Les logiciels de gestion bibliographique gratuits, libres ou propriétaires

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1 Les logiciels de gestion bibliographique gratuits, libres ou propriétaires Logiciels de gestion bibliographique Logiciels de gestion bibliographique gratuits et libres : Zotero ( BibTeX ( JabRef ( Qiqqa ( Docear ( PLUME : Promouvoir les Logiciels Utiles Maîtrisés et Economiques dans l enseignement supérieur et la recherche Logiciel de gestion bibliographique gratuit et propriétaire ex Mendeley ( racheté par Elsevier 1

2 Plan des diapos 3 à 5 Le logiciel ZOTERO 6 à 9 Installation 10 à 15 Présentation de l interface 16 à 18 Le menu et les icônes 19 à 26 Les préférences (bouton Actions) 27 à 30 Collecte des références depuis des bases de données 31 à 34 Collecte de réfs (identifiant, capture de site web ou saisie manuelle) 35 à 37 Enrichissement des réfs (marqueurs, notes, fichiers attachés) 38 à 40 Collecte des pdf et récupération des métadonnées 41 à 44 Organisation de sa bibliothèque et action sur les références 45 à 48 Recherche des références (simple, avancée, par les marqueurs) 49 à 52 Export et import des collections et références 53 à 55 Création d une bibliographie à partir des références 56 à 62 Citation/intégration de la bibliographie dans un traitement de texte 63 à 67 Fonctionnalités de Zotero serveur et synchronisation 68 à 73 Les groupes dans Zotero 74 à 76 Limites de Zotero, Zotero Standalone, liens utiles 2

3 Zotero Présentation générale Créé fin 2006 Projet du Center for history and New Media (University georges Mason, Virginia USA) Fonds de plusieurs institutions et fondations Institute of Museum and Library Services (IMLS) ices Andrew W. Mellon Foundation Ethymologie : vient du verbe albanais zöteroj =«master, acquire» «apprendre» 3

4 Zotero Logiciel de bibliographie libre et gratuit Extension du navigateur Firefox Extension de firefox, mais données stockées indépendamment Multi-plateformes (Linux, Mac, Windows) Captures de pages web Orientation hypermédia (vidéos, images, pages html, billets de blogs) Possibilité d annoter les références (notes) Multilingue dès le départ (dont le français) Utilisation individuelle et/ou collective Synchronisation, collaboration, partage de données etc. Fort dynamisme de développement Version 4 (Firefox et Standalone) Applications mobiles sur iphone, ipad (ZotPad), Android 4

5 Zotero Logiciel libre de bibliographie version (avril 2016) A télécharger à partir du site de Zotero Guide de démarrage rapide en français Support (aide, documentation : nombreuses rubriques en français) Forums (par thèmes) Blog francophone ( Groups People (communauté Zotero) 5

6 Zotero Installation Téléchargement Fonctionnalités de Zotero 6

7 Zotero Installation A choisir en fonction de son environnement informatique 7

8 Zotero Installation (avec firefox) Aller sur le site de Zotero Download Now Télécharger la version pour Firefox Si Firefox bloque l installation, cliquer sur Autoriser Installer maintenant Redémarrer Firefox Une fois le logiciel téléchargé, l icône Zotero apparaît en haut à droite de l écran du navigateur internet Firefox Emplacement de Zotero: Toutes les données sont stockées dans un répertoire en local (on peut changer cet emplacement, voir diapo 26 Préférences) Afficher le répertoire contenant les données 8

9 Clic sur le logo Zotero Fenêtre partagée avec Firefox Logo Z Fenêtre du navigateur Fenêtre Zotero 9

10 Interface Zotero Les collections La liste des références Une référence Les marqueurs ou mots clés 10

11 Terminologie de Zotero Ma bibliothèque : ensemble des références de toutes les collections ou isolées Collections : dossiers thématiques contenant les références Marqueurs : mots-clés Créateur : auteur (sauf pour la saisie = auteur) La logique Bibliothèque/Collections (très différent de Endnote, logiciel utilisé par les chercheurs INRA et enseignants) 11

12 Interface Zotero : colonne de gauche voir aussi «Organiser sa bibliothèque et ses collections» Ma bibliothèque (installée par défaut) : contient toutes les références de toutes les collections Collections : dossiers créés par l'utilisateur; on peut créer des sous-collections (clic droit sur la collection) Doublons (permet le dédoublonnage des références) Non Classés : documents sans collection Groups Libraries (si version réseau de Zotero) 12

13 Interface : colonne du milieu Affiche les références contenues dans la collection en cours d utilisation Pour afficher plus de champs (ex. date) : cliquer sur icône «grille» Pour changer l ordre d'affichage des champs : cliquer/glisser l'intitulé du champ Tri alphabétique de la liste des références en cliquant sur chaque intitulé de champs Pour savoir le nombre de références dans une collection : se positionner dans la colonne du milieu, puis ctrl-a, le nombre de références s'affichent dans la colonne de droite 13

14 Interface : colonne de droite (1) Onglet Info : détail de la référence sélectionnée dans la colonne du milieu Onglet Notes : note de lecture, annotation éventuelles (sera ajoutée comme élément fils de la notice ; ex. ajouter «très intéressant» comme note à un article) Onglet Marqueurs : correspond aux mots clés, associés aux références enregistrées depuis les sites ou à ceux tapés manuellement Onglet Connexe : pour lier des réfs entre elles (ex un article et sa traduction) : clic et choisir la réf. (un signe s'ajoute à côté de la réf.) 14

15 Interface : colonne de droite (2) En fonction du type de document sélectionné, le bouton Localiser (petite flèche verte au-dessus de l onglet info) permet - d afficher un article ou un ouvrage en ligne sur le site de l éditeur - d afficher la capture de la page internet d un site - d afficher le pdf d un article - de localiser le fichier du document stocké sur son ordinateur - de localiser le document dans une bibliothèque : Rechercher dans la bibliothèque. Dans les préférences de Zotero, le résolveur de lien est paramétré par défaut vers WolrdCat. On peut modifier ce paramétrage vers un autre catalogue par le menu Actions-> Préférences->Avancées, par exemple vers le SFX de l INRA) (Diapo 25) lien vers CrossRef et vers les moteurs (google scholar ) 15

16 Le menu et les icônes de Zotero (détail de chaque fonction diapos suivantes) Collections Groupes Paramètres Collecte et des références et ajouts Recherche Affichage page web, pdf Pleine page, fermeture Syncro/serveur 16

17 Le menu et les icônes de Zotero (détail de chaque fonction) Créer nouvelle collection Nouveau groupe Ajouter nouvel élément Ajouter un élément par son identifiant Nouvelle note Recherche avancée Recherche simple Synchronisation avec serveur Zotero Fermer Zotero Roue dentée Actions (détails diapos 18-26) Joindre/attacher un fichier (voir plus loin) Affichage page web, pdf, localiser le document Bascule Mode plein écran 17

18 Le menu et les icônes de Zotero : Bouton Actions (roue dentée) permet le paramétrage de Zotero dans les Préférences 18

19 Préférences de Zotero actions (suite) Case à décocher pour utiliser Endnote 19

20 Préférences : Synchronisation Paramètres : se créer un compte (voir diapo 63) 20

21 Préférences : Synchronisation Réinitialisation : avec le serveur Zotero (voir diapo 65) 21

22 Préférences : Recherche télécharger pdftotext et pdfinfo pour l indexation des pdf 22

23 Préférences : Exportation Choix du style par défaut 23

24 Préférences : Citer Options de citation à cocher et ajout de styles Cliquer sur install depuis le site de Zotero : Zotero Style Repository (diapo 53) 24

25 Préférences : Avancées On peut changer le répertoire de données de Zotero Résolveur de liens SFX de l INRA Résolveur de lien SFX de L INRA Worldcat par défaut 25

26 Préférences : Avancées On peut changer le répertoire de données de Zotero Résolveur de lien SFX de L INRA Worldcat par défaut 26

27 Collecte des références depuis des base de données Interrogation d un catalogue (ex. Google scholar) L icône jaune s affiche dans la barre de menu de Firefox Attention : bien se placer dans une collection sélectionnée Icônes de Zotero Liste des références 27

28 Collecte des références depuis des base de données clic sur icône jaune > ouverture de la fenêtre des résultats de la 1ère page du site Sélection d une ou de plusieurs références : select all, deselect all OK > les références sélectionnées sont importées dans sa collection de Zotero 28

29 Collecte d une référence précise Après l interrogation d une base de données (ex. ScienceDirect) Liste des références > choix d une référence : l icône du type de document s affiche Attention : toujours se placer dans une collection sélectionnée Icône article Liste des références Une référence 29

30 Collecte des références depuis des base de données liste de sites de bases de données compatibles avec Zotero Web of Science PubMed Econlit / Francis ScienceDirect Nature Publishing Group ProdInra Sudoc Google Scholar Hal PMB Catalogue SupAgro Agricola clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox Panier, export format RIS ou BibTex + Import dans Zotero clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox clic sur l icone dans la barre du menu Firefox 30

31 Ajouter un document par son identifiant : DOI, ISBN ou PMID Saisir le DOI ou l ISBN Le document est chargé automatiquement dans la collection 31

32 Créer un nouveau document à partir de la page courante : copie de la page (site web) Site web Icône page web Enregistrement de la référence en tant que page web 32

33 Ajouter un nouveau document manuellement (choix dans une liste) 33

34 Création d une notice bibliographique Clic sur le bouton vert (nouveau document) Champs à remplir en fonction du type de document 34

35 Ajout manuel de marqueurs (mots-clés) Voir aussi Diapos 48 pour la recherche par les marqueurs Collection sélectionnée Référence sélectionnée Marqueurs de la ref. Marqueurs ajoutés (bleu) Marqueurs importés (jaune) Marqueurs sélectionnés pour cette références (tous) Possibilité de rechercher un marqueur avec le cadre (loupe) ou en cliquant sur le mot dans cette colonne 35

36 Ajouter une nouvelle note On peux copier/coller Du texte dans les notes Ajout d une note indépendante S affiche comme une référence On peut ensuite Relier cette note à une référence par glisser/déposer Ajout d une note liée à une référence 36

37 Attacher des fichiers à une référence choix entre «lien vers un fichier» et «stocker une copie du fichier» (2e choix recommandé) Lien vers le fichier attaché Sur son ordi = photo de l écran pas un lien = lien vers l adresse de la page web Entrer une URL Le fichier attaché va être stocké dans les données de Zotero (conseillé) 37

38 Capture de page courante Exemple des pdf et récupération des métadonnées Ouvrir le pdf en pleine page, dans le navigateur et ré-ouvrir zotero Cliquer sur l icône Enregistrer dans Zotero (Page Web) L icône pdf s affiche dans Zotero avec le titre du document Clic droit sur le pdf : Récupérer les métadonnées du pdf (une fenêtre s affiche la 1 ère fois pour installer pdftools : pdftotext et pdfinfo) L icône pdf devient article avec le pdf attaché dessous La référence complète de l article s affiche colonne de droite(champs non importés à vérifier: résumé, vol., pages ) Que des pdf éditeur, pas de scans 38

39 Récupération des métadonnées du pdf (pdf capturé depuis le web ou glissé-déposé depuis son ordi) (récupération partielle selon les sources) 39

40 Attacher un pdf à une notice déjà existante Ouvrir le pdf en pleine page Se positionner sur la bonne notice Cliquer sur l icône trombone et sur joindre une capture de la page courante 40

41 Bibliothèques ou collections Organiser sa bibliothèque créer, renommer, supprimer ou exporter 41

42 Organiser sa bibliothèque (suite) Ma bibliothèque clic sur l icône pour créer une nouvelle collection Clic droit dans une collection pour créer une sous-collection (la nommer) Choisir sa collection pour créer des notices ou en importer Nombre de références dans sa collection : «ctrl a» affichage en colonne 3 Clic droit dans une collection : renommer ou supprimer une collection mais les références de la collection supprimée resteront dans Ma bibliothèque Attention Si on supprime des références dans Ma bibliothèque, elles seront supprimées aussi dans la collection On peut faire glisser-déposer des notices dans une autre collection, mais elle restent aussi dans la collection d origine 42

43 Actions sur les références (clic droit) 43

44 Générer un rapport à partir d un élément sélectionné Clic droit sur la/les référence(s) : Générer un rapport à partir de(s) l élément(s) sélectionné(s) Tous les champs non vides de la colonne 3 figurent dans ce rapport qu on peut enregistrer dans un fichier en tant que page html 44

45 Recherche simple dans ma bibliothèque ou une collection 3 modes de recherche sélectionnés - Recherche dans toutes les références, les fichiers attachés, les notes et dans tous les champs y compris les marqueurs (+ dans les pdf s ils sont indexés) - troncature * et opérateurs AND/ET implicites - minuscules / majuscules sans importance 45

46 Recherche avancée multicritères Icône loupe 46

47 Clic sur l'icône loupe Recherche avancée Possibilité de rechercher dans les sous-collections ou non Recherche dans tous les champs, recherches croisées + options de recherche Possibilité d'enregistrer la recherche et de générer une bibliographie ou un rapport à partir du résultat de cette recherche Recherche enregistrée : une nouvelle collection est créée : elle comprend toutes les réfs correspondant au résultat de la recherche Cette collection s'actualise au fur et à mesure (si une réf est ajoutée à ma bibliothèque et qu'elle correspond à la recherche, elle y est ajoutée) ATTENTION : pas de ET ou de OU mais 1er menu déroulant est équivalent à : «Correspond à toutes les conditions suivantes» ou «au moins à une» 47

48 Recherche par les marqueurs (ajoutés manuellement ou importés) Sélectionner un ou plusieurs marqueurs en cliquant dessus pour filtrer votre bibliothèque (ou votre collection) Marqueurs affichés Marqueur sélectionné les marqueurs bleus sont ajoutés manuellement les jaunes sont ajoutés par import depuis des Bases de données On peut faire glisser une référence sur un marqueur pour que ce dernier soit ajouté à la référence 48

49 Export vers la bibliothèque Zotero d un autre utilisateur (sauvegarde) Clic droit sur la collection ou sous-collection : Exporter la collection On peut exporter plusieurs Collections ou Ma bibliothèque Une fenêtre s ouvre et propose d exporter au format Zotero.RDF Nommer le fichier d'export (si besoin) choisir le répertoire (disque dur externe, clé USB) OK Envoyer le fichier.rdf à son correspondant 49

50 Import d une collection de Zotero Après réception du fichier Zotero.rdf Roue dentelée : import Choix du fichier à importer Format d import.rdf Avec la possibilité de partager les collections sur le serveur de Zotero, cette fonction est moins utilisée 50

51 Récupération de références à partir de Endnote (pb selon les versions) Ouvrir fichier Endnote edit -> select all -> output styles -> Endnote export File (ou RefMan (RIS) -> export -> fichier.txt se remettre dans Zotero icône actions (roue dentelée) -> import -> fichier.txt Importe les références à la fois dans «ma bibliothèque» et dans une nouvelle collection appelée «import jour date année» il faut ensuite faire glisser les réfs au bon endroit Import des pdf : modification du fichier d import N importe pas tous les champs de Endnote (label, notes) Zotero n a pas tous les champs de Endnote et on ne peut pas en ajouter 51

52 Export Zotero -> Endnote Clic droit sur la collection choisie Exporter en format.ris Choisir d'exporter ou non les notes OK Nommer le fichier et choisir répertoire Ouvrir Endnote File -> import -> fichier.ris 52

53 Créer une bibliographie à partir d une collection (ou de plusieurs références) Pas possible à partir de «ma bibliothèque» Sélectionner la collection ou les références dans la collection clic droit«créer une bibliographie à partir de la collection ou des références sélectionnés» choisir le style (boîte de dialogue s'affiche automatiquement) ou en installer un qui existe (voir diapo suivante et diapo 55) choisir format de sortie (rtf, html...) OK choisir le nom du fichier et localisation répertoire Pour la pré-visualisation des styles voir au passage de la souris sur la page des styles du site zotero.org (Zotero Style Repository) 53

54 Créer une bibliographie à partir de l élément sélectionné Clic droit sur la référence choix du style et du format de fichier dans la nouvelle fenêtre 54

55 Citer et créer une bibliographie Glisser, déposer des références dans un mail ou un texte Ouvrir un mail ou un traitement de texte acceptant l inclusion du format texte par glisser déposer Sélectionner un ou plusieurs éléments de sa base Zotero Faire glisser la sélection dans l application choisie en maintenant le bouton gauche de la souris appuyée et placer quelques secondes le pointeur de la souris sur l application active dans la barre de tâche Attendez que la fenêtre de l application s ouvre puis placer le pointeur de la souris à l endroit où vous désirez copier la bibliographie Relâchez le bouton 55

56 Intégration des références avec Microsoft Word, LibreOffice, OpenOffice Installation des plugins Dans la page d accueil de Zotero, cliquer sur Download Now, puis dans le cadre du bas, cliquer sur Plugins for Microsoft Word and LibreOffice (il faut que ces applications soient fermées) Choisir l installation des plugins en fonction de son environnement informatique (Windows, Mac ) et du traitement de texte Dans Word, l onglet Zotero fait apparaitre la barre d outils des icônes de Zotero en haut à gauche Pour LibreOffice, suivre les instructions sur la page d installation des plugins. Les icônes Zotero s affichent dans la barre d outils. 56

57 Icônes de Zotero dans word Add/Edit Citation Choix de la citation dans le texte (fenêtre pour le choix du style lors de la 1 ère citation) et choix de la référence de sa collection. Edit Citation Modification d une citation si curseur dans la citation Document Preferences Modification du style des citations et de la bibliographie Insert Bibliography Insertion de la bibliographie en fonction du style choisi Edit Bibliography Modification d une bibliographie Refresh actualisation des références Remove fields codes empêche Zotero de mettre à jour les citations et les bibliographies dans le document (a utiliser quand le document est terminé) 57

58 Choix d un style Choix d un style initial : cliquer sur le bouton actions (roue dentelée) -> préférences -> styles Ou choix depuis les icônes dans Word : Document Preferences Pour obtenir un autre style, aller sur la page et visualiser le style en passant la souris Cliquer sur install pour en installer un (il va se rajouter dans la liste dans Préférences) Lien vers créateur de style 58

59 Intégration des références dans Word Insérer une citation et choix du style de la bibliographie Clic sur Add/Edit Citation Document Word C Choix du style à la 1 ère citation Voir diapo 55 pour le choix d un style et pour installer un style dans Zotero en local 59

60 Intégration des références dans Word Insérer une citation (suite) Après avoir cliqué sur la 1 ère icône : Add/Edit Citation On peut taper directement un nom d auteur ou un mot du titre de la référence à citer dans le cadre ou demander la vue classique 60

61 Intégration des références dans Word Insérer une citation (suite) Vue classique : Fenêtre de Zotero qui permet de choisir les références à citer pour obtenir ensuite la bibliographie correspondante Référence à choisir pour la citation 61

62 Intégration des références dans Word Insérer une citation et créer la bibliographie Après avoir choisi les références pour les citer dans son document Word, selon le style choisi Citations dans le texte Zotero insert bibliography (3 ème icône) Bibliographie 62

63 Fonctionnalités Zotero serveur V4 Création d un compte sauvegarder sa bibliothèque en ligne sur le serveur Travailler depuis plusieurs ordinateurs Sauvegarder sa bibliothèque en ligne sur le serveur Zotero Partager des références avec des groupes publics ou Travailler depuis plusieurs ordinateurs privés L inscription à Zotero permet de Partager des références avec des groupes publics ou privés 63

64 Paramètres de Synchronisation settings Après confirmation d inscription à Zotero par mail : login et mot de passe à rentrer 64

65 Synchronisation reset 65

66 Lancement de la synchronisation de la bibliothèque en local vers le serveur de Zotero Accès aux collections sur le serveur Zotero Serveur Zotero Local 66

67 Synchronisation Aller dans menu roue dentelée -> préférences -> synchronisation -> reset (diapo 64) Restaurer de Zotero en local vers le serveur : on sauvegarde sur le serveur Zotero Restaurer à partir du serveur vers son poste : par exemple si on travaille sur un autre ordinateur Références synchronisées avec les fichiers attachés, mais le texte intégral (pdf) est remplacé par le lien vers l éditeur (pb de droit d auteur) Les pièces attachées font rapidement dépasser le volume limité gratuit sur le serveur Zotero (300MB) 67

68 Créer un groupe Onglet Groups du site Zotero : create a new group Choisir un nom et les conditions d accès à ce groupe Remplir le profil du groupe Onglet Members : inviter les participants 68

69 Groupes 69

70 Types de groupes -> Groupes privés Seuls les membres du groupe et les invités peuvent voir la page du groupe Ces groupes n apparaissent pas dans la recherche de groupe -> Groupes publics Adhésion restreinte : la page du groupe est visible mais il faut une invitation pour le rejoindre -> Groupes publics Adhésion ouverte, tout le monde peut le rejoindre 70

71 Groupes existants : Browse all Groups Recherche dans les groupes : Search Recherche par sujet 71

72 Paramétrage des droits sur la bibliothèque Library reading : autoriser la consultation de la bibliothèque à tout le monde, seulement aux membres du groupe ou seulement aux administrateurs Library editing : autoriser la modification de la bibliothèque seulement aux membres du groupe ou seulement aux administrateurs Droits et types d utilisateurs : 3 rôles Administrateur Propriétaire du groupe Membre 72

73 Bibliothèque du groupe On peut ajouter un élément par glisser/déposer depuis sa propre bibliothèque On peut copier des références d autres bibliothèques vers la sienne On peut stocker gratuitement jusqu à 300MB pour les fichiers attachés sur le serveur de Zotero (vite atteint), au-delà c est payant On peut suivre les nouveautés d autres bibliothèques par fils RSS (se placer sur la bibliothèque de l utilisateur et cliquer sur subscribe to this feed) On peut travailler sur la bibliothèque qui est sur le serveur (mais penser ensuite à restaurer pour que les données en local soient conformes à celles du serveur) 73

74 Les limites de Zotero Pas assez de sites compatibles pour la récupération de références, donc possibilités d'import/export limitées (mais çà évolue) Dédoublonnage depuis la version 3, mais accepte l importation d une réf qui est déjà dans une collection) Pas de champs personnalisables dans les notices Quelle garantie de compatibilité entre les différentes versions de Zotero et notamment avec la dernière version Standalone Comment Zotero gère des gros volumes de références? Limite de Standalone actuellement Mais évolution (voir les forums) 74

75 Zotero Standalone Version 4 actuelle compatible Mac OS X, Windows et Linux Téléchargeable sur la page d accueil de Zotero.org (avoir Firefox ou Chrome pour Windows et Safari pour Mac) Plus besoin d avoir l extension Zotero de Firefox ouverte pour voir sa bibliothèque L interface et les fonctionnalités restent les mêmes Zotero Standalone partage un répertoire avec Zotero/Firefox, les articles de l un sont donc sauvegardés dans l autre Voir le Forum correspondant sur le site de Zotero 75

76 Liens utiles Quelques tutoriels en français o.html site canadien Scoop it Zotero (élaboré par l IGUL l Institut de géographie de l Université de Lausanne) Forums Zotero Le blog francophone de Zotero Comparatif entre les logiciels de gestion bibliographique PLUME 76