MYCOLOGIE MEDICALE - GENERALITES. Pr C. GUIGUEN. Laboratoire de parasitologie et zoologie appliquée UFR des sciences médicales Rennes

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1 MYCOLOGIE MEDICALE - GENERALITES Pr C. GUIGUEN Laboratoire de parasitologie et zoologie appliquée UFR des sciences médicales Rennes

2 MYCOLOGIE d HIER et d AUJOURD HUI HISTORIQUE (1) - Antiquité : rôle maléfique - Epoque romaine : intérêt culinaire - XVIème siècle : début de la mycologie microscopique Micheli : étude des microorganites (spores) - XIXè siècle : début de la mycologie moderne travaux de La Fries, de Corda, Saccardo du Barry dénombre 900 espèces

3 MYCOLOGIE d HIER et d AUJOURD HUI HISTORIQUE (2) Sabouraud : milieu de culture Villemin : étude des différentes spores fongiques - Milieu XXè siècle Masson et Hugues : classification des champignons sur la base des formes de spores Baron, Ellis : Classification sur mode de formation des spores Ainswork er Bisby s : dictionnary of the fungi - Dernière décennie : ultrastructure, biologie moléculaire, spectrométrie de masse, contribuent à la taxonomie

4 Grande variabilité macroscopique et microscopique D. Chabasse 4

5 Définition Champignons microscopiques: organismes nucléés, eucaryotes, dépourvus de chlorophylle et possédant une paroi rigide, constituée, entre autres, de chitine et de glucane. Ils se développent sous forme filament ou levure et dépendent de la fourniture carbone par le milieu extérieur ou un hôte. Ils se reproduisent de façon sexuée ou asexuée engendrant des millions de spores et donc capacité de dissémination considérable Forme Levure filamenteuse

6 Position systématique des Champignons Classification de Wittaker Parenté avec les végétaux, les animaux et les protistes. Classification en perpétuelle évolution Pneumocystis jiroveci, microsporidies, autrefois classés dans les parasites appartiennent maintenant aux champignons Environ espèces de champignons microscopiques, plus de genres (nombreuses espèces découvertes chaque année). Environ 450 espèces éventuellement pathogènes pour l'homme 200 espèces mycoses profondes 70 espèces mycoses sous-cutanées 150 espèces mycoses de la peau, des phanères, des muqueuses De nouvelles espèces pathogènes sont régulièrement identifiées.

7 FACTEURS FAVORISANTS Avancées médico-chirurgicales : - antibiotiques - corticoïdes - immunosuppresseurs - greffe, Prolongement de la vie Essor du SIDA une multiplication des mycoses

8 INFECTIONS FONGIQUES NOSOCOMIALES 1980 à 1990 : 2 à 4 % des hospitalisés 1990 à 2000 : 4 à 6 % des hospitalisés 2000 à 2010 : 5 à 7 % des hospitalisés candidoses : 78,3 % de ces infections 59,7 % C. albicans 18,6 % autres espèces de Candida Aspergilloses : 1,3 %

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10 Epidémiologie nationale Epidémiologie locale

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13 CHAMPIGNONS LEVURIFORMES Genres : - Candida - Cryptococcus - Malassezia - Trichosporon - Rhodotorula -Saccharomyces

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16 Pathogénicité Certains champignons, les dermatophytes, sont des pathogènes obligatoires. Le plus souvent, champignons profitent modifications du terrain, locales ou générales, pour s'implanter. On peut également observer des réactions allergiques, asthme (Aspergillus fumigatus), alvéolite allergique extrinsèque (Aspergillus, Penicillium), eczématides à distance d'un foyer fongique (dermatophytes).

17 FACTEURS FAVORISANTS DES MYCOSES (1) - Locaux : rupture de la barrière cutanéo-muqueuse - Macération - Cathéter-sonde - Traumatisme - Brûlure - Radiothérapie - Toxicomanie par voire IV - Interventions chirurgicales (digestive, cardiaque) - Cavité préformée - Physiologiques : - Nouveau-né et surtout prématuré - Vieillard - Grossesse - Oestroprogestatif - Endocrinien : - Diabète

18 FACTEURS FAVORISANTS DES MYCOSES (2) - Déficits immunitaires acquis : SIDA - Déficits immunitaires iatrogènes : Chimiothérapie aplasiante, greffes d organes et de moelle osseuse Antibiothérapie Corticothérapie Traitement immunosuppresseur

19 Classification des mycoses Les mycoses peuvent être classées : -selon leur localisation : dermatomycoses, otomycoses, onychomycoses -selon le champignon en cause (candidose, aspergillose, cryptococcose) qui peut atteindre différents tissus (exemple Aspergillus fumigatus) -Quelques mycoses portent des noms particuliers : teignes, pied de Madura, muguet, pied d athlète,.

20 RESERVOIRS DE CHAMPIGNONS - Sol (champignons géophiles) - Animaux (champignons zoophiles) - Homme (champignons anthropophiles)

21 EPIDEMIOLOGIE DES MYCOSES Homme environnement Sources de contamination - inoculation par écharde (sporotrichose, chromomycose, maduromycose, ) - inhalation des poussières (histoplasmose, coccidioïdomycose, cryptococcose, aspergillose, ) Contact inter-humain - candidose (mère-enfant, MST) - teignes scolaires Homme-animal - dermatophyties

22 AIR ENVIRONNANT ENVIRONNEMENT Homme Champignons filamenteux Levures ANIMAUX EAU SOL

23 ROLE DU BIOLOGISTE 1. Prélever ou s assurer de la bonne qualité du prélèvement 2. Identifier avec précision et rapidité l agent fongique en cause 3. Orienter le choix thérapeutique du clinicien 4. Suivre l évolution de l infection ou le contrôle du traitement 5. Rechercher l origine d une épidémie fongique nosocomiale

24 PRELEVEMENTS : COMMENT? Récipients stériles et acheminement rapide au laboratoire Mycoses superficielles - pityriasis versicolor : cellophane adhésive - lésion suintante : écouvillon - lésion ulcérée ou nécrotique : écouvillon ou biopsie - lésion squameuse sèche : en périphérie de la lésion - ongle : à la limite ongle malade (ongle sain) - cheveux : à la pince à épiler, au centre de la lésion Mycoses profondes - liquides : LCR, sang, urines, ascites, - biopsies d organes

25 ARGUMENTS EN FAVEUR DE LA RESPONSABILITE D UN CHAMPIGNON OPPORTUNISTE DANS UNE LESION Facteurs favorisants - locaux - généraux Examen direct positif (ou histologie positive) Une seule espèce de champignon est isolée (sur plusieurs points d ensemencement) La répétition des prélèvements montre toujours le même champignon à l isolement.

26 OUTILS USUELS DE DIAGNOSTIC - Mise en évidence du champignon dans les lésions examen direct histologie - Isolement du champignon culture inoculation à l animal - Identification du champignon critères macroscopiques critères microscopiques critères physiologiques - Réactions sérologiques anticorps circulants antigènes circulants

27 OUTILS DE DIAGNOSTIC - Techniques phénotypiques (Sérotypage, Biotypage, Morphotypage, Résistotypage, Antifongigramme) - Marqueurs moléculaires et génétiques Immuno empreinte Electrophorèse en gel de polyacrylamide (PAGE) Electrophorèse en gel des isoenzymes Caryotypage électrophorétique (champ pulsé) Analyse de l ADN génomique (RFLP, RAPD, )

28 L AVENIR. Identification par spectrométrie de masse Quelques minutes pour l identification des levures Plus complexe pour les champignons filamenteux

29 ANTIFONGIQUES (1) 1903 : iodure de potassium 1950 : polyène 1950 : nystatine 1955 : amphotéricine B 1958 : griséofulvine 1963 : 5-fluorocytosine 1969 : imidazolés 1969 : clotrimazole 1969 : miconazole 1969 : éconazole 1977 : kétoconazole

30 ANTIFONGIQUES (2) 1985 : triazolés 1987 : fluconazole 1990 : allylamine : terbinafine 1990 : morpholine : amorolfine 1990 : vecteurs lipidiques et ampho B 1993 : itraconazole 2000 : Voriconazole 2003 : Pozaconasole 2005 : Caspofungine 2009 : Micafongine

31 ANTIFONGIQUES A L ETUDE Triazolés Saperconazole Altéconazole Ravuconazole BMS Peptides et lipopeptides Nikkomycines Echinocandines Ly MK 0991 Sordarines Vecteurs lipidiques et polyènes Cochléate d amphotéricine B Nystatine lipidique

32 CONCLUSION (1) Protocole thérapeutique Guérison ou prolongement de la vie Augmentation des infections opportunistes Extension du spectre clinique Emergence de nouvelles espèces

33 Espoirs CONCLUSION (2) Diagnostic plus précoce Sérologie (Ag circulants) Biologie moléculaire Spectrométrie de masse Adaptation des thérapeutiques antifongiques guidée par antifongigramme, CMI, dosage sérique Nouveaux antifongiques Triazolés Allylamine Vecteur lipidique

34 Mesures préventives CONCLUSION (3) - Locaux Utilisation d un flux laminaire Maintenance des circuits de climatisation Traitement antifongique des peintures, faux plafonds - Malades Décontamination fongique digestive systématique Surveillance de la nourriture (épices, fruits, ) Ablation des cathéters le plus vite possible Education sanitaire (fleurs, plantes, )

35 Une excellente coopération entre cliniciens et biologistes est le meilleur atout pour prévenir, diagnostiquer et traiter une affection fongique. CONCLUSION