La dynamique de la recherche I

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1 T La dynamique de la recherche I R a p p o r t d a c t i v i t é

2 SOMMAIRE Introduction P.4 Temps forts 2011 P.9 Quelques chiffres 2011 P.9 Evaluation d'oniris par l'aeres -- Missions de l'aeres Evaluation des unités de recherche -- Principes de l'évaluation -- Résultats Evaluation de l'établissement -- Principes de l'évaluation -- Résultats : une évaluation positive Investissements d'avenir -- Les investissements d'avenir : l'impication d'oniris -- Les investissements d'avenir : les projets retenus -- Investissements d'avenir : projets IDEFI sélectionnés P.10 P.10 P.11 P.11 P.11 P.11 P.11 P.11 P.12 P.12 P.13 P.15 Structuration de la recherche P.16 Physiopathologie Animale et biothérapie du muscle et du système nerveux (PAnTher) P.18 Immuno-Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire (IECM) P.20 Laboratoire d'ingénierie Ostéo-Articulaire et Dentaire (LIOAD) P.22 Qualité osseuse et microenvironnement dans les ostéopathies et modèles animaux P.24 (QOSMOS) Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle (PAPF) P.26 Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction (SSBR) P.28 Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée (AMaROC) P.30 BIOlogie, EPidémiologie et Analyse de Risque en Santé Animale (BIOEPAR) P.32 SECurité des ALIments et Microbiologie (SECALIM) P.36 LABoratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA) P.38 Sensométrie et Chimiométrie (USC) P.42 Nutrition et Endocrinologie (N&E) P.44 Génie des Procédés - Envrironnement - Agroalimentaire (GEPEA) P.46 Laboratoire de Recherche en Gestion et Economie des Industries Alimentaires P.50 (LARGECIA) Plateforme de biothérapie et de physiopathologie animale P.52 Centre de Recherche et d'investigation Préclinique - CRIP P.53 Plateforme de chimie analytique P.54 Halle de Technologie Alimentaire P.55 Plateforme environnementale vétérinaire P.56 Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire P.57 Oniris, un établissement ouvert à l'international -- Renforcer l'appui à l'international P.58 P.59 Partenariats P.60 La recherche à Oniris P Projet : les procédés, les technologies et les sciences de l'homme au service de la P.64 construction de la qualité de l'aliment -- Projet : la recherche vétérinaire au service de la santé animale et humaine P Projet : améliorer les connaissances afin de réduire les risques et privilégier les P.68 impacts favorables de l'alimentation sur la santé La formation à et par la recherche à Oniris P Un parcours recherche grâce au «Passeprt recherche» P Un exemple de parcours constitué de différentes étapes P.71 Les études doctorales à Oniris P Ecole doctorale Biologie Santé P Ecole doctorale SPIGA P Ecole doctorale VENAM P.73 Quelques chiffres concernant la formation doctorale à Oniris P.74 I 2 I 3

3 INTRODUCTION Grand établissement du Ministère de l agriculture et de l agro-alimentaire et ancré dans la Région des Pays de la Loire et la Métropole de Nantes, Oniris développe ses missions de recherche dans le sens d une approche intégrée innovante avec ses missions de formation et de valorisation. La première ambition d Oniris est en effet de former des professionnels de haut niveau capables de répondre aux enjeux internationaux en matière de santé et d alimentation. Plus globalement, Oniris contribue notamment au concept «one medicine, one health» et veut jouer un rôle d appui aux politiques publiques et à la valorisation territoriale dans les champs thématiques traduits par sa signature «santé et alimentation au cœur de la vie». Tout en développant l intersection entre le champ de la santé et celui de l alimentation, l école entretient, notamment dans ses missions de recherche, sa large palette thématique, incluant la santé animale et la santé publique, la clinique et les biotechnologies, les domaines de l agroalimentaire et de l alimentation, le génie des procédés. L attractivité d Oniris est basée notamment sur l originalité de ses formations : aux métiers de vétérinaire. La spécificité de cette formation de pathologistes et de biologistes à Oniris associe les aptitudes acquises par une formation par la clinique, notamment au sein d un Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire de niveau international, à celles résultant d'une formation par la recherche intégrée au cursus. Aux métiers d'ingénieur. Pour diversifier l offre, deux spécialités ont été articulées, la spécialité «agroalimentaire/alimentation» et la spécialité «biotechnologies de la santé». Elles bénéficient d outils professionnalisant, mais aussi de recherche et de valorisation, des halles en conditions quasi-industrielles : la halle de technologie et d innovation alimentaire et la halle des biotechnologies de la santé, le centre Biopractis. Oniris est le premier établissement français dans lequel interagissent des étudiants vétérinaires et des étudiants ingénieurs de l alimentation/agroalimentaire et des biotechnologies de la santé. Tout en demeurant distincts, ces cursus doivent interagir de façon à apporter la valeur ajoutée Oniris visant à une originalité des compétences de nos diplômés qui leur assurent une meilleure employabilité. Ainsi, une des spécificités d Oniris en matière d alimentation, est une approche transdisciplinaire déclinée de l amont à l aval et une intégration des problématiques liées à la sécurité sanitaire tout au long de la filière, au process industriel, à la nutrition/santé, au plaisir, aux sciences humaines et sociales. Cette valeur ajoutée Oniris liée à la synergie des deux cursus, est aussi à l origine de notre nouvelle spécialité «biotechnologies de la santé» qui vise à former des ingénieurs bien armés pour l industrie pharmaceutique de demain. Cette formation comportera une partie pratique importante réalisée dans une plateforme, le centre de formation aux biotechnologies Biopractis, piloté par Oniris, en partenariat avec l Université de Nantes, en lien étroit avec les industries régionales du secteur des biotechnologies et avec le soutien du pôle de compétitivité Atlanpole biothérapies. Cette partie pratique doit s appuyer aussi sur le centre de thérapie génique d Oniris, en lien avec l AFM, le généthon et l INSERM. Au delà d un taux de participation important d Oniris aux appels d offre des investissements d avenir, trois grands programmes innovants viendront en appui d une ambition collective et modifieront en profondeur Oniris dans le sens d une approche intégrée formation-recherche-valorisation. Ainsi, Oniris pilote le programme de formation MANIMAL, labellisé «Initiative d excellence en formations innovantes». Ce programme, en étroit partenariat avec la Faculté de médecine de Nantes, implique également la Faculté de médecine de l Université et l ESA d Angers. Conçu autour du concept «une santé - une médecine», il s'articule autour du couple médecin / vétérinaire formateur pour des biologistes et des ingénieurs. Cette formation, démonstrateur à l'échelon international, est innovante par la pluridisciplinarité de son recrutement, par ses thématiques intersectorielles et par ses choix pédagogiques. Il s'agit de la première formation inscrite dans la logique du concept «One Health» développé par la FAO, l'oms et l'oie. Ce programme doit permettre une structuration lisible et attractive à l international, de Nantes et de la région des Pays de la Loire, sur le thème de la «santé publique et de la sécurité sanitaire et nutritionnelle des aliments». Cette structuration autour de la formation s'appuie sur des unités de recherche labellisées, de sorte qu'oniris doit utiliser ce dispositif pour structurer son activité de recherche dans ce domaine, notamment en s'appuyant sur le prochain CPER, tout en apportant lisibilité et attractivité au dispositif de recherche ligérien. Cette structuration sera basée sur la création de 'l Institut Oniris de santé publique vétérinaire et de sécurité des aliments qui devrait être un des moteurs d'un «Campus ligérien de santé publique et de sécurité sanitaire et nutritionnelle des aliments». Cette structuration serait déterminante afin de mettre en cohérence les volets liés à la formation, à la recherche et aux activités de transfert dans ce domaine. Dans ce campus, les acteurs de santé animale et humaine et de production doivent être rapprochés, par et pour le développement d une démarche intégrée santé-sécurité-production. Ceci permettra aussi de promouvoir les collaborations intersectorielles, les systèmes d alerte et de détection précoces des crises sanitaires et nutritionnelles, d'éclairer les autorités sanitaires et nutritionnelles en matière de prévention et d intervention. Nous concrétiserons aussi un deuxième programme pour lequel Oniris est un élément fédérateur pour contribuer à la structuration de l enseignement supérieur, de la recherche, de la valorisation et de la lisibilité territoriale dans le domaine de l alimentation et contribuer à répondre, en lien avec la plateforme régionale d innovation CapAliment, aux enjeux de développement économique de ce secteur. Ce projet Stud N Food impliquera la création d'un «campus ligérien de l innovation alimentaire» basé sur le potentiel de créativité des étudiants, porté par Oniris, en partenariat avec l'école de Design, Audencia, l'université de Nantes et l'esa d'angers. Grâce à une meilleure formation à la démarche d'innovation et une proximité avec la démarche d'entrepreneurs, les étudiants, des cursus de base jusqu aux doctorats, seront en capacité de mieux répondre aux besoins des entreprises, d'augmenter leur employabilité, voire de développer des entreprises. Ce campus, que nous souhaitons voir appuyé également par une chaire d entreprise, sera décliné grâce à de nouvelles pratiques pédagogiques, une plateforme «Ideosphère» de l'alimentation qui rassemblera les savoirs disponibles sur la thématique de l'alimentation, une plateforme d'innovation ouverte basée sur le «student sourcing». Ce campus, développé en lien avec la CCI, Ligeria et Clusterwest, sera une interface entre les entreprises et le potentiel de créativité étudiante, grâce à des «challenges entreprises», défis lancés aux étudiants par les entreprises afin de lever des verrous technologiques ou I 4 I 5

4 créatifs et à une «bourse aux idées étudiantes». Ce programme structurant régionalement sera articulé avec la participation d Oniris au programme IDEFI national EcoTrophélia sur des objectifs complémentaires. Un troisième programme structurant d Oniris, la création de «l Institut Vétérinaire de Recherche Préclinique», sera développé autour du concept «une santé - une médecine», notamment dans le cadre du futur CPER. Cet ensemble, unique en Europe, apportera un surcroît de visibilité et d attractivité à la recherche préclinique sur les modèles animaux au sein d Oniris et de typicité à la recherche préclinique nantaise et ligérienne. Cet institut développera une démarche intégrée entre les actions liées à la recherche, à la formation et à la valorisation. Il regroupera, physiquement et fonctionnellement, des Unités du département de recherche biomédicale impliquées dans plusieurs programmes des investissements d avenir. Il inclura aussi certains plateaux techniques de la plateforme unique que constitue le «Centre des modèles animaux» résultant du regroupement des deux plateformes de première génération que constituaient le «Centre d investigation préclinique (CRIP)» et le «Centre de Thérapie Génique de Boisbonne». Grâce à ce regroupement de deuxième génération, le «Centre des modèles animaux», rassemble tous les moyens nécessaires aux approches précliniques. L «Institut Vétérinaire de recherche préclinique» inclura également le «Centre de Ressources Biologiques Animales», ainsi que les animaleries expérimentales d Oniris. De plus, cet «Institut Vétérinaire de recherche préclinique» se développera dans un environnement englobant le CHUV d Oniris, ses plateformes et son «Centre Vétérinaire de Lutte Contre le Cancer». En effet, la recherche biomédicale devrait mieux mettre à profit les ressources en pathologie comparée que fournissent les maladies animales spontanées rencontrées dans les consultations du CHUV. Ces maladies des animaux de compagnie et de loisir (chiens, chats, chevaux, primates...), de taille et/ou de physiologie comparables à celles de l homme, ont souvent une homologie avec des maladies humaines et une prévalence qui augmente avec le vieillissement ou les conditions de vie. L internationalisation d Oniris est un élément fort de sa stratégie pour les prochaines années. Un objectif structurant sera de faire en sorte que 25% de nos étudiants soient étrangers. La conséquence est que 25% des cours devront être dispensés en anglais. L internationalisation de nos accueils doctoraux, notamment d étudiants de pays anglophones ciblés, relayée par des accueils post-doctoraux de chercheurs des mêmes pays, constituera un élément important de cette internationalisation. Pour le positionnement de ses activités de recherche, l Ecole poursuivra son implication dans la construction du PRES L UNAM, notamment au travers d actions structurantes régionales dans les domaines de la santé et de l alimentation-agroalimentaire. Nous veillerons à ce que ces actions structurantes développent les transversalités entre ces deux champs thématiques santé. Ces actions seront menées en associant le volet recherche à un volet formation permettant une évolution marquée de l offre d Oniris ainsi qu un développement et une structuration régionale de la carte partenariale des formations. Ces actions bénéficieront de la position d Oniris dans le Pôle de Compétences Ouest du Ministère de l agriculture et de l agro-alimentaire. Quatre axes de nos départements et unités de recherche seront consolidés, en mixité avec l INRA, l INSERM, le CNRS et en partenariat avec l IFREMER et l ANSES : l axe «recherche clinique et biomédicale, modèles animaux» visant à comprendre les mécanismes pathologiques et à produire des traitements innovants de maladies de l animal et de l'homme; l axe «santé publique et santé des animaux d'élevage» visant à répondre à des enjeux de suffisance alimentaire, par la prévention et la gestion de crise en santé animale et humaine et par la prévention de risques biologiques ou chimiques dans la chaîne alimentaire ; l axe «sécurité et qualité de l'aliment» produisant des connaissances et des méthodes permettant d'assurer la production d'aliments de bonne qualité sanitaire et nutritionnelle ; l axe «procédés alimentaires, management et développement durable» visant à la conception et l'évaluation de procédés agro-alimentaires innovants et durables pour produire des aliments répondant aux attentes industrielles et du consommateur. Les actions de recherche d Oniris et ses capacités d appuis sont animées d une volonté de répondre à des objectifs de valorisation, au travers de partenariats avec les entreprises des secteurs de la santé et de l agroalimentaire et d une participation active aux pôles de compétitivité Atlanpole-biotherapies et Valorial. Enfin, le dispositif de formation à la recherche d Oniris a été développé en conduisant l établissement à la délivrance du doctorat. Dans les prochaines années, nous viserons à augmenter le nombre de doctorants, notamment étrangers, inscrits à Oniris, à augmenter à 15% le nombre de docteurs issus des étudiants de nos propres cursus de vétérinaires et d ingénieurs, à faire en sorte que ces doctorants soient pour une part inclus dans des partenariats public-privé et pour une part dans des co-tutelles de thèses avec nos partenaires internationaux. A côté de cette formation à la recherche, qui ne concerne que certains étudiants, Oniris vise aussi à développer une formation par la recherche pour tous ses étudiants. Cette politique comporte un élément clé, le «passeport recherche» qui valide, de façon obligatoire, les compétences acquises grâce à des actions réparties tout au long du cursus. Désormais partie intégrante des cursus, ce passeport doit devenir une des valeurs ajoutées des diplômes d'oniris sur le marché de l'emploi des vétérinaires et des ingénieurs. Pour atteindre ses objectifs de compétitivité et d attractivité internationaux, Oniris développe donc des activités de recherche ciblées dans le cadre d une approche intégrée innovante avec des programmes de formation originaux. Professeur Pierre Saï Directeur Général I 6 I 7

5 I Temps forts 2011 Janvier 2011 Première évaluation des unités de recherche d Oniris par l'aeres Mars 2011 Evaluation d Oniris par l AERES Juin ère thèse de doctorat de 3 ème cycle délivrée par Oniris Juillet 2011 Mobilisation d Oniris autour de la dynamique «Investissements d avenir» (Vague 2) Septembre 2011 Lancement du «Passeport Recherche» pour les étudiants d Oniris Décembre 2011 Demande de labellisation de 14 unités de recherche au sein d Oniris Résultats de la 1 ère vague Investissements d Avenir I quelques Lancement de la 2 ème vague Investissements d Avenir chiffres 2011 Nombre de personnels dédiés recherche Nombre de contrats de recherche en cours Nombre de publications Nombre de thèses en cours I 9

6 Evaluation par l'aeres Evaluation d'oniris par l'aeres Autorité administrative indépendante (AAI) mise en place en 2007, l AERES est chargée de l évaluation des établissements d enseignement supérieur et de recherche, des organismes de recherche, des unités de recherche, des formations et diplômes d enseignement supérieur ainsi que de la validation des procédures d évaluation de leurs personnels. Missions de l'aeres Evaluer les établissements et organismes de recherche, les établissements d enseignement supérieur et de recherche, les établissements et les fondations de coopération scientifique ainsi que l agence nationale de la recherche, en tenant compte de l ensemble de leurs missions et de leurs activités. Evaluer les activités de recherche conduites par les unités de recherche des établissements et organismes mentionnés ci-dessus, l agence menant ces évaluations soit directement, soit avec l appui des établissements et organismes selon des procédures qu elle a validées. Evaluer les formations et les diplômes des établissements d enseignement supérieur. Valider les procédures d évaluation des personnels des établissements et organismes, et donner son avis sur les conditions dans lesquelles elles sont mises en œuvre. Il s agit bien d une évaluation des procédures et non des personnes. Processus d'évaluation des unités de recherche (source : Evaluation des unités de recherche Principes de l'évaluation L évaluation a pour objectif d analyser les forces et faiblesses d une unité et de lui permettre de mieux se situer dans son environnement scientifique et géographique. Elle fournit aussi à ses tutelles des informations nécessaires à la prise de décision. Elle vise enfin à permettre à la section des établissements de disposer d éléments pour l analyse globale de la stratégie recherche de l établissement. Suite à cette évaluation une note globale est donnée s appuyant sur 4 critères évalués individuellement : la qualité scientifique et la production, le rayonnement de l unité, son attractivité et son intégration dans l environnement, la gouvernance et la vie du laboratoire, le projet scientifique. Résultats Les 14 unités de recherche d Oniris ont été soumises à évaluation de décembre 2010 à février Les rapports d évaluation de chacune d entre elles ont été reçus sur la période de mars à avril Les résultats sont présentés ci-contre. Unités A Unités A+ Unité C 14% 7% 29% Résultats des évaluations AERES d Oniris (sur un total de 14 unités soumises à évaluation) Unités A 19% Unités A+ 33% Unités B 44% Unité C 5% 50% Répartition des cadres scientifiques - évaluation AERES (en pourcentage) Unités B Préparation de la campagne 1 Dépôt du dossier des unités Constitution du comité d experts Consultation responsable établissement Transmission des questions spécifiques des tutelles 5 Visite du comité Rédaction du projet de rapport Relecture collégiale et validation Envoi par les structures évaluées et leurs tutelles de leurs observations Réunion de notation Rencontres avec : Directeur d unité Equipes Conseil d unité, équipes techniques Publication du rapport Evaluation de l'établissement Principes de l'évaluation Oniris a été évalué les 15 et 16 mars 2011 par l AERES. Le comité d experts, composé de 6 membres, était présidé par le Professeur Paul-Pierre PASTORET de l Université de Liège. Cette visite faisait suite à l analyse du rapport d autoévaluation transmis par l établissement à l AERES en octobre Cette évaluation était positionnée alors même qu Oniris existait depuis le 1 er janvier L enjeu de cette évaluation revêtait par conséquent un caractère important car les remarques des experts pouvaient avoir un impact sur la vie future d Oniris. Toutefois, on ne pouvait qu approuver de bénéficier si rapidement d un regard impartial et constructif qui aurait un impact sur les évolutions du projet d Oniris tant d un point de vue stratégique que d un point de vue de ses objectifs futurs. Résultats : une évaluation positive L évaluation réalisée par l AERES a permis à Oniris de faire un bilan d étape après un an d existence. Bien sûr, à la date de cette évaluation, la vision d Oniris, résumée par notre slogan «Santé et Alimentation au cœur de la vie», la démarche employée et les actions déployées n avaient pas encore porté tous leurs fruits. Toutefois, cette évaluation aura aidé au pilotage de l établissement et aussi permis aux différents acteurs d Oniris d exprimer leur avis sur le regroupement mais aussi leurs attentes, leurs espoirs. L établissement continuera par conséquent a apporter une très grande attention aux conclusions et recommandations formulées dans le rapport d évaluation. La direction reste persuadée que c est l implication et la cohésion de l ensemble des acteurs qui feront la réussite de son établissement. I 10 I 11

7 Investissements d'avenir Investissements d'avenir Les Investissements d'avenir : l'implication d'oniris Suite à la remise en novembre 2009, par la commission co-présidée par MM. Alain JUPPÉ et Michel ROCARD, de ses propositions d investissements d avenir, et suite aux arbitrages rendus par le Président de la République en décembre dernier, la loi de finances rectificative, qui ouvre les crédits correspondants, a été promulguée le 9 mars L objet de ce programme est de préparer la France aux enjeux de demain, en investissant à hauteur de 35 milliards d euros dans l enseignement supérieur et la formation, la recherche, les filières industrielles et les PME, le développement durable et le numérique. Au total, avec l effet de levier des autres financements, et en particulier des cofinancements privés, le programme d investissement attendu est de l ordre de 60 à 65 milliards d euros Mds d euros seront dédiés à l enseignement supérieur et à la recherche. Nombre de projets déposés dans le cadre de la vague 1 Programme Centre d'excellence IDEX Projet IC OUEST LABEX Projet SAFSI Projet CENSE Projet RISK-RLS EQUIPEX Projet ARRONAX+ Projet FOODSAF'OMICS Programme Santé et Biotech IHU Projet CESTI COHORTE Projet GENCAN 2 Infrastructures Projet NutriPole Projet CRB-Anim Bioinformatique Projet MIHMES Nanobiotechnologies Projet BITHUM Programme Valorisation de la recherche Fonds national Projet SATT de valorisation Instituts Carnot Projet ICSA Programme Financement des entreprises Plateformes mutualisées d'innovation Projet d'offre globale de service autour du nucléaire pour la santé Nombre de projets déposés dans le cadre de la vague 2 Programme Centre d'excellence IDEX Projet IC OUEST 2 LABEX Projet SAFSI 2 Projet IRON Projet ICEH Projet AMP3cv EQUIPEX Projet ARRONAX+ Projet FOOD-FOQUS Programme Santé et Biotech Infrastructures Projet CRB-Anim Projet LAMP Projet P.E.P.I.T.E Projet PHENOROBUST Projet NeuRatris Programme Initiatives d'excellence en Formation Innovante IDEFI Projet M-AN-IMAL Projet Stud'N Food Projet ECOTROPHELIA Les Investissements d'avenir : les projets retenus Action Instituts Carnot Le projet Institut Carnot en Santé animale ICSA est au cœur de la synergie entre deux secteurs leaders de la France : ses agro-industries du secteur de l élevage et sa recherche agronomique de pointe dans toutes les dimensions de la santé. Il a pour objectif de promouvoir la recherche partenariale finalisée afin de répondre aux 4 enjeux majeurs : Socio-économique. De santé publique. Agro-environnemental. Acceptabilité sociétale de l élevage. Le projet implique l Unité BIOlogie, Epidémiologie et Analyse du Risque en Santé Animale (BIOEPAR) et la Plateforme Environnementale Vétérinaire. Action équipement d'excellence Le projet ArronaxPlus "Nucléaire pour la santé" a pour objectif le développement de l imagerie moléculaire et de la radiothérapie «vectorisée» qui consiste à irradier la tumeur avec un élément radioactif contenu dans un médicament pour améliorer le diagnostic et le traitement du cancer. Trois objectifs sont privilégiés : 1-produire des radioisotopes innovants à usage médical, 2-produire des radiopharmaceutiques innovants pour les essais cliniques afin de développer de nouvelles stratégies dans l imagerie moléculaire en oncologie et en cardiologie et le traitement du cancer, 3-mener des projets de recherche translationnelle (de la paillasse au lit du patient) en imagerie moléculaire et en radiothérapie ciblée. Ce projet implique le Centre de recherche et d investigation pré-clinique (CRIP). Programme Valorisation de la recherche Programme Centre d'excellence Action Fonds national de valorisation La SATT Ouest-Valorisation permettra d accroître l efficacité du dispositif de valorisation de la recherche publique et d améliorer significativement ses résultats que ce soit sous forme de licences, de partenariats industriels, de création d entreprises ou en facilitant la mobilité des chercheurs. Ces fonds financeront les actions de valorisation de la recherche publique et en particulier la maturation. Ce projet est porté par le PRES l UNAM dont Oniris est membre fondateur. Action Laboratoire d'excellence Le projet IRON (Radiopharmaceutiques Innovants en Oncologie et Neurologie) vise à créer un Centre de Recherche International en Médecine translationnelle avec l'objectif de transférer en clinique des nouveaux médicaments utilisés pour la médecine personnalisée dans trois domaines : imagerie fonctionnelle des maladies neuro-dégénératives, imagerie phénotypique en neurologie et oncologie et nanomédecine et radiothérapie vectorisée. Ce projet implique le Centre de recherche et d investigation pré-clinique (CRIP). I 12 I 13

8 Investissements d'avenir Action IHU Le projet d Institut Hospitalo-Universitaire de Nantes, impliquant Oniris parmi les institutions fondatrices, sera financé partiellement par l ANR, dans la catégorie «projets prometteurs», ce qui contribuera au renforcement et au développement d un Centre Européen de premier plan dans les Sciences de la Transplantation et de l Immunothérapie sur Nantes. Le projet «Strategies for improving or curing Duchenne Muscular Distrophy (DMD) : join program to go to the clinic» impliquant l Unité Physiopathologie Animale et biothérapies du muscle et du système nerveux (PAnTher) fait partie des projets retenus dans le nouveau périmètre. Le projet «xénotransplantation préclinique d îlots immunoprotégés dans le diabète de type I» impliquant l Unité Immuno Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire (IECM) et l Unité INSERM U643 fait également partie des projets retenus dans ce nouveau périmètre. Programme Santé et Biotech Action Infrastructures Le projet NeurATRIS vise à renforcer l infrastructure de recherche translationnelle de l IHU A-ICM, avec un axe principal dans le domaine des biothérapies en neurosciences. Ce projet va permettre de développer de nouvelles approches de diagnostic et de soin des maladies du système nerveux qui auront un impact à la fois sur la santé et le bien-être des citoyens mais également au niveau de la santé publique. Ce projet implique l Unité Physiopathologie Animale et biothérapies du muscle et du système nerveux (PAnTher). Le projet CRB-Anim vise à la création d un Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques. Le projet va permettre le développement de nouvelles méthodes d échantillonnage pour les techniques d analyse, et de nouvelles techniques de stockage de données qui permettront de mieux comprendre les mécanismes de reproduction, d épidémies et d anomalies génétiques. Les données et les modèles qui seront issus de ce projet contribueront à la préservation de la biodiversité qui est un des enjeux majeurs du 21 ème siècle. Ce projet implique au sein d'oniris le Centre de Ressources Biologiques Animales (CRBA). Investissements d'avenir : projets IDEFI sélectionnés ECOTROPHELIA Programme Initiatives d excellence en formations innovantes Le réseau national et européen de formation à l'excellence en innovation alimentaire (ECOTROPHELIA) vise à renforcer la compétitivité des entreprises agro-alimentaires en valorisant l innovation dans la formation par le soutien à des initiatives ambitieuses appuyées sur la recherche concernant les produits alimentaires et les procédés de fabrication. Ce projet implique le Laboratoire de Recherche en Gestion et Economie des Industries Alimentaires (LARGECIA). M-AN-IMAL Programme Initiatives d excellence en formations innovantes Le projet M-AN-IMAL a pour ambition de créer les capacités de synergie entre les acteurs de santé et les acteurs de production au travers de nouveaux parcours de formation ou en intégrant des compétences additionnelles dans des parcours existants. Il a pour objectif de contribuer à structurer une démarche de formation «animal/homme/alimentation» à travers la mise en place d outils de mixité didactique. Ce projet est porté par Oniris et implique le LABoratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), l Unité BIOlogie, Epidémiologie et Analyse du Risque en Santé Animale (BIOEPAR) et l'unité SECurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM). Action Nano-biotechnologies Action Bio-informatique Le projet BITHUM (Diagnostic précoce du cancer de la prostate par biopsie guidée par imagerie bimodale) se propose d explorer de nouvelles voies de diagnostic médical en superposant une image fonctionnelle obtenue par fluorescence à l image anatomique ultrasonore standard. Cette nouvelle approche va permettre d améliorer le contraste et la résolution des biopsies et par conséquent l efficacité du diagnostic. Le projet se focalise sur la détection du cancer de la prostate. La technologie mise au point évitera le recours à une imagerie IRM plus coûteuse, plus lourde et plus difficile à mettre en œuvre. Enfin, dans une perspective plus large, la localisation fine d une tumeur de la prostate ouvre la voie à des thérapies ciblées telles que la thermothérapie ou la photothérapie. L objectif du projet MIHMES (Modélisation multiéchelle, de l'intra-hôte animal à la Métapopulation des mécanismes de propagation d'agents) est de produire des connaissances et des méthodes pour mieux comprendre et combattre des maladies animales endémiques infectieuses et des risques de santé publique vétérinaire. Des outils d évaluation de stratégies et de maîtrise aux échelles troupeau, région et filière de production seront développés. Ce projet implique l Unité BIOlogie, Epidémiologie et Analyse du Risque en Santé Animale (BIOEPAR). Ce projet implique l unité Cancers Animaux Modèles pour la recherche en Oncologie Comparée (AMAROC). I 14 I 15

9 L ambition forte d Oniris, être un acteur important de l Enseignement Supérieur et de la Recherche dans les domaines de la Santé (animale et humaine) et de l Alimentation. Afin de remplir pleinement son rôle, Oniris doit s attacher à inscrire ses activités sous le double signe de l excellence scientifique et pédagogique et de la pertinence de ses interventions au regard des attentes sociétales. Cette ambition se traduit à la fois à l échelle régionale, nationale, européenne et internationale. Une structuration de Les deux écoles fondatrices d Oniris avaient développé leur dispositif de recherche indépendamment mais selon des voies similaires (UMR avec des EPST et unités propre labellisées par le Ministère de l Alimentation, structuration de plateformes de recherche, structuration interne en départements). La stratégie scientifique issue de la fusion est fondée sur la diversité thématique initiale, source des compétences nécessaires à la formation des ingénieurs et des vétérinaires et le renforcement des synergies entre ces thématiques pour répondre au projet de l établissement : «Santé et alimentation au cœur de la vie». la Recherche autour de Le département développe des recherches sur les procédés agroalimentaires et l économie des industries agroalimentaires. Les unités de recherche d Oniris contribuent à la conception et l évaluation de procédés agroalimentaires innovants et durables pour produire des aliments répondant à la fois aux stratégies industrielles et aux attentes du consommateur. Département "Procédés alimentaires, management et développement durable" - Unité de Recherche GEPEA Génie des Procédés - Environnement - Agro-alimentaire (UMR CNRS/Université de Nantes/ Ecole des Mines/Oniris) - Unité de Recherche LARGECIA Laboratoire de Recherche en Gestion et Economie des Industries Alimentaires (UPSP) Départements de Recherche unités de Recherche labellisées personnels dédiés à la recherche Département "Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux" - Unité de Recherche IECM - Immuno-Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire (EA 4644 Université de Nantes/USC INRA/Oniris) - Unité de Recherche PAnTher - Physiopathologie Animale et biothérapies du muscle et du système nerveux (UMR 703 INRA/Oniris) - Unité de Recherche LIOAD - Laboratoire d Ingénierie Ostéo-Articulaire et Dentaire (UMR 791 INSERM/Université de Nantes/Oniris) - Unité de Recherche QOSMOS - Qualité Osseuse et microenvironnement dans les ostéopathies et modèles animaux (EA Université d Angers/Oniris) - Unité de Recherche PAPF Physiopathologie animale et Pharmacologie Fonctionnelle (UPSP) - Unité de Recherche SSBR Sécurité Sanitaire liée aux biotechnologies de la reproduction (UPSP) - Unité de recherche AMaROC Cancers Animaux Modèles pour la recherche en Oncologie Comparée (UPSP) Le département développe des recherches sur la compréhension de la pathogénie des maladies humaines et animales et sur l évaluation de stratégies thérapeutiques, notamment cellulaires et géniques, à partir de modèles animaux. Dans ce cadre, les unités de recherche d Oniris contribuent à des enjeux de compréhension et de traitement innovant de maladies de l Homme, dans le cadre d interactions fortes avec les équipes de recherche du pôle Santé nantais. Le département développe des recherches sur la sécurité chimique et microbiologique de l aliment, la qualité organoleptique des aliments et la nutrition humaine. Les unités de recherche d Oniris contribuent à produire les connaissances et méthodes permettant d assurer la production d aliments de bonne qualité sanitaire, nutritionnelle et sensorielle. Département "Sécurité et qualité de l'aliment" - Unité de Recherche SECALIM Sécurité des Aliments et Microbiologie (UMR 1014 INRA/Oniris) - Unité de Recherche LABERCA Laboratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (USC INRA) - Unité de Recherche USC - Sensométrie et Chimiométrie (USC INRA) - Unité de Recherche N&E Nutrition et Endocrinologie (UPSP) dont 124 cadres scientifiques 71 doctorants Département "Maîtrise de la santé des animaux et santé publique" - Unité de Recherche BIOEPAR Biologie, Epidémiologie et Analyse de risque en santé animale (UMR 1300 INRA/Oniris). Le département développe des recherches sur la biologie des agents pathogènes des animaux d élevage, l épidémiologie des maladies animales et les stratégies d aide à la décision en santé animale. L'unité de recherche contribue à des enjeux de suffisance alimentaire, par la prévention et la gestion de crise de santé animale, et à la santé de l Homme par la prévention de risques biologiques ou chimiques entrant dans la chaîne alimentaire. I 16 I 17

10 Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux Physiopathologie Animale et biothérapie du muscle et du système nerveux - Responsable Marie-Anne COLLE Modèle animal Muscle Système nerveux Physiopathologie animale Thérapie cellulaire Thérapie génique Recherche translationnelle Unité PAnTHer : Physiopathologie Animale & biothérapies du muscle et du système nerveux Unité IECM : Immuno-endocrinologie Cellulaire et Moléculaire Unité LIOAD : Ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire Unité QOSMOS : Qualité Osseuse et Microenvironnement dans les Ostéopathies et Modèles animaux Unité PAPF : Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle Unité SSBR : Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction Unité AMaROC : Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée 16 Publications en 2011 Thématiques de recherche En termes de grande orientation scientifique et de positionnement, l UMR avec une activité scientifique centrée sur la recherche biomédicale et une action de veille sur les maladies émergentes ou ré-émergentes s inscrit dans l initiative One World, One Health, promue depuis 2004 par WCS (Wildlife Conservation Society) et dont la stratégie est fondée sur l analyse de l interdépendance de la santé des populations humaines et animales. Cette initiative prône l interdisciplinarité dans la communication et les collaborations ayant trait aux soins de santé de l Homme comme des animaux à l échelle mondiale. Les thérapies cellulaire et génique de la Dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) Les travaux de l UMR sur l isolement et la caractérisation thérapeutique de cellules souches somatiques du muscle (MuStem) démontrent une amélioration clinique majeure et persistante du modèle pertinent de la DMD, le chien GRMD. Ils représentent une avancée scientifique de 1er ordre en recherche transitionnelle et ouvrent des perspectives de traitement de la maladie génétique humaine la plus fréquente. En continuité l UMR développe un programme de recherche sur l utilisation des cellules Mustem comme médicament de thérapie innovante. L UMR participe au développement d un autre produit clinique pour le traitement de la DMD. Il s agit d un AAV8 porteur d un snrna U7 spécifique du saut d exon du transcript dystrophine. L administration est réalisée par injection loco-régionale intraveineuse sous pression. La thérapie génique du système nerveux central (SNC) En complément des résultats précliniques collaboratifs que nous avons obtenus par thérapie génique intracérébrale chez le chien MPSI, le chien MPSIIIB et chez le primate non humain et qui conduiront à 2 essais cliniques de phase I/II, l UMR développe un programme de recherche dédié au transfert de gène par voie intrathécale chez le primate non humain et à la correction des manifestations neurologiques de la glycogénose de type II (maladie de Pompe). Publications de l unité en 2011 Rouger K, Larcher T, Dubreil L, Deschamps JY, Le Guiner C, Jouvion G, Delorme B, Lieubeau B, Carlus M, Fornasari B, Theret M, Orlando P, Ledevin M, Zuber C, Leroux I, Deleau S, Guigand L, Testault I, Le Rumeur E, Fiszman M, Chérel Y. Systemic delivery of allogenic muscle stem cells induces long-term muscle repair and clinical efficacy in duchenne muscular dystrophy dogs. Am J Pathol (5): Attig L, Larcher T, Gertler A, Abdennebi-Najar L, Djiane J (2011) Postnatal leptin is necessary for maturation of numerous organs in newborn rats. Organogenesis 7, Baril P, Touchefeu Y, Cany J, Cherel Y, Thorne S, Tran L, Conchon S, Vassaux G (2011) Differential biodistribution of oncolytic poxvirus administered systemically in an autochthonous model of hepatocellular carcinom. J. Gene Med. Cherel Y (2011) Intérêt d'une biopsie musculaire chez le chien et le chat. Le nouveau praticien 9, Clouet J, Pot-Vaucel M, et al. (2011) Characterization of the age-dependent intervertebral disc changes in rabbit by correlation between MRI, histology and gene expression. Bmc Musculoskeletal Disorders, 12. Daouk T, Larcher T, Rouspard F, Lyphout L, Rigaud C, Ledevin M, Loizeau V, Cousin X (2011) Long-term food-exposure of zebrafish to pcb mixtures mimicking some environmental situations induces ovary pathology and impairs reproduction ability. Aquat Toxicol 105, Dupas T, Rouaud T, Rouger K, Lieubeau B, Cario-Toumaniantz C, Fontaine-Perus J, Gardahaut MF, Auda-Boucher G (2011) Fetal muscle contains different CD34(+) cell subsets that distinctly differentiate into adipogenic, angiogenic and myogenic lineages. Stem Cell Research 7, Ellinwood NM, Ausseil J, et al. (2011) Safe, Efficient, and Reproducible Gene Therapy of the Brain in the Dog Models of Sanfilippo and Hurler Syndromes. Molecular Therapy 19, Esnault E, Bonsergent C, et al. (2011) A novel chicken lung epithelial cell line: Characterization and response to low pathogenicity avian influenza virus. Virus Research 159, Guevel L, Lavoie JR, Perez-Iratxeta C, Rouger K, Dubreil L, Feron M, Talon S, Brand M, Megeney LA (2011) Quantitative Proteomic Analysis of Dystrophic Dog Muscle. Journal of Proteome Research 10, Hoffmann T, Munier S, et al. (2011) Lenght variations in the NA stalk of an H7N1 inflluenza virus have opposite effects on viral excretion in chickens and ducks. J. Virol. Hordeaux J, Deniaud J, Bemelmans I, Bertrand L, Moreau S, Amiaud J, Wyers M, Cherel Y, Colle MA (2011) Histopathologic Changes of the Ear in Canine Models of Mucopolysaccharidosis Types I and VII. Veterinary Pathology 48, Jean E, Laoudj-Chenivesse D, et al. (2011) Aldehyde dehydrogenase activity promotes survival of human muscle precursor cells. Journal of Cellular and Molecular Medicine 15, Joussemet B, Belbelaa B, et al. (2011) Neonatal systemic deliveray of scaav9 in rodents and large animals results in gene transfer to rpe cells in retina. Experimental Eye Research 93, Rouger K, Larcher T, et al. (2011) Systemic delivery of allogenic muscle stem cells induces long-term muscle repair and clinical efficacy in duchenne muscular dystrophy dogs. Am. J. Pathol. 179, Timsit E, Albaric O, Colle MA, Costiou P, Cesbron N, Bareille N, Assie S (2011) Clinical and Histopathologic Characterization of a Central and Peripheral Axonopathy in Rouge-des-pres (Maine Anjou) Calves. Journal of Veterinary Internal Medicine 25, Exemples de projets en cours en 2011 AFAF (Association Française de l Ataraxie de Friedreich) Transfert de gène intra-thécal à l aide d un vecteur AAV10 pour le traitement de l ataraxie de Friedreich Partenaire : Oniris Projet DUCHENNE (GENETHON) Développement d un produit de thérapie génique pour le traitement de la Dystrophie myopathique de Duchenne : Efficacité de l injection d AAV 8-U7 dans le membre antérieur du chien GRMD Partenaires : Oniris / INSERM / Généthon Evry / Institut Français de Myologie Projet MuStem Mise en place d une stratégie de thérapie cellulaire pour la Myopathie de Duchenne Partenaires : Oniris / INSERM / CNRS / CHU Nantes / 1 partenaire privé I 18 I 19

11 Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux Immuno-Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire - Responsable Jean-Marie BACH Diabète type I Physiopathologie Biomarqueurs Auto-immunité Modèles de biologie intégrative Recherche clinique Unité PAnTHer : Physiopathologie Animale & biothérapies du muscle et du système nerveux Unité IECM : Immuno-endocrinologie Cellulaire et Moléculaire Unité LIOAD : Ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire Unité QOSMOS : Qualité Osseuse et Microenvironnement dans les Ostéopathies et Modèles animaux Unité PAPF : Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle Unité SSBR : Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction Unité AMaROC : Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée 6 Publications en 2011 Thématiques de recherche Recherche translationnelle dans le domaine du diabète de type 1 Etude des mécanismes physiopathologiques à l origine auto-immune de la maladie et de sa progression Identification de biomarqueurs cellulaires et moléculaires de progression Approches thérapeutiques et d immuno-interventions Modulation de la réponse auto-immune par le système nerveux autonome Stimulation ß2 adrénergique des cellules dendritiques MicroARNs et diabète de type 1 Rôle des microarns des cellules bêta pancréatiques dans la pathogenèse auto-immune Publications de l unité en 2011 Hill, M., Deghmane, A., Segovia, M., Zarantonelli, M., Tilly, G., Blancou,.P, Bériou, G., Josien, R., Anegon, I., Hong, E., Ruckly, C., Antignac, A., El Ghachi, M., Boneca, I.G., Taha, M.K., Cuturi, M.C., 2011, Penicillin binding proteins as danger signals: meningococcal penicillin binding pretein 2 activates dentritic cells through Toll-kike receptor 4. Plos One 6:e Blancou, P., Tardif, V,. Simon, T., Remy, S., Carreno, L., Kalergis, A., Anegon, I., 2011, Immunoregulatory Properties of Heme Oxygenase-1. In 'Suppression and Regulation of Immune Responses: Methods and Protocols' Methods in Molecular Biology 677, Simon, T., Anegon, I., Blancou, P., 2011, Heme oxygenase and carbon monoxide as an immunotherapeutic approach in transplantation and cancer. Immunotherapy 3, Rouger, K., Larcher, T., Dubreil, L., Deschamps, J.Y., Le Guiner, C., Jouvion, G., Delorme, B., Lieubeau, B., Carlus, M., Fornasari, B., Theret, M., Orlando, P., Ledevin, M., Zuber, C., Leroux, I., Deleau, S., Guigand, L., Testault, I., Le Rumeur, E., Fiszman, M., Chérel, Y., 2011, Systemic delivery of allogenic muscle stem cells induces long-term muscle repair and clinical efficacy in duchenne muscular dystrophy dogs. American Journal of Pathology 179, Dupas, T., Rouaud, T., Rouger, K., Lieubeau, B., Cario-Toumaniantz, C., Fontaine-Pérus, J., Gardahaut, M.F., Auda-Boucher, G., 2011, Fetal muscle contains different CD34+ cell subsets that distinctly differentiate into adipogenic, angiogenic and myogenic lineages. Stem Cell Research 7, Hedan, B., Thomas, R., Motsinger-Reif, A., Abadie, J., Andre, C., Cullen, J., Breen, M., 2011, Molecular cytogenetic characterization of canine histiocytic sarcoma: A spontaneous model for human histiocytic cancer identifies deletion of tumor suppressor genes and highlights influence of genetic background on tumor behavior. BMC Cancer. 11:201. Journal of Veterinary Internal Medicine 25, Exemple de projets en cours en 2011 Projet XENOTHERA (Région Pays de la Loire) Xénotransplantation dans le diabète de type I et dans la cécité d origine cornéenne Partenaires : Oniris / INSERM / Univ Nantes / CHU Nantes / ANSES / Univ Padoue (Italie) / CHU Louvain / 1 partenaire privé I 20 I 21

12 Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux Laboratoire d'ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire - Responsable Pierre WEISS Ingénierie tissulaire Médecine régénérative Tissu osseux Cartilage Matériaux d intérêt biologique Libération agent thérapeutique Physiopathologie ostéoarticulaire et dentaire Unité PAnTHer : Physiopathologie Animale & biothérapies du muscle et du système nerveux Unité IECM : Immuno-endocrinologie Cellulaire et Moléculaire Unité LIOAD : Ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire Unité QOSMOS : Qualité Osseuse et Microenvironnement dans les Ostéopathies et Modèles animaux Unité PAPF : Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle Unité SSBR : Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction Unité AMaROC : Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée 6 Publications en 2011 Thématiques de recherche Conception de biomatériaux pour la libération contrôlée de principes actifs en site osseux BIOMAT Substitution osseuse : nouvelles biocéramiques et ciments injectables Renforcement vertébral par des composites de phosphates de Ca Nouveaux hydrogels comme matrice extracellulaire de synthèse Ingénierie tissulaire osseuse ITO : Médecine régénérative de l os Médecine régénérative de l os hypotrophique (greffe, ostéoradionécrose) Médecine régénérative des tissus parodontaux Physiopathologie des tissus squelettiques & ingénierie tissulaire des cartilages : Etude du rôle de transporteurs de Phosphate Réponse immunitaire aux pathogènes oraux dans la pulpe dentaire (rôle cellules souches) Médecine régénérative des cartilages articulaire et discal Publications de l unité en 2011 (équipe Oniris) Clouet J, Pot-Vaucel M, Grimandi G, Masson M, Lesoeur J, Fellah B.H, Gauthier O, Fusellier M, Cherel Y, Maugars Y, Guicheux J, Vinatier C (2011) Characterization of the age-dependent intervertebral disc changes in rabbit by correlation between MRI, histology and gene expression. BMC Musculoskelet Disord; 12: Cousty M, Firidolfi C, Geffroy O, David F (2011) Comparison of Medial and Lateral Ultrasound-Guided Approaches for Periarticular Injection of the Thoracolumbar Intervertebral Facet Joints in Horses. Veterinary Surgery 40, Merceron C, Portron S, Masson M, Lesoeur J, Fellah B.H, Gauthier O, Weiss P, Guicheux J, Vinatier C (2011) The effect of two and three dimensional cell culture on the chondrogenic potential of human adipose-derived mesenchymal stem cells after subcutaneous transplantation with an injectable hydrogel. Cell. Transplant. Rabillard M, Souchu L, Niebauer GW, Gauthier O (2011) Haematogenous osteomyelitis clinical presentation and outcome in three dogs. Veterinary and Comparative Orthopaedics and Traumatology 24, Schnitzler V, Fayon F, Despas C, Khairoun I, Mellier C, Rouillon T, Massiot D, Walcarius A, Janvier P, Gauthier O, Montavon G, Bouler JM, Bujoli B (2011) Investigation of alendronate-doped apatitic cements as a potential technology for the prevention of osteoporotic hip fractures: Critical influence of the drug introduction mode on the in vitro cement properties. Acta Biomaterialia 7, Struillou X, Boutigny H, Badran Z, Fellah BH, Gauthier O, Sourice S, Pilet P, Rouillon T, Layrolle P, Weiss P, Soueidan A (2011) Treatment of periodontal defects in dogs using an injectable composite hydrogel/biphasic calcium phosphate. Journal of Materials Science-Materials in Medicine 22, Exemples de projets en cours en 2011 (équipe Oniris) Projet CHONDROGRAFT (ANR) Ingénierie tissulaire du cartilage : cellules souches et biomatériaux injectables pour la régénération du cartilage articulaire Partenaires : Oniris / INSERM / CHU Nantes / Univ Nantes / 1 partenaire privé Projet BRB (ANR) Combinaison de particules céramiques de phosphate de calcium biphasique et de sang total pour la reconstruction des pertes de substances osseuses Partenaires : Oniris / CNRS / INSERM / Univ Nantes / Univ Nice / CHU Nice Projet WHATBONE (ANR) Tissu adipeux autologue prélevé extemporanément et particules de phosphate de calcium biphasé pour la reconstruction des pertes de substance osseuse Partenaires : Oniris / INSERM / CNRS / Univ Nice / 1 partenaire privé Projet BIOREGOS II (Région Pays de la Loire) Biomatériaux et régénération ostéoarticulaire Partenaires : Oniris / CNRS / INSERM / Univ Nantes / Polytech Nantes / IFREMER / Univ Angers / CTTM Le Mans / Univ du Mans I 22 I 23

13 Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux Qualité osseuse et microenvironnement dans les ostéopathies et modèles animaux - Responsable Daniel CHAPPARD Remodelage osseux Ostéopathies humaines Modèles animaux Biomatériaux Unité PAnTHer : Physiopathologie Animale & biothérapies du muscle et du système nerveux Unité IECM : Immuno-endocrinologie Cellulaire et Moléculaire Unité LIOAD : Ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire Unité QOSMOS : Qualité Osseuse et Microenvironnement dans les Ostéopathies et Modèles animaux Unité PAPF : Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle Unité SSBR : Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction Unité AMaROC : Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée 4 Publications en 2011 Thématiques de recherche Qualité osseuse : Analyse chez l'homme : Ostéoporose traitée par agents pharmacologique Ostéopathies bénignes autres Ostéopathies malignes (lors de métastase de cancers du sein et prostate) Microarchitecture os cortical Analyse chez l animal : Etude du rôle de la porosité Etude du rôle des insertions musculaires Analyse sur biomatériaux : Qualité de l os néoformé au contact d implants Influence d implants Microenvironnement osseux : Analyse chez l'homme : Dysrégulation du remodelage osseux (lors de mastocytoses, myélome, lymphome B) IHC des métastases osseuses Analyse chez l animal : Evaluation de thérapeutiques agissant sur les réseaux de cytokines du remodelage Analyse sur biomatériaux : Microenvironnements artificiels migration tumorale Autogreffe Polymères non résorbables Matériaux phosphocalciques Publications de l unité en 2011 (équipe Oniris) Daculsi G, Goyenvalle E, Cognet R, Aguado E, Suokas EO (2011) Osteoconductive properties of poly(96l/4d-lactide)/beta-tricalcium phosphate in long term animal model. Biomaterials 32, Daculsi G, Uzel AP, Cursolle J, Goyenvalle E, Aguado E (2011) Scaffolds effects of microporous biphasic calcium phosphate granules and role of HPMC hydrogels in injectable multiphasic bone substitutes developments. Bioceramics Development and Applications 1. Daculsi G, Uzel AP, Goyenvalle E, Aguado E, Pilet P, Moreau F, Borget P, Baroth S (2011) Novel composites using hydrogel and BCP granules: Preclinical studies. Journal of the Australian Ceramic Society 47, Russe R, Pascaretti-Grizon F, Aguado E, Goyenvalle E, Filmon R, Baslé M, Chappart D (2011) Does milling one-piece titanium dental implants induce osteocyte and osteoclast changes? Morphologie 95, Exemples de projets en cours en 2011 (équipe Oniris) Projet GAMBA (7ePCRD) Gene activated matrices for bone and cartilage regeneration in arthritis WP3 : Biomimetic calcium phosphate bioceramics granules as carriers for gene vectors Partenaires : Oniris / INSERM / Klinikum Rechts der Lasr (D) / AO Fundation (CH) / Nat. Univ. Irland (IRL) / Erasmus Univ. Madisch Centrum Rotterdam (NDL) / Inst. Naz. Ric. Cancro (IT) / 3 partenaires privés Projet BIOREGOS II (Région Pays de la Loire) Biomatériaux et régénération ostéoarticulaire Partenaires : Oniris / INSERM / CNRS / Univ Angers / Univ Nantes / Polytech Nantes / IFREMER / CTTM Le Mans / Univ du Mans I 24 I 25

14 Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle - Responsable Jean-Claude DESFONTIS Hypertension artérielle Insuffisance cardiaque Hémarragie pulmonaire induite à l'effort du cheval Fourbure équine Unité PAnTHer : Physiopathologie Animale & biothérapies du muscle et du système nerveux Unité IECM : Immuno-endocrinologie Cellulaire et Moléculaire Unité LIOAD : Ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire Unité QOSMOS : Qualité Osseuse et Microenvironnement dans les Ostéopathies et Modèles animaux Unité PAPF : Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle Unité SSBR : Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction Unité AMaROC : Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée 7 Publications en 2011 Thématiques de recherche Axe 1 : Récepteurs adrénergiques β et insuffisance cardiaque Projet 1- Auto-immunité béta-adrénergique dans l insuffisance cardiaque : étude des dysfonctions micro- et macro-circulatoires Projet 2- Evaluation de l efficacité des β-bloquants vasodilatateurs de troisième génération dans un modèle d insuffisance cardiaque spontanée chez le chien Cavalier King Charles Axe 2 : Stress oxydatif et dysfonction endothéliale Projet 3- Fonction endothéliale et propriétés anti-oxydantes de substances contenues dans des extraits végétaux ou d hydrolysats de la caséine du lait de chamelle Axe 3 : Physiopathologie équine vasculaire et respiratoire Projet 4- Physiopathologie des désordres vasculaires et respiratoires associés à l évaluation de la performance des chevaux de compétition Projet 5- Physiopathologie et pharmacothérapie des désordres vasculaires associés à la fourbure équine : étude du stress oxydatif et des valves veineuses Publications de l unité en 2011 Bruet V, Bourdeau P (2011) Evolution over time of Demodex mite detection in skin scrapings with Amann's lactophenol in dogs. Vet. Dermatol. 22, Gogny M (2011) Identification and Management of Chronic Pain in Dogs and Cats. Bulletin De L Academie Veterinaire De France 164, Clouet J, Pot-Vaucel M, et al. (2011) Characterization of the age-dependent intervertebral disc changes in rabbit by correlation between MRI, histology and gene expression. Bmc Musculoskeletal Disorders 12. Vera-Munoz O, Amirat-Briand L, Bencharif D, Anton M, Desherces S, Shmitt E, Thorin C, Tainturier D (2011) Effect of low-density lipoproteins, spermatozoa concentration and glycerol on functional and motility parameters of bull spermatozoa during storage at 4 degrees C. Asian Journal of Andrology 13, Lambert O, Veyrand B, et al. (2011) Polycyclic aromatic hydrocarbon: Bees, honey and pollen as sentinels for environmental chemical contaminants. Chemosphere. Zamam M, Leray V, Le Bloc'h J, Thorin C, Ouguerram K, Nguyen P (2011) Lipid profile and insulin sensitivity in rats fed with highfat or high-fructose diets. Br. J. Nutr. 106, S White, S. D., Bourdeau P., et al. (2011). "Reptiles with dermatological lesions: a retrospective study of 301 cases at two university veterinary teaching hospitals ( )." Veterinary Dermatology 22(2): Exemples de projets en cours en 2011 Projet PROVASC (Région Pays de la Loire) Développement de molécules anti-oxydantes et/ou anti-ages d'origine naturelle pour la protection vasculaire Partenaires : Oniris / INSERM / CNRS Projet HPIE (Société d Encouragement du Cheval Français) Prévalence, diagnostic et impact sur la performance de l'hémorragie pulmonaire induite à l'exercice chez le cheval Trotteur français Partenaires : Oniris / 3 partenaires privés I 26 I 27

15 Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction - Responsable Francis FIENI Sécurité sanitaire Caprine arthritis encephalitis viris Lentivirus Herpes virus Orbivirus Coxiella burnetii Ovocytes Spermatozoïdes Embryons Diagnostic Contrôle LDL Facteur de croissance embryonnaire Unité PAnTHer : Physiopathologie Animale & biothérapies du muscle et du système nerveux Unité IECM : Immuno-endocrinologie Cellulaire et Moléculaire Unité LIOAD : Ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire Unité QOSMOS : Qualité Osseuse et Microenvironnement dans les Ostéopathies et Modèles animaux Unité PAPF : Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle Unité SSBR : Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction Unité AMaROC : Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée 10 Publications en 2011 Thématiques de recherche Sécurité sanitaire des gamètes et embryons Agents pathogènes Lentivirus des petits ruminants : risque de transmission par la voie femelle Risque de transmission de l Herpes virus équin via le sperme ou les embryons Orbivirus de la fièvre catarrhale ovine Coxiella burnetii chez les ruminants Diagnostic Recherche de risques de transmission Étude des phénomènes de latence virale Contrôle Action protectrice de l Interféron τ sirna Substitution des produits d origine biologique en biotechnologie de la reproduction Lipoprotéine de faible densité Mécanismes d action Structure-fonction Cryoconservation Facteurs de croissance embryonnaires Association Fc/cytokines Publications de l unité en 2011 Al Ahmad M, Pellerin JL, Larrat M, Chatagnon G, Cécile R, Sailleau C, Zientara S, Fieni F (2011) Can bluetongue virus (BTV) be transmitted via caprine embryo transfer? Theriogenology 76, Alsaleh A, Pellerin JL, Rodolakis A, Larrat M, Cochonneau D, Bruyas JF, Fieni F (2011) Detection of Coxiella burnetii, the agent of Q fever, in oviducts and uterine flushing media and in genital tract tissues of the non pregnant goat. Comparative Immunology Microbiology and Infectious Diseases 34, Cortez-Romero C, Fieni F, Russo P, Pepin M, Roux C, Pellerin JL (2011) Presence of Maedi Visna Virus (MVV)-Proviral DNA in the Genital Tissues of Naturally Infected Ewes. Reproduction in Domestic Animals 46, e1-e6. Fieni F, Pellerin JL, Roux C, Poulin N, Baril G, Fatet A, Valas S, Chatagnon G, Mermillod P, Guignot F. (2011) Can Caprine Arthritis Encephalitis Virus (CAEV) be transmitted by in vitro fertilization with experimentally infected sperm? Theriogenology. Djemil Bencharif, Lamia Amirat-Briand, Annabelle Garand, Marc Anton, Eric Schmitt, Serge Desherces, Guy Delhomme, Marie- Laure Langlois, Paul Barrière, Sandrine Destrumelle, Oscar Vera-Munoz, Daniel Tainturier The advantages of using a combination of LDL and glutamine in comparison with the TRIS egg yolk and Equex STAMP extenders in the cryopreservation of canine semen. Accepté dans Research Veterinary Science. Vera-Munoz O, Amirat-Briand L, Bencharif D, Anton M, Desherces S, Shmitt E, Thorin C, Tainturier D (2011) Effect of low-density lipoproteins, spermatozoa concentration and glycerol on functional and motility parameters of bull spermatozoa during storage at 4 degrees C. Asian Journal of Andrology 13, Mourier E, Blanco-Aubin N., Siliart B., Bruyas J-F, Estrus suppression in mares with oxytocin. Reproduction Domestic Animal, 46, (suppl3), 75 Bruyas JF, Freezing of embryos In "Equine Reproduction" Second edition, Ed McKinnon AO, Squires EL, Vaala WE and Varner DD, Editions Wiley-Blackwell,, Ames 2011, chapiter 305, Jorge Alberto Neira, Daniel Tainturier,René L'Haridon and Jacques Martal. Relationship between IFN-taux Production by Bovines Embryos Derived Ex Vivo and completely Produced in Vitro Chapitre 15,pages du livre:artificial INSEMINA- TION IN FARM ANIMALS édité par Milad Manafi, publié par In TechJaneza Trdine9,51000 Rijeka, Croatie juin 2011 ISBN Zidane K, Niar A, Tainturier D (2011) Comparative Effect on Clinical use of PGF2 alpha and REPROCINE in the Treatment of Retained Placenta in Dairy Cows at TIARET Region (Algeria). Asian Journal of Animal and Veterinary Advances 6, I 28 I 29

16 Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux Cancers animaux, Modèles pour la recherche en Oncologie comparée - Responsable Jérôme ABADIE Cancers animaux Oncologie comparée Recherche translationnelle Etude pré-clinique Unité PAnTHer : Physiopathologie Animale & biothérapies du muscle et du système nerveux Unité IECM : Immuno-endocrinologie Cellulaire et Moléculaire Unité LIOAD : Ingénierie Ostéo- Articulaire et Dentaire Unité QOSMOS : Qualité Osseuse et Microenvironnement dans les Ostéopathies et Modèles animaux Unité PAPF : Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle Unité SSBR : Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction Unité AMaROC : Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée Thématiques de recherche Caractérisation de cancers animaux (phénotypique et génotypique) Carcinomes mammaires (canins et félins) Lymphome B (canins) Gliomes (tumeurs cérébrales) ; Mélanomes ; Ostéosarcomes (projets collaboratifs en partenariat avec des équipes de recherche du Cancéropole Grand Ouest) Facteurs de risque de cancers animaux : lien cancer-environnement et lien cancer-obésité Etudes précliniques sur modèles animaux de cancers spontanés (particulièrement en médecine nucléaire) Modélisation et dosimétrie en imagerie et médecine nucléaire Publications de l unité en 2011 Bemelmans I, Kury S, Albaric O, Hordeaux J, Bertrand L, Nguyen F, Abadie J (2011) Colorectal Hamartomatous Polyposis and Ganglioneuromatosis in a Dog. Veterinary Pathology 48, Hedan B, Thomas R, Motsinger-Reif A, Abadie J, Andre C, Cullen J, Breen M (2011) Molecular cytogenetic characterization of canine histiocytic sarcoma: A spontaneous model for human histiocytic cancer identifies deletion of tumor suppressor genes and highlights influence of genetic background on tumor behavior. Bmc Cancer 11. Hindorf C, Flux GD, Ibisch C, Bodere FK (2011) Clinical dosimetry in the treatment of bone tumors: old and new agents. Quarterly Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging 55, Exemples de projets en cours en 2011 Projet BITHUM (Investissement d avenir / ANR) Diagnostic précoce du cancer de la prostate par biopsie guidée par imagerie bimodale Partenaires : Oniris /CEA / Univ Bordeaux / INSERM / VetAgroSup / 2 partenaires privés 3 Publications en 2011 Projet CANIMAB ( INSERM - ITMO Cancer) Essai pré-clinique de radio-immunothérapie du lymphome B diffus à grandes cellules dans le modèle canin spontané Partenaires : Oniris / INSERM Projet INCA Etude moléculaire, phénotypique et fonctionnelle du cancer mammaire spontané canin et félin : validation de ce modèle comme pertinent et prédictif de la réponse thérapeutique aux inhibiteurs de kinases utilisés en pathologie mammaire humaine Partenaires : Oniris / INSERM / Institut de Cancérologie de l Ouest Projet CANEM ( Région Pays de la loire + ANSES) Cancer, Environnement et métabolomique Partenaires : Oniris / Univ Rennes Projet NUCSAN ( Région Pays de la loire) Nucléaire pour la santé Partenaires : Oniris / INSERM / CNRS / Univ Nantes / CHU Nantes / GIP Arronax (Cancéropôle Grand Ouest-Région Pays de la Loire) Caractérisation clinique, histologique et génétique de modèles spontanés de gliomes chez le chien pour la recherche translationnelle chez l'homme Partenaires : Oniris / CNRS / CHU Angers I 30 I 31

17 Santé animale BIOlogie, EPidémiologie et Analyse de Risque en Santé Animale - Responsable Christine FOURICHON Epidémiologie Modélisation Economie Santé Animale Agent pathogène Animaux d élevage Animaux sauvages Zoonose Unité BIOEPAR : BIOAgression, Epidémiologie et Analyse du Risque en santé animale 36 Publications en 2011 Thématiques de recherche Mesure, déterminants et maîtrise de la santé des populations animales Epidémiologie observationnelle (équipe EPID) - statuts et indicateurs de santé individuel & troupeau - risques d occurrence des maladies et du portage - impact des maladies, efficacité des mesures de maîtrise Modélisation et Décision (équipe MODEC) - influence de l hétérogénéité des populations d hôtes et de vecteurs - modélisation prédictive, efficacité épidémiologique des stratégies de maîtrise - évaluation économique des stratégies de maîtrise Agent pathogène et interactions avec l hôte Variabilité, infection et pathogénicité (équipe VIP) - caractérisation des agents pathogènes et de leur variabilité - mécanismes des interactions pathogène-vecteur-hôte Fonctionnement des populations de pathogènes et de vecteurs Population de vecteurs et de pathogènes (équipe PVP) - Analyse spatiale et moléculaire des populations de tiques - Analyse spatiale et moléculaire des populations d agents pathogènes Publications de l unité en 2011 Archer S. C., Green M. J., Madouasse A., Huxley J. N., Association between somatic cell count and serial locomotion score assessments in UK dairy cows. J. Dairy Sci., 94(9): Cailly P., Balenghien T., Ezanno P., Fontenille D., Toty C., Tran A., Role of the repartition of wetland breeding sites on the spatial distribution of Anopheles and Culex, human disease vectors in Southern France. Parasit. Vectors, 4(1):65. Charron M. V. P., Seegers H., Langlais M., Ezanno P., Seasonal spread and control of Bluetongue in cattle. J. Theor. Biol., 291(0):1-9. Courcoul A., Hogerwerf L., Klinkenberg D., Nielen M., Vergu E., Beaudeau F., Modelling effectiveness of herd level vaccination against Q fever in dairy cattle. Vet. Res., 42(1):68. Courcoul A., Monod H., Nielen M., Klinkenberg D., Hogerwerf L., Beaudeau F., Vergu E., Modelling the effect of heterogeneity of shedding on the within herd Coxiella burnetii spread and identification of key parameters by sensitivity analysis. J. Theor. Biol., 284(1): Domke A., Chartier C., Gjerde B., Leine N., Vatn S., Osteras O., Stuen S., Worm control practice against gastro-intestinal parasites in Norwegian sheep and goat flocks. Acta Vet. Scand., 53(1):29. Ducrot C., Bed'hom B., Béringue V., Coulon J. B., Fourichon C., Guérin J. L., Krebs S., Rainard P., Schwartz I., Torny D., Pineau T., Issues and special features of animal health research. Vet. Res., 42(1):96. Dufour B., Plee L., Moutou F., Boisseleau D., Chartier C., Durand B., Ganière J. P., Guillotin J., Lancelot R., Saegerman C., Thébault A., M. H. A., Toma B., A qualitative risk assessment methodology for scientific expert panels. Revue Scientifique et Technique, OIE, 30(3): Fosse J., Laroche M., Oudot N., Seegers H., Magras C., On-farm multi-contamination of pigs by food-borne bacterial zoonotic hazards: An exploratory study. Vet. Microbiol., 147(1-2): Guatteo R., Seegers H., Taurel A.-F., Joly A., Beaudeau F., Prevalence of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants: A critical review. Vet. Microbiol., 149(1-2):1-16. Kempf F., De Meeus T., Vaumourin E., Noel V., Taragel'ova V., Plantard O., Heylen D. J. A., Eraud C., Chevillon C., McCoy K. D., Host races in Ixodes ricinus, the European vector of Lyme borreliosis. Infect. Genet. Evol., 11(8): Leblanc-Maridor M., Beaudeau F., Seegers H., Denis M., Belloc C., Rapid identification and quantification of Campylobacter coli and Campylobacter jejuni by real-time PCR in pure cultures and in complex samples. BMC Microbiol., 11(1):113. Leblanc-Maridor M., Denis M., Chidaine B., Rossero A., Seegers H., Beaudeau F., Belloc C., Genetic instability of Campylobacter coli in the digestive tract of experimentally infected pigs. Vet. Microbiol., 154(1-2): Leblanc-Maridor M., Garénaux A., Beaudeau F., Chidaine B., Seegers H., Denis M., Belloc C., Quantification of Campylobacter spp. in pig feces by direct real-time PCR with an internal control of extraction and amplification. J. Microbiol. Methods, 85(1): Lepeule J., Seegers H., Rondeau V., Robert C., Denoix J. M., Bareille N., Risk factors for the presence and extent of Developmental Orthopaedic Disease in the limbs of young horses: Insights from a count model. Prev. Vet. Med., 101(1-2): Lurette A., Belloc C., Keeling M., Contact structure and Salmonella control in the network of pig movements in France. Prev. Vet. Med., 102(1): Lurette A., Touzeau S., Ezanno P., Hoch T., Seegers H., Fourichon C., Belloc C., Within-herd biosecurity and Salmonella seroprevalence in slaughter pigs: a simulation study. J. Anim Sci., 89: Malher X., Simon M., Charnay V., Déserts R. D. d., Lehébel A., Belloc C., Factors associated with carcass contamination by Campylobacter at slaughterhouse in cecal-carrier broilers. Int. J. Food Microbiol., 150:8-13. Marcé C., Ezanno P., Seegers H., Pfeiffer D., Fourichon C., Predicting fadeout versus persistence of paratuberculosis in a dairy cattle herd for management and control purposes: a modelling study. Vet. Res., 42(1):36. Marcé C., Ezanno P., Seegers H., Pfeiffer D. U., Fourichon C., Within-herd contact structure and transmission of Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis in a persistently infected dairy cattle herd. Prev. Vet. Med., 100(2): Martinot M., Zadeh M. M., Hansmann Y., Grawey I., Christmann D., Aguillon S., Jouglin M., Chauvin A., De Briel D., Babesiosis in immunocompetent patients, Europe. Emerg. Infect. Dis., 17(1): Naviner M., Gordon L., Giraud E., Denis M., Mangion C., Le Bris H., Ganière J.-P., Antimicrobial resistance of Aeromonas spp. isolated from the growth pond to the commercial product in a rainbow trout farm following a flumequine treatment. Aquaculture, 315(3-4): Nielsen S. S., Weber M. F., Kudahl A. B., Marcé C., Stochastic models to simulate paratuberculosis in dairy herds. Rev. Sci. Tech., 30(2): Noureddine R., Chauvin A., Plantard O., Lack of genetic structure among Eurasian populations of the tick Ixodes ricinus contrasts with marked divergence from north-african populations. Int. J. Parasitol., 41(2): I 32 I 33

18 Nusinovici S., Seegers H., Joly A., Beaudeau F., Fourichon C., A side effect of decreased fertility associated with vaccination against bluetongue virus serotype 8 in Holstein dairy cows. Prev. Vet. Med., 101(1-2): Paraud C., Pors I., Journal J. P., Besnier P., Reisdorffer L., Chartier C., Control of cryptosporidiosis in neonatal goat kids: Efficacy of a product containing activated charcoal and wood vinegar liquid (Obionekk ) in field conditions. Vet. Parasitol., 180(3-4): Relun A., Guatteo R., Roussel P., Bareille N., A simple method to score digital dermatitis in dairy cows in the milking parlor. J. Dairy Sci., 94(11): Salem A., Chauvin A., Braun J. P., Jacquiet P., Dorchies P., Comparison de six méthodes de dépistage de Fasciola hepatica chez les bovins naturellement infestés. Revue de Médecine Vétérinaire, 162(1): Sun Y., Jouglin M., Bastian S., Chauvin A., Malandrin L., Molecular cloning and genetic polymorphism of Babesia capreoli gene Bcp37/41, an ortholog of Babesia divergens merozoite surface antigen Bd37. Vet. Parasitol., 178(1-2): Sun Y., Moreau E., Chauvin A., Malandrin L., The invasion process of bovine erythrocyte by Babesia divergens: knowledge from an in vitro assay. Vet. Res., 42(1):62. Taurel A.-F., Guatteo R., Joly A., Seegers H., Beaudeau F., Seroprevalence of Q fever in naturally infected dairy cattle herds. Prev. Vet. Med., 101(1-2): Timsit E., Albaric O., Colle M. A., Costiou P., Cesbron N., Bareille N., Assié S., Clinical and Histopathologic Characterization of a Central and Peripheral Axonopathy in Rouge-des-prés (Maine Anjou) Calves. J. Vet. Intern. Med., 25(2): Timsit E., Assié S., Quiniou R., Seegers H., Bareille N., Early detection of bovine respiratory disease in young bulls using reticulo-rumen temperature boluses. The Veterinary Journal, 190(1): Timsit E., Bareille N., Seegers H., Lehebel A., Assié S., Visually undetected fever episodes in newly received beef bulls at a fattening operation: Occurrence, duration, and impact on performance. J. Anim. Sci., 89(12): Yssouf A., Lagadec E., Bakari A., Foray C., Stachurski F., Cardinale E., Plantard O., Tortosa P., Colonization of Grande Comore Island by a lineage of Rhipicephalus appendiculatus ticks. Parasit. Vectors, 4(1):38. Zhang W., Rogniaux H., Huang W., Chauvin A., Moreau E., Analysis of thioredoxin peroxidase as a promising antigen for diagnosis of Fasciola gigantica infection: A preliminary study. Parasitol. Int., 60(2): Exemples de projets en cours en 2011 Projet EARLY (ERA Net EMIDA) Improving early detection of emerging vectorborne diseases by using existing production and diagnostic date Partenaires : Oniris /Animal Health Service (NDL) / Veterinary and Agrochemical Research Center (B) I 34 I 35

19 ALIM-SCAN SECurité des ALIments et Microbiologie - Responsable Hervé PREVOST Aliment Risque microbien Ecosystème Campylobacter Unité SECALIM : Sécurité des Aliments et Microbiologie Unité LABERCA : Laboratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments Unité USC : Sensométrie et Chimiométrie Unité N&E : Nutrition et Endocrinologie Thématiques de recherche Stratégies d adaptation de Campylobacter à l environnement alimentaire Connaissance et maîtrise des écosystèmes alimentaires Appréciation des risques microbiens dans les aliments Publications de l unité en 2011 Exemples de projets en cours en 2011 Projet ECOBIOPRO (ANR) Description et évolution de l'écosystème microbien des produits carnés et de la mer par pyroséquençage. Influence des cultures bioprotectrices Partenaires : Oniris / INRA / IFREMER / ADIV / ADRIA Ndie / Aérial / Institut français du Porc / HALIOMER / 6 partenaires privés (MAAPRAT) Définition et suivi d indicateurs de réalisation des missions de surveillance en santé publique dans le cadre du projet pilote dans les abattoirs français de volailles Partenaires : Oniris / ANSES 11 Publications en 2011 Belguesmia Y, Madi A, Sperandio D, Merieau A, Feuilloley M, Prevost H, Drider D, Connil N (2011) Growing insights into the safety of bacteriocins: the case of enterocin S37. Research in Microbiology 162, Chihib NE, Mary P, Federighi M, Hornez JP (2011) The effect of preculture conditions on the culturability and viability of Aeromonas hydrophila when exposed to oligotrophic and cold stresses. World Journal of Microbiology & Biotechnology 27, Fosse J, Laroche M, Oudot N, Seegers H, Magras C (2011) On-farm multi-contamination of pigs by food-borne bacterial zoonotic hazards: An exploratory study. Veterinary Microbiology 147, Jaffres E, Lalanne V, Mace S (2011) Sensory characteristics of spoilage and volatile compounds associated with bacteria isolated form cooked and peeled tropical shrimps using SPME-GC-MS analyses. International Journal of Food Microbiology 147, Projet HISTABIO (France AGRIMER) Etude de faisabilité sur l'inhibition de la formation de l'histamine dans le thon par la biopréservation Partenaires : Oniris / IFREMER / AFSSA / 2 partenaires privés Projet CAMPYVOL (Régions Bretagne et Pays de la Loire) Méthodes d'analyses alternatives de Campylobacter pour l'analyse du risque et le renforcement de la compétitivité de la filière volaille de chair française Partenaires : Oniris / Univ Rennes1 / ADRIA Quimper / AFSSA / 10 partenaires privés Projet MIPROMER (Régions Bretagne et Pays de la Loire) Microbiologie des produits de la mer : maîtrise de la flore d'altération en vue d'augmenter la DLC du saumon frais et de la crevette Partenaires : Oniris / IFREMER / ADRIA Quimper / 4 partenaires privés Lerasle M, Guillou S, Simonin H, Laroche M, de Lamballerie M, Federighi M (2011) Membrane integrity of Campylobacter jejuni subjected to high pressure is ph-dependent. High Pressure Research, 1-8. Membre JM, Laroche M, Magras C (2011) Assessment of levels of bacterial contamination of large wild game meat in Europe. Food Microbiology 28, Projet BOIS (privé) Maîtrise sanitaire et bénéfices sensoriels de l'utilisation des emballages légers, palettes et caisses industrielles en bois lors du stockage et de la conservation des produits alimentaires Partenaires : Oniris / Ecole Supérieure du Bois / ESIEC / FCBA / Fédération Nationale du Bois / 5 partenaires privés Membre JM, Van Zuijlen A (2011) A probabilistic approach to determine thermal process setting parameters: application for commercial sterility of products. International Journal of Food Microbiology 144, Projet LEVAINS (privé) Production à échelle laboratoire de levains répondant à un cahier des charges en termes d'acidité Partenaires : Oniris / 1 partenaire privé Messaoudi S, Kergourlay G, Rossero A, Ferchici M, Prevost H, Drider D, Manai M, Dousset X (2011) Identification of lactobacilli residing in chicken ceca with antagonism against Campylobacter. International Microbiology 14, Projet PANISPASTE (privé) Mise au point de produits fermentés à partir de mouture Partenaires : Oniris / 1 partenaire privé Pilet MF, Leroi F (2011) Applications of protective cultures, bacteriocins and bacteriophages in fresh seafood and seafood products. In 'Protective Cultures, Antimicrobial Metabolites and Bacteriophages for Food and Beverage Biopreservation' pp Rihakova J, Prevost H, Demnerova K, Drider D (2011) Effect of recombinant divercin RV41, structural variants and the activators of potassium channels on Listeria monocytogenes EGDe. Folia Microbiologica 56, Todorov SD, Rachman C, Fourrier A, Dicks LMT, van Reenen CA, Prevost N, Dousset X (2011) Characterization of a bacteriocin produced by Lactobacillus sakei R1333 isolated from smoked salmon. Anaerobe 17, I 36 I 37

20 ALIM-SCAN LABoratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments - Responsable Bruno LE BIZEC Sécurité de l aliment Risque chimique Analyse de risque Imprégnation Métabolomique Polluants organiques persistants Migrants Perturbateurs endocriniens Anabolisants Unité SECALIM : Sécurité des Aliments et Microbiologie Unité LABERCA : Laboratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments Unité USC : Sensométrie et Chimiométrie Unité N&E : Nutrition et Endocrinologie 25 Publications en 2011 Thématiques de recherche Etude du devenir des résidus et contaminants chimiques depuis l environnement jusqu'à l Homme via la chaîne alimentaire : Etude du métabolisme des dangers chimiques chez l'homme et l'animal Modélisation du transfert des contaminants dans la chaîne alimentaire Etude de la signature biologique des effets engendrés par une exposition à un danger chimique : Etudes de profils de contamination (proportions relatives de différents polluants chimiques) Etudes de profilages métaboliques (mesures ciblées et quantitatives d'un ensemble de métabolites endogènes) Etudes métabolomiques (détermination non ciblée d'une empreinte métabolique globale) Utilisation des métabolites & biomarqueurs pour la caractérisation de l exposition des individus aux contaminants chimiques : Identification et caractérisation du danger Evaluation de l'exposition par l'alimentation Evaluation de l'imprégnation Contribution à la caractérisation du risque Appui aux politiques publiques Publications de l unité en 2011 Alexandre-Gouabau MC, Courant F, Le Gall G, Moyon T, Darmaun D, Parnet P, Coupe B, Antignac JP (2011) Offspring Metabolomic Response to Maternal Protein Restriction in a Rat Model of Intrauterine Growth Restriction (IUGR). Journal of Proteome Research 10, Anizan S, Di Nardo D, Bichon E, Monteau F, Cesbron N, Antignac JP, Le Bizec B (2011) Targeted phase II metabolites profiling as new screening strategy to investigate natural steroid abuse in animal breeding. Analytica Chimica Acta 700, Antignac JP, Courant F, Pinel G, Bichon E, Monteau F, Elliott C, Le Bizec B (2011) Mass spectrometry-based metabolomics applied to the chemical safety of food. Trac-Trends in Analytical Chemistry 30, Antoine M, Czech M, Gerlach M, Gunther E, Schuster T, Marchand P (2011) Preparation of Novel 2,3,8-Trisubstituted Pyrido 3,4-b pyrazines and Pyrido 2,3-b pyrazines. Synthesis-Stuttgart, Berge P, Ratel J, Fournier A, Jondreville C, Feidt C, Roudaut B, Le Bizec B, Engel E (2011) Use of Volatile Compound Metabolic Signatures in Poultry Liver to Back-Trace Dietary Exposure to Rapidly Metabolized Xenobiotics. Environmental Science & Technology 45, Bussche JV, Kiebooms JAL, De Clercq N, Deceuninck Y, Le Bizec B, De Brabander HF, Vanhaecke L (2011) Feed or Food Responsible for the Presence of Low-Level Thiouracil in Urine of Livestock and Humans? Journal of Agricultural and Food Chemistry 59, Bussche JV, Vanhaecke L, Deceuninck Y, Wille K, Bekaert K, Le Bizec B, De Brabander HF (2011) Ultra-high performance liquid chromatography coupled to triple quadrupole mass spectrometry detection of naturally occurring thiouracil in urine of untreated livestock, domesticated animals and humans. Food Additives and Contaminants Part a-chemistry Analysis Control Exposure & Risk Assessment 28, Deceuninck Y, Bichon E, Monteau F, Antignac JP, Le Bizec B (2011) Determination of MRL regulated corticosteroids in liver from various species using ultra high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (UHPLC). Analytica Chimica Acta 700, Dervilly-Pinel G, Rambaud L, Sitthisack P, Monteau F, Hewitt SA, Kennedy DG, Le Bizec B (2011) 5 alpha-estrane-3 beta,17 betadiol and 5 beta-estrane-3 alpha,17 beta-diol: Definitive screening biomarkers to sign nandrolone abuse in cattle? Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology 126, Dervilly-Pinel G, Weigel S, Lommen A, Chereau S, Rambaud L, Essers M, Antignac JP, Nielen MWF, Le Bizec B (2011) Assessment of two complementary liquid chromatography coupled to high resolution mass spectrometry metabolomics strategies for the screening of anabolic steroid treatment in calves. Analytica Chimica Acta 700, Gervais G, Bichon E, et al. (2011) Differential global profiling as a new analytical strategy for revealing micropollutant treatment by-products: Application to ethinylestradiol and chlorination water treatment. Chemosphere 83, Kadar H, Veyrand B, Barbarossa A, Legrand A, Boquien C, Durand S, Monteau F, Le Bizec B, Antignac JP (2011) Development of an analytical strategy based on liquid chromatography - high resolution mass spectrometry for measuring perfluorinated compounds in human breast milk: application to the generation of preliminary date regarding perinatal exposure in France. Chemosphere 85, Kadar H, Veyrand B, Antignac JP, Durand S, Monteau F, Le Bizec B (2011) Comparative study of low- versus high-resolution liquid chromatography-mass spectrometric strategies for measuring perfluorinated contaminants in fish. Food Additives and Contaminants Part a-chemistry Analysis Control Exposure & Risk Assessment 28, Kieken F, Pinel G, et al. (2011) Generation and processing of urinary and plasmatic metabolomic fingerprints to reveal an illegal administration of recombinant equine growth hormone from LC-HRMS measurements. Metabolomics 7, Kim MJ, Marchand P, et al. (2011) Fate and Complex Pathogenic Effects of Dioxins and Polychlorinated Biphenyls in Obese Subjects before and after Drastic Weight Loss. Environmental Health Perspectives 119, Lambert O, Veyrand B, et al. (2011) Polycyclic aromatic hydrocarbon: Bees, honey and pollen as sentinels for environmental chemical contaminants. Chemosphere. Lancova K, Dip R, Antignac JP, Le Bizec B, Elliott CT, Naegeli H (2011) Detection of hazardous food contaminants by transcriptomics fingerprinting. Trac-Trends in Analytical Chemistry 30, Le Bizec B, Bichon E, Deceuninck Y, Prevost S, Monteau F, Antignac JP, Dervilly-Pinel G (2011) Toward a criterion for suspect thiouracil administration in animal husbandry. Food Additives and Contaminants Part a-chemistry Analysis Control Exposure & Risk Assessment 28, Nunes M, Marchand P, Vernisseau A, Le Bizec B, Ramos F, Pardal MA (2011) PCDD/Fs and dioxin-like PCBs in sediment and biota from the Mondego estuary (Portugal). Chemosphere 83, Plotan M, Elliott CT, Scippo ML, Muller M, Antignac JP, Malone E, Bovee TFH, Mitchell S, Connolly L (2011) The application of reporter gene assays for the detection of endocrine disruptors in sport supplements. Analytica Chimica Acta 700, Regal P, Anizan S, Antignac JP, Le Bizec B, Cepeda A, Fente C (2011) Metabolomic approach based on liquid chromatography coupled to high resolution mass spectrometry to screen for the illegal use of estradiol and progesterone in cattle. Analytica Chimica Acta 700, Rochereau-Roulet S, Gaudin I, Chereau S, Prevost S, Andre-Fontaine G, Pinel G, Le Bizec B (2011) Development and validation of an enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of circulating antibodies raised against growth hormone as a consequence of rbst treatment in cows. Analytica Chimica Acta 700, I 38 I 39