MUSEUM NAT. D'HISTOIRE NATURELLE PARIS Référence GALAXIE : 4113

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1 MUSEUM NAT. D'HISTOIRE NATURELLE PARIS Référence GALAXIE : 4113 Numéro dans le SI local : Référence GESUP : 4113 Corps : Maître de conférences du Muséum national d'histoire naturelle Article : 32ou40 Chaire : Non Section 1 : 67-Biologie des populations et écologie Section 2 : 68-Biologie des organismes Section 3 : Profil : Job profile : Etude génomique et bioinformatique de lorigine de la diversité et de la divergence adaptative chez les champignons. Actions de valorisation de la collection de souches fongiques et dexpertise. The position concerns genomic and bioinformatic studies of the origin of the diversity and adaptative divergence of fungi, and enhancement of the fungal culture collection as well as expertise. Research fields EURAXESS : Biological sciences Other Implantation du poste : R - MUSEUM NAT. D'HISTOIRE NATURELLE PARIS Localisation : PARIS Code postal de la localisation : Etat du poste : Vacant Adresse d'envoi du 57 RUE CUVIER dossier : Contact administratif : N de téléphone : N de Fax : PARIS EMELINE GEORGE CHARGE GESTION DES RESSOURCES HUMAINES comsel@mnhn.fr Date de saisie : Date de dernière mise à jour : Date d'ouverture des candidatures : 27/03/2014 Date de fermeture des candidatures : 27/04/2014, 16 heures heure de Paris Date de prise de fonction : 01/10/2014 Date de publication : 27/03/2014 Publication autorisée : NON Mots-clés : microbiologie ; bioinformatique ; génomique fonctionnelle ; Profil enseignement : Composante ou UFR : Référence UFR : Profil recherche : Laboratoire 1 : UMR7205 ( M) - ORIGINE, STRUCTURE ET EVOLUTION DE LA BIODIVERSITE Laboratoire 2 : Laboratoire 3 : Laboratoire 4 : Laboratoire 5 : Dossier Papier NON Dossier numérique physique (CD, NON DVD, clé USB) Dossier transmis par courrier OUI gestionnaire comsel@mnhn.fr électronique Application spécifique NON URL application

2 Le profil détaillé se trouve en page 2 et suivantes

3 PROFIL DE POSTE D ENSEIGNANT-CHERCHEUR / RECRUTEMENT 2014 MAITRE DE CONFERENCES Intitulé du poste : Etude génomique de la biodiversité et de l évolution des champignons Département : DSE Unité d accueil : Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité UMR 7205 ISYEB (Directeur : Philippe Grandcolas) Sections concernées du CNU : 67 et 68 Contacts scientifiques : Thomas Haevermans (haever@mnhn.fr) & Joelle Dupont (jdupont@mnhn.fr) Philippe Grandcolas (pg@mnhn.fr) Description détaillée du poste : 1) Recherche Le candidat devra développer une recherche sur des analyses évolutives utilisant la génomique et la bioinformatique sur de larges jeux de données, soit existants soit à acquérir, dans le but de répondre aux questions sur l origine de la diversité biologique (spécifique et fonctionnelle) des champignons, et de rechercher les meilleures régions génomiques à utiliser pour la recenser et l identifier. L approche métagénomique (l étude des génomes récupérés des échantillons environnementaux) représente un outil puissant pour recenser la biodiversité. L étude des génomes déjà séquencés permet de trouver des gènes qui peuvent faire consensus pour être utilisés pour la phylogénie à grande échelle autant que pour le code barre génétique. L étude de ces génomes permet également d étudier les mécanismes évolutifs qui sont à l origine de la biodiversité, en particulier de rechercher des traces de sélection positive (indiquant des changements de fonctions rapides) dans les génomes, de les relier aux innovations écologiques et fonctionnelles ; la structure des génomes (réarrangements, duplications et recombinaison) permet aussi d étudier les mécanismes à l origine des espèces, permettant les isolements reproducteurs et/ou les spécialisations fonctionnelles. Des approches sur des jeux de données de re-séquençage au sein d espèces permettent également de déterminer les dates et mécanismes de spéciation. Le candidat devra notamment explorer les génomes de champignons fromagers disponibles au Muséum, en particulier ceux des Penicillium déjà annotés, mais également, ceux de Fusarium domesticum ou de Sporendonema casei, et envisager le séquençage d autres espèces «sauvages» proches pour étudier les mécanismes et l histoire de la domestication de ces espèces, les innovations génomiques et les adaptations qui ont permis le changement de niche écologique. Le séquençage de souches multiples pour certaines espèces permettra d étudier la diversité génétique et fonctionnelle au sein des espèces, en particulier chez P. roqueforti, une espèce déjà étudiée par l équipe de Mycologie, bien représentée dans la collection de souches fongiques du MNHN et qui possède une grande diversité au sein des souches fromagères mais aussi des souches présentes dans d autres milieux plus ou moins anthropisés. La domestication est un bon modèle pour comprendre la spéciation, car il s agit d une diversification récente et rapide avec changement de niche écologique. Les espèces domestiquées fongiques ont été très peu étudiées et fournissent pourtant d excellents modèles, en particulier pour des approches génomiques, étant donnés leurs petits génomes. Ces approches permettront de comprendre les mécanismes génomiques de la divergence adaptative, et donc de la spéciation. Par ailleurs, la phylogénie du genre Penicillium est encore insatisfaisante aujourd hui du fait du manque de marqueurs moléculaires adéquats pour retracer l histoire évolutive du genre. L exploitation des génomes complets pour rechercher de nouveaux marqueurs moléculaires sera

4 d une grande utilité pour l ensemble des mycologues. Les interactions durables entre espèces sont également un sujet qui pourrait être étudié par l approche génomique, ce qui permettrait de renforcer les liens avec d autres chercheurs de l unité OSEB, par exemple en étudiant les champignons endophytes ou parasites d insectes. Le profil nécessite des compétences en génomique évolutive, pour extraire des génomes des informations sur l évolution adaptative, par exemple sur les traces de sélection, et sur les pertes et gains de gènes. Le/la candidat(e) devra donc maîtriser les outils d analyse bioinformatique et statistique de larges jeux de données génomiques. Le/la candidat(e) devra avoir par ailleurs une bonne connaissance des champignons, de leur biologie et de leur systématique, étant appelé (e) à gérer une collection et participer à l activité d expertise. 2) Expertise La demande d expertise taxonomique dans le domaine des moisissures est très importante en France et l équipe de Mycologie du Muséum est un partenaire privilégié des institutions publiques ou privées pour les questions de systématique des champignons microscopiques. Elle assure des identifications ponctuelles et réalise aussi des recherches finalisées de courte durée, sous contrat. La formation du candidat à l expertise taxonomique par le professeur en place permettra d assurer la pérennité de ce service, rare en France. 3) Collections La collection de souches fongiques du Muséum est importante et distribue un grand nombre de souches. Dans le but d assurer la meilleure qualité possible de ses ressources, la collection a engagé un effort d authentification des souches par séquençage moléculaire, notamment pour les plus anciennes dont l identification selon des critères morphologiques s avère souvent erronée. Le candidat devra poursuivre cet effort et participer à l enrichissement de la collection, autant du point de vue de la diversité spécifique qu intra-spécifique, pour permettre des études de populations. L exploitation des génomes déjà acquis et le séquençage prévu d autres génomes apporteront une valeur ajoutée incontestable à la collection et permettront au MNHN de se placer comme une référence importante dans le stockage des librairies génomiques des groupes représentatifs de la diversité fongique. 4) Enseignement et diffusion des connaissances Le développement de nouvelles thématiques dans les domaines de la génomique de la biodiversité au Muséum fait apparaître un besoin de formation au niveau des personnels et des étudiants. Le candidat pourrait donc participer à l enseignement du Master du Muséum et à la formation permanente du personnel du Muséum, en assurant des cours d analyse statistique et bioinformatique pour l étude génomique de la biodiversité. Renseignements concernant l unité d accueil : UMR 7205, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (UMR CNRS 7205) ; équipe «Botanique» (responsable : Thomas Haevermans) L UMR 7205 CNRS ISYEB est une unité du département Systématique et Evolution du Muséum national d Histoire naturelle. Elle regroupe plus de 80 chercheurs et enseignants-chercheurs, qui étudient l origine et l évolution de la biodiversité à l aide des outils de la systématique (taxonomie, phylogénie, morphologie, DNA-barcoding) et de la biologie des populations. Elle aborde des thématiques allant de l évolution phénotypique et moléculaire à la biogéographie et à la macroécologie, qui sont considérées à des échelles temporelles et spatiales diverses. Ces études sont menées sur une large gamme d organismes incluant arthropodes, vertébrés, plantes, champignons et bactéries, pour lesquels les chercheurs de l unité sont également en charge des collections nationales de référence. L UMR compte une dizaine de chercheurs, d enseignants-chercheurs et de thésards, travaillant principalement sur la taxonomie, la biogéographie, les processus de diversification et de spéciation, et l évolution des plantes.

5 Consignes à respecter obligatoirement pour votre dossier de candidature Le MNHN a opté pour un envoi dématérialisé des candidatures. Aussi, il est demandé aux candidats de respecter les consignes ci-dessous. L enregistrement des candidatures est fixé selon un calendrier propre à chacun des postes. La candidature à un poste d enseignant chercheur du Muséum s effectue en 2 étapes : L enregistrement 1. de la candidature sur l application GALAXIE accessible à partir du lien ci-après : 2. L envoi du fichier numérique à l adresse mail : comsel@mnhn.fr Ce fichier numérique devra être transmis en format PDF exclusivement (taille maximum 8Mo) et contenir toutes les pièces exigées par la réglementation en vigueur* classées au sein du fichier dans l ordre suivant : 1) Déclaration de candidature datée et signée téléchargeable sur Galaxie ; 2) Pièce d identité en cours de validité ; 3) Notice biographique détaillée mentionnant les titres et travaux ; 4) Copie de l attestation d inscription sur la liste de qualification ; 5) Copie du diplôme (HDR, doctorat) ou une pièce attestant que le candidat remplit l une des conditions visée aux articles 5 et 6 de l arrêté du 20 février 2012 sus mentionné. IMPORTANT Le titre du fichier numérique devra être libellé impérativement comme ci-après : Numéro du poste_corps_nom_prénom Exemple pour un poste de professeur n 4030 pour DUPONT Jean : 4030_PR_DUPONT_Jean AUCUN DOSSIER PAPIER NE SERA ACCEPTE * arrêté du 20 février 2012 relatif aux modalités de recrutement des professeurs du Muséum national d histoire naturelle et des maitres de conférences du Muséum national d histoire naturelle.