En fin d épreuve, vous êtes priés de fermer le logiciel et de rendre l ordinateur prêt à l emploi.

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1 EvI6inf07.doc : I-6 La procréation Fiche sujet - élève LE RU 486 : UNE MOLECULE CONTRAGESTIVE La contraception hormonale féminine s appuie sur la connaissance des mécanismes de la régulation hormonale de la physiologie sexuelle. En particulier, la sécrétion de progestérone favorise le développement de l endomètre nécessaire à la nidation de l embryon. On cherche à comprendre comment la molécule de Ru 486 (mifépréstone) peut agir sur l endomètre en tant que pilule contragestive. Matériel logiciel de visualisation de molécules en 3D; fichiers jb08prog.pdb jb13mife.pdb; fiche technique d'utilisation simplifiée du logiciel. microscope et deux coupes microscopiques d'utérus (en phase pré- et post-ovulatoire) document : un graphique des variations des taux d'hormones ovariennes (fiche document -élève) Activités et conditions des activités 1- Observer au microscope les deux coupes d'utérus de mammifère fournies. Déterminer la coupe qui correspond à la phase post-ovulatoire. Appeler l'examinateur pour vérification - Mettre en relation la coupe d utérus choisie et les données du document fourni. 3- Choisir et représenter, par un dessin d'observation, une portion de cette coupe afin d'illustrer le développement de la muqueuse utérine. Appeler l'examinateur pour vérification 4- A l aide des fonctions du logiciel, présenter à l'écran une comparaison de la molécule de progestérone et de la molécule RU486. Notamment, il vous est demandé de choisir un mode de représentation permettant de faire apparaître clairement les différents atomes qui composent ces molécules. Appeler l examinateur pour vérification 5- Utiliser l'ensemble des données comparatives et celles de l'énoncé pour proposer une hypothèse expliquant l'effet contragestif du Ru486. Capacités et principaux critères d évaluation Utiliser le microscope pour identifier la phase Adopter une démarche explicative Représenter une observation par un dessin Utiliser un logiciel de modélisation pour comparer molécules Adopter une démarche explicative Barème En fin d épreuve, vous êtes priés de fermer le logiciel et de rendre l ordinateur prêt à l emploi. 1

2 EvI6inf07.doc : I-6 La procréation LA RU 486 : UNE MOLECULE CONTRAGESTIVE Fiche document élève Graphique représentant les taux des hormones ovariennes durant le cycle sexuel féminin Règles Phase pré-ovulatoire Phase post-ovulatoire Ovulation

3 EvI6inf07.doc : I-6 La procréation LA RU 486 : UNE MOLECULE CONTRAGESTIVE Fiche réponse élève ETABLISSEMENT : Classe : Nom : Prénom : A rendre à l issue de l épreuve 3

4 EvI6inf07.doc : I-6 La procréation Fiche technique élève UTILISATION DE RASMOL Lancement du logiciel: Dans le répertoire RASMOL, cliquer sur XXXXXXXXX Si l'on désire afficher deux molécules simultanément afin de les comparer, il faut lancer une seconde fois le logiciel. Organisation sur l'écran: Placer la fenêtre de visualisation de la molécule en haut d'écran et le menu principal de commande en dessous. Si le logiciel est lancé une deuxième fois, placer la seconde fenêtre à droite, en haut d'écran et le menu de commande en dessous. Chargement d'une image moléculaire: Dans le menu principal, faire Fichier/Ouvrir puis se placer dans le répertoire XXXXXXXXX de RASMOL et choisir les molécules à charger: Progestérone : fichier jb08prog.pdb RU486 (ou mifépristone) : fichier jb13mife.pdb Principales fonctionnalités: Dans le menu principal: Afficher: Bâtonnets - Sphères (affiche les atomes sous forme de sphères de taille à préciser)- Squelette carboné - Rubans - Brins - Points - - Boules et bâtonnets - Boules et fils de fer (affichent à la fois les atomes en sphères et les liaisons). Colorer: par type d'atome, type de résidu,, par chaîne, par structure. En cliquant à l'écran sur un atome, son symbole apparaît dans le menu, permettant ainsi de l'identifier. Observation de la molécules affichée: Le bouton gauche de la souris maintenu sur l'écran, le déplacement de la souris permet de faire tourner la molécule sur elle-même. Le bouton droit maintenu, le déplacement de la souris déplace la molécule dans la fenêtre. La touche "Shift" du clavier, avec symbole ( ),maintenue appuyée + bouton gauche de la souris, le déplacement de la souris permet de changer la taille de la molécule (zoomer par déplacement vers le bas ; dé-zoomer par déplacement vers le haut). Quelques fonctions utiles: Restaurer (Editer/Restaurer): permet de remettre la molécule dans sa position et taille d'origine. Recentrer (Editer/Recentrer): permet de replacer au centre de l'écran la molécule. Tracer les axes (x, y, z) (Options/Système d'axes) : tracer les axes permettant de repérer dans l'espace la molécule. 4

5 6 3 4 UTILISATION DU LOGICIEL RAS TOP Fiche technique - élève 1 5 Ouverture d un fichier Utiliser la commande 1, ouvrir le classeur RASMOL ou RAS TOP, ouvrir un fichier *.pdb. Visualisation d une molécule Utiliser l une des commandes. Les atomes sont colorés de manière conventionnelle : gris clair = Carbone(C) ; rouge = Oxygène (O); bleu clair = Azote (N) et orange = Phosphore (P) [H l hydrogène n est pas représentée] On peut manipuler l image de la molécule en cliquant dans l écran noir avec le bouton gauche de la souris et sans relâcher la pression sur ce bouton, en déplaçant lentement la souris vers la gauche ou la droite pour tourner autour de l axe des y, vers le haut ou le bas pour tourner autour de l axe des x. On peut également agrandir la molécule en cliquant sur le bouton trans./zoom puis en bougeant le curseur des z ou avec la souris en maintenant la touche appuyée. Recherche de la constitution d une molécule. Coloration des constituants Utiliser la commande3, puis «colorer par» puis choisir dans la liste. Coloration des liaisons Utiliser la commande 4 puis «liaisons hydrogène» et «afficher» ou «ponts disulfure» et «afficher» Séquence Chaque élément d une séquence est symbolisé par une ou plusieurs lettres suivies d un numéro correspondant à sa place. Il faut lire les informations au bas de l écran dans la zone nommée «res» Dans l exemple présenté, l élément considéré est la Thymine placée en 0 position dans la chaîne B de la molécule 1D9 (ADN) Vous pouvez également choisir la commande 6 puis «séquence» Vous pouvez changer la couleur en utilisant la commande 5, la fenêtre ci-contre apparaît. Vous pouvez alors colorer à votre choix tout ou partie de la molécule.

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7 EvI6inf07.doc: I6 - La procréation LE RU 486 : UNE MOLECULE CONTRAGESTIVE Fiche d évaluation Capacités et critères d évaluation (En gras, évaluation à réaliser pendant la séance) Barème Noms des élèves 1- Utiliser le microscope : - réalisation des réglages - détermination exacte de la coupe de l'utérus en phase post-ovulatoire. - Adopter une démarche explicative - dentelle utérine développée (lame) en relation avec la sécrétion de progestérone (document). 3- Représenter une observation par un dessin - représentation fidèle -choix correct de la zone représentée - mise en page - netteté et finesse du tracé réalisé au crayon à papier -Exactitude scientifique de la légende et titre adapté -Indication du grossissement utilisé 4- Utiliser un logiciel de modélisation -Affichage des deux molécules -Même type d affichage : (cadrage, orientation, échelle, sphères ou boules etc ) -Manipulation des molécules faisant apparaître une similitude de conformation spatiale 5- Adopter une démarche explicative - ressemblance des conformations des deux molécules. - hypothèse de la fixation de la RU486 sur les récepteurs de la progestérone. - nidation impossible Note /0 7

8 EvI6inf07.doc: I6 - La procréation LE RU 486 : UNE MOLECULE CONTRAGESTIVE Fiche laboratoire - Le logiciel RASMOL est disponible sur le CD, de même que les deux fichiers de molécules (progestérone et mifépristone). - Le logiciel RASMOL est téléchargeable sur Internet (site INRP, Biogeo) - Il est nécessaire de copier les deux fichiers.pdb dans un répertoire de votre choix dans Rasmol. Il faudra indiquer alors le chemin d accès à ces fichiers dans la fiche technique-élève en remplaçant les XXXXXXXXX. IMPORTANT! Le nom que portent les fichiers.pdb dans la banque de sujets ne signifie rien d'utile à l'élève. Il résulte des nécessités de repérages des fichiers pour construire la banque de sujets. - EvI6inf07a.pdb correspond à jb08prog.pdb (progestérone) - EvI6inf07b.pdb correspond à jb13mife.pdb (RU 486 = miféprestone) Pour ne pas compliquer inutilement le travail il est nécessaire de modifier les noms des fichiers. Pour cela possibilités : - soit renommer simplement les fichiers lorsqu'on les installe localement (c'est la meilleure solution). D'ailleurs, pour ne pas multiplier les pièges inutiles, il est judicieux de les regrouper dans un même répertoire. - soit remplacer les noms portés dans la fiche sujet-élève et la fiche technique-élève par ceux de la banque. Dans ce sujet, hormis les renseignements ci-dessus, les fiches techniques ne doivent pas être modifiées. Pour l évaluation : Si l élève ne parvient pas à répondre à la question 3-, l évaluateur lui propose le document de secours. Dans ce cas, l élève n obtiendra pas les points de la question mais pourra continuer l évaluation. 8

9 EvI6inf07.doc: I6 - La procréation Fiche document -secours TITRE : Ru 486 (mifépréstone) TITRE : Progestérone 9