Liste d exercices pour le TP 4

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1 Liste d exercices pour le TP 4 MBIOB131 (partie J. Jamart): chapitres I, II et III Avril 2016 La grippe Selon l Organisation Mondiale de la Santé (OMS), la grippe se définit comme une infection virale qui touche principalement le nez, la gorge, les bronches, et éventuellement les poumons. L infection dure en général une semaine environ et se caractérise par l apparition brutale d une forte fièvre, des myalgies, des céphalées, un mauvais état général, une toux sèche, une gorge irritée et une rhinite. Le virus se transmet facilement d une personne à l autre par l intermédiaire des microgoutelettes et des particules excrétées par les sujets infectés lorsqu ils toussent ou éternuent. La grippe tend à se propager rapidement en épidémies saisonnières. La plupart des sujets atteints guérissent en une ou deux semaines sans traitement médical. Mais chez les sujets très jeunes, les personnes âgées et les malades souffrant de pathologies graves, elle peut provoquer de graves complications des pathologies concomitantes, la pneumonie et la mort (OMS - Thèmes de santé : la grippe). Question 1 Même dans les pays développés, l impact d épidémies de grippe peut être important. Cependant, le test diagnostique classique basé sur des symptômes peu spécifiques tels que la fièvre, la toux ou le mal de gorge présentent des sensibilité et spécificité relativement faibles. Des chercheurs tentent donc de mettre au point des nouveaux tests diagnostiques basés sur la détection d antigènes viraux. Des individus sains et d autres souffrant de la grippe ont passé un de ces tests diagnostiques nommé QuickView Influenza Test. A partir des caractéristiques de la grippe, sur quel paramètre jugeriez vous la qualité de ce test? Pourquoi? Calculez-le et mesurez son intervalle de confiance. Lors d une épidémie de grippe, la prévalence de la grippe peut être de 5%. Calculez les valeurs prédictives sur base de cette prévalence, comparez ces valeurs à celles de votre échantillon. Données Test diagnostique (en ligne), Etat du patient (en colonne). 1

2 Question 2 Le test diagnostique de la grippe plus classique reste cependant le plus utilisé actuellement. Ce test se basant sur des symptomes peu spécifiques peut aboutir à des diagnostics incertains. Sur base des données suivantes, estimez la sensibilité et la spécificité du test diagnostique classique. Expliquez pourquoi certains résultats sont incertains. Comment allez-vous les prendre en compte dans l estimation de ces paramètres? Données ? Test diagnostique (en ligne), Etat du patient (en colonne). Le SIDA Le syndrome d immunodéficience acquise (SIDA) est une maladie infectieuse provoquée par le virus de l immunodéficience humaine (VIH). En s attaquant principalement aux lymphocytes T4 auxiliaires (CD4+), le virus affaiblit le système immunitaire des personnes infectées les rendant particulièrement sensibles l action d un grand nombre d agents pathogènes. Une des particularités de l infection est de ne pas induire de symptômes spécifiques. Les premiers signes cliniques apparaissent quelques mois après l infection, mais elle peut aussi rester latente des années chez certaines personnes, permettant au virus de se propager largement. Ceci constitue un des obstacles majeurs aux tentatives menées pour enrayer l épidémie de SIDA Question 3 Un médicament connu sous l appellation AZT (zidovudine) a prouvé son efficacité dans le traitement des personnes infectées par le VIH atteintes du SIDA ou aux patients asymptomatiques porteurs du VIH présentant un faible taux de lymphocytes CD4+. Des chercheurs ont mené une étude afin de déterminer si le médicament pouvait aussi aider des patients asymptomatiques avant que leur taux de lymphocytes CD4+ ne diminue. A cet effet, ils ont sélectionné des adultes porteurs sains du VIH et leur ont administré soit de l AZT, soit un placebo. Ils ont suivi ces patients durant trois ans, par le contrôle de l apparition de symptômes et la mesure du taux de lymphocytes CD4+. Quelles conclusions pouvez-vous tirer de cette étude concernant l effet de l AZT chez des sujets asymptomatiques infectés par le VIH? Peut- on affirmer que prendre de l AZT (individus exposés dans ce cas) a comme effet d empêcher l apparition des symptômes du SIDA? Détaillez votre raisonnement. La conclusion serait-elle la même si l échantillon était beaucoup plus grand? Expliquez. 2

3 Données Prise AZT (en ligne), Apparition de symptomes (en colonne). Question 4 Afin d éviter la transmission du virus HIV des mères à leur enfant lors de la naissance, des chercheurs ont développé en Inde, une technique diagnostique alliant fiabilité et rapidité, destinée au dépistage d une séroconversion chez les mères juste avant l accouchement. Contrairement aux tests déjà commercialisés qui se pratiquent sur le plasma, ce nouveau test permet de contrôler les mères à partir d un échantillon de salive ou de sang complet prélevé par une piqûre au bout du doigt. La fiabilité de ce test repose sur sa sensibilité, mais aussi sa spécificité afin d éviter un traitement rétroviral préventif inapproprié des nouveau-nés. D après les données dont vous disposez qui portent sur une année d analyses comparatives entre tests dits rapides et tests dits conventionnels, calculez les paramètres résumés associés à ces nouveaux types de test. Parmi ces paramètres, quel est celui qui résume le mieux la fiabilité et la précision de ce test? Données Test diagnostique (en ligne), Etat du patient (en colonne). Question 5 Les patients infectés par le HIV peuvent présenter des problèmes neurologiques importants et, notamment, des démences associées à HIV. Cette démence peut-être un des premiers signes du développement du SIDA. Elle peut donc apparaître avant que le traitement anti-rétroviral soit lancé or le traitement des individus de manière plus précoce pourrait diminuer ces démences. Dans ce contexte, une équipe de chercheur tente de mettre au point un test diagnostique permettant au personnel soignant (non-médecin) de diagnostiquer efficacement ces démences. Afin d évaluer ce système, ils ont sélectionné trente patients séropositifs dans une région de l Ouest du Kenya. Ces patients ont été soumis au test diagnostique en développement puis ont été envoyés chez des médecins pour subir un second diagnostic. A l aide des données dont vous disposez, que pouvez-vous dire de la concordance entre le test diagnostique en développement réalisé par le personnel soignant (=Diagnostic A) et l examen clinique réalisé par des médecins (=Diagnostic B). Données

4 Diagnostic personnel soignant (en ligne), Diagnostic médecins (en colonne). Le cancer de la prostate Dans la plupart des pays occidentaux, le cancer de la prostate est la pathologie tumorale la plus fréquente, tout sexe confondu. Il résulte du développement d une tumeur maligne dans cette glande de l appareil reproducteur masculin, située à l intersection des voies urinaire et génitale juste en-dessous de la vessie, à l avant du rectum. Le cancer peut rester localisé à la prostate ou envahir les organes voisins : vésicules séminales, vessie, rectum, les ganglions lymphatiques situés à proximité dans le bassin ainsi que d autres organes plus éloignés, comme les os et les poumons. Le cancer de la prostate évolue généralement très lentement. Il peut parfois ne causer aucun symptôme, et donc ne pas être détecté. Au contraire, il peut aussi se développer très rapidement et se propager au-delà de la prostate. L étiologie du cancer de la prostate reste mal comprise. Il ne fait cependant aucun doute que la survenue de la maladie est la résultante complexe entre facteurs génétiques de susceptibilité, hormonaux et environnementaux. Si de grands progrès ont été réalisés sur le plan thérapeutique au cours des dernières décennies, par contre peu d avancées ont été constatées concernant l identification de facteurs de risque. Ceci limite les possibilités d actions préventives à l encontre de cette maladie. Question 6 Dans ce contexte, une étude épidémiologique menée en Australie étudie entre autres facteurs de risques potentiels, l influence des vapeurs de diesel sur la survenue du cancer de la prostate pour une population d hommes âgés entre 40 et 75 ans. Les chercheurs ont sélectionné un groupe d individus atteints du cancer et un autre pas. Ils ont interrogé ces hommes afin de savoir s ils avaient été exposés ou non aux vapeurs de diésel. Selon les résultats de cette enquête, pouvez-vous conclure que l exposition aux vapeurs de diesel augmente de manière significative le risque de développer un cancer de la prostate? Détaillez votre raisonnement. Données Exposition aux vapeurs de diesel (en ligne), Etat du patient (en colonne). Question 7 Le cancer de la prostate peut être suspecté par le dosage sanguin d une protéine jouant un rôle majeur dans la liquéfaction du liquide séminal, protéine appelée antigène spécifique de la prostate (PSA) et produite par cette glande. Cet antigène circule librement dans le sang ou se lie à d autres protéines comme l alpha-1-chymotrypsine protéine. Un taux de PSA total inférieur à 4ng/ml est estimé normal. Plus le taux de PSA est élevé plus le risque de cancer est important. Le test de référence dans le diagnostic du cancer de la prostate est relativement lourd puisqu il 4

5 implique une biopsie. Dans ce contexte, l évaluation de nouveaux tests diagnostiques peut-être biaisée. En vue d évaluer un test immuno-enzymatique de dosage de la PSA, des chercheurs ont soumis des patients à ce test diagnostic. Une partie des patients a ensuite subi une biospie dans le but de vérifier s ils avaient réellement un cancer ou non. A partir des valeurs observées chez des personnes âgées de plus de 60 ans, calculez la sensibilité et la spécificité du test immuno-enzymatique destiné à doser la PSA. Quels sont les patients qui ont généralement subi une biopsie de confirmation pour le cancer de la prostate? Expliquez. Données Non-vérifié Test immuno-enzymatique (en ligne), Etat du patient (en colonne). La toxoplasmose La toxoplasmose est une zoonose (infection transmise par les animaux) due à un parasite : Toxoplasma gondii, pouvant évoluer sous forme latente (infection toxoplasmique) ou sous forme évolutive (maladie toxoplasmique). La transmission à l homme se fait par le contact avec les excréments de chats (son hôte de reproduction), avec de la terre contaminée (donc aussi en consommant des légumes crus mal nettoyés) ou par l ingestion de viande mal cuite. En France, 40 à 45 % de la population a fait la toxoplasmose. Cette maladie bénigne est souvent asymptomatique pour un individu sain. Mais les conséquences d une contamination chez un individu immunodéprimé sont plus graves. Un abcès peut se former au niveau du cerveau et engendrer des troubles neurologiques (paralysie, épilepsie, etc.) Chez la femme enceinte en primoinfection le risque de transmission au foetus est possible avec de plus ou moins graves conséquences pathologiques. Plus la contamination est précoce dans la grossesse plus les conséquences sont graves mais avec un risque peu élevé de transmission au foetus. Plus la grossesse est avancée lors de la contamination plus le risque est grand de transmettre le parasite au foetus avec des séquelles essentiellement oculaires. Question 8 Parfois, lors de la mise au point d un test diagnostique, le test de référence classant les patients comme malades ou sains possède des sensibilités et spécificités inférieures à 1. En vous basant sur les données suivantes, dont l état du malade a été évalué à l aide d un test ELISA (sensibilité de 97 % et spécificité de 75 %), recalculez la sensibilité et la spécificité de la PCR pour le diagnostic de la toxoplasmose. Quel est l impact de l imperfection du test ELISA sur la sensibilité et spécificité de la PCR? 5

6 Données PCR (en ligne), Elisa (en colonne). 6