Deposit form/fiche de dépôt Bacteria/ Bactéries

Transcription

1 Deposit form/fiche de dépôt Bacteria/ Bactéries Strain Collection Number / Numéro de collection de la souche Other collection numbers / Autres numéros de la collection Name / Nom Intrasubspecific name / Nom intrasubspécifique Type of strain (or Strain type) / Type de souche For type of strains, indicate authors and validation list / Pour chaque type de souche, indiquer les auteurs et la liste de validation Basonym(s) or synonym(s) / nom(s) d'origine ou synonyme(s) Restrictions on distribution / Restrictions de distribution Name of the depositor / Nom du déposant History of deposit / Historique de dépôt Isolated from / Isolé à partir de : - geographical origin area / localisation géographique - year / année Conditions for growth : temperature, medium, atmosphere / Conditions de culture : température, milieu, atmosphère Properties / Propriétés Taxonomic comments (serotypes, serovar, biotypes ) / commentaires taxonomiques (sérotype, sérovar, biotypes...) Literature / Publications Gene (s) / Gène (s) Accession number / Numéro d'accession Further information / Informations complémentaires

2 Release form/fiche de cession Bacteria/ Bactéries Minimum data set Strain identity/ identité de la souche Viability / Viabilité Purity / Pureté Conditions for growth (Temperature, Time, Requirement) / Conditions de culture (Température/Durée/ Exigence) Culture appearance in liquid or solid medium /Aspect de la culture en milieu solide et en milieu liquide Microscopic aspect before and after coloration / Aspect microscopique (avant) et après coloration Preservation conditions (liquid nitrogen, -80 C, room température...) / Mode de conservation (azote liquide, -80 C, température ambiante...) Hygiene and Safety form/ Fiche Hygiène et Sécurité MOT Strain/Souche MOT Yes / Oui No / Non GMO Strain / Souche OGM Yes / Oui No / Non Quarantin organismes /Organismes de quarantaine Yes / Oui No / Non Groupe de risque pathogène (E.U Council Directive 2000/54/EC (Official Journal No L 262, 17/10/2000, p 21-45) on the protection of workers from risks related to exposure to biological agents at work. Organisme de quarantaine Directive européenne 2008/61/CE. Micro-organismes pathogènes et toxines (MOT) (Journal Officiel de la République Français. Arrêté du 26 avril 2012 fixant la liste des micro-organismes et toxines prévue à l article L du code de la santé publique qui abroge celui du 30 juin 2010). Cet arrêté est remplacé par l'arrêté DU 30 AVRIL 2012 FIXANT LA LISTE DES MICRO- ORGANISMES ET TOXINES PRÉVUE À L ARTICLE L DU CODE DE LA SANTÉ PUBLIQUE Organismes génétiquement modifiés (OGM) (Journal Officiel de la République Française. Arrêté du 27 décembre et décret n du 27 mars 1993.

3 Release form/fiche de cession Bacteria/ Bactéries Maximum data set Collection accession number / Numéro d'accession à la collection de la souche Other culture collection numbers / Numéros d accession dans d autres collections Name / Nom Intrasubspecific name / Nom intrasubspécifique Type of strain / Type de souche For type of strains, indicate authors and validation list / Pour chaque type de souche, indiquer les auteurs et la liste de validation Viability / Viabilité Purity / Pureté Conditions for growth (Temperature, Time, Requirement) / Conditions de culture (Température/Durée/ Exigence) Culture appearance in liquid or solid medium /Aspect de la culture en milieu solide et en milieu liquide Microscopic aspect before and after coloration / Aspect microscopique (avant) et après coloration Preservation conditions (liquid nitrogen, -80 C, room température...) / Mode de conservation (azote liquide, -80 C, température ambiante...) Respiratory type (gaz production) / Type respiratoire (production de gaz) Biochemical properties or /serology, if appropriate / Propriétés biochimiques / éventuellement sérologie (à définir au cas par cas) 16S rdna sequence or sequence of other genes allowing the identification/ Séquence ADNr 16S ou sequence d autre(s) gène(s) permettant l identification Specific PCR results, if necessary / Résultat de PCR spécifiques selon le cas Capsule, toxin presence, if necessary / Présence de capsule, toxine,.selon les cas Profile of antibiotic resistance, if necessary / Profil d antibio-résistance selon le cas Mass spectrometry result, if necessary / Résultat de spectrométrie de masse selon le cas

4 Hygiene and Safety form/ Fiche Hygiène et Sécurité MOT Strain/Souche MOT Yes / Oui No / Non GMO Strain / Souche OGM Yes / Oui No / Non Quarantin organismes /Organismes de quarantaine Yes / Oui No / Non Groupe de risque pathogène (E.U Council Directive 2000/54/EC (Official Journal No L 262, 17/10/2000, p 21-45) on the protection of workers from risks related to exposure to biological agents at work. Organisme de quarantaine Directive européenne 2008/61/CE. Micro-organismes pathogènes et toxines (MOT) (Journal Officiel de la République Française.) Organismes génétiquement modifiés (OGM) (Journal Officiel de la République Française. Arrêté du 26 avril 2012 fixant la liste des micro-organismes et toxines prévue à l article L du code de la santé publique qui abroge celui du 30 juin 2010.

5 Deposit form/fiche de dépôt Fungi/ Champignons Strain associated data recorded at deposit/ Données associées à la souche au dépôt Date of receipt / Date de réception : Depositor (name, details)/ Déposant (nom, coordonnées) : Deposit form / Contrat de dépôt Consortium agreement / Accord de consortium Research project (specify)/ Projet de recherche (préciser) : Other (specify) / Autre (préciser) : Biosafety : Risk group / Classe de risque : Toxinogen strain / Souche MOT Quarantine organism / Organisme de quarantaine GMO / Souche OGM Country of origin / Pays d origine : Prior Informed Consent / Accord des autorités du pays d origine Isolated from (specify) / Isolée de (préciser) : Environment / Environnement : Human / Humain : Animal / Animal : Other / Autre : Status / Statut : Strain n / N de la souche: Other accession n / N d accession dans une autre collection : Taxon name/ Taxon : Isolated by / Isolée par : Isolation date / Date d isolement : Identified by / Identifié par : Supplementary data / Données supplémentaires: Properties /propriétés : Quality control / Contrôles qualité

6 No / Non Yes, specify / Oui, préciser : Viability / Viabilité : Purity / Pureté : Characteristics /Caractéristiques: Morphology / Morphologie : Physiology / Physiologie : Molecular data/ Données moléculaires : Strain accession n / N d acquisition de la souche : Taxon name / Taxon : Growth conditions / Conditions de culture : Medium /Milieu: Temperature / Température : Potential supplementary data / données supplémentaires eventuelles: Storage, Packaging / Conservation, Conditionnement Storage / Conservation : Slant agar /gélose inclinée Cryopreservation / Cryoconservation Freeze dried / Lyophilisé Sample packaging / Conditionnement de l échantillon : References/ Données bibliographiques

7 Release form/fiche de cession Fungi/ Champignons Strain number / N de souche : Other collection number / N dans une autre collection : Taxon name / Taxon: Status / Statut : Origin / Origine : - Country / Pays : - Isolated from, specify / Isolée de, préciser : Human / Humain : Animal / Animal : Environment / Environnement : Other / Autre : Recommended growth conditions / Conditions de culture recommandées: - Growth medium/ Milieu de culture : - Temperature / Température : - Requirements/ Exigences : Biosafety / Biosécurité Risk group, specify /Classe de risque, préciser: GMO / Souche OGM Toxinogen strain / Souche MOT Quarantine strain / Organisme de quarantaine Further information (optional)/ Données supplémentaires (facultatifs) Synonyms / Synonymes : History / Histoire: Date of isolation / Date d'isolement : Isolated by / Isolée par : Identified by / Identifiée par : Sequence accession n / N d accession des sequences : Sample origin / Origine du prélèvement :

8 Deposit form/fiche de dépôt Protozoa/ Protozoaire Depositor identification/ Identification du déposant Name of the depositor / Nom du déposant : Address, phone number, / Adresse, n de téléphone, Name of the manager / Nom du responsable: Reception Date / Date de réception : Transfer agreement/ Contrat de dépôt: Consortium agreement/accord de consortium: History, circumstances and type of deposits in biobank /Circonstances et type de dépôts en biobanque : Sample collected for a research project / Echantillon collecté lors d un projet de recherche : Name of the project / Nom du projet : Name and address of the project manager or coordinator / Nom et adresse du responsable du projet : Rests of a sample addressed to a laboratory for analysis purpose and add to a collection, specify / Restes de prélèvement adressés à un laboratoire dans un but d analyse et conservés dans une collection, préciser : Deposit type / Type de dépôt : Gift / Don : Distribution exclusively / Distribution seulement : Distribution Restrictions (specify) / Restrictions à la distribution (préciser) : Origin of the strain/ Provenance de la souche Origin / Provenance Isolated by / Isolated by: Sampling or isolation date / Date du prélèvement ou isolement : Origin of the sampling / Origine du prélèvement : Geographic origin Country of isolation / Origine géographique pays d isolement: Accord des autorités du pays d origine/prior Informed Consent : Nature / nature : Environment, to be specified/ Environnement, préciser : Human, to be specified / Humain, préciser : Animal, to be specified / Animal, préciser : Sample identification and description/ Identification et description de l échantillon Sample / Echantillon

9 Element name, genus and species / Nom du protozoaire, genre et espèce : Stage / Forme : Identified by / Identifié par : Nom de la souche déposée/deposit name : N de référence de la souche déposée/deposit reference n : Accession number in another collection (specify which collection) / N dans une autre collection (préciser de quelle collection il s agit) : Properties /propriétés : Sample quality controls performed by the depositorr Contrôles de qualité effectués par le déposant No / Non Yes, specify / Oui, préciser : Techniques used for identification / Techniques d identification utilisées : Morphology, results / Morphologique, résultats : PCR, specify: / PCR spécifique, préciser : Sequencing, genotyping, specify, results /Séquençage, génotypage, préciser, résultats : Other techniques, specify / Autres techniques d identification, préciser : Protozoa load of the sample / Charge de l échantillon en protozoaire : Between / Entre. and / et ml To be specified according to the specific method used to obtain the isolate (eg. number of parasites by aliquots multiplied in cell culture) A préciser selon le mode d obtention de l isolat (ex. nombre de parasites par aliquots multipliés en cultures cellulaire) : Viability (specify the method used to assess viability) / Viabilité (préciser le mode d évaluation de la viabilité): Purity, specify / Pureté, préciser : Culture conditions / Conditions de culture : Medium / Milieu: Temperature / Température : Duration / Durée : Requirement / Exigence : Storage, Packaging and Transport / Conservation, Conditionnement et Transport Conditions of sample storage / Conditions de conservation de l échantillon : Temperature / Température : Others/Autres : Sample packaging for the transport/ Conditionnement de l échantillon pour envoi : Maximal delay before reception / Exigences de délai pour la réception? Yes, specify / Oui, préciser : No / Non Identification of the strain : biological tests performed for identification

10 Identification de la souche : techniques utilisées pour l identification Morphology / morphologie : Macroscopic / macroscopique : Microscopic / microscopique : Growth / culture : Macroscopic aspect of the culture / Aspect macroscopique de la culture : Microscopic aspect of the culture / Aspect microscopique de la culture : Identification through molecular biology testings, specify / Identification par techniques de biologie moléculaire, préciser : Genotyping of the strain/ genotypage de la souche : No / Non Yes, specify conditions and results of genotyping (eg. microsatellites)/ Oui, préciser les conditions et résultats : Origin of the strain / supplementary data/ Origine de la souche / supplementary data Nature of the sampling / Nature du prélèvement Biopsy, specify/ Biopsie, préciser : Puncture liquid, specify / Liquide de ponction, préciser : Blood culture / Hémoculture : Others, specify : / Autres, préciser : If sampled during an infectious disease/ Si isolement au décours d une pathologie infectieuse Diagnosis / Diagnostic principal : Associated diagnoses / Diagnostics associés : Diagnosis circumstances / Circonstances diagnostiques : Contamination circumstances / Circonstances de la contamination : Resistance profile, if tested / Profil de résistance selon le cas : Treatments / Traitements administrés : Evolution : Clinical Evidence resolution /Résolution des signes cliniques : No / Non Residual signs / Séquelles : No / Non Yes, specify / Oui, préciser If environmental sample/ si échantillon de l'environnement Yes / Oui For an environmental origin / Pour une souche de l environnement : Geographical location (region, municipality ) / Localisation géographique (région, commune ) : Housing environment /Habitat, Biotope : Quality control performed by the biobank/ Contrôles qualité effectués par la biobanque No / Non Yes, specify / Oui, préciser : Viability (specify the method used to assess viability) / Viabilité (préciser le mode d évaluation de la viabilité) : Purity, specify / Pureté, préciser : Techniques used for identification / Techniques d identification utilisées : Morphology, results / Morphologique, résultats :

11 PCR, specify: / PCR spécifique, préciser : Sequencing, genotyping specify, results /Séquençage, génotypage, préciser, résultats : Other techniques, specify / Autres techniques d identification, préciser : Protozoa load of the sample / Charge de l échantillon en protozoaire : Between / Entre. and / et ml To be specifed according the specific method used to obtain the isolate (eg. number of parasites by aliquots multiplied in cell culture) A préciser selon le mode d obtention de l isolat (ex. nombre de parasites par aliquots multipliés en cultures cellulaire) : Culture conditions / Conditions de culture : Medium : Temperature / Température : Duration / Durée : Requirement / Exigence : Search for mycoplasma when cell cultures? / Recherche de mycoplasmes si cultures cellulaires? Yes, specify / Oui, préciser : No / Non References/ Données bibliographiques Health and Safety/ Hygiène et sécurité Classe de risque/risk group: Souche MOT/Toxinogen strain Organisme de quarantaine/quarantine organism Souche OGM/ GMO Groupe de risque pathogène (E.U Council Directive 2000/54/EC (Official Journal No L 262, 17/10/2000, p 21 45) on the protection of workers from risks related to exposure to biological agents at work. lex.europa.eu/lexuriserv/lexuriserv.do?uri=oj:l:2000:262:0021:0045:fr:p) Organisme de quarantaine Directive européenne 2008/61/CE. Micro organismes pathogènes et toxines (MOT) (Journal Officiel de la République Française. Arrêté du 30 juin 2010 fixant la liste des micro organismes et toxines prévue à l article L du code de la santé publique) Organismes génétiquement modifiés (OGM) (Journal Officiel de la République Française. Arrêté du 27 décembre et décret n du 27 mars Requirements or restriction for distribution / Conditions requises ou restriction pour la distribution : Yes No

12 Release form/fiche de cession Protozoa/ Protozoaire Applicant identification /Identification du demandeur Name of the applicant / Nom du demandeur: Application date / Date de la demande: Address, phone number, / Adresse, n de téléphone, Name of the scientist/ Nom du chercheur: Name of the responsible person / Nom du responsable administratif: Biobank (provider) identification / Identification de la biobanque fournissant les échantillons Biobank name / Nom de la biobanque: Address, phone number, / Adresse, n de téléphone, Name of the biobank contact / Nom de la personne chargée des collections : Sample Identification and description/identification et description de l échantillon Sample / Echantillon Accession number / N de souche : Accession number in another collection (specify which collection) / N dans une autre collection (préciser de quelle collection il s agit) : Element name / Nom du protozoaire: Stage / Forme : Date of transfer /Date de cession: Date of isolation / Date d'isolement de la souche : Country of isolation / Pays d origine : Protozoa load of the sample / Charge de l échantillon en protozoaire : Between / Entre. and / et ml To be specified according the specific method used to obtain the isolate (eg. number of parasites by aliquots multiplied in cell culture) A préciser selon le mode d obtention de l isolat (ex. nombre de parasites par aliquots multipliés en cultures cellulaire) : Viability (specify the method used to assess viability) / Viabilité (préciser le mode d évaluation de la viabilité) : Conditions for growth, substrate or host / Mode de culture utilisé : Culture conditions / Conditions de culture : Temperature / Température : Duration / Durée : Requirement / Exigence :

13 Search for mycoplasma when cell cultures? / Recherche de mycoplasmes si cultures cellulaires? Yes, specify / Oui, préciser : No / Non Storage, Packaging and Transport / Conservation, Conditionnement et Transport Conditions of storage of the sample/ Conditions de conservation de l échantillon : Temperature / Température : Others : Storage time /Durée de conservation: Sample packaging for the transport / Conditionnement de l échantillon pour envoi : Maximal delay before reception / Exigences de délai pour la réception? Yes, specify / Oui, préciser : No / Non Identification of the strain : biological tests perfomed for identification Identification de la souche : techniques utilisées pour l identification Morphology / morphologie : Macroscopic / macroscopique : Microscopic / microscopique : Growth / culture : : Macroscopic aspect of the culture / Aspect macroscopique de la culture : Microscopic aspect of the culture / Aspect microscopique de la culture : Identification through molecular biology testings, specify / Identification par techniques de biologie moléculaire, préciser : Genotyping of the strain/ genotypage de la souche : No / Non Yes, specify conditions and results of genotyping (eg. microsatellites)/ Oui, préciser les conditions et résultats : Origin of the strain/ Provenance de la souche Origin / Provenance Date of isolation / Date d'isolement de la souche : Origin of the sample / Origine du prélèvement : Geographic origin Country of isolation / Origine géographique pays d isolement : Nature / nature : Human, specify / Humain, préciser : Animal, specify / Animal, préciser : Environment, specify/ Environnement, préciser : Nature of the sampling / Nature du prélèvement Biopsy, specify / Biopsie, préciser : Puncture liquid, specify / Liquide de ponction, préciser : Blood culture / Hémoculture :

14 Others, specify / Autres, préciser : Sample quality controls/ Contrôles qualité des échantillons Quality control performed by the biobank/ Contrôles qualité effectués par la biobanque Yes, specify/ Oui, préciser : Techniques used for identification / Techniques d identification utilisée : Morphology, results / Morphologique, résultats : PCR, precise: / PCR spécifique, préciser : Sequencing, genotyping precise, results /Séquençage, génotypage, préciser, résultats : Other techniques, precise / Autre technique d identification, préciser : Search for mycoplasma when cell cultures? / Recherche de mycoplasmes si cultures cellulaires? Yes, specify/ Oui, préciser : No / Non Protozoa load of the sample / Charge de l échantillon en protozoaire : Between / Entre. and / et ml To be specified according the specific method used to obtain the isolate (eg. number of parasites by aliquots multiplied in cell culture) A préciser selon le mode d obtention de l isolat (ex. nombre de parasites par aliquots multipliés en cultures cellulaire) : Viability (specify the method used to assess viability) / Viabilité (préciser le mode d évaluation de la viabilité): Purity, specify / Pureté, préciser : Health and Safety/ Hygiène et sécurité Risk group: to be specified /Classe de risque à préciser: Souche OGM/ GMO Groupe de risque pathogène (E.U Council Directive 2000/54/EC (Official Journal No L 262, 17/10/2000, p 21-45) on the protection of workers from risks related to exposure to biological agents at work. Organismes génétiquement modifiés (OGM) (Journal Officiel de la République Française. Arrêté du 27 décembre et décret n du 27 mars Requirements or restriction for distribution / Conditions requises ou restriction pour la distribution : Yes No

15 Deposit form/fiche de dépôt Virus Scientific virus strain complete name / Nom scientifique complet de la souche Accession number /numéro d'accession Strain BRC number and name or number used by the depositor / Numéro CRB de la souche et nom ou numéro utilisé par le déposant : Equivalences (in others official collections) / Equivalences (dans d autres collections officielles) : If the strain has been described in the literature, please, write the references of the publications / Si la souche a été décrite dans la littérature, merci de bien vouloir citer les références bibliographiques associées : Sample date / Date du prélèvement : Origin of the sample / Origine du prélèvement Environment, specify / Environnement, préciser Human, specify / Humain, préciser Animal, specify / Animal, préciser Other, specify / Autre, préciser Sample nature / Nature du prélèvement : biopsy / biopsie tissue, specify / tissu, préciser Poncture fluid, specify / liquide de ponction, préciser Hemoculture / Hémoculture Others, specify / Autres, préciser Original host / hôte originel History of deposit / Historique du dépôt Isolated from / Isolé à partir de - geographical origin area / localisation géographique - year / année Serotype / sérotype Main diagnosis / Diagnostic principal Associated Diagnosis / Diagnostics associés Diagnostic circumstances / Circonstances diagnostiques If isolation for an infectious pathology fall/ Si isolement au décours d une pathologie infectieuse Treatment, il necessary / Traitement administré (éventuellement) :

16 Release form/fiche de cession Virus Viability (Test infectivity to indicator hosts and propagation hosts) / Viabilité (test d'infectiosité pour les hôtes indicateurs et les hôtes de propagation) La viabilité peut être très différente de l infectiosité : une viabilité peut être évaluée par une quantification avant et après culture par exemple (CC) Conditions for growth / Conditions de culture - Cell lines used / Lignées cellulaires utilisées : - Medium (give formulation if possible) /Milieu (joindre la formule au présent document si possible) : - Other type of support (for example pup brain / Autre type de support (ex : cerveaux de souriceaux, etc.) : - Written protocol for this situation (please, join it) /Protocole établi dans ce cas (à joindre au présent document si possible) - Temperature / Température : - Incubation period /Temps d incubation : - Controlled-atmosphere / Atmosphère contrôlée ex : CO 2 - pourcentage : - Other conditions / Conditions spéciales Preservation conditions (liquid nitrogen, -80 C, room température...) / Mode de conservation (azote liquide, -80 C, température ambiante...) Viral load between and / ml / Charge virale : entre et /m L ou titre viral de la suspension Strain identity and characterisation techniques (Quality control) / Techniques d'identification et de caractérisation (contrôle) de la souche : Protocol titles (operating procedures) / Titre des différents protocoles (modes opératoires) : a) b) c) d) Reaction with specific antisera / Réactions avec des antisérums specifiques Host reaction / réaction de l'hôte Molecular identification / Identification moléculaire : - gene(s) / gène(s) : - primer(s) / amorce(s) : - condition amplification / condition(s) d amplification :

17 Hygiene and Safety form/ Fiche Hygiène et Sécurité Virus pathogenicity class / Classe de pathogénicité du virus : Transport class / Classe de transport : Associated pathologies / Pathologie(s) associée(s) : Transmission way / Mode de transmission : Confinement, operating procedures / Confinement, pratiques opératoires : Desinfection and physical inactivation / Désinfection et inactivation physique : Accidental management / Gestion accidentelle : Other information / Autre information :