Compte-rendu d activité de Recherche

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1 Compte-rendu d activité de Recherche Ecole nationale vétérinaire d Alfort. 7, avenue du Général de Gaulle Maisons-Alfort /

2 Editorial p 1 Organigramme p 2 La Politique de Recherche à l ENVA p 3 Conseil Scientifique p 7 Comité d éthique ANSES / ENVA / UPEC p 8 Comité d éthique en recherche clinique p 9 Charte éthique en recherche clinique p 10 Unités mixtes de Recherche (UMR) et Unitès labellisées. UMR Biologie du développement et reproduction p 12 UMR de Biologie Moléculaire et Immunologie Parasitaires et Fongiques (BIPAR) p 15 UMR Génértique fonctionnelle et médicale p 19 UMR de Virologie p 23 Equipe de cardiologie de l Institut Mondor de Recherches Biomédicales (UMR) p 26 Biomécanique et Pathologie Locomotrice du cheval p 29 Microbiologie des Aliments - Sécurité et Qualité (MASQ) p 34 UPR Modélisation thérapeutique en neurobiologie p 37 Epidémiologie des maladies animales infectieuses : EPIMAI p 39 UPR Ophtalmologie vétérinaire p 41 Autres unités de recherches Chirurgie p 43 Ethologie p 45 Ethno-Génétique des races de chiens de travail p 47 Groupe tumeurs endocrines p 48 Histoire et Patrimoine p 50 Laboratoire d histologie et d anatomie pathologique p 52 Unité de Médecine de l élevage et du Sport (UMES) p 54 Plateformes Centre d Analyses et d Appui Scientifique et Technique p 58 CRBM p 59 Institut de Recherche Clinique animale p 60 Liste des publications 2008 p p p p 79

3 Editorial Le dernier rapport, sorti en 2008, couvrait la période , voici le bilan Puisqu il sera maintenant surtout diffusé par voie électronique et disponible sur nos sites, une actualisation sera plus facile ; de toutes façons, un complément pour 2012 sera réalisé au plus tard en janvier 2013, évaluation oblige mais il est essentiel que l actualisation et le bilan soient faits ensuite tous les ans. Cette sortie est possible aujourd hui car, nous disposons maintenant d une équipe réorganisée pour la Communication et la Direction Scientifique a reçu le soutien d une collaboratrice qui peut suivre et relancer les projets ; merci à ces deux équipes pour leur activité et leur motivation. La politique de recherche, qui s appuie sur un bilan chiffré, montre l évolution de l activité entre 2008 et 2011 ; un accroissement des publications et des brevets est observé. De plus, la période a vu la mise en place sur le site de Maisons-Alfort, de différentes plateformes essentielles pour la recherche ; leur présentation aidera à communiquer sur notre potentiel et facilitera une meilleure connaissance entre les établissements du PRES UPE. A noter que le CRBM a atteint son objectif en activités et en services offerts pour les unités de l ENVA ou pour des partenaires extérieurs. Ce développement des activités de recherche concerne aussi le site du CIRALE. Les unités ont évolué par rapport à 2007, un nombre plus important d enseignants-chercheurs est intégré dans les unités de recherche labellisées. Nos partenariats essentiels restent l ANSES, l INRA et l INSERM ; pour ce dernier, si les contrats d interface ont augmenté, nous devons, grâce à un rapprochement avec l UPEC et l Institut Mondor de recherches biomédicales (IMRB) trouver les moyens de mieux structurer la recherche clinique. En particulier, le CHUVA sera un atout dans le domaine de la recherche clinique consacrée aux animaux de compagnie et le développement des activités équines, au CIRALE et sur le site de Maisons-Alfort, permet aussi une valorisation scientifique et l encadrement de résidents et de doctorants. De plus en plus de projets ou de structures se développent en partenariat : un comité d éthique commun est en place pour l ANSES, l ENVA et l UPEC, il devient le comité d éthique du pôle santé et société du PRES UPE. Le CRBM est une plateforme qui devrait se restructurer en lien avec l équipe de cardiologie de l IMRB, l unité de neurobiologie et les chirurgiens humains et vétérinaires ; l UPEC est concernée mais nous espérons que l APHP y adhérera officiellement. Maintenant, 2 années intenses attendent nos équipes pour évoluer afin que l évaluation de l AERES se passe dans de bonnes conditions. Dans les prochaines années, nous pourrons ainsi bénéficier, grâce au PRES, de l appui de la SATT Ile-de-France Innov dans le domaine de la valorisation et des conseils et de l expertise de l Incubateur Descartes. Nos valeurs intrinsèques, nos capacités d adaptation et la collaboration avec nos partenaires sont le garant d une participation à la compétition internationale et à la restructuration de l enseignement supérieur et de la recherche en Ile-de- France et en Basse-Normandie. Ce rapport sera donc un outil très utile pour les années à venir; merci à chacun de participer à sa mise à jour régulière coordonnée par la Direction Scientifique de l ENVA. Jean-Paul MIALOT 1

4 Organigramme Responsable Patrimoine et Culture Directeur Agent Comptable Bibliothèque Directeur adjoint ; grands projets Sécurité / ACMO Secrétaire générale Directeur Centre Dozulé Directeur Centre Champignelles Directeur Adm & Fin Centre Alfort CHUVA Responsable Communication Directrice Ressources Humaines Directeur Financier Directeur systèmes d information Responsable Exploitation maintenance Responsable résidences Étudiantes Directeur délégué enseignement et vie étudiante Directeur délégué Cliniques Directeur délégué Recherche Directeur délégué Relations extérieures Scolarité & Maison de l étudiant Clinique Animaux de compagnie Unités de Recherche Unités Mixtes Relations internationales Dépt des Sciences Biologiques et Pharmaceutiques Clinique Equine Centre de Recherche BioMédicale Formation continue Dépt des Productions Animales et de la Santé Publique Clinique Animaux de rente Animaleries Dépt d Elevage et de Pathologie des Equidés et des Carnivores Laboratoire Central Institut de Recherche Clinique d Alfort 2

5 Politique de Recherche à l ENVA Le début de ce quadriennal a vu l évaluation du dispositif de recherche de l Ecole par l AERES. Cinq UMR ou équipes d UMR et une Unité propre ont été notées par l Agence. A l issue de ces évaluations, la structure de certaines UMR a changé : L INRA a souhaité se retirer des tutelles de deux UMR tout en y gardant des activités sous contrat. Le Conseil Scientifique de l Ecole a confirmé les dix UMR ou Unités propres dans leur structure préservant le potentiel d accueil dans des laboratoires de l établissement aussi bien pour de jeunes enseignants chercheurs nouvellement recrutés, que pour nos étudiants. La valorisation de cet investissement est évident : le nombre de publications dans des revues à comité de lecture, qui, de 180 pour la période était passé à plus de 360 pour la période se situe pour à plus de 440. Cet accroissement concerne aussi le dépôt de brevets. Durant cette période, l Ecole est devenue membre fondateur du PRES Université Paris Est. A ce titre, une homogénéisation de l affiliation des enseignants-chercheurs et chercheurs de l établissement pour leur publication s est avérée nécessaire, elle doit être respectée. Plusieurs équipes sont maintenant rattachées à l Ecole «Sciences de la Vie et de la Santé» et celles de recherche clinique en structuration s y rattacheront. Dans le même temps, l ENVA a partagé la Co-Habilitation de l Ecole Doctale ABIES (Agronomie, Biologie, X, Environnement, Santé) avec AgroParisTech. La gestion des doctorants inscrits à l Ecole dans cette ED a été déléguée au PRES. 1. Les axes stratégiques Le premier projet d Etablissement a défini trois axes stratégiques tenant compte de l évolution des projets et de la composition des équipes de recherche. Les créations d Unité qui sont intervenues depuis se sont inscrites dans l un de ces trois axes. Ces trois axes ont été reconduits pour la période : - L infectiologie animale et la santé humaine ; cet axe inclut l étude de la biologie et des modes de transmission des virus, bactéries ou parasites présents chez les animaux domestiques et sauvages ou dans les denrées d origine animale. La plupart des agents étudiés représentent un risque zoonotique démontré ou potentiel, ou sont reconnus comme modèles pertinents d agents infectieux humains. Ce premier axe stratégique inclut également le développement des outils d étude de modélisation et de maîtrise du risque. - La physiologie et la physiopathologie des modèles animaux ; cet axe inclut la compréhension, chez l animal, des mécanismes moléculaires et cellulaires de régulation du vivant ainsi que leur éventuelle modulation pharmacologique. Cette étude bénéficie aussi bien à la médecine vétérinaire qu à la médecine humaine (physiopathologie comparée). L ENVA privilégie plus particulièrement l analyse de la mise en place des structures sous-jacentes à ces mécanismes de régulation lors du développement embryonnaire, ainsi que l analyse de la mise en jeu chez l animal sain (physiologie) ou malade (physiopathologie) de certains de ces mécanismes lors de la vie postnatale. - La recherche clinique ; cet axe s intéresse à toutes les étapes d une démarche clinique permettant l exploitation de la pathologie spontanée à des fins : zootechniques pour l amélioration des connaissances épidémiologiques, pathogéniques, génétiques (études rétrospectives ou prospectives), voire thérapeutiques, médicales car de nombreuses affections spontanées animales constituent une source d informations pertinente pour la pathologie humaine (pathogénie, génétique). 2. Les équipes de recherche Le dispositif actuel de recherche est composé de : Quatre Unités mixtes de recherche : - l UMR INRA-ENVA de Génétique Fonctionnelle et Médicale, - l UMR ANSES-ENVA-UPEC de Biologie Moléculaire et Immunologie Parasitaires et Fongiques, USC INRA - l UMR INRA-ANSES-ENVA de Virologie, -l UMR INRA-ENVA de Biologie du Développement et Reproduction, Une équipe membre d une Unité mixte de recherche (IMRB) - Equipe de l UMR INSERM-ENVA de Cardiologie Cinq Unités propres à l ENVA : - UPR ENVA de Biomécanique et Pathologie Locomotrice du Cheval, USC INRA - Unité de Neurobiologie - Unité Microbiologie Alimentaire-Sécurité-Qualité (MASQ), USC ANSES - Unité d Ophtalmologie vétérinaire - Unité d Epidémiologie des Maladies Infectieuses Animales (EPIMAI), USC ANSES Des laboratoires propres d Unités pédagogiques 3

6 Le tableau ci-dessous donne la liste des équipes de recherche de l ENVA structurées en Unité et leur implication vis-àvis des axes stratégiques définis par l établissement. Axes stratégique de l ENVA Nom des équipes de recherche Infectiologie animale et santé Physiologie et Physiopathologie des modèles animaux Recherche Clinique UMR de Génétique fonctionnelle et médicale USC de Biomécanique du cheval UMR de Biologie Moléculaire et Immunilogie Parasitaires et Fongiques UMR de Virologie UMR Biologie du Développement et Reproduction Equipe Cardiologie (UMR IMRB) Unité MASQ Unité d Ophtalmologie Unité EPIMAI Unité de Neurologie Les travaux de recherche dans le domaine de l infectiologie bénéficient de partenariats multiples soit sous forme d UMR (Virologie et BIPAR) avec conjointement l INRA et l ANSES soit sous forme d Unités propres (MASQ et EPIMAI). Les agents infectieux étudiés, - soit en tant que tels soit d un point de vue épidémiologique - sont très variés ce qui rend possible la prise en compte des risques liés au contact avec l animal (virus, bactéries), à la contamination de l air (virus, champignons aéroportés), aux arthropodes hématophages (bactéries et virus vectorisés) ou à la contamination des denrées d origine animale (salmonelles, listéries, trichines, toxoplasmes). Les travaux concernant la physiologie et la physiopathologie des modèles animaux sont également conduits par plusieurs équipes de recherches (Neurobiologie, Ophtalmologie) et UMR (Génétique Fonctionnelle et Médicale, Biologie du Développement et Reproduction, équipe Cardiologie). Les thèmes étudiés sont centrés autour de la physiologie de la reproduction, de la digestion, de l appareil locomoteur, de l appareil cardiovasculaire, du système endocrine, de l appareil urinaire. Les mammifères étudiés (Chien, Chat, Cheval, Bovins, Porc) sont des mutants spontanés de souris ou d animaux domestiques, des mutants murins induits par transgénèse ou recombinaison homologue dans les cellules souches embryonnaires, des cultures cellulaires (cultures primaires, lignées) provenant ou non de ces animaux. La recherche clinique bénéficie d une structuration qui s appuie sur des Unités constituées (Unités Génétique Fonctionnelle et Médicale, Biologie du Développement et Reproduction, Cardiologie, Biomécanique du Cheval, Neurobiologie, Ophtalmologie). Elle bénéficie aussi de la contribution de groupes moins formalisés qui laissent supposer que sa structuration mérite d être encore développée. Le renforcement des activités de recherche clinique est rendu possible par un contexte exceptionnel de recrutement de cas de pathologie spontanée présentés à l ENVA principalement carnivores et chevaux- mais aussi par le développement de modèles (Lapins ou rongeurs). Dans le domaine du diagnostic, l objectif est de produire ou d améliorer des tests pertinents de diagnostic différentiel pour des maladies spécifiquement animales ou modèles de maladies humaines. Ces tests sont basés sur l électrophysiologie, l imagerie (rayons X, échographie, tomodensitométrie, résonance magnétique), la biochimie, la biologie et la génétique moléculaires. Des études précliniques et cliniques sont menées à partir de médicaments conventionnels ou géniques (ADN plasmidique, cellules souches, virus). Dans le cas de la correction génique moléculaire, les études intègrent la biologie des vecteurs viraux utilisés, auxquelles participe l UMR de Virologie. Les travaux de recherche relevant des trois axes ont bénéficié dès 2008 de l ouverture du Centre de Recherches BioMédicales (CRBM). Cette plateforme a permis de mettre en place des modèles d infectiologie incluant des agents pathogènes de classe 2 et 3. Elle a bénéficié en 2009 d un financement de la région Ile de France (Domaine d Intérêt Majeur Malinf) permettant une extension de ses capacités d accueil aux vecteurs arthropodes ailés ouvrant aux UMR d infectiologie du site le champ des infections animales vectorisées. Par ailleurs, un Centre d investigation clinique (Institut de recherche Clinique Animale/IRCA) a été mis en place pour aider à la structuration de la recherche clinique. Cette création s est accompagnée de la constitution d un Comité d éthique en Recherche Clinique (ComERC).

7 3. Les équipements Au cours des dernières années, différentes sources de financement ont permis, d une part de restructurer certaines unités ou structures dédiées à la Recherche dans des locaux identifiés sur le site, dont certains en commun avec l ANSES (UMR de Virologie, UMR BIPAR, pôle Hygiène et Sécurité Alimentaire) ou l INSERM (équipe de Cardiologie) d autre part d aménager les deux sites satellites de l Ecole : d un bâtiment de conférences, de formation et de recherche pour le centre d application de Champignelles, et de renouvellement d équipements ainsi que de nouveaux locaux au CIRALE. Le parc des équipements disponibles s est lui aussi accru. Le site dispose maintenant d une animalerie centralisée (CRBM) contenant des locaux confinés A3 pouvant accueillir des animaux de taille moyenne (carnivores, petits ruminants) et d animaleries pour animaux de petits gabarits, d un laboratoire de neuropathologie confiné de niveau L2, d un plateau technique d anatomie pathologique et un appareil de PCR quantitative commun, d un laboratoire L3 en contiguïté physique avec le bâtiment Bressou dédié à la manipulation d ATNC et de virus recombinants, de matériel d imagerie et de médecine du sport pour les équidés (CIRALE) et d un microscope confocal/apotome. La signature d un accord cadre entre l Ecole et l Institut Pasteur permet un accès privilégié aux plateformes de cet Institut. Le Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire d Alfort (CHUVA), ouvert en 2009, est aussi un élément déterminant dans la structuration de la recherche clinique, 4. L implication des enseignants-chercheurs Le développement des activités de recherche au sein de l ENVA et la constitution des UMR ou Unités propres a permis à une majorité des enseignants-chercheurs (EC) de notre établissement de trouver une place dans le dispositif actuel de la recherche sur le site d Alfort. Le tableau ci-dessous indique le nombre d enseignants-chercheurs dans chaque UMR ou équipe en fonction de leur unité pédagogique de rattachement. Ce tableau fait clairement apparaître le caractère pluridisciplinaire du personnel de la plupart des équipes de recherche. Génétique Molécualire BIPAR Bio - Mécanique Virologie BDR Cardiologie Neurobiologie MASQ Ophtalmologie EPIMAI Anatomie 4 Anatomie - Pathol Biochimie 1 Chirurgie 1 1 Hygiène alimentaire 4 Maladies Conta. 1 2 Médecine Microbiologie 1 Parasitologie 4 Pathologie bétail 1 1 Pharmacie 2 1 Physiologie 2 Reproduction 4 Virologie 2 Zootechnie L UMR immunologie des cancers, qui comprenait au début de la période 2 EC, n est plus sur le site ; un EC y est toujours rattaché.

8 5. La politique de formation à la recherche Le développement des activités de recherche est aussi animé par la volonté d orienter davantage de jeunes vétérinaires vers une formation scientifique solide, clef d insertions professionnelles plus diversifiées. En vue de faciliter la réalisation de cet objectif, des accords ont été établis : - avec d autres établissements de l enseignement supérieur du Minsistère chargé de l Agriculture : du Ministère chargé de l Agriculture pour l intégration de l ENVA au sein de l Ecole doctorale des Grandes Ecoles du Vivant (GEV) co-habilitation pour l Ecole doctorale ABIES, et la participation à unun master avec AgroParis Tech (Sciences et Technologie du Vivant) en cours de reconduction. -avec plusieurs universités de la région Ile-de-France ouvrant la possibilité à nos étudiants d obtenir une maîtrise dès la fin de leurs études et d accéder directement en deuxième année de plusieurs Masters recherche de ces universités. L ENVA bénéficie d une cohabilitation pour plusieurs spécialités de master (Universités Paris VI, Paris diderot, Paris Sud et UPEC). A la fin de l année scolaire , on peut considérer que l objectif d orienter 10% de nos étudiants vers la recherche est pratiquement atteint mais il faut continuer à les orienter dans ce secteur, aussi bien en incitant pendant la formation initiale (enseignement optionnel «vocation chercheur») ou en proposanr des doubles diplômes, c est ce qui est en cours avec l ENS Cachan. Cet état des lieux témoigne d un effort continu de structuration de la recherche au sein de notre établissement, dans le sens de la focalisation sur un nombre réduit d axes thématiques et le regroupement correspondant de la grande majorité des personnels de recherche dans un nombre limité d unités labellisées. La politique future visera à conforter ces Unités en fléchant les postes d enseignants-chercheurs, pour leur part recherche, en priorité vers elles ou à faciliter l insertion d EC dans des équipes de l IMRB comme cela est en cours ; notre rattachement à l UPEC va être une aide importante. Cette politique sera conduite sous l impulsion du Conseil scientifique de l établissement. Pr Henri-Jean Boulouis Directeur adjoint délégué à la recherche depuis 2007

9 Conseil Scientifique Le conseil scientifique est l instance où est analysé l ensemble des questions relatives aux activités de recherche conduites dans l établissement ou avec sa participation (composition en 2008). Le Conseil Scientifique donne son avis au conseil d administration de l ENVA, par l intermédiaire du Directeur, sur la qualité de la recherche effectuée dans l établissement, sur la distribution des crédits de recherche attribués par les instances de tutelle, sur les créations de postes d Enseignants-chercheurs, sur la politique à suivre en matière de recherche scientifique. Le Conseil Scientifique procède, à intervalles réguliers, a des auditions de chercheurs ou d enseignant-chercheurs et émet un avis sur la qualité et la pertinence du travail présenté. Pour l année 2008, le Conseil Scientifique est compose de 20 membres parmi lesquels figurent : Deux membres de droit : - Le Directeur de l Ecole - le Professeur Jean Paul MIALOT, - Le Directeur délégué aux activités scientifiques - Monsieur Henri-Jean BOULOUIS. Dix personnalités extérieures nommées par la Ministre de tutelle, choisies pour leurs compétences scientifique ou professionnelle et exerçant leur activité hors de l Ecole. - M.Henri AGUT, Hôpital la Pitie Salpetrière - Université Paris VI, - Mme Valérie BADUEL, AFSSA, - M.Abdenour BENMANSOUR, INRA, - M.Bernard CHARLEY, INRA, - M.Laurent GUTMANN, INSERM, - M.Patrice HUMBLOT, UNCEIA, - M.Jean-Claude MANUGUERRA, Institut Pasteur de Paris, - Mme Suzanne PONTIER, Paris XII, - Mme Geneviève MILON, Institut Pasteur de Paris (Présidente), - M.Philippe SCHMIDELY, AgroParisTech Huit membres élus parmi les personnels exerçant leur activité a l ENVA : Personnel de Recherche - M.Bernard KLONJKOWSKI, - Mme Sophia LOIODICE, Quatre Professeurs ou personnes ayant une H.D.R.: - Mme le Professeur Valérie CHETBOUL, - Mme Sylvie CHASTANT-MAILLARD, - Mme le Professeur Nathalie CREVIER-DENOIX, - M. le Professeur Jacques GUILLOT, Deux Maitres de conférences : - M.Renaud TISSIER, - Mme Florence BERNEX, Un invité permanent : - M.Jacques LEPORTOIS, Secrétaire Général de l ENVA. Le Conseil Scientifique de l ENVA se réunit au moins deux fois par an, à l initiative du Directeur, et travaille sur un ordre du jour établi par lui. Il élit son Président en début de mandature. 7

10 Comité d éthique ANSES / ENVA / UPEC L Ecole nationale vétérinaire d Alfort s est dotée d un comité d éthique interne de 2000 à Suite à la publication par le Comité National de Réflexion Ethique sur l Expérimentation Animale de la Charte Nationale portant sur l éthique de l expérimentation animale (janvier 2008), l ENVA a décidé de créer, conjointement avec l Afssa (devenue ANSES) et l Université Paris Est Créteil Val de Marne (UPEC), un Comité d Ethique en Matière d Expérimentation Animale (ComEth ANSES/ENVA/UPEC). Ce comité, fonctionnel depuis le début de l année 2010, est commun à l ensemble des établissements d expérimentation animale de l ENVA, de l ANSES et de l UPEC. Il est désormais l interlocuteur auquel ont recours tous les chercheurs de l ENVA lorsqu ils veulent entreprendre des projets de recherche impliquant de l expérimentation animale. Il est enregistré sous le numéro 16 auprès du Comité National de Réflexion Ethique sur l Expérimentation Animale, ce qui signe son engagement à suivre les principes de la Charte Nationale portant sur l éthique de l expérimentation animale. La transposition de la directive 2010/63/UE relative à la protection des animaux utilisés à des fins scientifiques sera opérationnelle le 1er janvier Cette nouvelle réglementation prévoit une autorisation des projets de recherche incluant le recours à des animaux de laboratoire qui sera donnée par la Ministère chargé de la Recherche après évaluation éthique favorable par le comité d éthique. Objectifs Conformément à la Charte, le ComEth : - donne des avis sur le caractère éthique des projets expérimentaux proposés par les expérimentateurs relevant des établissements d expérimentation animale, en se référant aux principes énoncés dans la charte. Ses avis sont motivés et peuvent être assortis de recommandations. - participe à la promotion de l ensemble des principes d éthique énoncés dans la charte. Le comité a notamment pour préoccupation l optimisation des conditions de vie, d hébergement et de soins des animaux tout au long de leur vie. - est un lieu d échange et de dialogue au sein duquel est menée une réflexion sur l expérimentation animale, les alternatives à celle-ci, et les métiers liés à l animalerie. Toutes les expérimentations animales, y compris celles effectuées lors de stages, thèses ou les travaux pratiques utilisant des animaux, hors activités cliniques (impliquant un bénéfice médical raisonnablement attendu pour l animal ou sa communauté d origine), doivent être soumises au ComEth pour avis. Le recours à l avis du ComEth doit précéder toute expérimentation impliquant des animaux. Les avis et recommandations du comité s inscrivent dans le respect des dispositions en vigueur, notamment celles citées dans la Charte nationale portant sur l éthique de l expérimentation animale publiée par le Comité national de réflexion éthique en expérimentation animale et dans le respect des avis et recommandations rendus par ce dernier. L avis du ComEth est d une validité maximale de 3 ans. Membres Les membres du ComEth sont nommés conjointement par les directeurs des établissements d expérimentation animale signataires : - 12 Chercheurs - 2 Vétérinaires - 3 personnes appelées à participer aux expériences (Ingénieurs /Techniciens) - 2 personnes affectées à l hébergement et aux soins des animaux (Animaliers) - 2 personnes extérieures aux organismes signataires - 2 Administratifs chargés de la gestion administrative du ComEth et n ayant pas pouvoir de vote 8

11 Comité d éthique en recherche clinique l L Ecole s est doté fin 2011 d un Comité d éthique en Recherche Clinique (ComERC) afin de répondre aux exigences des études cliniques quelle qu en soit la nature, aussi bien vis à vis des partenaires industriels ou des partenaires académiques (dont les journaux scientifiques) que du public ou de la chalandise d Alfort. C est un outil permettant d afficher la pertinence et la légitimité des études cliniques pratiquées dans les trois sites de l ENVA dans le respect du bien être des animaux et celui de leur propriétaire. Le ComERC donne des avis sur la prise en compte des principes énoncés dans la charte éthique dans les projets de recherche clinique. Le recours à l avis du ComERC est une obligation pour tout projet de recherche clinique ayant lieu sous couvert de l ENVA sur les trois sites d Alfort, Dozulé et Champignelles et/ou hors de ces sites. Les projets de recherche clinique s entendent dans toutes les composantes de cette recherche (Essais cliniques, essais thérapeutiques, études cliniques, ). Ces projets concernent les animaux de toutes espèces «non concernés par un usage scientifique au titre de la directive » ou «dont le propriétaire n est pas un établissement d expérimentation animale au sens du décret ». Ils concernent aussi les animaux de la faune sauvage dans le respect de la réglementation en vigueur. Par ailleurs, le ComERC donne un avis consultatif sur le respect de l éthique dans la pratique clinique exercée sur les trois sites de l ENVA Le ComERC comporte 17 membres se répartissant comme suit : Au maximum 6 Enseignants-Chercheurs cliniciens vétérinaires de l ENVA justifiant de leur expertise clinique (Board européen ou américain, Agrégation ou DESV) dans l un des trois domaines (Animaux de compagnie, Animaux de rente et Equins); Au maximum 2 Chercheurs choisis pour leur compétence en recherche (HDR, publications, appartenance à une Unité de recherche labellisée) ; Au maximum 4 EC non cliniciens vétérinaires ; 2 personnes appelées à participer aux études (Ingénieurs /Techniciens) ou affectées à l hébergement et aux soins des animaux (Animaliers) ; Un représentant d une association de protection animale. Un représentant de l Anses Un représentant de la profession vétérinaire Un ComERC provisoire est en place jusqu à l installation du ComERC définitif à la rentrée

12 Charte éthique en recherche clinique Préambule Le champ des essais soumis au Comerc comporte des essais visés ou non dans le Code de la Santé Publique. On entendra donc par recherche clinique, toute étude (étude clinique sensu stricto, essai clinique, essai thérapeutique) réalisée sur l animal (hors animaux protégés par la réglementation sur l expérimentation animale) pour améliorer les connaissances dans le domaine de la santé animale et/ou humaine. En médecine humaine, les études cliniques obéissent à la loi de santé publique n 2004_806 du 9 août 2004 relative à la politique de santé publique et aux recherches biomédicales, qui garantit la protection des personnes se prêtant à des recherches biomédicales. Elle impose d obtenir l avis d un comité de protection des personnes et surtout de fournir au patient une information particulièrement détaillée sur le traitement qu il va recevoir. Bien que ces règlementations ne s appliquent pas en matière de recherche clinique chez les animaux, cette charte s inspire des principes qui y sont édictés. Article 1 La finalité des études cliniques est la production de connaissances pour le bénéfice potentiel des animaux et/ou de la collectivité, en tenant compte des répercussions environnementales et humaines. Seules ces recherches font l objet de la charte et seront dénommées études cliniques (sensu lato). Article 2 Aucune étude clinique ne peut être effectuée sur l animal : - si elle ne se fonde pas sur le dernier état des connaissances scientifiques et sur une expérimentation préclinique suffisante ; - si le risque, l inconfort ou la douleur prévisibles encourus par les animaux qui se prêtent à l étude est hors de proportion avec le bénéfice escompté pour eux-mêmes ou l intérêt de cette étude ; - si elle ne vise pas à étendre la connaissance scientifique sur les animaux et les moyens susceptibles d améliorer leur condition. - Si elle ne respecte pas les bonnes pratiques cliniques vétérinaires. Des dérogations seront possibles mais les demandes devront être argumentées. Article 3 La personne morale ou physique qui prend l initiative d une étude clinique est dénommée ci-après le promoteur. La ou les personnes physiques qui dirigent et surveillent la réalisation de l étude sont dénommées ci-après les investigateurs cliniciens. Article 4 Les études cliniques ne peuvent être effectuées que : - sous la direction et sous la surveillance d un investigateur clinicien vétérinaire justifiant d une expérience appropriée ; - dans des conditions matérielles et techniques adaptées à l essai et compatibles avec les impératifs de rigueur scientifique et de sécurité des animaux qui se prêtent à ces études. Article 5 Préalablement à l inclusion d un animal dans une étude clinique, le consentement libre, éclairé et exprès du propriétaire doit être recueilli après que l investigateur clinicien, ou un vétérinaire qui le représente, lui a fait connaître : - l objectif de l étude, sa méthodologie et sa durée ; - les bénéfices attendus, les contraintes et les risques prévisibles, y compris en cas d arrêt de l étude avant son terme ; - le Numéro d autorisation du projet délivré par le Comité d éthique en Recherche Clinique. Il informe la personne dont le consentement est sollicité de son droit de refuser que son animal participe à une étude ou de retirer son consentement à tout moment sans encourir aucune responsabilité. Les informations communiquées sont résumées dans un document écrit remis à la personne dont le consentement est sollicité. Le consentement est donné par écrit ou, en cas d impossibilité, attesté par un tiers (ayant qualité pour représenter le propriétaire). Ce dernier doit être totalement indépendant de l investigateur clinicien et du promoteur. Dans le cas où l étude clinique est réalisé sur une espèce non domestique, le capacitaire responsable des animaux doit donner son consentement libre, éclairé et exprès dans les mêmes conditions que ci-dessus 10

13 Unités Mixtes de recherche (UMR) et Unités Labellisées

14 UMR Biologie du Développement et Reproduction n 1198 Responsable Directrice de l UMR : Animatrice locale : Corinne COTINOT, Bénédicte GRIMARD, Thèmes de Recherche Les travaux menés dans l unité BDR s intègrent dans le champ thématique Adaptation du Département Phase de l INRA. Ils visent à une meilleure connaissance des mécanismes sous-jacents à l élaboration des phénotypes, depuis la conception jusqu à l expression des fonctions de l animal en développement puis adulte. Plus précisément, nous nous intéressons à la folliculogenèse, à l acquisition de la compétence ovocytaire, à la maturation in vitro et à la biologie du développement embryonnaire précoce chez les ruminants (bovins essentiellement) et chez les carnivores domestiques (chien essentiellement). Les chercheurs, ingénieurs et techniciens ENVA s intègrent dans 3 équipes de l UMR : Environnement Maternel et Développement Péri-Implantatoire, Origines Développementales Environnementales et Epigénétiques du Phénotype chez l Homme et l Animal, Biologie de l ovocyte et de l embryon dans l espèce canine. Chez les bovins, les projets que nous développons visent d une part à identifier les périodes clefs et les mécanismes d action des facteurs limitant la fertilité des vaches laitières; nous explorons les effets des contraintes environnementales (contraintes nutritionnelles : déficit énergétique, apport vitaminique, médiateurs lipidiques ) sur la qualité de l ovocyte, la capacité des tissus reproductifs à accueillir l embryon, le développement embryonnaire précoce. D autre part, nous travaillons à la mise au point d un diagnostic de gestation par l utilisation de biomarqueurs précoces. L ensemble de ces projets vise à mieux maîtriser l efficacité reproductive des animaux de rente. Dans l espèce canine, nos recherches ont deux principales finalités : une meilleure connaissance des mécanismes physiologiques et le développement de nouvelles biotechnologies de la reproduction. Afin de développer ces activités, nous avons mis en place un savoir-faire technique et un chenil expérimental (unique en Europe par sa taille), qui nous permettent de prélever du matériel biologique à des stades très précis du cycle, au moment des chaleurs. Le matériel biologique issu de ce chenil est complémentaire de celui qui peut être collecté lors des ovariectomies de convenance réalisées au CHUVA. Nos travaux s articulent ainsi autour de 3 thématiques de recherche principales : (1) la dynamique folliculaire ovarienne, (2) la maturation de l ovocyte et (3) la fécondation et le développement embryonnaire précoce. Equipe Enseignants-chercheurs CONSTANT Fabienne (MC ENVA) FONTBONNE Alain (MC ENVA) GRIMARD Bénédicte (PR ENVA, HDR) PONTER Andrew (PR ENVA, HDR) Chercheurs REYNAUD Karine (CR INRA) Ingénieurs et techniciens BENOIT-VALIERGUE Hélène (IR ENVA) FICHEUX Christine (TR ENVA) NUTTINCK Fabienne (IR ENVA) THOUMIRE Sandra (TR ENVA) Etudiants en M2 HAVARD Tiphaine (2011) MASSE-MOREL Gaëlle (2012, AERC ENVA) MAUFFRE Vincent (2011, AERC ENVA) MAWA Gneto (2011) TOUITOU Charlotte (2011) OKOUYI Marcel (2009) Etudiants en Thèse DEGUILLAUME Laure (Thèse , AERC ENVA) FONTAINE Emmanuel (Thèse ) FONTBONNE Alain (Thèse 2008, MC ENVA) GAMARRA Gisèle (Thèse depuis 2011) HALTER Sabine (Thèse ) KAEWLAMUN Winaï (Thèse ) LEDOUX Dorothée (Thèse , AERC ENVA) MAUFFRE Vincent (Thèse depuis 2011, AERC ENVA) TAHIR Zahid (Thèse depuis 2009) VALOUR Damien (Thèse depuis 2008) 12

15 Perspectives Modèle bovin Les approches génomiques mises en œuvre à l heure actuelle pour explorer les mécanismes physiologiques en cause pour expliquer la faible fertilité des vaches laitières sont complémentaires des recherches génétiques visant à identifier des QTL de fertilité dans les grandes races utilisées en France. L objectif à court terme est d identifier les gènes en cause dans les QTL actuellement connus. La mise à disposition d un diagnostic très précoce de gestation (avant 21 jours) pourrait amener des évolutions dans la gestion de la reproduction des vaches en élevage. Modèle caprin Conséquences d une sous-alimentation ou suralimentation de jeunes chèvres pendant la période d élevage (du sevrage à la 1ère mise-bas) sur le développement de leur progéniture (comportement alimentaire, métabolisme, activité physique et réactivité émotionnelle). Il est possible qu une partie de la variabilité du comportement alimentaire, du métabolisme et des résultats de reproduction observée chez les animaux d élevage puisse être expliquée par une origine maternelle (pré- et post-fécondation). Modèle canin Après l ovulation, l ovocyte des mammifères est capté par le pavillon puis transite dans l oviducte. Des étapes cruciales telles que la fécondation puis les premières étapes du développement embryonnaire vont avoir lieu à cet endroit. Chez la femme, l ovocyte/l embryon restent 3 jours dans ce milieu (quatre jours chez la vache). Chez la chienne, l oviducte joue un rôle encore plus spécifique car la reprise de méiose de l ovocyte (du stade immature VG au stade métaphase II) a lieu dans l oviducte pendant les premières 72h et les embryons restent encore plusieurs jours dans l oviducte (entrée dans l utérus vers 8 jours post-ovulation). D autre part, chez la chienne, les taux de maturation ovocytaires in vitro restent très faibles (10% de MII après 72h) et la fécondation in vitro est également très problématique (polyspermie). Notre objectif est d analyser le microenvironnement oviductal au niveau biochimique (ions, acides-aminés, stéroides) et protéique (électrophorèse bidimensionnelle couplée à la spectrométrie de masse, néosynthèses protéiques). Cette analyse sera un pré-requis pour ensuite développer des milieux séquentiels. Nous analysons également les rôles de la progestérone pendant la période péri-ovulatoire (expression des récepteurs à la progestérone, effet d un antagoniste de la progestérone). L objectif de ces différentes approches est d améliorer les taux de maturation, fécondation et développement embryonnaire in vitro dans l espèce canine. UMR en chiffres (Chercheurs ENVA, ) Nombre de publications scientifiques dans revues internationales: 35 Nombre de publications de vulgarisation et chapitres d ouvrages : 22 Communication, posters, conférences invitées : 64 Thèses soutenues : 4 thèses universitaires Contrats / Financements : ANR EMBRYOGEN, ANR GENIFER, convention CIFRE UNCEIA, CASDAR DETOESTRUS, contrats privés (Intervet, Merial, Royal Canin, Pfizer, Société Centrale Canine, DSM Animal Nutrition, DifAgri ), bourse de thèse ABIES, prestations de service (dosages métaboliques pour la clinique en interne, prestations d analyses statistiques). Activités de formation Maîtrise de Physiologie de la Reproduction, Université Paris VI Cours European School for Advanced Veterinary Studies Master 1, Médecine et Biologie de la Reproduction, Université Paris VI Master 2, Biologie de la Reproduction, Université de Tours Master 2, Nutrition, Métabolisme Energétique, Signalisation, Université Paris VII D. Diderot et Université Paris V R. Descartes Diplôme d université (DU) de Médecine et Biologie de la Reproduction. Université Paris VI Pierre et Marie Curie Module 2 de l UE de Médecine et Biologie de la Reproduction de Tenon (Master 1, Paris VI). Séminaire de formation médicale en infertilité du couple, Journée formation IT Project. Formation continue : Mastère spécialisé Masternova. Comité de direction du Master Biologie Intégrative : recrutement, tutorat, évaluation des étudiants Cours ESAVS (European School for Advanced Veterinary Studies).

16 Thèses universitaires soutenues LEDOUX Dorothée, Echecs précoces de gestation chez la vache laitière de race Holstein: incidences, implication dans la baisse de fertilité et facteurs de risque. Doctorat AgroParisTech, 8 juillet Directeur B. Grimard KAEWLAMUN Winaï, Effects of heat stress and β-carotene supplementation on postpartum reproductive performance in dairy cows. Doctorat AgroParisTech et Chulalongkorn University, 21 décembre Directeur A. Ponter. DEGUILLAUME Laure, L inflammation génitale post-partum de la vache. Doctorat AgroParisTech., 14 décembre Directeur S. Chastant. FONTBONNE Alain, Ovulation, maturation ovocytaire et fécondation in vivo chez la chienne. Doctorat AgroParis- Tech. 14 février Directeur S. Chastant. Collaborations UCEA de Bressonvilliers, INRA Intervet Pharma, Recherche et Développement, Angers Plateforme microscopie, Jouy-en-Josas UNCEIA (Union Nationale des Coopératives d Elevage et d Insémination Animale), Maisons-Alfort UMR 6073 INRA-CNRS-Université F. Rabelais PRC U.M.R. 708, INRA-ENVN, Nantes INSERM, CHU Tours UMR 708, INRA-ENVN, Nantes Université Hassan II, Rabat, Maroc Faculty of Veterinary Science, Bangkok, Thaïlande Plateforme de Spectrométrie de masse (Analyse Intégrative des Biomarqueurs), PRC, INRA Tours-Nouzilly (37) Faits marquants Chez les bovins - Mise en évidence de la sensibilité de l embryon bovin au bilan énergétique de la mère pendant sa vie libre - Mise en évidence de la sensibilité de l oviducte au déficit énergétique en début de lactation chez la vache cyclée - Absence d effet positif de la supplémentation en oméga-3 sur la qualité des ovocytes chez la génisse Holstein (qualité visuelle et aptitude au développement in vitro) Chez la chienne Nous avons montré qu un antagoniste de la progestérone, injecté pendant la période préovulatoire, induisait l apparition de kystes ovariens, retardait la reprise de méiose et inhibait la fécondation (absence de spermatozoides dans les oviductes). L analyse plus précise des mécanismes impliqués est en cours. Publications marquantes 2011 Saint-Dizier, M. Guyader-Joly, C., Charpigny, G, Grimard, B., Humblot, P., Ponter, A.A., Expression of enzymes involved in the synthesis of prostaglandin E2 in bovine in vitro-produced embryos Zygote, 14: Fahiminiya, S., Reynaud, K., Labas, V., Batard, S., Chastant-Maillard, S., Gérard, N., 2010 Steroid hormones content and proteomic analysis of canine follicular fluid during the preovulatory period. Reprod Biol Endocrinol., 8: Reynaud, K., Viaris de Lesegno, C., Thoumire, S., Chebrout, M., Chastant-Maillard, S., Follicular population, cumulus mucification and oocyte chromatin configuration during peri-ovulatory period in the bitch. Theriogenology, 72: Nuttinck, F., Marquant-Le Guienne, B., Clément, L., Reinaud, P., Charpigny, G., Grimard, B., Expression of genes involved in prostaglandin E2 and progesterone production in bovine cumulus-oocyte complexes during in vitro maturation and fertilization. Reproduction, 135: MOTS-CLEFS Vache, Chien, Follicule, Folliculogenèse, Complexe ovocyte-cumulus, Embryon, Fécondation in vitro, Développement embryonnaire, Mortalité embryonnaire, Nutrition, Reproduction, IGF, Acides gras, diagnostic de gestation.

17 UMR de Biologie Moléculaire et Immunologie Parasitaires et Fongiques (BIPAR) n 956 Responsable Directrice de l UMR : Directeur-Adjoint : Secrétariat : Pr Jacques GUILLOT, Pr Nadia HADDAD, Viviane DOMARIN, Sophie HOURIGAT Thèmes de Recherche L Unité BIPAR a pour objectifs l étude des relations hôtes-pathogènes (biologie des agents, épidémiologie moléculaire, réactions immunitaires) et leurs conséquences sur la physiopathologie, le diagnostic et les moyens de lutte vis-à-vis de maladies vectorielles, de maladies parasitaires transmises par les aliments, et de mycoses de l Homme et de l animal. L Unité BIPAR contribue à détecter le plus précocement possible les agents pathogènes émergents majeurs pluri-espèces animales, à caractériser leur pouvoir pathogène et à mettre en œuvre des mesures prophylactiques (vaccins). Il œuvre dans le concept «un monde, une santé» et a renforcé son activité dans les maladies émergentes zoonotiques. L Unité associe des chercheurs de l Anses (4), de l Inra (2), des enseignants-chercheurs de l Enva (10) et de la Faculté de Médecine de Créteil (Upec) (2). L unité comporte un Laboratoire national de référence («Parasites transmis par les aliments») et collabore avec plusieurs Centres nationaux de référence. L Unité BIPAR est actuellement composée de 4 équipes qui couvrent 3 champs d investigation : 1. Les parasites transmis par les aliments et plus particulièrement les nématodes du genre Trichinella et les protozoaires Toxoplasma gondii et Cryptosporidium parvum. Les objectifs sont d apporter les bases scientifiques pour un diagnostic adapté aux contraintes réglementaires et économiques et développer des moyens de prévention applicables en élevage. Le développement d un vaccin vis-à-vis de Toxoplasma gondii chez le chat constitue un nouvel axe de recherche. 2. Les agents pathogènes (bactéries ou virus) vectorisés par les tiques. Ces dernières années, les facteurs de virulence (notamment via la génomique des bactéries du genre Bartonella) et les bases de la spécificité d hôte ont été plus particulièrement étudiés. La compétence vectorielle des tiques est également analysée et un projet porte sur la caractérisation des gènes de tiques impliqués dans la transmission de certaines bactéries. 3. Les champignons opportunistes et plus particulièrement les moisissures du genre Aspergillus. Le suivi de l aérocontamination fongique est réalisé dans les élevages avicoles et en milieu hospitalier. La physiopathologie des aspergilloses est explorée à l aide de modèles in vivo et in vitro. Pour assurer ses missions, l Unité BIPAR a renforcé des relations avec différentes partenaires notamment à travers 2 unités sous contrat Anses. UMR en chiffres (Chercheurs ENVA, ) Nombre de publications scientifiques dans revues internationales : 112 Nombre de publications de vulgarisation et chapitres d ouvrages : 50 Communications, posters, conférences invitées : 214 Thèses soutenues : 10 Encadrement d étudiants : 17 BTS, 2 licences, 5 M1, 12 M2 Contrats : Européens (2), binationaux (1), Nationaux (ANR, 5) Activités de formation ENVA (formation initiale et continue) Master M1 et M2, UVSQ, Paris VI, UPEC, Tours, AgroParisTech Enseignements à l étranger (Algérie, Chine, Italie) Participation à l animation d une Ecole doctorale (ABIES) 15

18 Equipe Enseignants-chercheurs ADJOU Karim (MC ENVA) ARNE Pascal (MC ENVA) BLAGA Radu (MC ENVA) BOTTEREL Françoise (MCU-PH, UPEC) BOULOUIS Henri-Jean (PR ENVA) CHERMETTE René (PR ENVA) GUILLOT Jacques (PR ENVA) HADDAD Nadia (PR ENVA) MAILLARD Renaud (MC ENVT) MAGNE Laurent (MCC ENVA) MARIGNAC Geneviève (MC ENVA) POLACK Bruno (MC ENVA) Ingénieurs et techniciens BERNIER Alain (AJT INRA) BOUILLIN Corinne (TR DGER) (50%) CARLE Madeline (AGTP ANSES) (50%) CARNEAUX Elodie (TR SEPPIC) CHAUZAT Marie-Pierre (IR ANSES) COTE Martine, (TR INRA) DEVILLE Manju (AI DGER) (50%) DEVILLER Elodie (AJT ANSES) DOMARIN Viviane (Ass. dir. ANSES) ESPUCHE Dany (AJT ANSES) FEMENIA Françoise (IE INRA) GANDOIN Christelle (AJT DGER) (20%) GRASSET Aurélie (TR ANSES) HECKMANN aurélie (TR ANSES) HUET Dominique (TR INRA) LAINE-PRADE Véronique (TR INRA) LE NAOUR Evelyne (AJT INRA) LE RHUN Danielle (AI INRA) MACE Pauline (AI ANSES) MONTEIL Martine (IE DGER) PERRET Catherine (IE ANSES) PETIT Elisabeth (TR INRA) RIVOLLET Danielle (TR UPEC) ROSEMOND Anna (IE, SEPPIC) THOMAS Myriam (IE ANSES) Chercheurs BOIREAU Pascal (ICSPV ANSES) BONNET Sarah (CR INRA) LACOUR Sandrine (CR ANSES) VAYSSIER-TAUSSAT Muriel (DR INRA) VALLEE Isabelle (CR ANSES) Postdoctorants (depuis 2008) FERRANDEZ yohan GIOVANNI Baldi MICHELET Lorraine REIS Caroline SOMEYA Asuza Doctorants (depuis 2008) AZZAG Naouelle BERRICH Moez BOUDIH Sarah BUFFET Jean Philippe CABARET Odile COTTE Violaine DUGAT Thibaut HONGKUAN Deng LIU Mafeng LIU Xanjie MELLOUL Elise PORTIER Julien VERSILLÉ Nicolas THIERRY Simon WANG Dong Ying YANG Yong ZOCEVIC Aleksandar Faits marquants Développement de nouveaux outils sérologiques pour le diagnositc de la trichinellose porcine Organisation d un workshop International Assurance Qualité du diagnostic des trichinelloses en octobre 2010 Analyse de l épidémiologie de la trichinellose en Corse Surveillance de la prévalence de Toxoplasma gondii dans les viandes ovine et bovine en France Etude du rôle de différents gènes intervenant dans l acquisition du Fer dans la biologie de la bactérie Bartonella henselae Elucidation des mécanismes à l origine des changements d hôtes des bactéries du genre Bartonella Validation in vitro et in vivo de la transmission de Bartonella sp. par la tique Ixodes ricinus Mise au point d un nouvel outil de typage moléculaire des moisissures du genre Aspergillus Etude de la prévalence du virus TBE chez les tiques de l espèce Ixodes ricinus dans les zones de «foyers» humains MOTS-CLEFS Zoonose alimentaire, Trichinella spp, Toxoplasma gondii, Giardia duodenalis, Cryptosporidium spp., Pathogènes vectorisés, tiques, Bartonella spp, Anaplasma phagocytophilum, Ixodes ricinus, Mycoses, Aspergillus fumigatus Carnivores, ruminants, porc, cheval, oiseaux Interactions hôtes-pathogènes, génomique fonctionnelle, santé publique

19 Thèses universitaires soutenues BOUCHOUICHA Rim : Etude épidémiologique et phylogénétique chez Bartonella henselae par la technique MLVA ; Directeur : HADDAD Nadia/ AGROPARISTECH (ABIES) 27 mai 2010 BOUDIH Sarah. Identitification des moisissures et de leurs métabolites secondaires colonisant des supports papiers. Evaluation de la toxicité sur des cellules épithéliales respiratoires in vitro. AGROPARISTECH (ABIES). BRETAGNE Stéphane. 12 décembre 2011 CABARET Odile. Rôle des enzymes du métabolisme des xénobiotiques dans la toxicité pulmonaire de deux mycotoxines d Aspergillus versicolor et d Aspergillus nidulans. PARIS XII (ED : Sciences du vivant et de la santé). BRETAGNE Stéphane. 4 novembre 2011 COTTE Violaine. Mécanismes de persistance de Bartonella dans ses hôtes invertébrés et vertébrés. Transmission de Bartonella par les tiques Ixodes ricinus ; Persistance de Bartonella dans son hôte mammifère via la résistance au complément. AGROPARISTECH (ABIES). VAYSSIER-TAUSSAT Muriel BOULOUIS Henri-Jean. 10 avril 2009 MARIGNAC Geneviève. Identification des gènes de Bartonella birtlesii, responsables de l induction de la bactériémie chez la souris Balb/C. AGROPARISTECH (ABIES). BOULOUIS Henri-Jean VAYSSIER Muriel. 18 juin 2008 DENG Hong Kuan. Mechanisms of Bartonella persistance in its reservoir host. UPEC. VAYSSIER-TAUSSAT Muriel. 13 décembre 2011 NIEGUITSILA Adélaïde. Caractérisation moléculaire et biochimique de l aérocontamination fongique dans les environnements intérieurs. PARIS XII (ED : ABIES). GUILLOT Jacques LATOUCHE-COTTENOT Sophie. 26 juin 2008 THIERRY Simon. Etude de la diversité génétique et du pouvoir pathogène d Aspergillus fumigatus et de Chlamydophila psittaci chez les oiseaux. AGROPARISTECH (ABIES). GUILLOT Jacques LAROUCAU Karine ARNE Pascal. 10 février 2011 ZOCEVIC Aleksandar. Identification et caractérisation d antigènes des stades intestinaux de Trichinella spiralis et application au développement d un test ELISA pour le diagnostic précoce de la trichinellose chez le porc. PARIS VI (ED : complexité du vivant). 7 juin 2010 Publications marquantes 2011 Arné P, Thierry S, Wang D, Deville M, Le Loc h G, Desoutter A, Féménia F, Nieguitsila A, Huang W, Chermette R, Guillot J (2011). Aspergillus fumigatus in Poultry. International Journal of Microbiology Vayssier-Taussat M, Le Rhun D, Deng HK, Biville F, Cescau S, Danchin A, Marignac G, Lenaour E, Boulouis HJ, Mavris M, Arnaud L, Yang H, Wang J, Quebatte M, Engel P, Saenz H, Dehio C. The Trw type IV secretion system of Bartonella mediates host-specific adhesion to erythrocytes. PLoS Pathog Jun 10;6(6) 2009 Bouchouicha R, Durand B, Monteil M, Chomel BB, Berrich M, Arvand M, Birtles RJ, Breitschwerdt EB, Koehler JE, Maggi R, Maruyama S, Kasten R, Petit E, Boulouis HJ, Haddad N. Molecular epidemiology of feline and human Bartonella henselae isolates. Emerg Infect Dis May;15(5):813-6.

20 Collaborations - Basel Universität, Bâle, Suisse - Institut de Génomique de Beijing, Pékin, Chine - University of Liverpool UK - University of California, Davis CA. USA - Department of epidemiology and public health, New Haven, USA - Department of infectious diseases and Immunology, Utrecht, Pays Bas - Université polytechnique de Bobo-Dioulasso, Burkina Faso - Université de sciences agricoles et médecine vétérinaire de Cluj-Napoca, Roumanie - Laboratoire de Chimie, Institut de Microbiologie, Moscou, Russie - Institut de Chimie Bioorganique, Moscou, Russie, - UCLA Medical School, Department of Molecular Pathology, USA - Laboratoire de Parasitologie, Université du Guangxi, Nanning Chine - Université du Guangxi, Nanning Chine - Institut Pasteur de Paris et de Lille - Muséum National d Histoire Naturelle de Paris - CBM-CNRS- Orléans UPR UMR 1225 interactions hôtes-pathogènes - UMR Bioepar, Oniris Nantes - UMR 6061, Génétique et Développement, Rennes, France - UMR 754, Rétrovirus, Evolution et Cancer, Lyon - Unité INSERM U511, Paris - Institut Universitaire d Hématologie, Unité INSERM 111, Paris - UR 1282 Infectiologie animale et santé publique INRA Tours - UMR 17 CIRAD-INRA (Montpellier) - USC CIRAD-INRA, Montpellier - CNR Unité des Rickettsies, Hôpital de la Timone, Marseille - CNR Toxoplasmose, CHU de Reims - USC EpiToxo, USC VecPar, Reims - INRA Toulouse - LRDE INRA, Corte - ANSES Ploufragan - ANSES-DERNS, Maisons-Alfort - GPMS, Institut de Génétique et Microbiologie, Université Paris XI - Service d Anatomie pathologique, ENVA, - Université Lyon 1 - Faculté de Médecine de Créteil, UPVM - Services vétérinaires des Armées - Institut Technique de l Aviculture - Centre Scientifique et Technique du Bâtiment de Champs-sur-Marne - GDS 35 et URGDS de Bretagne - GTV 35 et URGTV bretonne Abstract Joint Research Unit BIPAR was created in This structure comprises researchers, engineers and technicians from ANSES (the French Agency for food safety and Animal Health) and from ENVA (the veterinary School of Alfort), from INRA (the French Institute of research in Agronomy) and from UPEC (University Paris Est Créteil). Joint Research Unit BIPAR is implicated in 3 scientific fields: Food-borne zoonotic parasites. BIPAR has acquired a recognized expertise on early immunodiagnosis of trichinellosis in pigs and knowledge of early immune response to the parasite. The work aims to develop new tools such as ELISA designed for meat inspection. The development of vaccines is performed by a fundamental approach based on characterization of host mucosal immune response (small rodents and pigs), optimization of antigen uptake by selection of adjuvants and vaccines trials with parasitic recombinant antigens. More recently, the transmission of other food-borne parasites has been investigated, especially Toxoplasma gondii a zoonotic parasite involving pet (cats) and farm animals. Vector-borne pathogens including Bartonella spp. (especially Bartonella henselae, the main etiological agent of cat scratch disease), Anaplasma phagocytophilum (the agent of anaplasmosis or human ehrlichiosis), Ehrlichia ruminantium (the agent of a frequent and life-threatening disease of cattle) and tick-born encephalitis virus. The analysis of Bartonella genome is being performed to find loci area linked with virulence. Some molecular features appear as inked to the zoonotic potential of feline isolates, and suggest that it will become possible to develop diagnostic kits in order to predict such a potential, and to develop on a rational basis feline vaccines. In parallel, by using a broad range functional genomic strategy based on the used of STM in Bartonella, we determine factors involved in host invasion and host specificity. The team also aims at identifying genes of arthropods (especially ticks) that could be implicated in the transmission of pathogenic bacteria. Opportunistic fungi. Epidemiological surveys are being conducted in poultry facilities to monitor fungal aerocontamination. Avian experimental models have been developed and used for the assessment of epidemiology and physiopathology of aspergillosis. In vitro models are also used to better understand the relationships between Aspergillus fumigatus and respiratory epithelial cells.

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