PROGRAMME DE FORMATION A L UTILISATION DU LOGICIEL R

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Maxence Dupuis
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1 PROGRAMME DE FORMATION A L UTILISATION DU LOGICIEL R Analyses multivariées avec R Vincent RICHARD Unité d épidémiologie Institut Pasteur de DakarRindra Randremanana Unité d'épidémiologie Institut Pasteur de Madagascar

épidémiologie Institut Pasteur de DakarRindra

2 L objectif général de la formation sera d amener les apprenants à progresser dans la découverte et la manipulation de la programmation avec le logiciel R tout en revoyant les principes des analyses multivariées. Chaque journée sera décomposée en deux demi-journées avec une première partie consacrée à la présentation des objets et commandes du logiciel R et aux rappels nécessaires en termes de données et de statistiques pour leur bonne prise en compte avec le logiciel R et une deuxième partie consacrée à une manipulation en autonomie sous forme de Travaux Dirigés accompagnés et d exercices à réaliser seul. La dernière heure de chaque journée sera consacrée à un test d évaluation des connaissances à acquérir au cours de la journée, afin d identifier les points de blocage sur lesquels il serait nécessaire de revenir au début de la journée suivante. Une évaluation finale permettra de vérifier l atteinte des objectifs par chacun des participants et de déterminer sur quels sites il sera possible ou non de proposer ensuite une formation par videoconférence avec l appui des futurs encadrants. En fin de formation une évaluation par chacun des apprenants sera également réalisée de façon anonyme afin de vérifier si la formation a répondu aux attentes des participants. 1

Chaque journée sera décomposée en deux demi-journées avec une première partie consacrée à la présentation des objets et commandes du logiciel R et aux rappels nécessaires en termes de données et de

3 1 JOURNEE RAPPELS SUR LE LOGICIEL R ET REGRESSION LINEAIRE. Rappeler les concepts, le mode de fonctionnement et le langage de programmation utilisé par le logiciel R. Se familiariser avec les principes de régression en partant de la régression linéaire Comment installer le logiciel R et un package sur un ordinateur. Comment définir son répertoire de travail pour faciliter les sauvegardes dans son espace de travail Pourquoi et comment installer un module complémentaire (packages) Utiliser un script pour entrer des commandes sous R Rappeler les objets à manipuler avec R et les règles d écriture à respecter pour l écriture de programme sous R Importer des jeux des données avec R Utiliser les fonctions en lien avec une régression linéaire avec R 2

Comment définir son répertoire de travail pour faciliter les sauvegardes dans son espace de travail Pourquoi et comment installer un module complémentaire (packages) Utiliser un script

4 2 JOURNEE REGRESSION LOGISTIQUE AVEC LE LOGICIEL R Comprendre les principes d'utilisation de la régression logistique Utiliser la régression logistique avec le logiciel R Théorie sur la régression logistique (hypothèse, fonction logit, oods ratio) Concept de biais ou facteur de confusion Effectuer une régression logistique Lire et comprendre les résultats, identifier les facteurs de confusion Interpréter les coefficients Prendre en compte les interactions Comment comparer deux modèles Estimer les paramètres d un modèle OR et IC à 95% 3

ou facteur de confusion Effectuer une régression logistique Lire et comprendre les résultats, identifier les facteurs de confusion

5 3 JOURNEE REGRESSION DE POISSON ET BINOMIALE NEGATIVE AVEC LE LOGICIEL R Comprendre les principes d'utilisation des régressions de Poisson et binomiale négative Utiliser ces régressions l avec le logiciel R Notion de données de comptage dans le temps et lois de distribution de poisson ou binomiale négative Effectuer des régressions de poisson et binomiale négative Lire et comprendre les résultats, Interpréter les coefficients Comment comparer deux modèles Estimer les paramètres d un modèle OR et IC à 95% 4

lois de distribution de poisson ou binomiale négative Effectuer des régressions de poisson et binomiale négative Lire et

6 4 JOURNEE ANALYSES DE SURVIE AVEC LOGICIEL R Comprendre et utiliser les outils en lien avec de données de survie (notion de variable de durée, de variable de suivi) Introduction aux analyses de données de survie: notion de fonction de survie, perdus de vue, censure à droite ) Déclaration des variables de survie avec R Représentation graphique des données de survie Comparaison des courbes de survie (test du log-rank) Modèle de Cox Hypothèse des risques proportionnels Sélection des variables Interprétation des coefficients Estimation et test des coefficients 5

Déclaration des variables de survie avec R Représentation graphique des données de survie Comparaison des courbes de survie (test du

7 5 JOURNEE (AM) SEANCE DE REVISION : ANALYSE DE SURVIE, REGRESSION LOGSTIQUE Asseoir les compétences acquises au cours des séances précédentes Revoir l'ensemble des fonctions utilisées dans R pour les analyses multivariées de la semaine A partir d'exercices basés sur des données d'étude, les participants devront conduire une étude des données depuis l'analyse descriptive puis univariée classique jusqu'à l'analyse multivariée. 5 JOURNEE (PM) EVALUATION DES ACQUIS DE LA FORMATION & EVALUATION DE LA FORMATION 6

d'exercices basés sur des données d'étude, les participants devront conduire une étude des données depuis l'analyse descriptive

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