Curriculum Vitæ Kevin BLEAKLEY

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1 Curriculum Vitæ Kevin BLEAKLEY DATE DE NAISSANCE 20 mai, 1978 NATIONALITE néo-zélandaise et française TELEPHONE 0033 (0) WEB Emploi et parcours universitaire 2014 Chargé de Recherche 1, INRIA, Saclay, France Chargé de Recherche 2, INRIA, Saclay, France : PostDoc, Mines ParisTech/Institut Curie/INSERM U900, Paris : Thèse en biomathématiques et statistiques à l Université Montpellier II, en collaboration avec l Institut de Génétique Humaine, Montpellier. Soutenue le 23 novembre 2007 à Montpellier : Licence, Maîtrise et DEA, Université Montpellier II : DEUG en physique et DEUG en mathématiques, Université d Auckland, Nouvelle-Zélande. Langues Anglais et français. Niveau moyen d espagnol et de polonais. Enseignements : Enseignant pour les cours de L A TEX pour éleves en doctorat de l Université Paris-Sud : Accompagnement de projets en apprentissage statistique pour les élèves de 3ème année à l ENSAI, Rennes : TDs et TPs de statistiques niveau L1 et L2, en qualité de moniteur, Université Montpellier II. 1

2 : Cours particuliers, Auckland, Nouvelle-Zélande : TPs de mathématiques et de statistiques, Université d Auckland, Nouvelle- Zélande. Exposés oraux lors des congrés Spring Research Conference, Harvard, Cambridge, USA (June 2012). ERCIM conférence, Londres, Angleterre (Décembre 2011). 43ème Journées de Statistique, Gammarth, Tunisie (mai 2011). Cancer Bioinformatics Workshop, Cambridge, Angleterre (septembre 2010). Journées MAS, Bordeaux, France (août 2010). European Young Statisticians Meeting, Bucarest, Roumanie (août 2009). European Meeting of Statisticians, Toulouse, France (juillet 2009). Journée spéciale ECAIS, Paris, France (mars 2009, invité). GDR Statistique et Santé, Paris, France (novembre 2008, invité). Statistique Mathématique et Applications, Fréjus, France (septembre 2008). SSC SFDS, Ottawa, Canada (mai 2008). Deuxièmes Rencontres des Jeunes Statisticiens, Aussois, France (septembre 2007). ISMB/ECCB, Vienne, Autriche (juillet 2007). 39ième Journées de Statistique, Angers, France (juin 2007). Exposés oraux lors des séminaires Séminaire SELECT, Orsay, France (juin 2015). Séminaire SELECT, Orsay, France (novembre 2010). Séminaire Willow, INRIA, Paris, France (mai 2010). Groupe de travail en Statistique/Biostatistique, Institut Elie Cartan, Nancy, France (janvier 2010). Séminaire Modal X, Université Paris X (novembre 2009). Semstat, Institut Henri Poincaré, Paris, France (avril 2009). 2

3 Séminaire, Ecole des Mines/Curie/INSERM U900, Paris, France (novembre 2008). Séminaire de statistique de l Institut de Mathématiques de Luminy, Marseille (mai 2008). Séminaire de statistique de l IRMAR et de l ENSAI, Rennes (avril 2008). Doctiss 2008, Montpellier (avril 2008). Séminaire de l UMPA, ENS de Lyon (mars 2008). Séminaire de statistique, Auckland University (janvier 2008). Séminaire SAMOS, Université Paris I (novembre 2007). Séminaire de statistique, Université Paul Sabatier, Toulouse III (octobre 2007). Séminaire de thésards, Université Paris VI (mai 2007). Séminaire MIA à l INRA, Jouy en Josas (avril 2007). Journée des doctorants, Université Montpellier II (avril 2006). Organisation et Responsabilités Bioinformatics, Human Genetics, Analytica Chimica Acta, Computational Biology and Chemistry, Journal of Statistical Software, Briefings in Bioinformatics. Membre de jury pour le congrès Young Researchers in Life Sciences, (Paris). Relecteur d articles pour la journée Doctiss 2008 (Montpellier). Co-organisateur de la journée Doctiss 2007 (Montpellier), présentation des travaux de thésards scientifiques en troisième année. Langages informatiques Matlab, R, Perl, C, HTML. Publications [1] Biau, G. et Bleakley, K. (2006). Statistical inference on graphs, Statistics & Decisions, Vol. 24 (2), pp

4 [2] Bleakley, K., Giudicelli, V., Wu, Y., Lefranc, M.-P. et Biau, G. (2006). IMGT standardization for statistical analyses of T cell receptor junctions: The TRAV- TRAJ example, In Silico Biology, Vol. 6, pp [3] Bleakley, K., Biau, G. et Vert, J.-P. (2007). Supervised reconstruction of biological networks with local models, Bioinformatics, Vol. 23, pp. i57-i65. [4] Bleakley, K., Lefranc, M.-P. et Biau, G. (2008). Recovering probabilities for nucleotide trimming processes for T cell receptor TRA and TRG V-J junctions analyzed with IMGT tools, BMC Bioinformatics, 9:408. [5] Bleakley, K. et Yamanishi, Y. (2009). Supervised prediction of drug-target interactions using bipartite local models, Bioinformatics, Vol. 25(18), pp [6] Austerlitz, F., David, O., Schaeffer, B., Bleakley, K., Oltneau, M., Leblois, R., Veuille, M. et Laredo, C. (2009). DNA barcode analysis: a comparison of phylogenetic and statistical classification methods, BMC Bioinformatics, 10(Suppl 14):S10. [7] Biau, G., Bleakley, K., Györfi, L. et Ottucsák, G. (2010). Nonparametric sequential prediction of time series, Journal of Nonparametric Statistics, 22, pp [8] Schauer, K., Duong, T., Bleakley, K., Bardin, S., Bornens, M. et Goud, B. (2010). Probabilistic density maps to study global endomembrane organization, Nature Methods, (doi: /nmeth.1462). [9] Vert, J.-P. et Bleakley, K. (2010). Fast detection of multiple change-points shared by many signals using group LARS, Advances in Neural Information Processing Systems [10] Boeva, V., Zinovyev, A., Bleakley, K., Vert, J.-P., Janoueix-Lerosey, I., Delattre, O. et Barillot, E. (2010). Control-free calling of copy number alterations in deep-sequencing data using GC-content normalization, Bioinformatics, (doi: /bioinformatics/btq635). [11] Lavielle, M. et Bleakley, K. (2011). Automatic data binning for improved visual diagnosis of pharmacometric models, Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics. [12] Boeva, V., Popova, T., Bleakley, K., Chiche, P., Janoueix-Lerosey, I., Cappo, J., Schleiermacher, G., Delattre, O. et Barillot, E. (2011). Control-FREEC: a tool for assessing copy number and genotype using next generation sequencing data, Bioinformatics. [13] Servant, N., Bollet, M. A., Halfwerk, H., Bleakley, K., Kreike, B., Jacob, L., Sie, D., Kerkhoven, R., Hupé, P., Hadhri, R., Fourquet, A., Bartelink, H., Barillot, E., Sigal-Zafrani, B. et van de Vijver, M. J. (2012). Search for a gene-expression signature of breast cancer local recurrence in young women, Clinical Cancer Research. 4

5 [14] Mbogning, C., Bleakley, K. et Lavielle, M. (2012). Between-subject and withinsubject model mixtures for classifying HIV treatment response, Progress in Applied Mathematics. [15] Mbogning, C., Bleakley, K. et Lavielle, M. (2014). Joint modeling of longitudinal and repeated time-to-event data with maximum likelihood estimation via the SAEM algorithm, Journal of Statistical Computation and Simulation. Traduction et correction Gaetan, C. and Guyon, X. (2010). Spatial Statistics and Modeling, Springer, New York (302 pages). J ai traduit ce livre du français à l anglais. Lavielle, M. (2012). Analyse statistique de l article de G.E. Séralini et al. Traduit du français à l anglais. L article, Long term toxicity of a Roundup herbicide and a Roundup-tolerant genetically modified maize, a tenté de démontrer la toxicité d un OGM. Lavielle, M. (2014). Mixed Effects Models for the Population Approach, Chapman & Hall (383 pages). J ai traduit vers l anglais les parties de l ouvrage écrites en français, copiez-édité les parties écrites à l origine en anglais, et agi comme copie-éditeur de pré-soumission. Traduction simultané (français anglais) de la journée Horizons de la Statistique à l Institut Henri Poincaré, Paris. (2014). Thèse Le 23 novembre 2007 à Montpellier, j ai soutenu ma thèse, intitulée: Quelques contributions à l analyse statistique et à la classification des graphes et des courbes. Applications à l immunobiologie et à la reconstruction des réseaux biologiques. Mon jury de thèse était: A. BERLINET, Professeur, Université Montpellier II (Président). P. BESSE, Professeur, Université Toulouse III (Rapporteur). G. BIAU, Professeur, Université Paris VI (Directeur de Thèse). M.-P. LEFRANC, Professeur, Université Montpellier II (Examinateur). A. MOKKADEM, Professeur, Université de Versailles (Rapporteur). J.-P. VERT, Maître de Recherche, Ecole des Mines de Paris (Examinateur). 5

6 En voici le résumé: Cette thèse propose un ensemble de résultats dans le domaine de l apprentissage statistique et de la classification supervisée, tant du point de vue théorique que du point de vue de l algorithmique et des applications sur données réelles. Elle se décompose en deux projets de recherche indépendants. Le premier projet, qui porte sur des travaux de nature essentiellement théorique, trouve sa source dans le domaine de la reconstruction des réseaux biologiques et dans l analyse et la classification des séries temporelles. Le second projet présente les résultats d une étude statistique réalisée en collaboration avec une équipe d immunobiologistes de l Université Montpellier II, où il a s agit d analyser, étape par étape, les processus de réarrangement de gènes au sein des jonctions des récepteurs T de notre système immunitaire. La nouveauté de ce domaine nous a amené à proposer un système de notations pour les variables biologiques d intérêt et à développer des méthodes d analyses statistiques visant à mieux comprendre les processus physiques impliqués dans ces réarrangements dont les mécanismes sont encore très mal connus. 6