Plus de références bibliographiques. Accès aux informations bibliographiques contenues dans MEDLINE ainsi que

Transcription

1 Base de données bibliographiques dans le domaine BIOMEDICAL Produite par National Center for Biotechnology Information (NCBI) de la National Library of Medicine Plus de références bibliographiques Anatomie, biologie, maladies, psychiatrie, santé publique, pharmacologie, toxicologie, odontologie, soins infirmiers, médecine vétérinaire, économie, éthique, 5516 revues biomédicales indexées (janvier 2011) à partir de 1946 Accès aux informations bibliographiques contenues dans MEDLINE ainsi que Les citations hors-sujet (ex. : des articles relatifs aux plaques tectoniques ou à l astrophysique) de certaines revues de Medline Des citations antérieures aux dates d indexation d une revue dépouillée par Medline. Quelques revues relatives aux sciences de la vie supplémentaires qui soumettent leurs textes à PubMedCentral et qui ont reçu un avis qualitatif favorable de la NLM 1/22

2 1. L écran d accueil : Préparation de la recherche : La recherche :...4 La recherche simple...5 La recherche d'expressions...6 La recherche d'auteur...7 La troncature...7 Les mots vides...8 La recherche d un article à partir d une référence bibliographique...9 Limiter la recherche Les résultats de recherche...11 L'affichage des résultats de recherche...11 Les références à des articles voisins...12 Les références à des articles voisins...13 Les articles en texte intégral...13 La sauvegarde de résultats...14 Approfondir la recherche en combinant les résultats avec la fonction History...16 Approfondir la recherche en combinant les résultats avec la fonction History La veille automatisée Les didactitiels PubMed...21 Annexe Les opérateurs booléens /22

3 1. L écran d accueil : Fenêtre de saisie des termes de recherche Accès aux services d aide et tutoriels Outils complémentaires de recherche Accès aux autres ressources de PubMed 3/22

4 2. Préparation de la recherche : Avant de commencer la recherche, il est souhaitable de préparer une stratégie de recherche. A savoir : 1. Identifier les concepts principaux. 2. Déterminer différents termes pour ces concepts Remarque : 90% des références sont en anglais. Il peut être également intéressant d utiliser le thésaurus MeSH. 3. Affiner la recherche en précisant, par exemple, la date, le groupe d'étude ou d'autres renseignements appropriés. 4. Utiliser les aides. 3. La recherche : Suggestion automatique de termes. Pour désactiver, cliquer «Turn off». Entrer les termes de recherche. Cliquer «Search» pour accéder aux résultats La fenêtre de saisie des termes de recherche reste toujours accessible. Cliquer «Clear» pour effacer son contenu. 4/22

5 La recherche simple La recherche dans PubMed est assistée. Lorsque vous lancez la recherche, PubMed tente de trouver une correspondance dans l index «sujet» (MeSH). Si aucune correspondance n'est trouvée, la recherche se poursuit dans l index des titres de revues, ensuite dans l index des auteurs et enfin dans l index des chercheurs. Cette procédure est appelée correspondance automatique des termes (Automatic Term Mapping). Dès que PubMed trouve une correspondance, la procédure s'arrête. Si, par exemple, une correspondance est trouvée dans la table MeSH, PubMed ne poursuit pas la recherche dans la table suivante. Le terme employé par l utilisateur ainsi que le terme retrouvé dans la table de correspondance MeSH seront toutefois également recherchés dans «Tous les champs» (All Fields). Vérifier la procédure de recherche dans la fenêtre «Search details» Lorsqu il effectue une recherche dans la table MeSH, PubMed inclut automatiquement dans la recherche les termes spécifiques liés au terme MeSH générique (explosion automatique). 5/22

6 La recherche d'expressions Il est possible de rechercher une expression précise de 4 façons différentes : L'expression est suivie de l'index "textword" : football injuries [tw]. L'expression est saisie entre guillemets : " football injuries ". Les termes de l'expression sont reliés par un tiret : warm-up. L'un des termes est tronqué : football injur* Si la recherche d expression ne donne pas de résultat, PubMed ignorera les guillemets et recherchera les termes séparemment. Attention! L utilisation de l astérisque * court-circuite la correspondance automatique des termes. Les résultats de la recherche seront moins nombreux mais peut-être plus pertinents. 6/22

7 La recherche d'auteur Pour les articles publiés avant 2002, la recherche peut se faire sur le nom complet de l auteur dans l ordre naturel ou inversé : Julia S Wong ou Wong Julia S Il n est pas nécessaire d introduire de virgule entre le nom et le prénom, sauf s il existe un risque de confusion Adam, Henry (Nom, Prénom) Pour toutes les années de publication, saisir le nom de famille et le(s) initiale(s) du prénom Hawk C PubMed va automatiquement tronquer le nom de l'auteur pour rechercher diverses initiales. Ex. : Smith A Smith A ; Smith AB, Smith AJ La troncature Utiliser la troncature pour que PubMed trouve tous les termes qui commencent par une chaîne de caractères donnée. La troncature est représentée par un astérisque (*), également appelé "caractère de remplacement". L astérisque ne peut être utilisé qu en fin de chaîne de caractères. Par exemple, lors d une recherche à partir de la racine biomechanic*, PubMed récupère les mots tels que biomechanica, biomechanical, biomechanically, biomechanics, etc. Remarques sur la troncature : PubMed restreint la recherche aux 600 premiers mots concernant le terme tronqué. Dans ce cas, PubMed affiche ce message d'avertissement. La troncature annule la correspondance automatique des termes et l'explosion automatique 1 des descripteurs MeSH. Par exemple, l'expression "heart attack*" (crise cardiaque) ne prendra pas en compte les descripteurs MeSH Myocardial Infarction (infarctus du myocarde) et n'inclura pas les termes plus spécifiques comme Myocardial Stunning. 1 Explosion automatique : Pubmed recherche automatiquement les termes spécifiques associés et placés en-dessous du descripteur MeSH. Ex. : Back Lumbosacral Region /Sacrococcygeal Region 7/22

8 Les mots vides PubMed exclut de la recherche une liste de mots fréquemment trouvés, appelés mots vides ("stopwords"). Il s agit de termes que l on retrouve pratiquement dans chaque référence et dont l indexation est inutile. 8/22

9 Soit : La recherche d un article à partir d une référence bibliographique Entrer simplement les éléments de la référence bibliographique dans la fenêtre de recherche Utiliser l outil Single Citation Matcher disponible sur la page d accueil 9/22

10 Limiter la recherche Affiner la recherche en utilisant les limites ATTENTION Une fois activées, les limites s appliqueront aux recherches ultérieures. Désactiver en cliquant «remove» 10/22

11 Remarque : Il est également possible de personnaliser les filtres préétablis qui apparaissent dans le cadre droit de l écran de résultat de recherche. Ouvrir une session «My NCBI» pour modifier les filtres 4. Les résultats de recherche L'affichage des résultats de recherche Références affichées en format "Summary" (résumé) comprenant - le nom de l'auteur, - le titre - la source d'information Par défaut, les articles les plus récents sont classés en tête La disponibilité de l article en version intégrale sur PMC est indiquée en rouge. 11/22

12 Il est possible de modifier cet affichage de différentes manières en utilisant le menu «Display settings» Le format Abstract donne des informations supplémentaires, telles que l'affiliation des auteurs ou le type de publication. Le format MEDLINE donne accès à la totalité des champs, précédés de leur code (tag). Il est utilisé pour la gestion bibliographique. Exemple d affichage au format «Abstract» : Modifier le nombre de références affichées. Obtenir un classement par auteur, titre de périodique ou par date (par défaut). Titre abrégé de la revue Année mois; vol.(no.) ; pages. Titre de l article. Auteur(s) Résumé PMID: = Numéro d identification de la référence bibliographique Accès à la version électronique Types de publication Ex. : étude clinique, rapport de cas, texte juridique, entretien, compte rendu, Descripteurs MeSH Termes utilisés pour l indexation de l article 12/22

13 Les références à des articles voisins Un lien "Related citations", situé en bas de chaque référence donne accès à des articles concernant un thème similaire. PubMed utilise, pour cela, un algorithme de pondération qui prend en compte les termes des champs "Title" et "Abstract" pour chaque référence ainsi que leurs descripteurs MeSH. Les articles en texte intégral Free PMC Article : Accéder directement à l article si disponible chez PubMed Central, banque d archives digitales d articles de périodiques de l US National Institutes of Health. Free Article: Pour obtenir gratuitement l article complet disponible gratuitement à partir du site de l éditeur. Pour les autres articles, un lien vers le fournisseur d accès électronique apparaît en haut à droite de la référence. Cliquer pour accéder à l article complet auquel l Université à souscrit. Exemple : 13/22

14 La sauvegarde de résultats Choisir l'option "File" dans le menu déroulant "Send to" et envoyer la totalité des résultats de recherche vers un fichier personnel. Sélectionner les résultats à sauvegarder en cochant la case située à gauche de la référence. Astuce Choisir le format MEDLINE pour pouvoir importer les références dans EnNote. 14/22

15 Il est également possible de regrouper un ensemble de références bibliographiques (max. 500) dans un "panier" au fur et à mesure de ses recherches. Après avoir coché une ou plusieurs références, choisir l'option "Clipboard" du menu déroulant "Send to". Ces données seront conservées toute la durée de la connexion à Pubmed et effacées après 8 heures d inactivité. Le nombre de références sauvegardées dans le clipboard apparaît en haut de l écran Le Menu Clipboard permet de visualiser l'ensemble des références sélectionnées. Cette option est utile pour une sauvegarde globale, dans un même fichier, de références à partir de différentes requêtes. Pour accéder à «son» clipboard, cliquer sur Clipboard en haut de l écran de recherche. 15/22

16 Pour envoyer les résultats de recherches par courrier électronique, choisir « » dans le menu déroulant de «Sent to» Choisir le format d affichage Choisir l option de tri des données Entrer l adresse du destinataire ainsi qu un message personnel Envoyer 16/22

17 Approfondir la recherche en combinant les résultats avec la fonction History Cliquer Advanced search. Descendre jusqu à la fenêtre «Search History» Combiner les résultats en cliquant sur le numéro séquentiel de la colonne «Search» (ex. #1). Choisir l opérateur booléen : AND, OR, NOT, etc. (voir ANNEXE 1) Cet historique est effacé après 8 heures d'inactivité. Astuce Sauvegarder ses équations de recherche dans My NCBY pour être alerté des nouveautés. 17/22

18 5. La veille automatisée Toute recherche effectuée sur la base de données peut être sauvegardée sur le serveur de PubMed. La création d'un compte personnel sécurisé (My NCBY) permet ensuite de la relancer à tout moment. Ces requêtes peuvent aussi donner lieu à des alertes par courrier électronique à des intervalles définis au préalable, ou bien à la création de fils RSS. Après avoir défini et testé une requête sur laquelle on veut effectuer une veille, cliquer sur le lien Save search affiché en haut de l'équation de recherche. Une fenêtre s'ouvre, dans laquelle il est demandé d indiquer son nom d'utilisateur et son mot de passe. S inscrire pour obtenir un compte My NCBI 18/22

19 Nommer sa requête Définir la fréquence souhaitée pour les alertes Sélectionner le format Sauvegarder pour recevoir de courriers électroniques contenant les références bibliographiques des derniers articles concernant le thème choisi 19/22

20 Pour créer un fil RSS et ainsi être informé des mises à jour récentes concernant sa requête, cliquer sur l icône après avoir lancé et vérifié une équation de recherche. Sports hernia Pour vérifier les abonnements aux flux RSS, cliquer dans la barre des menus Internet Explorer 20/22

21 6. Les didactitiels PubMed UNIVERSITE DE MONTREAL. BIBLIOTHEQUES DES SCIENCES DE LA SANTE. Guide de la base de données PubMed. [en ligne]. Mise à jour le 6 mai [ (Consultée le 6 juin 2011) NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE. PubMed tutorial. [en ligne]. Mise à jour le 14 février [ (Consultée le 6 juin 2011) NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE. NLM Training: PubMed basics. [en ligne; format PDF]. Mise à jour en février [ (Consulté le 6 juin 2011) 21/22

22 Annexe 1 Les opérateurs booléens AND ( ET) pour obtenir les références qui contiennent l'ensemble des termes de recherche sans condition en ce qui concerne leur emplacement et leur relation. Ces termes apparaissent simplement quelque part dans la notice bibliographique. rheumatic diseases OR (OU) pour obtenir les références qui contiennent au moins un des termes de recherche. football soccer NOT (ET PAS) pour éliminer les notices qui contiennent certains termes de recherche. (à utiliser avec précaution car il pourrait écarter des articles pertinents). Rheumatic diseases elbow Les opérateurs booléens, "AND", "OR" et "NOT", peuvent être entrés en lettres minuscules. Si on n utilise aucun opérateur, le système combine automatiquement les termes avec AND. PubMed traite les opérateurs logiques booléens de gauche à droite. Possibilité de modifier l'ordre dans lequel PubMed traite une étape de recherche en entourant un concept avec des parenthèses. Les termes entre parenthèses seront traités en tant qu'unité et seront ensuite inclus dans l'ensemble de la stratégie. Ex. : joints injuries AND (football OR soccer) 22/22