Synthèse de l activité d oncogénétique 2011

Transcription

1 RECHERCHE ET INNOVATION Synthèse de l activité d oncogénétique 2011 CONSULTATIONS ET LABORATOIRES COLLECTION Bilans d activité & d évaluation ACTIVITÉ 2011 D ONCOGÉNÉTIQUE ET ÉVOLUTION DU DISPOSITIF D ONCOGÉNÉTIQUE BILAN D ACTIVITÉ DES CONSULTATIONS ET DES LABORATOIRES D ONCOGÉNÉTIQUE FOCUS SUR LES PATHOLOGIES PRINCIPALES : - SYNDROME SEINS-OVAIRES ET GÈNES BRCA - SYNDROME DE LYNCH ET GÈNES MMR - POLYPOSES ADÉNOMATEUSES FAMILIALES ET GÈNES APC ET MUTYH

2 2 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Agence sanitaire et scientifique de référence dédiée au cancer, l Institut national du cancer stimule, soutient et met en œuvre une politique coordonnée de lutte contre la maladie. Créé par la loi de santé publique du 9 août 2004, l INCa regroupe environ 150 collaborateurs en quatre entités opérationnelles : Recherche et innovation, Santé publique et soins, Recommandations et qualité de l expertise, Communication et information. Ce document est téléchargeable sur le site : CE DOCUMENT S INSCRIT DANS LA MISE EN ŒUVRE DU PLAN CANCER Mesure 23 Développer des prises en charge spécifiques pour les personnes atteintes de cancers rares ou porteuses de prédispositions génétiques ainsi que pour les personnes âgées, les enfants et les adolescents. Action 23.3 Suivre les personnes à risque génétique. Ce document doit être cité comme suit : Synthèse de l activité d oncogénétique Collection Bilans d activité et d évaluation, ouvrage collectif édité par l INCa, Boulogne-Billancourt, février Il peut être reproduit ou diffusé librement pour un usage personnel et non destiné à des fins commerciales ou pour de courtes citations. Pour tout autre usage, il convient de demander l autorisation auprès de l INCa en remplissant le formulaire de demande de reproduction disponible auprès de la direction de la communication de l INCa à l adresse suivante : publication@institutcancer.fr

3 CE DOCUMENT S INSCRIT DANS LA MISE EN ŒUVRE DU PLAN CANCER Mesure 23 Développer des prises en charge spécifiques pour les personnes atteintes de cancers rares ou porteuses de prédispositions génétiques ainsi que pour les personnes âgées, les enfants, et les adolescents. Action 23.3 Suivre les personnes à risque génétique 2 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

4 CONTEXTE Près de 5 % des cancers diagnostiqués en France sont liés à la présence d altérations génétiques constitutionnelles et, à ce jour, plus de 70 gènes de prédisposition génétique ont été identifiés (annexe 1). Le diagnostic de ces prédispositions, dont le développement est inscrit depuis 2003 au sein des deux Plans cancer successifs ( et ), est mis en œuvre par le dispositif national d oncogénétique. Comprenant des consultations et des laboratoires, ce dispositif a été renforcé via quatre appels à projets en 2003, 2004, 2005 et 2007 puis a bénéficié d un réajustement de ses financements en 2010 et En 2011, l enveloppe annuelle allouée aux consultations s élève ainsi à tandis que les laboratoires d oncogénétique perçoivent un soutien de (annexes 2 et 3). Si l ensemble de ces financements émanent directement de la Direction générale de l offre de soins (DGOS, ministère des Affaires sociales et de la Santé), l INCa pilote le dispositif national d oncogénétique depuis 2005, évaluant son fonctionnement, lançant les appels à projets nécessaires à son optimisation, organisant des expertises. À ce jour, le dispositif d oncogénétique s organise autour de 48 établissements de santé (ou associations d établissements) effectuant des consultations d oncogénétique. Certains établissements ayant mis en place des consultations délocalisées (encore appelées consultations avancées), 113 sites de consultation, se répartissant dans 76 villes, sont dénombrés en 2011 sur l ensemble du territoire (France métropolitaine et départements d outre-mer). Ces consultations s adressent aux personnes dont les antécédents médicaux, personnels et/ou familiaux, sont évocateurs d une forme héréditaire de cancer. Le dispositif se compose, par ailleurs, de 25 laboratoires d oncogénétique en charge de la réalisation des tests génétiques prescrits par les consultations. Cette structuration, adossant des laboratoires aux consultations d oncogénétique, a pour objectif d identifier les personnes prédisposées héréditairement au cancer, qu il s agisse de personnes malades (cas index) ou de membres non malades de leur famille (apparentés) (annexe 4). Ces personnes doivent se voir proposer une stratégie de prise en charge spécifique, basée sur la surveillance et/ou la chirurgie prophylactique, adaptée aux différents risques tumoraux associés à l altération génétique identifiée. Des recommandations ont été établies à ce sujet par des groupes d experts réunis à la demande du ministère de la Santé en et par l INCa 2. Cette prise en charge, tout au long de la vie de la personne, est nécessairement pluridisciplinaire, rendant indispensable la formalisation de liens structurés entre l ensemble des acteurs impliqués (oncogénéticiens, oncologues, gynécologues, radiologues, gastroentérologues, chirurgiens, psychologues ), à l échelon des établissements comme à l échelon régional. 1 2 F. Eisinger et al., «Identification et prise en charge des prédispositions héréditaires aux cancers du sein et de l ovaire», Bulletin du cancer 2004 ; 91 (3) : S. Olschwang et al., «Identification et prise en charge du syndrome HNPCC, prédisposition héréditaire aux cancers du côlon, du rectum et de l utérus», Bulletin du cancer 2004 ; 91 (4) : Principales recommandations de prise en charge des femmes porteuses d une mutation de BRCA1 ou BRCA2, INCa, avril Principales recommandations de prise en charge des patients porteurs d une mutation d un gène MMR dans le syndrome de Lynch, INCa, avril La polypose associée aux mutations bi-alléliques du gène MUTYH, INCa, Collection Etudes et Expertises, juin SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

5 À cet effet, comme préconisé par le Plan cancer , un appel à projets a été lancé en 2009 par l INCa afin de mettre en œuvre des expériences pilotes visant à favoriser le suivi et la prise en charge globale, médicale et chirurgicale, des personnes prédisposées héréditairement au cancer. Les actions spécifiques engagées grâce aux soutiens accordés ont été évaluées par l INCa, donnant lieu à la rédaction d un bilan couvrant la totalité de l année 2010 et les cinq premiers mois de l année 2011, et présentant l état d avancement des projets et leurs perspectives d évolution 3. L expérience acquise par l ensemble des acteurs impliqués durant cette première phase ainsi que le suivi rapproché mis en place par l INCa ont facilité le déploiement national de cette action, réalisé en 2012, grâce au lancement d un nouvel appel à projets. L objectif des actions portées par l INCa, en association avec la DGOS, est d identifier l ensemble des personnes présentant un risque héréditaire de cancer en France et de leur garantir ensuite une prise en charge personnalisée et multidisciplinaire sur tout le territoire. Pour ce faire, afin de favoriser l accès des personnes concernées au dispositif d oncogénétique, des documents destinés à l ensemble des professionnels de santé intervenant ou pouvant intervenir dans l identification, la prise en charge et la surveillance des personnes prédisposées héréditairement au cancer ont été élaborés par l INCa et sont régulièrement mis à jour 4. La synthèse nationale de l activité d oncogénétique 2011 s inscrit dans ce cadre. Élaborée à partir des données d activité transmises par les consultations et les laboratoires (annexe 5), elle constitue un état des lieux détaillé de l activité 2011 du dispositif d oncogénétique et de son évolution depuis 2003, permettant d en dégager les points forts et les axes d amélioration. 3 4 Bilan des expériences pilotes pour la prise en charge multidisciplinaire des personnes prédisposées héréditairement au cancer, années 2010 et 2011 (1 e janvier 31 mai), INCa, Collection Rapports et Synthèses, janvier Le médecin traitant dans le dépistage organisé du cancer du sein, INCa, Collection Outisl d information pour les professionnels de santé, août Le médecin traitant dans le dépistage organisé du cancer colorectal, INCa, Collection Outils d Information pour les professionnels de santé, juillet Rubrique Dépistage Rubrique Soins Les prises en charge spécifiques Oncogénétique 4 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

6 DISPOSITIF D ONCOGÉNÉTIQUE EN QUELQUES CHIFFRES 113 sites de consultations, dépendant de 48 établissements de santé, sont répartis dans 76 villes, en France métropolitaine et au sein des départements d outre-mer consultations d oncogénétique ont été réalisées en 2011, soit une augmentation de + 11,0 % par rapport à nouvelles familles ont bénéficié d une consultation d oncogénétique en 2011, soit une progression de + 13,8 % entre 2010 et cas index et apparentés se sont vus prescrire un test génétique (respectivement + 10,0 % et + 7,8 % par rapport à 2010). 73 gènes ont été analysés en 2011 par les 25 laboratoires d oncogénétique tests génétiques ont été réalisés en 2011, soit une progression de + 9,3 % entre 2010 et 2011 (tous gènes confondus) cas index et apparentés ont été identifiés comme porteurs d une mutation les prédisposant génétiquement à un cancer en 2011, parmi lesquels personnes porteuses d une mutation BRCA et 668 personnes porteuses d une mutation MMR (cas index et apparentés confondus). Depuis 2003, le dispositif d oncogénétique a ainsi permis d identifier personnes porteuses d une mutation les prédisposant héréditairement à un cancer, parmi lesquelles : personnes porteuses d une mutation BRCA les prédisposant héréditairement à un risque élevé de cancer du sein et/ou de l ovaire (syndrome seins-ovaires) ; personnes porteuses d une mutation MMR ou EPCAM les prédisposant plus particulièrement à un risque élevé de cancer colorectal ou de l endomètre (syndrome de Lynch) ; personnes porteuses d une mutation APC et 298 personnes porteuses de mutations bi-alléliques du gène MUTYH (depuis 2007) les prédisposant héréditairement à un risque élevé de polypose adénomateuse et donc de cancer colorectal. Ces personnes doivent se voir proposer une stratégie de prise en charge spécifique, basée sur la surveillance et/ou la chirurgie prophylactique, adaptée aux différents risques tumoraux associés à l altération génétique identifiée. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

7 Cette synthèse a été rédigée par : Julien BLIN, chargé de projets, Département Innovation, Pôle Recherche et Innovation, INCa Frédérique NOWAK, responsable du Département Innovation, Pôle Recherche et Innovation, INCa Elle a été soumise à la relecture du comité technique de suivi de l activité d oncogénétique de l Institut National du Cancer dont la composition est présentée en annexe 6. Légende des figures Données générales Syndrome seins-ovaires Pathologies digestives / Syndrome de Lynch Polypose adénomateuse familiale (APC) Polypose associée à MUTYH (MAP) Autres pathologies 6 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

8 TABLE DES MATIÈRES CONTEXTE... 3 DISPOSITIF D ONCOGÉNÉTIQUE EN QUELQUES CHIFFRES... 5 CONSULTATIONS ACTIVITÉ DE CONSULTATION ACTIVITÉ NATIONALE ACTIVITÉ RÉGIONALE Répartition de l activité de consultation entre les régions en Évolution de l activité régionale de consultation ÉTABLISSEMENTS PATIENTS Répartition de l activité de consultation selon le type de patients en Évolution du nombre de nouvelles familles INDICATIONS DE CONSULTATION Répartition de l activité de consultation selon l indication de la consultation en Évolution de l activité de consultation selon l indication PRESCRIPTIONS PRESCRIPTIONS DE TESTS GÉNÉTIQUES EN ÉVOLUTION DES PRESCRIPTIONS DE TESTS GÉNÉTIQUES LABORATOIRES ACTIVITÉ DES LABORATOIRES TESTS GÉNÉTIQUES RÉALISÉS ET MUTATIONS IDENTIFIÉES CAS INDEX APPARENTÉS DÉLAIS DE PRISE EN CHARGE CONSULTATIONS : DÉLAIS D OBTENTION D UN RENDEZ-VOUS LABORATOIRES : DÉLAIS DE RÉPONSE POUR LES PRINCIPAUX GÈNES CAS INDEX Processus courant de prise en charge Gestion des demandes prioritaires APPARENTÉS RESSOURCES HUMAINES RESSOURCES HUMAINES AU SEIN DES CONSULTATIONS RESSOURCES HUMAINES AU SEIN DES LABORATOIRES SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

9 FOCUS SUR LES PATHOLOGIES PRINCIPALES SYNDROME SEINS-OVAIRES CONSULTATIONS PRESCRIPTIONS TESTS GÉNÉTIQUES Stratégies d analyses en Tests génétiques réalisés et mutations identifiées en Évolution des tests génétiques réalisés et des mutations identifiées SYNDROME SEINS-OVAIRES - PERSONNES PORTEUSES D UNE MUTATION DE PRÉDISPOSITION PATHOLOGIES DIGESTIVES CONSULTATIONS SYNDROME DE LYNCH Prescriptions Tests génétiques POLYPOSES ADÉNOMATEUSES FAMILIALES Prescriptions Tests génétiques PATHOLOGIES DIGESTIVES - PERSONNES PORTEUSES D UNE MUTATION DE PRÉDISPOSITION CONCLUSION ET PERSPECTIVES ANNEXES ANNEXE 1 GÈNES ETUDIÉS EN 2011 ET PATHOLOGIES ASSOCIÉES ANNEXE 2 CONSULTATIONS D ONCOGÉNÉTIQUE ANNEXE 3 LABORATOIRES D ONCOGÉNÉTIQUE ANNEXE 4 DÉROULEMENT DE LA PRISE EN CHARGE PAR LE DISPOSITIF NATIONAL D ONCOGÉNÉTIQUE ANNEXE 5 MÉTHODE ANNEXE 6 COMITÉS D ONCOGÉNÉTIQUE SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

10 CONSULTATIONS Sur le plan national, 48 établissements de santé, effectuant des consultations d oncogénétique, perçoivent des financements DGOS/INCa (annexe 2). Certains établissements ayant mis en place des consultations délocalisées, 113 sites de consultation, se répartissant dans 76 villes, sont dénombrés en France, en Figure Dispositif d oncogénétique Consultations Répartition géographique des différents sites de consultation Boulogne-sur-Mer Lens Lille (2) Valenciennes Brest Rennes (2) Vannes Cherbourg-Octeville Caen Angers (2) Cholet Nantes (2) Niort La Rochelle Le Havre Le Mans Angoulême Tours Poitiers Amiens Rouen Orléans Bourges Auxerre Reims (3) Troyes Charleville Mézières Saint-Dizier Mâcon Metz Nancy (2) Strasbourg (2) Colmar Mulhouse Montbéliard Dijon Besançon (2) Chalon-sur-Saône Thonon-les-Bains Clermont-Ferrand Limoges Lyon (2) Chambéry Saint-Etienne Grenoble Bordeaux (2) Bayonne Toulouse (3) Rodez Montpellier (2) Béziers Nîmes Avignon Aix-en-Provence Gap Nice Draguignan Aubagne Marseille Toulon (2) Bastia Perpignan Ajaccio Garenne Colombes Clichy Bobigny Saint-Cloud Paris (10) Kremlin Bicêtre Villejuif Pointe à Pitre Fort de France Briis-sous-Forges Corbeil Essonnes Saint-Denis Sainte-Clotilde Cayenne Île-de-France consultations principales / consultations avancées SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

11 1. ACTIVITÉ DE CONSULTATION 1.1. Activité nationale En 2011, consultations d oncogénétique ont été réalisées, à la fois pour la prise en charge de nouveaux patients (nouveau patient au sein d une nouvelle famille et nouveau patient au sein d une famille connue) mais également dans le cadre du suivi en oncogénétique de patients connus. Figure 2. Évolution Activité globale de consultation Nombre annuel de consultations de 2003 à Nombre de consultations Plan cancer Le nombre global de consultations progresse régulièrement depuis 2003, l évolution de 2010 à 2011 étant de + 11,0 % (+ 6,8 % entre 2009 et 2010). 10 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

12 1.2. Activité régionale Répartition de l activité de consultation entre les régions en 2011 Figure Activité de consultation Répartition régionale Syndrome seins-ovaires, pathologies digestives et autres pathologies Répartition régionale du nombre de consultations pour habitants 110 Autres pathologies ,3 Pathologies digestives Nombre de consultations / habitants ,0 19,6 4,8 21,1 21,7 8,8 9,1 12,6 16,3 15,7 18,5 5,5 3,5 19,5 17,0 5,6 15,0 9,0 11,6 12,9 14,6 2,0 12,5 3,3 20,7 12,0 5,8 4,3 13,8 8,8 15,2 1,1 6,6 2,7 9,4 4,7 8,5 Syndrome seins-ovaires 0,6 9, ,0 4,8 3,7 1,5 0,9 1,5 4,3 0,6 0 67,9 64,0 61,5 57,7 53,7 39,6 47,7 51,8 44,8 40,2 31,5 43,9 33,8 28,6 33,4 36,5 34,1 28,3 26,6 28,5 11,6 12,0 12,0 11,3 En 2011, le nombre de consultations pour habitants varie de 13,4 pour La Réunion à 108,2 pour les Pays de la Loire, avec une médiane de 58,1. Le nombre médian de consultations pour habitants dédiées au syndrome seins-ovaires est de 35,3, et de seulement 13,2 lorsqu il s agit de consultations consacrées aux pathologies digestives 5. L activité «autres pathologies» est très variable d une région à l autre. Elle correspond aux consultations d oncogénétique dédiées aux néoplasies endocriniennes, aux mélanomes et autres tumeurs cutanées, aux néoplasies du système nerveux, aux cancers urologiques, aux tumeurs pédiatriques, aux hémopathies malignes ainsi qu aux maladies cassantes de l ADN. Les niveaux d activité de La Réunion, de la région Centre, de la Guadeloupe et de la Picardie sont faibles et les écarts avec les autres régions importants. Par exemple, la région Midi-Pyrénées, qui se place juste devant la Picardie, présente un nombre de consultations pour habitants pratiquement multiplié par deux (38,8) par rapport à celui de la Picardie (20,4). 5 Il est à noter que les consultations d oncogénétique dédiées aux pathologies digestives concernent plus particulièrement le syndrome de Lynch et les polyposes adénomateuses qui sont, dans ce cas, confondus. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

13 Évolution de l activité régionale de consultation Tableau Activité de consultation Répartition régionale Sur le plan régional, nombre de consultations pour habitants Régions Évolution Pays de la Loire 73,2 85,9 108, % Auvergne 96,9 109,9 104,8-5 % Haute-Normandie 83,5 81,6 87,9 + 8 % Alsace 58,0 72,0 79, % PACA - Corse 65,8 66,7 79, % Île-de-France 68,7 72,6 73,8 + 2 % Languedoc-Roussillon 65,0 67,7 72,6 + 7 % Basse-Normandie 55,5 63,3 72, % Bretagne 58,9 58,9 65, % Champagne-Ardenne 78,3 63,1 60,8-4 % Rhône-Alpes 50,8 51,1 59, % Nord-Pas-de-Calais 59,0 55,3 58,4 + 6 % Martinique 54,8 54,1 57,8 + 7 % Franche-Comté 44,7 52,8 55,7 + 5 % Bourgogne 33,5 40,9 53, % Limousin 38,0 32,8 49, % Lorraine 36,3 39,3 41,7 + 6 % Poitou-Charentes 24,1 27,0 40, % Aquitaine 30,4 33,7 39, % Midi-Pyrénées 32,4 31,1 38, % Picardie 17,8 19,2 20,4 + 6 % Guadeloupe 18,5 10,5 17, % Centre 12,3 19,0 17,1-10 % La Réunion 7,8 15,5 13,4-13 % Les niveaux d activité et les évolutions observées mettent en évidence une structuration régionale continue et un accroissement de l accès au dispositif d oncogénétique, avec un nombre de consultations pour habitants ayant progressé dans 18 des 24 régions, entre 2010 et Quatre régions (Auvergne, Île-de-France, Champagne-Ardenne, Franche-Comté) présentent un niveau d activité stable et seulement deux régions (Centre et La Réunion) ont vu leur activité diminuer. 12 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

14 En 2010, les régions Aquitaine, Centre, Lorraine et Midi-Pyrénées ont bénéficié d un soutien supplémentaire afin de mettre en œuvre des actions spécifiques visant à combler les retards observés. Des progressions sont effectivement observées en Aquitaine, Lorraine et Midi- Pyrénées entre 2010 et 2011 ; progressions qui peuvent s expliquer par le recrutement de personnel dédié et/ou par la structuration de sites avancés de consultations au sein de ces régions de grandes superficies : Bayonne pour la région Aquitaine, Metz pour la région Lorraine et Rodez pour la région Midi-Pyrénées. Malgré cela, les niveaux d activité restent encore faibles, n excédant pas 42 consultations pour habitants. En comparaison, 72,6 consultations pour habitants sont réalisées en 2011 en région Languedoc- Roussillon qui présente un bassin de population équivalent. La région Centre enregistre une diminution de son activité en 2011, démontrant que la situation régionale reste fragile, avec un seul médecin assurant l ensemble des consultations. Ces régions pourraient combler leurs retards vis-à-vis de régions équivalentes en recrutant du personnel directement impliqué dans la préparation et la réalisation effectives des consultations (médecins et/ou conseillers en génétique) et/ou en renforçant ou multipliant leurs consultations délocalisées. La région Picardie présente également un niveau d activité faible de 20,4 consultations pour habitants. Par comparaison, 72,3 consultations pour habitants sont réalisées en 2011 en Basse-Normandie alors que les deux régions sont de taille équivalente ( habitants en Basse-Normandie et habitants en Picardie) et que les structures financées présentent une configuration assez similaire sur le plan du personnel dédié à l activité d oncogénétique. Les progressions observées depuis 2009 en Picardie sont malgré tout encourageantes mais doivent s accentuer. L offre en oncogénétique reste insuffisante à La Réunion et en Guadeloupe. Il serait intéressant que ces deux départements d outre-mer puissent créer des interactions avec d autres équipes d oncogénétique en place de plus longue date. La Martinique a par exemple mis en œuvre de telles collaborations, via des échanges réguliers avec la Basse-Normandie et la Haute-Normandie (neuf RCP en visioconférences en 2011). Son niveau d activité a par ailleurs encore augmenté en 2011 (57,8 consultations pour habitants, + 7 %) malgré les difficultés rencontrées par le médecin référent pour se déplacer au sein de la consultation avancée de Guyane. Enfin, parmi les régions présentant un niveau d activité plus élevé, la Champagne-Ardenne est la seule qui enregistre une diminution importante du nombre de consultations pour habitants depuis 2009 (forte baisse de 2009 à 2010 : 19 %, stabilisation de 2010 à 2011 : 4 %). Cette évolution régionale peut principalement s expliquer par le départ d un oncogénéticien à temps plein de l un des deux sites de consultation, le CHU-CLCC de Reims, qui a vu son activité diminuer, de 806 consultations en 2009 à 690 en 2010 puis 587 en Le recrutement d un médecin au cours de l année 2011 devrait permettre de retrouver des niveaux d activité proches de ceux observés en SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

15 1.3. Établissements Figure Activité de consultation Établissements Répartition des consultations entre établissements Marseille CLCC Angers CHU-CLCC Villejuif CLCC Institut Curie - Site de Paris Montpellier CHU-CLCC AP-HP supra GH Ouest Rennes CHU-CLCC Clermont-Ferrand CLCC Lille CLCC AP-HP supra GH Est Rouen CHU-CLCC Lyon CHU AP-HP supra GH Nord Nantes CHU-CLCC Bordeaux CLCC Toulouse CHU-CLCC Caen CLCC Grenoble CHU - Chambéry CH Lyon CLCC Nancy CHU-CLCC Lille CHU Dijon CHU-CLCC Institut Curie - Site de Saint Cloud Nantes Centre Catherine de Sienne Niort CH Strasbourg CHU - Colmar CH Marseille CHU Besançon CHU Strasbourg CLCC Reims CHU-CLCC Nice CLCC Avignon Institut Sainte Catherine Brest CHU Tours CHU Amiens CHU Toulon CH Limoges CHU Saint Etienne CHU Le Havre CH Nîmes CHU Fort de France CHU Reims Polyclinique de Courlancy AP-HP supra GH Sud Mulhouse CH Bordeaux CHU Vannes CH La Réunion CHU - Clinique Sainte Clotilde Pointe à Pitre CHU En 2011, 19 établissements (contre 12 en 2010) effectuent plus de consultations et prennent ainsi en charge un total de consultations, soit 66,1 % de l activité globale de consultation. Les 29 autres établissements assurent un nombre cumulé de consultations. Indispensables au bon fonctionnement du dispositif d oncogénétique en permettant un maillage régional cohérent, ces 29 établissements présentent néanmoins des niveaux d activité variables avec : 13 structures réalisant, chacune, entre 500 et consultations en 2011 ; 10 établissements se positionnant dans l intervalle consultations annuelles ; 6 établissements se situant en deçà des 200 consultations. Finalement, l accroissement global du nombre de consultations entre 2010 et 2011 est dû une hausse d activité observée dans 33 établissements. En parallèle, l activité ne progresse pas pour 9 établissements et diminue pour 6 autres (annexe 2). 14 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

16 1.4. Patients Les consultations d oncogénétique peuvent être définies de la manière suivante : la consultation d une nouvelle famille correspond à une première consultation avec un patient dont la famille est adressée pour la première fois dans l établissement (cas index) ; la consultation d un nouveau patient au sein d une famille connue correspond à une première consultation avec une personne dont au moins un membre de la famille a déjà consulté en oncogénétique dans l établissement (apparenté) ; la consultation de suivi d un patient connu correspond à une consultation avec une personne qui est déjà venue consulter en oncogénétique dans l établissement (consultations pendant le déroulement de l analyse moléculaire, consultation de résultat ou consultation de suivi réalisée au cours de sa prise en charge / de sa surveillance). Ne sont pas comptabilisées les consultations de prise en charge clinique Répartition de l activité de consultation selon le type de patients en 2011 En 2011, les consultations d oncogénétique se répartissent de la manière suivante : 57,4 % concernent un nouveau patient pour un établissement ( nouveaux patients au sein de nouvelles familles et nouveaux patients au sein de familles connues) ; 42,6 % concernent le suivi de patients connus. Figure Activité de consultation Patients Répartition des consultations en fonction du type de patients Suivi patients connus 42,6 % Nouvelles familles 41,3 % Nouveaux patients dans familles connues 16,1 % SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

17 Évolution du nombre de nouvelles familles Figure Activité de consultation Patients Proportion de nouvelles familles au sein des consultations Nombre total de consultations Nombre de nouvelles familles Nombre de consultations ,3 % 41,3 % 40,3 % 41,3 % Le nombre de nouvelles familles bénéficiant d une consultation d oncogénétique augmente depuis 2003, l évolution entre 2010 et 2011 étant de + 13,8 % (+ 4,1 % de 2009 à 2010). Néanmoins, la proportion de nouvelles familles par rapport au nombre total de consultations reste stable, aux alentours de 40 % d une année sur l autre. L augmentation continue du nombre de nouvelles familles révèle qu il existe encore des familles à haut risque génétique non prises en charge par le dispositif. 16 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

18 1.5. Indications de consultation Répartition de l activité de consultation selon l indication de la consultation en 2011 Figure Activité de consultation Indications Répartition des consultations en fonction de l indication de la consultation ,3% 91,9% 94,5% 96,4% 97,9% 99,4% 99,8% 100,0% Nombre de consultations ,6% Proportion par rapport au nombre global de consultations : % cumulés En 2011, consultations dédiées au syndrome seins-ovaires sont réalisées contre liées aux pathologies digestives. Ces deux indications constituent à elles seules 88,3 % de l activité totale de consultation. Les consultations dédiées au syndrome seins-ovaires sont majoritairement effectuées au sein des Centres de lutte contre le cancer (CLCC), alors que celles dédiées aux pathologies digestives ont principalement lieu en CHU. Les néoplasies endocriniennes sont quant à elles prises en charge par 38 établissements, 5 d entre eux réalisant plus de 100 consultations dédiées à cette pathologie en Les consultations dédiées aux cancers urologiques et aux tumeurs pédiatriques se répartissent sur l ensemble des établissements du dispositif d oncogénétique avec, pour chacune d entre elles, un centre présentant un niveau d activité élevé : le supra GH Sud de l AP-HP qui effectue 24,5 % des consultations dédiées aux cancers urologiques et l Institut Gustave Roussy réalisant 38,1 % des consultations liées aux tumeurs pédiatriques. Par ailleurs, 64,3 % de l activité liée aux mélanomes et autres tumeurs cutanées est réalisée par quatre établissements (supra GH Ouest et supra GH Nord de l AP-HP, Institut Gustave Roussy, Hospices civils de Lyon) et 49,4 % de l activité liée aux néoplasies du système nerveux par un seul établissement (Hospices civils de Lyon). Enfin, en 2011, 22 établissements sur les 48 ont réalisé des consultations dédiées aux hémopathies malignes tandis que les consultations dédiées aux maladies cassantes de l ADN se sont partagées entre 8 sites. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

19 Concernant certains autres cancers fréquents (cancers de la prostate par exemple), l absence d activité s explique par le fait qu aucun gène majeur de prédisposition n a été mis en évidence à ce jour Évolution de l activité de consultation selon l indication Figure Évolution Activité de consultation Indications Nombre total de consultations / syndrome seins-ovaires / pathologies digestives Total Syndrome seins-ovaires Pathologies digestives Nombre de consultations Plan cancer Depuis 2003, le nombre de consultations liées au syndrome seins-ovaires et aux pathologies digestives s accroît de façon continue, avec, respectivement, des progressions de + 13,4 % et + 16,7 % de 2010 à Par ailleurs, il est à noter que c est la première fois depuis 2006 que la progression des consultations dédiées aux pathologies digestives est plus importante que celle relative au syndrome seins-ovaires. L écart entre les deux indications reste cependant conséquent avec un rapport «consultations liées au syndrome seins-ovaires sur consultations liées aux pathologies digestives» passant de 2,1 en 2003 à 2,7 en 2011, alors qu il devrait être de 1 selon les données d incidence mentionnées par les experts 6. Alors que la progression des consultations dédiées au syndrome seins-ovaires est importante, le retard des consultations dédiées aux pathologies digestives persiste. L identification, par le dispositif d oncogénétique, des personnes prédisposées héréditairement à une pathologie digestive n est par conséquent toujours pas optimale. 6. Rapport sur l estimation des besoins de la population pour les 10 années à venir en termes d accès aux consultations aux tests d oncogénétique, INCa, Collection Etudes et Expertises, octobre SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

20 2. PRESCRIPTIONS 2.1. Prescriptions de tests génétiques en 2011 Tableau Prescriptions de tests génétiques Par gène, nombre de prescriptions chez les cas index et les apparentés Gènes Cas index Apparentés Gènes Cas index Apparentés BRCA MET 16 8 MMR SMARCB1 / INI MUTYH SUFU 16 6 CDK4 + CDKN2A + MC1R BMPR1A 15 3 APC POLH / XPV 15 0 TP MAX 12 1 VHL TMEM MEN XP (C, D, F, G) 10 5 CDH PRKAR1A 9 8 SDH (B, C ou D) WT1 8 2 RET RUNX1 7 0 FLCN / BHD TSC (1 et/ou 2) 7 12 NF NF2 5 5 PMS CYLD 4 0 PTEN JAK2 3 2 RB PKD (1 ou 2) 3 0 RAD51C 46 1 SDHA 3 0 CDC SDHAF2 / SDH5 3 0 PTCH WRN 3 0 STK ATM 2 1 PALB2 / FANCN 30 0 CHEK2 2 1 FH HFE 2 0 AIP 22 3 SPRED1 2 0 EPCAM 21 7 CDKN1B / P27KIP1 1 0 DDB2 / XPE 20 0 CTNNB1 1 0 FANC 18 6 PRSS1 1 1 SMAD KRIT1 0 5 Au total, en 2011, un test génétique a été prescrit pour : cas index ; apparentés. 75,2 % des prescriptions chez les cas index et 78,1 % chez les apparentés sont des demandes de tests BRCA ou MMR. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

21 En considérant que les consultations de suivi n ont pas pour objectif de prescrire un examen génétique, patients se sont vus prescrire un test en 2011 sur un total de ( nouveaux patients au sein de nouvelles familles et nouveaux patients au sein de familles connues). Toute consultation d oncogénétique d un nouveau patient n aboutit donc pas nécessairement à la demande d un test génétique, une prescription étant établie dans 72,6 % des cas Évolution des prescriptions de tests génétiques Figure Évolution Prescriptions de tests génétiques Nombre total de prescriptions chez les cas index et les apparentés Cas index Apparentés Nombre de prescriptiontions Plan cancer Chez les cas index, une augmentation importante et régulière du nombre de prescriptions de tests génétiques est observée depuis 2003, l évolution entre 2010 et 2011 étant de + 10,0 % (+ 8,7 % entre 2009 et 2010). Les prescriptions chez les apparentés progressent également régulièrement depuis 2007, avec une évolution de + 7,8 % de 2010 à SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

22 LABORATOIRES Figure Dispositif d oncogénétique Laboratoires Répartition géographique des différents laboratoires d oncogénétique Institut Bergonié, Bordeaux BRCA, MMR, PTEN, PTCH1 Centre Oscar Lambret, Lille BRCA MMR, APC, MUTYH, PTEN, STK11, TP53 CHU de Rouen Centre François Baclesse, Caen BRCA CHU de Lille MMR, APC, MUTYH, MEN1, RET, VHL, SDH, AIP, SMAD4, BMPR1A, CDC73 BRCA, RET CHU-CLCC 1 de Reims BRCA Centre Paul Strauss Strasbourg CHU de Nancy BRCA, MMR CHU de Strasbourg MMR, MUTYH CHU de Rennes APC, MUTYH, CDH1 BRCA Centre Georges-François Leclerc Dijon CHU d Angers RET, VHL, SDH, TMEM127, TSHR CHU de Nantes BRCA, MMR, RET APC, MUTYH, MEN1, RET, VHL, FLCN, SDH, NF1, NF2, SPRED1, AIP, SMAD4, CDC73 CHU de Lyon Centre Jean Perrin cancers non fréquents Clermont-Ferrand CHU-CLCC BRCA, MMR, APC, MUTYH, CDH1, PALB2 2 de Lyon cancers fréquents BRCA, MMR, CDH1 Institut Claudius Regaud, Toulouse BRCA, MMR BRCA, MMR, RET CHU de Montpellier MEN1, RET, VHL, SDH, AIP, TMEM127 APHM Institut Paoli Calmettes, Marseille BRCA, MMR, APC, MUTYH, CDH1, TP53, PTEN, STK11, SMAD4, PALB2 BRCA, MMR, MUTYH, CDH1, MET Institut Curie Site de Saint-Cloud Paris Institut Gustave Roussy, Villejuif BRCA, MMR, CDKN2A, CDK4, VHL, RET, SUFU, FH APHP Pitié-Salpêtrière BRCA, MMR, APC, MUTYH, PTEN, RET, CDH1, SMAD4, BMPR1A, RAD51C APHP Bichat APHP Beaujon NF1, NF2, CDK4, CDKN2A, FLCN, SPRED1, XP, MEN1, CYLD, STK11, SMARCB1, PTCH1 APHP HEGP APHP Cochin MMR, MUTYH, MEN1, RET, VHL, SDH, TMEM127, MAX, PRKAR1A, AIP, CDC73 Institut Curie Site de Paris BRCA, RB1, FANC, ATM, SMARCB1 Principaux gènes testés 1 CLCC de Reims : Institut Jean Godinot Île-de-France 2 CLCC de Lyon : Centre Léon Bérard SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

23 1. ACTIVITÉ DES LABORATOIRES Au niveau national, 25 laboratoires, effectuant des tests génétiques, perçoivent des financements DGOS/INCa (annexe 3). Leur activité peut être évaluée par deux indicateurs : le nombre d amplicons étudiés et le nombre de tests réalisés. Le nombre d amplicons correspond plus particulièrement au travail analytique et technique et est lié à la taille des gènes analysés alors que le nombre de tests est plus particulièrement inhérent au travail préanalytique et postanalytique, en lien avec le nombre de prélèvements reçus et de dossiers traités. Il est à noter que le nombre d amplicons varie significativement en fonction de la taille du gène étudié, mais également en fonction de la technique utilisée. Afin d éviter une surestimation des réarrangements de grande taille (RGT) par rapport à la recherche de mutations ponctuelles, un coefficient de pondération de quatre a été retenu et appliqué pour le calcul de ces réarrangements. En 2011, amplicons ont été analysés et tests mis en œuvre : amplicons et tests dans le cadre de la recherche de mutations ponctuelles ; amplicons (avec coefficient de pondération) et tests dans le cadre de la recherche de réarrangements de grande taille. Depuis 2004, le nombre d amplicons analysés dans le cadre d une recherche de mutations ponctuelles progresse fortement et régulièrement, l évolution entre 2010 et 2011 étant de + 10,5 % (+ 12,6 % entre 2009 et 2010). Cette évolution s observe également sur le plan du nombre de tests effectués, progressant de + 9,5 % de 2010 à 2011 (+ 9,7 % de 2009 à 2010) (figures 11 et 12). Par ailleurs, après une stagnation entre 2007 et 2008, la recherche des réarrangements de grande taille s accroît depuis, les évolutions du nombre d amplicons étudiés et du nombre de tests réalisés dans ce cadre étant respectivement évaluées à + 15,7 % et + 8,9 %. Cette progression concerne essentiellement les gènes BRCA, MSH6, PMS2 chez les cas index et le gène BRCA1 chez les apparentés (figures 11 et 12). En 2011, les laboratoires déclarent des niveaux d activité très hétérogènes, que ce soit sur le plan du nombre d amplicons analysés ou du nombre de tests effectués (figures 13 et 14). Capacité d analyse, prédispositions prises en charge et variété des gènes étudiés différent en effet d un laboratoire à un autre. Certains s intéressent principalement au syndrome seinsovaires et/ou au syndrome de Lynch, analysant les gènes BRCA et/ou MMR et parfois un ou deux gènes supplémentaires : CLCC de Strasbourg, CHU de Strasbourg, CLCC de Bordeaux, CLCC de Caen, CLCC de Reims, CHU de Montpellier, CHU de Nancy, CLCC de Toulouse, CLCC de Lille, CHU de Nantes et CHU-CLCC de Lyon «Cancers fréquents». D autres se focalisent uniquement sur les prédispositions rares : AP-HP GH Beaujon-Bichat-Louis Mourier, CHU de Lyon «Cancers non fréquents, CHU de Marseille, CHU de Rennes et CHU de Angers. Enfin, les laboratoires du CLCC de Marseille, de l Institut Curie (sites de Paris et de Saint-Cloud), de la Pitié-Salpêtrière, de l HEGP et de Cochin, du CLCC de Clermont-Ferrand, du CHU de Lille et du CHU de Rouen s intéressent aux prédispositions principales (syndrome seins-ovaires et/ou syndrome de Lynch), mais également à certaines prédispositions plus rares. Dans tous les cas, quelle que soit la stratégie adoptée, les capacités d analyse varient d un laboratoire à l autre. 22 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

24 Figure 11. Évolution Activité globale des laboratoires (tous gènes confondus) Nombre d amplicons analysés (MP et RGT) (donnée non répertoriée en 2003) Mutations ponctuelles Réarrangements de grande taille (avec coefficent de pondération) Nombre d'amplicons Plan cancer Figure 12. Évolution Activité globale des laboratoires (tous gènes confondus) Nombre de tests réalisés (MP et RGT) Mutations ponctuelles Réarrangements de grande taille Nombre d'analyses Plan cancer SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

25 Figure Activité globale des laboratoires (tous gènes confondus) Répartition du nombre d amplicons analysés entre les laboratoires (MP et RGT) Réarrangements de grande taille (avec coefficient de pondération) Mutations ponctuelles Nantes CHU Marseille CLCC Caen CLCC Institut Curie - Site de Paris Lyon CHU-CLCC Cancers fréquents AP-HP GH Pitié-Salpêtrière Montpellier CHU Villejuif CLCC Bordeaux CLCC Lille CLCC Nancy CHU Clermont-Ferrand CLCC Strasbourg CLCC Institut Curie - Site de Saint-Cloud AP-HP GH Beaujon-Bichat-Louis Mourier 791 Toulouse CLCC AP-HP GH HEGP - GH Cochin-Hôtel Dieu 558 Lyon CHU Cancers non fréquents Reims CHU-CLCC 136 Lille CHU 800 Rouen CHU Nombre d'amplicons Marseille CHU Rennes CHU Angers CHU Strasbourg CHU Figure Activité globale des laboratoires (tous gènes confondus) Répartition du nombre de tests réalisés entre les laboratoires (MP et RGT) Réarrangements de grande taille Mutations ponctuelles Nombre d'analyses Nantes CHU 427 Marseille CLCC 767 Villejuif CLCC 469 Caen CLCC 615 AP-HP GH HEGP - GH Cochin-Hôtel Dieu Institut Curie - Site de Paris Lyon CHU-CLCC Cancers fréquents AP-HP GH Pitié-Salpêtrière Montpellier CHU AP-HP GH Beaujon-Bichat-Louis Mourier Lille CLCC Lyon CHU Cancers non fréquents 71 Bordeaux CLCC Nancy CHU Clermont-Ferrand CLCC Lille CHU Rouen CHU Strasbourg CLCC Institut Curie - Site de Saint-Cloud Toulouse CLCC Marseille CHU Reims CHU-CLCC Rennes CHU Angers CHU Strasbourg CHU 24 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

26 2. TESTS GÉNÉTIQUES RÉALISÉS ET MUTATIONS IDENTIFIÉES L activité nationale pour chacun des gènes analysés par les laboratoires d oncogénétique est présentée au sein des tableaux 3 (cas index) et 4 (apparentés) qui comprennent : le nombre de tests effectués, dans le cadre d une recherche de mutations ponctuelles, associé au nombre et au pourcentage de mutations identifiées ; le nombre de tests effectués, dans le cadre d une recherche de réarrangements de grande taille, associé au nombre et au pourcentage de réarrangements identifiés. Les mutations mono-alléliques et bi-alléliques n ont pas été distinguées dans un contexte de pathologies à transmission autosomique récessive associées à des altérations des gènes ARL11, ATM, BLM, FANC, MRE11A, NBN, RAD50, RAD51C, WRN et XP Cas index Tableau Cas index Tests et mutations (MP et RGT) Nombre de tests effectués, nombre et pourcentage de mutations identifiées Gènes Nombre total Mutations ponctuelles MP identifiées % Réarrangements de grande taille Nombre total RGT identifiés % Pathologies à transmission autosomique dominante BRCA ,1 % ,8 % BRCA ,8 % ,1 % MLH ,9 % ,0 % MSH ,1 % ,1 % MSH ,0 % ,3 % PMS ,5 % ,3 % EPCAM ,0 % APC ,1 % ,9 % MEN ,6 % ,3 % RET ,3 % CDKN1B / P27KIP ,0 % VHL ,8 % ,7 % FLCN / BHD ,5 % ,0 % MET ,3 % ,0 % FH ,0 % ,0 % CDKN2A ,4 % ,0 % CDK ,0 % SDHB ,9 % ,4 % SDHD ,4 % ,2 % SDHC ,5 % ,0 % TMEM ,7 % 6 0 0,0 % MAX ,2 % SDHAF2 / SDH ,0 % 9 0 0,0 % SDHA ,4 % NF ,3 % ,2 % NF ,9 % ,1 % SPRED ,2 % ,0 % SMARCB1 / INI ,0 % ,6 % SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

27 Gènes Nombre total Mutations ponctuelles MP identifiées % Réarrangements de grande taille Nombre total RGT identifiés PTEN ,2 % ,5 % PTCH ,6 % ,5 % TP ,1 % ,0 % AIP ,6 % ,0 % CDC ,1 % ,0 % CDH ,5 % ,2 % RB ,7 % ,8 % SMAD ,4 % ,2 % PRKAR1A ,5 % ,8 % STK ,5 % ,2 % BMPR1A ,9 % ,9 % SUFU ,9 % ,0 % CYLD ,1 % ,0 % TSHR ,7 % ,0 % EGLN1 / PHD ,0 % RUNX ,0 % CHEK ,0 % TOTAL ,2 % ,0 % Pathologies à transmission autosomique récessive (mutations bi-alléliques et mono-alléliques confondues) MUTYH bi-allélique 46 7,0 % 1 1,0 % MUTYH mono-allélique 35 5,3 % 0 0,0 % RAD51C ,1 % PALB2 / FANCN ,2 % FANCA ,1 % ,8 % FANCC 7 0 0,0 % FANCI ,6 % FANCD ,0 % 4 0 0,0 % FANCL ,7 % FANCE 6 0 0,0 % FANCG 6 0 0,0 % FANCP 6 0 0,0 % FANCF 5 0 0,0 % FANCM 5 0 0,0 % FANCB 4 0 0,0 % BRIP1 / FANCJ 2 0 0,0 % 6 0 0,0 % DDB2 / XPE ,0 % 1 0 0,0 % XPC ,4 % 2 0 0,0 % POLH / XPV ,5 % ,0 % ATM ,1 % ,5 % MRE11A ,0 % RAD ,0 % WRN ,1 % ARL11 / ARLTS ,0 % BLM ,3 % NBN 1 0 0,0 % TOTAL ,6 % ,1 % % 26 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

28 Gènes Nombre total Mutations ponctuelles MP identifiées % Réarrangements de grande taille Nombre total RGT identifiés % Pathologies polygéniques/polyfactorielles / Facteurs pronostiques MC1R ,8 % AXIN ,0 % CEBPA 4 0 0,0 % TOTAL ,6 % TOTAL ,0 % ,0 % Depuis 2003, le pourcentage global de mutations ponctuelles identifiées chez les cas index reste relativement stable, aux alentours de 10,0 %. En 2011, une légère baisse est malgré tout à noter avec un taux évalué à 9,0 % (10,2 % en 2010). Cet infléchissement est dû à une diminution du pourcentage de mutations ponctuelles détectées dans un contexte de pathologies à transmission autosomique dominante : 7,2 % en 2011 contre 8,9 % en Alors que le pourcentage global de réarrangements de grande taille identifiés chez les cas index était de 1,3 % depuis 2007, une diminution est observée depuis 2010 : 0,9 % en 2010 et 1,0 % en Ceci peut s expliquer par le fait que certains laboratoires réalisent désormais systématiquement cette analyse et non plus en seconde intention sur des cas ciblés. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution

29 2.2. Apparentés Tableau Apparentés Tests et mutations (MP et RGT) Nombre de tests effectués, nombre et pourcentage de mutations identifiées Gènes Nombre total Mutations ponctuelles MP identifiées % Réarrangements de grande taille Nombre total RGT identifiés % Pathologies à transmission autosomique dominante BRCA ,4 % ,1 % BRCA ,7 % ,1 % MLH ,3 % ,3 % MSH ,0 % ,2 % MSH ,3 % 2 0 0,0 % PMS ,6 % 1 0 0,0 % EPCAM ,0 % APC ,1 % ,0 % RET ,0 % MEN ,5 % ,4 % VHL ,9 % ,0 % FLCN / BHD ,6 % ,0 % FH ,5 % MET ,6 % CDKN2A ,4 % CDK ,0 % SDHB ,0 % ,4 % SDHD ,3 % ,0 % SDHC ,0 % ,0 % TMEM ,3 % MAX 1 0 0,0 % NF ,6 % ,0 % NF ,4 % ,7 % SMARCB1 / INI ,0 % 8 0 0,0 % SPRED ,8 % PTEN ,6 % 3 0 0,0 % PTCH ,8 % 3 0 0,0 % RB ,3 % ,0 % TP ,8 % PRKAR1A ,8 % ,0 % STK ,5 % ,1 % CDH ,3 % 1 0 0,0 % CDC ,3 % ,9 % SMAD ,8 % AIP ,0 % BMPR1A ,0 % SUFU ,0 % CYLD ,0 % ,0 % TSHR 3 0 0,0 % TOTAL ,7 % ,7 % 28 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ D ONCOGÉNÉTIQUE 2011 Bilan 2011 et évolution