Présentation et utilisation du logiciel Zotero (TP)

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1 Module ED : "Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d évaluation." Présentation et utilisation du logiciel Zotero (TP) Elise TANCOIGNE Julie MARIN Catherine MORGE Département Systématique et Evolution Direction des Bibliothèques et de la Documentation tancoigne@mnhn.fr - jumarin@mnhn.fr - morge@mnhn.fr janvier 2011

2 Gérer ses références bibliographiques Zotero Présentation Installation Structure Débuter avec Zotero Importer des références depuis un catalogue de bibliothèque La colonne de gauche Importer des références depuis une base de données : Web of science Importer des PDF Gérer et trier les références : colonne du milieu, le contenu des collections Gérer et enrichir les références : colonne de droite, les valeurs ajoutées Les outils de recherche : les filtres, la recherche simple et avancée Les marqueurs La recherche simple et avancée Gérer une bibliographie L'ajout rapide Depuis le menu contextuel Intégrer Zotero dans Open Office Sauvegarder et partager Zotero Sauvegarder par copie locale "Portable" Zotero Importer et exporter des bibliographies Créer un compte distant : la synchronisation Partager Zotero

3 Présentation Installer Zotero Zotero est un logiciel de gestion de références bibliographiques gartuit produit par le Center of History and New Media. Zotero est une extension de Firefox et s'installe comme un plugin du navigateur. Il est téléchargeable à l'adresse : Ce support de formation est basé sur la version 2.0 de Zotero. Dans Firefox, ouvrir Zotero soit en utilisant le raccourci clavier Ctrl+Alt+Z, soit en cliquant sur l icône Zotero en bas à droite. Une fenêtre apparaît alors en bas de page : c est Zotero. 3

4 Structure : les trois colonnes de Zotero Zotero permet de collecter, de gérer, et de partager des références bibliographiques, des documents en PDF, des pages Web, des images et vidéos, etc. Colonne de gauche : Contient par défaut le dossier "Ma bibliothèque" dans lequel se trouve collecté toutes les références. Organisation des références par création des dossiers et sous-dossiers (ou collections et sous-collections). Gestion de la liste des dossiers et sous-dossiers créés par l utilisateur dans lesquels sont classées les références. Colonne du milieu : Gestion des références : affiche le contenu du dossier ou sous-dossier sélectionné dans la colonne de gauche. Tris des références Colonne de droite : Affichage des éléments de la référence sélectionnée dans la colonne du milieu. Gestion des valeurs ajoutées aux références : infos, notes, pièces jointes, marqueurs ou tags, etc. Action : Le bouton Action donne accès aux paramétrages de Zotero. Action > Préférences. Nous y reviendrons tout au long du TP. 4

5 Débuter avec Zotero Importer des références depuis un catalogue de bibliothèque : l exemple du Sudoc 1/2 Une fois installé Zotero repère automatiquement sur les pages Internet visitées les éléments bibliographiques lorsque les sites visités sont compatibles. Exemple de recherche : eubacteri* phylogen* dans le Sudoc dans tous les mots de la notice. Dans la barre d adresse du navigateur sur la page d affichage des résultats une icône jaune de type "Dossier" apparaît. Lorsqu il n y a qu une seule notice bibliographique sur la page web, l icône dans la barre d adresse est bleue : on rajoute alors les références bibliographiques une à une. 5

6 Importer des références depuis un catalogue de bibliothèque : l exemple du Sudoc 2/2 Clic sur l icône jaune > Liste des références bibliographiques que l on peut ajouter : sélectionner / désélectionner et valider avec OK. On peut importer les notices une a une ou toutes ensembles "Select All". Par défaut les références sont importées dans le dossier "Ma Bibliothèque". "Ma bibliothèque" contient la totalité des références sélectionnées, celles-ci peuvent être organisées en collections en créant des dossiers et sous-dossiers. On peut créer autant de dossiers et sous-dossiers que nécessaire. Pour classer les références dans les divers dossiers et sous-dossiers il suffit d utiliser un glisser / déposer. Les collections de références peuvent ainsi être organisées de façon thématique, mais on peut aussi bien choisir d autres organisations. Si une collection déjà existante a été sélectionnée préalablement à l import, la liste de références va automatiquement être classée dans la collection choisie (apparaissant en surbrillance). 6

7 Colonne de gauche : gestion des dossiers et des sous-dossiers 1 Clic gauche > créer une nouvelle collection 2 Clic droit sur une collection > menu contextuel, gestion des collections, création de sous ensembles à l'intérieur d'une collection existante. 3 Classer les références dans les dossiers et et sous-dossiers. Et voilà le résultat : Mini-exercice : Recommencer une recherche dans le Sudoc avec escherichia coli phylogen* et limiter les résultats aux thèses (version de soutenance). Puis importer les références dans Zotero dans une sous-collection E. Coli. 7

8 Importer des références depuis une base de données : Web of science Se connecter à la base de données et rechercher : Topic=(escherichia coli) AND Topic=(phylogen*) Limiter les résultats à : Subject Areas=( EVOLUTIONARY BIOLOGY ) Puis à Document Type = (REVIEW) Ajouter aux références bibliographiques existantes sur le même sujet en cliquant sur l icône de la barre de navigation. Ne pas hésiter à utiliser le Clipboard avant l'ajout des notices. 8

9 Importer des PDF Lorsqu on récupère des références bibliographiques depuis une base de données contenant des documents en texte intégral Zotero peut récupérer les fichiers PDF associés aux notices bibliographiques et les indexer. Pour cela faire en deux temps : "Actions" "Préférences" "Recherche", installer les deux programmes (.exe) puis redémarrer le navigateur. "Actions" "Préférences" "Générales" et cocher la case : "Joindre automatiquement les fichiers PDF associés lors de la sauvegarde d un élément". Les fichiers PDF sont stockés par défaut dans le dossier Profiles de Firefox. Selon les plateformes, soit le PDF est importé automatiquement soit il sera possible de l importer en faisant glisser l icône dans une référence sélectionnée au préalable. Si aucune référence n a été sélectionnée, le fichier PDF sera importé de façon indépendante. Mini-exercice : Depuis la plateforme JSTOR faire une recherche sur anura* AND phylogen* et importer 1 ou 2 références dans un dossier Anuran. 9

10 Gérer et trier les références : colonne du milieu, le contenu des collections Les Tris Par défaut, les références sont classées par ordre alphabétique de titre. Un clic en haut des colonnes "Titre" ou "Créateur" permet de modifier l'orde des tris. Le petite icône placée à l extrême-droite permet d ajouter ou de modifier les tris. Les diverses icônes à gauche des titres indiquent le type de document : livres, thèses, articles de revues, etc. Les Fonctionnalités Ajouts manuels Cliquer sur le bouton "Nouvel élément" pour rajouter manuellement des références bibliographiques : livre, chapitre de livre, article de revue, thèses, etc. Mais aussi d jouter des liens vers des fichiers, voire des copies de ceux-ci. Cliquer sur le bouton "Créer un nouvel élément à partir de la page courante" permet d ajouter une référence à un site Web ou à une page en cours. Cliquer sur le bouton "New Note" pour ajouter une note à une référence ou une note indépendante. Cliquer sur le bouton "New Child Attachment" pour joindre à une référence existante une capture d écran ou un lien vers la page Web en cours ou bien pour joindre un fichier ou un lien vers un fichier stocké en local. 10

11 Gérer et enrichir les références : colonne de droite, les valeurs ajoutées 1/2 Lorsqu une référence est sélectionnée dans la colonne du milieu, on peut consulter et modifier les informations sur l onglet "Info". Type de document Modifier les infos + et - Prise de notes : l onglet "Notes".permet l ajout de commentaires annexés à une référence particulière dans un gestionnaire de texte type Word permettant des mises en page. Mini-exercice : Sélectionner une référence JSTOR et importer un abstract en note. 11

12 Gérer et enrichir les références : colonne de droite, les valeurs ajoutées 2/2 L onglet "Marqueurs" (ou tags) permet la suppression ou l ajout de mots clés qui apparaîtront ensuite dans la colonne de gauche de Zotero. On peut par exemple ajouter des marqueurs aux références qui en sont dépourvues. Soit on rajoute le marqueur de façon manuelle (bouton ajouter) soit on fait glisser une référence sur un marqueur déjà existant pour lui attribuer ce marqueur. Les marqueurs ajoutés manuellement sont bleus, les importés sont orange. Mini-exercice : Sélectionner une référence du Web of Science et importer les Keyword Plus en marqueurs. L onglet "Connexe".permet de lier entre elles des références classées dans des collections diverses (par exemple du même auteur) ou bien des articles en plusieurs parties classés dans le même dossier... 12

13 Les outils de recherche : les filtres, la recherche simple et avancée 1/2 Les marqueurs Pour masquer ou visualiser les marqueurs utiliser la fonction de type menu déroulant dans la colonne de gauche en bas de l espace contenant l arborescence des collections. Un bouton de couleur arc-en-ciel permet de cacher par défaut les marqueurs. Diverses options permettent de filtrer les références : case à cocher, clicks sur les marqueurs Chaque mot clé est cliquable, ils sont autant de filtres que l on peut appliquer successivement aux collections. Selon les sources des références les collections seront plus ou moins richement indexées, les imports automatiques des marqueurs ne sont pas systématiques. Les marqueurs peuvent permettre d ajouter des filtres personnalisés permettant par exemple de filtrer ensuite les références par chapitres. Cliquer sur le bouton "Tout désélectionner" pour désélectionner les marqueurs et revenir à l'ensemble des références. La recherche simple Tous les textes présents dans les divers champs des références bibliographiques, les mots des marqueurs ainsi que les textes des PDF et des notes sont indexés donc "cherchables". 13

14 Les outils de recherche : les filtres, la recherche simple et avancée 2/2 La recherche avancée (les collections dynamiques) En cliquant sur la loupe à côté du formulaire de recherche on ouvre une fenêtre de Recherche avancée et on peut alors combiner autant de termes que l on souhaite. Opérateurs booléens de la recherche avancée. Correspond : "A toutes les" = AND, ET / "Au moins à une" = OR, OU On peut rajouter autant de critères que nécessaires en utilisant les + à droite des formulaire. Lancer la recherche. Une fois le résultat affiché on peut le sauvegarder sous forme d une recherche dynamique : "Enregistrer la recherche". L avantage de ce type de collection est qu elle s actualise automatiquement : toute référence ajoutée ultérieurement et correspondant à la recherche va venir s intégrer automatiquement dans la collection ainsi créée. 14

15 Gérer une bibliographie 1/4 L ajout rapide Ouvrir un traitement de texte ou toute autre application acceptant l ajout d un texte par glisser-déposer. Sélectionnez un ou des références bibliographiques dans la colonne du milieu Faire glisser cette sélection dans l application à l endroit désiré : Maintenir le bouton gauche de la souris appuyé et placer quelques secondes le pointeur de la souris sur l application active dans la barre de tâche. Lorsque la fenêtre de l application s ouvre faire glisser les références Ou utiliser le raccourci Alt-Tab (Windows) ou Pomme-Tab (Mac). Le format de citation est celui sélectionnée par défaut. Ce format peut être vu et modifié dans les préférences de Zotero : Action > Préférences > Exportation. Pour obtenir plus de styles Aller dans Actions > Préférences > Styles : Obtenir des styles supplémentaires. 15

16 Gérer une bibliographie 2/4 Depuis le menu contextuel Sélectionner les notices concernées puis ouvrir le menu contextuel (clic droit de la souris) : "Créer une bibliographie à partir des documents sélectionnés". Sélectionner une recherche dynamique ou une collection puis ouvrir le menu contextuel (clic droit de la souris) : "Créer une bibliographie à partir de la recherche / collection enregistrée". Choisir le style : Chicago, NLM (pour articles de revues), autres Et le format du fichier. 16

17 Générer une bibliographie 3/4 Intégrer Zotero dans Open Office 1/2 Les plugins pour traitements de texte sont des extensions Firefox, qui installent les composants nécessaires dans le traitement de texte. Une fois qu un plugin est installé, Firefox proposera automatiquement d'installer les mises à jour. Sinon on peut aussi aller chercher les mises jour dans Outils Modules complémentaires Extensions puis cliquer sur Rechercher les mises à jour Pour installer les plugins dans Word ou dans la suite Open Office aller dans Actions Assistance et Documentation Rechercher OpenOffice LibreOffice ou aller à l adresse Une fois le plugin installé une barre d outils supplémentaire apparaît dans le traitement de texte. Pour insérer une citation cliquer sur le bouton le plus à gauche "Insert citation" Le contenu de Zotero apparaît en pop-up sur le document ouvert. Sélectionner un document, ajouter si on le souhaite un numéro de page et cliquer sur OK. Prévisualisation en cliquant sur le bouton "Montrer l éditeur". Sélections multiples en cliquant sur le bouton "Sources multiples". 17

18 Générer une bibliographie 4/4 Intégrer Zotero dans Open Office 2/2 Le bouton "Edit citation" permet de revenir et de modifier une citation Le bouton "Insert Bibliography" permet d insérer la bibliographie à la fin du travail. Le bouton "Refresh" permet de remettre à jour les citations après des modifications (ajouts, retraits, etc.) Le bouton "Set document preferences" permet de changer à tout moment de style de présentation. Créer un style : 18

19 Sauvegarder et partager Zotero 1/3 Sauvegarder par copie locale Lien vers un fichier : crée un lien vers un fichier en local. "Enregistrer le lien..." et "Capturer la page courante" offrent les fonctionnalités équivalentes pour les pages Web visitées. Par défaut les fichiers sont stockés dans le dossier Profiles de Firefox : WIN XP : C:\Documents and Settings\<username>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<randomstring>\zotero WIN Vista : C:\Users\<User Name>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\<randomstring>\zotero MAC : /Users/<username>/Library/Application Support/Firefox/Profiles/<randomstring>/zotero Pour créer un espace de stockage local il est également possible de cliquer sur le bouton "Actions" "Préférences" "Avancées" Afficher le dossier contenant les données, le sauvegarder en local et/ou sur un support externe. "Portable" Zotero Installer Portable Firefox sur votre clé ou votre disque dur externe. Aller dans "Actions" > "Préférences" et vérifier que la case "Utiliser le répertoire de profil de Zotero" est cochée. Fermer toutes les sessions de Firefox et copier la totalité du dossier Zotero sur votre clé ou disque dur externe Ouvrir Zotero dans Portable Firefox aller dans "Actions" > "Préférences" et aller chercher le dossier Zotero avec "Choisir ". Intégrer le dossier. Zotero redémarrera Firefox avec vos références. Importer et exporter des bibliographies Il est possible d importer des bibliographies dans Zotero dans les formats suivants : Zotero, MODS (Metadata Object Description Schema), BibTeX, RIS, Refer/BibIX, Dublin Core non qualifié. Il est possible d utiliser ces fonctions d imports et d exports pour transférer des réfernces d une machine à une autre ou d un système de gestion des références bibliographiques à un autre. Toutefois il n est pas recommandé de transférer une bibliographie complète (pertes des liens Zotero). Une aide personnalisée est disponible sur le site pour Endnote. 19

20 Sauvegarder et partager Zotero 2/3 Créer un compte distant : la synchronisation Il est aussi possible de créer un compte distant pour stocker les références bibliographiques et les pièces jointes. Cliquer sur le bouton "Actions" "Préférences" "Synchronisation" Créer un compte. Il est parfois nécessaire de ré indexer les contenus : Action > Préférences > Recherche > Reconstruire l index. La création d un compte distant ne dispense pas d effectuer des sauvegardes régulières. Attention à la confidentialité des comptes sur le Web 20

21 Sauvegarder et partager Zotero 3/3 Partager Zotero Nota bene : pour ajouter des pièces jointes aux références bibliographiques partagées il faut le spécifier dans le paramétrage de la bibliothèque partagée. L espace est décompté de l espace gratuit (10 Mo) dont dispose le propriétaire du groupe. 21

22 Noter une référence bibliographique correctement : pourquoi? Cela doit permettre : Citer un document D'identifier sans équivoque le document auquel il est fait référence De le retrouver aisément dans ses notes de travail, dans une base de données,... De le localiser facilement dans les catalogues de bibliothèques On relève les références bibliographiques soit pour son usage personnel, soit pour rédiger une bibliographie. Dans le premier cas le relevé de la référence peut être extrêmement succinct : numéro doi par exemple. Dans le second cas, on doit respecter dans les travaux universitaires des règles et des normes de citation. Ces standards ou normes sont édités au plan international : Norme ISO Norme ISO (documents électroniques) Ces normes internationales connaissent des variantes dans leur application, on parle alors de style : Vancouver, AAA, AMA, etc. Lorsqu'on utilise un logiciel de gestion de références bibliographiques, les références importées sont déjà en grande partie normalisées comme on a pu le voir Sites à visiter : Guides et tutoriels de l'urfist de Paris Guides mis en ligne par les bibliothèques de l'université d'alberta avec en particulier le style APA