Le testage génomique, pour vous aider à prendre de meilleures décisions de gestion

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1 Le testage génomique, pour vous aider à prendre de meilleures décisions de gestion Un service de testage génomique pour les producteurs laitiers, offert par Holstein Canada et les partenaires de L Alliance Semex (Westgen, Gencor, Eastern Breeders et CIAQ) GENCOR

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3 GÉNOMIQUE 101 La génomique est l étude de l ADN, ces molécules qui recèlent les gènes de chaque individu. Pour plusieurs au sein de l industrie de la génétique laitière, la génomique est perçue comme la plus importante avancée depuis l avènement de la semence congelée. Le testage génomique est un outil qui procure plus de précision du mérite génétique d un animal. Le gain de précision est plus significatif chez les jeunes sujets (tableau 1). Il s applique à n importe quel caractère pour lequel des évaluations génétiques traditionnelles existent. Cette nouvelle technologie ouvre la porte à de nouvelles opportunités en matière de progrès génétique. Les producteurs laitiers du Canada sont désormais bien outillés pour pouvoir profiter de la génomique. OPPORTUNITÉS POUR LES PRODUCTEURS QUI UTILISENT LE TESTAGE GÉNOMIQUE La génomique est une méthode rapide et pratique pour pouvoir prédire avec plus d exactitude le potentiel génétique d un animal. Avec les coûts d élevage d une génisse qui atteignent $ ou plus au Canada, le fait de pouvoir prendre de meilleures décisions en matière de sélection, de réforme ou de commercialisation à un plus jeune âge peut avoir un impact important sur la rentabilité globale du troupeau. Les résultats génomiques donnent aux producteurs des renseignements additionnels qui leur permettent de prendre de meilleures décisions de sélection, avec un accent mis sur l accroissement du progrès génétique. Le choix des meilleurs taureaux en allant peut-être jusqu à utiliser de la semence sexée sur les meilleures génisses est un exemple de l application de cette nouvelle technologie. La prochaine génération de femelles est votre meilleure occasion d améliorer le niveau génétique général de votre troupeau. 3

4 TABLEAU 1 - GAIN MOYEN DE FIABILITÉ DE L IPV AVEC L UTILISATION DE LA GÉNOMIQUE Holstein Août 2010 Génisses Jeunes vaches (1 re ou 2 e lactation) Vaches étrangères avec MACE au Canada % moyen de fiabilité de l IPV Traditionnel 50K SNP 3K SNP* Source : Réseau laitier canadien * Note : Le gain réel en fiabilité avec l utilisation du test 3K dépend de l information disponible sur les ancêtres de l animal testé. 4

5 AVANTAGES ÉCONOMIQUES DES AMÉLIORATIONS À L INDICE DE PROFIT À VIE (IPV) La génomique est un outil qui apporte plus de précision pour la sélection des génisses, ce qui améliore le taux du progrès génétique. L Indice de profit à vie (IPV) fournit une mesure globale de la valeur économique d un animal et prend en compte des facteurs comme la production, la durabilité, la santé et la fertilité. L utilisation de la génomique pour la sélection des génisses fera croître le taux de progression de l IPV comparativement aux méthodes traditionnelles de sélection. Le tableau 2 présente une estimation du bénéfice économique net découlant de l utilisation de la génomique pour la sélection de génisses de remplacement. Deux principaux facteurs influencent ce bénéfice : le nombre de génisses disponibles et le nombre de génisses qui sont retenues pour le remplacement. 5

6 TABLEAU 2 - BÉNÉFICES ANNUELS NETS ACTUELS DÉCOULANT DE L UTILISATION DE LA GÉNOMIQUE POUR LA SÉLECTION DES GÉNISSES POUR UNE ENTREPRISE DE 100 VACHES EN LACTATION Nombre de génisses disponibles pour le génotypage (période de 12 mois) Taux de remplacement des génisses 25 % 30 % 35 % 40 % 45 % $ $ $ $ $ $ $ $ $ $ $ $ $ (1 880 $) (1 880 $) HYPOTHÈSES : Comprend le coût du testage génomique de toutes les génisses (panel de 3K à 47 $) Chaque gain de 100 points d IPV équivaut à 50 $ par tête par an Écart-type d IPV de 550 points au sein du groupe des génisses Pour les génisses : avantages économiques reportés de deux ans (jusqu au vêlage) et amortis au taux de 5 % par année 6

7 Les avantages de l utilisation du testage génomique pour la sélection des génisses sont optimaux quand il y a un grand nombre de génisses à partir desquelles choisir et un faible taux de remplacement. L utilisation de semence sexée peut faire croître de beaucoup le nombre de génisses disponibles et, par conséquent, peut accroître les bénéfices à tirer de la génomique. Les avantages économiques présentés au tableau 2 tiennent compte des lactations des génisses choisies, mais omettent le progrès génétique additionnel que ces génisses supérieures transmettront à leur progéniture. PRINCIPAUX AVANTAGES OFFERTS PAR LA GÉNOMIQUE Un outil pour vous aider à prendre de meilleures décisions de gestion et de marketing Fiabilité et précision accrues des évaluations génétiques Obtenir un progrès génétique plus rapide dans votre troupeau Choisir les bonnes génisses à un plus jeune âge Optimiser les choix d accouplement des femelles Le testage génomique peut également donner de l information sur l ascendance, sur le patrimoine héréditaire et sur les niveaux réels plutôt qu approximatifs de consanguinité. La science de la génomique continuera à évoluer et elle offrira plusieurs opportunités dans le futur comme la recherche de parenté, la traçabilité et l identification de nouveaux caractères présentant une importance économique. Ce que nous voyons aujourd hui en matière de génomique n est que le commencement. 7

8 SERVICE DE TESTAGE GÉNOMIQUE Holstein Canada et les partenaires de L Alliance Semex sont heureux d offrir à tous les producteurs laitiers le testage génomique des femelles. Le GenoTest offre deux options de test (3K ou 50K SNP) et le choix de méthode de collecte d ADN (par les poils ou par un écouvillonnage nasal). Un formulaire de demande de testage génomique peut être imprimé à partir des sites Web de Holstein Canada et du Réseau laitier canadien. DEVRIEZ-VOUS UTILISER LE TESTAGE GÉNOMIQUE DE 3K OU DE 50K SNP? Le test (panel) de 3K évalue SNP, tandis que le test de 50K en évalue Le test de 3K offre une précision légèrement inférieure (~90 % celle du 50K), mais à un coût beaucoup moindre. Dans le cas du 3K, l information sur les autres SNP est imputée (comblée) en utilisant les renseignements sur la transmission des SNP chez les animaux apparentés. La précision du test 3K dépend de l information disponible des ancêtres de l animal testé. Par exemple, si le père a été testé avec le 50K et que la mère l a été avec le 3K, alors le test de 8 3K sera légèrement moins précis pour l animal que si sa mère avait aussi été testée avec le 50K.

9 FRAIS DU TEST GENOTEST PAR ANIMAL : SEPTEMBRE 2010 Test génomique Poils Échantillon d ADN Écouvillon nasal* 3K SNP 47 $ 42 $ 50K SNP 160 $ 155 $ * Frais additionnels de 5 $ pour la trousse d écouvillonnage nasal, ce qui donne un coût total identique à celui du test à partir des poils Les animaux étrangers (qui ne sont pas la propriété de clients canadiens) sont admissibles au testage génomique par le biais d un client canadien, moyennant des frais additionnels de 10 $. ON DEVRAIT UTILISER LE TEST DE 3K POUR... Génotypage de troupeau complet, pour aider à la prise des décisions de sélection, d accouplement et de commercialisation ON DEVRAIT UTILISER LE TEST DE 50K POUR... Femelles d élite qu on prévoit utiliser pour la vente ou la commercialisation vers l extérieur du Canada Tri préliminaire des femelles qu on prévoit utiliser pour le transfert embryonnaire ou à d autres fins Note : Les animaux de propriété canadienne qui sont testés avec l un ou l autre des panels obtiendront une évaluation génomique officielle au Canada; ce sera aussi le cas pour tout animal soumis au génotypage au sein du programme GenoTest. Tous les animaux génotypés en Amérique du Nord au moyen du panel de 50K recevront des évaluations génomiques à la fois aux É.-U. et au Canada. 9

10 DEVRIEZ-VOUS UTILISER LES POILS OU LES ÉCOUVILLONS NASAUX POUR LE PRÉLÈVEMENT D ADN? Il vous revient de décider quelle méthode vous préférez. De nombreux producteurs sont à l aise avec l utilisation des poils pour le prélèvement d ADN. Le prélèvement de poils pose parfois certains défis avec les animaux qui sont plus jeunes et aussi lors de l extraction de l ADN au laboratoire. L écouvillonnage nasal est une technologie relativement nouvelle, mais qui a prouvé son efficacité pour le prélèvement d ADN chez les bovins laitiers. L écouvillonnage nasal est une technique de collecte d ADN qui fonctionne généralement mieux auprès des jeunes animaux (moins de six mois d âge) ou lorsque le prélèvement de poils pose problème. Chaque trousse d écouvillonnage nasal coûte 5 $ et peut être commandée de Holstein Canada ou des partenaires de L Alliance Semex. Les trousses d écouvillonnage nasal ont une durée de conservation de deux ans et elles demeurent stables dans toutes sortes de conditions. Holstein Canada fournit les trousses d écouvillonnage nasal aux producteurs en paquets de 10, au coût de 50 $ plus les taxes en vigueur. Une trousse individuelle pourra être commandée au coût de 6 $ chacune. On peut commander les trousses par courriel (customerservice@holstein.ca), en ligne à (Génétique > Génomique > onglet Testage génomique) ou en appelant au service à la clientèle ( ). Les trousses d écouvillonnage nasal peuvent aussi être achetées par l entremise d un partenaire de L Alliance Semex. LES FEMELLES DOIVENT-ELLES ÊTRE ENREGISTRÉES POUR QUE JE PUISSE PROFITER DU GENOTEST? Oui, le testage génomique nécessite d avoir un numéro d enregistrement individuel et de l information sur l ascendance, qui est fournie par le processus d enregistrement. Dans le futur, le testage génomique pourrait faciliter l enregistrement ou l inscription d un animal Une autre possibilité est l utilisation de la génomique pour retracer les ancêtres, en autant que certains des ancêtres aient déjà été génotypés. Écouvillon nasal Échantillon de poils 10

11 QUELS RENSEIGNEMENTS M APPORTERA LE TEST GENOTEST? De quatre à six semaines après la réception de l échantillon d ADN au bureau de Holstein Canada, les résultats du test seront affichés sur le babillard confidentiel du propriétaire sur le site Web de Holstein Canada. Le Réseau laitier canadien (CDN) diffusera mensuellement sur son site Web tous les animaux qui auront été nouvellement génotypés. Après chaque publication officielle des évaluations génétiques (avril, août et décembre), les renseignements concernant tous les animaux qui auront été testés seront mis à jour sur les sites Web de Holstein Canada et du CDN. Les partenaires de L Alliance Semex ont mis sur pied un nouveau programme, GenoPlan, destiné à vous aider à tirer le meilleur des évaluations génomiques que vous recevrez. Le programme peut également vous aider à décider quels animaux de votre troupeau vous devriez faire génotyper. Pour renseignements ou pour participer au GenoPlan, appelez le partenaire de L Alliance Semex de votre région. Note : On recommande aux producteurs de prévoir l envoi de leurs échantillons au moins six semaines avant une date de publication officielle d évaluations génétiques afin que les résultats de testage de ceux-ci soient inclus dans cette ronde d évaluations génétiques. Envoyez vos échantillons d ADN (poils ou écouvillons nasaux) pour le test GenoTest à : Holstein Canada a/s Testage génomique C. P. 610 Brantford (Ontario) N3T 5R4 11

12 TÉMOIGNAGES : Dennis Wagler Claynook Farms Ltd. New Hamburg, Ontario «Les écouvillons nasaux se sont avérés très efficaces et pratiques pour la collecte d ADN chez nos jeunes sujets. Le test génomique 3K est une option économique qui nous aide dans la prise de nos décisions d élevage.» Mme Élyse Champagne Ferme Justina et fils inc. La Visitation, Québec «J ai été ravie de participer au projet-pilote d écouvillonnage nasal. Avec mes vaches et génisses hébergées dans des stalles entravées, j ai beaucoup apprécié cette méthode de prélèvement d ADN car elle est rapide et plus facile que la collecte de poils.» HOLSTEIN CANADA SEMEX ALLIANCE GENCOR Milner, BC Guelph, ON Kemptville,ON Saint-Hyacinthe, QC