Mesurer un objet sur une microphotographie

Transcription

1 Editer des photomicrographies avec échelle dans le cas d un montage de microphotographie sans logiciel dédié.. Téléchargement du logiciel gratuit Télécharger le logiciel à l adresse : Choisir la version platform independent nommée ij147.zip. Décompresser le dossier téléchargé (Extraire tout) dans un dossier de destination. Ouvrir le dossier créé lors de la décompression. Lancer l application en double-cliquant sur le fichier.exe. Remarque : un raccourci de ce fichier peut être créé sur le bureau. Installer la macro Scale Bar Tools for Microscope Dans «Table of contents», cliquer sur «Installation, p2» puis sur «(here)». Le clic sur le lien ouvre un fichier texte. Enregistrer ce fichier texte à l aide de la commande Enregistrer le fichier sous du navigateur internet : sélectionner le dossier de destination //Macros/Toolset (un sous-dossier du dossier ). Fermer les fenêtres puis lancer l application. 1/5

2 Afficher la Scale Bar Tools for Microscopes dans la barre de menu Étendre la barre de menu puis sélectionner Scale Bar Tools for Microscopes La barre de menu comporte maintenant les outils de mesure microscopique. Importer des profils de microscope préétablis Cliquer sur l icône schématisant un microscope et des barres colorées. Sélectionner Install a Demo Microscope Profiles Set dans la barre de menu déroulant. Quelques profils microscope-capteur sont maintenant accessibles par l icône microscope bleu. Ils sont très spécifiques du microscope et du capteur et ne pourront sans doute pas s appliquer au matériel disponible. Ils sont toutefois nécessaires aux opérations suivantes. Étalonnage d un système de photographie non répertorié dans les profils préexistants Remarque : l incorporation d une échelle ou la réalisation de mesures d objets ne peut être réalisée que si la prise de vue utilise toujours le même système d acquisition. S il s agit d un appareil à focale variable, veiller à utiliser toujours la même valeur de zoom et ne jamais changer le format de l image. Étalon : un micromètre objet n est pas indispensable, un hématimètre de Malassez (ou autre cellule de comptage dont les caractéristiques sont connues) peut suffire. Prendre en photo le quadrillage de l hématimètre pour chaque objectif à calibrer. Exemple : calibration d un système microscope-apn à l objectif x40 ; ouvrir la microphotographie correspondante de l hématimètre et les photos à travailler. Avec le menu File >> Open sélectionner la photo sur laquelle sera fait l étalonnage. 2/5

3 Sélectionner l outil trait : tracer un segment de droite entre deux points éloignés d une distance réelle connue. En maintenant le clic gauche, relever la longueur du segment en pixel, indiquée sous la barre de menu (dans l exemple : 464 pixels pour 50 µm). Sélectionner Analyze >> Set scale. Compléter les fenêtres de la boîte de dialogue. Remarque : Cocher la case Global permet de valider l échelle pour les photos ouvertes avant cette configuration. Mesurage de longueurs et incorporation d échelle Sélectionner l outil trait : un segment dessiné donnera un résultat en µm indiqué sous la barre de menu. La hauteur des cellules épithéliales ciliées de la trachée est d environ 80 µm. 3/5

4 Pour incorporer une échelle : Sélectionner Analyse >> Tools >> Scale Bar. Choisir les caractéristiques de l échelle à incorporer à l image. La microphotographie comporte maintenant une échelle et les mesures sont toujours réalisables. L image est éditable dans de nombreux formats. Sa fermeture inclut l étalonnage et permet d autres mesures à sa réouverture. Configuration d un système : modification d un profil existant Faire le même travail que décrit plus haut pour l étalonnage de chaque objectif. Exemple de résultat : 1132 pour 200 µm au X pour 200 µm au X pour 800 µm au X10 Sélectionner l outil édition de profils (entre les deux icônes de microscope) puis Edit & Modify a Microscope Profile. 4/5

5 Ouvrir un profil existant et modifier son nom et les étalonnages d objectifs. Tout devient alors plus facile : à l ouverture d une microphotographie prise sur ce matériel sélectionner le profil par l icône microscope bleu, et sélectionner l objectif utilisé avec l icône échelle comme ci-dessous : l échelle est directement incorporée et les mesures sont réalisables. La préparation de l étalonnage peut paraître longue. Mais une fois faite, toutes les observations photographiées pourront être pourvues d une échelle assez précise et les mesures d objets sont très simples. offre de très nombreuses autres possibilités d analyse d image dans le domaine des biotechnologies. Voir aussi les fiches : - Tracer un profil électrophorétique à partir d une image et mesurer les distances de migration des bandes - Quantifier des fragments d ADN séparés par électrophorèse. 5/5