Guide d'utilisation. Mendeley

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1 Guide d'utilisation Mendeley 1

2 Table des matières 1.Installation et présentation Qu'est-ce que Mendeley? Installation de Mendeley Desktop sur Linux, pour les distributions Debian/Ubuntu Installation de Mendeley Desktop sur Windows Installation de Mendeley Desktop sur Mac OS X Mendeley: les fonctions en ligne La partie Library (bibliothèque) Le tableau de bord (dashboard) La création de groupe, le partage de documents et de références Le résolveur de liens Lien avec Mendeley desktop Mendeley Desktop Ajouter des documents L'import web (plugin Web Importer) Communication avec d'autres logiciels de gestion de références Le glisser-déposer Surveiller un dossier (Watch Folder) Les informations bibliographiques de la référence Lire le document Organiser et gérer ses références Organisateur de documents(file Organizer): Dédoublonner (Check for Duplicates): Rechercher ses documents Filtrer ses références (Filter) Synchroniser La bibliographie Installation du plugin Mendeley pour traitement de texte (Libre Office) Insérer les références Insérer une bibliographie Gérer, installer et choisir le style de formatage bibliographique

3 Guide Mendeley 1. Installation et présentation 1.1. Qu'est-ce que Mendeley? Mendeley est un logiciel de gestion de références bibliographiques, lancé par Mendeley.Ltd en 2008 à Londres. Ce logiciel comprend plusieurs caractéristiques intéressantes pour une activité de recherche: Le stockage et l'organisation d'une base de données de références Le partage et l'import de références La création rapide d'une bibliographie Le formatage de celle-ci suivant des styles prédéfinis Lecture et annotation des fichiers.pdf Accès à ses données à distance Collaborer et partager ses données Créer et intégrer des réseaux de chercheurs Ce logiciel est compatible avec les différents systèmes: Mac, Linux, Windows, ainsi qu'avec les différents traitements de texte: LibreOffice, OpenOffice et Windows Office. Mendeley est divisé en deux interfaces: MendeleyDesktop Mendeley Research Network Il a été racheté depuis peu ( ) par la société Elsevier. Il dispose gratuitement d'un espace de stockage personnel de 2 GB, et d'un espace de stockage partagé de 100MB Installation de Mendeley Desktop sur Linux, pour les distributions Debian/Ubuntu La première étape est la création d'un compte, que ce soit pour Linux ou pour Windows. Ceci permet d'accéder à l'interface web et de télécharger le programme de Mendeley Desktop, pour mieux synchroniser la station locale de travail avec la partie web. 1. Télécharger le programme, 32 ou 64 bits, selon le système. 2. Une fois le dossier téléchargé, décompresser celui-ci dans un dossier que nous appellerons mondossier. 3. Dans le dossier décompressé, lancer dans le terminal la commande sudo dpkg -i <chemin vers le paquet téléchargé> Ce mode d'installation permet l'ouverture de Mendeley Desktop, ainsi que la vérification automatique des mises à jour du programme. 5. Une fois le programme installé, pour lancer le programme, écrire dans le terminal le 1 3

4 commande «mendeleydesktop». 6. Il est maintenant possible de se connecter avec les identifiants du compte Mendeley Installation de Mendeley Desktop sur Windows 1. Cliquer sur l'option «Download Mendeley Free». 2. Le fichier.exe se lance et permet d'installer la version Mendeley Desktop. 3. Il faut maintenant se connecter avec les identifiants du compte. Si la version de Mendeley a été créée préalablement sur Linux, elle reprendra le contenu de la bibliothèque Installation de Mendeley Desktop sur Mac OS X Pour installer Mendeley sur MAC 2 : Télécharger le programme: Mendeley-Desktop-1.9-OSX-Universal.dmg Ouvrir le dossier de téléchargement du navigateur Glisser-déposer le programme dans le dossier Applications 2. Mendeley: les fonctions en ligne Mendeley dispose de deux parties: la partie locale (desktop), et la partie en ligne. Ces deux parties sont dotées chacune de fonctionnalités différentes, mais peuvent être synchronisées. Cette organisation permet de ne pas être prisonnier de sa station de travail en local La partie Library (bibliothèque) Mendeley en ligne, dans l'onglet Library, comprend plusieurs fonctionnalités qui permettent de gérer groupes, documents, et usage du compte public. «Create Group»: Créer un groupe en ligne «Web Importer»: Permet d'activer l'option web importer dans le navigateur, laquelle permet d'importer des références dans la bibliothèque «Delete documents»: Détruire les documents «Account usage»: Permet de voir quel espace est occupé par notre compte. 2 4

5 L'espace disponible pour le partage des documents est de 100 MB, de 2 GB pour l'espace web personnel. Le panneau de gauche comprend plusieurs cadres: My Library: Dossiers par défaut de Mendeley: Tous les documents Favoris Références entrées récemment Références à revoir Références non classées Filter Selected Collection: Le chercheur peut dans ce cadre mettre en évidence ses publications, les documents récemment ajoutés en public, ainsi que trier ses documents. Les Tags: Affichage des mots-clés inclus dans la bibliothèque. 5

6 2.2. Le tableau de bord (dashboard) Le tableau de bord permet pour le chercheur d'éditer un profil en ligne, de renseigner ses publications et son CV La création de groupe, le partage de documents et de références L'option «groups» permet de créer un groupe, en établissant les paramètres de confidentialité voulus, afin de partager les références. Le groupe public («public group»): ne permet de partager que les références, mais permet de voir le groupe et le contenu en ligne. Le groupe privé («private group»): permet de partager à la fois les références et les documents, il est visible seulement de ses membres. Pour pouvoir partager et collaborer avec plus de 50 personnes, et disposer d'un nombre illimité de groupes privés, il faut disposer de l'option «Teams Plans», via la version payante de Mendeley. 6

7 Si l'on dispose de la version gratuite, il est possible de créer seulement un groupe privé. Le groupe est ouvert («open»): le public peut contribuer Le groupe est seulement sur invitation(«invite only»): il ne permet que de suivre les références sans contribution. Pour ajouter des documents dans un groupe privé: Une fois le groupe privé créé, il apparaît dans l'onglet My Library Sélectionner le document, ajouter dans le groupe privé, option «add selected documents to», Confirmer l'ajout du document. Attention toutefois, pour les membres non payants, l'espace de partage des documents est réduit à 100MB. Au final, apparition du document sélectionné Pour ajouter, rendre visible et partager des références dans un groupe public: 7

8 Sélectionner le document dans l'onglet My Library, puis confirmer l'ajout de la référence dans le groupe public. La référence peut être partagée par Twitter, Facebook. L'adresse du groupe peut être envoyée par mail 2.4. Le résolveur de liens Cette fonctionnalité permet d'utiliser le résolveur de liens utilisé par l'établissement, ceci afin d'accéder directement à la ressource en texte intégral. My account >Account details Sharing-importing : Rentrer manuellement l'adresse du résolveur de liens de l'établissement : Nommer le résolveur «Université d Évry». 8

9 Il sera possible de voir si l'url fonctionne en cliquant sur l'option «find this paper at». Dans notre cas, le nom de l'université d Évry doit apparaître Lien avec Mendeley desktop Les références, dans la partie «All documents» de l'onglet «My Library», permettent d'aller vers la partie bureau (desktop) de Mendeley, en cliquant sur le lien «View in Mendeley Desktop». 3. Mendeley Desktop L'interface de Mendeley Desktop est divisée en trois colonnes: «My Library»: elle comprend toutes les entrées de la base de données classées par ordre alphabétique. Les éléments de la bibliothèque (références et documents) Les données bibliographiques, une fois la référence sélectionnée. Recently added: contient les entrées les plus récentes Create Folder: cette option permet de créer les dossiers voulus. Favorites: ce sont les documents que l'on a sélectionné comme favoris. Unsorted: comprend les entrées que Mendeley ne sait pas trier. Needs review: concerne les documents dont Mendeley n'est pas Sûr, et qui demandent une vérification manuelle. My publications: ce dossier contient tous les articles de l'utilisateur. Il peut également contenir les articles employés pour une rédaction. 9

10 3.1. Ajouter des documents Mendeley permet d'importer des documents à partir du web, des références d'autres solutions logicielles, ainsi que des fichiers disponibles en local. Options d'ajout des références: Add Files : Ajouter des fichiers Add Folder : Ajouter des dossiers Watch Folder : Surveiller un dossier Add Entry Manually : Ajouter une référence manuellement Pour ajouter une référence manuellement: File > Add Entry Manually Remplir les champs de la référence (titre, résumé, mots-clés, éditeur, url). Ajouter un fichier pour compléter la référence Les champs remplis peuvent être modifiables en double-cliquant sur la référence L'import web (plugin Web Importer) Ce plugin permet d'importer les références à partir du web Pour l'installer: Tools >Install Web Importer Ce plugin est à glisser sur les favoris du navigateur. 10

11 Ce plugin est également disponible via Mendeley Research Network, dans la rubrique Useful Links > Install Web Importer Une fois le web importer installé, La mention «save to Mendeley» doit être visible dans le navigateur Pour enregistrer les références, il suffit, une fois la recherche faite sur un site compatible, de cliquer sur la mention, ce qui fait apparaître le chargeur de documents. Une liste partielle des sites compatibles est disponible lors de l'installation du web importer, sous le titre 'supported sites'. Lors de l'ouverture du panneau à droite de la page, il est également possible de: 1. Sélectionner l'option «faire un instantané de la page» 2. Rajouter des informations sur la référence capturée (tags, auteur, titre, note) 3. Classer la référence dans un dossier de la bibliothèque 4. Rajouter une note Il est à noter que les doublons sont détectés au moment de l'import, par l'avertissement «you already have this document» Communication avec d'autres logiciels de gestion de références Mendeley permet d'importer des références d'autres logiciels. Les format supportés en import 11

12 sont:. ris,.xml, Zotero,sqlite. Chemin pour importer Les références : File >Import >Choisir le format d'import >Sélection de la ressource à importer Mendeley dispose de trois formats d'export: BibTeX EndNote XML RIS Sélectionner la référence File >Export La boîte de dialogue qui s'ouvre permet de choisir: le nom du dossier à exporter, le format d'export, la sélection du répertoire des références Pour obtenir une importation continue des références provenant de la base sqlite de Zotero: 12

13 Tools >Options >Zotero >Cocher Zotero Integration > Donner le chemin de Zotero.sqlite /home/jcomte/.zotero/zotero/mynunxhy.default/zotero Le glisser-déposer Il est également possible de glisser-déposer les documents de son bureau vers Mendeley Desktop Surveiller un dossier (Watch Folder) Cette option permet d'importer automatiquement dans Mendeley les éléments déposés dans le dossier surveillé. Chemin: Tools >Options >Watched folders >Enable(pour la première fois). >Ouverture de l'arborescence >Sélectionner le dossier >OK Cette option peut rentrer en conflit avec les différentes solutions de cloud telles que Skydrive, 13

14 Dropbox, Google Drive. Celles-ci ne doivent donc pas être sélectionnées Les informations bibliographiques de la référence L'affichage de la référence donne quelques informations: la source de publication le jour où la référence a été ajoutée Mise en favori ou non de la référence Document PDF attaché à la référence Année Référence lue ou non Source de la référence Lorsque l'on clique sur une référence, l'on rencontre deux colonnes dans le panneau de droite: Détails Notes Détails : comprend les détails sur la référence (résumés, mots-clés, département, type de la ressource) Notes : elle comprend les notes et les annotations qu'il est possible de rajouter sur la ressource. Cette rubrique permet donc la visualisation et le rajout des informations sur la référence 14

15 3.3. Lire le document Mendeley Desktop dispose d'un lecteur PDF intégré. Le document peut donc être ouvert dans un nouvel onglet. Pan: permet de se déplacer dans le document Select: permet de sélectionner une partie du texte Highlight: permet de souligner un passage Note: déposer une note Zoom: possibilité de zoomer sur le texte Share: partager le document avec un collègue Rotate: rotation du document Sync: synchroniser la version desktop et la version web Cite: citer Fullscreen: afficher le document en plein écran 3.4. Organiser et gérer ses références Organisateur de documents(file Organizer): Chemin: Tools >Options >File Organizer Organize my files (organiser mes fichiers): Permet de faire une copie de tous les documents ajoutés à Mendely dans un seul dossier Sort files into subfolders (tri des fichiers en sous-dossiers): Permet de créer une structure de dossiers basée sur les détails des documents sélectionnés. Rename document files (renommer les fichiers): Permet de renommer les PDFs en noms 15

16 pertinents: auteur, journal, année, title Dédoublonner (Check for Duplicates): Chemin: Tools >Check for duplicates Affichage des doublons trouvés Demande de confirmation de la fusion des références Pour mettre en évidence les documents compris dans la base bibliographique, il est possible d'indiquer si ceux-ci ont été lus, non-lus, de les indiquer en tant que favoris ou comme nécessitant une relecture. Chemin: Clic droit sur le document > Mark as > Sélectionner l'option que l'on souhaite 16

17 Ils apparaîtront ensuite notamment dans la liste des favoris. L'export des références par mail est possible: Sélectionner les références (ctrl+clic) > Clic droit sur la sélection > Entrer l'adresse mail dans la fenêtre de dialogue Ouvrir le dossier dans lequel est situé le document: Cette option ouvre l'url du document. Pour renommer et formater la citation: Chemin : Clic droit sur le document > Open Folder Chemin: Clic droit > Rename document Files > Sélection du séparateur > Sélection des éléments qui composent la citation Rechercher ses documents Ce moteur de recherche permet la recherche par: auteurs, titres, noms de la publication, 17

18 année, notes Filtrer ses références (Filter) En cliquant sur cette icône, il est possible de filtrer les références par: auteurs mots-clés (tags) revues mots-clés de l'auteur Synchroniser Pour débuter la synchronisation entre la solution web et la solution locale : cliquer sur l'icône Sync. 4. La bibliographie Mendeley est compatible avec les deux traitements de texte: le pack office et Libre Office Installation du plugin Mendeley pour traitement de texte (Libre Office) Chemin: Tools >Install LibreOffice Plugin Une fois installée, la barre d'outils de Mendeley est visible dans le document: 18

19 4.2. Insérer les références Il y a plusieurs manières d'insérer les références, à partir de la barre d'édition de références, ou à partir du logiciel. Pour insérer une citation à partir de la barre d'outils: Cliquer sur le bouton «Insert Citations». >taper un mot-clé >choisir une référence dans la barre >sélectionner la référence souhaitée >entrée Pour insérer des références directement dans la base bibliographique: Chemin: > Cliquer sur l'option «Go to Mendeley» > Choisir la citation > Cliquer sur «Cite» Pour insérer la référence en la sélectionnant, clic droit sur celle-ci, option «copy citation», Puis ctrl + v. Pour coller des références dans le presse-papiers : Menu View > Cocher le champ «library as citations» > Sélectionner la référence puis ctrl+v 19

20 Pour insérer des références en bas de page: Menu Insertion de LibreOffice, > Note de bas de page / de fin > Insert citation > Go To Mendeley > Cite > La référence est insérée Pour enlever les modifications: placer le curseur sur la référence que l'on veut enlever, puis cliquer sur le bouton «undo edit» Insérer une bibliographie Pour insérer une bibliographie dans le document, il faut cliquer sur le bouton «Insert bibliography». Pour que l'insertion de bibliographie fonctionne, il faut préalablement insérer des références Gérer, installer et choisir le style de formatage bibliographique Pour choisir le style d'export, cliquer sur le bouton «Choose citation style» Installed : permet de sélectionner le style de formatage souhaité Get More styles : permet de choisir le style à installer 20

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