ANNOTATION DU GENOME DE L L ALGUE VERTE CHLAMYDOMONAS REINHARDTII

Transcription

1 Un exemple d application d du logiciel pepline: ANNOTATION DU GENOME DE L L ALGUE VERTE CHLAMYDOMONAS REINHARDTII Marianne Tardif #, Annie Adrait #, Norbert Rolland *, Jérôme Garin # # Laboratoire de Chimie des Protéines, ERM Inserm 0201, DRDC/CP - CEA/Grenoble * Laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale, UMR 5019, DRDC/ PCV CEA/Grenoble 17 rue des martyrs F Grenoble

2 Chlamydomonas reinhardtii: aspects bio photosynthèse biogénèse (chloroplaste ) mobilité tropisme (phototactisme) autres métabolismes, d intérêt agronomique (synthèse amidon) cycles circadiens réponses au stress Protéines du choloroplaste = 50% des protéines totales

3 Chlamydomonas reinhardtii: aspects bioinfo Genome : Protéines : ~ sequences scaffolds Génome (100 Mb) FGeneSH, GreenGenie, GeneModel Modèles géniques at JGI (Joint Genome Institute) taille : 100 Mb 17 chromosomes version1: scaffolds version2: scaffolds Biais GC (62%) Annotation au JGI ~3 000 sequences (C. Hauser) ESTs traduits ~700 sequences «Chlamy» (@NCBI) nr

4 ~400 spectres MSMS PepLine versus Mascot mascot ncbi Modèles assignés non assignés (60%) Protéines gi X PEU taggor ~4000 PSTs «Clusters» nucléiques pepmap Génome X Combien? Comment les valider? Comment les présenter?

5 nombre de clusters générés -1 1 bande 331 spectres 2250 tags max. 10 / spectre # hits complets # hits partiels = !! d = 1500 nucl clusters!! clusters «géants» ex.30 kb

6 nombre de clusters générés -2 1 bande 331 spectres 2250 tags # hits complets # hits partiels clusters clusters restricted genomic region:

7 nombre de clusters générés -3 1 bande 331 spectres 2250 tags Mascot # hits complets # hits partiels [~2000 protéines ou +! ] 1958 clusters ~20 protéines validées combien sont valides?

8 1958 clusters validation des clusters «singulet» 7 hits 37 (EAEAISVDVTSK) 8 multiple # peptides différents: > hits (multiples) (singulets) Valides??? Bruit? (EAEAISVDVTSK) fonction de score? (AVLIGDESDFER)

9 validation des clusters -2 Validation indirecte par comparaison avec les résultats r Mascot 1913 (singulets) (multiples) Existe t-il un modèle déjà décrit à cet endroit? OUI: 26 NON: modèles retrouvés (coïncident avec 16 clusters)

10 Exemple génome:scaffold_ modèle (prédiction) cluster (Pepline)

11 Formalisme-1?????????? seq nc seq aa? modèle (id ) > MATDPAGCAAACPAGPLASVLGAAPPGGYDPDQVAAVTFWS FALAPWREVGYNRTMVKATELVALLSNESYLSKPVNASFDY NTTYMREAVRTVYSTAQLPITAAAVPLADGETDIITRLKRN REPIRGNYCPEGSSKPSIVCEGGYYCPNATSQIICPAGYYC KPQSIYPVACPPVVACPEGTESPDGRPLAGLIFAFIVVGMY LLYWVTELGMWVGERIIRHLSLVARIRKNLANLGQIAGITE TQTEEHKEMEKVQEAARARNEVGFQMATMKTSPWWELNENT NIRFRDVRGRMPKGKSGRLENLEYSARLKLPQTVPRVYRHG IIDDTLRMLGMYDKQDRLTGSVENKVISGGERKRVSIGVEI VGKPPILFMDEPTSGLDAARSSELCTLMSNLAAASKTNIIA VIHQPRYSVRC* > MSNALRGLARRVGAQYLRNQRVRGGGGEYPGGSFWSEGTQT GKNGFLFGEVPINGQPRKTLWWEPYWYAGFGGMGVGVYLIY HAKPLEALDIKYWAAPRAAKELETEMRMLDKLNERPDLKER LVAVCKDLNMIEDEAYDLVLMRNEYKVKLGMHTGRVPEDLK AIYEELEA* L Cluster Pepline (id 520) scaffold_165@d LONGUEUR nucl DEBUT nucl FIN 102 COUVERTURE (# nucl) 2 NBRE DE PEPTIDES DIFF SCORES COORD DES HITS etc

12 Formalisme-2 persistence des résultats r d annotation d? génome:scaffold_165 ESTs 520 comparaison PL Cluster_id: 520 nouvelle piste sur le «browser»

13 Chlamy and Co. LA MASSE, LA BIOINFO:. CP /DRDC/ CEA Grenoble Marianne Tardif Annie Adrait Jérôme Garin LES COLLABORATEURS:. UMR 8576 CNRS, Villeneuve d Ascq Steven Ball. UPR-CNRS 1261 /IBPC de Paris/ Francis-André Wollman Olivier Vallon LES ECHANTILLONS, LA BIO:. PCV UMR 5019 /DRDC/ CEA Gre. Norbert Rolland LES CONTACTS AMERICAINS: Stanford Univ & Duke Univ: Arthur R. Grossman Stanford University Charles Hauser Duke University Joint Genome Institute (JGI): Dan Rokhsar Lawrence Berkeley Lab Diego Martinez Los Alamos Nat. Lab Et Les personnes citées pour PepLine!