25-26 janvier AG IFB.

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1 25-26 janvier 2016 AG IFB

2 Un bureau Organisation Tout le monde participe / task force! IFB mais pas seulement! Vous pouvez participer à toutes les actions et/ou proposer Animation des communautés Formation R&D AG IFB - GT Galaxy 2

3 RESULTS AG IFB - GT Galaxy 3

4 Animation Hackathon 2015 : 30 développeurs Galaxy Day 2015 : 80 participants Session user : nouvelle thématique (e.g. : Chimie) Session Dev : forte coloration «Docker» et Planemo Galaxy Community Conference Oslo 2013, Baltimore 2014 Norwich 2015 Présentation de la communauté française Prise de contact pour l organisation de la GCC 2017 Intérêt de se structurer a minima! AG IFB - GT Galaxy 4

5 Training Galaxy4Bioinformatics V1(Roscoff), V2 (Nantes), V3 (Montauban) Soutien IFB, INRA, CNRS, etc. 3 => 4 days! Architecture, Tools Integration, Toolshed, API ~75 stagiaires / 12 intervenants - Taux de satisfaction élevé! V4!!! Ecole AVIESAN Roscoff V1/V2/V3 et V4 (20-25 Nov. 2016) Task force Infrastructure Galaxy : BPI, Infra, Support AG IFB - GT Galaxy 5

6 Tool Shed d intégration 50 packages Utilisés pour les écoles : ITMO, Mini G4B Favorise les BPI Effort porté sur la qualité des packages 3 guides des bonnes pratiques (quick start, advanced, toolshed) Training : mini G4B pour les plateformes FG (mars 2016) Exemple portage d outils : Projet IFB/FG SarTools (Institut Pasteur) H. Varet, J.-Y. Coppee and M.-A. Dillies, SARTools: a DESeq2- and edger-based R pipeline for comprehensive differential analysis of RNA-seq data, biorxiv, 2015 repository sur ToolShed IFB utilisé pour Ecole AVIESAN 2015 CCRT Bisulfite Seq. data pipeline - développé sur SLURM - besoin CPU/mémoire workflow Galaxy : 1/ multi-threading 2/ collections AG IFB - GT Galaxy 6

7 PERSPECTIVES 2016/2017 AG IFB - GT Galaxy 7

8 Formations Galaxy4Bioinformatics V4 / Capitalisation Lyon 2016 (options semaines 3 et 10 Oct.) Frais inscription Organisation avec la cellule Formation / IFB-CORE Mini G4B (29/02) : Galaxy/Cloud/IFB/France Genomique Bio-informaticiens France Génomique Formations aux bonnes pratiques Tool Shed IFB : intégration Passerelle avec les 2 jours de formation Cloud AG IFB - GT Galaxy 8

9 Galaxy For Life Science Appel à projets IFB Construire des environnements d analyse pour des communautés scientifiques: plantes, medical/diagnostic, microbes, animaux. La méthode: les environnements sont construits à partir de cas d'utilisation Un use case = une problématique avec des outils, des données, des exemples pour y répondre. AG IFB - GT Galaxy 9

10 Appel à projets IFB W4M 3.0 Intégration d outils de visualisation Interopérabilité ProteoRE 1.0 (Proteomics Research Environment) Workflows basic/advanced annotation Training NG Phylogeny.fr: Refactoring Phylogeny.fr for innovative phylogenetic services Porteuse du projet : Sarah Cohen Boulakia Encapsulation d outils de phylogenie pour galaxy Développement d un portail dédié reposant sur le moteur galaxy AG IFB - GT Galaxy 10

11 ELIXIR Integration Groupe de travail européen (Manuel Corpas, Frederik Coppens) Document collectif co-rédigé sur les attendus du groupe. Activités à l initiative de la France: Galaxy Day européen, Formation G4B ouverte à l Europe. AG IFB - GT Galaxy 11

12 GCC 2017 Sollicitations de la Galaxy Team : GCC 2015 Structuration de la communauté française : un plus!!! Présenter un seul dossier, mais un bon dossier! => pré-selection des villes candidates par le GT Task force Alban Lermine, Valentin Loux, Anthony Bretaudeau, Christophe Antoniewski, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler, Stéphanie le Gras, Yvan le Bras, Christophe Caron, Jean François Dufayard, Olivier Inizan, M. Summo AG IFB - GT Galaxy 12

13 GCC 2017 Montpellier 2017! juin Soutien IFB : 10 k Participation comité 2016 Indiana (Bloomington) AG IFB - GT Galaxy 13

14 Conclusion Contribution aux activités IFB basé principalement sur le volontariat Dynamisme! National Actions installées : formation, etc. Infrastructures nationales Coordination : cellule valorisation/formation Européen Training, Galaxy Day?! International GCC 2017 / Galaxy Team Retour sur investissement AG IFB - GT Galaxy 14

15 Thanks (photo de groupe) AG IFB - GT Galaxy 15