et Médecine» ( L équipe est coordinatrice de 2 projets ANR et participe à 5 autres projets ANR. Elle est partenaire de 5 contrats européens (FP6 et FP7) et 1 contrat nord-américain (NSF FIBR). L interdisciplinarité de l équipe lui a permis de diversifier ses sources de financement (contrats de recherche, financement de thèses) en valorisant son interdisciplinarité. Ainsi EEM a obtenu plusieurs contrats de type PEPS et PEPII CNRS et contrats régionaux sur le programme «Systèmes Complexes». Huit bourses de thèses ont été obtenues du Ministère de l Enseignement Supérieur et de la Recherche (via les écoles doctorales), du CNRS, de la région IDF et de l UE. Au cours de la période contractuelle la visibilité de l équipe fut accrue par l organisation ou coorganisation de 5 colloques internationaux : MINT : Microbes in interaction (1-2/07/2010, Paris, financé par l Institut des Systèmes Complexes Ile-de-France) Ecotron-Based Experimental Research on Complex Ecological Systems (9-11/07/2009, Montpellier, financé sur contrat européen ANAEE) From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact In Nature? (11-15/11/2009, Biosphere2 Oracle, USA, financé sur contrat NSF) Biology and Game Theory (4-6/11/2010, Paris, financé par CNRS/UPMC/Region IDF). L équipe est également co-organisatrice d un groupe de travail inter-institutionnel régulier (avec INRA Moulon, UPSud, MNHN) en génétique des populations/évolution moléculaire ( L équipe a assuré la présidence de la commission de spécialistes de l UPMC, section 67 (Régis Ferriere puis Bernard Cazelles ) et la coordination des comités de sélection de l UPMC, section 67 (Bernard Cazelles depuis 2008). Elle a fourni des services d expertise auprès de l ANR, de l INRIA, de la fondation canadienne pour l innovation FCI, de l agence inter-établissements de recherche pour le développement (AIRD), et de l Alliance AVIESAN dans le Groupe FONDAVA. 4 Interactions avec l environnement social, économique et culturel Outre le développement des logiciels ULM (Unified Life Modeling) et ZEN (Eco-Evolutionary Dynamics), deux nouveaux pakages ont été produits par EEM : - WaveletCo : package R pour l analyse en ondelettes des séries temporelles ( Huidong Tian, Bernard Cazelles) ; - NetWork : logiciel d analyse topologique des réseaux trophiques (Stéphane Legendre). A ces logiciels d ajoutent de nombreux programmes individu-centrés créés à la demande par EEM en appui aux travaux des chercheurs de l UMR. Les membres de l équipe sont sollicités par les medias qui recherchent leur opinion sur des sujets scientifiques d actualité : France Culture (mathématiques et évolution), Radio France Internationale (évolution et coopération), Le Monde (mathématiques et biologie ; sciences et enseignement littéraire), Sciences & Vie (la biodiversité mise en équation), La Recherche (modélisation des extinctions). EEM participe à des évènements «grand public» tels que la Fête de la Science, et fut sollicitée à l occasion de la célébration du cent-cinquantenaire de l Origine des Espèces (conférences de vulgarisation). L équipe organisa à l automne 2011, sous les auspices du CERES de l ENS, le cycle de conférences grand-public «Biodiversité : des questions scientifiques aux enjeux sociétaux». Pour son expertise en modélisation de la dynamique des systèmes écologiques, l équipe est représentée au Conseil Scientifique du Parc National du Mercantour depuis Implication dans la formation 48

51 L équipe est très fortement impliquée dans les activités d enseignement et de formation à l écologie et à la biologie de l évolution, à l ENS et à l UPMC. Ainsi, EEM assure la coordination pédagogique et l enseignement de l écologie-évolution à l ENS en L3 et M1, incluant : Les cours d écologie, de biologie de l évolution, de modélisation, de mathématiques pour biologistes au Département de Biologie ; la coordination des filières d écologie et modélisation de la L3 et du M1. Les cours de biologie et modélisation pour mathématiciens/informaticiens au Département de Mathématiques et leurs Applications ; la coordination du Cursus Mathématiques-Biologie. Les cours de modélisation et d analyse de données au Centre d Enseignement et de Recherche sur l Environnement et la Société (CERES) ; la direction des études du CERES. EEM assure la co-responsabilité de la spécialité Ecologie-Biodiversité-Evolution du Master Sciences & Technologie de l UPMC (mention Sciences de l Univers, de l Environnement et Ecologie) (Bernard Cazelles, David Claessen, Regis Ferriere). Elle coordonne et contribue majoritairement à quatre Unités d Enseignement de M2 EBE (Bernard Cazelles, David Claessen, Regis Ferriere). EEM est représentée au Conseil de l UFR 918 (Terre, Environnement et Biodiversité) de l UPMC (Bernard Cazelles, membre élu depuis mars 2012) ainsi qu au Conseil du Programme Doctoral International «Systèmes Complexes» de l UPMC (Bernard Cazelles depuis 2009). EEM est organisatrice ou co-organisatrice d écoles thématiques récurrentes : Ecole d Eté de Biologie de Luminy (annuelle depuis 2001) ; Ecole Interdisciplinaire d échanges et de formation en biologie («Ecole de Berder», Silvia De Monte ) ; Ecole internationale «Chaos and Dynamics in Biological Networks» à l institut d études scientifiques de Cargèse (Bernard Cazelles, ) ; Winter School on Ecological Statistics (Tom Van Dooren depuis 2009), Winter School on Evolutionary Dynamics (Tom Van Dooren depuis 2010), Summer School «Michael Ghil» on Feedbacks in Environmental Systems (David Claessen depuis 2011). En dépit du fonctionnement antagoniste et délétère de son Ecole Doctorale de rattachement, l équipe est parvenue à encadrer ou co-encadrer 10 thèses de doctorat (soutenues) ; 5 thèses sont en cours. 9 stages de M2 ou fin d études ingénieur, 6 stages de M1 et 3 stages de L3 ont été accueillis par l équipe au cours de la période de référence. 6 Vie de l équipe L'equipe EEM compte, en 2012, 11 permanents (9 chercheurs ou enseignants-chercheurs, 2 ITA), 3 post-doctorants, 5 doctorants, auxquels s ajoutent nos stagiaires M1 et M2. Les personnels permanents de l'equipe se répartissent institutionnellement en : 2 ENS, 8 CNRS, 1 UPMC. L'équipe occupe environ 90 m2 au 46 rue d Ulm et l'équivalent de 50 m2 hors du 46 rue d Ulm (au CERES et sur le site de Jussieu). Les personnes sont réparties spatialement comme suit : 46 rue d Ulm, 4ème niveau : Jean-Baptiste André, Frantz Depaulis, Régis Ferrière, Andres Lopez- Sepulcre, Tom Van Dooren, plus 1 doctorant et 2 post-doctorants ; 46 rue d Ulm, 6ème niveau: Bernard Cazelles, Silvia De Monte, Stéphane Legendre, plus 2 doctorants et 1 post-doctorant ; site du CERES: David Claessen, plus 2 doctorants ; site de Jussieu: Minus van Baalen, Sandrine Adiba. En termes de plateformes, l'équipe utilise essentiellement le service informatique du Département de Biologie de l ENS et l'espace et la supervision ainsi offerts à notre grille de calcul. L équipe se réunit une fois par semaine. L ordre du jour de la réunion est généralement scientifique (présentation par un chercheur de l équipe ou un invité) ; administratif lorsque nécessaire. Afin de favoriser les interactions entre équipes et laboratoires, des réunions sont organisées en commun avec l équipe SMILE dirigée par Amaury Lambert au Collège de France et le groupe de travail EVOLMOL. En tant qu équipe associée à l IBENS, EEM participe au Conseil des Equipes de l IBENS et aux réunions de la section Génomique Environnementale et Evolutive. Ce statut d équipe associée IBENS la met en capacité de répondre aux appels à projets du Labex MemoLife et de l IDEX PSL*. L équipe s est fortement impliquée dans la conception du projet d Institut d Environnement PSL*. 49

52 Au cours de la période , dans des conditions se dégradant vers une précarité administrative extrême, l équipe s est trouvée fortement impliquée dans l animation scientifique, technique stratégique et administrative de l UMR : direction de l UMR (Minus van Baalen , Bernard Cazelles ) ; pilotage du projet Ecotron IleDeFrance (station biologique de Foljuif), création et direction de l UMS 3194 «Centre de Recherche en Ecologie Exérimentale et Predictive ECOTRON IleDeFrance» (Regis Ferriere ) ; responsabilité informatique de l UMR pour le site ENS (Stéphane Legendre ) conception, installation et supervision du laboratoire L2 de microbiologie (Sandrine Adiba ) ; représentation des chercheurs (Frantz Depaulis) et des ITA (Sandrine Adiba) au Conseil du Laboratoire et participation à divers comités internes du laboratoires ; coordination des «Séminaires Ecologie & Evolution» hebdomadaires du laboratoire (Jean- Baptiste André, en collaboration avec Vincent Médoc, ). 50

53 LISTES DES PUBLICATIONS DANS l EQUIPE EEM Les publications doivent figurer par ordre alphabétique du 1er auteur, classées par catégories AERES (cf. Memo_publications.pdf ), les noms des auteurs membres de l unité devant être soulignés. Publications intra-équipe ACL 2007 ACL-1 Adiba S, Nizak C, van Baalen M, Denamur E, Depaulis F (2010) From Grazing Resistance to Pathogenesis: The Coincidental Evolution of Virulence Factors. PLoS ONE 5(8): e doi: /journal.pone ACL-2 Andersson, J., P. Bystrom, D. Claessen, L. Persson and A.M. de Roos. (2007) Stabilization of population fluctuations due to cannibalism promotes resource polymorphism in fish. American Naturalist 169(6): ACL-3 Cazelles, B., Chavez, M., Constantin de Magny, G., Guégan, J.F. & Hales, S. (2007) Time dependent spectral analysis of epidemiological time series with wavelets. J. Royal Soc Interface, 4, ACL-4 Champagnat, N., Ferriere, R. & Meleard, S. (2007) Individual-based probabilistic models of adaptive evolution and various scaling approximations. Progress in Probability 59: ACL-5 Claessen, D., J. Andersson, L. Persson and A.M. de Roos. (2007). Delayed evolutionary branching in small populations. Evolutionary Ecology Research 9(1) : ACL-6 Constantin de Magny, G., Guégan, J.F., Petit, M. & Cazelles, B. (2007). Regional-scale climate variability synchrony of cholera epidemics in West Africa. BMC Infectious Diseases, 7, 20. ACL-7 De Monte S., d Ovidio F., Danø S. and Sørensen P.G. (2007) Dynamical quorum sensing: Population density encoded in cellular dynamics. Proceeding of the National Academy of Sciences 104 (47), ACL-8 de Roos, A.M., T. Schellekens, T. van Kooten, K. van de Wolfshaar, D. Claessen and L. Persson (2007). Food-dependent growth leads to overcompensation in stage-specific biomass when mortality increases : the influence of maturation versus reproduction regulation. American Naturalist 170(3) : E59-E76. ACL-9 Evans MEK, Ferriere R, Kane MJ & Venable DL (2007) Bet hedging via seed banking in desert evening primroses (Oenothera, Onagraceae): Demographic evidence from natural populations. American Naturalist 169: ACL-10 Ferriere R, Gauduchon M & Bronstein JL (2007) Evolution and persistence of obligate mutualists and exploiters: competition for partners and evolutionary immunization. Ecology Letters 10: ACL-11 Kéfi, S., Rietkerk, M., van Baalen, M., and Loreau, M. (2007). Local facilitation, bistability and transitions in arid ecosystems. Theor. Popul. Biol., 71: ACL-12 Lion, S. and van Baalen, M. (2007). From infanticide to parental care: why spatial structure can help adults be good parents. Am. Nat., 170:E26 E46. ACL-13 Ménard, F., Marsac, F., Bellier, E. & Cazelles, B., Climatic oscillations and tuna catch rates in the Indian Ocean : A wavelet approach to time series analysis. Fisheries Oceanography, 16, 51

54 ACL-14 Alizon, S. and van Baalen, M. (2008a). Acute or chronic? Within-host models with immune dynamics, infection outcome, and parasite evolution. Am. Nat., 172:E244 E256. ACL-15 Alizon, S. and van Baalen, M. (2008b). Multiple infections, immune dynamics, and the evolution of virulence. Am. Nat., 172(4):E150 E168. ACL-16 Alizon, S. and van Baalen, M. (2008c). Transmission-virulence trade-offs in vector-borne diseases. Theor. Pop. Biol., 74(1):6 15. ACL-17 Cazelles, B., Chavez, M., Berteaux, D., Ménard, F., Vik, J.O, Jenouvrier, S. & Stenseth, N.C., Wavelet analysis of ecological time series. Oecologia, 156, ACL-18 Chapron G, DG Miquelle, A Lambert, JM Goodrich, S Legendre & J Clobert The impact on tigers of poaching versus prey depletion. Journal of Applied Ecology 45: ACL-19 Claessen, D., J. Andersson, L. Persson and A.M. de Roos. (2008). The effect of population size and recombination on delayed evolution of polymorphism and speciation in sexual populations. The American Naturalist 172(1):E18-E34. ACL-20 Corbineau, A., Rouyer, T., Cazelles, B., Fromentin, J.M., Fonteneau, A. & Ménard, F., Time series analysis of tuna and swordfish catches and climate variability in the Indian Ocean ( ). Aquatic Living Ressources, 21, ACL-21 de Roos, A.M., T. Schellekens, T. van Kooten, K. van de Wolfshaar, D. Claessen and Lennart Persson (2008). Simplifying a physiologically structured population model to a stage-structured biomass model. Theoretical Population Biology 73 : ACL-22 Champagnat N, Ferriere R, Meleard S (2008) From individual stochastic processes to macroscopic models in evolution. Stochastic Models 24: ACL-23 Kausrud, K.L., Mysterud, A., Steen, H., Vik, J.O., Østbye, E., Cazelles, B., Framstad, E., Eikeset, A.M., Mysterud, I., Solhøy, T. & Stenseth, N.C., Linking climate change to lemming cycles. Nature, 456, ACL-24 Kéfi, S., Rietkerk, M., van Baalen, M., and Loreau, M. (2008). Evolution of local facilitation in arid ecosystems. Am. Nat., 172(1):E1 E17. ACL-25 Legendre S, TW Schoener, J Clobert & DA Spiller How is extinction risk related to population-size variability over time? A family of models for species with repeated extinction and immigration. American Naturalist 172: ACL-26 Lion, S. and van Baalen, M. (2008). Self-structuring in spatial evolutionary ecology. Ecol. Lett., 11: ACL-27 Pascual, M., Cazelles, B., Bouma, M., Chaves, L. & Koelle, K., Shifting patterns : malaria dynamics and rainfall variability in an African highland. Proc. Royal Soc. London B, 275, ACL-28 Raquin A.-L., Depaulis F., Lambert A., Galic N., Brabant P., and Goldringer I. (2008). Experimental estimation of mutation rates in a wheat population with gene genealogy approach. Genetics, 179 (4), ACL-29 Rouyer, T. Fromentin, J.M., Ménard, F., Cazelles, B., Briand, K., Pianet, R., Planque, B. & Stenseth, N.C., Complex interplays betwen population dynamics, environmental forcing and exploitation in fisheries. Proceeding of the National Academy of Sciences, 105,

55 ACL-30 Rouyer, T., Fromentin, J.M., Stenseth, N.C. & Cazelles, B., Analysing multiple time series and extending significance testing in wavelet analysis. Marine Ecology Progress Series, 359, ACL-31 Aguilee, R., D. Claessen and A. Lambert. (2009). Allele fixation in a dynamic metapopulation : founder effects vs refuge effects. Theoretical Population Biology 76(2) : ACL-32 Alizon, S., Hurford, A., Mideo, N., and van Baalen, M. (2009). Virulence evolution and the trade-off hypothesis: history, current state of affairs and the future. J. Evol. Biol., 22: ACL-33 Ballesteros, S., Vergu, E. & Cazelles, B., Influenza A gradual and epochal evolution : insights from simple models. PLoS One, 4, e7426. ACL-34 Baubeau, P. & Cazelles, B., French economic cycles : Wavelet analysis of French retrospective GNP series. Cliometrica, 3, ACL-35 Claessen, D., A. de Vos and A.M. de Roos. (2009). Bioenergetics, overcompensation and the source/sink status of marine reserves. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 66(7) : ACL-36 Demetrius L, S Legendre & P Harremöes Evolutionary entropy: A predictor of body size, metabolic rate and maximal life span. Bulletin of Mathematical Biology 71: ACL-37 Depaulis F., Orlando L., and Hanni C. (2009). Using classical population genetics tools with heterochroneous data: time matters! PLoS One, 4 (5), e5541. ACL-38 Edeline E, TO Haugen, FA Weltzien, D Claessen, IJ Winfield, NC Stenseth and LA Vollestad (2009) Body downsizing caused by non-consumptive social stress severely depresses population growth rate. Proceedings of the Royal Society B doi: /rspb ACL-39 Ferriere R, Viet Tran C (2009) Stochastic and deterministic models for age-structured populations with genetically variable traits. ESAIM Proceedings 27: ACL-40 Jones EI, Ferriere R, Bronstein JL (2009) Eco-evolutionary dynamics of mutualists and exploiters. The American Naturalist 174: ACL-41 Lazzaro X, G Lacroix, B Gauzens, J Gignoux & S Legendre Predator foraging behaviour drives food-web topological structure. Journal of Animal Ecology 78: ACL-42 Legendre S The number of crossings in a regular drawing of the complete bipartite graph. Journal of Integer Sequences, Vol. 12, article ACL-43 Lion, S. and van Baalen, M. (2009). The evolution of juvenile-adult interactions in populations structured in age and space. Theor. Pop. Biol., 76: ACL-44 Stegen JC, Enquist BJ, Ferriere R (2009) Advancing the metabolic theory of diversity. Ecology Letters 12: ACL-45 Zhang, Z., Cazelles, B., Tian, H., Stige, L.C., Bräuning, A. & Stenseth, N.C., Periodic temperature-associated drought/flood drives locust plagues in China. Proc. Royal Soc. London B, 276, ACL-46 Adiba, S., Nizak, C., van Baalen, M., Denamur, E., and Depaulis, F. (2010). From grazing resistance to pathogenesis: The coincidental evolution of virulence factors. PLoS ONE, 5(8):e ACL-47 Aguilee, R., B. de Becdelièvre, A. Lambert and D. Claessen. (2010). Under which conditions is 53

56 character displacement a likely outcome of secondary contact? Journal of Biological Dynamics Vol. 5, No. 2, March 2011, ACL-48 Aguilee R., A. Lambert and D. Claessen (2011). Ecological speciation in dynamic landscapes. Journal of Evolutionary Biology. 24 : doi : /j x ACL-49 André J.B. (2010) The evolution of reciprocity: social types or social incentives? The American Naturalist, 175 (2), ACL-50 Bassar RD, Marshall MC, López-Sepulcre A, Zandonà E, Auer SK, Travis J, Pringle CM, Flecker AS, Thomas SA, Fraser DF & Reznick DN. (2010) Local adaptation in Trinidadian guppies alters ecosystem processes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 108, ACL-51 Bassar RD, López-Sepulcre A, Walsh MR, Turcotte MM, Torres-Mejía M & Reznick DN. (2010) Bridging the gap between ecology and evolution: Integrating density regulation and life history evolution. Year in Evolution Annals of the New York Academy of Sciences, 1206, ACL-52 Ben Ari, T., Gershunov, A., Rouyer, T., Cazelles, B., Gage, K. & Stenseth, N.C., Interannual variability of human plague occurrence in the Western U.S. explained by tropical and North Pacific Ocean climate variability. American Journal of Tropical Medicine & Hygiene, 83, ACL-53 Ben Ari, T., Gershunov, A., Rouyer, T., Cazelles, B., Gage, K. & Stenseth, N.C., Regional climate and the dynamics of human plague in Western US. Vector-Borne and Zoonotic Diseases, 10, 94. ACL-54 Carval D, Ferriere R (2010) A unified model for the coevolution of resistance, tolerance, and virulence. Evolution 64: ACL-55 Cazelles, B., Chavez, M. & Courbage, M., Chaos and dynamics of biological networks. International Journal of Bifurcation and Chaos, 20, ACL-56 Corbineau, A., Rouyer, T., Fromentin, J.-M., Cazelles, B. & Ménard, F., Patterns of variation in large pelagic fishes time series and climatic oscillations : a comparative approach between the Indian and Atlantic Oceans. Progress in Oceanography, 86, ACL-57 De Paepe M., De Monte S., Robert L., Lindner A.B. and Taddei F. (2010) Emergence of Variability in Isogenic Escherichia coli Populations Infected by a Filamentous Virus. PLoS One 5 (7) e11823 ACL-58 Dercole F, Ferriere R, Rinaldi S (2010) Chaotic Red Queen coevolution in three-species food chains. Proceedings of the Royal Society of London B 277: ACL-59 Descamps, S., Yoccoz, N.G., Gaillard, J.M., Gilchrist, H.G., Erikstad, K.E., Hanssen, S.A., Cazelles, B., Bêty, J. & Forbes, M.R., Detecting population heterogeneity in effects of North Atlantic Oscillations on seabird body condition : Get into the rhythm. Oikos, 119, ACL-60 d Ovidio F., De Monte S., Alvain S., Dandonneau Y. and Levy M. (2010) Fluid dynamical niches of phytoplankton types. PNAS 107 (43) ACL-61 Enard D., Depaulis F., Roest Crollius H. (2010). Human and non-human primate genomes share hotspots of positive selection. PLoS Genetics, 6 (2), e ACL-62 He, D., Stone, L. & Cazelles, B., Noise-induced synchronization in multi-trophic chaotic ecological systems. International Journal of Bifurcation and Chaos, 20, ACL-63 López-Sepulcre A, Kokko H & Norris K. (2010) Evolutionary conservation advice for despotic populations: Habitat heterogeneity favours conflict and reduces productivity in Seychelles Magpie Robins. Proceedings of the Royal Society of London Series B, 277,

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60 C-INV-6 Ferriere R. (2007) NSF Annual Workshop: Frontiers in Integrative Research Biology From Genes to Ecosystems. 2007, November 9-12, University of North Carolina, USA. (Invited by Prof David Reznick, University of California at Riverside) C-INV-7 Ferriere R. (2007) The adaptive dynamics of cooperation. 2007, September 20. Department of Biology, McGill University, Montreal, Canada. (Invited by Prof Andrew Gonzalez) C-INV-8 Ferriere R. (2007) Adaptive dynamics : Theory and applications. 2007, November 9. Institut des Sciences de l Evolution, Université de Montpellier, France. (Invited by Prof Isabelle Olivieri) C-INV-9 van Baalen, M. (2007). Communication and kin selection. Brighton, 19-21/9/2007. Mathematical Models in Ecology and Evolution. C-INV-10 van Baalen, M. (2007). The evolution of individuality. Exeter, 26-29/7/2007. International Society for History, Philosophy, and Social Studies of Biology. C-INV-11 van Baalen, M. (2007). Modeling the evolution of cooperation and communication. IHES, Buressur-Yvette, 12-15/10/2007. Quels sont les outils théoriques les plus fructueux pour comprendre les systèmes biologiques? 2008 C-INV-12 Cazelles, B., Unexpected influences of noise on nonlinear population dynamics. First InternationalWorkshop: Chaos and Dynamics of Biological Networks, Institut Scientifique de Cargèse, Cargèse, Corsica, Mai C-INV-13 De Monte S. (2008) Variabilité individuelle, robustesse collective; Ecole thématique interdisciplinaire d'échanges et de formation en biologie: Robustesse et adaptation en biologie, Berder, France, mars 2008 C-INV-14 De Monte S. (2008) Density dependent oscillations in cellular populations; Inauguration Workshop of the France Telecom Orange Excellence Chair for Interdisciplinary Studies, juin 2008 C-INV-15 Ferriere R. (2008) NSF Workshop on Experimental Ecosystem Sciences with VAL: Variable Atmosphe Laboratories. 2008, February 23-24, Arizona State University, Phoenix, USA. (Invited by Prof Jon Harrison, ASU) C-INV-16 Ferriere R. (2008) Keynote Lecturer, International Summer School in Geophysics. Climate and the Biosphere: Interactions and Coevolution. 2008, June 1-12, Valsavarenche (Italy). C-INV-17 Ferriere R. (2008) Ecological Society of America. Symposium on Conflict, Cooperation and Selection. 2008, August 3-8, Milwaukee (USA). (Invited by Prof Joan Roughgarden, Stanford University) C-INV-18 Ferriere R. (2008) NSF Annual Workshop: Frontiers in Integrative Research Biology From Genes to Ecosystems. 2008, October 15-19, Colorado State University (Fort Collins CO). (Invited by Prof David Reznick, University of California at Riverside) C-INV-19 Ferriere R. (2008) European Conference on Analysis and Experiments on Ecosystems. 2008, September 23-24, Paris (France). Invited Keynote Speaker. C-INV-20 Ferriere R. (2008) NSF FIBR Annual Workshop From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact In Nature? 2008, October 15-19, Colorado State University, Fort Collins. Invited presenter. C-INV-21 van Baalen, M. (2008). The ecology of cooperation and communication. Rennes, 4-6/6/2008. Adaptive Dynamics of Parasitoids. C-INV-22 van Baalen, M. (2008). R0 in space and stage structured populations. Paris, 29-31/10/

61 R0 and related concepts: methods and illustrations. C-INV-23 van Baalen, M. (2008). Virulence evolution: What is the relevant unit of adaptation? Gulbenkian Institute, Lisbon, 22-26/9/2008. Evolution in Health and Disease C-INV-24 Ferriere R. (2009) Cooperation in evolution. Invited Darwin Speaker. 2009, July 9, University of Toulouse & Museum of Natural History, Toulouse, France. C-INV-25 Ferriere R. (2009) International Conference Analysis and Experiments on Ecosystems, funded by EU Infrastructure Program. 2009, November 22-25, University of Exeter, U.K. Invited Keynote Speaker. C-INV-26 Ferriere R. (2009) Eco-evolutionary Feedbacks: Theory and Applications. Ecology & Evolutionary Biology, Cornell University, Ithaca, 2009, November 9, (invited by Dr Alex Flecker). C-INV-27 van Baalen, M. (2009). How mutation and multiple infection affect the unit of adaptation and the consequences for virulence evolution. Roscoff, 28-30/9/2009. Virus Evolution C-INV-28 Cazelles, B Environmental fluctuations can induce imperfect synchrony in complex oscillating populations. The world we live in Biodiversity in the 21st Century. French - Israeli workshop Ramat Hanadiv, October C-INV-29 Baubeau, P., & Cazelles, B., From decennal swings to seasonal patterns : a wavelet analysis of French banknotes circulation. Workshop De-Teleologising History of Money and Its Theory (supported by the Toyaota foundation and the Japan Society for the Promotion of Science), Ecole Normale Supérieure, Paris, December C-INV-30 De Monte S. (2010) Collective oscillations in microbiological populations; Chaos and Dynamics of Biological Networks, Cargèse, France, Mai 2010 C-INV-31 De Monte S. (2010) Déterminisme et stochasticité dans les modèles pour les populations cellulaires ; Workshop 'La causalité dans la modélisation scientifique contemporaine', Dijon, France, juin 2010 C-INV-32 De Monte S. (2010) Oscillations in microbial populations; journées du GDR Dynamique et Contrôle des Ensembles Complexes, Besançon, France, octobre 2010 C-INV-33 De Monte S. (2010) Group size evolution and the emergence of sociality; Biology and Game Theory, Paris, France, novembre 2010 C-INV-34 Ferriere R. (2010) European Platform for Biodiversity Research Strategy, International E- Conference Evolution and Biodiversity. 2010, April 13-15, Majorca, Spain. Invited Keynote Speaker. C-INV-35 Ferriere R. (2010) International Workshop on Phytoplankton Dynamics and Eco-Evolutionary Feedbacks, Agence Nationale de la Recherche. 2010, October 25-26, Paris, France. Invited Speaker. C-INV-36 Ferriere R. (2010) Perspectives on eco-evolutionary Modeling. Computer Sciences Seminar, Ecole Normale Superieure, Paris, 2010, November 23 (invited by Giuseppe Longo). C-INV-37 van Baalen, M. (2010). Kin selection. Banff (Canada), 13-18/6/2010. BIRS Inclusive fitness in evolutionary modeling. C-INV-38 van Baalen, M. (2010). Climate change and parasite evolution. Uppsala, 1-3/9/2010. Climate Change: Health and Ecology. C-INV-39 van Baalen, M. (2010). Evolution in host-pathogen interactions and other systems: What is 59

62 the relevant unit of adaptation? Helsinki, 12-15/1/2010. Invited seminar. C-INV-40 van Baalen, M. (2010). The evolution of dangerous liaisons. Paris, 4-6/11/2010. Biology and Game Theory. C-INV-41 van Baalen, M. (2010). The evolution of dangerous liaisons. KNAW, Amsterdam, 21-22/9/2010. Evolution of conflict and cooperation. C-INV-42 van Baalen, M. (2010). The use of predator-prey-like models to assess the action of the immune system on parasite infections. Cardiff (UK), 29/3-1/4/2010. BSP Spring, Trypanosomiasis/Leishmaniasis & Malaria Meetings C-INV-43 André. J.B. (2012) Social opportunities and the evolution of fairness. Séminaire du département Ecologie & Evolution, Univ. de Neuchâtel, Suisse. C-INV-44 Cazelles, B., Nonlinear dynamics at work in population biology. Second Workshop Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Centro de Matemática e Aplicações Fundamentais (CMAF), Universidade de Lisboa, Lisboa, February C-INV-45 Cazelles, B., On the need of inference and model selection in epidemiological modeling. Workshop CNRS-INRIA Stochastic models and bayesian inference in epidemiology, Institut de Mathématiques de Bordeaux, Bordeaux, November C-INV-46 De Monte S. (2011) Phytoplankton distribution and diversity in the global ocean; Current Challenges in Climate Modelling, Uppsala, Suède, mai 2011 C-INV-47 Ferriere R. (2011) TARA OCEAN International Workshop Combining high throughput genomics, quantitative imaging, in situ oceanographic and satellite data and modeling to better understand plankton ecosystems at the planetary level. 2011, January 10-11, Villefranche/Mer, France. Invited Speaker. C-INV-48 Ferriere R. (2011) Mathematical Bioscience Institute Workshop Coevolution and the Ecological Structure of Plant-insect Communities. 2011, April 4-7, Columbus, Ohio. Invited Speaker. C-INV-49 Ferriere R. (2011) International Symposium Evolutionary Rescue in a Changing World. Sponsored by French Agence Nationale de la Recherche. 2011, June 7-9, Montpellier, France. Invited Speaker. C-INV-50 Ferriere R. (2011) Evolution Conference. American Society of Naturalists Vice-President Symposium. 2011, June 17-21, Norman, Oklahoma. Invited Keynote Speaker. C-INV-51 Ferriere R. (2011) ESF-EMBO International Workshop Epigenetics in Context: From Ecology To Evolution. 2011, September 18-23, Sant Feliu, Spain. Invited Speaker. C-INV-52 Ferriere R. (2011) University of Arizona Quantitative Biology Colloquium. 2011, March 8 (invited by Joe Watkins). C-INV-53 Ferriere R. (2011) Program in Applied Mathematics, University of Arizona, SIAM Student Chapter Seminar. 2011, April 13. C-INV-54 López-Sepulcre A. (2011). An empirical approach to eco-evolutionary complexity. Royal Society Discussion Meeting, Buckinghamshire (Royaume-Uni), avril C-INV-55 López-Sepulcre A. (2011). How can Trinidadian guppies evolve so fast? ESF-EMBO Symposium. Sant Feliu de Guixols (Espagne), septembre

63 C-INV-56 André. J.B. (2012) The evolution of mutual benefits, why are humans special? Workshop «Cooperation in multi-partner settings: biological markets and social dilemmas», Janvier 2012, Lorentz Center of the University of Leiden, The Netherlands C-INV-57 André. J.B. (2012) Markets, social opportunities, and the evolution of fairness. Séminaire «Modélisation en écologie évolutive», Mai 2012, Montpellier, France C-INV-58 André. J.B. (2012) The evolution of mutual benefits and fairness, why are humans special? Séminaire du département Ecologie & Evolution, Univ. de Lausanne, Suisse. C-INV-59 Cazelles, B., Bayesian inference and model selection in epidemiological model : Applications to influenza. Mathematical Biosciences Institute Workshop on Evolution and Spread of Disease, The Ohio State University, Columbus, March C-INV-60 Cazelles, B. & Camacho, A Stochastic modeling in epidemiology with applications to human influenza. EVOLVE 2012, Mexico City, August C-INV-61 De Monte S. (2012) On the emergence of social groups ; Individuals and groups, Almora, India, mai 2012 C-INV-62 van Baalen, M. (2012). Emerging units of adaptation in spatially extended systems. Zif, Bielefeld, 22-25/5/2012. Stochastic Dynamics in Action. C-INV-63 Van Dooren T.J.M (2012) Evolutionary modelling of life histories with a germ bank. Models in Evolutionary Ecology Workshop. Montpellier, mai C-INV-64 Van Dooren T.J.M (2012) South-American annual killifish: a vertebrate model for the ecoevo-devo of diapause. EED Conference. Lisbon, Portugal. juillet C-COM 2007 C-COM-1 Ballesteros, S., Senneret, M., Vergu, E. & Cazelles, B., Influenza A evolution paradigm shift : How can we explain the recurrence of influenza A epidemics in humans? Second Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (CMPD2), University of Campinas, Campinas, Brazil, July Book of Abstracts p 117. C-COM-2 Corbineau, A., Rouyer, T., Cazelles, B. & Ménard, F., Etude de la variabilité des pêcheries thonières dans l Océan Indien. VIIIème Congrès de l AFH. Aquarium de La Rochelle, La Rochelle, June Book of abstracts p 26. C-COM-3 Corbineau, A., Rouyer, T., Fromentin, J.M., Cazelles, B. & Ménard, F., Patterns of variability in tuna catches and CPUE time series : A comparative approach between the Indian and the Atlantic oceans. First CLIOTOP (CLimate Influences On TOp Predators) Symposium. La Paz, Mexico, December Abstracts Book p C-COM-4 Depaulis F., Breuil N., Adiba S., and Huet M. (2007). Estimation of drift and effective size from temporal shifts of allelic frequency in Escherichia coli experimental populations. Estimating demographic parameters from genetic data, La Fouly, Suisse. C-COM-5 Depaulis, F., Lambert A., Raquin A. -L., Galic N., Brabant P., and Goldringer I. (2007). Coalescent related methods to assess mutation rates from unknown partial Genealogy: an application on microsatellites of experimental wheat populations. Molecular Evolution (SMBE ISME meeting), Halifax, Canada. C-COM-6 Depaulis, F., L. Orlando and C. Hänni (2007). Coalescent for heterochroneous data: an application on cave bear ancient DNA (an update). Evosud, Orsay, France. 61

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70 PV-4 Legendre S La résilience des écosystèmes. In De la Réparation, directed by C Schaeffer, L'Harmattan, Paris, pp DO 2012 DO-1 Gonzalez A., Ronce O., Ferriere R., and Hochberg M. (2012) Special Issue: Evolutionary Rescue in Changing Environments. Phil. Trans. Royal Society London B. AP 2012 AP-1 Claessen D. (2012) Modelling the struggle for existence in structured populations. Habilitation à diriger des recherches, Université Pierre et Marie Curie, Paris. Disponible à 68

71 Publications inter-équipes ACL-103 Abbot P., and 136 other authors including André J.B., Ferriere R., Monnin T., van Baalen M. (2011) Inclusive fitness theory and eusociality. Nature, 471, e1-e10. ACL-104 Adiba, S., Huet, M. and Kaltz, O. (2010), Experimental evolution of local parasite maladaptation. Journal of Evolutionary Biology, 23: ACL Bessa-Gomes C, S Legendre & J Clobert Discrete two-sex models of population dynamics: On modelling the mating function. Acta Oecologica 36: ACL-106 Baron JP, Le Galliard JF, Tully T, Ferriere R (2010) Cohort variation in offspring growth and survival: Prenatal and postnatal factors in a late-maturing viviparous snake. Journal of Animal Ecology 79: ACL-107 Gallet, R., Alizon, S., Comte, P.-A., Gutierrez, A., Depaulis, F., van Baalen, M., Michel, E., and Muller-Graf, C. (2007). Predation and disturbance interact to shape prey species diversity. Am. Nat. 170: ACL-108 Gonzalez-Suarez, M., J.F. Le Galliard and D. Claessen (2011) Population and life-history consequences of within-cohort individual variation. The American Naturalist 178(4) : ACL-109 Jacquin, L., Cazelles, B., Prévot-Julliard, A.C., Leboucher, G. & Gasparini, J., Reproduction management affects breeding ecology and reproduction costs in urban feral pigeons Columba livia. Canadian Journal of Zoology, 88, ACL-110 Le Galliard JF & Ferriere R (2007) Physical performance and fitness in lizards. Journal of Morphology 268: ACL-111 Le Galliard JF, Ferriere R (2008) Evolution of maximal endurance capacity: natural and sexual selection across age classes in a lizard. Evolutionary Ecology Research 10: ACL-112 Massot M, Clobert J, Ferriere R (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction risk. Global Change Biology 14: ACL-113 Molet, M., van Baalen, M., and Peeters, C. (2008). Shift in colonial reproductive strategy associated with a tropical-temperate gradient in Rhytidoponera ants. Am. Nat., 172(1): ACL-114 Tully T & Ferriere R (2008) Reproductive flexibility: genetic variation, genetic costs, and long-term evolution in a collembola. PLoS One 3(9): e3207 doi: /journal.pone PV Le Galliard JF & Ferrière R (2008) The adaptive evolution of social traits. Chapter 15 in Behavioural Ecology, E Danchin, L-A Giraldeau & F. Cézilly, editors. Oxford University Press. C-COM-63 Jacquin, L., Cazelles, B., Leboucher, G. & Prévot-Julliard, A.C., Breeding in a human modified environment : the case of the feral pigeon. Fourth European Conference on Behavioural Ecology, Dijon, France, July C-AFF-18 Le Bourlot V., Mallard F., Le Coeur C., Claessen D., and Tully T. (2012) From individuals to populations: Linking thermal reaction norms to population dynamics in microcosms. Colloque CNRS Ecology Letters "Impacts écologiques des changements environnementaux", Paris (France), June

72 Publications entre 2007 et date d arrivée pour les chercheurs ayant rejoint l Unité en cours de contrat ACL André J.B., and Day T. (2007) Perfect reciprocity is the only evolutionarily stable strategy in the continuous iterated prisoner s dilemma. Journal of Theoretical Biology 247, ACL Askari Seyahooei M., Kraaijeveld-Smit F.J.L., Kraaijeveld K., Crooijmans J.B.L., Van Dooren T.J.M., and van Alphen J.J.M. (2009) Closely related parasitoids induce different pupation and foraging responses in Drosophila larvae. Oikos, 118, ACL Durinx M., and Van Dooren T.J.M. (2009) Assortative mate choice and dominance modification: alternative ways of removing heterozygote disadvantage. Evolution, 63, ACL Galis F., van der Sluijs I., Van Dooren T.J.M., Metz J.A.J., and Nussbaumer M. (2007) Do large dogs die young? Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution, 308B, ACL Kokko H & López-Sepulcre A. (2007) The ecogenetic link between demography and evolution: Can we bridge the gap between theory and data? Ecology Letters, 10, ACL López-Sepulcre A, Doak N, Norris K & Shah NJ. (2008) Population trends of Seychelles magpierobins Copsychus sechellarum following translocation to Cousin Island, Seychelles. Conservation Evidence, 5, ACL López-Sepulcre A, Norris K & Kokko H. (2009) Reproductive conflict delays the recovery of an endangered social species. Journal of Animal Ecology, 78, ACL Rankin DJ, López-Sepulcre A, Foster KR & Kokko H. (2007) Species level selection reduces selfishness through competitive exclusion. Journal of Evolutionary Biology, 20, ACL Rueffler C., Van Dooren T.J.M., and Metz J.A.J. (2007) The interplay between behavior and morphology in the evolutionary dynamics of resource specialization. The American Naturalist, 169, E34-E52 ACL van der Sluijs I., Van Dooren T.J.M., Seehausen O., and van Alphen J.J.M. (2008) A test of fitness consequences of hybridization in sibling species of Lake Victoria cichlid fish. J. evol. Biol., 21, ACL van der Sluijs I., Van Dooren T.J.M., Hofker K.D., van Alphen J.J.M., Stelkens R.B., and Seehausen O. (2008) Female mating preference functions predict sexual selection against hybrids between sibling species of cichlid fish. Phil. Trans. Roy. Soc. London B, 363, ACL van der Sluijs I., Van Dooren T.J.M., Seehausen O., and van Alphen J.J.M. (2010) No evidence for a genetic association between female mating preference and male secondary sexual trait in a Lake Victoria cichlid fish. Current Zoology, 56, ACL Van Dooren T.J.M., van Goor H., and van Putten M. (2010) Handedness and asymmetry in scale-eating cichlids: antisymmetries of different strength. Evolution, 64, ACLN López-Sepulcre A, Doak N, Norris K & Shah NJ. (2008) Population trends of Seychelles Magpie Robins Copsychus sechellarum following translocation to Cousin Island, Seychelles. Conservation Evidence, 5: PV López-Sepulcre A. (2009) Evolución en movimiento. Investigación y Ciencia. 388, 8-9 (en Espagnol) PV López-Sepulcre A. (2009) Converses entre Darwin i Margalef: Redefinint l ecologia 70

73 evolutiva. Omnis Cellula. 23 Dec 2009, (en Catalan) OS López-Sepulcre A. (2007) The evolutionary ecology of space use and its conservation consequences. PhD. Thesis. Jyväskylä Studies in Biological and Environmental Science ISBN: C-INV López-Sepulcre A. (2009). From genes to ecosystems and back. 15 th EMPSEB Meeting, Schoorl (Pays-Bas), août C-INV López-Sepulcre A. (2009). From genes to ecosystems and back. 2 nd Workshop in Biodemography, Stanford (USA), octobre C-INV Van Dooren T.J.M. (2007) Evolutionary stability on phenotype landscapes. Stochastic Approaches to Evolution. Goteborg, Suède, mai C-INV Van Dooren T.J.M. (2008) The evolution of handedness in scale-eating cichlids. NERN Annual meeting. Lunteren, Pays-Bas, février C-INV Van Dooren T.J.M. (2008) Evolutionary Dynamics on Phenotype Landscapes: Adaptive Dynamics with something in-between. BEPAR Adaptive dynamics workshop. Rennes, juin C-INV Van Dooren T.J.M. and Debat V. (2008) Canalization and robustness: on the drift between adaptation and constraint. 2 nd EED Conference. Gent, Belgique, juillet C-INV Van Dooren T.J.M (2009) Race against the machine: comparing alternative responses to disruptive selection. Darwin 2009 symposium. Rennes, juin C-INV Van Dooren T.J.M (2010) What are mathematical models for in biology? Annual NVG meeting. Soesterberg, Pays-Bas, novembre C-COM López-Sepulcre A, Norris K & Kokko H (2007). Conservation consequences of reproductive conflict in an endangered bird. 92 nd ESA Annual Meeting, San Jose (USA), aoút C- COM López-Sepulcre A & Reznick DN (2009). Decoupling the effects of direct and indirect predation on life-history evolution. 12h ESEB Congress, Turin (Italie), août C-COM López-Sepulcre A & Reznick DN (2010). Decoupling the effects of direct and indirect predation on life-history evolution. Evolution Meeting, Portland (USA), juin C- COM Van Dooren T.J.M (2007) Evolutionary stability on phenotype landscapes, where are the constraints? Cambridge University, Royaume-Uni, october C- COM Van Dooren T.J.M (2009) Annual killifish as a model group for comparative research. University of Bergen, Norvège, juin C- COM Van Dooren T.J.M (2009) Annual South-American killifish as a model system for comparative eco-evo-devo. NIOO Ecology Institute Heteren, Pays-Bas, octobre C- COM Van Dooren T.J.M (2010) Annual South-American killifish as a model system for comparative eco-evo-devo. Imperial College Silwood Park Campus, Royaume-Uni mai C- COM Van Dooren T.J.M (2010) Annual South-American killifish as a model system for comparative eco-evo-devo. University of Konstanz, Allemagne, mai C-AFF Marshall MC, Bassar RD, López-Sepulcre A &Pringle CM. (2008). Effects of guppy life history evolution on nutrient recycling in Trinidad streams. 93 rd ESA Annual Meeting, Milwakee (USA), juliet 71

74 2008. C-AFF Van Dooren T.J.M, van Goor H., van Putten M. (2007) The evolution of handedness in scaleeating cichlids. ESEB Conference. Uppsala, Suède juillet C-AFF Van Dooren T.J.M (2009) Variation in survival and rates of development in Austrolebias annual killifish. ESEB Conference. Torino, Italie juillet

75 RAPPORT D ACTIVITÉ PAR ÉQUIPE 1 er janvier juin 2012 LABORATOIRE ÉCOLOGIE ET ÉVOLUTION (EcoEvo) UMR 7625 ÉQUIPE ÉCOLOGIE DES POPULATIONS ET COMMUNAUTÉS (EPC) UPMC, Bâtiment A, 7 quai Saint Bernard, Paris Responsable de l équipe et auteur de la fiche : Roger ARDITI Chef d équipe du 1er janvier 2007 au 28 octobre 2012 Ø NB. Cette équipe de l UMR 7625 est également une unité sous contrat de l INRA (USC 2031) relevant du département Santé des Plantes et Environnement (SPE) et rattachée au centre INRA de Versailles-Grignon. Directeur de l USC depuis sa création : Roger ARDITI. 73

76 Chercheurs et enseignants-chercheurs Responsable équipe : Roger ARDITI, PR (et directeur de l USC INRA 2031) ARDITI Roger, PRCE2 AgroParisTech en délégation à l INRA (HDR 1979), retraité au 29/10/12 BESSA-GOMES Carmen, MCF AgroParisTech, départ le 31/12/09 LOEUILLE Nicolas, MCF UPMC (HDR 2011), nommé PR2 au 01/09/12 MÉDOC Vincent, MCF UPMC, arrivée le 01/09/10 SPATARO Thierry, MCF AgroParisTech Post-doctorants et chercheurs invités BENMILED Slimane, Tunisie, MCF École nationale d ingénieurs de Tunis, 1 mois en 2008 GINZBURG Lev, professeur à Stony Brook University, NY, USA, 1 semaine en 2008 HAUZY Céline, postdoc AgroParisTech 3 mois en 2008, postdoc Émergence UPMC du 01/12/10 au 30/11/11, ATER UPMC depuis 01/12/11 JACQUIN Lisa, ATER UVSQ du 01/09/11 au 31/08/12 KYLAFIS Grigoris, Grèce, postdoc IdF (ASTREA) depuis le 01/02/12 LEIBOLD Mathew, professeur à l U. Texas à Austin, USA, 1 semaine en 2011 PANTEL Jelena, thésarde à l U. Texas à Austin, USA, 1 mois en 2007 TYUTYUNOV Yuri, chercheur Southern Federal University, Rostov, Russie, 3 mois en 2007, 1 semaine en 2008 Doctorants BOMPARD Anaïs, directeur Minus VAN BAALEN, encadrants Thierry SPATARO et Isabelle AMAT (Lyon), depuis nov COSTA Manon, directeur Sylvie MÉLÉARD (École Polytechnique), co-encadrants Nicolas LOEUILLE et Céline HAUZY, depuis sept. 2011, en temps partagé avec l École Polytechnique DEYGOUT Chloé, directeur Roger ARDITI, encadrant Carmen BESSA-GOMES, soutenance le 17/12/09 GEORGELIN Ewen, directeur Nicolas LOEUILLE, depuis le 01/10/11 LE MAO Tiphaine, directeur Roger ARDITI, encadrant Nicolas LOEUILLE, depuis le 01/10/09 LOPES Christelle, directeur Roger ARDITI, co-encadrant Thierry SPATARO, soutenance le 20/12/07 VERRIER Nicolas, directeur Sébastien BAROT (Bioemco), co-encadrant Nicolas LOEUILLE, depuis le 01/10/09, démission au 30/09/11 ZHADANOVSKAYA Ekaterina, directeur Roger ARDITI, co-encadrant Yuri TYUTYUNOV (U. Rostov), soutenance le 25/05/07 74

77 Distinctions, contrats, thèses soutenues, collaborations Contrats de financements Contrat de l École doctorale ABIES pour le financement de la thèse de Chloé Deygout (36 mois), resp. R. ARDITI et C. BESSA-GOMES Contrat de formation continue pour l IFORE, 1100 TTC, resp. R. ARDITI Contrat du programme Blanc de l ANR. Projet SOFTPOP : From SOcial Foraging To POpulation Processes: an integrated appproach to population dynamics, resp. F. SARRAZIN (UPMC-MNHN), 36 mois, TTC dont pour C. BESSA-GOMES Contrat du programme DIVA 2 du MEDAD. Projet Modélisation multi-agents des interactions entre agropastoralisme et rapaces nécrophages, resp. F. SARRAZIN (UPMC- MNHN), 36 mois, TTC dont 3500 pour C. BESSA-GOMES Contrat du programme Jeunes Chercheurs de l ANR. Projet Mécanismes d'extinction dans les petites populations, resp. J.F. LE GALLIARD (équipe CGPA), TTC dont 2000 pour C. BESSA-GOMES Programme ASC de l INRA. Projet Zones refuges: impacts sur les populations des espèces exploitées et sur la communauté dans son ensemble, à différentes échelles. Bourse de thèse (3 ans) suivie d une bourse postdoctorale (3 ans), resp. N. LOEUILLE et R. ARDITI. Recrutement de Tiphaine Le Mao Contrat de l École doctorale Diversité du vivant pour le financement de la thèse de Nicolas Verrier, resp. S. BAROT et N. LOEUILLE (36 mois accordés, 24 mois utilisés). Interruption en sept Contrat du programme Émergence de l UPMC. Projet Plant-herbivore coevolution with metacommunities, resp. N. LOEUILLE, bourse postdoctorale de 12 mois. Recrutement de Céline Hauzy Contrat du CNRS pour le financement d une thèse (36 mois), resp. T. SPATARO. Recrutement d Anaïs Bompard Contrat de la FRB. Projet VORTEX : Extinctions in the Hymenoptera: genes, behavior, and the dynamics of bottlenecked populations, resp. X. FAUVERGUE (INRA-Sophia), 24 mois, HT dont 1500 pour T. SPATARO Contrat du programme Blanc de l ANR. Projet SEXTINCTION : Extinctions chez les Hyménoptères : gènes, comportements, et dynamique des populations goulotées, resp. X. FAUVERGUE (INRA-Sophia), 48 mois, env HT dont pour T. SPATARO Contrat de l École doctorale Diversité du vivant pour le financement de la thèse d Ewen Georgelin (36 mois), resp. N. LOEUILLE Contrat du programme ASTREA de la Région Ile-de-France. Projet Compromis entre lutte contre les ravageurs et maintien du service de pollinisation : une approche éco-évolutive des réseaux d'interactions, resp. N. LOEUILLE, bourse postdoctorale de 12 mois. Recrutement de Grigoris Kylafis. Thèses soutenues ZHADANOVSKAYA Ekaterina, Modélisation de la dynamique spatio-temporelle de la pyrale du maïs en présence de maïs transgénique. AgroParisTech, 25 mai LOPES Christelle, Dynamique d un système hôte-parasitoïde en environnement spatialement hétérogène et lutte biologique. AgroParisTech, 20 juin DEYGOUT Chloé, Les nécrophages vertébrés : un maillon important des cycles écologiques dans les systèmes terrestres. Approches comportementale, démographique et évolutive. AgroParisTech, 17 décembre HDR soutenue LOEUILLE Nicolas, Implications of Dispersal and Evolution for Community Structure and Ecosystem Functioning, UPMC, 24 octobre

78 Collaborations scientifiques France UMR BIOEMCO, Paris. L. ABBADIE, S. BAROT, M. BLOUIN, É. ÉDELINE, J.C. LATA, G. LACROIX, J. MATHIEU, A. NIBOYET, X. RAYNAUD, É. THÉBAULT. UMR Conservation des espèces, restauration et suivi des populations, MNHN, Paris. F. SARRAZIN, C. FONTAINE. UMR Génie industriel alimentaire, AgroParisTech, Paris. C. DOURSAT. UMR Génie et microbiologie des procédés alimentaires, INRA, Grignon. F. IRLINGER, C. MONNET. UMR Bioger-CPP, INRA, Grignon. I. SACHE. UMR Pathologie végétale, INRA, Angers. N. SAPOUKHINA. UMR LIEBE (Laboratoire des Interactions Ecotoxicologie, Biodiversité, Ecosystèmes), Université de Lorraine, Metz. J.N. BEISEL. UMR Biogéosciences, Dijon. T. RIGAUD. UMR Biométrie et biologie évolutive, Université Claude Bernard, Villeurbanne. I. AMAT, C. BERNSTEIN. ISEM, Montpellier. M. HOCHBERG, S. KEFI. UMR Centre de biologie pour la gestion des populations, INRA, Montpellier. D. BOURGUET. UMR Eco&Sols, Montpellier. S. BOUDSOCQ. UMR Institut Sophia Agrobiotech, INRA, Sophia-Antipolis. X. FAUVERGUE, L. LAPCHIN. Observatoire océanologique de Banyuls-sur-Mer, UPMC. J.M. GUARINI., K GUIZIEN. Station d'écologie expérimentale, Moulis. M. LOREAU, C. DE MAZANCOURT. Europe Unité d Écologie et d Évolution, Université de Fribourg, Suisse. L.F. BERSIER, S. BACHER. Lab. Aquatic Ecology and Evolutionary Biology, K.U. Leuven, Belgique. L. DE MEESTER. Dept. Terrestrial Ecology, Wageningen, Pays-Bas. W. VAN DER PUTTEN. Deltares, Utrecht, Pays-Bas. T. TROOST. WWF, Zeist, Pays-Bas. R. HILLE RIS LAMBERS. School of Biological Sciences, Bristol, UK. J. MEMMOTT. Center for Ecology and Conservation, University of Exeter, UK. F. VAN VEEN. IIASA, Vienne, Autriche. U. DIECKMANN. Theoretical Population Ecology Group, Université de Lund, Suède. J. JOHANSSON. Dept. Systems Ecology, Université de Stockholm, Suède. J NORBERG. Université d'umea, Suède. A. BRÄNNSTRÖM (Dept. Mathematics), B. ALBRECTSEN (Dept. Plant Science). Research Institute of Mechanics and Applied Mathematics, Southern Federal University, Rostov-on- Don, Russie. Yu. TYUTYUNOV, L. TITOVA. Institute for Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russie. A.B. MEDVINSKY. Hors d Europe Dept. Ecology and Evolution, Stony Brook University, Stony Brook NY, USA. L.R. GINZBURG. Dept. Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, USA. M. URBAN. Dept. Biology, Indiana University, USA. M. WADE. Kellogg Biological Station, Michigan State University, USA. C. KLAUSMEIER. Dept. Biology, University of Florida, Gainesville, USA. R.D. HOLT. Section of Integrative Biology, U. Texas, Austin TX, USA. M. LEIBOLD. Dept. Ecology and Evolutionary Biology, University of California at Los Angeles. P. AMARASEKARE. Section of Ecology and Evolution, University of California at Davis, USA. S. STRAUSS. Dept. Mathematics and Biological Sciences, Washington State University, USA. R. GOMULKIEWICZ. Dépt Biologie, Université de Sherbrooke, Canada. M. VELLEND. CSIRO, Canberra, Australie, N. KRISTENSEN. Depto Ecologia, Sao Paulo, Brésil. P. GUIMARAES. 76

79 Tableau bibliométrique Titre de la revue Champ disciplinaire (selon WoK) Facteur d impact sur 5 ans (2010) Classement dans le champ disciplinaire Acta Oecologica Ecology /130 1 American Naturalist Ecology /130 2 Applied and Environmental Microbiology /107 1 Microbiology Behavioral Ecology Ecology /130 2 Biofizika dans Google Scholar non disponible 1 Biological Control Entomology /83 1 Ecosphere dans Google Scholar non disponible 1 Ecological Complexity Ecology /130 2 Ecological Modelling Ecology /130 3 Ecology and Evolution dans Google Scholar non disponible 1 Ecology Letters Ecology /130 2 Evolutionary Ecology Research Ecology /130 1 Functional Ecology Ecology /130 1 J. Animal Ecology Ecology /130 1 J. Theoretical Biology Mathematical & Computational Biology /37 1 Mathematical Modelling of Natural Phenomena Mathematical & Computational Biology Nb art /37 1 Nature Climate Change Environmental non Sciences disponible 1 Oecologia Ecology /130 1 Oikos Ecology /130 1 Proceedings of the Royal Society B Ecology /130 1 Theoretical Ecology Ecology /130 1 Theoretical Population Biology Ecology /130 2 Trends in Ecology and Evolution Ecology /130 1 Publications de Vincent Médoc antérieures à son arrivée Animal Behaviour Zoology /145 1 Aquatic Ecology Ecology /130 1 Environmental Pollution Ethology, Ecology and Evolution Environmental Sciences /193 1 Zoology /145 1 Naturwissenschaften Multidisciplinary Sciences /59 2 Parasitology Parasitology /32 2 Trends in Parasitology Parasitology /

80 RÉSULTATS ET ÉVOLUTIONS SCIENTIFIQUES NB. Les numéros de publications se réfèrent à la liste propre de l équipe figurant quelques pages plus loin. 1 Rappel des objectifs Nos travaux portent avant tout sur l étude des interactions au sein des communautés écologiques : leurs mécanismes comportementaux, leur structure, leur dynamique, leur évolution, leurs conséquences sur la stabilité et la diversité. Nous portons un intérêt particulier à la dimension spatiale de l organisation des communautés. En début de quinquennat, la présence d un EC travaillant à la conservation des petites populations justifiait la présence du terme «populations» dans l intitulé de l équipe qui, pour l essentiel, est une équipe d écologie des communautés. Nous nous sommes concentrés sur l étude des interactions trophiques, en associant des questions d écologie fondamentale à un souci d application à la protection des plantes cultivées contre leurs ravageurs. C est cela qui a justifié notre contractualisation par le département «Santé des plantes et environnement» de l INRA, au sein duquel nous menons des projets en partenariat avec d autres unités. Un aspect marquant de notre équipe, c est son orientation théorique et la pratique de la modélisation mathématique. Cette dernière permet certes de développer des instruments de prédiction plus ou moins précise, mais elle est pour nous, avant tout, la façon dont doivent s exprimer les concepts et les hypothèses de l écologie et, sur cette base, les résultats généraux. D une certaine façon, nous voyons la modélisation comme le «langage» de l écologie scientifique. Cette orientation théorique explique que nous n ayons pas de spécialisation taxonomique : nous avons touché à l écologie des micro-organismes, à celle des parasitoïdes et d autres insectes, à l avifaune, aux grands mammifères. Le recrutement récent d un spécialiste des parasites à transmission trophique apporte une compétence sur les helminthes acantocéphales. 2 Principaux résultats scientifiques Dynamique des populations d espèces menacées, conséquences de la vie en groupe Les recherches ont porté sur les mécanismes de densité-dépendance associés à la vie en groupe. En utilisant le vautour fauve comme modèle biologique, deux axes complémentaires ont été suivis (collaboration avec François Sarrazin, MNHN). Le premier est centré sur l impact de la prédictibilité des ressources sur l efficacité de l'équarrissage, notamment sur la valeur de l information acquise au travers des congénères. Les résultats indiquent que la prédictibilité des ressources réduit l importance de l information acquise via les congénères au profit de l expérience individuelle. Ainsi, lorsque la gestion des vautours passe par l établissement de charniers, leur utilisation régulière devra être favorisée (ACL14). Le deuxième axe est lié au service écologique d'équarrissage associé aux vautours, en englobant différentes perspectives, notamment la conservation de la biodiversité et des activités agro-pastorales. Les résultats indiquent que la mise en place de charniers lourds n est pas la façon la plus efficace de gérer ce service écologique et que l établissement de placettes d alimentation chez les éleveurs assure un équarrissage plus efficace (ACL11). Cette thématique a pris fin en 2009 avec la soutenance de thèse de Chloé Deygout et le départ pour Orsay de Carmen Bessa-Gomes. Voir aussi ACL26. Populations et communautés de ravageurs des cultures : applications agroécologiques Dans le cadre du programme du CNRS Impact des biotechnologies dans les agroécosystèmes, nous avons étudié le développement de la populations de pyrales résistantes au maïs génétiquement modifié Bt. La stratégie généralement préconisée est celle dite "haute dose-refuges" (HDR). Elle consiste à aménager, à proximité des champs transgéniques, des zones refuges constituées de plantes non-insecticides sur lesquelles pourra se développer une population de ravageurs sensibles. L'efficacité de cette méthode repose notamment sur l'hypothèse d'accouplements aléatoires entre les individus, indépendamment de leur génotype et de leur origine. La thèse d E. Zhadanovskaya a été consacrée à la construction d un modèle de réaction-diffusion. Le modèle démogénétique de Kostitzin décrit les interactions locales entre les trois génotype du ravageur, avec un allèle de résistance et un allèle de susceptibilité, ainsi que la diffusion spatiale. Cette approche 78

81 permet de combiner la démographie spatio-temporelle avec la génétique des populations classique. Nos résultats montrent que, avec des valeurs réalistes de la taille du refuge et du taux de dispersion, l apparition de la résistance peut être retardée considérablement. Il est plus efficace d avoir un grand refuge d un seul tenant plutôt que plusieurs petits refuges (ACL4, ACL9). Dans un autre projet, nous avons étudié la dynamique locale et régionale du puceron Aphis gossypii en serres légumières. La lutte contre ce ravageur se fait usuellement par l utilisation de variétés résistantes de melons. Depuis quelques années, on a vu apparaître, dans la zone de production située autour d Avignon, des pucerons contournant cette résistance. L objectif du projet était de mieux comprendre, grâce à une approche de modélisation, la dynamique du ravageur et d évaluer l efficacité de diverses stratégies de lutte biologique au moyen de parasitoïdes. Une serre constitue un espace fermé très structuré spatialement dans lequel les populations de pucerons se développent à partir de colonies localisées. Une approche spatialement implicite a été développée dans la thèse de C. Lopes. Certaines tendances robustes des résultats indiquent que : (i) les lâchers curatifs sont plus efficaces que les lâchers préventifs, à condition que la détection de l infestation ne soit pas trop coûteuse ; (ii) les stratégies à lâchers multiples sont toujours plus avantageuses que les stratégies à lâcher unique (ACL1, ACL12, ACL17, voir aussi ACL18 dans le domaine de l épidémiologie végétale). Dynamique et évolution des parasites, parasitoïdes et prédateurs Les parasites à transmission trophique manipulent la vulnérabilité de leur hôte intermédiaire à la prédation par l hôte définitif. Certains réduisent cette vulnérabilité lorsqu ils ne sont pas encore infectieux et que leur seul intérêt réside dans la survie. Il se pose la question de savoir si cette suppression de prédation intervient également en présence de stades infectieux (PIPS, pour Post-Infectivity Predation Suppression) et réduit le coût associé à la prédation par des espèces non-hôtes. Nous avons proposé un scénario alternatif dans lequel le parasite optimise sa transmission par une manipulation multidimensionnelle associant suppression et augmentation de prédation de manière séquentielle au cours du développement (ACL20). Chez beaucoup d espèces de parasitoïdes hyménoptères, le déterminisme du sexe repose sur la complémentarité d allèles à un locus unique appelé CSD (pour Complementary Sex Determination). Comme chez les autres organismes haplodiploïdes, les œufs non-fécondés se développent en mâles haploïdes. Parmi les œufs fécondés, seuls les hétérozygotes au locus du CSD se développent en femelles ; les homozygotes donnent des mâles anormaux, généralement stériles. Le CSD provoque donc une dépression de consanguinité qui peut constituer une source d effet Allee dont on sait l influence sur les risques d extinction des petites populations. Notre objectif est donc de mieux comprendre l'impact des goulots d étranglement sur la dynamique et les risques d'extinction des populations de parasitoïdes haplodiploïdes, ainsi que leurs conséquences évolutives. Ce travail est mené dans le cadre du projet SEXTINCTION de l ANR (thèse d A. Bompard, stage d A. Tisseraud). La nature de la réponse fonctionnelle des prédateurs est une composante essentielle de tout système trophique : elle joue un rôle déterminant à la fois sur la persistance de l interaction et sur l'intensité de l'impact de l'antagoniste sur la densité de sa cible. Un élément primordial de cette réponse fonctionnelle est l'influence de la densité des prédateurs sur leur efficacité (interférence). Des travaux combinant expérimentation, modélisation et analyses de données sont menés dans le but de mieux comprendre l influence de différents facteurs sur la dépendance de la réponse fonctionnelle à la densité de prédateurs et sur ses conséquences démographiques. Nous avons ainsi pu montrer comment l hétérogénéité spatiale pouvait modifier la réponse fonctionnelle et être source de densité-dépendance (ACL25, ACL27, stages d A. Dahoui et L. Durand). Théorie des réseaux d interactions En coopération avec l UMR GMPA (INRA-Grignon), nous avons étudié la structure et la dynamique de la communauté microbienne d un fromage expérimental simplifié. L application d un modèle de Lotka-Volterra généralisé a permis d identifier les interactions positives et négatives entre les espèces de bactéries et de levures (ACL7). Comprendre le fonctionnement des écosystèmes requiert la compréhension des interactions entre les espèces consommatrices et leurs ressources. Comment ces interactions affectent-elles les variations des effectifs des populations? Comment les effectifs déterminent-ils l impact des 79

82 prédateurs sur leurs proies? Un ouvrage rédigé durant près de deux ans et publié chez Oxford U. Press en 2012 explore divers aspects de ces questions. La vue qui y est défendue est que le modèle «par défaut» que la plupart des écologues tendent à utiliser est inadéquat car il suppose que la quantité de proies consommée par chaque prédateur est insensible au nombre de congénères. C est la quantité de proies disponible par prédateur, plutôt que la quantité absolue de proies, qui est le déterminant essentiel de la dynamique de la prédation. Le livre montre que cette ratio-dépendance est un modèle «par défaut» bien plus raisonnable (OS-livr1). La théorie de l approvisionnement optimal stipule que les prédateurs ont intérêt à sélectionner les proies les plus profitables. L hétérogénéité des forces d interaction qui en résulte stabilise le réseau trophique et assure la persistance des espèces qui le composent. Dans le cas des parasites à transmission trophique, l hôte intermédiaire manipulé est une proie dont la profitabilité est modifiée par l infection. Le projet en cours consiste à étudier les conséquences topologiques d un changement dans la hiérarchie des profitabilités suite à l infection en associant modélisation et expérimentation. La taille est un trait phénotypique important, influençant fortement l'histoire de vie de l'individu et les interactions interspécifiques (compétition, prédation). La coévolution de la taille de proies et de prédateurs permet de faire émerger des structures de réseaux trophiques comparables à celles observées dans les données empiriques (OS-chap1, OS-chap2, ACL19). Ce travail est effectué en collaboration avec Michel Loreau (Station de Moulis), Ulf Dieckmann (IIASA, Autriche) et Ake Brännström (Umea, Suède). Plusieurs modèles prenant en compte l hétérogénéité de la richesse du milieu (quantité de nutriment, énergie solaire) ont été développés pour en tirer des prédictions relatives aux stratégies de défense des plantes (ACL5, OS-chap1). Ces prédictions seront confrontées à plusieurs jeux de données empiriques pour lesquels Benedicte Albrectsen (Université d Umea, Suède) et Gérard Lacroix (BIOEMCO) possèdent une solide expertise. Concernant le recyclage des nutriments par les plantes, nous modélisons l'évolution de l'inhibition de la nitrification par les plantes afin de mieux comprendre son effet sur la production primaire (ACL28, ACL30). Ce travail est mené en collaboration avec Sébastien Barot (BIOEMCO). Les travaux de ce type permettent de mieux comprendre le lien intime qui peut exister entre sélection locale, structure des communautés, leur fonctionnement et résilience (ACL15, ACL16, ACL21, ACL29). Impact de la structure spatiale sur les systèmes proie-prédateur et les métacommunautés Dans le cadre d un système proie-prédateur spatialisé, nous avons d abord construit un modèle minimaliste qui exhibe des régimes spatialement hétérogènes. Le modèle est fondé sur nos travaux antérieurs qui avaient proposé l hypothèse d accélérations des proies et prédateurs en réponse aux gradients de densité des populations. La capacité d accomplir un mouvement actif et dirigé est une condition nécessaire à l auto-organisation spatiale (ACL3). De façon plus réaliste, un modèle individu-centré a ensuite permis d explorer la façon dont les règles individuelles du mouvement des proies et des prédateurs déterminent, à l échelle de la population, des effets de densité-dépendance dans leurs interactions. Plus exactement, nous avons étudié la façon dont la fonction trophique agrégée à l échelle de la population dépend de la densité de proies et de la densité de prédateurs, pour divers types de mouvements individuels. Nous montrons que, selon l intensité de la taxie, la population de prédateurs démontre divers degrés d interférence, des valeurs les plus basses aux plus élevées. En particulier, un niveau moyen de taxie génère un degré significatif d interférence. Une nouvelle fonction trophique généralisée, comprenant aussi bien la proie-dépendance que la ratio-dépendance comme cas particuliers, a été proposée. Cette nouvelle fonction s ajuste aux données simulées par le modèle individu-centré mieux que le modèle classique de Hassell-Varley (ACL8). L analyse des modèles locaux (non spatialisés) permet d obtenir des messages relativement généraux, tout en isolant l action de la sélection naturelle. Cependant, dans les écosystèmes naturels, une autre force importante concerne les flux de gènes, qui peuvent tantôt favoriser l action de la sélection naturelle, tantôt aller à son encontre. Ceci nécessite la prise en compte de composantes spatiales (métacommunautés), ce qui a été accompli selon plusieurs axes: En collaboration avec Mathew Leibold (Université du Texas, Austin, USA), et aussi avec l'observatoire de Banyuls/Mer, est étudiée la dynamique spatiale des communautés résultant de 80

83 l'assemblée des espèces, née de la dispersion d'individus depuis les communautés environnantes, et leur évolution en relation aux contraintes sélectives locales (ACL6, ACL10, ACL13). L'interaction entre dispersion et évolution des défenses des plantes peut mener à des structures trophiques locales complexes ou au contraire très simples selon les apports en nutriments dans les différents patchs de la métacommunauté et la dispersion à l intérieur de celle-ci (ACL5). La tension entre, d une part, l adaptation aux changements locaux d'une condition abiotique (la température) et, d autre part, la dispersion des espèces, est étudiée le long d'un gradient latitudinal, en collaboration avec Jon Norberg (Université de Stockholm), Mark Urban (Université du Connecticut) et Mark Vellend (Université de Sherbrooke) (ACL10, ACL24). 3 Rayonnement et attractivité académique Production scientifique Durant la période de référence, l équipe a produit 30 ACL, 21 C-INV, 15 C-COM, 5 C-AFF, 1 DO, 2 OS-livr, 2 OS-chap, 1 AP. Relevons les deux livres parus en 2012 : How Species Interact, paru chez Oxford University Press avec des commentaires positifs de Don DeAngelis, Bob Holt et Simon Levin, et le Mini-manuel d écologie, paru chez Dunod sur la base des cours de quatre enseignantschercheurs de l UPMC. Direction d une revue internationale L équipe abrite la rédaction-en-chef de la revue Acta Oecologica, la seule revue généraliste d écologie qui soit «d origine française». Bien qu elle ne figure pas parmi les premières revues du domaine et qu elle n ait guère vocation à publier les travaux de notre équipe ou de notre UMR, il est utile de s y investir à des fins «pédagogiques», notamment en direction de jeunes chercheurs des pays du Sud. Son attractivité et sa sélectivité ont considérablement augmenté en dix ans (env. 400 soumissions par an ; taux de rejet env. 80%). Évaluations de manuscrits Nombreuses sollicitations (acceptées ou non) de revues d écologie (Ecology Letters, PNAS, Ecology, Evolution, Proceedings of the Royal Society B, American Naturalist, Ecography, Journal of Animal Ecology, Functional Ecology, Oecologia, Oikos, Evolutionary Ecology, Ecological Modelling, Ecological Complexity Theoretical Population Biology, Biocontrol, Acta Oecologica, Entomologia Experimentalis et Applicata, Ecological Research, Journal of Applied Entomology, Isotopes in Environmental & Health Studies, Acta Zoologica Academiae Scientiarum Hungaricae, Revista de Biología Tropical, Research Letters in Ecology) et de biomathématiques (Journal of Theoretical Biology, Journal of Mathematical Biology, Chaos, Solitons and Fractals, Mathematical Bioscisciences, Journal of Mathematical Analysis and Applications, Discrete Dynamics in Nature and Society, Journal of Applied Mathematics, Nonlinear Analysis: Modelling and Control, Journal of Biological Dynamics, The African Diaspora Journal of Mathematics) Évaluations de projets Pour différents organismes tels que : ANR, UPMC, Ville de Paris, Commission Européenne, NWO-Pays-Bas, FNRS-Suisse, NSF-USA Participation à des jurys de recrutement R. Arditi : Concours de recrutement de 4 CR2, 3 CR1 et 4 DR2 à l'ird, d un PR2 à AgroParisTech, d un PR2 à l U. François Rabelais (Tours), d un MCF à AgroCampus-Ouest (Rennes). N. Loeuille : Concours de recrutement d un MCF au MNHN, d ingénieurs d études au CNRS. T. Spataro : Concours de recrutement d un MCF à l Université de Nice. Participation à des commissions d évaluation et de promotion R. Arditi : Président de la commission AERES d évaluation de l UMR BioEpAR à l Oniris, Nantes, et membre de la commission de notation AERES LS9 (2011). R. Arditi : Membre nommé de la CSS3 de l IRD : évaluations et promotions de CR et DR ( ). R. Arditi : Membre élu de la CNECA (Commission nationale d évaluation des enseignants-chercheurs du Ministère de l agriculture) : évaluations et promotions de PR ( ). N. Loeuille : membre du comité d experts UPMC. Participation à des jurys de doctorat ou d HDR R. Arditi : 2 comités de thèse, 6 jurys de doctorat, 3 jurys d HDR. N. Loeuille : 2 jurys de doctorat. 81

84 V. Médoc : 1 comité de thèse. T. Spataro : 3 comités de thèse, 1 jury de doctorat. Vie associative scientifique Congrès international de zoologie (Paris, 2008) : participation au comité scientifique, organisation d un symposium (R. Arditi et N. Loeuille) Association française de limnologie : V. Médoc, administrateur British Ecological Society : R. Arditi, membre Ecological Society of America : R. Arditi, N. Loeuille, membres Réseau CoReV : R. Arditi, coordinateur Société française d écologie : T. Spataro, trésorier, N. Loeuille, membre 4 Interactions avec l environnement social, économique et culturel L équipe a mené une action de formation permanente à l intention des personnels du Ministère de l'écologie et du Développement Durable : "La Biodiversité, un enjeu majeur du développement durable" (IFORE, nov. 2007). Par ailleurs, tous les membres de l équipe assurent des services volontaires d évaluation au bénéfice de la communauté scientifique. 5 Implication dans la formation En dehors de R. Arditi qui n avait que des obligations de recherche (quelques interventions au M2 EBE), les autres permanents de l équipe sont enseignants-chercheurs et accomplissent largement leurs obligations d enseignement dans leurs établissements respectifs (UPMC et AgroParisTech). Ils sont notamment impliqués dans le master Écologie, Biodiversité, Évolution (UPMC, UPSud, AgroParisTech, ENS, MNHN) où ils ont des responsabilités au niveau du pilotage général, au niveau des parcours spécialisés, au niveau des UE, dans l évaluation des stages, dans les jurys de soutenance, dans les jurys d admission. Stagiaires accueillis pour formation par la recherche (niveaux L3, M1 et M2) Julien CRAYENEST, stage de M1 EBE, Angéla ROUYAR, stage de M1 EBE, Tiphaine LE MAO, stage de M2 EBE, Carlos RODRIGUES, stage de M1 EBE, Benoit RANDUINEAU, stage de M1 EBE, Aline TISSERAUD, stage de M2 EBE, Antonin DAHOUI, stage de M1 EBE, Louise DURAND, stage de M1 d AgroCampus-Ouest, Sarah JOUSSET, stage de M1 École Polytechnique, Eric TROMEUR, stage L3 ENS-Lyon, Laetitia DUBOIS, stage M2 EBE, Quentin MORI, stage de M2 BOP (Université de Bourgogne, Dijon), Mickaël PAUSÉ, stage de L3 (Université de Lorraine, Metz), Mélanie STEFFEN, stage de M1 BOP (Université de Bourgogne, Dijon), Eric TROMEUR, stage de M1 EBE, Formation par la recherche (niveaux doctoral, postdoctoral et HDR) Durant le quinquennat, l équipe a accueilli 9 thésards et 3 postdocs ; 3 thèses et 1 HDR y ont été soutenues (voir le début du rapport pour la liste nominative). Tous les thésards sont financés et tous ont un comité de thèse. Les écoles doctorales concernées sont ABIES, Diversité du vivant et Frontières du vivant. Chaque thésard réunit son comité de thèse au moins une fois par an. Les thésards sont incités à faire des exposés scientifiques au niveau du séminaire inter-équipes de l UMR, dans des colloques nationaux et, au moins une fois en cours de thèse, dans un colloque international majeur. Formation permanente avancée Chaire UNESCO de mathématiques pour les sciences du vivant, École nationale d ingénieurs de Tunis, jan (R. Arditi, T. Spataro). École-chercheurs INRA Régulations biologiques dans les systèmes de culture et les agrosystèmes (2 cours), La Rochelle mars 2007 (T. Spataro). 82

85 École-chercheurs INRA Systèmes dynamiques et modélisation des écosystèmes microbiens (2 cours), La Grande Motte oct (R. Arditi). 6 Vie de l équipe L équipe se réunit à intervalles réguliers pour discuter d affaires administratives ou scientifiques. Diverses coopérations entre membres de l équipe se sont nouées et se traduisent par des publications co-signées, des thèses co-dirigées, des stages co-encadrés. Les relations de l équipe se sont intensifiées avec plusieurs membres de l actuelle équipe Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes de Bioemco, ce qui nous a conduits à proposer la création de la nouvelle équipe Écologie et évolution des réseaux d'interactions pour le prochain quinquennat, dans le cadre de la fusion des UMR EcoEvo, Bioemco et Pisc. C est dans sa totalité que l équipe EPC intégrera cette nouvelle équipe dirigée par Nicolas Loeuille, issu de notre équipe. L appartenance de l équipe à l INRA sous le statut d USC a été très bénéfique : accueil d un ASC, projets conjoints avec Sophia-Agrobiotech, contacts avec d autres unités du département SPE. Enfin, il faut signaler que la vie de l équipe est affectée négativement par la dégradation générale des moyens affectés à l UMR par le CNRS : baisse considérable des crédits récurrents, réduction du personnel administratif. 83

86 LISTES DES PUBLICATIONS DANS L ÉQUIPE ( ) Publications sans participation d autres équipes de l UMR ACL1 Lopes C., Spataro T., Doursat C., Lapchin L. & Arditi R. (2007) An implicit approach to model plant infestation by insect pests. Journal of Theoretical Biology, 248, ACL2 Spataro T. & Bernstein C. (2007). Optimal patch leaving decision rules for parasitoids in patchy environments: an individual-based model. Behavioral Ecology, 18, ACL3 Tyutyunov Yu., Titova L. & Arditi R. (2007) A minimal model of pursuit-evasion in a predatorprey system. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2, ACL4 Tyutyunov Yu.V., Zhadanovskaya E.A., Arditi R. & Medvinsky A.B. (2007) A spatial model of the development of pest resistance to a transgenic insecticidal crop: European Corn Borer on Bt-maize. Biophysics, 52, [Translated from Russian article published in Biofizika, 52, ] ACL5 Loeuille N. & Leibold M. (2008) Ecological consequences of evolution in plant defenses in a metacommunity. Theoretical Population Biology, 74, ACL6 Loeuille N. & Leibold M. (2008) Evolution in metacommunities: on the relative importance of species sorting and monopolization in structuring communities. The American Naturalist, 171, ACL7 Mounier J., Monnet C., Vallaeys T., Arditi R., Sarthou A.S., Hélias A. & Irlinger F. (2008) Microbial interactions within a cheese microbial community. Applied and Environmental Microbiology, 74, ACL8 Tyutyunov Yu., Titova L. & Arditi R. (2008) Predator interference emerging from trophotaxis ACL9 in predator-prey systems: an individual-based approach. Ecological Complexity, 5, Tyutyunov Yu., Zhadanovskaya E., Bourguet D. & Arditi R. (2008) Landscape refuges delay resistance of the European corn borer to Bt-maize: a demo-genetic dynamic model. Theoretical Population Biology, 74, ACL10 Urban M.C., Leibold M.A., Amarasekare P., De Meester L., Gomulkiewicz R., Hochberg M.E., Klausmeier C.A., Loeuille N., de Mazancourt C., Norberg J., Pantel J.H., Strauss S.Y., Vellend M. & Wade M.J. (2008) The evolutionary ecology of metacommunities. Trends in Ecology and Evolution, 23, ACL11 Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. (2009) Modeling the impact of feeding stations on vulture scavenging service efficiency. Ecological Modelling, 220, ACL12 Lopes C., Spataro T., Lapchin L. & Arditi R. (2009) Optimal release strategies for the biological control of aphids in melon greenhouses. Biological Control, 48, ACL13 Moritz C., Loeuille N., Guarini J.M. & Guizien K. (2009) Quantifying the dynamics of marine invertebrate communities: what processes can maintain high diversity with low densities in the Mediterranean Sea? Ecological Modelling, 220, ACL14 Deygout C., Gault A., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. (2010) Impact of food predictability on social facilitation by foraging scavengers. Behavioral Ecology, 21, ACL15 Loeuille N. (2010) Consequences of adaptive foraging in diverse communities. Functional Ecology, 24, ACL16 Loeuille N. (2010) Influence of evolution on the stability of ecological communities. Ecology Letters, 13, Répertorié par Faculty of 1000 (score=8). ACL17 Lopes C., Spataro T. & Arditi R. (2010) Comparison of spatially implicit and explicit approaches to model plant infestation by insect pests. Ecological Complexity, 7, ACL18 Sapoukhina N., Tyutyunov Yu., Sache I. & Arditi R. (2010) Spatially mixed crops to control the stratified dispersal of airborne fungal diseases. Ecological Modelling, 221, ACL19 Brännström A., Loeuille N., Loreau M. & Dieckmann U. (2011) Emergence and maintenance of biodiversity in an evolutionary food web model. Theoretical Ecology, 4, ACL20 Médoc V. & Beisel J.N. (2011) When trophically-transmitted parasites combine predation enhancement with predation suppression to optimize their transmission. Oikos, 120: Répertorié par Faculty of ACL21 Brännström A., Johansson J., Loeuille N., Kristensen N., Troost T., Hille Ris Lambers R. & Dieckmann U. (2012) Modeling the ecology and evolution of communities: a review of past achievements, current efforts, and future promises, Evolutionary Ecology Research, sous presse. 84

87 ACL22 Kaneryd L., Berg S., Borrvall C., Curtsdotter A., Eklöf A., Hauzy C., Jonsson T., Münger P., Setzer M., Sätterberg T. & Ebenman B. (2012) Species-rich ecosystems are vulnerable to cascading extinctions in an increasingly variable world. Ecology and Evolution, 2, ACL23 Müller J., Hauzy C. & Hulot F.D. (2012) Ingredients for protist coexistence: competition, endosymbiosis and a pinch of biochemical interactions. Journal of Animal Ecology, 81, ACL24 Norberg J., Klausmeier C., Urban M., Vellend M. & Loeuille N. (2012) Eco-evolutionary responses of biodiversity to climate change. Nature Climate Change, doi: /nclimate1588. ACL25 Spataro T., Bacher S., Bersier L.F. & Arditi R. (2012). Ratio-dependent predation in a field experiment with wasps. Ecosphere, en révision mineure. C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV C-INV Loeuille N. & Loreau M. Emergence of food web structures out of adaptive processes. ESA meeting (symposium Flexible Foragers in Food Webs), San Jose CA, USA, 7 août Spataro T. Considérations théoriques de l écologie des communautés : quels apports pour la lutte biologique. 3 ème réunion du groupe THEIDOLB. Rennes, 13 novembre Arditi R. Théorie de la lutte biologique et application à la pyrale du maïs en culture transgénique. Ecole Normale Supérieure, Paris, 27 mars Arditi R. Stabilité, complexité, fromage. U. Pierre et Marie Curie, UMR Ecologie et Evolution, Paris, 19 décembre Loeuille N., de Mazancourt C. & Amarasekare P. Evolution of specialization in (meta)communities. ESA meeting (symposium Evolution in Metacommunities), Milwaukee, USA, Arditi R. Complexity, stability, and stinking French cheese. Stony Brook U., Dept. of Ecology and Evolution, 25 février Spataro T. & Bernstein C. Utilisation de l'information par les parasitoïdes pour une exploitation optimale d'une population d'hôtes répartie dans un milieu hétérogène. U. Pierre et Marie Curie, UMR Ecologie et Evolution, Paris, 10 avril Arditi R. Séminaire de réflexion INEE-INRA Ecologie spatiale et processus fonctionnels, Chizé, septembre Arditi R. Third Sino-French Seminar CAS-CNRS on Biodiversity and Natural Resource Management, Paris, 5-6 octobre Hauzy C., Nadin G., Canard E., Mouquet N. & Ebenman B. Heterogeneous distribution of ressources over landscape and populations stability. U. Paris-Sud, séminaire Midipile, Orsay, 22 mars Hauzy C., Albrectsen B. & Loeuille N. Evolution dans les réseaux plantes-herbivores: défenses et spécialisation. Ecole Polytechnique, séminaire de la Chaire MMB, Palaiseau, 19 juin Arditi R. Deux conférences: Ratio-dependent functional response: theoretical foundation and empirical evidence et The consequences of ratio-dependence for food-web dynamics. Symposium The Structure and Dynamics of Ecological Networks, U. Fribourg, Suisse, 8-9 September Bompard A., Fauvergue X., Amat I. & Spataro T. Demographic consequences of mate-finding Allee-effects for host-parasitoid systems. Entomological Society of Canada s joint annual meeting (Female Mating Failure symposium), Halifax, Canada, 7 novembre Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology. Stony Brook U., Dept. of Ecology and Evolution, 1 février Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology. U. of Miami, Institute for Theoretical and Mathematical Ecology, Miami FL, USA, 3 février Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology. U. of Florida, Dept. of Biology, Gainesville FL, USA, 7 février Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology. National Institute for Mathematical and Biological Synthesis, Knoxville TN, USA, 9 février Bompard A., Fauvergue X., Amat I. & Spataro T. Etude théorique de l impact démographique d un effet Allee chez les parasitoïdes hyménoptères. U. Paris-Sud, séminaire Midipile, Orsay, 3 avril Hauzy C., Albrectsen B. & Loeuille N. Evolution of defenses in plant-herbivore communities: qualitative defenses and quantitative defenses. Umeå U., EMG Seminars, Suède, 25 avril

88 C-INV C-INV Hauzy C., Berg S., Ebenman B., Sätterberg T., Yearsley J. & Jonsson T. Species contributions to ecosystem robustness may be inversely related to abundance. Ecole thématique Chaos et dynamiques des réseaux biologiques, Cargèse, 29 mai Loeuille N. Eco-evolutionary dynamics of ecological networks: implications for community structure and stability. Colloque Web of Life, Montpellier, 5 juin C-COM Bessa-Gomes C. & Cowlishaw G. Integrating behaviour into conservation biology: densitydependent changes in infanticidal behaviour in small populations. Colloque The Buffon Legacy. Dijon, 3-6 septembre C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Conséquences de l'approvisionnement social pour la conservation des nécrophages : approche théorique. 29ème réunion du Petit Pois Déridé. Poitiers, août C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Consequences of social foraging in scavenger conservation: a modelling approach. Colloque The Buffon Legacy. Dijon, 3-6 septembre C-COM Zhadanovskaya E.A., Tyutyunov Yu.V. & Arditi R. Assessment of the efficiency of the high dose-refuge strategy applied to demo-genetic models. 37th workshop Mathematical Modelling in Problems of Rational Use of Nature: Ecology, Economics, Computer Sciences. Abrau-Durso, Russia, septembre C-COM Bessa-Gomes C., Amin R., Theron L.J., Prinsloo H.C., Shaw K. & Pettifor R. The importance of the Western Cape sub-population of Blue Cranes to their global population in the face of climate change: implications for conservation. 12th Pan-African Ornithological Congress. Rawsonville, South Africa, 7-12 sept C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations on the foraging behaviour of vultures. 12th International Behavioral Ecology Congress (ISBE). Cornell U., Ithaca, USA, 9-15 août C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations on the foraging behaviour of vultures. 4th Meeting in Ecology and Behaviour. Toulouse, avril C-COM Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations on the foraging behaviour of endangered avian scavengers. 3rd European Conservation Biology Conference. Prague, Rép. Tchèque, 1-5 septembre C-COM Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling social foraging and resource predictability in the case of vultures. Conference on Mathematical Models in Ecology and Evolution. U. of Bristol, UK, septembre C-COM Tisseraud A., Amat I., Fauvergue X. & Spataro T. Conséquence du déterminisme du sexe sur la démographie des systèmes hôte-parasitoïde. 37èmes Journées des Entomophagistes. Antibes, 6 mai C-COM Loeuille N. Effects of contrasted dispersal of resources on the maintenance of diversity within metacommunities. ESA Meeting. Austin TX, USA, 7-12 août C-COM Bompard A., Amat I., Fauvergue X. & Spataro T. Impact des effets Allee comportementaux sur la démographie des parasitoïdes et leur efficacité en lutte biologique. Entomo Montpellier, 24 mai C-COM Médoc V. Les amphipodes d eau douce et leurs interactions. Journée scientifique de la Société zoologique de France. Paris, 29 mai C-AFF Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Conséquences de l'approvisionnement social pour la conservation des nécrophages : approche théorique. Journées de l'ecole Doctorale ABIES. Paris, mars Poster ayant reçu un prix. C-AFF Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Impact des sites d alimentation sur l approvisionnement social des vautours. 3ème Réveil du Dodo Journées Francophones des Sciences de la Conservation de la Biodiversité. Montpellier, mars C-AFF Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of resource predictability on social foragers. Summer Conference of the Association for the Study of Animal Behaviour. Oxford, UK, septembre C-AFF Georgelin E. & Loeuille N. Impact of insecticides on plant-pollinator-herbivore systems: fighting agricultural pests while maintaining pollination service. Colloque Web of Life Montpellier, 5 juin

89 C-AFF Hauzy C., Berg S., Ebenman B., Sätterberg T., Yearsley J. & Jonsson T. Species contributions to ecosystem robustness may be inversely related to abundance. Colloque Web of Life, Montpellier, 5 juin DO Arditi R. Rédacteur-en-chef de la revue internationale Acta Oecologica (Elsevier), depuis OS-livr1 Arditi R. & Ginzburg L.R. (2012) How Species Interact : Altering the Standard view on Trophic Ecology. Oxford University Press, 192 pp. OS-chap1 Loeuille N. (2009) Evolution of communities and ecosystems. In The Princeton Guide to Ecology (pp ), edited by S.A. Levin. Princeton University Press. OS-chap2 Loeuille N. & Loreau M. (2009) Emergence of complex food web structure in community evolution models, in Community Ecology (pp ), edited by H.A. Verhoef & P.J. Morin. Oxford University Press. AP Arditi R., Bourguet D., Ponsard S., Spataro T. & Tyutyunov Yu. (2007) Influence de la polyphagie, de la compétition et du parasitisme sur l'évolution de la résistance des ravageurs cibles du maïs transgénique Bt. Rapport au PIR Impact des biotechnologies dans les agroécosystèmes, CNRS. Publications inter-équipes (équipes d EcoEvo et de BIOEMCO) ACL26 Bessa-Gomes C., Legendre S. & Clobert J. (2010) Discrete two-sex models of population dynamics: on modelling the mating function. Acta Oecologica, 36, ACL27 Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. (2010) Spatial heterogeneity and functional response: an experiment in microcosms with varying obstacle densities. Oecologia, 163, ACL28 Boudsocq S., Barot S. & Loeuille N. (2011) Evolution of nutrient acquisition: when adaptation fills the gap between contrasting ecological theories. Proceedings of the Royal Society B, 278, ACL29 Fontaine C., Guimarães P.R., Kéfi S., Loeuille N., Memmott J., van der Putten W.H., van Veen F.J.F. & Thébault E. (2011) The ecological and evolutionary implications of merging different types of networks. Ecology Letters, 14, ACL30 Boudsocq S., Niboyet A., Lata J.C., Raynaud X., Loeuille N., Mathieu J., Blouin M., Abbadie L. & Barot S. (2012) Plant preference for ammonium versus nitrate: a neglected determinant of ecosystem functioning? The American Naturalist, 180, C-COM Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. Effet de la complexité de l'environnement sur la réponse fonctionnelle d'un acarien prédateur sur un collembole : une approche expérimentale. 36èmes journées des Entomophagistes. Amiens, 13 jan C-COM Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. Predation in heterogeneous environment: an experimental investigation of obstacle density effect on functional response. British Ecological Society meeting. Hertfordshire, UK, 9 septembre OS-livr2 Tirard C., Barbault R., Abbadie L. & Loeuille N. (2012) Mini-manuel d'écologie. Dunod, 150 pp. Publications de Vincent Médoc antérieures à son arrivée ACL ACL ACL ACL Médoc V. & Beisel J.N. (2008) A parasite boosts the escape performances of its intermediate host facing non-host predators. Parasitology, 135, 1-8. Médoc V. & Beisel J.N. (2009) Field evidence for non-host predator avoidance in a manipulated amphipod. Naturwissenschaften, 96, Médoc V., Rigaud T., Bollache L. & Beisel J.N. (2009) A manipulative parasite increasing an antipredatory response decreases its vulnerability to a nonhost predator. Animal Behaviour, 77, Beisel J.N. & Médoc V. (2010) Bird and amphipod parasites illustrate a gradient from adaptation to exaptation in complex life cycle. Ethology, Ecology and Evolution, 22,

90 ACL ACL ACL ACL ACL C-INV Cézilly F., Thomas F., Médoc V. & Perrot-Minnot M.J. (2010) Host manipulation by parasites with complex life cycles: adaptive or not? Trends in Parasitology, 26, Sornom P., Felten V., Médoc V., Sroda S., Rousselle P. & Beisel J.N. (2010) Effect of gender on physiological and behavioural responses of Gammarus roeseli (Crustacea Amphipoda) to salinity and temperature. Environmental Pollution, 158, Maazouzi C., Médoc V., Pihan J.C. & Masson G. (2011) Size-related dietary changes observed in young-of-the-year pumpkinseed (Lepomis gibbosus): stomach contents and fatty-acid analyses. Aquatic Ecology, 45, Médoc V., Piscart C., Maazouzi C., Simon L. & Beisel J.N. (2011) Parasite-induced changes in the diet of a freshwater amphipod: field and laboratory evidence. Parasitology, 138, Médoc V., Rigaud T., Motreuil S., Perrot-Minnot M.J. & Bollache L. (2011) Paratenic hosts as regular transmission route in the acanthocephalan Pomphorhynchus laevis: potential implications for food webs. Naturwissenschaften, 98, Médoc V. Parasites as mediators of biotic interactions within a lotic ecosystem subjected to biological invasions: the case of infection by the acanthocephalan Polymorphus minutus in the amphipod Gammarus roeseli. Journées Internationales de Limnologie, Luxembourg City, Luxembourg, 7 avril C-COM Médoc V. & Beisel J.N. Parasitism and biological invasion: How manipulator parasites could promote a gammarid species replacement? 15th International Conference on Aquatic Invasive Species. Nijmegen, Pays-Bas, 24 septembre C-COM Médoc V., Beisel J.N., Bollache L. & Rigaud T. Manipulations comportementales et devenir des espèces en interactions dans un écosystème receveur. 50ème Congrès de l Association Française de Limnologie. Toulouse, 13 novembre C-COM Médoc V. & Beisel J.N. The role of non-host predator avoidance in parasitic strategies. 4th European Conference on Behavioural Biology. Dijon, 20 juillet C-COM Médoc V., Moreteau J.C. & Beisel J.N. Parasitism and biotic interactions: The cost of infection goes beyond the individual level. 20th International Congress of Zoology. Paris, 27 août C-COM Médoc V. & Bollache L. Les gammares : état des lieux et Intérêts scientifiques. 4èmes Rencontres Bourgogne Faune Sauvage. Saint-Brisson, 26 avril C-COM Médoc V. & Beisel J.N. The swimming performance in native and exotic amphipods as a part of their anti-predator strategy. 16th International Conference on Aquatic Invasive Species. Montréal, Canada, 22 avril C-COM Médoc V., Rigaud T. & Bollache L. The role of minnows in the trophic transmission of the manipulative parasite Pomphorhynchus laevis? 6th Symposium for European Freshwater Sciences. Sinaia, Roumanie, 20 août C-COM Médoc V., Rigaud T. & Bollache L. How exotic hosts may affect the dynamic of local freshwater parasites? Journées Internationales de Limnologie. Thonon-les-Bains, 6 octobre PV Médoc V., Bollache L. & Beisel J.N. (2009) Etablissement d une liste d invertébrés susceptibles d envahir les hydosystèmes français : une mesure préventive dans le contexte des invasions biologiques. Bourgogne Nature, 9/10,

91 Rapport d activité LABORATOIRE Ecologie et Evolution (Eco-Evo) EQUIPE Ecophysiologie Evolutive (EPE) Responsable équipe et auteur de la fiche Sandrine MEYLAN Lieu d implantation UMR7625-UPMC 89

92 LISTE DE TOUT LE PERSONNEL DE L EQUIPE PAR ORDRE ALPHABETIQUE Responsable équipe : Sandrine MEYLAN, Professeur des Universités Chercheurs et enseignants chercheurs BIARD Clotilde, Maitre de conférences, UPMC Date d arrivée : septembre 2009 ELARD Loïc, Maitre de conférences, UPMC Date d arrivée : septembre 1999 FRANTZ Adrien, Maitre de conférences, UPMC Date d arrivée : septembre, 2007 GASPARINI Julien, Maitre de conférences, UPMC, HDR Date d arrivée : Février 2008 MEYLAN Sandrine, Professeur des Universités, Paris Sorbonne-IUFM de Paris Date d arrivée : septembre, 2003 TIRARD Claire, Maitre de conférences, UPMC Date d arrivée : septembre, 1997 ITA et IATOS HAUSSY Claudy, Assistante Ingénieur, CNRS Date d arrivée : décembre, 1997 LEGOUPI Julie, Assistante Ingénieur, CNRS Date d arrivée : mai, 2011 Post-doctorants et chercheurs invités/associés LENOUVEL Philippe, Post-doctorant, d Octobre 2008 à Septembre 2009 CORBEL Hélène, Post-doctorant de Novembre 2009 à Octobre 2010 Doctorants LIST Olivier Directeur de thèse : Toshiro Aigaiki (Tokyo Metropolitan University) Encadrant/Coencadrant : Loïc Elard Soutenance : 3 décembre JACQUIN Lisa Directeur de thèse : Julien GASPARINI Soutenance : 12 Octobre 2011 BLEU Josefa Directeur de thèse : Sandrine MEYLAN Encadrant/Co-encadrant : Manuel MASSOT Soutenance : 3 novembre 2011 ISMAIL Ahmad Directeur de thèse : Julien GASPARINI MARTIN Mélissa Directeur de thèse : Sandrine MEYLAN Encadrant/Co-encadrant : Jean-François Le Galliard VAUGOYEAU Marie Directeur de thèse : Clotilde BIARD Encadrant/Co-encadrant : Sandrine MEYLAN 90

93 TABLEAU BIBLIOMETRIQUE Revue Facteur d Impact 2010 sur 5 années Nombr e d artic les Champ disciplinaire Classem ent de la revue Ecology Letters «ecology» 3/130 Neuroscience and Biobehavioural Reviews «behavioral sciences» 3/47 Philosophical transaction of the royal society 1 «biology» 3/84 B Molecular Ecology «ecology» 9/130 Ecology «ecology» 11/130 Evolution «ecology» 12/130 Proceedings of the Royal Society B «ecology» 16/130 The American Naturalist «ecology» 19/130 Environmental Microbiology «microbiology» 13/112 Journal of Animal Ecology «ecology» 22/130 Functional Ecology «ecology» 23/130 1 «evolutionary 12/45 BMC Evolutionary Biology biology» PLos ONE «biology» 11/84 Hormones & Behavior «endocrinology» 9/47 Oecologia «ecology» 29/130 Journal of Evolutionary Biology «ecology» 30/130 Oikos «ecology 34/130 Biology Letters «ecology» 35/130 Environmental Pollution «environmental sciences» 13/112 Journal of Experimental Biology «biology 15/84 Animal Behaviour «behavioral sciences» 14/47 Behavioral Ecology «ecology» 41/130 General and comparative endocrinology «endocrinology» 49/121 Behavioral Ecology and Sociobiology «ecology» 49/130 1 «environmental 53/205 Climate Research sciences» 1 «evolutionary 29/45 Biological Journal of the Linnean Society biology» Journal of Avian Biology «ornithology 1/20 Naturwissenschaften «multidisciplinary» 9/55 Ecological Entomology «entomology 11/85 Bulletin of Entomological Research «entomology» 17/85 Evolutionary Ecology Research «ecology» 92/130 91

94 Canadian Journal of Zoology «zoology» 40/146 Journal of Experimental Zoology Part A «zoology» 44/146 Insectes sociaux «entomology» 26/85 Hereditas «genetic» 129/157 TOTAL 64 Sur les 64 articles publiés, 68,75% sont dans le premier quartile des disciplines concernées, 26,57% dans le second quartile, 3,12% dans le troisième et seul 1 article est dans le dernier quartile. (soit 1,56%). CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES SOUTENUES ET COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES Contrats de financements Programme ANR jeunes chercheurs du 1 octobre 2007 au 31 octobre 2011, (coordinateur : JF. Le Galliard). Mécanismes d extinction dans les petites populations Montant alloué à l unité : 194 K euros 2 - Programme ANR jeunes chercheurs du 1 octobre 2007 au 31 octobre 2011, (coordinateur : O. Lourdais). Impact du changement global sur les ectothermes terrestres 3- Programme Régionale (R2DS), IFR Ecologie du 01 Octobre 2008 au 31 septembre 2011, (coordinateur : J. Gasparini. Ecologie et évolution des interactions hôte-parasite en zone urbaine et épidémiologie des parasites du pigeon urbain, Columba livia. Montant alloué à l unité : 161 K euros 4- Programme Emergence UPMC du 1 er octobre 2011 au 30 septembre (coordinateur : C. Biard). Adaptation en milieu urbain : Mécanismes et conséquences sur les populations d oiseaux. Approches d écologie intégrative Montant alloué à l unité : 20 k et contrat doctoral 5- Programme ANR blanche (coordinateur : T.Monnin). Fission. Montant alloué à l unité: 200 K euros. Thèses soutenues Thésard : JACQUIN Lisa, Thèse de UPMC, Coloration mélanique et stratégie d histoire de vie chez le pigeon biset urbain. Directeur de thèse : Julien GASPARINI. Date complète de soutenance : 12/10/ Thésard : BLEU Josefa, Thèse de UPMC, Etudes des contraintes et adaptations de l ovoviviparité. Directeurs de thèse : Sandrine MEYLAN et Manuel MASSOT. Date complète de soutenance : 03/11/ Thésard : BOCHER Aurélie, Thèse de UPMC, Défenses immunitaires et division du travail chez les fourmis. Directeurs de thèse : Claire TIRARD et Claudie DOUMS. Date complète de soutenance : 23/10/ Thésard : LIST Olivier, thèse de l UPMC «Etude génétique des relations entre l activité d un régulateur transcriptionnel et la longévité chez la drosophile Directeur de thèse : Toshiro Aigaiki (Tokyo Metropolitan University) Encadrant/Co-encadrant : Loïc Elard. Date compléte de Soutenance : 03/12/2008 Collaborations scientifiques En France 1-Laboratoire Station d'ecologie Experimentale, CNRS, Moulis, J. CLOBERT et J. COTE 2-Laboratoire Ecologie & Evolution, UMR 7625, Paris. JF Le GALLIARD, M. MASSOT, C. DOUMS et T. MONNIN 3-Laboratoire Centre d Etudes biologiques de Chizé, UPR 1934, O. LOURDAIS, F. ANGELIER 4-Laboratoire Ecologie des Hydrosystèmes Fluviaux, UMR CNRS 5023, Lyon. Y. VOITURON 5-Laboratoire Biogéosciences UMR 5561, Université de Bourgogne, Dijon, F. CEZILLY, J. MOREAU, Y. MORET 6-Laboratoire Conservation des espèces, Restauration et Suivi des Populations UMR7204, MNHN, Paris, F. JIGUET, C. TEPLITSKY, A-C. PREVOT-JULLIARD 7-Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution UMR 8079, Université Paris XI, Orsay, A.P. Møller 92

95 8-Laboratoire Biogéochimie et Ecologie des milieux continentaux, UMR 7618 CNRS/UPMC, M. CASTREC-ROUELLE, E. AUBRY 9-Laboratoire Zoonose bactérienne, Agence Nationale de Sécurité Environnementale et Sanitaire (Anses), Maison-Alfort, K. LAROUCAU 10-Laboratoire de Biologie, 2 EA 3199, CNAM, A. SUAU A l étranger 1-Laboratoire Ecologie, Université de Madrid, Espagne. J. BELLIURE 2-Département des Sciences biologiques, université d Ohio, Etats Unis. D. MILES 3-Département de zoologie,oxford, Angleterre. T. ULLER 4-Laboratoire Konrad Lorenz Institute for Ethology, Université Vétérinaire de Vienne, Vienne, Autriche, H.HOI, M. GRIGGIO 5- Institute of Biochemistry Department of Natural Sciences, Université Vétérinaire de Vienne, Autriche, S. RETTENBACHER 6-Laboratoire Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Milano, Milan, Italie, N. SAINO 7-Laboratoire Behavioural Ecology Group, Department of Zoology, School of biological sciences, Université de Cambridge, Royaume-Uni, C. SPOTTISWOODE 8-Université de Yüzüncü Yil, Turquie, F. KARADAS 9-Laboratoire Scottish Agricultural College, Ayr, Ecosse, P.F. SURAI 10-Laboratoire Ecologia Evolutiva, CSIC, Museo Nacional de Ciencias Naturales, Madrid, Espagne, D. GIL, P. ARAGON 11-Laboratoire Estación Biológica de Doñana, CSIC, Séville, Espagne, L. Z. GARAMSZEGI 12-Department of Ecology and Evolution, Université de Lausanne, SUISSE, A. ROULIN et P. BIZE 13-Institute of Zoology, Johannes Gutenberg University of Mainz, Mayence Allemagne, I. SCHARF 14-Cellular Genetics Laboratory, Tokyo Metropolitan University, Tokyo, Japon, T. AIGAKI 93

96 RESULTATS & EVOLUTIONS SCIENTIFIQUES 1 - Rappel des objectifs Les études en écologie évolutive visent à comprendre comment des traits biologiques sont contrôlés par les sélections naturelle et sexuelle. Ces études examinent comment les pressions de sélection environnementales influencent d une part la production des jeunes et leur survie et d autre part la dynamique des populations et des écosystèmes. Ces études ignorent souvent les mécanismes physiologiques impliqués dans les processus développementaux responsables de la plasticité phénotypique. De tels mécanismes contraignent pourtant la norme de réaction. Bien que fréquemment évoquées, les approches évolutives en écologie et mécanistiques de la physiologie sont rarement examinées conjointement. C est sur ce constat que notre équipe a été créée. Les 4 principales thématiques de l équipe sont : le polymorphisme de couleur, les effets maternels, les interactions hôte-parasite et les effets de la pollution au sein de populations naturelles. Le caractère original et fédératif de l équipe se manifeste par une diversité d approches (expérimentale, corrélative, comparative), de disciplines (immunologie, endocrinologie, toxicologie) et de modèles biologiques (insectes, oiseaux, lézards). 2 - Principaux résultats scientifiques 1- Pollution environnementale et adaptations en milieu urbain (A. FRANTZ, J. GASPARINI, C. HAUSSY, J. LEGOUPI) L urbanisation rapide de ces dernières années a profondément modifié les milieux à l'échelle du globe et généré un environnement original. La ville inclut des pressions sélectives particulières, de nature biologique (parasites, prédateurs), abiotique (pollutions chimiques, sonores, lumineuses...) et sociopolitique (régulations des populations, nourrissage). Dans ce contexte, nous avons montré que les pigeons bisets urbains présentent une forte variabilité spatiale dans la quantité de métaux lourds accumulés dans le plumage (ACL26, Fig 1). D'autre part, les études ont mis en évidence que 20 % des individus franciliens étaient porteurs d une zoonose transmissible à l homme, l ornithose (Chlamyciaceae) et de nouvelles souches de Chlamyciaceae dans les populations franciliennes de Pigeons (ACL31). Fig 1. Cartographie des sites de capture et concentration moyenne de métaux lourds (ici, l'exemple du Cadmium) dans le plumage de Pigeons bisets franciliens (Frantz et al ACL26). 2- Maintien du polymorphisme de la coloration mélanique (L. ELARD, A. FRANTZ, J. GASPARINI, C. HAUSSY, L. JACQUIN, J. LEGOUPI, S. MEYLAN) 94

97 Plusieurs hypothèses ont été émises pour expliquer la coexistence de phénotypes alternatifs génétiquement déterminés au sein de populations en conditions naturelles. Parmi elles, l hypothèse de variation de niche propose que les variations spatio-temporelles de l environnement favorisent le maintien de la variabilité, différents génotypes étant adaptés à des environnements alternatifs. Nous nous focalisons sur la coexistence de différents morphes de couleur mélanique. Nos résultats obtenus chez la chouette hulotte et le pigeon biset montrent que les morphes de couleur diffèrent dans leurs réponses immunitaires (ACL32, ACL33,ACL38) et leurs résistances à la restriction alimentaire (ACL52). De plus, nous avons montré expérimentalement que la restriction alimentaire affecte les paramètres de fitness différemment selon le morphe (Fig. 2). Ces résultats suggèrent que la variabilité spatiotemporelle des ressources alimentaires et du parasitisme jouent un rôle important dans le maintien du polymorphisme de couleur mélanique. Fig.2 Relation entre les paramètres de fitness et la couleur mélanique dans 2 environnements différents. 3- Effets maternels (C. BIARD,J. BLEU, J. GASPARINI, C. HAUSSY, L. JACQUIN et S. MEYLAN) Les effets maternels augmentent la plasticité phénotypique des traits de la descendance et peuvent ainsi faciliter l adaptation à la variabilité environnementale (ACL49). Nous nous intéressons aux influences des conditions environnementales (parasitisme et stress) sur différents paramètres impliqués dans les effets maternels. D une part, nous étudions les mécanismes physiologiques par lesquels les mères modulent le phénotype des descendants. D autre part, nous étudions l investissement reproducteur par lequel les femelles modulent le nombre de leurs descendants, ainsi que d autres traits d histoire de vie liés à cet investissement. Rôles des effets maternels dans les interactions hôte-parasite Chez les chouettes hulottes, nous avons mis en évidence un transfert d anticorps maternels via le jaune d œuf et un effet potentiellement protecteur de ce transfert sur les jeunes (ACL29). Chez le pigeon biset, nos résultats expérimentaux ont montré un transfert d anticorps avant et après la naissance, respectivement via le jaune d œuf et le lait de jabot, et un effet différentiel de ces transferts sur l immunité du poussin (ACL39). Les anticorps transmis via le jaune d œuf confèrent une protection dans les premiers jours de la vie, tandis que l effet éducateur du transfert d anticorps via le lait de jabot se manifeste par une réponse immunitaire accrue à des stades plus tardifs. Nos résultats soulignent le rôle crucial des effets maternels dans l écologie et l évolution des interactions hôte-parasite. Réponse au stress et effets maternels Chez la plupart des vertébrés, la réponse physiologique aux changements environnementaux consiste en la production de corticostérone. Nous nous sommes intéressés aux conséquences de cette hormone 95

98 sur le phénotype de la femelle et des jeunes. Nos travaux expérimentaux menés chez le lézard vivipare (Zootoca vivipara) montrent qu une augmentation du niveau de corticostérone chez des femelles gestantes a d importants impacts sur leurs performances physiologiques et reproductrices (ACL48). Ces effets peuvent être négatifs (diminution du succès des pontes, de la taille et de la condition corporelle des juvéniles à la naissance) ou positifs (stimulation des enzymes anti-oxydantes chez la femelle). Finalement, cette étude a également montré que l effet de la corticostérone sur d autres paramètres reproducteurs (date de ponte) pouvait aussi dépendre du statut immunitaire des mères. En effet, l élévation du niveau de corticostérone retarde la mise-bas chez des femelles en bonne santé mais pas chez des femelles soumises à une stimulation immunitaire. Cette modulation en fonction des contraintes énergétiques internes rencontrées par les individus permet de produire des phénotypes adaptatifs. Caroténoïdes et évolution des signaux colorés Les couleurs vives jaune à rouge du plumage, du bec ou de la peau arborées par les oiseaux sont des signaux utilisés dans les processus de choix du partenaire ou dans les interactions compétitives intrasexuelles. La couleur de ces signaux provient des caroténoïdes, pigments supposés faire l objet d un compromis d allocation entre différentes fonctions physiologiques assurant l homéostasie et le développement de signaux colorés. Chez les oiseaux, l expression de ces signaux est influencée par les effets maternels au sein d une même espèce (ACL5), la présence de caroténoïdes dès le stade embryonnaire conditionnant leur métabolisme tout au long de la vie. Or, les effets maternels pourraient promouvoir ou contraindre l évolution des traits sexuels secondaires. Nous avons proposé que l investissement maternel en caroténoïdes dans les œufs favoriserait l évolution des ornements colorés par ces pigments, conduisant à une relation positive entre la composition des œufs et l expression des signaux colorés. Cette hypothèse a été testée par une analyse comparative portant sur la composition en antioxydants dans les œufs de 112 espèces d oiseaux, réparties sur 39 familles et 13 ordres. Cette analyse a montré une relation positive entre la concentration en caroténoïdes dans les œufs et l intensité des signaux colorés chez les mâles (ACL3, Fig. 3). L absence de relation entre la coloration et d autres antioxydants plus puissants (vitamines A et E) invalide leur implication éventuelle et suggère que l investissement en caroténoïdes dans les œufs a évolué comme un mécanisme spécifique favorisant l évolution des signaux colorés par ces pigments en réponse à la sélection sexuelle (ACL3). Fig. 3. Relation entre l intensité des signaux colorés par les caroténoïdes chez le mâle et la concentration en caroténoïdes dans les œufs. Corrélation phylogénétique partielle: r phyl = 0.36, p < (λ = 1, modèle incluant la taille de ponte et le poids de la femelle) (Biard et al., 2009,ACL3). Deux autres effets maternels cruciaux dans le développement des jeunes oiseaux, les hormones et les composés immunitaires présents dans les œufs pourraient également influencer l évolution des caractères sexuels secondaires. Nous avons trouvé une relation positive entre l investissement maternel en lysozymes dans les œufs et la brillance du plumage des mâles ainsi que le dichromatisme sexuel du plumage (ACL58). Si aucune relation similaire n a été trouvée pour deux androgènes majoritaires dans les œufs (la testostérone et l androstènedione ; (ACL34), nous avons trouvé un effet inhibiteur de la testostérone d origine maternelle sur le chant (ACL27) et la taille du cerveau 96

99 (ACL28). Ceci suggère d une part des effets différents de la sélection sexuelle sur chacun des effets maternels, et d autre part des mécanismes d action et des contraintes différents de ces effets maternels sur le développement des signaux sexuels. Taille de portée et effets maternels Nous étudions les coûts de la reproduction et plus particulièrement ceux consécutifs à la gestation de manière expérimentale, en manipulant la taille de portée (retrait chirurgical de la moitié des embryons), et en comparant des femelles ovipares à des femelles vivipares de la même espèce (le lézard vivipare). Ces études ont mis en évidence qu une diminution de la taille de portée avait un effet positif sur le développement de la réponse immunitaire, sur le comportement de thermorégulation ainsi que sur l'endurance; mais aucun d'effet sur la survie des femelles après la mise bas n a été mis en évidence (ACL8). De plus, l'étude comparative (ovipare versus vivipare) a montré que les coûts de la reproduction sont plus importants pour les femelles ovipares que pour les vivipares avant la gestation (ACL10). Par ailleurs, la gestation est une période non seulement associée à des coûts mais aussi à des effets maternels. Nous avons ainsi montré que la réduction expérimentale de la taille de portée pendant la gestation a un effet positif sur la croissance des jeunes après la naissance. 4- Interactions hôte-parasite (L. ELARD, C. TIRARD, J. GASPARINI, A. FRANTZ) Nous étudions les stratégies anti-parasitaires dans les sociétés animales. La vie en société favorise la propagation des parasites et l infection rapide d un grand nombre d individus, en raison de leur proximité génétique et/ou physique. De fait, les pressions sélectives exercées par les parasites ont entrainé l évolution de toute une gamme de mécanismes de défense chez les insectes sociaux, allant de réponses immunitaires individuelles à une sorte d immunité sociale (comportements hygiéniques, organisation de la société...). Par exemple, nous avons montré, en collaboration avec l équipe «Evolution des sociétés animales», que les niveaux de défenses immunitaires pouvaient être ajustés lors de conflits sociaux à l intérieur de colonies de fourmis (ACL11), ou en fonction du travail réalisé par l individu (ACL12). Chez la fourmi Cataglyphis cursor, les ouvrières se préparant à sortir du nid pour effectuer des activités de fourragement subissent un ajustement prophylactique de leur niveau de phénoloxydase, enzyme essentielle du système immunitaire des insectes. 3 Rayonnement et attractivité Activités d expertise au niveau international et national : - Pour l ANR Jeunes chercheurs, France - Pour FNRS (Fund for the Scientific Research), Bruxelles, Belgique - Pour les revues à comité de lectures suivantes: Animal Behaviour, Ardea, Behavioral Ecology, Behavioral Ecology and Sociobiology, Behavioural Processes, Biological Journal of the Linnean Society, Biology Letters, BMC Evolutionary Biology, Ecology letters, Experimental Parasitology, Functional Ecology, Herpetologica, Ibis, Journal of Avian Biology, Journal of Comparative Physiology part B, Journal of Evolutionary Biology, Journal of Field Ornithology, Journal of Ornithology, Naturwissenschaften, Oecologia, Plos One, Proceedings of the Royal Society B, The American Naturalist, The Condor, The Journal of Experimental Biology, Revue d'ecologie (Terre et Vie) Participation à des comités et conseils scientifiques : - Membre du conseil scientifique du Palais de la découverte, Paris - Membres des comités de sélection (puis comité d experts), section CNU68, de l Université Paris 6, Université d Angers, Université Paris Sorbonne - Membre du groupe de pilotage de EDD «Education au Développement Durable» pour l Académie de Paris 97

100 4 Interactions avec l environnement social, économique et culturel Notre équipe s investit pleinement dans les différents stands de la fête de la science qui a lieu chaque année (1 stand sur la couleur des pigeons et 1 stand sur les fourmis). Par ailleurs, nous avons utilisé une approche de science participative pour déterminer la fréquence des morphes de pigeons dans Paris (Couleur de pigeon). Cette approche a été relayée dans «Le Parisien». En 2008 et 2011, nous avons participé à une restitution scientifique autour du pigeon en ville et ses méthodes de régulation avec la collaboration de «Natureparif» en présence de plusieurs élus (dont Fabienne Giboudeau, adjointe au maire de Paris), d associations de protection des animaux et de Parisiens. Ces rencontres ont permis de resituer les discussions à travers un petit guide du pigeon en ville «Ecologie de la réconciliation et gestion de la nature en ville» à destination du public (à télécharger sur le site de Natureparif). Notre travail sur les pigeons a également fait l objet d un film «Une place pour les pigeons» réalisé par Amandine Bouche, et sélectionné au Festival International du Film d'environnement en février De même, nous participons via un chercheur de notre équipe au conseil scientifique du Palais de la Découverte (Universciences-Paris). Ainsi nous participons à la réflexion menée au sein de ce musée sur le choix des thèmes à aborder lors des expositions temporaires et permanentes. Notre équipe est donc bien impliquée dans les interactions avec l environnement social, économique et culturel. 5 Implication dans la formation L équipe Ecophysiologie Evolutive formée de 6 enseignants chercheurs, participe activement à la formation des étudiants en Biologie générale et en Ecologie à tous les niveaux universitaires à l U.P.M.C. en licence et en master mais aussi dans le cadre de la formation des maîtres à l I.U.F.M. de l académie de Paris. Afin de participer au développement de l enseignement en Ecologie à l UPMC, nous enseignons ces notions aussi bien pour les étudiants se destinant aux métiers de l écologie et de l environnement en filière recherche ou professionnelle (Master Ecologie, Biodiversité, Evolution) qu aux étudiants se destinant à l enseignement (master Enseignement préparant au CAPES de SVT). L ensemble des membres de notre équipe participent à la rédaction des maquettes d enseignement depuis plusieurs années et assure diverses responsabilités pédagogiques et administratives en licence et master. Par exemple, en master EBE en M1 et M2 à l U.P.M.C. mais aussi dans d autres masters (master«enseignement Education Médiation» - Paris Sorbonne-IUFM, master «Biogéosciences, spécialité Enseignement» Paris Diderot, master «Sciences et technologie, mention Biologie moléculaire et cellulaire, spécialité Education et Formation» de l U.P.M.C.) Nous accueillons et formons chaque année de nombreux stagiaires au sein de notre équipe dont plusieurs étudiants en L2, L3, M1 (41 étudiants) et M2 (6 étudiants) de l UPMC issus pour la plupart des masters E.B.E. et B.M.C. mais aussi d autres universités (Université Paris-Sud, Université de Bourgogne, Université Paris Est Créteil ) ou écoles (Ecole Normale Supérieure ). Les membres de l équipe encadrent et/ou ont encadré 7 étudiants en thèse, dont 4 étudiants qui ont soutenu, leur permettant pour deux d entre elles d obtenir un poste d ATER à Versailles et Chambéry. L une d entre elles vient d obtenir une bourse post-doctorale de 2 ans à l Unversité de McGill (Montréal, Canada). Parmi les deux autres, l une est Professeur des Lycées et l autre après un post-doctorat postule pour divers postes d ingénieurs de recherche. A l heure actuelle, 3 thèses sont en cours au sein de l équipe. Deux collègues ont participé à la rédaction d ouvrages d enseignement. Sandrine Meylan au travers d un ouvrage de préparation aux concours de recrutement des professeurs des écoles (édition Nathan) et Claire Tirard dans un ouvrage d écologie générale pour les étudiants de licence de Sciences de la vie et d I.U.T. de biologie (édition Dunod). 98

101 6 Vie de l équipe Le recrutement de jeunes chercheurs au sein de l UMR 7625 depuis 5 ans nous a conduits à réorienter et réorganiser certaines équipes. Nous avons regroupé des membres issus des équipes «Parasitologie évolutive» et «Changements globaux et processus adaptatifs» travaillant sur des thématiques semblables au sein d une nouvelle équipe «Écophysiologie évolutive» officiellement créée le 1er janvier L équipe est actuellement formée de 6 enseignants-chercheurs, de 2 assistants ingénieurs, et de 4 doctorants. Le CNRS a soutenu la création de l équipe par l attribution en 2011 d un poste NOEMI d Ingénieur en Techniques Biologiques, afin de renforcer le laboratoire d immunologie et de dosages spécifiques (métaux lourds ) et de développer un pôle d analyses biochimiques par chromatographie en phase liquide (HPLC). Afin de proposer un environnement dynamique et collaboratif à l ensemble des membres de l équipe, nous nous retrouvons pour des réunions hebdomadaires le lundi matin en alternant les ordres du jour scientifique et/ou fonctionnel. Les questions scientifiques sont abordées autour de présentations des travaux des différents étudiants et doctorants. Nous échangeons sur nos protocoles expérimentaux, sur nos analyses statistiques et sur l état de la science dans nos domaines de recherche. Les aspects fonctionnels et administratifs sont également abordés et les décisions sont prises de façon collective, qu il s agisse par exemple de l utilisation des moyens mutualisés (laboratoire d immunologie, équipements de terrain ) ou de l utilisation des crédits. Ces réunions permettent de mieux impliquer nos deux assistantes ingénieurs qui ont exprimé leur volonté de participer à toutes les étapes des projets scientifiques. Enfin, l équipe conduit une politique des ressources humaines active en matière de formation pour l ensemble de ses membres (formation à l utilisation d une HPLC, formation expérimentation animale niveau 1, niveau chirurgie, formation à l analyse et au traitement d images, formation en hygiène et sécurité), et nous avons décidé de favoriser les co-directions de doctorants. Au sein de l équipe, la démarche Qualité-Environnement-Hygiène-Sécurité est assurée par J. Legoupi qui a souhaité devenir ACMO et valide les conditions de mise en œuvre des projets et les protocoles. La communication scientifique externe de l équipe est assurée via notre page web régulièrement mise à jour avec nos dernières publications et projets, les offres de stages, de thèse et de postes. La pertinence de la création de notre équipe s est rapidement concrétisée par un premier projet rassemblant quatre de ses membres (Émergence UPMC 2011) autour de thématiques émergentes communes. Ces travaux sont réalisés en collaboration avec une équipe de l'umr Bioemco (M. Castrec- Rouelle et E. Aubry), ainsi qu avec le laboratoire de Spectrométrie de masse et Protéomique de l UPMC (IFR83, T. Blasco), dont les compétences et les équipements permettent de mesurer les métaux lourds et antioxydants avec précision. 99

102 LISTES DES PUBLICATIONS DANS l EQUIPE ARTICLES A COMITE DE LECTURE : ACL : ACL1- Babin A., Biard C.and Moret Y. (2010) Dietary supplementation with carotenoids improves immunity without increasing its cost in a crustacean. The American Naturalist 176, ACL2- Biard C., Gil D., Karadas F., Saino N., Spottiswoode C., Surai P.F.and Møller A.P. (2009) Maternal effects mediated by antioxidants and the evolution of carotenoid-based signals in birds. The American Naturalist 174, ACL3- Biard C., Hardy C., Motreuil S.and Moreau J. (2009) Dynamics of PHA-induced immune response and plasma carotenoids in birds: Should we have a closer look? The Journal of Experimental Biology 212, ACL4- Biard C., Saunier N., Gaillard M.and Moreau J. (2010) Carotenoid-based bill colour is an integrative signal of multiple parasite infection in blackbirds. Naturwissenschaften 97, ACL5- Biard C., Surai P.F.and Møller A.P. (2007) An analysis of pre- and post-hatching maternal effects mediated by antioxidants in the blue tit. Journal of Evolutionary Biology 20, ACL6- Bize P., Piault R., Gasparini J.and Roulin A. (2010) Indirect Costs of Parasitism are Shaped by Variation in the Type of Immune Challenge and Food Availability. Evolutionary Biology 37, ACL7- Bize P., Stocker A., Jenni-Eiermann S., Gasparini J.and Roulin A. (2010) Sudden weather deterioration but not brood size affects baseline corticosterone levels in nestling Alpine swifts. Hormones and Behavior 58, ACL8- Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S.and Massot M. (2012a) Experimental evidence of early costs of reproduction in conspecific viviparous and oviparous lizards. Journal of Evolutionary Biology 25, ACL9- Bleu J., Le Galliard J.F., Meylan S., Massot M.and Fitze P.S. (2011) Mating Does Not Influence Reproductive Investment, in a Viviparous Lizard. Journal of Experimental Zoology Part a- Ecological Genetics and Physiology 315A, ACL10- Bleu J., Massot M., Haussy C.and Meylan S. (2012b) Experimental litter size reduction reveals costs of gestation and delayed effects on offspring in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 279, ACL11- Bocher A., Doums C., Millot L.and Tirard C. (2008) Reproductive conflicts affect labor and immune defense in the queenless ant diacamma sp "Nilgiri". Evolution 62, ACL12- Bocher A., Tirard C.and Doums C. (2007) Phenotypic plasticity of immune defence linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Journal of Evolutionary Biology 20, ACL13- Boulinier T., Mccoy K.D., Yoccoz N.G., Gasparini J.and Tveraa T. (2008) Public information affects breeding dispersal in a colonial bird: kittiwakes cue on neighbours. Biology Letters 4, ACL14- Brommer J.E., Alho J.S., Biard C., Chapman J.R., Charmantier A., Dreiss A., Hartley I.R., Hjernquist M., Kempenaers B., Komdeur J., Laaksonen T., Lehtonen P.K., Lubjuhn T., Patrick S.C., Rosivall B., Van Oers K., Van Der Velde M., Tinbergen J.M., Wilk T.and Winkel W. (2010) Passerine extrapair mating dynamics: A Bayesian modeling approach comparing four species. The American Naturalist 176, ACL15- Cheron B., Cronin A.L., Doums C., Federici P., Haussy C., Tirard C.and Monnin T. (2011) Unequal resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology 92, ACL16- Clobert J., Le Galliard J.F., Cote J., Meylan S.and Massot M. (2009) Informed dispersal, heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations. Ecology Letters 12,

103 ACL17- Cornet S., Biard C.and Moret Y. (2007) Is there a role for antioxidant carotenoids in limiting self-harming immune response in invertebrates? Biology Letters 3, ACL18- Cornet S., Biard C.and Moret Y. (2008) Variation in immune defence among populations of Gammarus pulex (Crustacea: Amphipoda). Oecologia 159, ACL19- Cote J., Clobert J., Poloni L.M., Haussy C.and Meylan S. (2010) Food deprivation modifies corticosterone-dependent behavioural shifts in the common lizard. General and Comparative Endocrinology 166, ACL20- Cote J., Meylan S., Clobert J.and Voituron Y. (2010) Carotenoid-based coloration, oxidative stress and corticosterone in common lizards. Journal of Experimental Biology 213, ACL21- Cronin A.L., Monnin T., Haussy C.and Doums C. (2011) Opportunities for mate choice in the fission-performing ant Cataglyphis cursor. Ecological Entomology 36, ACL22- Fitze P.S., Cote J., San-Jose L.M., Meylan S., Isaksson C., Andersson S., Rossi J.-M.and Clobert J. (2009) Carotenoid-based colours reflect the stress response in the common lizard. PLoS One 4, e5111. ACL23- Fitze P.S., Tschirren B., Gasparini J.and Richner H. (2007) Carotenoid-based plumage colors and immune function: Is there a trade-off for rare carotenoids? American Naturalist 169, S137-S144. ACL24- Frantz A., Calcagno V., Mieuzet L., Plantegenest M.and Simon J.C. (2009) Complex trait differentiation between host-populations of the pea aphid Acyrthosiphon pisum (Harris): implications for the evolution of ecological specialisation. Biological Journal of the Linnean Society 97, ACL25- Frantz A., Plantegenest M.and Simon J.C. (2010) Host races of the pea aphid Acyrthosiphon pisum differ in male wing phenotypes. Bulletin of Entomological Research 100, ACL26- Frantz A., Pottier M.-A., Karimi B., Corbel H., Aubry E., Haussy C., Gasparini J.and Castrec- Rouelle M. (2012) Contrasting levels of heavy metals in the feathers of urban pigeons from close habitats suggest limited movements at a restricted scale. Environmental Pollution 168, ACL27- Garamszegi L.Z., Biard C., Eens M., Møller A.P.and Saino N. (2007a) Interspecific variation in egg testosterone levels: implications for the evolution of bird song. Journal of Evolutionary Biology 20, ACL28- Garamszegi L.Z., Biard C., Eens M., Møller A.P., Saino N.and Surai P.F. (2007b) Maternal effects and the evolution of brain size in birds: overlooked developmental constraints. Neuroscience and Biobehavioral Reviews 31, ACL29- Gasparini J., Bize P., Piault R., Wakamatsu K., Blount J.D., Ducrest A.L.and Roulin A. (2009) Strength and cost of an induced immune response are associated with a heritable melaninbased colour trait in female tawny owls. Journal of Animal Ecology 78, ACL30- Gasparini J., Boulinier T., Gill V.A., Gil D., Hatch S.A.and Roulin A. (2007) Food availability affects the maternal transfer of androgens and antibodies into eggs of a colonial seabird. Journal of Evolutionary Biology 20, ACL31- Gasparini J., Erin N., Bertin C., Jacquin L., Vorimore F., Frantz A., Lenouvel P.and Laroucau K. (2011) Impact of urban environment and host phenotype on the epidemiology of Chlamydiaceae in feral pigeons (Columba livia). Environmental Microbiology 13, ACL32- Gasparini J., Piault R., Bize P.and Roulin A. (2009a) Pre-hatching maternal effects inhibit nestling humoral immune response in the tawny owl Strix aluco. Journal of Avian Biology 40, ACL33- Gasparini J., Piault R., Bize P.and Roulin A. (2009b) Synergistic and antagonistic interaction between different branches of the immune system is related to melanin-based coloration in nestling tawny owls. Journal of Evolutionary Biology 22, ACL34- Gil D., Biard C., Lacroix A., Spottiswoode C., Puerta M.and Møller A.P. (2007) Evolution of yolk androgens in birds: development, coloniality and sexual dichromatism. The American Naturalist 169,

104 ACL35- Griggio M., Biard C., Penn D.J.and Hoi H. (2011) Female house sparrows "count on" male genes: experimental evidence for MHC-dependent mate preference in birds. BMC Evolutionary Biology 11, 44. ACL36- Jacquin L., Blottière L., Haussy C., Perret S.and Gasparini J. (2012) Prenatal and postnatal parental effects on immunity and growth in lactating pigeons. Functional Ecology. ACL37- Jacquin L., Cazelles B., Prevot-Julliard A.C., Leboucher G.and Gasparini J. (2010) Reproduction management affects breeding ecology and reproduction costs in feral urban Pigeons (Columba livia). Canadian Journal of Zoology-Revue Canadienne De Zoologie 88, ACL38- Jacquin L., Lenouvel P., Haussy C., Ducatez S.and Gasparini J. (2011) Melanin-based coloration is related to parasite intensity and cellular immune response in an urban free living bird: the feral pigeon Columba livia. Journal of Avian Biology 42, ACL39- Jacquin L., Récapet C., Bouche P., Leboucher G. and Gasparini J. (2012) Melanin-based coloration reflects alternative strategies to cope with food limitation in pigeons. Behavioral Ecology 23, ACL40- Johnsen A., Fidler A.E., Kuhn S., Carter K.L., Hoffman A., Barr I.R., Biard C., Charmantier A., Eens M., Korsten P., Siitari H., Tomiuk J.and Kempenaers B. (2007) Avian Clock gene polymorphism: evidence for a latitudinal cline in allele frequencies. Molecular Ecology 16, ACL41- List O., Togawa T., Tsuda M., Matsuo T., Elard L.and Aigaki T. (2009) Overexpression of grappa encoding a histone methyltransferase enhances stress resistance in Drosophila. Hereditas 146, ACL42- Loiseau C., Fellous S., Haussy C., Chastel O.and Sorci G. (2008) Condition-dependent effects of corticosterone on a carotenoid-based begging signal in house sparrows. Hormones and Behavior 53, ACL43- Macke E., Magalhaes S., Khan H.D.T., Luciano A., Frantz A., Facon B.and Olivieri I. (2011) Sex allocation in haplodiploids is mediated by egg size: evidence in the spider mite Tetranychus urticae Koch. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 278, ACL44- Macke E., Magalhaes S., Khanh H.D.T., Frantz A., Facon B.and Olivieri I. (2012) Mating Modifies Female Life History in a Haplodiploid Spider Mite. American Naturalist 179, E147- E162. ACL45- Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J.and Meylan S. (2011) An integrative study of ageing in a wild population of common lizards. Functional Ecology 25, ACL46- Meylan S., Clobert J.and Sinervo B. (2007) Adaptive significance of maternal induction of density-dependent phenotypes. Oikos 116, ACL47- Meylan S., De Fraipont M., Aragon P., Vercken E.and Clobert J. (2009) Are Dispersal- Dependent Behavioral Traits Produced by Phenotypic Plasticity? Journal of Experimental Zoology Part a-ecological Genetics and Physiology 311A, ACL48- Meylan S., Haussy C.and Voituron Y. (2010) Physiological actions of corticosterone and its modulation by an immune challenge in reptiles. General and Comparative Endocrinology 169, ACL49- Meylan S., Miles D.B.and Clobert J. (2012) Hormonally mediated maternal effects, individual strategy and global change. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 367, ACL50- Møller A.P., Biard C., Karadas F., Gil D., Rubolini D., Saino N.and Surai P.F. (2011) Maternal effects and changing phenology of bird migration. Climate Research 49, ACL51- Moller A.P.and Haussy C. (2007) Fitness consequences of variation in natural antibodies and complement in the Barn Swallow Hirundo rustica. Functional Ecology 21, ACL52- Piault R., Gasparini J., Bize P., Jenni-Eiermann S.and Roulin A. (2009) Pheomelanin-Based Coloration and the Ability to Cope with Variation in Food Supply and Parasitism. American Naturalist 174,

105 ACL53- Piault R., Gasparini J., Bize P., Paulet M., Mcgraw K.J.and Roulin A. (2008) Experimental support for the makeup hypothesis in nestling tawny owls (Strix aluco). Behavioral Ecology 19, ACL54- Richard M., Massot M., Clobert J.and Meylan S. (2012) Litter quality and inflammatory response are dependent on mating strategy in a reptile.. Oecologia 168. ACL55- Roulin A., Emaresi G., Bize P., Gasparini J., Piault R.and Ducrest A.L. (2011) Pale and dark reddish melanic tawny owls differentially regulate the level of blood circulating POMC prohormone in relation to environmental conditions. Oecologia 166, ACL56- Roulin A., Gasparini J., Bize P., Ritschard M.and Richner H. (2008) Melanin-based colorations signal strategies to cope with poor and rich environments. Behavioral Ecology and Sociobiology 62, ACL57- Roulin A., Gasparini J.and Froissart L. (2008) Pre-hatching maternal effects and the tasty chick hypothesis. Evolutionary Ecology Research 10, ACL58- Saino N., Martinelli R., Biard C., Gil D., Spottiswoode C., Surai P.F.and Møller A.P. (2007) Maternal immune factors and the evolution of secondary sexual characters. Behavioral Ecology 18, ACL59- Scharf I., Modlmeier A.P., Fries S., Tirard C.and Foitzik S. (2012) Characterizing the Collective Personality of Ant Societies: Aggressive Colonies Do Not Abandon Their Home. Plos One 7. ACL60- Simon J.C., Boutin S., Tsuchida T., Koga R., Le Gallic J.F., Frantz A., Outreman Y.and Fukatsu T. (2011) Facultative Symbiont Infections Affect Aphid Reproduction. Plos One 6. ACL61- Soler J.J., Martin-Vivaldi M., Haussy C.and Moller A.P. (2007) Intra- and interspecific relationships between nest size and immunity. Behavioral Ecology 18, ACL62- Staszewski V., Gasparini J., Mccoy K.D., Tveraa T.and Boulinier T. (2007) Evidence of an interannual effect of maternal immunization on the immune response of juveniles in a longlived colonial bird. Journal of Animal Ecology 76, ACL63- Stier K.S., Almasi B., Gasparini J., Piault R., Roulin A.and Jenni L. (2009) Effects of corticosterone on innate and humoral immune functions and oxidative stress in barn owl nestlings. Journal of Experimental Biology 212, ACL64- White J., Richard M., Massot M.and Meylan S. (2011a) Cloacal Bacterial Diversity Increases with Multiple Mates: Evidence of Sexual Transmission in Female Common Lizards. Plos One, 6, e COMMUNICATIONS ORALES SANS ACTES DANS UN CONGRES INTERNATIONAL OU NATIONAL : C-COM : C-COM1- Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S. and Massot M. (2012) Behavioural thermoregulation and reproductive costs in the bimodal reproductive species Zootoca vivipara. Colloque annuel de la Société Française pour l'étude du Comportement Animal (SFECA). Saint-Etienne, France. C-COM2- Bleu J.,Massot M. and Meylan S. (2010). An experimental test of the plasticity of behavioral and physiological reproductive costs in a viviparous lizard. 13th International Behavioral Ecology Congress (ISBE). Perth, Australia. C-COM3- Bleu J., Le Galliard J-F., Fitze P.S., Meylan S. and Massot M. (2010). Intrinsic and environmental control of reproductive adjustments in a viviparous lizard. 16th European Meeting of PhD Students in Evolutionary Biology (EMPSEB). Wierzba, Poland. C-COM4- Bocher A, Doums C, Millot L and Tirard C. (2007) Impact des conflits reproducteurs sur le travail et l immunocompétence chez une espèce de fourmis sans reine, Diacamma sp. (Nilgiri, Inde du Sud). Congrès UIEIS (Union Internationale pour l Etude des Insectes Sociaux), Avignon, France. 103

106 C-COM5- Bocher A, Tirard C and Doums C.(2007) Phenotypic plasticity of immune defenses linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Colloque de la SFECA. (Société Française pour l Etude du Comportement Animal), Université Paris, France. C-COM6- Corbel H., Le Gros A., Haussy C. & Frantz A. (2010). Stress responses across a ruralurban gradient is linked to melanin-based coloration in feral pigeons. European Conference on Behavioural Biology. Ferrara, Italy. C-COM7- Devès A.L., Doums C., Haussy C. and Tirard C. (2008) Phenoloxydase activity in queens in relation to the exposure risks in the ant Cataglyphis cursor. European congress of the International Union for the study of Social Insect, La Roche-en-Ardennes, Belgique. C-COM8- Devès AL, Doums C, Haussy C, Tirard C. (2007) Reproduction and immune defenses in workers of the ant Cataglyphis cursor. Congrès UIEIS (Union Internationale pour l Etude des Insectes Sociaux), Toulouse. C-COM9- Frantz A., Plantegenest M. and Simon J.C. (2007). The importance of phenotypic traits other than performance and preference in the process of ecological specialization. 11th Congress of the European Society for Evolutionary Biology. Uppsala, Suède. C-COM10- Jacquin L., Cazelles B., Julliard A-C, Leboucher G. and Gasparini J (2009). Impacts of regulation methods on the ecology and behaviour of feral pigeons in urban areas. Ecology & Behaviour Meeting (SERL), Lyon, France. C-COM11- Martin M., Meylan S. and Le Galliard J-F(2011). UV colour variability in lacertids lizards, Zootoca vivipara: patterns and potential mechanisms of maintenance 2 nd Mediterranean Congres of Herpetology Marrakech. C-COM12- Meylan S., Haussy C.Cote J. and Voituron Y. (2010). Adaptive modulation of stressin the common lizard by energetic constraints. 13th International Behavioral Ecology Congress (ISBE). Perth, Australia. C-COM13- Plantegenest M., Frantz A., Fabre F., Vialatte A., Dedryver C. and Simon J.C. (2007). Adaptation des ravageurs au paysage agricole. Invasions biologiques et traits d'histoire de vie. Deuxièmes rencontres francophones. Rennes, France. C-COM14- Simon J.C., Frantz A., Bonhomme J. and Fukatsu T. (2007). Les symbiotes du puceron du pois se mêlent-ils du sexe de leur hôte? XVème Colloque de la Physiologie de l Insecte. Rennes, France. C-COM15- Tirard C, Haussy C and Doums C (2009). Activité phénoloxydase en relation avec les risques d infection chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès IMMUNINV. Immunité des Invertébrés, Poitiers, France. COMMUNICATIONS PAR AFFICHE DANS UN CONGRES INTERNATIONAL OU NATIONAL : C- AFF C-AFF1- Bleu J., Fitze P. S., Massot M., Meylan S., Cote J. and Le Galliard J-F(2009). Unexpected limited reproductive adjustments in a viviparous lizard. 12th European Congress for Evolutionary Biology (ESEB). Turino, Italy. C-AFF2- Bleu J., Meylan S., Clobert J, and Massot M. (2011). Grandmaternal age as a determinant of grandoffspring quality and reproduction. 13th European Congress for Evolutionary Biology (ESEB). Tübingen, Germany. C-AFF3- Corbel H., Lussignol M., Massilani Diyendo M. and Frantz A. (2011). Experimental oxidative stress causes morph-specific responses in feral pigeons. 7th Ecology & Behaviour Meeting. Rennes, France. C-AFF4- Corbel H., Delacroix F., Le Gros A. and Frantz A. (2010). Socials costs are linked to melaninbased coloration and urbanization in feral pigeons Columba livia. Ecologie Montpellier, France. C-AFF5- Do H.T.K., Facon B., Frantz A., Macke E. and Olivieri I. (2007). Female reproduction cost in the arrhenotokous parthenogenesis spider mite, Tetranychus urticae. The Buffon Legacy: Natural History in the 21st century. Dijon, France. 104

107 C-AFF6- Do. H.T.K. Facon B., Frantz A. and Olivieri I. (2007). Female reproduction cost in arrhenotokous parthenogenesis spider mite, Tetranychus urticae. 11th Congress of the European Society of Evolutionary Biology. Uppsala, Sweden. C-AFF7- Griggio M., Biard C., Penn D.J. and Hoi H. (2010). Experimental evidence for MHC-dependent mate preference in a passerine bird species. 13th International Behavioral Ecology Congress of the ISBE, Perth, Australie. C-AFF8- Jacquin L., Lenouvel P., Haussy, C., Ducatez S. and Gasparini J (2009). Relationship between melanin-based coloration and parasite resistance. European Society of Evolutionary Biology (ESEB), Turin, Italie. C-AFF9- Macke E., Facon B., Do H.T.K., Galabrun F., Frantz A. and Olivieri I. (2007). Evolution of specialists or generalists in heterogeneous environment in thephytophagous spider mite Tetranychus urticae. The Buffon Legacy: Natural History in the 21st century. Dijon, France. C-AFF10- Ruel C., Doums C., Haussy C., Tirard C., (2007) Division du travail et défenses immunitaires chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Toulose, France. OUVRAGES SCIENTIFIQUES (Y COMPRIS LES EDITIONS CRITIQUES ET LES TRADUCTIONS SCIENTIFIQUES) : OS OS1- Lebeaume J., Follain O., Magneron N., Meylan S. and Monti-Dedieu L. (2008). Sciences expérimentales et technologie - CRPE. Nathan édition. OS2- Tirard C., Barbault R., Abbadie L., Loeuille N. (2012). Minimanuel d écologie, Editions Dunod. PUBLICATIONS DE VULGARISATION 6. PV PV1- Gasparini, J. (2008). Les effets maternels chez les oiseaux. Nos Oiseaux 55: PV2- Gasparini J. et Bourouf L. (2009). Opération capture de pigeons! L écho-cantonnier n 33 : page 15. PUBLICATIONS INTRA-EQUIPE 1- Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S.and Massot M. (2012a) Experimental evidence of early costs of reproduction in conspecific viviparous and oviparous lizards. Journal of Evolutionary Biology 25, Bleu J., Le Galliard J.F., Meylan S., Massot M.and Fitze P.S. (2011) Mating Does Not Influence Reproductive Investment, in a Viviparous Lizard. Journal of Experimental Zoology Part a- Ecological Genetics and Physiology 315A, Bleu J., Massot M., Haussy C.and Meylan S. (2012b) Experimental litter size reduction reveals costs of gestation and delayed effects on offspring in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 279, Bocher A., Doums C., Millot L.and Tirard C. (2008) Reproductive conflicts affect labor and immune defense in the queenless ant diacamma sp "Nilgiri". Evolution 62, Bocher A., Tirard C.and Doums C. (2007) Phenotypic plasticity of immune defence linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Journal of Evolutionary Biology 20, Cheron B., Cronin A.L., Doums C., Federici P., Haussy C., Tirard C.and Monnin T. (2011) Unequal resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology 92, Cote J., Clobert J., Poloni L.M., Haussy C.and Meylan S. (2010) Food deprivation modifies corticosterone-dependent behavioural shifts in the common lizard. General and Comparative Endocrinology 166,

108 8- Frantz A., Pottier M.-A., Karimi B., Corbel H., Aubry E., Haussy C., Gasparini J.and Castrec- Rouelle M. (2012) Contrasting levels of heavy metals in the feathers of urban pigeons from close habitats suggest limited movements at a restricted scale. Environmental Pollution 168, Gasparini J., Erin N., Bertin C., Jacquin L., Vorimore F., Frantz A., Lenouvel P.and Laroucau K. (2011) Impact of urban environment and host phenotype on the epidemiology of Chlamydiaceae in feral pigeons (Columba livia). Environmental Microbiology 13, Jacquin L., Blottière L., Haussy C., Perret S.and Gasparini J. (2012) Prenatal and postnatal parental effects on immunity and growth in lactating pigeons. Functional Ecology. 11- Jacquin L., Cazelles B., Prevot-Julliard A.C., Leboucher G.and Gasparini J. (2010) Reproduction management affects breeding ecology and reproduction costs in feral urban Pigeons (Columba livia). Canadian Journal of Zoology-Revue Canadienne De Zoologie 88, Jacquin L., Lenouvel P., Haussy C., Ducatez S.and Gasparini J. (2011) Melanin-based coloration is related to parasite intensity and cellular immune response in an urban free living bird: the feral pigeon Columba livia. Journal of Avian Biology 42, Jacquin L., Récapet C., Bouche P., Leboucher G.and Gasparini J. (2012) Melanin-based coloration reflects alternative strategies to cope with food limitation in pigeons. Behavioral Ecology 23, List O., Togawa T., Tsuda M., Matsuo T., Elard L.and Aigaki T. (2009) Overexpression of grappa encoding a histone methyltransferase enhances stress resistance in Drosophila. Hereditas 146, Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J.and Meylan S. (2011) An integrative study of ageing in a wild population of common lizards. Functional Ecology 25, Meylan S., Haussy C.and Voituron Y. (2010) Physiological actions of corticosterone and its modulation by an immune challenge in reptiles. General and Comparative Endocrinology 169, PUBICATIONS INTER-EQUIPE 1- Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S.and Massot M. (2012a) Experimental evidence of early costs of reproduction in conspecific viviparous and oviparous lizards. Journal of Evolutionary Biology 25, Bleu J., Le Galliard J.F., Meylan S., Massot M.and Fitze P.S. (2011) Mating Does Not Influence Reproductive Investment, in a Viviparous Lizard. Journal of Experimental Zoology Part a- Ecological Genetics and Physiology 315A, Bleu J., Massot M., Haussy C.and Meylan S. (2012b) Experimental litter size reduction reveals costs of gestation and delayed effects on offspring in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 279, Bocher A., Doums C., Millot L.and Tirard C. (2008) Reproductive conflicts affect labor and immune defense in the queenless ant diacamma sp "Nilgiri". Evolution 62, Bocher A., Tirard C.and Doums C. (2007) Phenotypic plasticity of immune defence linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Journal of Evolutionary Biology 20, Cheron B., Cronin A.L., Doums C., Federici P., Haussy C., Tirard C.and Monnin T. (2011) Unequal resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology 92, Clobert J., Le Galliard J.F., Cote J., Meylan S.and Massot M. (2009) Informed dispersal, heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations. Ecology Letters 12,

109 8- Cronin A.L., Monnin T., Haussy C.and Doums C. (2011) Opportunities for mate choice in the fission-performing ant Cataglyphis cursor. Ecological Entomology 36, Fitze P.S., Cote J., San-Jose L.M., Meylan S., Isaksson C., Andersson S., Rossi J.-M.and Clobert J. (2009) Carotenoid-based colours reflect the stress response in the common lizard. PLoS One 4, e Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J.and Meylan S. (2011) An integrative study of ageing in a wild population of common lizards. Functional Ecology 25, Richard M., Massot M., Clobert J.and Meylan S. (2012) Litter quality and inflammatory response are dependent on mating strategy in a reptile.. Oecologia White J., Richard M., Massot M.and Meylan S. (2011a) Cloacal Bacterial Diversity Increases with Multiple Mates: Evidence of Sexual Transmission in Female Common Lizards. Plos One, 6, e Rapport d activité par équipe 1 er janvier juin Laboratoire Ecologie et Evolution, UMR 7625 Equipe Evolution des Sociétés Animales, ESA Responsable équipe et auteur de la fiche : Claudie Doums Chef d équipe depuis : septembre

110 LISTE DE TOUTE LE PERSONNEL DE L EQUIPE PAR ORDRE ALPHABETIQUE Responsable équipe : Claudie DOUMS, Chercheurs et enseignants chercheurs DOUMS Claudie maître de Conférences Ecole Pratique des Hautes Etudes HDR (juin 2007). Date d arrivée : 01/01/1998 MONNIN Thibaud chargé de recherche CNRS HDR (avril 2009). Date d arrivée : 01/10/2001 MOLET Mathieu maître de Conférences Université Pierre et Marie Curie. Date d arrivée : 01/09/2008 PEETERS Christian directeur de recherche CNRS HDR (1993). Date d arrivée : 01/06/1996 ITA et IATOS FEDERICI Pierre assistant ingénieur CNRS. Date d arrivée : 01/11/2002 PERRONNET Romain technicien CNRS. Date d arrivée : 01/09/ 2010 Post-doctorants et chercheurs invités/associés CINI Alessandro post-doctorant contrat FISSEN, de 01/2012 au 12/2013 CRONIN Adam post-doctorant contrat ANR «Fission», Australien et Anglais, de 08/2008 à 04/2010 GAUDUCHON Mathias post-doctorant contrat ANR «Fission», de 01/2007 au 07/2007 KELLER Roberto post-doctorant. Fundação Ciência e Tecnologia (FCT) Portugal, de 01/2010 au 12/2012 OKADA Yasukazu chercheur invité contrat JSPS, de 08/2008 au 09/2008 SILLAM-DUSSES David ATER Université Pierre et Marie Curie, de 09/2010 à 08/2012 Doctorants BOCHER Aurélie Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Claire TIRARD Soutenance : 23/10/2007 CHERON Blandine Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Thibaud MONNIN Soutenance : 14/12/2009 HELFT Florence Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Thibaud MONNIN LONDE Sylvain Directeur de thèse : Mathieu MOLET & Thibaud MONNIN MOLET Mathieu Directeur de thèse : Christian PEETERS Soutenance : 07/06/2007 WESTHUS Claudia Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Sylvia CREMER 108

111 CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES SOUTENUES ET COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES Contrats de financements Programme blanc ANR du 06/11/2006 au 06/05/2010, (coordinateur : T MONNIN). La reproduction par fission chez les insectes sociaux : évolution, mécanismes et impact écologique. Montant alloué à l unité : Euros. 2 Programme Partenariat Hubert Curien (PHC) du 1/1/2009 au 31/12/2010, (coordinateur : C DOUMS). Division du travail des défenses anti-parasitaires dans les colonies de fourmis. Montant alloué à l unité : Euros. 3 Programme blanc ANR du 01/01/2006 au 02/06/2009, (coordinateur : E. DANCHIN). The evolution of information use in ecology. Montant alloué à l unité (T. MONNIN) : Euros. 4 Grant-in-Aid for Scientific Research (B, overseas collaboration) du 10/04/2012 au 10/04/2015, (coordinateur : F. ITO). Evolution and significance of caste dimorphism in Gnamptogenys ants in SE Asia. Montant alloué à l unité (C. PEETERS) : 2500 Euros. Thèses soutenues CHERON Blandine, Thèse de l Université Pierre et Marie Curie, Conflits intra-coloniaux chez deux espèces de fourmis monogynes se reproduisant par fondation dépendante des colonies. Directeurs de thèse : Claudie DOUMS & Thibaud MONNIN. Soutenance : 14/12/ BOCHER Aurélie, Thèse de l Université Pierre et Marie Curie, Défenses immunitaires et division du travail chez les fourmis. Directeurs de thèse : Claudie DOUMS & Claire TIRARD. Soutenance : 23/10/ MOLET Mathieu, Thèse de l Université Pierre et Marie Curie, De la fondation indépendante à la fission : Evolution du mode de reproduction coloniale chez les fourmis. Directeur de thèse : Christian PEETERS. Soutenance : 07/06/2007. Collaborations scientifiques Laboratoire Institut of Science and Technology (IST), Vienne, Autriche. S. CREMER 2 Laboratoire d Ethologie Expérimentale et Comparée (LEEC), Paris, France. P. D ETTORE, C. POTEAUX 3 - Département de Biologie Animale et Génétique, Université de Florence, Florence, Italie. R. CERVO 4 McGill University, Montreal, Québec, Canada. E. ABOUHEIF 5 University of Arizona, Tucson, Arizona, USA. D. WHEELER 6 Arizona State University, Tempe, USA. R. JOHNSON 7 - California Academy of Sciences, San Francisco, USA. B. FISHER 8 Queen Mary University, Londres, Royaume Uni. L. CHITTKA, N. RAINE 9 - Katholieke Universiteit Leuven, Belgique. J. BILLEN 10 - Kagawa University, Takamatsu, Japon. F. ITO 11 - Granada University, Espagne. A. TINAUT 12 - Kasetsart University, Bangkok, Thailand. D. WIWATWITAYA 13 - Copenhagen University, Danemark. R. ADAMS 14 - Institut de chimie organique et de biochimie, Prague, République Tchèque. 109

112 TABLEAU BIBLIOMETRIQUE Titre de la revue Champ disciplinaire FI moyen à 5 ans Classemen t de la revue dans le champ Nature Mutidisciplina /55 1* ry science Molecular Ecology Ecology /131 1 Ecology Ecology /131 1 Evolution Ecology /131 1 Proceedings of the Royal Society, Ecology /131 1 Londong The American Naturalist Ecology /131 2 Plos One Biology /84 2 Frontiers in Zoology Zoology 4.46* 3/146 2 Oecologia Ecology /131 2 Journal of Evolutionary Biology Ecology /131 1 Oikos Ecology /131 1 Animal Behaviour Behavioral /47 1 Sciences Behavioral Ecology Ecology /131 1 Behavioral Ecology and Ecology /131 1 Sociobiology Chemical Senses Behavioral /47 1 Sciences Journal of Chemical Ecology Ecology /131 3 Myrmecological News Entomology 2.65** 5/85 1 Journal of Insect Physiology Entomology /85 3 Naturwissenschaften Mutidisciplina /55 6 ry science Biological Journal of Linean Evolutionary /45 3 Society Biology Ethology Behavioral /47 2 Sciences Ecological Entomology Entomology /85 1 Apidologie Entomology /85 1 Conservation genetics Biodiversity /35 1 Conservation Insectes Sociaux Entomology /85 7 Sociobiology Entomology /85 2 * Commentaire dans Nature incluant 137 auteurs ** IF 2011 car c'est un journal récent sans impact facteur à 5 ans. Nombre de publis 110

113 RESULTATS & EVOLUTION SCIENTIFIQUES 1 Rappel des objectifs : L'objectif principal du précédent quinquennal était de comprendre les stratégies de reproduction des sociétés animales aux échelles de l'individu et de la colonie. Chez les insectes sociaux, la reproduction coloniale présente deux modalités principales. Les jeunes reines s'accouplent lors d'un vol nuptial et partent fonder seule une nouvelle colonie, c'est la fondation indépendante des colonies (ICF). Inversement, lors de la fondation dépendante des colonies (DCF), les jeunes reines après accouplement (souvent près ou dans le nid) partent avec un groupe d'ouvrière pour fonder une nouvelle colonie. L existence de ces deux modes constitue potentiellement un modèle d une transition évolutive majeure puisque le passage à la DCF se caractérise par une perte totale de forme solitaire. En effet, lors de l'icf, une étape cruciale et très sélective pour les reines est la fondation d'une nouvelle colonie. Cette étape où la sélection agit sur un individu en phase solitaire, la reine, disparait complètement avec la DCF puisque la reine reste à tous les stades du cycle de vie entourée d'ouvrières. Si la sélection de parentèle reste un outil puissant pour comprendre l'évolution des comportements altruistes et prédire les conflits sociaux potentiels dans les sociétés, la compréhension des stratégies de reproduction nécessite également une prise en compte des contraintes écologiques et une analyse fine des traits d'histoire de vie. Par une approche théorique, expérimentale et morphométrique, les objectifs étaient d analyser (1) les processus de DCF afin de comprendre les allocations de ressources en conditions naturelles et semi-contrôlées; (2) les conflits sociaux associés directement ou indirectement à la DCF (liés aux choix des reines ou à la répartition des individus lors de la DCF) et (3) l'évolution de reproductrices sans ailes. En effet, chez les fourmis, le passage de l'icf à la DCF se caractérise par une forte diminution de dispersion femelle puisque la distance de dispersion est alors limitée par la capacité de marche d'un groupe d'ouvrières. A l'échelle individuelle, nous nous somme intéressés à l'évolution de la parthénogenèse. La fourmi Cataglyphis cursor est un modèle particulièrement attractif car chez cette espèce la reine utilise la reproduction sexuée pour produire les ouvrières et la reproduction asexuée par parthénogenèse pour produire les nouvelles reines. Ainsi, la reine allie le bénéfice d une force ouvrière génétiquement diversifiée, d autant plus qu elle s accouple avec de nombreux mâles, avec la transmission de tout son patrimoine génétique à la reine suivante! Le type de parthénogenèse utilisé conduit au fils des générations à une perte d hétérozygotie, avec des conséquences similaires à l autofécondation, en particulier en termes de dépression de consanguinité. Par ailleurs, les ouvrières sont également capables de produire des femelles par parthénogenèse. Elles ont donc un potentiel reproducteur indéniable qui ajoute une dimension supplémentaire aux conflits reproducteurs qui pourraient exister. La parthénogenèse pourrait donc avoir évoluée par des pressions de sélections chez les ouvrières, pour permettre par exemple la production de nouvelles reines suite à la mort de la reine mère ou, dans le cadre de conflits sociaux, permettre l'évolution de lignées d'ouvrières "égoïstes". La parthénogenèse pourrait aussi avoir évoluée chez la reine pour l'évitement du classique double coût du sexe. Nous souhaitions donc (4) analyser les coûts et bénéfices de la parthénogenèse et identifier dans quelle caste, reine ou ouvrière, la parthénogenèse avait probablement évoluée. Enfin, un dernier objectif scientifique était de développer une approche d'immunologie écologique, en mettant l'accent sur l'importance de considérer les défenses anti-parasitaires comme une des tâches importantes des ouvrières, et de l'analyser dans le cadre de la division du travail qui est caractéristique des sociétés d'insectes où toutes les ouvrières n'ont par la même propensité à effectuer les différentes tâches de la colonie (soins au couvains, fourragement, construction du nid etc...). Dans les sociétés, des comportements sociaux diminuant les probabilités d'infection par un pathogène jouent un rôle important et définissent une sorte d'immunité sociale. Nous avons donc étudié (5) les relations entre immunité sociales et individuelles et le rôle de la division du travail. L équipe avait également pour objectif d améliorer ses démarches à vocation pédagogique et culturelle. Les insectes sociaux représentent un groupe d insectes particulièrement important de part sa biomasse et son rôle clé au sein des écosystèmes. Par ailleurs, un certain nombre de ces insectes sociaux sont des pollinisateurs indispensables à différentes activités économiques humaines. Il nous a donc apparu important de faire prendre conscience non seulement de l importance de ces insectes 111

114 sociaux, mais également de mieux faire connaître leur diversité et leurs caractéristiques au grand public. 2 Principaux résultats scientifiques : (1) Stratégies d allocation des ressources lors de la DCF : un suivi important et sans doute le plus conséquent mené à ce jour chez des fourmis se reproduisant par DCF a permis de montrer que les colonies se reproduisent en se divisant, en moyenne, en quatre colonies filles de tailles très variables (variant jusqu à un facteur 25!) (Figure 1). L allocation des ressources aux colonies filles est donc beaucoup plus variable que chez les deux autres espèces étudiées (abeille domestique et fourmis légionnaires). Cette variation pourrait correspondre à une stratégie de répartition des risques (bethedging) ou à un manque d information des ouvrières qui allouent les ressources (c.-à-d. transportent les larves et ouvrières vers les colonies filles) (ACL7). Une expérimentation en milieu semi-contrôlé a montré que la présence de colonies compétitrices n affectait pas les stratégies d allocation des ressources lors de la DCF (ACL14). Pour ces expérimentations, nous avons développé un concept nouveau de mésocosmes à fourmis, original à ce jour, qui est constitué d un enclos métallique de 3,7 m de diamètre (11 m²) et 1 m de haut, rempli d un mélange terre-sable jusqu à mi hauteur. Figure 1 : cartographie de la zone d étude. Les points noirs indiquent les colonies de C. cursor et les points colorés indiquent les colonies étudiées. Les lignes joignent les colonies (points centraux, numérotés) aux colonies filles produites par DCF (points externes). (2) Causes et mécanismes du passage de l ICF à la DCF : la collecte de colonies de fourmis Rhytidoponera le long de la côte est australienne couplée à des modèles mathématiques a permis d étudier l effet d un gradient tropical-tempéré sur la stratégie de reproduction coloniale (ACL31). Chez ces fourmis, les colonies se reproduisent par ICF grâce aux reines ailées (Figure 2 en rose) ou par DCF grâce à des ouvrières accouplées (Figure 2 en marron). A mesure que l on progresse vers le milieu tempéré, la proportion de colonies se reproduisant par ICF diminue car les hivers rigoureux rendent la survie des reines solitaires difficile. Bien que les colonies produisent moins de reines ailées, celles-ci sont de meilleure qualité. Elles disposent donc de réserves plus importantes pour survivre à l ICF. Les ouvrières diminuent aussi en taille ce qui permet aux reines d en produire un plus grand nombre. Ainsi l ICF est maintenue dans les latitudes tempérées plus longtemps qu on ne l aurait prédit, et ceci parce que le passage à la DCF signifie une perte de la dispersion à longue distance qui serait très coûteuse évolutivement. 112

115 Figure 2 : schémas du changement de stratégie de reproduction coloniale avec la latitude. Du nord au sud, les colonies augmentent la qualité des reines ailées au prix de leur quantité afin de maintenir l ICF et la dispersion à longue distance, tout en se reproduisant de plus en plus par DCF. Dans le sud, la survie des reines est si faible qu elles ne sont même plus produites. (3) Les conflits sociaux : Lors de la DCF, le nombre de nouvelles reines produites est souvent plus grand que le nombre de jeunes colonies. Ceci génère des stratégies de choix et de compétition des reines pour l obtention de la colonie. Un problème similaire s observe en situation de perte de la reine mère. Chez Aphaenogaster senilis (espèce mononandre) la compétition entre reine est résolue par la production de peu de nouvelles reines et toujours de façon asynchrone, laissant ainsi un avantage quasi systématique à la première reine produite pour prendre la tête de la colonie (ACL8). Cette minimisation des conflits sociaux a également été observée chez la guêpe Polistes dominulus mais dans un contexte différent de compétition entre reines subordonnées et ouvrières pour la reproduction directe (ACL34). La DCF peut également générer des conflits chez les espèces où différentes lignées paternelles ou maternelles d ouvrières coexistent, lorsque les différentes lignées se répartissent dans les colonies filles en emmenant leur nouvelle reine. Chez la fourmi polyandre C. cursor, la répartition des lignées paternelles apparaît être différente principalement entre colonies filles et la colonie mère (C-COM33). Si la colonie mère disparaît lors de la DCF, il n y a alors plus de différences de distribution de lignées paternelles entre les nids issus de la DCF. Ceci suggère que ces différences sont plus liées à des propensions plus ou moins grandes des ouvrières à quitter le nid qu à l existence de conflits entre lignées paternelles. (4) Evolution de reproductrices sans ailes : une fois que l ICF a été remplacée par la DCF, les reines n ont plus besoin des structures associées à la dispersion par le vol (ailes, thorax, ocelles) et à la vie solitaire (réserves métaboliques sous forme de muscles alaires et de graisse). Des reines sans ailes ont ainsi évolué à de nombreuses reprises de manière indépendante soit par dérive soit par sélection pour l économie (ACL39). Ainsi on trouve une grande diversité de reines sans ailes et d organisations coloniales associées. Deux grands syndromes sont les reines sans ailes spécialisées dans la reproduction uniquement (Odontomachus coquereli : ACL29), et les reines sans ailes polyvalentes (Mystrium : ACL30, ACL28, ACL32, Figure 3). Les reines sans ailes sont en fait des mosaïques de reines ailées et d ouvrières, et nous suggérons qu elles évoluent à partir de rares anomalies développementales mosaïques appelées intercastes qui survivent dans les colonies et y apportent des bénéfices (ACL33). Cette hypothèse sera présentée dans la section projet et fait l objet d un financement ANR débutant en Figure 3 : dans les colonies de Mystrium, les reines sans ailes naines (rougeâtres) peuvent soit s accoupler et se reproduire soit s occuper des larves, tandis que les ouvrières (noires) se focalisent exclusivement sur la chasse et la défense du nid. 113

116 (5) Stratégies de reproduction individuelle : nous avons récemment montré une variation du taux de thélytoquie par les reines entre populations et colonies, indiquant une utilisation facultative de la thélytoquie qui est associée à de forts taux de consanguinité des reines et à un coût lié à la production de mâles diploïdes (C-COM29; C-COM13). Par ailleurs, l utilisation de la thélytoquie par les ouvrières semble rare en population naturelle (Doums et al. soumis). Par ailleurs, en condition orpheline, les conflits reproducteurs sont peu intenses (ACL12) et la majorité des lignées d ouvrières produise des jeunes reines (ACL9). Il semble donc que la thélytoquie ait plutôt été sélectionnée chez les reines car elle permet d éviter le double coût du sexe et les conflits liés à la DCF, vu précédemment, sans pour autant se fixer sans doute de par la consanguinité qu elle impose. Par ailleurs, nous avons aussi mis l accent sur le rôle potentiel des mâles dans un tel système où ils ne transmettent leurs gènes que lorsque les jeunes reines sont produites par thélytoquie des ouvrières ou par reproduction sexuée de la reine. L accouplement multiple non seulement des reines mais aussi des mâles (ACL17) laisse supposer que des processus de sélection sexuelle pourraient être à l œuvre chez cette espèce. Cet aspect sera développé dans le projet. (6) Division du travail et défenses anti-parasitaires : les résultats obtenus sur cet axe de recherche sont issus d une collaboration avec Claire Tirard de l équipe Ecophysiologie et d une collaboration avec Sylvia Cremer de l IST (Autriche). Nous avons pu mettre en évidence une augmentation de l investissement immunitaire pour les fourrageuses qui doivent sortir à l extérieur du nid chez la fourmi Cataglyphis velox (ACL4) mais cet effet ne se retrouve pas chez l espèce proche C. cursor (ACL21). Des études récentes ont montré le rôle des comportements sociaux dans la résistance contre les pathogènes. Les résultats récents obtenus par la doctorante Claudia Westhus ont montré l existence d une division du travail pour un comportement hygiénique important lié à l évacuation des déchets mais n ont pas mis en évidence de lien entre comportements et défenses physiologiques (C-COM34). 3 Rayonnement et attractivité scientifique - Collaborations internationales avec 8 équipes étrangères : Sylvia Cremer (Université de Regensburg (Allemagne) et Institut des Sciences et Technologie (Autriche)) : 1 co-tutelle de thèse; Brian L. Fisher (California Academy of Sciences, San Fransisco); Lars Chittka / Nigel Raine (Queen Mary University, Londres); Fuminori Ito (Kagawa University, Japon); Diana Wheeler (University of Arizona, Tucson); Ehab Abouheif (Université Mc Gill, Montréal); Rita Cervo (Université de Florence, Italie) ; Robert Johnson (Arizona State University, Tempe). - Expertise scientifique : 7 rapports d évaluations pour 2 agences nationales et 5 internationales : NSF (USA); FNRS (Belge); ISF (Israel); CSIC (Doñana, espagne); NRF (Afrique du Sud) ; Ecos et ANR (France) et environ 40 manuscripts/an pour 36 journaux de rang A (ex: American Naturalist, Animal Behaviour, Behavioral Ecology and Sociobiology, Ecology, Evolution, Evolutionary Ecology, Molecular Ecology, PLoS ONE, Proceedings of The Royal Society London B) - Organisation du congrès national de l'union Internationale pour l'etudes des insectes sociaux - Membres de comité: 4 HDR ; 9 thèses ; membre extérieur au conseil de l école doctorale STIFF de Dijon. - Deux conférences invitées dans des congrès internationaux et trois conférences invitées dans des instituts internationaux 4 - Interactions avec l environnement social, économique et culturel - Partenariat avec le privé pour une production cinématographique : C. Peeters est l'auteur scientifique (choix des espèces, scénarios, dialogues) d'une collection de films de diffusion scientifique, avec Kantep Studio. Deux films ont déjà été réalisés (Nous, les fourmis Chasseuses solitaires (coproduction CNRS Images); Nous, les fourmis Au début, la reine). - Contrat d édition : 114

117 Monnin T., Espadaler X., Lenoir A., Peeters C., (2013) Guide des fourmis communes de France. Belin, ca 90p (sous presse) - Collaborations avec des institutions culturelles : - C. Peeters a été conseiller scientifique pour l'exposition Le Termite et la Fourmi (février-août 2008) du Palais de la découverte à Paris ( entrées payantes). - C. Peeters est intervenu dans le documentaire «Vivre en enfer : Créatures du chaud», réalisateur Vincent Amouroux (Mona Lisa productions), Arte octobre Avec l aide de Pierre Fédérici, nous avons conçus des modèles de nids de fourmis offrant une vision complète de l intérieur du nid en restant au plus près des conditions naturelles. Ces nids ont été utilisés chaque année pour la fête de la science ainsi qu au jardin méditerranéen du mas de la Serre de Banyuls-sur-Mer qui a récemment été réhabilité et ouvert au public. Les mésocosmes (voir 2.1) conçus par notre équipe pour nos expérimentations en condition semi-naturelles sont également utilisés dans le parcours proposé par le jardin. T. Monnin a mis en place des panneaux explicatifs qui ont été installés pour illustrer nos activités de recherche au grand public. - Nous sommes également conviés à donner des conférences grand public dans le cadre de différentes organisations (MM :4, CD:1, CP:2). 5 Implication dans la formation Depuis janvier 2007, notre équipe a accueilli 30 étudiants en Master et 7 doctorants et quelques étudiants en Licence. Nous prenons des Masters, non seulement venant de Paris VI, mais également d autres universités (Bordeaux, Dijon, Tours, Paris 13), institutions (EPHE) et grandes écoles (AgroParisTech, ENS). Trois des quatre chercheurs de l équipe possèdent la HDR (Mathieu Molet devrait pouvoir la soutenir lors du prochain plan quinquennal et sera fortement soutenu par l équipe dans sa démarche) et deux des chercheurs (M. Molet et C. Doums) ont suivi la formation d encadrement doctoral proposé par Paris VI. Tous nos doctorants sont suivis par des comités de thèses (généralement deux ou trois sur la durée de la thèse). Par ailleurs, la participation régulière des doctorants et masters aux réunions d équipe leur permet de présenter leurs travaux aux personnels de l équipe. Nous participons également à des réseaux de formation internationaux par l encadrement d étudiants étrangers en stage (Ecole Normale de Pise, étudiants Erasmus d Helsinki et de Manchester) et par la mise en place d une co-tutelle de thèse (C. Doums avec l Université de Regensburg). L équipe a conçu et coordonné des formations sur les sociétés d insectes en master 2 : 6 cours/td et un TP d une semaine. M. Mollet a mis en place un parrainage de projets scientifiques en écoles : trois classes de primaire ont été suivies dans la conception de projets sur les fourmis, incluant documentation, dessins, construction de nids, sessions de récolte et d observation de fourmis dans la nature, élevage de fourmis dans la classe, discussions et réponses aux questions. 6 Vie de l équipe Pendant le précédent plan quinquennal, le projet scientifique porté en grande partie par l ANR «Fission» a permis de regrouper autour d objectifs communs toutes les personnes de l équipe, tout en gardant une autonomie scientifique des trois chercheurs permanents. La complémentarité de nos compétences a fortement favorisé cette synergie qui s est en autre traduite par une publication de synthèse impliquant tous les chercheurs et qui sortira en 2013 dans Annual Review of Entomology. L arrivée de Mathieu Molet en 2008 a permis de renforcer ce projet en développant une approche de morphométrie évolutive. Nous avons également mis une priorité pour le développement de ses nouveaux projets de recherche sur l évolution des nouveaux phénotypes chez les fourmis en le soutenant dans sa demande d ANR jeune chercheur, qui a été un succès, et implique des problématiques d Evo-Devo complètement nouvelles (développées dans le projet d équipe). Ce projet scientifique est soutenu par des réunions d équipe mensuelles qui portent à la fois sur des aspects administratifs et logistiques, et sur une discussion scientifique dont le support peut être une présentation de résultats ou d un article scientifique. Ces réunions permettent également aux ITA de l équipe de se tenir au courant des différents projets scientifiques et de se sentir impliqués dans la recherche (y compris ceux des autres équipes avec lesquels nous travaillons). 115

118 Les techniciens ou ingénieurs impliqués dans nos projets de recherche sont signataires des publications si leur contribution est importante. Ils participent également à nos missions de terrain afin qu ils puissent avoir une meilleure connaissance des espèces sur lesquelles ils travaillent. Nous proposons également de suivre certains congrès nationaux (Romain Péronnet a ainsi participé au congrès de la section française de l IUSSI) ainsi que des formations (anglais et formation à l immunohistochimie et l hybridation in-situ sur des larves de fourmis au laboratoire pour R. Péronnet). L importance scientifique de nos élevages et leur besoin d entretien a justifié le recrutement d un technicien animalier qui possédait également des compétences techniques d immunohistochimie très importantes pour les projets que l on souhaite développer (voir projet d équipe). L arrivée de ce technicien a largement favorisé la gestion commune des élevages (construction des nids, nourritures, gestion des pièces etc..). Enfin, nous tenons régulièrement à jour le site internet de notre équipe en y rajoutant les publications et les propositions de stages 116

119 LISTES DES PUBLICATIONS DANS L EQUIPE Articles dans des revues internationales ou nationales avec comité de lecture (ACL) 1. Abbot P., and 136 other authors including Monnin T. (2011) Inclusive fitness theory and eusociality. Nature, 471, e1-e Anani Kotoklo E., Sillam-Dussès D., Kétoh G., Sémon E., Robert A., Bordereau C., Glitho I.A., (2010) Identification of the trail-following pheromone of the pest termite Amitermes evuncifer (Isoptera : Termitidae). Sociobiology 55, Avargues-Weber A., Monnin T., (2009) Dynamics of colony emigration in the ant Aphaenogaster senilis. Insectes Sociaux, 56, Bocher A., Doums C., Millot L., Tirard C., (2008) Reproductive conflicts affect labour and immune defence in the queenless ant Diacamma nilgiri. Evolution, 62, Bocher A., Tirard C., Doums C., (2007) Phenotypic plasticity of immune defence linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Journal of Evolutionary Biology, 20, Bordereau C., Cancello E.M., Sillam-Dussès D., Sémon E., (2011) Sex-pairing pheromones and reproductive isolation in three sympatric Cornitermes species (Isoptera, Termitidae, Syntermitinae). Journal of Insect Physiology 57, Bordereau C., Lacey M., Sémon E., Braekman J.C., Ghostin J., Robert A., Shellman Sherman J., Sillam-Dussès D., (2010) Sex pheromones and trail-following pheromone in the basal termites Zootermopsis nevadensis (Hagen) and Z. angusticollis (Hagen) (Isoptera, Termopsidae, Termopsinae). Biological Journal of the Linnean Society 100, Chéron B., Cronin A.L., Fédérici P., Haussy C., Tirard C., Doums C., Monnin T., (2011) Unequal resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology, 92, Chéron B., Doums C., Fédérici P., Monnin T., (2009) Queen replacement in the monogynous ant Aphaenogaster senilis: supernumerary queens as life insurance. Animal Behaviour, 78, Chéron B., Monnin T., Fédérici P., Doums C., (2011) Variation in patriline reproductive success during queen production in orphaned colonies of the thelytokous ant Cataglyphis cursor. Molecular Ecology, 20, Clémencet J., Cournault L., Odent A., Doums C., (2010) Worker thermal tolerance in the thermophilic ant Cataglyphis cursor. Insectes Sociaux, 57, Clémencet J., Doums C., (2007) Habitat-related microgeographic variation of worker size and colony size in the ant Cataglyphis cursor. Oecologia, 152, Clémencet J., Rome Q., Fédérici P., Doums C., (2008) Aggressions and size-related fecundity of queenless workers in the ant Cataglyphis cursor. Naturwissenschaften, 95, Cournault L., Peeters C., (2012) Aggressive regulation of monogyny in non-mutilating Diacamma ants. Insectes Sociaux, sous presse. 15. Cronin A.L., Bridge C., Field J., (2011) Climatic correlates of temporal demographic variation in the tropical hover wasp Liostenogaster flavolineata. Insectes Sociaux, 58, Cronin A.L., Fédérici P., Doums C., Monnin T., (2012) The influence of intraspecific competition on resource allocation during dependent colony foundation in a social insect. Oecologia, 168, Cronin A.L., Monnin T., (2009) Bourgeois queens and high stakes games in the ant Aphaenogaster senilis. Frontiers in Zoology, 6, Cronin A.L., Monnin T., (2010) Self-sacrifice in animal contests between relatives. Frontiers in Zoology, 7, Cronin A.L., Monnin T., Haussy C., Doums C., (2011) Opportunities for mate choice in the fission performing ant Cataglyphis cursor. Ecological Entomology, 36, Galarza J.A., Boulay R., Cerdá X., Doums C., Fédérici P., Magalon H., Monnin T., Rico C., (2009) Development of single sequence repeat markers for the ant Aphaenogaster senilis and crossspecies amplification in A. iberica, A. gibbosa, A. subterranea and Messor maroccanus. Conservation Genetics, 10, Gobin B., Ito F., Billen J., Peeters C. (2008) Degeneration of sperm reservoir and the loss of mating ability in worker ants. Naturwissenschaften 95,

120 22. Hanus R., Šobotník J., Krasulová J., Jiroš P., Žáček P., Kalinová B., Dolejšová J., Cvačka J., Bourguignon T., Roisin Y., Lacey M., Sillam-Dussès D., (2012) Nonadecadienone, a new termite trail-following pheromone identified in Glossotermes oculatus (Serritermitidae). Chemical Senses 37, Helft F., Tirard C., Doums C., (2012) The effects of division of labour on phenoloxidase based immunity in workers of the ant Cataglyphis cursor. Insectes Sociaux, 59, Hora R.R., Poteaux C., Doums C., Fresneau D., Fénéron R., (2007) Egg cannibalism in a facultative polygynous ant: conflict for reproduction or strategy to survive? Ethology, 113, Krasulová J., Hanus R., Kutalová K., Šobotník J., Sillam-Dussès D., Tichý M., Valterová I., (2012) Chemistry and anatomy of the frontal gland in soldiers of the sand termite Psammotermes hybostoma (Rhinotermitidae). Journal of Chemical Ecology 38, Lacey M., Sémon E., Krasulová J., Sillam-Dussès D., Robert A., Cornette R., Hoskovec M., Žáček P., Valterová I., Bordereau C., (2011) Chemical communication in termites: syn-4,6- dimethylundecan-1-ol as trail-following pheromone, syn-4,6-dimethylundecanal and (5E)-2,6,10- trimethylundeca-5,9-dienal as the respective male and female sex pheromones in Hodotermopsis sjoestedti (Isoptera, Archotermopsidae). Journal of Insect Physiology 57, Molet M., Chittka L., Raine N.E., (2009) Potential application of the bumblebee foraging recruitment pheromone for commercial greenhouse pollination. Apidologie, 40, Molet M., Chittka L., Raine N.E., (2009) How floral odours are learned inside the bumblebee (Bombus terrestris) nest. Naturwissenschaften, 96, Molet M., Chittka L., Stelzer R.J., Streit S., Raine N.E., (2008) Colony nutritional status modulates worker responses to foraging recruitment pheromone in the bumblebee Bombus terrestris. Behavioral Ecology and Sociobiology, 62, Molet M., Peeters C., Follin I., Fisher B.L., (2007) Reproductive caste performs intranidal tasks instead of workers in the ant Mystrium oberthueri. Ethology, 113, Molet M., Peeters C., Fisher B.L., (2007) Permanent loss of wings in queens of the ant Odontomachus coquereli from Madagascar. Insectes Sociaux, 54, Molet M., Peeters C., Fisher B.L., (2007) Winged queens replaced by reproductives smaller than workers in Mystrium ants. Naturwissenschaften, 94, Molet M., Van Baalen M., Peeters C., (2008) Shift in colonial reproductive strategy associated with a tropical-temperate gradient in Rhytidoponera ants. The American Naturalist, 172, Molet M., Fisher B.L., Ito F., Peeters C., (2009) Shift from independent to dependent colony foundation and evolution of multi-purpose ergatoid queens in Mystrium ants (subfamily Amblyoponinae). Biological Journal of the Linnean Society, 98, Molet M., Wheeler D., Peeters C., (2012) Evolution of novel mosaic castes in ants: Modularity, phenotypic plasticity, and colonial buffering. The American Naturalist, 180, Monnin T., Cini A., Lecat V., Fédérici P., Doums C., (2009) No actual conflict over colony inheritance despite high potential conflict in the social wasp Polistes dominulus. Proceedings of the Royal Society, Series B, 276, Monnin T., Liebig J., (2008) Understanding eusociality requires both proximate and ultimate thinking and due consideration of individual and colony-level interests. Oikos, 117, Monnin T., Peeters C., (2008) How many gamergates is an ant queen worth? Naturwissenschaften, 95, Peeters, C., (2012) Convergent evolution of wingless reproductives across all subfamilies of ants, and sporadic loss of winged queens (Hymenoptera: Formicidae). Myrmecol. News 16, Peeters, C., Keller R.A., Johnson R.A., (2012) Selection against aerial dispersal in ants: Two nonflying queen phenotypes in Pogonomyrmex laticeps. PLoS One 41. Peeters C., Molet M., (2010) Evolution of advanced social traits in phylogenetically basal ants: striking worker polymorphism and large queens in Amblyopone australis. Insectes Sociaux, 57, Sillam-Dussès D., Forschler B.T., (2010) A dominant and undescribed species of Reticulitermes in Sapelo Island (Georgia, USA). Sociobiology 56, Sillam-Dussès D., Šobotník J., Abd El-Latif A.O., Jiroš P., Kalinová B., Krasulová J., Cvačka J., Valterová I., Hanus R., (2011) Sex pheromone and trail pheromone of the sand termite Psammotermes hybostoma (Rhinotermitidae: Psammotermitinae) from Sahara. Journal of Chemical Ecology 37, Sillam-Dussès D., Sémon E., Robert A., Cancello E.M., Lenz M.J., Valterová I., Bordereau C., (2010) Identification of multi-component trail pheromones in the most evolutionarily derived termites, the Nasutitermitinae (Termitidae). Biological Journal of the Linnean Society 99,

121 45. Šobotník J., Bourguignon T., Hanus R., Sillam-Dussès D., Pflegerová J., Weyda F., Kutalová K., Vytisková B., Roisin Y., (2010) Not Only Soldiers Have Weapons: Evolution of the Frontal Gland in Imagoes of the Termite Families Rhinotermitidae and Serritermitidae. PLoS ONE 5:e Šobotník J., Hanus R., Piskorski R., Urbanová K., Wimmer Z., Weyda F., Vytisková B., Sillam- Dussès D., (2010) Impact of a juvenile hormone analogue on the anatomy and the frontal gland secretion of Prorhinotermes simplex (Isoptera: Rhinotermitidae). Journal of Insect Physiology 56, Šobotník J., Sillam-Dussès D., Weyda F., Dejean A., Roisin Y., Hanus R., Bourguignon T., (2010) The frontal gland in workers of Neotropical soldierless termite. Naturwissenschaften 97, Wen P., Ji B.Z., Liu S.W., Liu C., Sillam-Dussès D., (2012) Sex-pairing pheromone in the Asian termite pest species Odontotermes formosanus (Isoptera, Termitidae, Macrotermitinae). Journal of Chemical Ecology 38, Zinck L., Jaisson P., Hora RR., Denis D., Poteaux C., Doums C., (2007) The role of breeding system on ant ecological dominance: genetic analysis of Ectatomma tuberculatum. Behavioral Ecology, 18, Conférences invitées (C-INV) 1. Peeters C., (2009) Why re evolve ant workers capable of having sex? Annual Congress of British International Union for the Study of Social Insects, Brighton, UK, novembre Molet M., Wheeler D., Peeters C., (2010) Developmental mosaics, social buffering, and the evolution of novel castes in ants. Congress of the International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août Communications orales sans actes dans un congrès international ou national (C-COM) 1. Anani Kotoklo E., Sillam-Dussès D., Ketoh G., Sémon E., Robert A., Bordereau C., Glitho I.A., (2010) Identification de la phéromone de piste du termite ravageur Amitermes evuncifer (Isoptera: Termitidae). Congrès annuel de la Société Ouest Africaine de Chimie, Niamey, Niger, 2-6 août Avarguès-Weber A., Monnin T., (2007) Migration in the ant Aphaenogaster senilis: kinetics, performance and learning. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Toulouse, 3-5 septembre 2007, p22 3. Avarguès-Weber A., Monnin T., (2008) Colony relocation in the ant Aphaenogaster senilis: role of foragers and reminiscence of acquired experience. International Congress of Zoology, Paris, août 2008, p56 4. Avarguès-Weber A., Monnin T., (2008) Colony relocation in the ant Aphaenogaster senilis: role of foragers and reminiscence of acquired experience. XXIII International Congress of Entomology, Durban, Afrique du Sud, 6-12 juillet 2008, p Bocher A., Tirard C., Doums C., (2007) Phenotypic plasticity of immune defences linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Congrès annuel de la Société Française pour l Étude du Comportement Animal (SFÉCA), Villetaneuse, avril 2007, p19 6. Chéron B., Doums C., Monnin T., (2007) Colony reproduction by fission in ants. 3 rd meeting in Ecology & Behaviour, Montpellier, mars 2007, p24 7. Chéron B., Doums C., Monnin T., (2007) Colony reproduction by fission in ants. Congrès annuel de la Société Française pour l Étude du Comportement Animal (SFÉCA), Villetaneuse, avril 2007, p10 8. Chéron B., Cronin A., Fédérici P., Doums C., Monnin T., (2009) Reproduction par fission des colonies chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Bondy, 2-4 Septembre 2009, p24 9. Chéron B., Doums C., Monnin T., (2007) The mechanism of queen selection during colony reproduction by fission in ants. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Toulouse, 3-5 septembre 2007, p3 10. Chéron B., Monnin T., Doums C., (2008) The mechanism of queen selection in orphan colonies of the fission-performing ant. International Congress of Zoology, Paris, France 119

122 11. Chéron B., Monnin T., Doums C., (2008) The mechanism of queen selection during queen replacement in a fission-performing ant. European meeting of the International Union for the study of Social Insect, La Roche-en-Ardennes, Belgique, 30 août-4 septembre 2008, p Cini A., Lecat V., Doums C., Fédérici P., Monnin T., (2008) Lack of conflict over nest inheritance between workers and subordinate foundresses in the social wasp Polistes dominulus. European congress of the International Union for the study of Social Insect, La Roche-en-Ardennes, Belgique, p Cournault L., Ruel C., Fédérici P., Doums C., (2011) Polyploidy in the parthenogenetic ant Cataglyphis piliscapus (=C. cursor). Congrès annuel de la section française de IUSSI, Banyuls-surmer, avril 2011, p Cronin A.L., Fédérici P., Doums C., Monnin T., (2011) Compétition intra-spécifique et allocation de ressources aux nouvelles colonies chez Cataglyphis cursor, une fourmi se reproduisant par fission des colonies. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Banyuls-sur-mer, avril 2011, p Devès A.L., Doums C., Haussy C., Tirard C., (2007) Reproduction and immune defenses in workers of the ant Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Toulouse, 3-5 septembre 2007, p Devès A.L., Doums C., Haussy C., Tirard C., (2008) Phenoloxydase activity in queens in relation to the exposure risks in the ant Cataglyphis cursor. European congress of the International Union for the study of Social Insect, La Roche-en-Ardennes, Belgique 17. Doums C., (2009) Utilisation facultative de la parthénogenèse thélitoque pour la reproduction de sexués chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Bondy, 2-4 Septembre 2009, p Hanus R., Šobotník J., Sillam-Dussès D., Kalinová B., Vrkoslav V., Cvačka J., Jiroš P., Valterová I., Piskorski R., Roisin Y., Bourguignon T., Bordereau C., (2010) Chemical ecology of the termite genus Prorhinotermes: from anatomy to chemistry and function. Congrès annuel de l International Society of Chemical Ecology, Tours, 31 juillet août 2010, p Keller R., Peeters C., Beldade P. (2011) Flapping wings and strong heads: novel thorax architectures in queen and worker ants.congrès annuel de la section française de IUSSI, Banyulssur-mer, avril 2011, p Molet M., Chittka L., Stelzer R.J., Raine N.E., (2008) Colony nutritional status modulates worker responses to foraging recruitment pheromone in the bumblebee Bombus terrestris. Congress of the International Union for the Study of Social Insects, European Section, La Roche-en-Ardenne, Belgique, 30 août 4 septembre Molet M., Van Baalen M., Peeters C., (2007) Switch from independent colony foundation to colony fission associated with a tropical-temperate gradient in ants of the Rhytidoponera impressagroup. Meeting of the British Section of the International Union for the Study of Social Insects, Londres, Royaume Uni, 7 décembre Monnin T., (2011) Régulation des conflits d intérêts chez les insectes sociaux. École Interdisciplinaire d échanges et de formation en biologie "Coopérativité et singularité en biologie". Berder, 3-8 avril Monnin T., Chéron B., Cronin A.L., Fédérici P., Doums C., (2010) Resource allocation during colony fission in the ant Cataglyphis cursor. XVI International Congress of the International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août 2010, p Monnin T., Cini A., Lecat V., Fédérici P., Doums C., (2008) Nest inheritance in the social wasp Polistes dominulus. XXIII International Congress of Entomology, Durban, Afrique du Sud, 6-12 juillet 2008, p Monnin T., Cronin A.L., Chéron B., Doums C., Fédérici P., (2010) Queen replacement and suicidal passivity in the ant Aphaenogaster senilis. XIII International Behavioral Ecology Congress, Perth, Australie, 26 septembre-1er octobre 2010, p Monnin T., Lecat V., Cini A. (2007) Brood abundance, colony size and reproductive monopoly in the wasp Polistes dominulus. Congrès annuel de la Société Française pour l Étude du Comportement Animal (SFÉCA), Villetaneuse, avril 2007, p Peeters C., (2008) Fission of ant colonies and recurrent evolution of ergatoid queens. Congress of the International Union for the Study of Social Insects, European Section, La Roche-en-Ardenne, Belgique, 30 août 4 septembre Peeters C., Keller R., Tinaut A., (2008) Repeated evolution of ergatoid queens in the genus Monomorium, and life history of M. algiricum. Annual Congress of North European International Union for the Study of Social Insects, Chiemsee, Allemagne, 9-11 octobre

123 29. Peeters C., Keller, R., Johnson R., (2011) Two morphs of non flying queens in the ant Pogonomyrmex laticeps. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Banyuls-sur-mer, avril 2011, p Peeters C., Schmidt C., (2010) Multiple evolution of gamergates (sexually reproducing workers) in the ant subfamily Ponerinae. XVI International Congress of International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août 2010, p Ruel C., Fédérici P., Doums C., (2008) Paternity sharing in the polyandrous ant Cataglyphis cursor. European congress of the International Union for the study of Social Insect, La Roche-en- Ardenne, Belgium, 30 août- 4 septembre Sillam-Dussès D., (2009) Phéromones de piste chez les termites et phylogénie. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Bondy, 2-4 septembre Sillam-Dussès D., Monnin T., Aubrun F., Féférici P., Doums C., (2011) Distribution génétique des ouvrières lors de la reproduction par fission chez la fourmi polyandre Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Banyuls-sur-mer, avril 2011, p Westhus C., Doums C., Cremer S., (2011) Infectious spore removal from pathogen exposed brood: are experienced ants any better? Congrès annuel de la section française de IUSSI, Banyuls-surmer, avril 2011, p10 Communications par affiche dans un congrès international ou national (C-AFF) 1. Doums C., Chéron B., Fédérici P., Monnin T., (2010) Reproductive competition among worker patrilines in the thelytokous ant Cataglyphis cursor. XVI International Congress of International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août 2010, p Hanus R., Šobotník J., Sillam-Dussès D., Kalinová B., Vrkoslav V., Cvačka J., Jiroš P., Valterová I., Piskorski R., Roisin Y., Bourguignon T., Bordereau C., (2010) Chemical ecology of the termite genus Prorhinotermes: from anatomy to chemistry and function. XVI International Congress of International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août Krasulová J., Šobotník J., Sillam-Dussès D., Jiroš P., Kalinová B., Kutalová K., Valterová I., Hanus R., (2011) Chemical ecology of the sand termite Psammotermes hybostoma (Isoptera, Rhinotermitidae): Trail-following and sex pheromones, defensive compounds. International Symposium on Molecular Insect Science. Amsterdam, Pays-Bas, 2-5 octobre Okada Y., Plateaux L., Peeters C., (2010) Morphometric study of intercastes in the ant Temnothorax nylanderi: variability of queen-worker mosaics. XVI International Congress of International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août 2010, p Ruel C., Doums C., Haussy C., Tirard C., (2007) Division du travail et défenses immunitaires chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Toulouse, 3-5 septembre 2007, p76 6. Sébastien A., Fisher B., Peeters C., (2010) Behavioural regulation of monogyny among ergatoid queens in Eutetramorium mocquerysi, an ant from Madagascar. XVI International Congress of International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août 2010, p Sillam-Dussès D., Hanus R., Kalinová B., Jiroš P., Bordereau C., Abd El-Latif A.O., Březinová A., Cvačka J., Valterová I., Šobotník J., (2010) First identification of termite trail pheromones by using GC-EAD. Annual congress of International Society of Chemical Ecology, Tours, France, 31 juillet août Sillam-Dussès D., Sémon E., Robert A., Anani Kotoklo E., Šobotník J., Hanus R., Valterová I., Bordereau C., (2010) Multi-component trail pheromone in termites (Isoptera). XVI International Congress of International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août Westhus C., Doums C., Cremer S., (2010) Hygienic brood care: is it affected by experience? XVI International Congress of International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août 2010, p Westhus C., Doums C., Cremer S., (2011) The effect of individual experience on hygienic task performance. ESEB, Tübingen, Germany Ouvrages scientifiques (OS) 1. Sillam-Dussès D., (2010) Trail pheromones and sex pheromones in termites. New York, Novinka, 79 pp. 121

124 Chapitres d ouvrages 1. Boulinier T., Charmantier A., Doligez B., Doutrelant C., Ganem G., Grégoire A., Leitão A., Monnin T., (2010) Écologie comportementale: une approche évolutive du comportement. In «Biologie évolutive» (Thomas F, Lefevre T, Raymond M éds.). De Boeck Université, Bruxelles, pp Peeters, C., Liebig J., (2009) Fertility signaling as a general mechanism of regulating reproductive division of labor in ants. In: «Organization of Insect Societies: From Genome to Socio-Complexity (Gadau J., Fewell J. eds). Harvard University Press, Cambridge, pp Peeters C., Molet M., (2010) Colonial reproduction and life histories. In: «Ant Ecology» (Lach L, Parr C, Abbott K eds). Oxford University Press, pp Sillam-Dussès D., (2011) Trail pheromones and sex pheromones in termites: glandular origin, chemical nature, and potential use in pest management. In: «Pheromones: Theories, Types and Uses» (IM Gregory ed). New York, NY., pp Publications de vulgarisation (PV) 1. Molet M., Peeters C., (2010) La reproduction des colonies. Le courrier de la nature - numéro spécial fourmis, 250, Monnin T., Peeters C., (2007) Fourmis ouvrières au pouvoir. La Recherche, 405, Monnin T., Peeters C., Doums C., (2007) Conflits sociaux. Hors-série Sciences et Avenir, 152, Peeters, C., (2008) Pourquoi les fourmis ont-elles réussi? Découverte 354: Peeters C., (2010) Une formidable diversification alimentaire. Le courrier de la nature - numéro spécial fourmis, 250, Peeters C., Wiwatwitaya D., (2012) Weaver ants - the marvellous architects. Asian Geographic, 92, Autres productions (AP) Réalisation d'une collection de films de diffusion scientifique, avec Kantep Studio Des fourmis animées pour vulgariser écologie et évolution: 2 films de 8 mins Nous, les fourmis Chasseuses solitaires (coproduction CNRS Images) Nous, les fourmis Au début, la reine 122

125 3. Fiche résumée des Equipes a. «Changements Globaux et Processus Adaptatifs» 125 b. «Eco-Evolution Mathématique» 129 c. «Ecologie des Populations et des Communautés» 135 d. «Ecophysiologie Evolutive» 139 e. «Evolution des Sociétés Animales»

126 124

127 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Equipe Changements Globaux et Processus Adaptatifs Intitulé de l unité : Ecologie & Evolution, UMR 7625 Nom du Directeur de l unité : Bernard Cazelles Nom du responsable de l équipe : Manuel Massot Effectifs de l entité 5 enseignants-chercheurs ; 2 chercheurs ; 4 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 2 post docs et doctorants. Personnels ayant quitté l entité pendant le contrat en cours 6 statutaires (269 mois) ; 4 doctorants (132 mois) ; 2 post-docs (36 mois). Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels Recrutement d une Maître de Conférences UPMC qui était en post-doctorat Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier juin 2012) : 1) Inhibition de la dispersion chez le lézard vivipare en réponse au réchauffement climatique (Massot et al. 2008, Global Change Biology). Seulement 3 autres études ont testé l impact du changement climatique sur la dispersion bien qu il s agisse d une réponse critique pour le devenir des espèces. 2) Proposition d une nouvelle théorie pour expliquer le paradoxe évolutif lié à l existence de la vie post-reproductive et test sur 11 lignées clonales de collemboles (Tully et Lambert 2011, Evolution). 3) Illustration de la puissance des approches intégratives dans l étude du processus complexe de vieillissement et mise en évidence d un coût de reproduction à l origine de la sénescence (Massot et al. 2011, Functional Ecology). 4) Résultat novateur d une relation entre dispersion et système de reproduction à une échelle intrapopulationnelle (Laloi et al. 2009, Ecology Letters). 125

128 5) Comparaison d estimateurs de la sélection sexuelle qui ont montré d importantes divergences. Cette étude souligne la prudence nécessaire pour comparer différentes études et espèces (Fitze et Le Galliard 2011, The American Naturalist). Bilan quantitatif des publications de l entité 65 publications : - 56 articles dont 64 % dans le premier quartile de la discipline ECOLOGY d ISI Web, 18 % dans le second quartile et 18 % dans le troisième quartile. - 5 chapitres de Livre - 4 articles de vulgarisation Indiquer les 5 publications majeures de l entité : Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal, heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations. Ecology Letters, 12, Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2011) Inconsistency between different measures of sexual selection. The American Naturalist, 178, Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009) Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology Letters, 12, Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction risk. Global Change Biology, 14, Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against indeterminacy. Evolution, 65, Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l entité avec son environnement socioéconomique ou culturel : Interview de T. Tully à l'émission de la radio suisse romane (2 septembre 2011, A quoi sert la ménopause? Indiquer les principales contributions de l entité à des actions de formation : - D LALOI responsable UE de 1ère année de Master Education et Formation de l UPMC - D LALOI co-responsable UE de 1ère année de Master spécialité Ecologie Biodiversité Evolution de l UPMC - D LALOI responsable de 2 UE de 2ème année de Master spécialité Ecologie Biodiversité Evolution de l UPMC - T TULLY responsable de l'ue démarches et outils pédagogiques du M2 Education et Formation SVT de l'université Paris 6 - T TULLY responsable de l'ue Transpositions didactiques du M2 EFSVT de Paris 7 - T TULLY responsable d'un semestre du parcours initiation à la recherche en développement durable de M2 formation des maîtres à l'iufm de Paris - J-F LE GALLIARD responsable de l UE Ecologie-Evolution de la Licence interuniversitaire de l Ecole Normale Supérieure de Paris 126

129 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Global Change and Adaptative Process Team Department: Ecologie & Evolution UMR 7625 Department Head: Bernard Cazelles Team Leader: Manuel Massot Effectifs de l entité (au début du contrat en cours ; préciser si l entité a été créée au cours de la période d évaluation) 5 Assistant professors; 2 researchers; 4 technicians and engineers ; 2 post-docs and PhDs. Personnels ayant quitté l entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés dans l entité au cours de cette période) 6 permanent members (269 months) ; 4 PhDs (132 months) ; 2 post-docs (36 months). Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels (Préciser l affiliation et le statut précédent.) Recruitment of an Assistant professor UPMC who was previously a post-doc Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier juin 2012) : Indiquer les résultats majeurs obtenus par l entité (une à trois lignes par résultat, au maximum 5 résultats majeurs). Ces résultats peuvent correspondre à tout type de production scientifique ou technique (publications, brevets, licences, logiciels, etc.). 1) Inhibition of dispersal in the common lizard in response to the climate warming (Massot et al. 2008, Global Change Biology). Only 3 other studies tested the impact of the climate warming on dispersal although this is a critical response of species for their fate. 2) Proposal of a new thory to explain the evolutive paradox of the post-reproductive life and test on 11 clones of a collembola (Tully et Lambert 2011, Evolution). 3) Illustration of the power of integrative approaches in the study of the complex process of ageing and finding of a reproductive cost as a cause of senescence (Massot et al. 2011, Functional Ecology). 4) Pioneering result of a relationship between dispersal and mating system at the individual level (Laloi et al. 2009, Ecology Letters). 127

130 5) Comparison of estimates of sexual selection that showed inconsistencies. This study underscores the need for caution when comparing studies and species (Fitze et Le Galliard 2011, The American Naturalist). Bilan quantitatif des publications de l entité 65 publications : - 56 papers with 64 % in the first quartile of the category ECOLOGY in Web of Knowledge, 18 % in the second quartile and 18 % in the third quartile. - 5 book chapters - 4 general audience papers Indiquer les 5 publications majeures de l entité : Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal, heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations. Ecology Letters, 12, Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2011) Inconsistency between different measures of sexual selection. The American Naturalist, 178, Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009) Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology Letters, 12, Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction risk. Global Change Biology, 14, Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against indeterminacy. Evolution, 65, Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l entité avec son environnement socioéconomique ou culturel : Interview of T. Tully to the radio suisse romane (2 september 2011, A quoi sert la ménopause? Indiquer les principales contributions de l entité à des actions de formation : - D LALOI in charge of 1 UE of the first year of the Master Education et Formation, UPMC - D LALOI co-head of 1 UE of the first year of the Master Ecologie Biodiversité Evolution, UPMC - D LALOI in charge of 2 UE of the second year of the Master Ecologie Biodiversité Evolution, UPMC - T TULLY in charge of UE démarches et outils pédagogiques of the Master2 Education et Formation SVT, University of Paris 6 - T TULLY in charge of UE Transpositions didactiques of the Master2 EFSVT, University of Paris 7 - T TULLY in charge of a semestre in the cursus initiation à la recherche in Sustainable development of the Master2 Formation des maîtres, IUFM de Paris - J-F LE GALLIARD in charge of the UE Ecologie-Evolution of the Licence interuniversitaire of the Ecole Normale Supérieure of Paris 128

131 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Equipe Eco-Evolution Mathématique Intitulé de l unité : Ecologie & Evolution UMR 7625 Nom du Directeur de l unité : Bernard Cazelles Nom du responsable de l équipe : Régis Ferrière Effectifs de l entité : 7 statutaires recherche/enseignement : 4 enseignants-chercheurs (Bernard Cazelles, David Claessen, Régis Ferrière, Amaury Lambert) ; 3 chercheurs (Silvia De Monte, Frantz Depaulis, Minus van Baalen). 3 techniciens, ingénieurs et autres personnels (Sandrine Adiba, Stéphane Legendre, Bruno Verdier). 14 post docs et doctorants (post-docs : Ben-Ari, Burgarella, Evans, Lopez-Sepulcre, Navascues, Ward; doctorants : Aguilée, Ballesteros, Ben Ari, Camacho, Carval, Gauzens, Lion, Pocheville). Personnels ayant quitté l entité pendant le contrat en cours : 2 statutaires (Amaury Lambert, Bruno Verdier) ; 9 doctorants (288 mois) ; 5 post-docs (116 mois). Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels : Jean-Baptiste André. Recrutement CNRS CR2. Origine : post-doctorant Queens University. Andres Lopez-Sepulcre. Recrutement CNRS CR2. Origine : post-doctorant UMR 7625 et UC Riverside. Tom Van Dooren. Recrutement CNRS CR1. Origine : professeur-assistant, Leiden University. Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier juin 2012) : 1) Mise en évidence et analyse de l influence des changements environnementaux à grande échelle sur les dynamiques non-linéaires de populations. Applications à des cas d importance globale : pêcheries et épidémies (grippe, HIV, Dengue). 2) Généralisation de la théorie des dynamiques adaptatives aux populations structurées et aux populations finies. Développement d une classification générale des rétroactions éco-évolutives en fonction des caractéristiques écologiques de régulation démographique (densité-dépendance). 129

132 3) Nouvelles applications des modèles de dynamiques adaptatives : prédictions d évolution et diversification de la virulence prenant en compte les dynamiques intra et inter-hôtes du pathogène et la dynamique immunitaire de l hôte ; conditions de stabilité éco-évolutive des mutualismes. 4) Extension des théories classiques de la spéciation aux paysages dynamiques. Généralisation écoévolutive de la théorie métabolique et prédictions des patrons de spéciation et diversité à grande échelle. Mise en évidence chez les primates de la conservation des gènes sous sélection positive. 5) Nouveaux développements de la théorie des jeux évolutionnaires et applications à l étude des mécanismes de l évolution de la coopération chez l homme et les animaux non-humains. Remise en question des modèles d évolution culturelle et proposition d hypothèses alternatives. Bilan quantitatif des publications de l entité ( ) 114 articles ont été publiés par les membres de l équipe dans des revues internationales référencées durant la période contractuelle écoulée. 70 articles, soit près des deux tiers de la production d EEM, sont parus dans des revues de facteur d impact supérieur à 4. Quatre membres de l équipe ont un h-index supérieur à 15 (Bernard Cazelles 19, Regis Ferriere 24, Minus van Baalen 17, Tom Van Dooren 16). Indiquer les 5 publications majeures de l entité : Enard D, Depaulis F, Roest Crollius H (2010) Human and non-human primate genomes share hotspots of positive selection. PLoS Genetics 6: e Kausrud KL, Mysterud A, Steen H, Vik JO, Østbye E, Cazelles B, Framstad E, Eikeset AM, Mysterud I, Solhøy T, Stenseth NC (2008) Linking climate change to lemming cycles. Nature 456 : Lion S, van Baalen M (2008) Self-structuring in spatial evolutionary ecology. Ecology Letters 11: Stegen JC, Enquist BJ, Ferriere R (2009) Advancing the metabolic theory of diversity. Ecology Letters 12: d Ovidio F, De Monte S, Alvain S, Dandonneau Y, Levy M (2010) Fluid dynamical niches of phytoplankton types. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107: Indiquer au maximum 5 documents majeurs : Développement des logiciels ULM et ZEN de simulation de dynamiques des populations et dynamiques éco-évolutives. Documentation technique associée à la création de l Unité Mixte de Service ENS-CNRS CEREEP-ECOTRON IleDeFrance et à l inscription de l ECOTRON en TGE-TGIR : Cahier des Charges ; Dossiers de Définition ; Dossiers de Production ; Plan de Maintenance ; Plan de Valorisation Industrielle (contrat de collaboration avec industriel partenaire, trois déclarations d invention). Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l attractivité académiques de l entité : EEM entretient plus de 40 collaborations actives nationales (hors UMR 7625) et internationales. Accueil de 18 séjours de recherche, dont 2 professeurs en année sabbatique (Sylvie Méléard, Ecole Polytechnique, 2007 ; Frédéric Guichard, McGill University, 2008) et 6 postdoctorants. Les membres d EEM ont donné 30 conférences invitées dans le cadre de workshops et colloques internationaux (sans compter les séminaires de laboratoires et réunions de groupes de travail). Organisation de 4 colloques internationaux (et d écoles thématiques internationales voir plus loin rubrique «actions de formation») : Biology and Game Theory (UPMC, Paris, 4-6/11/2010); MINT : 130

133 Microbes in interaction (Institut des Systèmes Complexes Ile-de-France, Paris, 1-2/07/2010); Ecotron- Based Experimental Research on Complex Ecological Systems (EU workshop, Montpellier, 9-11/7/2009); From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact In Nature? (NSF-CNRS, Biosphere2-University of Arizona, 11-15/11/2009). EEM équipe coordinatrice ou équipe partenaire dans 18 contrats de recherche, dont 5 contrats européens (FP6 et FP7) et 1 contrat nord-américain (NSF). Participation à 3 Groupements de Recherche CNRS et coordination ou partenariat de 18 contrats de recherche, dont 5 contrats européens (FP6 et FP7) et 1 contrat nord-américain (NSF FIBR). Fonctions d Editeur Associé pour les revues : Ecology Letters, Evolution, Evolutionary Ecology, Proceedings of the Royal Society London B, Journal of Evolutionary Biology, Animal Biology, Infectious Diseases : Research and Treatment, Chaos, Solitons & Fractals. Nomination d un membre d EEM à l Institut Universitaire de France. Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l entité avec son environnement socioéconomique ou culturel : Direction et direction-adjointe de l UMR 7625 (depuis 2005). Création et direction ( ) de l UMS 3194 «Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive (CEREEP) ECOTRON IleDeFrance». Participation aux Commissions de Spécialistes et Comités de Sélection (CNU section 67) de l UPMC et de l ENS. Présidence de la Commission puis du Comité de l UPMC depuis Réprésentation aux commissions et comités de l ENS depuis Services d expertise auprès de la fondation canadienne pour l innovation FCI, de l agence interétablissements de recherche pour le développement (AIRD), de l Alliance AVIESAN dans le Groupe FONDAVA. Représentation au Conseil Scientifique du Parc National du Mercantour. Interactions avec les médias nationaux : participation à des émissions audiovisuelles culturelles, interviews pour la presse scientifique. Participation à des manifestations grand-public : Fête de la Science, conférences «année Darwin» en 2009 ; cycle de conférences de l ENS sur la biodiversité en Indiquer les principales contributions de l entité à des actions de formation : Création et co-responsabilité du Master 2 Ecologie-Biodiversité-Evolution (co-habilité avec UPSud, AgroParisTech, ENS, MNHN) du Master de Sciences et Technologie de l UPMC (Bernard Cazelles, Régis Ferrière, David Claessen) Direction des enseignements d écologie, d évolution, et de modélisation du Département de Biologie de l ENS (Régis Ferrière). Directions des Etudes du CERES (Centre d Enseignement et de Recherche sur l Environnement et la Société, ENS) (David Claessen). Coordination et animation d écoles thématiques récurrentes : Ecole d Eté de Biologie de Luminy (annuelle depuis 2001) ; Ecole Interdisciplinaire d échanges et de formation en biologie («Ecole de Berder», ) ; Ecole internationale «Chaos and Dynamics in Biological Networks» à l institut d études scientifiques de Cargèse ( ) ; Winter School on Advanced Ecological Statistics (depuis 2009), Winter School on Evolutionary Dynamics (depuis 2010), Summer School «Michael Ghil» on Feedbacks in Environmental Systems (depuis 2011). 10 thèses de doctorat (soutenues), 9 stages de M2 ou fin d études ingénieur, 6 stages de M1 et 3 stages de L3 encadrés au cours de la période de référence. 5 thèses en cours. Participation à 53 jurys de thèses de doctorat, dont 7 en tant que rapporteur et 19 en tant que président du jury. Participation à 7 jurys d Habilitation à Diriger des Recherches, dont 4 en tant que rapporteur et 3 131

134 en tant que président du jury. Participation à des comités de thèse de doctorat (12 membres.comités). Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Eco-Evo Math Team Department: Ecologie & Evolution UMR 7625 Department Head: Prof. Dr. Bernard Cazelles Team Leader: Prof. Dr. Régis Ferrière Team people 7 faculty including 4 teaching faculty (Bernard Cazelles, David Claessen, Régis Ferrière, Amaury Lambert) and 3 research faculty (Silvia De Monte, Frantz Depaulis, Minus van Baalen). 3 research technicians (Sandrine Adiba, Stéphane Legendre, Bruno Verdier). 14 post-doctoral fellows and PhD students (post-docs : Ben-Ari, Burgarella, Evans, Lopez- Sepulcre, Navascues, Ward ; PhD students : Aguilée, Ballesteros, Ben Ari, Camacho, Carval, Gauzens, Lion, Pocheville). Team alumni from teaching faculty ; 1 research technician ; 9 PhD graduates (288 months cumulative) ; 5 post-docs (116 months cumulative). Team hires in Jean-Baptiste André. CNRS research scientist. Formerly post-doctoral fellow at Queens University. Andres Lopez-Sepulcre. CNRS research scientist. Formerly post-doctoral fellow at UMR 7625 and UC Riverside. Tom Van Dooren. CNRS research scientist, Sr. Formerly assistant professor, Leiden University. Scientific production (1 January June 2012) : 1) Demonstration and analysis of the effect of large-scale environmental change on non-linear population dynamics. Application to cases of global relevance, such as fisheries and epidemics (influenza, HIV, Dengue). 132

135 2) Generalization of adaptive dynamics theory to age-, stage- and space-structured populations and to finite populations. Development of general theory to predict patterns of adaptive dynamics from the ecological characteristics of population regulation (density dependence). 3) Novel applications of adaptive dynamics modeling : Predicting the evolution and diversification of virulence from models that integrate intra- and inter-host pathogen dynamics and host immunity dynamics. Identifying ecological conditions for the eco-evolutionary stability of mutualism. 4) Extension of classical speciation theory to dynamical landscapes. Unifying metabolic theory and eco-evolutionary models to predict large-scale patterns of species diversity. Genomic-based demonstration (in primates) of positive selection acting on same genes as species branch. 5) Novel development and application of evolutionary game theory to investigate the mechanisms of cooperation evolution in human versus non-human animals. Critical re-assessment of cultural evolution models of altruism in humans. Publication analysis ( ) 114 articles were published in international peer-reviewed journals, including Nature (3 papers), PNAS (6), Ecology Letters (4), Proceedings B (9), American Naturalist (18). 70 articles appeared in journals with IF > 4. Four team members with h-index 16 (Bernard Cazelles 19, Regis Ferriere 24, Minus van Baalen 17, Tom Van Dooren 16). Most significant publications (max. 5) Team members names underscored. Enard D, Depaulis F, Roest Crollius H (2010) Human and non-human primate genomes share hotspots of positive selection. PLoS Genetics 6: e Kausrud KL, Mysterud A, Steen H, Vik JO, Østbye E, Cazelles B, Framstad E, Eikeset AM, Mysterud I, Solhøy T, Stenseth NC (2008) Linking climate change to lemming cycles. Nature 456 : Lion S, van Baalen M (2008) Self-structuring in spatial evolutionary ecology. Ecology Letters 11: Stegen JC, Enquist BJ, Ferriere R (2009) Advancing the metabolic theory of diversity. Ecology Letters 12: d Ovidio F, De Monte S, Alvain S, Dandonneau Y, Levy M (2010) Fluid dynamical niches of phytoplankton types. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107: Other major productions (max. 5) Development of ULM and ZEN softwares for simulations of non-linear stochastic population and eco-evolutionary dynamics. Conception, design, and supervision of construction of ECOTRON prototype for experimental research on synthetic ecosystems in contained and controlled environments. Creation of CNRS-ENS ECOTRON Laboratory (Unité Mixte de Services 3194). Registration of ECOTRON on Very Large Research Equipment and Infrastructure national and European listings. Major facts showing team visibility and impact in academia (max. 5) EEM entertains more than 40 active national and international collaborations. EEM hosted 18 visitors for collaborative research, including 2 professors on sabbatical leave (Sylvie Méléard, Ecole Polytechnique, 2007; Frédéric Guichard, McGill University, 2008) and 6 post-doctoral fellows. EEM members accepted 30 invitations to present lectures at international conferences and workshops, and EEM organized or co-organized 4 international workshops and schools : Biology 133

136 and Game Theory (UPMC, Paris, 4-6/11/2010); MINT : Microbes in interaction (Institut des Systèmes Complexes Ile-de-France, Paris, 1-2/07/2010); Ecotron-Based Experimental Research on Complex Ecological Systems (EU workshop, Montpellier, 9-11/7/2009); From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact In Nature? (NSF-CNRS, Biosphere2-University of Arizona, 11-15/11/2009). EEM is the coordinating team or a partner team on 18 research grants, including 5 European Union grants (FP6 and FP7) and one USA National Science Foundation grant. EEM members serves on the Editorial Board of Ecology Letters, Evolution, Proceedings of the Royal Society London B, Journal of Evolutionary Biology, Evolutionary Ecology, Animal Biology, Infectious Diseases : Research and Treatment, Chaos, Solitons & Fractals. EEM had one member elected at Institut Universitaire de France. Major professional service and outreach achievements (besides research production and teaching) (max. 5) UMR 7625 has been chaired and co-chaired by EEM members since UMS 3194 ENS-CNRS «Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive (CEREEP) ECOTRON IleDeFrance» has been founded and chaired ( ) by EEM member. EEM research featured in the press, interviews, and participation in radio and TV broadcasts. Presentation at broad-audience public conferences : «Fête de la Science», «2009 Darwin Year» conferences, ENS public conference cycle on biodiversity (2011). EEM members are on UPMC and ENS hiring committees. EEM represented on the Scientific Board of the Mercantour National Park. Refereeing and consulting for the Fondation Canadienne pour l Innovation (FCI), Agence Interétablissements de Recherche pour le Développement (AIRD), and AVIESAN Alliance within the FONDAVA group. Major contributions to teaching and training Founding member and coordinating team of Master 2 «Ecologie-Biodiversité-Evolution» representing UPMC partner and ENS partner (jointly with three other partners : UPSud, AgroParisTech, MNHN). Coordination and teaching of ecology, evolutionary biology, and modelling curriculum at ENS. Direction of Studies at CERES (Centre d Enseignement et de Recherche sur l Environnement et la Société, ENS). Organization of annual schools: Ecole d Eté de Biologie de Luminy (yearly since 2001) ; Ecole Interdisciplinaire d Echanges et de Formation en Biologie (Berder, ) ; Ecole internationale «Chaos and Dynamics in Biological Networks» à l institut d études scientifiques de Cargèse ( ), Winter School on Advanced Ecological Statistics (since 2009), Winter School on Evolutionary Dynamics (since 2010), Summer School «Michael Ghil» on Feedbacks in Environmental Systems (since 2011). EEM members advised or co-advised 10 PhD students who graduated in , 9 masters students (M2), 6 masters students (M1), 3 senior undergarduate students. There are currently 5 PhD students in EEM. EEM was represented in the jury of 53 PhD defenses, as referee for 7 theses and chair of the defense committee for 19 theses. EEM was represented in the jury of 7 «Habilitations à Diriger des Recherches» (HDR), as referee for 4 HDR and as chair of the defense committee for 3 HDR. EEM members participated in 12 PhD students guidance committees. 134

137 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Équipe «Écologie des populations et communautés (EPC)» Intitulé de l unité : Écologie et Évolution Nom du Directeur de l unité : Bernard Cazelles Nom du responsable de l équipe : Roger Arditi Effectifs de l entité (au début du contrat en cours ; préciser si l entité a été créée au cours de la période d évaluation) 4 enseignants-chercheurs ; 0 chercheurs ; 0 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 4 post docs et doctorants. Personnels ayant quitté l entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés dans l entité au cours de cette période) 1 statutaire (24 mois) ; 4 doctorants (65 mois) ; 1 post-doc (3 mois). Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels (Préciser l affiliation et le statut précédent.) 1 MCF (précédemment ATER à l U de Bourgogne, Dijon) ; 5 doctorants ; 3 postdocs ; 4 invités Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier juin 2012) : 1) Populations et communautés de ravageurs des cultures : applications agroécologiques (2 projets, 6 ACL) 2) Dynamique et évolution des parasites, parasitoïdes et prédateurs (3 projets, 3 ACL) 3) Théorie des réseaux d interactions (5 projets, 9 ACL, 1 livre, 2 chapitres) 4) Impact de la structure spatiale sur les systèmes trophiques et les métacommunautés (4 projets, 8 ACL) Bilan quantitatif des publications de l entité 30 ACL, 21 C-INV, 15 C-COM, 5 C-AFF, 1 DO, 2 OS-livr, 2 OS-chap, 1 AP. Indiquer les 5 publications majeures de l entité : Lopes C., Spataro T., Doursat C., Lapchin L. & Arditi R. (2007) An implicit approach to model plant infestation by insect pests. Journal of Theoretical Biology, 248,

138 Loeuille N. (2010) Influence of evolution on the stability of ecological communities. Ecology Letters, 13, Répertorié par Faculty of 1000 (score=8). Médoc V. & Beisel J.N. (2011) When trophically-transmitted parasites combine predation enhancement with predation suppression to optimize their transmission. Oikos, 120: Répertorié par Faculty of Arditi R. & Ginzburg L.R. (2012) How Species Interact : Altering the Standard view on Trophic Ecology. Oxford University Press, 192 pp. Norberg J., Klausmeier C., Urban M., Vellend M. & Loeuille N. (2012) Eco-evolutionary responses of biodiversity to climate change. Nature Climate Change, doi: /nclimate1588. Indiquer au maximum 5 documents majeurs (autres que publications) produits par l entité : rapport d expertise pour l AERES sur l UMR BioEpAR (Nantes) plusieurs rapports d expertise pour des agences de financement (ANR, et autres) Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l attractivité académiques de l entité : 21 invitations à donner des conférences coordination du réseau d écologie théorique CoReV collaborations avec 15 équipes en France, 13 équipes en Europe et 12 équipes hors d Europe obtention de 240 mois de salaires pour thésards et postdocs participations à six contrats collaboratifs d un total de , dont au bénéfice du fonctionnement de l équipe Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l entité avec son environnement socioéconomique ou culturel : 1 action de formation continue «vulgarisée» pour les personnels du MEDD 1 projet financé par le DIM ASTREA (programme de la Région IdF mettant l accent sur les retombées sociéconomiques des recherches scientifiques) implications dans plusieurs associations scientifiques (SFE, AFL, BES, ESA) Indiquer les principales contributions de l entité à des actions de formation : forte implication dans le master EBE (pilotage général, parcours, modules, stages, jurys) accueil de 15 stagiaires L3, M1, M2 accueil de 8 doctorants 3 actions de formation continue pour chercheurs (1 en Tunisie, 2 à l INRA) 136

139 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Team «Écologie des populations et communautés (EPC)» Department: Ecologie & Evolution UMR 7625 Department Head: Bernard Cazelles Team Leader: Roger Arditi Numbers of persons in the entity (at beginning of current contract) 4 teachers-researchers; 0 researchers; 0 technicians, engineers et others; 4 post-docs et doctoral students. Numbers of persons having left the entity during the current contract (numbers of cumulated months spent in the entity) 1 permanent (24 months) ; 4 doctoral students (65 months) ; 1 post-doc (3 months). Numbers of persons recruited during the current contract et origin (Préciser l affiliation et le statut précédent.) 1 MCF (formerly ATER at U de Bourgogne, Dijon) ; 5 doctoral students; 3 postdocs ; 4 invitees Scientific production during the current contract (1 January June 2012) : 1) Populations and communities of crop pests: agro-ecological applications (2 projects, 6 ACL) 2) Dynamics and evolution of parasites, parasitoids and predators (3 projects, 3 ACL) 3) Theory of interaction networks (5 projects, 9 ACL, 1 book, 2 chapters) 4) Impact of spatial structure on trophic systems and metacommunities (4 projects, 8 ACL) Quantitative balance of entity s publications 30 ACL, 21 C-INV, 15 C-COM, 5 C-AFF, 1 DO, 2 OS-livr, 2 OS-chap, 1 AP. Mention 5 major publications in the entity (underscore the names of entity s members) : Lopes C., Spataro T., Doursat C., Lapchin L. & Arditi R. (2007) An implicit approach to model plant infestation by insect pests. Journal of Theoretical Biology, 248, Loeuille N. (2010) Influence of evolution on the stability of ecological communities. Ecology Letters, 13, Répertorié par Faculty of 1000 (score=8). 137

140 Médoc V. & Beisel J.N. (2011) When trophically-transmitted parasites combine predation enhancement with predation suppression to optimize their transmission. Oikos, 120: Répertorié par Faculty of Arditi R. & Ginzburg L.R. (2012) How Species Interact : Altering the Standard view on Trophic Ecology. Oxford University Press, 192 pp. Norberg J., Klausmeier C., Urban M., Vellend M. & Loeuille N. (2012) Eco-evolutionary responses of biodiversity to climate change. Nature Climate Change, doi: /nclimate1588. Mention up to 5 major documents: expert report for AERES about UMR BioEpAR (Nantes) several expert reports for various funding agencies (ANR, and others) Mention up to 5 facts illustrating the recognition and scientific attractiveness of the entity: 21 invited talks coordination of research network in theoretical ecology CoReV collaborations with 15 teams in France, 13 teams in Europe and 12 teams out of d Europe obtention of 240 months of salaries for doctoral students and postdocs participation in six collaborative contracts totalling , of which to the benefit of the team s functioning Mention up to 5 facts illustrating the interactions of the entity with the socio-economic and cultural environment : 1 programme in continuing education for the general personnel of the Ministry of Ecology 1 project funded by DIM ASTREA (programme of the Région IdF that emphasizes the socio-economical outcome of scientific research) involvement in several science societies (SFE, AFL, BES, ESA) Mention the major contributions of the entity to teaching : strong involvement in EBE master s programme (general organization, sub-programmes, modules, internships, jurys) reception of 15 interns L3, M1, M2 reception of 8 doctoral students 3 continuing education actions for researchers (1 in Tunisia, 2 at INRA) 138

141 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Equipe Eco-Physiologie Evolutive Intitulé de l unité : Ecologie-Evolution UMR 7625 Nom du Directeur de l unité : Bernard Cazelles Nom du responsable de l équipe : Sandrine Meylan Effectifs de l entité (au début du contrat en cours ; préciser si l entité a été créée au cours de la période d évaluation) L entité a été crée en janvier 2011, au cours de la période d évaluation. Elle est composée actuellement de: 6 enseignants-chercheurs; 0 chercheurs ; 2 assistants ingénieurs ; 2 post docs et 4 doctorants. Personnels ayant quitté l entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés dans l entité au cours de cette période) 0 statutaires (x mois) ; 2 doctorants (21 mois) ; 0 post-docs (x mois). Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels (Préciser l affiliation et le statut précédent.) Julie Legoupi, Assistante ingénieure recrutée sur un poste Noémi, provenant de URA 2578, Unité Génétique moléculaire murine, Institut Pasteur. Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier juin 2012) : 1) Nous avons mis en évidence des coûts liés aux conflits sociaux chez une fourmi sans reine: les interactions agressives liées au partage de la reproduction se traduisent par une baisse de l'immunocompétence affectant le groupe dans son ensemble, ainsi que par une diminution du travail des ouvrières. L'existence de tels coûts peut expliquer la rareté des conflits chez les hyménoptères sociaux (Bocher et al. 2008). 2) Nous suggérons que les hormones, en particulier les stéroïdes, et les effets maternels pourraient jouer un rôle primordial dans la persistance des espèces dans des environnements altérés. Nous 139

142 suggérons également que les hormones pourraient alors être un outil puissant en biologie de la conservation (Meylan et al. 2012). 3) Nos résultats expérimentaux ont montré un transfert d anticorps avant et après la naissance, respectivement via le jaune d œuf et le lait de jabot, et un effet différentiel de ces transferts sur l immunité du poussin (rôle de protection et effet éducateur du transfert d anticorps)(jacquin et al. 2012). 4) Nous avons montré qu il existe chez les oiseaux une relation interspécifique positive entre la concentration en caroténoïdes dans les œufs et l intensité des signaux colorés chez les mâles. Les effets maternels pourraient donc promouvoir ou contraindre l évolution des traits sexuels secondaires (Biard et al., 2009). 5) Nos résultats chez le pigeon ont montré expérimentalement que la restriction alimentaire affecte les paramètres de fitness différemment selon le morphe. Ces résultats suggèrent que la variabilité spatio-temporelle des ressources alimentaires joue un rôle important dans le maintien du polymorphisme de couleur mélanique (Jacquin et al. 2012). Bilan quantitatif des publications de l entité 64 articles dans des revues à comité de lecture dont 44 (68,75% ) dans le premier quartile des disciplines concernées, 17 (26,57%) dans le second quartile, 2 (3,12%) dans le troisième et seul 1 article est dans le dernier quartile (soit 1,56%). 2 ouvrages d enseignement en biologie 2 ouvrages de vulgarisation Indiquer les 5 publications majeures de l entité : 1) Bocher A., Doums C., Millot L. and Tirard C. (2008). reprodutive conflicts affect labor and immune defense in the queenless ant Diacamma sp. Nilgiri. Evolution 62, ) Meylan S., Miles D.B. and Clobert J. (2012). Hormonally mediated maternal effects, individual strategy and global change. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 367, ) Jacquin L. Blottière L., Haussy C., Perret S. and Gasparini J. (2012). Prenatal and postnatal parental effects on immunity and growth in lactating pigeons. Functional Ecology 26, ) Biard C., Gil D., Karadas F., Saino N., Spottiswoode C., Surai P.F. and Møller A.P. (2009). Maternal effects mediated by antioxidants and the evolution of carotenoid-based signals in birds. The American Naturalist 174, ) Jacquin L., Récapet C., Bouche P. Leboucher G. and Gasparini J. (2012). Melanin-based coloration reflects alternative strategies to cope with food limitation in pigeons. Behavioral Ecology 23, Indiquer au maximum 5 documents majeurs (autres que publications) : - Livret Le Pigeon en ville réalisé à partir du groupe interdisciplinaire et interprofessionnel Ecologie de la restauration et Gestion de la Nature, publié par Natureparif Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l attractivité académiques de l entité : 140

143 - Gasparini Julien. Ecologie évolutive du transfert intergénérationnel de l immunité et du polymorphismqe de couleur. Invité par Jean-Luc Da Lage, séminaire du Laboratoire Evolution, Génome, Spéciation, UPR 9034 CNRS, Gif-sur-Yvette. 6 juillet Gasparini Julien. Rôle adaptatif de la coloration mélanique dans un environnement variable. Invité par Pierre-Yves Henry, Séminaire du laboratoire Mécanismes adaptatifs: des organismes aux communautés, UMR 7179, CNRS--MNHN. 17 Janvier Meylan Sandrine. Modulation de la réponse au stress par des contraintes énergétiques. Invitée par Pierre-Yves Henry, Séminaire du laboratoire Mécanismes adaptatifs: des organismes aux communautés, UMR 7179, CNRS-MNHN. Février Meylan Sandrine, invitation à rédiger une revue sur les hormones, les effets maternels et les changements globaux pour la revue : Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l entité avec son environnement socioéconomique ou culturel (par exemple : contrat industriel, collaboration à une exposition majeure, émission audiovisuelle, partenariats avec des institutions culturelles, etc.) - Sandrine Meylan est membre du Conseil Scientifique du Palais de la Découverte (Universcience- Paris) - Julien Gasparini et Adrien Frantz ont participé au film Une place pour les pigeons réalisé par Amandine Bouche et sélectionné au Festival International du Film d Environnement Les membres de l équipe participent activement à la Fête de la Science sur le campus de l UPMC Indiquer les principales contributions de l entité à des actions de formation (par exemple : conception et coordination de modules de formation en master et en doctorat, accueil et suivi des doctorants, conception d outils à vocation pédagogique, action de formation continue, etc.) - Julien Gasparini et Adrien Frantz sont responsables de différentes Unités d Enseignement de master (REID, ECYC, OANE) et de la validation des stages des étudiants de Master 1 - Sandrine Meylan est responsable de parcours, d option et d unités d enseignement de 3 masters (UPMC, Paris Diderot et IUFM de Paris-Université Sorbonne) - l équipe a formé ou forme actuellement 4 doctorants - les membres de l équipe ont assuré l encadrement et la formation de 41 stagiaires de Master 1; 6 stagiaires de Master 2 - Claire Tirard a participé à la rédaction de l ouvrage Minimanuel d Ecologie ; Claire Tirard, Robert Barbault, Luc Abbadie, Nicolas Loeuille ; Editions DUNOD (2012) - Sandrine Meylan a participé à la rédaction de l ouvrage Sciences expérimentales et technologie - Préparation au nouveau concours CRPE Joel Lebeaume, Olivier Follain, Nathalie Magneron, Sandrine Meylan, Laurence Monti-Dedieu; Editions Nathan (2008) 141

144 142

145 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Equipe Evolution des Sociétés Animales Intitulé de l unité : Ecologie & Evolution Nom du Directeur de l unité : Bernard Cazelles Nom du responsable de l équipe : Claudie Doums Effectifs de l entité (au début du contrat en cours ; préciser si l entité a été créée au cours de la période d évaluation) 1 enseignants-chercheurs ; 2 chercheurs ; 1 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 4 post docs et doctorants. Personnels ayant quitté l entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés dans l entité au cours de cette période) 0 statutaires (0 mois); 3 doctorants (52 mois) ; 2 post-docs (27 mois). Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels (Préciser l affiliation et le statut précédent.) : 2 recrutements Mathieu Molet (Maître de Conférence UPMC, statut précédent : post-doctorant à Queen Mary University of London, Royaume Uni) Romain Péronnet (Technicien CNRS, statut précédent : : titulaire de la fonction publique APHP) Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier juin 2012) : 1) Nos travaux de terrain sur les stratégies d allocation lors de la reproduction par fission chez une fourmi fournissent pour la première fois des données quantitatives révélant des stratégies d allocation des ressources très variables entre colonies. 2) Un coût des conflits sociaux sur l immunité individuelle et sur le temps de travail des ouvrières a été mis en évidence chez une fourmi. Bien que cruciaux pour comprendre la résolution des conflits sociaux, ces coûts ne sont que très peu quantifiés. 3) L'étude des conflits d'intérêts pour la reproduction chez une guêpe et fourmi a montré que l'expression des conflits est minimisée. 4) Des études comparatives ont mis en évidence la diversité morphologique et fonctionnelle des reines sans ailes chez les fourmis, montré leur nature mosaïque recombinant traits de reines ailées et d ouvrières, et suggéré un mécanisme d évolution reposant sur la production d anomalies développementales intercastes. 143

146 5) Une étude de terrain sur une fourmi australienne a montré qu un gradient environnemental tropical-tempéré affecte d une part la stratégie de reproduction des colonies, notamment la qualité et la quantité des propagules produites, et d autre part la stratégie de dispersion, par le vol ou au sol. Bilan quantitatif des publications de l entité : 49 Indiquer les 5 publications majeures de l entité (avec leur titre et en soulignant, dans le cas de publications communes, le nom du ou des membres de l entité) : Bocher A., Doums C., Millot L., Tirard C., (2008) Reproductive conflicts affect labour and immune defence in the queenless ant Diacamma nilgiri. Evolution, 62, Chéron B., Cronin A.L., Fédérici P., Haussy C., Tirard C., Doums C., Monnin T., (2011) Unequal resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology, 92, Chéron B., Monnin T., Fédérici P., Doums C., (2011) Variation in patriline reproductive success during queen production in orphaned colonies of the thelytokous ant Cataglyphis cursor. Molecular Ecology, 20, Molet M., Van Baalen M., Peeters C., (2008) Shift in colonial reproductive strategy associated with a tropical-temperate gradient in Rhytidoponera ants. American Naturalist 172, Molet M., D. Wheeler, Peeters C., (2012) Evolution of novel mosaic castes in ants: Modularity, phenotypic plasticity, and colonial buffering. American Naturalist 180, sous presse Monnin T., Cini A., Lecat V., Fédérici P., Doums C., (2009) No actual conflict over colony inheritance despite high potential conflict in the social wasp Polistes dominulus. Proceedings of the Royal Society, Series B, 276, Peeters C., Molet M., (2010) Colonial reproduction and life histories. pp In: Ant Ecology (eds L. Lach, C. Parr and K. Abbott). Oxford University Press. Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l attractivité académiques de l entité : - Organisation du congrès de la section française de l IUSSI (International Union for the Study of Social Insects) à Banyuls (avril 2011) - Co-tutelle de thèse avec l Allemagne - Conférences invitées à des congrès MM = 1, CP = 1?) ou dans des instituts de recherches internationaux (MM=2, CD=1) - Expertises de projets scientifiques (7) Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l entité avec son environnement socioéconomique ou culturel - Organisation annuelle de la fête de la Science par toute l équipe - Réalisation d'une collection de films de diffusion scientifique, avec Kantep Studio - Interventions dans les écoles (4), conférences grand publics (3) et évènements naturalistes dans les musées (2) - 6 publications de vulgarisation (La Recherche, Sciences et Avenir, Le courrier de la nature, Découverte) Indiquer les principales contributions de l entité à des actions de formation : - 1 chapitre de livres d enseignement - 7 doctorants encadrés - Conception et coordination de cours, td et tp sur les sociétés d insectes en master 144

147 Vague D : Campagne d évaluation Unité de recherche 1.2. Fiche-résumé de l entité Evolution des Sociétés Animales Department: Ecologie & Evolution UMR 7625 Department Head: Bernard Cazelles Team Leader: Claudie Doums Effectifs de l entité (au début du contrat en cours ; préciser si l entité a été créée au cours de la période d évaluation) 1 enseignants-chercheurs ; 2 chercheurs ; 1 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 4 post docs et doctorants. Personnels ayant quitté l entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés dans l entité au cours de cette période) 0 statutaires (0 mois); 3 doctorants (52 mois) ; 2 post-docs (27 mois). Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels (Préciser l affiliation et le statut précédent.) : 2 recrutements Mathieu Molet (Maître de Conférence UPMC, statut précédent : post-doctorant à Queen Mary University of London, Royaume Uni) Romain Péronnet (Technicien CNRS, statut précédent : : titulaire de la fonction publique APHP) Production scientifique au cours de la période écoulée (1er janvier juin 2012) : 1) Our field work on the strategies of resource allocation during colony fission in the ant C. cursor provided quantitative data for the first time and revealed highly variable resources allocation among colonies. 2) We showed in an ant that social conflicts lower individual immunity and working of workers. Even though these costs are central for understanding conflict resolution, they have seldom been estimated. 3) The study of reproductive conflicts in a wasp and an ant showed that the expression of conflicts are often minimised to reduce their costs. 4) Comparative studies revealed a high morphological and functional diversity of wingless queens in ants, and showed that they are often mosaic individuals recombining traits of winged queens and workers. This suggests a mechanism of evolution based on the production of developmental anomalies intercastes. 145

148 5) A field study on an Australian ant showed that an environmental gradient from tropical to temperate climate affects both the reproductive strategy of colonies (quality and quantity of propagules produced) and the dispersal strategy (by flight or on the ground). Bilan quantitatif des publications de l entité : 49 Indiquer les 5 publications majeures de l entité : Bocher A., Doums C., Millot L., Tirard C., (2008) Reproductive conflicts affect labour and immune defence in the queenless ant Diacamma nilgiri. Evolution, 62, Chéron B., Cronin A.L., Fédérici P., Haussy C., Tirard C., Doums C., Monnin T., (2011) Unequal resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology, 92, Chéron B., Monnin T., Fédérici P., Doums C., (2011) Variation in patriline reproductive success during queen production in orphaned colonies of the thelytokous ant Cataglyphis cursor. Molecular Ecology, 20, Molet M., Van Baalen M., Peeters C., (2008) Shift in colonial reproductive strategy associated with a tropical-temperate gradient in Rhytidoponera ants. American Naturalist 172, Molet M., D. Wheeler, Peeters C., (2012) Evolution of novel mosaic castes in ants: Modularity, phenotypic plasticity, and colonial buffering. American Naturalist 180, sous presse Monnin T., Cini A., Lecat V., Fédérici P., Doums C., (2009) No actual conflict over colony inheritance despite high potential conflict in the social wasp Polistes dominulus. Proceedings of the Royal Society, Series B, 276, Peeters C., Molet M., (2010) Colonial reproduction and life histories. pp In: Ant Ecology (eds L. Lach, C. Parr and K. Abbott). Oxford University Press. Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l attractivité académiques de l entité : - Congress organisation of the French section of the IUSSI (International Union for the Study of Social Insects) - PhD co-supervision with a German team - Invited speaker to international congress (MM = 1, CP = 1) or in foreign research institution (MM=2, CD=1) - Referee of scientific projects for research founding agencies (7) Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l entité avec son environnement socioéconomique ou culturel : - Organisation of the annual "fête de la Science" - Making of animated scientific movies with Kantep Studio - Scientific presentation in School (4), talks for non specialist public (3) and activities in museum (2) - 6 publications in science magazines (La Recherche, Sciences et Avenir, Le courrier de la nature, Découverte) Indiquer les principales contributions de l entité à des actions de formation : - 1 textbook chapter - Supervision of 7 PhD students - Conception and organisation of teaching courses on social insects for master level 146

149 4. Organigramme fonctionnel et règlement intérieur a. Organigramme 2012 UMR 7625 ECOLOGIE ET EVOLUTION Directeur Bernard Cazelles Directeurs adjoints Pierre Fédérici et Thibaud Monnin Equipes de Recherche Changements Globaux et Processus Adaptatifs Services Généraux Gestionnaire des Ressources Humaines poste vacant Manuel Massot Claudie Doums Régis Ferrière Roger Arditi Sandrine Meylan Correspondant Formation Romain Peronnet Chercheurs et enseignants chercheurs Evolution des Sociétés Animales Chercheurs et enseignants chercheurs Eco-Evolution Mathématique Chercheurs et enseignants chercheurs Ecologie des Populations et des Communautés Chercheurs et enseignants chercheurs Ecophysiologie Evolutive Chercheurs et enseignants chercheurs Gestionnaire Financière et Comptable Nathalie Guillory (Responsable) Correspondant Valorisation David Laloi Claudie Doums Jean-Baptiste André Roger Arditi Clotilde Biard Pierre Fédérici Jean-François Le Galliard Mathieu Molet Bernard Cazelles Nicolas Loeuille Loïc Elard Informatique Manuel Massot Thibaud Monnin David Claessen Vincent Médoc Adrien Frantz Stéphane Legendre Thomas Tully Christian Peeters Silvia de Monte Thierry Spataro Julien Gasparini Jean-Marc Rossi Frantz Depaulis Sandrine Meylan Laboratoire d'analyses Génétiques ITA-ITRF ATER Régis Ferrière ATER Claire Tirard Pierre Fédérici (Responsable) Jean-Marc Rossi David Sillam-Dussès Andres Lopez-Sepulcre Céline Hauzy Murielle Richard Minus van Baalen ATER Laboratoire d'immunologie Doctorants ITA-ITRF Tom van Dooren Post-doctorant Lisa Jacquin Claudy Haussy (Responsable) Thomas Brom Pierre Fédérici Grigorios Kylafis Julie Legoupi François Mallard Romain Péronnet ITA-ITRF ITA-ITRF Laboratoire de Microbiologie L1 et L2 Sandrine Adiba Doctorants Claudy Haussy Sandrine Adiba (Responsable) Post-doctorants Stéphane Legendre Anaïs Bompard Julie Legoupi Hygiène et Sécurité Alessandro Cini Manon Costa Murielle Richard Julie Legoupi (ACMO) Roberto Andres Keller Post-doctorants Ewen Georgelin Animalerie Tamara Ben Ari Tiphaine Le Mao Doctorants Romain Peronnet Doctorants Ahmad Ismail Documentation et Secrétariat Pédagogique Florence Helft Doctorants Mélissa Martin Clarisse Coquemont Sylvain Londe Darja Dubravcic Marie Vaugoyeau Entretien et Aide de Laboratoire Claudia Westhus Thomas Garcia Fatiha Chekroun Vincent Le Bourlot Boris Sauterey UMR 7625 "Ecologie et Evolution", 7 Quai Saint Bernard, Bâtiment A - CC 237, PARIS Cedex 05 (France) Tél , Fax , web 147

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151 b. Règlement Intérieur Règlement intérieur du laboratoire d Ecologie et Evolution, UMR 7625 CNRS, UPMC, ENS Le Règlement intérieur de l UMR 7625 s applique à son personnel, les utilisateurs des infrastructures et les visiteurs dans le cadre des activités scientifiques et pédagogiques de l UMR. 1. Conseil de laboratoire Assemblée générale 1.1. Le conseil de laboratoire Son fonctionnement: Présidé par le Directeur qui en établit l ordre du jour, le conseil de laboratoire se réunie au moins trois fois par an. Les membres élus (et leurs suppléants) le sont pour 5 ans, sauf les représentants des doctorants (et leurs suppléants) qui le sont pour 2 ans. Les élections ont lieu au suffrage direct et au scrutin plurinominal à deux tours. Tout électeur est éligible. Sont électeurs : - Les personnels affectés sur un poste permanent attribué au laboratoire, l une de nos tutelles ou par un autre organisme partenaire au titre d'un contrat d'association ou d'unité Mixte. - Sous réserve d'une ancienneté minimale d'un an dans l'unité considérée, les personnels non permanents participants à l'activité de l'unité et répertoriés dans la base Labintel Sa composition: membres de droit : Le Directeur de l'unité et le(s) Directeur(s) adjoint(s). - 6 membres élus en deux collèges et 1 sous collège : 2 représentants élus chercheurs et enseignants chercheurs. 2 représentants élus ITA /IATOSS 2 représentants élus doctorants. - 7 membres nommés par le Directeur: 5 chefs d équipes 1 ACMO 1 Secrétaire Et le cas échéants des invités non permanents pour touts problèmes ponctuels. Décision CNRS n SOSI du 28/10/ Ses compétences : Son rôle est consultatif. Il peut-être consulté par le Directeur de l'unité pour diverses questions : L'état, la programmation, la coordination des recherches, la composition des équipes. Les moyens budgétaires à demander par l'unité et la répartition de ceux qui lui sont alloués. La politique des contrats de recherche de l Unité. La politique de transfert de technologie et la diffusion de l'information scientifique de l'unité. La gestion des ressources humaines. Le programme de formation en cours et pour l'année à venir. Toutes mesures relatives à l'organisation et au fonctionnement de l'unité et susceptibles d'avoir une incidence sur la situation et les conditions de travail du personnel. Les conséquences à tirer de l'avis formulé par la ou les sections du comité national de la recherche scientifique dont relève l'unité. Le Directeur de l'unité peut en outre consulter le conseil de laboratoire sur toutes autres questions concernant l'unité L assemblée générale. L assemblée générale comprend tous les personnels de l Unité. Elle est réunie sur convocation du Directeur au moins une fois par an. Pour un effectif de personnels statutaires inférieur à 30, le conseil de l Unité se réunira en assemblée générale. 149

152 2. Horaires, congés, absences Les modalités d application dans l Unité devront tenir compte de l établissement de rattachement des agents concernés Temps de travail Durée annuelle et hebdomadaire : La durée annuelle de travail effectif applicable dans la fonction publique d'etat, est de 1607 heures. Pour les enseignants-chercheurs, la durée annuelle de travail effectif est répartie en 803h de recherche et 803h (heures de travail effectif) d enseignement. Les services d enseignement en présence d étudiants sont déterminés par rapport à une durée annuelle de référence égale à 128 heures de cours (correspond à 6,3 heures de travail effectif) ou 192 heures de travaux dirigés ou de travaux pratiques (correspond à 4,2 heures de travail effectif). Personnel CNRS : La durée hebdomadaire du travail effectif pour chaque agent CNRS de l Unité travaillant à plein temps est de 38h30 sur 9 ou 10 demi-journées. Les personnels autorisés à accomplir un service à temps partiel d une durée inférieure ou égale à 80 % peuvent travailler selon un cycle hebdomadaire inférieur à 5 jours. Le temps de travail correspond à un temps de travail «effectif». Il n inclut pas la pause méridienne obligatoire qui ne peut être ni inférieure à 45 minutes ni supérieure à 2 heures. Personnel UPMC : La durée hebdomadaire du travail effectif pour chaque agent UPMC de l Unité travaillant à plein temps est de 38h30 sur 9 ou 10 demi-journées. Les personnels autorisés à accomplir un service à temps partiel d une durée inférieure ou égale à 80 % peuvent travailler selon un cycle hebdomadaire inférieur à 5 jours. Le temps de travail correspond à un temps de travail «effectif». Il n inclut pas la pause méridienne obligatoire qui ne peut être ni inférieure à 45 minutes ni supérieure à 2 heures. Référentiel national d équivalent horaire arrêté du 31 juillet Référentiel national du 14 août 2009 JO n Arrété du 15 janvier 2002 relatif à la réduction du temps de travail. Personnel ENS : La durée hebdomadaire du travail effectif pour chaque agent ENS de l Unité travaillant à plein temps est de 37h30 sur 9 ou 10 demi-journées. Le temps de travail correspond à un temps de travail "effectif, Il n inclut pas la pause méridienne obligatoire de 30 minutes. Personnel d autres tutelles : Ces personnels doivent suivre les règles décrites dans les textes règlementaires en vigueur établis par leur tutelle respective Conditions particulières (le cas échéant) : Sujétions/Astreintes : les modalités d indemnisation et la compensation des sujétions et astreintes sont définies par les circulaires téléchargeables sur le site de la direction des systèmes d information du CNRS et sur le site du Bulletin officiel du ministère de l éducation nationale. CNRS n DRH du ENS n du UPMC décret n du 25 août 2000, appliqué par l'accord-cadre du NOR : MENA X Horaires journaliers, ouverture du site, travail isolé Horaires et Ouverture La plage horaire de référence d ouverture du site débute à 7h30 et se termine à 19h30, du lundi au vendredi, à l exception des jours fériés. Après accord du responsable hiérarchique, dans le respect des dispositions relatives au nombre d heures dues, et dans l intérêt du service : Les agents peuvent individualiser leurs horaires, mais en les fixant de façon à respecter le plage de présence obligatoire qui s étend de 10h à 16h, à l exception de la pause méridienne. Les personnels concernés peuvent être autorisés à pratiquer un horaire décalé par rapport à la plage horaire de référence d ouverture du site. Les travaux effectués doivent être sans risques particuliers. L accès aux locaux en dehors de ces plages doit être expressément et nommément autorisé par le Directeur de l Unité (cf. formulaire en annexe). 150

153 Travailleur isolé Une personne peut être considérée comme «travailleur isolé» lorsqu elle est hors de portée de vue ou de voix des autres pendant des périodes prolongées, typiquement de l ordre d une heure ou plus, voire de quelques minutes si des travaux dangereux sont effectués. Le travailleur isolé préviendra toujours de son activité : agent de sécurité en fonction, collègue de travail. Le travailleur isolé utilisera systématiquement les dispositifs d alarme Travailleur Isolé de l Unité et Dispositifs d Alarme Travailleur Isolé (DATI). Le travail isolé en horaires décalés doit rester exceptionnel et sur autorisation du Directeur Congés annuels Jours ouvrés (c est-à-dire du lundi au vendredi). Tous les congés doivent être déclarés au secrétariat de l Unité. Personnel CNRS : Le nombre de jours de congés est de 32 jours ouvrés, par année civile, déduction faite de la journée de solidarité. Les personnels peuvent bénéficier de deux jours de fractionnement en plus des congés annuels : 1 jour si l agent prend 5, 6 ou 7 jours en dehors de la période du 1er mai au 31 octobre et 2 jours si ce nombre est au moins égal à 8 jours. Pour une durée hebdomadaire de 38h30 s ajoute 12 jours de Réduction du Temps de Travail. Soit 46 jours ouvrés de congés (jour de solidarité avec les personnes âgées compris). DEC010055DRH Cadrage national pour la mise en oeuvre de l Aménagement et de la Réduction du Temps de Travail au CNRS. Personnel UPMC : Le nombre de jours de congés est 45 jours ouvrés par année universitaire (1er septembre au 31 août), plus deux jours de fractionnement des congés annuels. A cela s ajoute 8 jours de congés accordés au titre de l'aménagement de la Réduction du Temps de Travail (jours RTT) compte tenu de la durée hebdomadaire de 38h30 de travail adoptée dans l'unité. Soit 55 jours ouvrés de congés (jour de solidarité avec les personnes âgées compris). Personnel ENS : Compte tenu de la durée hebdomadaire de 38h30 de travail adoptée dans l'unité, le nombre de jours de congés est de 49 jours ouvrés (jour de solidarité avec les personnes âgées compris) par année universitaire (1er septembre au 31 août),. Les jours fériés n entrent pas dans cette dotation. Les jours ou heures de récupération ne sont pas considérés comme congés annuels. Personnel d autres tutelles : Ces personnels doivent suivre les règles décrites dans les textes règlementaires en vigueur établis par leur tutelle respective Report des jours de congés annuels : Le report des jours de congés annuels ainsi que les jours RTT non utilisés, est autorisé jusqu au 28 février de l année suivante pour le personnel CNRS, jusqu au 31 décembre de l année universitaire suivante pour le personnel UPMC et ENS. Les jours qui n auront pas été utilisés à ces dates seront définitivement perdus Fermeture de l Unité : Les périodes de fermeture sont décidées en début de chaque année par le Directeur d Unité après avis du Conseil de d Unité. Le nombre de jours ouvrables sera décompté des congés des agents Compte-Epargne Temps (CET) : Toutes personnes voulant bénéficier d un CET doit déclarer ces vacances au secrétariat de l Unité. Un compte épargne temps a été institué dans la fonction publique de l état par le décret n du 29 avril Les personnels CNRS, ENS, UPMC, peuvent bénéficier des dispositions relatives au compte épargne temps qui peut être demandé une fois par an entre le 1 er novembre et le 31 décembre. Il est possible de déclarés dans un CET les jours de vacances non pris, dans la limite de 26 jours par an. La circulaire du 10 septembre 2004 fixe pour l Université les conditions d ouverture qui s applique au personnel titulaire sauf aux enseignants. Il n'y a pas de CET pour les enseignants-chercheurs. Arrêté du 20 janvier Circulaire du CNRS du 5 mars

154 Durée des absences de service pour congés : L absence de service ne peut excéder 31 jours consécutifs. Cette durée est calculée inclusivement du premier au dernier jour des congés, sans déduction des samedis, dimanches et jours fériés, mais avec déduction des jours de fermeture exceptionnelle du site de l Unité (voir rubrique «Fermeture de l Unité»). Ceci est modifiable par les congés bonifiés (personnes originaires des DOM-TOM) et congés cumulés (suivi d'un conjoint étranger) Suivi des congés : Afin de pouvoir adapter l organisation du travail, chacun doit effectuer ses demandes de congés auprès de son responsable hiérarchique par courrier écrit ou électronique, avec copie à la Direction de l Unité. Un délai de prévenance de 30 jours doit être respecté pour tous congés supérieurs à 1 semaine et 48h pour tous congés inférieurs à 1 semaine (dans la mesure du possible). Le suivi des congés (annuels et RTT) est réalisé par le secrétariat de l Unité sous la responsabilité du Directeur, et transmis à la Délégation (notamment pour la mise en œuvre du CET) pour les personnels CNRS ou aux Services Administratifs du Département de rattachement de l UMR pour les personnels UPMC et ENS. Les jours RTT sont utilisés dans les mêmes conditions que les jours de congés annuels. Il faut au minimum 1 an d'activité dans la fonction publique pour avoir droit aux RTT Absences Raisons médicales : Toute indisponibilité consécutive à la maladie dès 1 jour, doit, sauf cas de force majeure, être signalée et dûment justifiée à la direction de l Unité dans les 24 heures. Sous les 48 heures qui suivent l arrêt de travail, le salarié doit produire un certificat médical indiquant la durée prévisible de l indisponibilité. Pour tous les agents, faire parvenir un courrier électronique à la direction de l'unité. Faire parvenir les volets 1 et 2 du certificat maladie, à votre caisse d'assurance maladie, et le volet 3 à votre employeur (direction de l'ufr pour les agents UPMC, service des ressources humaines de la délégation Paris B pour les agents CNRS et le service des ressources humaines pour l'ens). Tout accident corporel survenant dans le cadre de l activité professionnelle sera immédiatement déclaré auprès de la Direction de l Unité Missions : Tout agent se déplaçant pour l exercice de ses fonctions, doit être en possession d un ordre de mission établi préalablement au déroulement de la mission, délivré par son organisme employeur (CNRS, UPMC ou ENS). Ce document est obligatoire du point de vue administratif et juridique. Il assure la couverture de l agent au regard de la réglementation sur les accidents de service. L agent amené à se rendre directement de son domicile sur un lieu de travail occasionnel sans passer par sa résidence administrative habituelle, est couvert en cas d accident du travail sous réserve de remplir l une des deux conditions suivantes : - Etre en possession d un ordre de mission sans frais. - Avoir une attestation délivrée par le Directeur de l Unité. 3. Accès aux locaux Le personnel permanent de l'umr a accès à tous les locaux de bureau et de vie commune, aux horaires spécifiés par l Article du présent règlement. A cet effet, les moyens nécessaires aux accès (clefs, codes...) lui seront fournis par le secrétariat de l Unité. L'accès aux laboratoires et dispositifs expérimentaux pourra être réglementé individuellement par le Directeur de l Unité, auquel cas, seul le personnel autorisé pourra accéder à ces locaux (sauf cas de force majeure). Les personnes accueillies sur site par l UMR (stagiaires, visiteurs) disposeront d'un accès aux locaux définis au cas par cas. En cas de départ définitif, l ensemble du moyen d accès doit être rendu au secrétariat de l Unité 4. Véhicules de service La liste des véhicules affectés à l UMR par les organismes de tutelle est annexée au présent règlement. L utilisation de ces véhicules est strictement limitée aux activités de l'umr et restreinte aux personnes nommément autorisées par le Directeur. Voir la note relative à l utilisation du véhicule CNRS de l Unité. 5. Hygiène et sécurité 152

155 S il incombe au Directeur de veiller à la sécurité et à la protection des personnels et d assurer la sauvegarde des biens de l Unité, chacun doit se préoccuper de sa propre sécurité et de celle des autres. L Unité doit veiller au respect des règles et consignes générales applicables sur le site pour la sécurité des personnels et répondre aux demandes et consignes particulières que peut lui adresser le responsable sécurité d une des tutelles. Lorsque des risques particuliers existent le Directeur de l Unité doit les signaler et se mettre en relation avec les responsables sécurité des tutelles et de l Unité ACMO L ACMO (Agent Chargé de la Mise en Œuvre des règles d hygiène et de sécurité), dont la nomination est visée par les tutelles, assiste et conseille le Directeur sur les questions d hygiène et de sécurité. Il informe et sensibilise les personnels travaillant dans l Unité pour la mise en œuvre des consignes d hygiène et sécurité. L identité de l ACMO est affichée dans la salle de réunion et la salle de restauration. L ACMO doit fournir aux personnels, dès leur arrivée, la formation et les informations nécessaires à l accomplissement de leur travail et au respect des consignes générales de sécurité. Chaque nouvel entrant est tenu de suivre les formations concernant les risques liés au laboratoire. L organisation des secours : Lieu d affichage des consignes : à chaque niveau d escalier et à chaque issue de secours N d urgences : Pompiers 18 SAMU 15 Police Secours 17 Les sauveteurs secouristes du travail (SST) 5.2. Prévention Les dispositions à prendre en cas d accident et d incendie font l objet d un document spécifique et sont affichées dans la salle de réunion et la salle de restauration. Les numéros d urgence internes et externes doivent être affichés près des téléphones. Le registre d hygiène et de sécurité dans lequel les personnels peuvent consigner leurs observations et suggestions relatives à la prévention des risques et à l amélioration des conditions de travail est disponible dans la salle de réunion et la salle de restauration. Les intervenants extérieurs (personnels d entreprises...) doivent être informés du règlement intérieur de l Unité par leurs «invitants» Travaux à risques Tous les locaux présentant un risque particulier (chimique, biologique, rayonnement...) font l objet d une signalétique particulière. Leur accès fait l objet d un règlement spécifique affiché et signalé à tous. Les consignes spécifiques aux postes de travail (pièces confinées, machines-outils, appareils etc.) seront, le cas échéant, annexées au présent règlement. Il y sera précisé la conduite à tenir en cas d incident ou d accident. Seules les personnes réellement qualifiées pour effectuer le travail et aptes à appliquer les mesures de prévention préconisées (en ayant au besoin suivi les formations à la sécurité et reçu les habilitations nécessaires) sont autorisées à exercer sur ces postes de travail. Dans le cas où des travaux dangereux sont exécutés hors horaires normaux et/ou sur des lieux isolés ou dans des locaux éloignés, il est indispensable d être accompagné ou d utiliser les Dispositifs d Alarme Travailleur Isolé (DATI) de l Unité. Pour toute activité sur le terrain, la présence d une personne ayant suivie la formation «sauveteurs secouristes du travail» (SST) doit être de règle Interdiction de fumer Il est interdit aux personnels de fumer sur les lieux de travail sauf dans les espaces découverts prévus à cet effet. 6. Formation Le correspondant formation de l Unité informe et conseille les personnels pour leurs besoins et demandes de formation. Il prépare le plan de formation de l Unité, sous le conseil et la responsabilité du Directeur d Unité. Le plan de formation de l Unité est soumis pour avis au Conseil d Unité. 7. Utilisation des moyens informatiques et téléphonie L utilisation du téléphone et des ressources informatiques est strictement limitée aux activités de l UMR. L utilisation des moyens informatiques est soumise à des règles explicitées dans la charte informatique de l ENS (téléchargeable sur l intranet de l ENS) ou dans la charte informatique de l'upmc (le cas échéant). Ces documents constituent avant tout un 153

156 code de bonne conduite. Ils ont pour objet de préciser la responsabilité des utilisateurs, en accord avec la législation, et doivent être signés par tout nouvel arrivant et remis au service informatique selon la localisation géographique. Une copie des documents doit rester en leur possession. 8. Diffusion des résultats scientifiques 8.1. Confidentialité Chacun est tenu de respecter la confidentialité des travaux qui lui sont confiés ainsi que ceux de ses collègues. En particulier, en cas de présentation à l extérieur, l autorisation du Directeur d Unité ou du responsable scientifique du projet concerné est obligatoire Publications Les publications des membres de l Unité (ainsi que toute personne ayant utilisé les moyens de chercher de l Unité), doivent faire apparaître l appartenance à l Unité et le rattachement aux tutelles sous la forme : CNRS, Ecologie et Evolution, UMR 7625, Paris, France UPMC, Ecologie et Evolution, UMR 7625, Paris, France ENS, Ecologie et Evolution, UMR 7625, Paris, France Plus adresse postale selon les auteurs: Université Pierre et Marie Curie, 7 Quai Saint Bernard, CC 237, PARIS Cedex 05, France Et/ou: Ecole Normale Supérieure, 46 rue d Ulm, PARIS Cedex 05, France Un exemplaire de toutes les travaux écrits rendus publics (articles, revues, thèses, mémoires de stage, inventaires, document cartographiques...), dont tout ou partie a été réalisé dans l Unité, doit être remis dès parution à la Direction de l Unité. 9. Le code éthique du laboratoire Ecologica Society of America Code of Ethics ANNEXES Formulaire autorisation travailleur isolé et/ou horaires décalés. Compte Epargne Temps. Véhicules affectés à l UMR par les tutelles. Note relative à l utilisation du véhicule CNRS de l Unité. 154

157 5. Liste des publications Articles dans des revues à comité de lecture ACL 2007 ACL1 Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S., Faivre, B., Chastel, O. and Sorci, G. (2007) Testosterone and oxidative stress: the oxidation handicap hypothesis. Proceedings of the Royal Society B, 274: ACL2 ACL3 ACL4 Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S., Faivre, B. and Sorci, G. (2007) Increased susceptibility to oxidative damage as a cost of accelerated somatic growth in zebra finches. Functional Ecology 21: Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S. and Sorci, G. (2007) Energetic reserves, leptin and testosterone: a refinement of the immunocompetence handicap hypothesis. Biology Letters 3: Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S. and Sorci, G. (2007) Sex-specific transgenerational effects of early developmental conditions in a passerine. Biological Journal of the Linnean Society 91: ACL5 Andersson, J., P. Bystrom, D. Claessen, L. Persson and A.M. de Roos. (2007). Stabilization of population fluctuations due to cannibalism promotes resource polymorphism in fish. The American Naturalist, 169: ACL6 Annan, Z., Duran, P., Ayala, F. J., Amathau, C., Awono-Ambene, P., Simard, F., Razakandrainibe, F. G., Koella, J. C., Fontenille, D. and Renaud, F. (2007) Population genetic structure of Plasmodium falciparum in the two main African vectors, Anopheles gambiae and Anopheles funestus. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104: ACL7 Balbontín, J., Hermosell, G. I., Marzal, A., Reviriego, M., de Lope, F. and Møller, A. P. (2007) Age-related change in breeding performance in early life is associated with an increase in competence in the migratory barn swallow Hirundo rustica. Journal of Animal Ecology 76: ACL8 ACL9 ACL10 Biard C., Surai P.F.and Møller A.P. (2007) An analysis of pre- and post-hatching maternal effects mediated by antioxidants in the blue tit. Journal of Evolutionary Biology 20, Bocher A., Tirard C.and Doums C. (2007) Phenotypic plasticity of immune defence linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Journal of Evolutionary Biology 20, Bose M., Le Gouar P., Arthur C., Larnbourdiere J., Choisy J.P., Henriquet S., 155

158 Lecuyer P., Richard M., Tessier C., and Sarrazin F. (2007) Does sex matter in reintroduction of griffon vultures Gyps fulvus? Oryx, 41, ACL11 Burgarella, C., Navascués, M., Soto, A., Lora, A. and Fici, S. (2007) Narrow genetic base in forest restoration with holm oak (Quercus ilex L.) in Sicily. Annals of Forest Sciences 64: ACL12 Cassey, P., Ewen, J. G., Boulton, R. L., Karadas, F., Møller, A. P. and Blackburn, T. M. (2007) Non-destructive method for the extraction of maternally derived egg yolk carotenoids. Journal of Field Ornithology 78: ACL13 Cazelles, B., Chavez, M., Constantin de Magny, G., Guégan, J.F. & Hales, S., (2007) Time dependent spectral analysis of epidemiological time series with wavelets. J. Royal Soc Interface, 4, ACL14 ACL15 ACL16 ACL17 ACL18 ACL19 ACL20 ACL21 ALC22 ACL23 ACL24 ACL25 Champagnat, N. and Lambert, A. (2007) Evolution of discrete populations and the canonical diffusion of adaptive dynamics. Annals of Applied Probability 17: Champagnat N, Ferriere R & Meleard S (2007) Individual-based probabilistic models of adaptive evolution and various scaling approximations. Progress in Probability 59: Claessen, D., J. Andersson, L. Persson and A.M. de Roos. (2007). Delayed evolutionary branching in small populations. Evolutionary Ecology Research 9: Clémencet J., Doums C., (2007) Habitat-related microgeographic variation of worker size and colony size in the ant Cataglyphis cursor. Oecologia, 152, Constantin de Magny, G., Guégan, J.F., Petit, M. & Cazelles, B. (2007) Regionalscale climate variability synchrony of cholera epidemics in West Africa. BMC Infectious Diseases, 7, 20. Cornet S., Biard C.and Moret Y. (2007) Is there a role for antioxidant carotenoids in limiting self-harming immune response in invertebrates? Biology Letters 3, Cote, J. and Clobert, J. (2007) Social information and emigration: Lessons from immigrants. Ecology Letters 10: Cote, J. and Clobert, J. (2007) Social personalities influence natal dispersal in a lizard. Proceedings of the Royal Society B, 274: Cote, J., Clobert, J. and Fitze, P. S. (2007) Mother-offspring competition promotes colonisation success. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104: Cuervo, J. J., Møller, A. P. and de Lope, F. (2007) Hematocrit is weakly related to condition in nestling barn swallows Hirundo rustica. Ibis 149: De Monte S., d Ovidio F., Danø S. and Sørensen P.G. (2007) Dynamical quorum sensing: Population density encoded in cellular dynamics. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104 (47), de Roos, A.M., T. Schellekens, T. van Kooten, K. van de Wolfshaar, D. Claessen and L. Persson (2007). Food-dependent growth leads to overcompensation in stagespecific biomass when mortality increases: the influence of maturation versus reproduction regulation. The American Naturalist, 170: E59-E76. ACL26 Eizaguirre C., Laloi D., Massot M., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2007) Condition-dependence of reproductive strategy and the benefits of polyandry in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B, 274,

159 ACL27 ACL28 de Ayala, R. M., Saino, N. and Møller, A. P. (2007) Mouth coloration of nestlings covaries with offspring quality and influences parental feeding behavior. Behavioral Ecology 18: Evans MEK, Ferriere R, Kane MJ & Venable DL (2007) Bet hedging via seed banking in desert evening primroses (Oenothera, Onagraceae): Demographic evidence from natural populations. The American Naturalist, 169: ACL29 Fellous, S. (2007) How important is immune memory to invertebrates? Nature 445: 593. ACL30 ACL31 ACL32 ACL33 ACL34 ACL35 ACL36 ACL37 ACL38 ACL39 Ferriere R, Gauduchon M & Bronstein JL (2007) Evolution and persistence of obligate mutualists and exploiters: competition for partners and evolutionary immunization. Ecology Letters 10: Fitze P.S., Tschirren B., Gasparini J.and Richner H. (2007) Carotenoid-based plumage colors and immune function: Is there a trade-off for rare carotenoids? The American Naturalist, 169, S137-S144. Garamszegi L.Z., Biard C., Eens M., Møller A.P.and Saino N. (2007a) Interspecific variation in egg testosterone levels: implications for the evolution of bird song. Journal of Evolutionary Biology 20, Garamszegi L.Z., Biard C., Eens M., Møller A.P., Saino N.and Surai P.F. (2007b) Maternal effects and the evolution of brain size in birds: overlooked developmental constraints. Neuroscience and Biobehavioral Reviews 31, Garamszegi, L. Z., Eens, M., Pavlova, D. Z., Avilés, J. M. and Møller, A. P. (2007) A comparative study of the function of heterospecific vocal mimicry in European passerines. Behavioral Ecology 18: Garamszegi, L. Z., Erritzoe, J. and Møller, A. P. (2007) Feeding innovations and parasitism in birds. Biological Journal of the Linnean Society 90(3): Garamszegi, L. Z., Hegyi, G., Szöllõsi, E., Rosivall, B., Török, J., Eens, M. and Møller, A. P. (2007) Phenotypic correlates of digit ratio in a wild bird: implications for the study of maternal effects. Animal Behaviour 74: Garamszegi, L. Z. and Møller, A. P. (2007) Prevalence of avian influenza and host ecology. Proceedings of Royal Society B, 274: Garamszegi, L. Z., Pavlova, D. Z., Eens, M. and Møller, A. P. (2007) The evolution of song in female birds in Europe. Behavioral Ecology 18: Gasparini J., Boulinier T., Gill V.A., Gil D., Hatch S.A.and Roulin A. (2007) Food availability affects the maternal transfer of androgens and antibodies into eggs of a colonial seabird. Journal of Evolutionary Biology 20, ACL40 Gil D., Biard C., Lacroix A., Spottiswoode C., Puerta M.and Møller A.P. (2007) Evolution of yolk androgens in birds: development, coloniality and sexual dichromatism. The American Naturalist, 169, ACL41 ACL42 Hora R.R., Poteaux C., Doums C., Fresneau D., Fénéron R., (2007) Egg cannibalism in a facultative polygynous ant: conflict for reproduction or strategy to survive? Ethology, 113, Husté, A. and Boulinier, T. (2007) Determinants of local extinction and turnover rates in urban bird communities. Ecological Applications 17:

160 ACL43 ACL44 ACL45 ACL46 Johnsen A., Fidler A.E., Kuhn S., Carter K.L., Hoffman A., Barr I.R., Biard C., Charmantier A., Eens M., Korsten P., Siitari H., Tomiuk J.and Kempenaers B. (2007) Avian Clock gene polymorphism: evidence for a latitudinal cline in allele frequencies. Molecular Ecology 16, Kéfi, S., Bonnet, O. and Danchin, E. (2007) Accumulated gains in a prisoner s dilemma: which game is performed by the players? Animal behaviour 74: e1-e6. Kéfi, S., Rietkerk, M., van Baalen, M., and Loreau, M. (2007). Local facilitation, bistability and transitions in arid ecosystems. Theor. Popul. Biol., 71: Lambert, A. (2007) Quasistationary distributions and the continuous-state branching process conditioned to be never extinct. Electronic Journal of Probability 12: ACL47 Lambrechts, L., Morlais, I., Awono-Amben, P. H., Cohue, A., Simard, F., Jacques, J. C., Bourgouin, C. and Koella, J. C. (2007) Effect of infection by Plasmodium falciparum on the melanization immune response of Anopheles gambiae. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 76: ACL48 ACL49 ACL50 ACL51 ACL52 ACL53 ACL54 ACL55 ACL56 ACL57 ACL58 ACL59 Le Galliard J.-F., Gundersen G., and Steen H. (2007) Mother-offspring interactions do not affect natal dispersal in a small rodent. Behavioral Ecology, 18, Lion, S. and van Baalen, M. (2007). From infanticide to parental care: why spatial structure can help adults be good parents. The American Naturalist, 170: E26 E46. Lopes C., Spataro T., Doursat C., Lapchin L. & Arditi R. (2007) An implicit approach to model plant infestation by insect pests. Journal of Theoretical Biology, 248, Marzal, A., Reviriego, M., de Lope, F. and Møller, A. P. (2007) Fitness costs of an immune response in house martin Delichon urbica. Behavioral Ecology and Sociobiology 61: Ménard, F., Marsac, F., Bellier, E. & Cazelles, B., (2007) Climatic oscillations and tuna catch rates in the Indian Ocean: A wavelet approach to time series analysis. Fisheries Oceanography, 16, Meylan S., Clobert J.and Sinervo B. (2007) Adaptive significance of maternal induction of density-dependent phenotypes. Oikos 116, Molet M., Peeters C., Follin I., Fisher B.L., (2007) Reproductive caste performs intranidal tasks instead of workers in the ant Mystrium oberthueri. Ethology, 113, Molet M., Peeters C., Fisher B.L., (2007) Permanent loss of wings in queens of the ant Odontomachus coquereli from Madagascar. Insectes Sociaux, 54, Molet M., Peeters C., Fisher B.L., (2007) Winged queens replaced by reproductives smaller than workers in Mystrium ants. Naturwissenschaften, 94, Møller A.P.and Haussy C. (2007) Fitness consequences of variation in natural antibodies and complement in the Barn Swallow Hirundo rustica. Functional Ecology 21, Møller, A. P. (2007) Interval between clutches, fitness and climate change. Behavioral Ecology 18: Møller, A. P. (2007) Senescence in relation to latitude and migration in birds. Journal of Evolutionary Biology 20:

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187 INV40 INV41 INV42 INV43 INV44 INV45 INV46 INV47 INV48 De Monte S. (2010) Collective oscillations in microbiological populations; Chaos and Dynamics of Biological Networks, Cargèse, France, Mai De Monte S. (2010) Déterminisme et stochasticité dans les modèles pour les populations cellulaires ; Workshop 'La causalité dans la modélisation scientifique contemporaine', Dijon, France, juin De Monte S. (2010) Oscillations in microbial populations. Journées du GDR Dynamique et Contrôle des Ensembles Complexes, Besançon, France, octobre De Monte S. (2010) Group size evolution and the emergence of sociality. Biology and Game Theory, Paris, France, novembre Ferriere R. (2010) European Platform for Biodiversity Research Strategy, International E-Conference Evolution and Biodiversity. 2010, April 13-15, Majorca, Spain. Invited Keynote Speaker. Ferriere R. (2010) International Workshop on Phytoplankton Dynamics and Eco- Evolutionary Feedbacks, Agence Nationale de la Recherche. 2010, October 25-26, Paris, France. Invited Speaker. Ferriere R. (2010) Perspectives on eco-evolutionary Modeling. Computer Sciences Seminar, Ecole Normale Superieure, Paris, 2010, November 23 (invited by Giuseppe Longo). Molet M., Wheeler D., Peeters C., (2010) Developmental mosaics, social buffering, and the evolution of novel castes in ants. Congress of the International Union for the Study of Social Insects, Copenhague, Danemark, 8-14 août van Baalen, M. (2010) Kin selection. Banff (Canada), 13-18/6/2010. BIRS Inclusive fitness in evolutionary modeling. INV49 van Baalen, M. (2010) Climate change and parasite evolution. Uppsala, 1-3/9/2010. Climate Change: Health and Ecology. INV50 van Baalen, M. (2010). Evolution in host-pathogen interactions and other systems: What is the relevant unit of adaptation? Helsinki, 12-15/1/2010. Invited seminar. INV51 van Baalen, M. (2010) The evolution of dangerous liaisons. Paris, 4-6/11/2010. Biology and Game Theory. INV52 van Baalen, M. (2010) The evolution of dangerous liaisons. KNAW, Amsterdam, 21-22/9/2010. Evolution of conflict and cooperation. INV53 van Baalen, M. (2010) The use of predator-prey-like models to assess the action of the immune system on parasite infections. Cardiff (UK), 29/3-1/4/2010. BSP Spring, Trypanosomiasis/Leishmaniasis & Malaria Meetings INV54 INV55 Arditi R. (2011) Deux conférences: Ratio-dependent functional response: theoretical foundation and empirical evidence et The consequences of ratiodependence for food-web dynamics. Symposium The Structure and Dynamics of Ecological Networks, U. Fribourg, Suisse, 8-9 September André. J.B. (2011) Social opportunities and the evolution of fairness. Séminaire du 185

188 département Ecologie & Evolution, Univ. de Neuchâtel, Suisse. INV56 INV57 INV58 INV59 INV60 INV61 INV62 INV63 INV64 Bompard A., Fauvergue X., Amat I. & Spataro T. (2011) Demographic consequences of mate-finding Allee-effects for host-parasitoid systems. Entomological Society of Canada s joint annual meeting (Female Mating Failure symposium), Halifax, Canada, 7 novembre Cazelles, B. (2011) Nonlinear dynamics at work in population biology. Second Workshop Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Centro de Matemática e Aplicações Fundamentais (CMAF), Universidade de Lisboa, Lisboa, February Cazelles, B. (2011) On the need of inference and model selection in epidemiological modeling. Workshop CNRS-INRIA Stochastic models and bayesian inference in epidemiology, Institut de Mathématiques de Bordeaux, Bordeaux, November De Monte S. (2011) Phytoplankton distribution and diversity in the global ocean. Current Challenges in Climate Modelling, Uppsala, Suède, mai Ferriere R. (2011) TARA OCEAN International Workshop Combining high throughput genomics, quantitative imaging, in situ oceanographic and satellite data and modeling to better understand plankton ecosystems at the planetary level. 2011, January 10-11, Villefranche/Mer, France. Invited Speaker. Ferriere R. (2011) Mathematical Bioscience Institute Workshop Coevolution and the Ecological Structure of Plant-insect Communities. 2011, April 4-7, Columbus, Ohio. Invited Speaker. Ferriere R. (2011) International Symposium Evolutionary Rescue in a Changing World. Sponsored by French Agence Nationale de la Recherche. 2011, June 7-9, Montpellier, France. Invited Speaker. Ferriere R. (2011) Evolution Conference. American Society of Naturalists Vice- President Symposium. 2011, June 17-21, Norman, Oklahoma. Invited Keynote Speaker. Ferriere R. (2011) ESF-EMBO International Workshop Epigenetics in Context: From Ecology To Evolution. 2011, September 18-23, Sant Feliu, Spain. Invited Speaker. INV65 Ferriere R. (2011) University of Arizona Quantitative Biology Colloquium. 2011, March 8 (invited by Joe Watkins). INV66 INV67 INV68 Ferriere R. (2011) Program in Applied Mathematics, University of Arizona, SIAM Student Chapter Seminar. 2011, April 13. Hauzy C., Nadin G., Canard E., Mouquet N. & Ebenman B. Heterogeneous distribution of ressources over landscape and populations stability. U. Paris-Sud, séminaire Midipile, Orsay, 22 mars Hauzy C., Albrectsen B. & Loeuille N. Evolution dans les réseaux plantes-herbivores: défenses et spécialisation. Ecole Polytechnique, séminaire de la Chaire MMB, Palaiseau, 19 juin INV69 André. J.B. (2012) The evolution of mutual benefits, why are humans special? Workshop «Cooperation in multi-partner settings: biological markets and social 186

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191 COM3 COM4 COM5 COM6 COM7 COM8 COM9 COM10 Bessa-Gomes C. & Cowlishaw G. Integrating behaviour into conservation biology: density-dependent changes in infanticidal behaviour in small populations. Colloque The Buffon Legacy. Dijon, 3-6 septembre Bocher A, Tirard C and Doums C.(2007) Phenotypic plasticity of immune defenses linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Colloque de la SFECA. (Société Française pour l Etude du Comportement Animal), Université Paris, France. Bocher A., Tirard C., Doums C., (2007) Phenotypic plasticity of immune defences linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Congrès annuel de la Société Française pour l Étude du Comportement Animal (SFÉCA), Villetaneuse, avril 2007, p19. Bocher A, Doums C, Millot L and Tirard C. (2007) Impact des conflits reproducteurs sur le travail et l immunocompétence chez une espèce de fourmis sans reine, Diacamma sp. (Nilgiri, Inde du Sud). Congrès UIEIS (Union Internationale pour l Etude des Insectes Sociaux), Avignon, France. Chéron B., Doums C., Monnin T., (2007) Colony reproduction by fission in ants. 3 rd meeting in Ecology & Behaviour, Montpellier, mars 2007, p24. Chéron B., Doums C., Monnin T., (2007) Colony reproduction by fission in ants. Congrès annuel de la Société Française pour l Étude du Comportement Animal (SFÉCA), Villetaneuse, avril 2007, p10. Chéron B., Doums C., Monnin T., (2007) The mechanism of queen selection during colony reproduction by fission in ants. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Toulouse, 3-5 septembre 2007, p3. Corbineau, A., Rouyer, T., Cazelles, B. & Ménard, F., (2007) Etude de la variabilité des pêcheries thonières dans l Océan Indien. VIIIème Congrès de l AFH. Aquarium de La Rochelle, La Rochelle, June COM11 Corbineau, A., Rouyer, T., Fromentin, J.M., Cazelles, B. & Ménard, F., (2007) Patterns of variability in tuna catches and CPUE time series: A comparative approach between the Indian and the Atlantic oceans. First CLIOTOP (CLimate Influences On TOp Predators) Symposium. La Paz, Mexico, December COM12 Depaulis F., Breuil N., Adiba S., and Huet M. (2007). Estimation of drift and effective size from temporal shifts of allelic frequency in Escherichia coli experimental populations. Estimating demographic parameters from genetic data, La Fouly, Suisse. COM13 Depaulis, F., Lambert A., Raquin A. -L., Galic N., Brabant P., and Goldringer I. (2007). Coalescent related methods to assess mutation rates from unknown partial Genealogy: an application on microsatellites of experimental wheat populations. Molecular Evolution (SMBE ISME meeting), Halifax, Canada. COM14 COM15 COM16 Depaulis, F., L. Orlando and C. Hänni (2007). Coalescent for heterochroneous data: an application on cave bear ancient DNA (an update). Evosud, Orsay, France. Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Conséquences de l'approvisionnement social pour la conservation des nécrophages: approche théorique. 29ème réunion du Petit Pois Déridé. Poitiers, août Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Consequences of social foraging in scavenger conservation: a modelling approach. Colloque The Buffon Legacy. Dijon, 3-6 septembre

192 COM17 COM18 COM19 COM20 COM21 COM22 COM23 COM24 Devès AL, Doums C, Haussy C, Tirard C. (2007) Reproduction and immune defenses in workers of the ant Cataglyphis cursor. Congrès UIEIS (Union Internationale pour l Etude des Insectes Sociaux), Toulouse. Frantz A., Plantegenest M. and Simon J.C. (2007). The importance of phenotypic traits other than performance and preference in the process of ecological specialization. 11th Congress of the European Society for Evolutionary Biology. Uppsala, Suède. Pascual, M.P., Alonso, D. & Cazelles, B. (2007) Shifting patterns: Infectious disease dynamics in a changing world. ESA/SER Joint Meeting, Ecological Restoration in a Changing World. San Jose, California, August Molet M., Van Baalen M., Peeters C., (2007) Switch from independent colony foundation to colony fission associated with a tropical-temperate gradient in ants of the Rhytidoponera impressa-group. Meeting of the British Section of the International Union for the Study of Social Insects, Londres, Royaume Uni, 7 décembre Monnin T., Lecat V., Cini A. (2007) Brood abundance, colony size and reproductive monopoly in the wasp Polistes dominulus. Congrès annuel de la Société Française pour l Étude du Comportement Animal (SFÉCA), Villetaneuse, avril 2007, p14. Plantegenest M., Frantz A., Fabre F., Vialatte A., Dedryver C. and Simon J.C. (2007). Adaptation des ravageurs au paysage agricole. Invasions biologiques et traits d'histoire de vie. Deuxièmes rencontres francophones. Rennes, France. Simon J.C., Frantz A., Bonhomme J. and Fukatsu T. (2007). Les symbiotes du puceron du pois se mêlent-ils du sexe de leur hôte? XVème Colloque de la Physiologie de l Insecte. Rennes, France. Zhadanovskaya E.A., Tyutyunov Yu.V. & Arditi R. Assessment of the efficiency of the high dose-refuge strategy applied to demo-genetic models. 37th workshop Mathematical Modelling in Problems of Rational Use of Nature: Ecology, Economics, Computer Sciences. Abrau-Durso, Russia, septembre COM25 COM26 COM27 COM28 COM29 COM30 Adiba S. et al. (2008) Diversité génétique, environnement et transmission chez d'escherichia coli et Dictyostelium discoideum. REID- Interactions Procaryotes- Eucaryotes- Montpellier, décembre André J.B., and Claidière N. (2008) Culture is not a new darwinian world. A critique of the genetic analogy in evolutionnary approaches to culture. European Human Behavior and Evolution Association meeting, Juin 2008, Montpellier, France. Avarguès-Weber A., Monnin T., (2008) Colony relocation in the ant Aphaenogaster senilis: role of foragers and reminiscence of acquired experience. International Congress of Zoology, Paris, août 2008, p56. Ballesteros, S. & Cazelles, B. (2008) UPCA dynamics in human influenza epidemics SIAM Conference on Life Sciences. Montréal, Canada, August Ballesteros, S., Camacho, A., Vergu, E. & Cazelles, B. (2008) Antigenic drift in cocirculating clusters conferring partial cross-immunity. International Workshop R0 and related concepts: methods and illustrations. Paris, October Ballesteros, S. & Cazelles, B. (2008) Source-sink dynamics, self-organization and the 190

193 epidemiological dynamics of influenza A virus in humans. Epidemics, First International Conference on Infectious Disease Dynamics. Asilomar, California, USA, December COM31 COM32 COM33 COM34 COM35 COM36 COM37 COM38 COM39 COM40 COM41 COM42 COM43 Ballesteros, S., Vergu, E. & Cazelles, B. (2008) Recurrence of epidemic influenza: Insights from simple models. Marrakech International Conference on Mathematical Biology, Marrakesh, Morocco, January Bessa-Gomes C., Amin R., Theron L.J., Prinsloo H.C., Shaw K. & Pettifor R. The importance of the Western Cape sub-population of Blue Cranes to their global population in the face of climate change: implications for conservation. 12th Pan- African Ornithological Congress. Rawsonville, South Africa, 7-12 sept Camacho, A., Ballesteros, S. & Cazelles, B. (2008) Limitations of the Van Kampen approach for stochastic epidemiological model. International Workshop R0 and related concepts: methods and illustrations. Paris, October Chéron B., Monnin T., Doums C., (2008) The mechanism of queen selection in orphan colonies of the fission-performing ant. International Congress of Zoology, Paris, France. Cini A., Lecat V., Doums C., Fédérici P., Monnin T., (2008) Lack of conflict over nest inheritance between workers and subordinate foundresses in the social wasp Polistes dominulus. European congress of the International Union for the study of Social Insect, La Roche-en-Ardennes, Belgique, p54. Corbineau, A., Rouyer, T., Fromentin, J.M., Cazelles, B. & Ménard, F., Large pelagic fisheries and climate variability: a comparative analysis of the spatiotemporal patterns in the tropical Indian, Atlantic and Pacific Oceans. Fourth International Symposium on GIS/Spatial Analyses in Fishery and Aquatic Sciences. Universidade Santa Úrsula, Rio de Janeiro, Brazil, August Depaulis, F., L. Orlando and C. Hänni (2008). Coalescent for heterochroneous data: an application on cave bear ancient DNA (an update). Evosud, Orsay, France. Devès A.L., Doums C., Haussy C., Tirard C., (2008) Phenoloxydase activity in queens in relation to the exposure risks in the ant Cataglyphis cursor. European congress of the International Union for the study of Social Insect, La Roche-en-Ardennes, Belgique. Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations on the foraging behaviour of vultures. 12th International Behavioral Ecology Congress (ISBE). Cornell U., Ithaca, USA, 9-15 août Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations on the foraging behaviour of vultures. 4th Meeting in Ecology and Behaviour. Toulouse, avril Jacquin, L., Cazelles, B., Leboucher, G. & Prévot-Julliard, A.C. (2008) Breeding in a human modified environment: the case of the feral pigeon. Fourth European Conference on Behavioural Ecology, Dijon, France, July Molet M., Chittka L., Stelzer R.J., Raine N.E., (2008) Colony nutritional status modulates worker responses to foraging recruitment pheromone in the bumblebee Bombus terrestris. Congress of the International Union for the Study of Social Insects, European Section, La Roche-en-Ardenne, Belgique, 30 août 4 septembre Monnin T., Cini A., Lecat V., Fédérici P., Doums C., (2008) Nest inheritance in the social wasp Polistes dominulus. XXIII International Congress of Entomology, Durban, 191

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195 Evo devo meets marine ecology, Ischia, Italy, octobre COM57 COM58 COM59 COM60 COM61 COM62 COM63 COM64 COM65 COM66 COM67 Depaulis, F., and Navascués M. (2009). Detecting hybridization from introgressed blocks of polymorphisms. International Conference on Polyploidy and Hybridization, St Malo, France. Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations on the foraging behaviour of endangered avian scavengers. 3rd European Conservation Biology Conference. Prague, Rép. Tchèque, 1-5 septembre Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling social foraging and resource predictability in the case of vultures. Conference on Mathematical Models in Ecology and Evolution. U. of Bristol, UK, septembre Doums C., (2009) Utilisation facultative de la parthénogenèse thélitoque pour la reproduction de sexués chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Bondy, 2-4 Septembre 2009, p26. Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. Effet de la complexité de l'environnement sur la réponse fonctionnelle d'un acarien prédateur sur un collembole: une approche expérimentale. 36èmes journées des Entomophagistes. Amiens, 13 jan Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. Predation in heterogeneous environment: an experimental investigation of obstacle density effect on functional response. British Ecological Society meeting. Hertfordshire, UK, 9 septembre Jacquin L., Cazelles B., Julliard A-C, Leboucher G. and Gasparini J. (2009) Impacts of regulation methods on the ecology and behaviour of feral pigeons in urban areas. Ecology & Behaviour Meeting (SERL), Lyon, France. Sillam-Dussès D., (2009) Phéromones de piste chez les termites et phylogénie. Congrès annuel de la section française de IUSSI, Bondy, 2-4 septembre Tirard C, Haussy C and Doums C (2009). Activité phénoloxydase en relation avec les risques d infection chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès IMMUNINV. Immunité des Invertébrés, Poitiers, France. Vergu, E., Ballesteros, S., Camacho, A., Boëlle, P.Y., Flahault, A. & Cazelles, B., (2009) Replacement of the previously circulating influenza subtypes by the novel A/H1N1 strain: Framework and conditions. Epidemics2, Second International Conference on Infectious Disease Dynamics. Athens, Greece, December Zoveda F., Ballesteros S., and Depaulis F. (2009). Timing of HIV mother to child transmission. GDR de génomique des populations, Paris, France COM68 COM69 COM70 Adiba S. et al. (2010) From grazing resistance to pathogenesis: the coincidental evolution of virulence factors. FrancoDicty Workshop. Genève, mai Adiba S. et al. (2010) From unstable interactions to balanced coexistence. Stabeco Workshop. Paris, mai Adiba S., Nizak C., van Baalen M., Denamur E., and Depaulis F. (2010). From grazing resistance to pathogenesis: From unstable interactions to balanced coexistence. StabEco, Paris, France. 193

196 COM71 COM72 COM73 COM74 COM75 COM76 COM77 COM78 COM79 COM80 COM81 COM82 COM83 Anani Kotoklo E., Sillam-Dussès D., Ketoh G., Sémon E., Robert A., Bordereau C., Glitho I.A., (2010) Identification de la phéromone de piste du termite ravageur Amitermes evuncifer (Isoptera: Termitidae). Congrès annuel de la Société Ouest Africaine de Chimie, Niamey, Niger, 2-6 août Ballesteros, S., Camacho, A., Vergu, E. & Cazelles, B. (2010) Fundamental irregularity of regular recurrent influenza epidemics: from theory to observation. Second International Workshop: Chaos and Dynamics of Biological Networks, Institut Scientifique de Cargèse, Cargèse, Corsica, Mai Ballesteros, S., Camacho, A., Vergu, E. & Cazelles, B. (2010) Main determinants of human influenza phylodynamics. Third Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (CMPD3), University of Bordeaux II, Bordeaux, Juin Bleu J.,Massot M. and Meylan S. (2010). An experimental test of the plasticity of behavioral and physiological reproductive costs in a viviparous lizard. 13th International Behavioral Ecology Congress (ISBE). Perth, Australia. Bleu J., Le Galliard J-F., Fitze P.S., Meylan S. and Massot M. (2010). Intrinsic and environmental control of reproductive adjustments in a viviparous lizard. 16th European Meeting of PhD Students in Evolutionary Biology (EMPSEB). Wierzba, Poland. Camacho, A., Ballesteros, S., Koelle, K. & Cazelles, B. (2010) Gradual vs punctuated antigenic drift for influenza evolution: A quantitative approach based on time-series analysis. Third Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (CMPD3), University of Bordeaux II, Bordeaux, Juin Camacho, A., Ballesteros, S., Graham, A.L., Carrat, F. & Cazelles, B. (2010) Rapid Influenza Reinfection: Likely Mechanisms and Potential Impacts during a Pandemic. EPSRC Symposium Workshop on Ecology, Epidemiology and Evolution: Biological Processes and Artificial Analogues, Warwick, September Camacho, A. Ballesteros, S. & Cazelles, B., (2010) Time Series Analysis via Maximum Likelihood: From theory to practice. Journées MAS et Journée en l honneur de Jacques Neveu, Bordeaux, September Camacho, A. & Cazelles, B., (2010) Analyse de séries temporelles par maximisation de la vraisemblance: Etude et sélection de modèles. Conférence sur la Modélisation Mathématique et Informatique des Systèmes Complexe, COMMISCO Centre de Recherche Ile-de-France, IRD, Bondy, Octobre Camacho, A., Herreros, Q. & Cazelles, B. (2010) Assessing the use of phenomenological transmission functions to model disease spread on contact networks. Second International Workshop: Chaos and Dynamics of Biological Networks, Institut Scientifique de Cargèse, Cargèse, Corsica, Mai Corbel H., Le Gros A., Haussy C. & Frantz A. (2010). Stress responses across a ruralurban gradient is linked to melanin-based coloration in feral pigeons. European Conference on Behavioural Biology. Ferrara, Italy. Hanus R., Šobotník J., Sillam-Dussès D., Kalinová B., Vrkoslav V., Cvačka J., Jiroš P., Valterová I., Piskorski R., Roisin Y., Bourguignon T., Bordereau C., (2010) Chemical ecology of the termite genus Prorhinotermes: from anatomy to chemistry and function. Congrès annuel de l International Society of Chemical Ecology, Tours, 31 juillet août 2010, p67. Meylan S., Haussy C.Cote J. and Voituron Y. (2010). Adaptive modulation of stressin the common lizard by energetic constraints. 13th International Behavioral Ecology 194

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207 205