Manuel utilisateur HISTO MATCH IVD. Version : 11 / 2014

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1 Manuel utilisateur HISTO MATCH IVD Version : 11 / 2014 Lire attentivement les instructions figurant dans le manuel d utilisation du ou des système(s) et sur les étiquetages, et/ou dans la notice d utilisation du réactif. Distribué en Belgique, en France et au Luxembourg par : médiane diagnostic Z.A.de la Chaîne PLAISIR info@mediane-diag.fr BAG Health Care GmbH Auftragsannahme/Ordering: Customer Service: Amtsgerichtsstraße 1-5 Tel.: +49 (0) 6404 / Tel.: +49 (0) 6404 / Tel.: +49 (0) 6404 / Lich / Germany Fax: +49 (0) 6404 / info@bag-healthcare.com Fax: +49 (0) 6404 / Fax: +49 (0) 6404 / verkauf@bag-healthcare.com service@bag-healthcare.com

2 HISTORIQUE DES VERSIONS Version Date Auteur Correspond à Description 0 / /09/2009 John Culkin HISTO MATCH V Version initiale 1 / /04/2010 John Culkin 2 / /07/2010 Kristin Launhardt 3 / /02/2011 Kristin Launhardt 4 / /10/2011 Kristin Launhardt 5 / /11/2011 Kristin Launhardt 6 / 2013 Kristin Launhardt 7 / /06/2013 Kristin Launhardt 8 / /07/2013 Kristin Launhardt 9 / /11/2013 Kristin Launhardt 10 / /01/2014 Kristin Launhardt 11 / /02/2014 Kristin Launhardt HISTO MATCH V HISTO MATCH V HISTO MATCH V 1.0.x HISTO MATCH V1.2.x HISTO MATCH V1.2.x HISTO MATCH V2.x HISTO MATCH V2.1.x HISTO MATCH V2.2.x HISTO MATCH V2.3.x HISTO MATCH V2.3.6 HISTO MATCH V2.3.7 Mise à jour Mise à jour Mise à jour Mise à jour Corrections pour la V1.2 Mise à jour, dont interprétation SSP, DRB3/4/5, trousse de typage ponctuel Mise à jour, dont interprétation maladie cœliaque Mise à jour, dont choix de la base de données IMGT Mise à jour, dont interprétation maladie cœliaque et modification de l export Score Mise à jour, dont import direct d une liste de travail de MR.SPOT sur l écran de consultation des listes de travail Mise à jour, dont contrôle négatif P age ii

3 TABLE DES MATIÈRES Historique des versions... ii 1. Introduction Pré-requis Matériel Plate-forme d exploitation Structure du logiciel HISTO MATCH Patients et échantillons Listes de travail pour les tests SSO Tests SSP Trousses, lots et sous-lots pour les tests SSO Trousses et lots pour les tests SSP Installation et gestion de la base de données Installation du logiciel HISTO MATCH Base de données Mode Instance utilisateur Mode SQL Server Installation initiale de la base de données Mode Instance utilisateur Mode SQL Server Mise à jour du logiciel HISTO MATCH Création d une nouvelle base de données Mode Instance utilisateur Mode Serveur Affichage du nom de la base de données actuelle Démarrer le logiciel HISTO MATCH Paramétrage initial du logiciel Ouvrir une session Ajouter des utilisateurs et affecter des fonctions Changer le mot de passe de l utilisateur Importer, afficher et mettre à jour des trousses Retrouver des sous-lots Trier les sous-lots P age iii

4 7. L écran d accueil Menu principal Gestion des utilisateurs Écran de consultation des utilisateurs Ajouter un nouvel utilisateur Modifier un utilisateur Réinitialiser un mot de passe utilisateur Supprimer un utilisateur Changer le mot de passe de l utilisateur Gestion des patients Retrouver des patients Trier les patients Ajouter un nouveau patient Modifier un patient existant Affecter des échantillons existants Supprimer des patients Gestion des échantillons Retrouver des échantillons Trier les échantillons Ajouter un nouvel échantillon Modifier un échantillon existant Importer des échantillons Format du fichier d import Importer le fichier texte Lien depuis l échantillon jusqu aux résultats Gestion des listes de travail Visualisation de la liste de travail et données d historique Retrouver une liste de travail Trier les listes de travail Statut de la liste de travail Créer une nouvelle liste de travail ID Liste de travail P age iv

5 Tests disponibles Ajouter des échantillons avec un lecteur de codes-barres Modifier le plan de plaque Supprimer des tests de la liste de travail Importer une liste de travail initiale Modifier une liste de travail existante Rapport de préparation de la liste de travail Créer une liste de travail pour un Combi-test (typage d urgence) Transmettre la liste de travail au processeur MR.SPOT Importer une liste de travail traitée Importer à l aide d une clé USB Importer via un réseau Exporter une liste de travail Processeur Mr.SPOT Écran des processeurs Liste des processeurs Processeur sélectionné Messages du processeur Ajouter un nouveau processeur Supprimer un processeur Importer des résultats de MR.SPOT Analyse des images Quadrillage automatique Quadrillage manuel Mesure des spots Rotation de l image Rotation automatique des images Rotation manuelle des images Écran d analyse des listes de travail Barre d outil principale Visualisation de la plaque Informations sur le test P age v

6 14.4. Fonctions d interprétation Visualisation des résultats Affectation du résultat Résultats suggérés Filtres d allèle fréquent Codes NMDP Équivalents sérologiques Affichage des résultats DPB Contrôle négatif Ignorer manuellement les sondes Interactivité entre l écran des résultats et l image du test Modifications de seuil Afficher la spécificité d une sonde Afficher le schéma d allèle Afficher la nomenclature Approuver et valider les résultats Visualiser les sondes Visualiser l historique Commentaires des résultats Interprétation de la trousse HISTO SPOT Coeliac disease Vue d ensemble de la trousse Coeliac disease Affichage DQB1 / DQA interprétation des tests HISTO TYPE SSP Importer une trousse de typage Définir le patient, l échantillon et le test Interpréter des tests HISTO TYPE SSP Informations sur le test Boutons pour l interprétation Visualisation des résultats Résultats suggérés Filtres d allèle fréquent, codes NMDP et équivalents sérologiques Afficher le schéma d allèle P age vi

7 Historique et commentaires Interprétation de la trousse HISTO TYPE Coeliac Disease Vue d ensemble de la trousse Coeliac disease Affichage DRB1 / DQB1 / DQA Rapports de typage Rapport compact Rapport de liste de travail Rapport de patient ou d échantillon Paramétrage P age vii

8 1. INTRODUCTION Ce document décrit les instructions pour l installation et l utilisation de l application HISTO MATCH. Ce logiciel, nommé HISTO MATCH, est conçu pour interpréter et gérer les résultats de typage HLA obtenus avec le système HISTO SPOT SSO et les trousses HISTO TYPE SSP. 2. PRE-REQUIS 2.1. Matériel L application peut fonctionner sur la plupart des micro-ordinateurs modernes, cependant la configuration minimale recommandée est la suivante. 2 Go de RAM Résolution de l écran 1280 x 1024 Processeur multi-cœur de 2 GHz Suffisamment d espace disponible sur le disque dur pour la base de données (une liste de travail de 96 tests avec les résultats et les images associés occupe un espace de 15 Mo dans la base de données) 2.2. Plate-forme d exploitation L application HISTO MATCH utilise l outil Microsoft.NET Framework v4.0. Les systèmes d exploitation Microsoft (32 et 64 bits) qui prennent en charge cet outil sont les suivants. Windows XP Windows Vista Windows 7 Windows 8 (requiert SQL Server 2012 Express) L application utilise un serveur de base de données SQL pour stocker les données, les résultats et les images. L application Microsoft SQL Server 2008 Express est fournie à cet effet. Elle est suffisante pour une installation locale ou en réseau avec un maximum de 10 postes clients. Pour des quantités plus importantes d utilisateurs ou si les besoins de stockage de données risquent de dépasser la limite des 4 Go, il est nécessaire d utiliser une version complète de SQL Server. L application peut utiliser le réseau local pour communiquer avec le(s) processeur(s) MR.SPOT. P age 1

9 3. STRUCTURE DU LOGICIEL HISTO MATCH 3.1. Patients et échantillons L application HISTO MATCH enregistre les informations sur les échantillons et éventuellement les informations sur le patient associé à l échantillon Listes de travail pour les tests SSO Pour réaliser une analyse sur un échantillon, un test doit être créé et ajouté à une liste de travail, c est-à-dire un ensemble de tests à traiter ensemble sur le processeur MR.SPOT. Chaque liste de travail peut comporter n importe quelle association de tests dans la gamme des produits HISTO SPOT SSO Tests SSP Pour effectuer une analyse SSP, créez un échantillon et ajoutez un test avec le lot utilisé. Doublecliquez sur le test pour ouvrir l écran d interprétation. Consultez le chapitre 15. Interprétation des tests HISTO TYPE SSP pour obtenir des informations détaillées Trousses, lots et sous-lots pour les tests SSO Un ensemble de trousses HISTO SPOT SSO est enregistré dans la base de données. Pour chaque trousse et lot de cupules réactionnelles plusieurs sous-lots peuvent être gérés. Trousse : p. ex. HISTO SPOT A, définit le locus analysé. Lot : p. ex. A084, A085, définit la spécificité des sondes dudit lot et leurs positions sur les biopuces contenues dans les cupules réactionnelles. Chaque lot peut être utilisé pour plusieurs productions de cupules (sous-lots). Sous-lot : p. ex. A085-1, A085-2, A085-3, définit comment chaque sonde réagit par rapport aux sondes de contrôle (valeur seuil) et définit leurs dates de fabrication et de péremption. Certaines sondes individuelles peuvent être inactivées dans certains sous-lots au sein d un même lot. Cette information est indiquée sur le CD spécifique fourni avec les trousses (tableaux de correspondance fichier Excel). Pour créer un test à analyser, seul le nom de la trousse est nécessaire. L information sur le souslot est déduite du code-barres des cupules réactionnelles lors du chargement du processeur Trousses et lots pour les tests SSP Un ensemble de trousses HISTO TYPE SSP est enregistré dans la base de données. Pour chaque trousse plusieurs lots peuvent être gérés. Trousse : p. ex. HISTO TYPE A low, définit le locus testé. Lot : p. ex. 145A1, 146A2, définit un lot de production avec un ensemble donné d amorces. P age 2

10 4. INSTALLATION ET GESTION DE LA BASE DE DONNÉES 4.1. Installation du logiciel HISTO MATCH Le logiciel HISTO MATCH est fourni sur un CD. Pour installer l application, insérez le CD dans le lecteur du micro-ordinateur. Le logiciel d installation doit démarrer automatiquement. Dans le cas contraire, parcourez le lecteur de CD et exécutez le programme setup.exe pour démarrer le logiciel d installation. Il n est pas nécessaire de procéder à une configuration préalable. Tous les pré-requis (.NET Framework et SQL Server) seront installés automatiquement Base de données Le logiciel HISTO MATCH utilise le serveur de base de données SQL Server. La version SQL server Express 2008 R2 est fournie avec l installation. La taille de la base de données est limitée à 10 Go avec la version Express 2008 R2. Le serveur peut être configuré pour fonctionner en mode «Instance utilisateur» ou en mode «Serveur». La base de données peut se trouver n importe où sur votre micro-ordinateur, mais le dossier doit être accessible à tous les utilisateurs. Les versions antérieures de logiciel HISTO MATCH utilisaient le dossier «C:\ExpediteDatabase» Mode Instance utilisateur Dans ce mode, la configuration et l utilisation de la base de données sont simples et les ressources requises par le micro-ordinateur sont réduites quand le logiciel HISTO MATCH ne fonctionne pas. Par contre, le temps d initialisation du logiciel HISTO MATCH est légèrement plus long. Comme les fichiers de base de données ne sont pas utilisés quand le logiciel HISTO MATCH ne fonctionne pas, la sauvegarde s effectue simplement par la copie des fichiers de base de données Mode SQL Server Ce mode permet de partager la base de données sur un réseau, et comme le programme fonctionne comme un serveur, la base de données est disponible en permanence, même lorsque le logiciel HISTO MATCH ne fonctionne pas. L utilisation de ce mode permet un démarrage plus rapide de la base de données mais nécessite davantage de ressources. P age 3

11 4.3. Installation initiale de la base de données Lorsque le logiciel HISTO MATCH est lancé pour la première fois, la fenêtre Outils de la base de données (Database Tools) s ouvre. Vous devez alors décider le mode à utiliser, Instance utilisateur (User Instance) ou SQL Server. Le mode par défaut des versions de logiciel HISTO MATCH antérieures à la version 2 est le mode Instance utilisateur Mode Instance utilisateur Cliquez sur le bouton Ouvrir (Open) pour sélectionner une base de données HISTO MATCH existante. Choisissez cette option si vous avez déjà une base de données que vous souhaitez utiliser. Sélectionnez dans ce cas le fichier dans la fenêtre d ouverture de fichier. Cliquez sur le bouton Nouveau (New) pour créer une nouvelle base de données. Choisissez un emplacement et un nom de fichier (n utilisez pas le caractère d espace dans le nom du fichier). Ne choisissez pas un fichier existant pour le remplacer car cela conduit à une erreur. Vérifiez que tous les utilisateurs ont accès au dossier que vous choisissez. P age 4

12 La base de données est créée. Après avoir créé ou sélectionné un fichier de base de données, les outils Instance utilisateur (User Instance) s affichent. Cliquez sur la coche verte pour sélectionner la base de données actuelle et revenir au logiciel HISTO MATCH. P age 5

13 Les options disponibles sont les suivantes : Nouveau (New) Crée un nouveau fichier de base de données Mettre à niveau (Upgrade) Sélectionner (Select) Met à niveau une base de données de version 1.0 ou 1.1 en version 1.2 (HISTO MATCH V2.1) Sélectionne un fichier existant de base de données Déconnecter (Disconnect) Déconnecte le mode Instance utilisateur et revient à la fenêtre initiale Outils de la base de données (Database Tools) Mode SQL Server Sélectionnez un serveur dans la liste déroulante. Si la liste est vide, cliquez sur le bouton Rafraîchir (Refresh) pour trouver les serveurs SQL disponibles sur le réseau local ceci peut nécessiter plusieurs minutes. Vous pouvez également, le cas échéant, saisir manuellement un nom de serveur. Sélectionnez la méthode d authentification (en fonction de la configuration du serveur), et le nom d utilisateur et le mot de passe si nécessaire. Cliquez sur le bouton pour essayer de vous connecter. P age 6

14 Si la connexion aboutit, l outil tente de trouver les bases de données HISTO MATCH sur le serveur. Les bases de données sont affichées dans une liste et plusieurs options sont disponibles. Rafraîchir (Refresh) : actualise la liste des bases de données du serveur. Nouveau (New) : crée une nouvelle base de données. Vous devrez saisir un nom unique de base de données et saisir un nouveau nom de fichier. Utilisez le bouton Parcourir (Browse) pour sélectionner le dossier. Vérifiez que le fichier est créé sur un emplacement accessible à tous les utilisateurs. P age 7

15 Mettre à niveau (Upgrade) : cette option est active si la base de données sélectionnée est une base en version 1.0 ou 1.1 qui peut être mise à niveau en version 1.2 (HISTO MATCH 2.1). Associer (Attach) : associe une base de données existante au serveur. Dissocier (Detach) : dissocie la base de données sélectionnée du serveur, le fichier peut ensuite être associé à un autre serveur. Supprimer (Delete) : supprime la base de données du serveur et tout fichier associé du système de fichier. Sauvegarder (Backup) : crée une sauvegarde de la base de données sélectionnée. Déconnecter (Disconnect) : se déconnecte du serveur et revient à la fenêtre initiale Outils de la base de données (Database Tools). Sélectionne la base de données «sélectionnée» à utiliser avec le logiciel HISTO MATCH et revient au logiciel HISTO MATCH. Cette option est uniquement disponible si une base de données de version 1.1 est sélectionnée dans la liste. P age 8

16 4.4. Mise à jour du logiciel HISTO MATCH Vous devez effectuer une sauvegarde de votre base de données existante avant d effectuer cette mise à niveau. Consultez le mode d emploi de la version précédente pour obtenir des instructions. Installez le logiciel HISTO MATCH à l aide du CD-ROM fourni. Il n est pas nécessaire de désinstaller la version précédente, les données actuelles ne seront pas détruites. Lorsque le logiciel HISTO MATCH est lancé pour la première fois après une mise à niveau, vous parviendrez directement à la fenêtre des outils de base de données et la base de données actuelle sera sélectionnée. Instance utilisateur Mode serveur Dans les deux cas, vous devez mettre à niveau la base de données avant de pouvoir continuer. Cette procédure mettra à niveau la base de données et préservera vos données existantes. Il s agit d une procédure à un seul sens qui ne peut pas être annulée une fois terminée. P age 9

17 4.5. Création d une nouvelle base de données Si votre base de données se remplit et se rapproche de la limite de 10 Go, vous pouvez créer une nouvelle base de données vide. Au démarrage du logiciel HISTO MATCH, maintenez la touche Ctrl du clavier enfoncée avant l affichage de la fenêtre d initialisation HISTO MATCH. La boite de dialogue suivante s ouvre. Choisissez l option Sélectionner base de données (Select Database). Selon votre configuration, vous accédez à la fenêtre Instance utilisateur (User Instance) ou à la fenêtre SQL Server Mode Instance utilisateur Cliquez sur le bouton Nouveau (New). Dans la boite de dialogue Enregistrer (Save), sélectionnez un nouvel emplacement et un nom (n utilisez pas le caractère d espace) pour le fichier de base de données. Une nouvelle base de données «vide» est créée. Vos données existantes, utilisateurs, trousses, données d installation et paramètres, sont copiées dans la nouvelle base de données. Cliquez sur HISTO MATCH. pour sélectionner la nouvelle base de données et poursuivez en lançant le logiciel P age 10

18 Mode Serveur Cliquez sur le bouton Nouveau (New). Saisissez un nom unique de base de données, le champ de texte est encadré en rouge si le nom de la base de données n est pas unique ou si le champ est vide. Dans la boite de dialogue d enregistrement du fichier, sélectionnez un emplacement et un nom pour le nouveau fichier. Une nouvelle base de données «vide» est créée. Vos données existantes, utilisateurs, trousses, données d installation et paramètres, sont copiées dans la nouvelle base de données. Cliquez sur pour sélectionner la nouvelle base de données et poursuivez en lançant le logiciel HISTO MATCH Affichage du nom de la base de données actuelle Cliquez sur le numéro de la version HISTO MATCH dans le coin en haut à droite pour afficher le nom de la base de données en cours d utilisation. P age 11

19 5. DEMARRER LE LOGICIEL HISTO MATCH L installation de l application crée un raccourci sur le bureau de votre station de travail et dans le menu Démarrer de Windows. Double-cliquez sur l un des raccourcis pour lancer l application. Au démarrage, l application tente de se connecter à la base de données locale. Une fenêtre d'initialisation indique l évolution du processus. P age 12

20 6. PARAMETRAGE INITIAL DU LOGICIEL 6.1. Ouvrir une session L application est fournie avec un utilisateur administrateur par défaut. Connectez-vous avec le nom d utilisateur Admin et le mot de passe Password123. Appuyez sur la touche Entrée (Enter) ou cliquez sur Connexion (Sign in). À ce niveau, l utilisateur administrateur peut uniquement accéder à la fonction de modification des utilisateurs de l application. P age 13

21 6.2. Ajouter des utilisateurs et affecter des fonctions L application définit 3 fonctions. Utilisateur : peut réaliser les tâches les plus fréquentes, ajouter des échantillons et des listes de travail, analyser les résultats et affecter les allèles. Superviseur : peut biologiquement valider un résultat. Administrateur : peut administrer le logiciel et les utilisateurs. Chacune des fonctions nécessaires doit être affectée à un utilisateur donné. Par exemple, un superviseur aura des fonctions d utilisateur et de superviseur. 1. Cliquez sur le bouton Utilisateurs (Users). 2. L écran affiche la liste des utilisateurs configurés. 3. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add). 4. Saisissez les détails concernant l utilisateur. Le champ Nom utilisateur (User Name) correspond à l identifiant unique de connexion de l utilisateur. P age 14

22 5. Fonctions (Roles) : cochez les cases correspondantes dans la liste déroulante. 6. Cliquez sur le bouton OK pour enregistrer ou sur le bouton Annuler (Cancel) pour annuler l ajout de l utilisateur. 7. Le nouvel utilisateur est affiché dans la liste des utilisateurs. 8. Fermez la session actuelle en cliquant sur le bouton Déconnexion (Log Off). 9. Vous pouvez maintenant ouvrir une session pour le nouvel utilisateur. Tous les nouveaux utilisateurs ont par défaut le mot de passe Password123. P age 15

23 6.3. Changer le mot de passe de l utilisateur 1. Ouvrez une session avec votre nom d utilisateur et votre mot de passe actuel. 2. Cliquez sur le bouton Paramétrage (Setup). 3. Saisissez votre mot de passe actuel, le nouveau mot de passe et confirmez votre nouveau mot de passe. 4. Cliquez sur le bouton OK pour enregistrer les modifications. 5. Cliquez sur le bouton Enregistrer les modifications (Save Changes) pour revenir à l écran d accueil. P age 16

24 6.4. Importer, afficher et mettre à jour des trousses Les différentes trousses avec leur lot et les sous-lots sont transmis sous forme de fichiers XML. Un seul fichier peut comporter plusieurs trousses, lots et sous-lots. Chaque fichier contient les informations qui définissent la disposition et les intensités des sondes utilisées pour pouvoir interpréter les images et proposer des résultats. 1. Ouvrez une session. 2. Cliquez sur le bouton Trousses (Kits). Au départ, aucune trousse n est installée. Les fonctions suivantes sont disponibles. Importer un nouveau sous-lot de cupules réactionnelles Afficher le tableau de correspondance du sous-lot sélectionné Afficher les seuils du sous-lot sélectionné Générer le tableau de correspondance d une ancienne base de données IMGT (antérieure à la version 3.0) Afficher/masquer les sous-lots périmés P age 17

25 Mettre à jour tous les sous-lots avec la dernière base de données d allèles utilisée 3. Cliquez sur le bouton Importer (Import). 4. Dans la boîte de dialogue, sélectionnez un ou plusieurs fichiers XML de trousse à importer puis cliquez sur le bouton Ouvrir (Open). 5. L application charge les fichiers et vous en présente le contenu. 6. Cliquez sur Enregistrer (Save) pour sauvegarder les résultats dans la base de données ou sur Annuler (Cancel) annuler l import. pour 7. Une fois qu elles sont importées, les trousses (sous-lots de cupules réactionnelles) peuvent être visualisées sur l écran de consultation. Les bases de données disponibles pour chaque sous-lot sont répertoriées pour chaque sous-lot. Elles sont surlignées en jaune quand la base de données la plus récente est utilisée ou en rouge si une base de données plus ancienne est utilisée. Il est possible de modifier la base de données en cliquant sur le numéro de version. Tous les sous- lots appartenant à un même lot seront modifiés (p. ex. : B048-1 en B048-4). P age 18

26 Les trousses SSO et SSP se distinguent par leur icône. Trousse HISTO SPOT SSO standard Trousse HISTO SPOT SSO combi-test Trousse HISTO SPOT Coeliac Disease Trousse HISTO TYPE SSP Cliquez sur les icônes d affichage dans le coin en haut à droite de l écran des trousses pour passer d un affichage sous forme de liste à un affichage sous forme de symboles. Cet affichage présente tous les lots disponibles. Cliquez sur un symbole pour afficher tous les souslots disponibles pour ce lot donné. P age 19

27 6.5. Retrouver des sous-lots Vous pouvez rechercher des sous-lots à l aide de la barre de recherche. Saisissez le critère de recherche dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les sous-lots peuvent être recherchés par nom, numéro de sous-lot, numéro de lot ou locus. Les sous-lots correspondant au critère s affichent dans la liste en-dessous Trier les sous-lots Vous pouvez trier la liste des sous-lots en cliquant sur le champ Trier par (Sort by) dans la liste. Vous pouvez inverser l ordre de tri en cliquant de nouveau sur le même champ. P age 20

28 7. L ECRAN D ACCUEIL L écran d accueil est le point de démarrage du logiciel. Il est accessible la plupart du temps en cliquant sur le bouton Accueil (Home) du menu principal. Les principales fonctions sur l écran d accueil sont les suivantes. Rechercher (Search) : donne accès à l écran de recherche Nouvelle liste de travail HISTO SPOT (New HISTO SPOT Worklist) : crée une nouvelle liste de travail Liste de travail Combi-test (Combistrip Worklist) : crée une nouvelle liste de travail pour la trousse de typage d Urgence HISTO SPOT On-Call Typing Importer liste de travail (Import Worklist) : importe une liste de travail initiale au format.csv ou provenant d un processeur MR.SPOT Nouvel échantillon (New sample) : crée un nouvel échantillon P age 21

29 7.1. Menu principal Le menu principal est accessible de la plupart des écrans du logiciel. La disponibilité des options dépend de la fonction de l utilisateur connecté. Le menu donne accès aux fonctions suivantes. Accueil (Home) Patients (Patients) Échantillons (Samples) Listes de travail (Worklists) Trousses (Kits) Utilisateurs (Users) Processeurs (Processors) Paramétrage (Setup) Déconnexion (Log Off) Revient à l écran d accueil. Ouvre l écran de consultation des patients. Ouvre l écran de consultation des échantillons. Ouvre l écran de consultation des listes de travail. Ouvre l écran de consultation des trousses. Ouvre l écran de consultation des utilisateurs. Ouvre l écran du système MR.SPOT. Donne accès aux options de paramétrage. Ferme la session de l utilisateur courant. P age 22

30 8. GESTION DES UTILISATEURS Le système a besoin d utilisateurs enregistrés avec un nom d utilisateur et un mot de passe uniques. Au moins une des 3 fonctions définies dans le système doit également être affectée aux utilisateurs Écran de consultation des utilisateurs À l ouverture de cet écran, tous les utilisateurs sont visibles Ajouter un nouvel utilisateur 1. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add). 2. Renseignez les champs de la boîte de dialogue Modifier utilisateur (Edit user). Nom utilisateur (User Name) : identifiant de connexion unique pour l utilisateur Fonctions (Roles) : à choisir parmi les options Utilisateur, Superviseur, Administrateur Activé (Enabled) : si la case n est pas cochée, l utilisateur ne peut pas ouvrir de session Commentaires (Comments) : commentaires concernant l utilisateur 3. Cliquez sur le bouton OK ou Annuler (Cancel). 4. Le nouvel utilisateur sera affiché sur l écran de consultation des utilisateurs. P age 23

31 8.3. Modifier un utilisateur Il est possible de modifier un utilisateur existant. La modification consiste à changer les fonctions de l utilisateur, activer ou désactiver l utilisateur ou ajouter des commentaires. Pour modifier un utilisateur, procédez de la manière suivante. 1. Sélectionnez l utilisateur dans la liste et cliquez sur le bouton Modifier (Edit). 2. Le nom de l utilisateur est en lecture seule et ne peut pas être modifié. Les autres paramètres peuvent être modifiés. 3. Cliquez sur OK pour enregistrer ou sur Annuler (Cancel) pour annuler les modifications. Remarque : l utilisateur administrateur ne peut pas être modifié Réinitialiser un mot de passe utilisateur Si un utilisateur a oublié son mot de passe, celui-ci peut être réinitialisé par un autre utilisateur qui dispose de la fonction d administrateur. 1. Sélectionnez l utilisateur dans la liste. 2. Cliquez sur le bouton Réinitialiser (Reset). 3. Le mot de passe de l utilisateur reprend la valeur par défaut Password L utilisateur modifiera son mot de passe lors de sa prochaine ouverture de session Supprimer un utilisateur Il n est pas possible de supprimer un utilisateur. Celui-ci peut être seulement désactivé par la fonction de modification de l utilisateur Changer le mot de passe de l utilisateur L utilisateur connecté peut modifier son mot de passe en cliquant sur le bouton Paramétrage (Setup) dans le menu principal. La première page des options de paramétrage permet à l utilisateur de modifier son mot de passe. Les mots de passe sont sensibles à la casse, par exemple «Passe» n est pas identique à «passe». Les champs Nouveau (New Password) et Confirmer (Confirm Password) doivent être identiques pour éviter les erreurs pendant la modification du mot de passe. Cliquez sur le bouton OK pour modifier le mot de passe. P age 24

32 9. GESTION DES PATIENTS La saisie des patients n est pas obligatoire dans le logiciel HISTO MATCH. Il n est pas indispensable d utiliser les patients pour regrouper les échantillons ou les tests à analyser, mais cela peut être utile. Cliquez sur le bouton Patients (Patients) dans le menu principal pour afficher l écran des patients. À l ouverture de cet écran, tous les patients présents dans le système sont affichés. Crée un nouveau patient. Modifie le patient sélectionné. Supprime le patient sélectionné. Crée le rapport du patient sélectionné. P age 25

33 9.1. Retrouver des patients Vous pouvez rechercher des patients à l aide de la barre de recherche. Saisissez le critère dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les patients peuvent être recherchés par leur nom ou leur identifiant. Ceux qui correspondent au critère sont affichés dans la liste Trier les patients Il est possible de trier la liste des patients en cliquant sur la liste déroulante Trier par (Sort by). Pour inverser l ordre de tri, cliquez de nouveau sur le même champ Ajouter un nouveau patient Les patients peuvent être importés d un fichier texte contenant les informations sur l échantillon. Consultez le paragraphe 10. Gestion des échantillons pour de plus amples détails. La méthode décrite ici permet d ajouter un seul patient avec plusieurs échantillons et tests. 1. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add). 2. L écran de modification de patient s affiche. Outil de développement du patient Outil de développement de l échantillon 3. Cliquez sur l outil de développement du patient pour visualiser les informations sur le patient. Un clic sur l outil affiche les informations et permet de modifier les champs. Un nouveau clic les masque. P age 26

34 ID Patient (Patient ID) : identifiant unique du patient. Obligatoire. Nom (Name) : nom et prénom du patient (ex. : Jean Dupont). Né le (DoB) : saisissez la date de la naissance dans le champ ou cliquez sur le calendrier et sélectionnez une date. Adresse (Address) : pour ajouter une adresse au patient, utilisez les boutons Ajouter/Modifier/Supprimer (Add/Edit/Delete). 4. Cliquez sur l outil d affichage de l échantillon pour ajouter un échantillon. Un clic sur l outil affiche les champs. Un nouveau clic les masque. 5. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add) pour ajouter un nouvel échantillon. Une fenêtre d ajout d échantillon s ouvre avec une ID d échantillon identique à l ID du patient (modifiable). Dans cette fenêtre, vous pouvez ajouter des tests HISTO SPOT ou HISTO TYPE. Vous pouvez ajouter autant de tests que vous le souhaitez. Vous pouvez également supprimer un test en le sélectionnant et en cliquant sur le bouton Supprimer (Delete). Une fois terminé, cliquez sur le bouton Enregistrer (Save). P age 27

35 6. Cliquez sur l outil de développement des échantillons pour saisir les informations sur l échantillon. ID Échantillon (Sample ID) : identifiant unique obligatoire pour l échantillon. Reçu le (Date Received) : par défaut la date du jour, mais peut être modifiée. Extraction (Extraction) : champ pour saisir le procédé utilisé pour isoler l ADN. Commentaires (Comments) : utilisez le bouton Ajouter (Add) pour saisir des nouveaux commentaires. P age 28

36 7. Le nouvel échantillon est répertorié dans la liste des échantillons du patient. En dehors des tests qui ont été sélectionnés, vous pouvez modifier l échantillon en cliquant sur le bouton Modifier (Edit) ou en double-cliquant sur l échantillon dans la liste. 8. Cliquez sur le bouton Enregistrer (Save) pour enregistrer les informations sur le patient et l échantillon dans la base de données ou cliquez sur le bouton Fermer (Close) pour annuler les modifications. P age 29

37 9.4. Modifier un patient existant Pour modifier un patient existant dans la base de données, procédez de la manière suivante. 1. Retrouvez le patient à modifier à l aide des fonctions de recherche et de tri. 2. Cliquez sur le bouton Modifier (Edit) ou double-cliquez sur le patient dans la liste. 3. L écran de modification de patient s affiche. 4. Tous les champs peuvent être modifiés. Des échantillons et des tests peuvent être ajoutés de la même manière que pour un nouveau patient. Pendant qu un patient est ajouté ou modifié, il est possible de naviguer dans d autres parties du logiciel, en utilisant le menu principal au bas de l écran. Ceci permet de modifier plusieurs patients ou des patients et d autres éléments en même temps. Les patients en cours de modification sont affichés dans la liste Patients ouverts (Open Patients) sur l écran de consultation des patients. Pour revenir au patient en cours de modification, double-cliquez sur le patient dans la liste. P age 30

38 9.5. Affecter des échantillons existants Si vous ajoutez ou modifiez un patient, vous pouvez lui affecter des échantillons existants dans la base de données. 1. Sélectionnez le patient à modifier, cliquez sur le bouton Modifier (Edit) ou doublecliquez sur le patient. 2. Cliquez sur le bouton Sélectionner (Select). 3. Sélectionnez l échantillon dans la liste (seuls les échantillons sans patient sont affichés). 4. Cliquez sur OK. 5. L échantillon sélectionné est affecté au patient Supprimer des patients Il est possible de supprimer un patient dans l application en le sélectionnant sur l écran de consultation des patients et en cliquant sur le bouton Supprimer (Delete). Cliquez sur Oui (Yes) pour confirmer la suppression de ce patient sélectionné. Tous les échantillons et les tests associés seront supprimés. La suppression du patient n est pas possible si certains de ses tests sont présents sur une liste de travail. Seuls les utilisateurs ayant la fonction de superviseur peuvent supprimer des patients. P age 31

39 10. GESTION DES ECHANTILLONS Le logiciel HISTO MATCH utilise le terme échantillons pour représenter les échantillons physiques. De la même manière que les échantillons physiques, plusieurs tests peuvent être réalisés sur un échantillon donné. Contrairement aux échantillons physiques, ils n ont pas besoin d être rattachés à un patient. Cliquez sur le bouton Échantillons (Samples) dans le menu principal pour afficher l écran de consultation des échantillons. Par défaut, l écran est vide à la première ouverture. Ajouter (Add) Modifier (Edit) Supprimer (Delete) Importer (Import) Crée un nouvel échantillon Modifie l échantillon sélectionné Supprime l échantillon sélectionné Importe des échantillons à partir d un fichier Rapport (Report) Crée un rapport pour l échantillon sélectionné P age 32

40 10.1. Retrouver des échantillons Utilisez la barre Rechercher (Search) pour localiser des échantillons. Saisissez le critère dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les échantillons peuvent être recherchés par leur identifiant ou par le nom du patient. Les échantillons qui correspondent au critère sont affichés dans la liste Trier les échantillons Il est possible de trier la liste des échantillons en cliquant sur un critère dans la liste déroulante Trier par (Sort by). Pour inverser l ordre de tri, cliquez de nouveau sur le même critère dans la liste Ajouter un nouvel échantillon Les échantillons peuvent être importés à partir d un fichier texte (voir ci-dessous) ou ajoutés individuellement selon la description suivante. 1. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add) de l écran de consultation des échantillons. La saisie d un identifiant d échantillon est obligatoire avant l ajout des tests. P age 33

41 2. Cliquez sur l outil de développement des échantillons pour modifier les informations sur l échantillon. ID Échantillon (Sample ID) : il s agit de l identifiant unique de l échantillon. Vous ne pouvez pas cliquer sur le bouton Enregistrer (Save) sans avoir saisi d ID. Reçu le (Date Received) : par défaut la date du jour, peut être modifiée. Extraction : champ pour saisir le procédé d extraction de l ADN. Commentaires (Comments) : utilisez le bouton Ajouter (Add) pour saisir des nouveaux commentaires. 3. Cliquez sur l outil de développement des tests pour ajouter des tests à l échantillon. P age 34

42 4. Cliquez sur l outil de développement du patient pour visualiser des informations supplémentaires sur le patient. Les informations sur le patient peuvent être saisies à l aide de l écran de consultation des patients. 5. Cliquez sur Enregistrer (Save) pour sauvegarder les modifications ou sur Fermer (Close) pour annuler. P age 35

43 10.4. Modifier un échantillon existant 1. Localisez l échantillon à modifier à l aide des fonctions de recherche et de tri sur l écran de consultation des échantillons. 2. Cliquez sur le bouton Modifier (Edit) ou double-cliquez sur l échantillon dans la liste. 3. L écran de modification de l échantillon s ouvre. Tous les champs peuvent être modifiés. 4. L identifiant de l échantillon peut être modifié par un superviseur, mais il doit être renseigné. 5. Si l identifiant de l échantillon existe déjà, un message d erreur s affiche. N.B.: pendant qu un échantillon est ajouté ou modifié, il est possible de naviguer dans d autres parties du logiciel, en utilisant le menu principal au bas de l écran. Ceci permet de modifier plusieurs échantillons ou des échantillons et d autres éléments en même temps. Les échantillons en cours de modification sont affichés dans la liste Échantillons ouverts (Open Samples) sur l écran de consultation des échantillons. Pour revenir à l échantillon en cours de modification, doublecliquez sur l échantillon dans la liste. P age 36

44 10.5. Importer des échantillons Pour ajouter rapidement des patients, des échantillons et des tests, importez les données dans un fichier texte Format du fichier d import Le fichier texte doit comporter une liste d enregistrements dont chacun doit avoir l un des deux formats suivants. 1) ID Patient Prénom Nom Date de naissance ID Échantillon Locus 2) ID Échantillon Locus Les champs doivent être séparés par une tabulation ou une virgule. ID Patient : il s agit de l identifiant unique du patient. Prénom et nom : nom du patient Date de naissance : date de naissance du patient (doit correspondre au format local de date). ID Échantillon : identifiant unique de l échantillon. Locus : locus HLA à tester (p. ex. A, HLA A, HLA-A ou B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 ou COE pour la maladie cœliaque) L identifiant du patient doit être unique. Si l identifiant existe déjà dans la base de données, les champs du nom et de la date de naissance sont comparés. S ils sont identiques, le nouvel enregistrement est ajouté au patient, sinon une erreur s affiche. L identifiant de l échantillon doit être unique. Si l identifiant existe déjà dans la base de données, le nouveau test sera ajouté à l échantillon existant dans la base de données Importer le fichier texte 1. Sur l écran de consultation des échantillons, cliquez sur le bouton Importer (Import). 2. Sélectionnez le fichier texte à importer. 3. Les échantillons importés s affichent dans la liste. Le fichier texte peut également être importé directement de l écran «Créer une liste de travail» (voir chapitre Créer une nouvelle liste de travail). Il est également possible d importer des listes de travail avec des positions définies pour les échantillons et les tests (voir chapitre Importer une liste de travail initiale). P age 37

45 10.6. Lien depuis l échantillon jusqu aux résultats Un lien relie directement l écran de consultation des échantillons et des tests et celui des résultats détaillés d un test. Dans l écran de consultation des échantillons, ouvrez le sous-écran des tests. Puis surlignez le test à visualiser et double-cliquez dessus ou appuyez sur le bouton vert Interpréter (Interpret). L écran d interprétation de ce test s ouvre (pour de plus amples détails sur l interprétation, voir chapitre 14. Écran d'analyse des listes de travail). P age 38

46 11. GESTION DES LISTES DE TRAVAIL Le logiciel HISTO MATCH rassemble les tests à réaliser dans une liste de travail pouvant comporter un maximum de 96 tests organisés sous forme de 96 puits. Cliquez sur le bouton Liste de travail (Worklist) dans le menu principal pour afficher l écran de consultation des listes de travail. L écran affiche toutes les listes de travail de la base de données. Ajouter (Add) Importer (Import) Rapport (Report) Exporter (Export) Modifier (Edit) Supprimer (Delete) Analyser (Analyze) Envoyer (Send) Ajoute une nouvelle liste de travail. Importe une liste de travail. Crée un rapport pour la liste de travail sélectionnée. Exporte la liste de travail sélectionnée. Modifie le plan de plaque de la liste de travail sélectionnée. Supprime la liste de travail sélectionnée. Analyse la liste de travail sélectionnée. Envoie la liste de travail sélectionnée à MR.SPOT. P age 39

47 11.1. Visualisation de la liste de travail et données d historique Cliquez sur la flèche de la liste de travail surlignée pour afficher une vue détaillée du plan de plaque. La flèche Voir journal (View Log) ouvre les données d historique de la liste de travail, avec un graphe des températures pendant le test Retrouver une liste de travail Utilisez la barre de recherche pour retrouver une liste de travail. P age 40

48 Saisissez le critère dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les listes peuvent être recherchées par leur identifiant. Les listes de travail qui correspondent au critère sont affichées dans la liste Trier les listes de travail Il est possible de trier les listes de travail en cliquant sur un critère dans la liste déroulante Trier par (Sort by). Pour inverser l ordre de tri, cliquez de nouveau sur le même critère Statut de la liste de travail Les listes de travail ont un statut selon leur position dans le flux de travail. Le statut peut prendre les valeurs suivantes. Initial (Initial) : la liste de travail a été créée. Des tests peuvent avoir été ajoutés. Exportée (Exported) : la liste de travail est en cours d analyse sur le processeur MR.SPOT. Importée (Imported) : les données d analyse et les photos ont été importées du processeur MR.SPOT. Quadrillée (Gridded) : les images ont été analysées et un quadrillage a été réalisé sur les images, pour identifier la position des sondes. En cours d analyse (Analysing) : les types HLA des tests de la liste de travail sont en cours d affectation. Analysée (Analyzed) : les types HLA ont été affectés aux tests de la liste de travail et sont prêts à être validés. La coche blanche technicien. La coche bleue La coche orange indique que certains tests ont déjà été analysés et validés par un indique que tous les tests ont déjà été analysés et validés par un technicien. indique que certains tests ont déjà été validés par un biologiste. Terminée (Complete) : la coche verte indique que tout a été validés biologiquement. P age 41

49 11.4. Créer une nouvelle liste de travail Les listes de travail peuvent être créées en cliquant sur le bouton Ajouter (Add) sur l écran de consultation des listes de travail. L écran de modification de la liste de travail s affiche ID Liste de travail Il s agit de l identifiant de la liste de travail. L identifiant par défaut est créé automatiquement par le logiciel HISTO MATCH. Il peut être modifié selon le besoin. L identifiant de liste de travail est unique. Ajoutez des commentaires en développant le champ Commentaires (Comments) et en cliquant sur le bouton Ajouter (Add). P age 42

50 Tests disponibles Cette partie affiche les tests prêts à être insérés dans la liste de travail. Le bouton Nouveau (New) ouvre la boîte de dialogue Ajouter un nouvel échantillon et ajoute les tests créés à la liste. Le bouton Importer (Import) exécute la fonction Importer des échantillons. Les échantillons sont alors ajoutés à la liste des tests disponibles. Cliquez sur le bouton pour supprimer le test sans question supplémentaire et cliquez sur le bouton pour ouvrir la fenêtre de modification de l échantillon et ajouter ou supprimer des tests. Vous pouvez choisir d ajouter directement les nouveaux échantillons ou les échantillons importés au plan de la liste de travail en cochant la case Ajouter automatiquement les échantillons importés (Automatically Add Imported Samples) dans le coin en bas à gauche de l écran. P age 43

51 Ajouter des échantillons avec un lecteur de codes-barres Quand l écran de création d une nouvelle liste de travail est ouvert, vous pouvez ajouter des échantillons à l aide d un lecteur de codes-barres. Pour ceci, laissez cet écran ouvert et scannez le code-barres. La fenêtre des nouveaux échantillons s ouvre et l ID de l échantillon s ajoute automatiquement. Vous pouvez maintenant ajouter les tests que vous souhaitez effectuer. P age 44

52 Modifier le plan de plaque Cette partie affiche le plan de plaque pour la liste de travail. Les puits vides sont affichés en noir. Les puits colorés correspondent aux tests. Il existe plusieurs méthodes pour ajouter des tests au plan de plaque. Double-clic. En double-cliquant sur un test, celui-ci s ajoute au premier puits disponible. Le logiciel HISTO MATCH regroupe les tests d un même locus sur la même barrette. Glisser-déposer. Un ou plusieurs tests sélectionnés dans la liste de test peuvent être déplacés vers un emplacement vide de la plaque. Les tests sont ajoutés à la suite sur les emplacements qui suivent le lieu de dépose. Cette méthode permet la création de barrettes avec plusieurs locus. Il est également possible de déplacer les tests sur la plaque, en faisant glisser un test vers un emplacement vide. Ajout de locus. Cliquez sur le bouton près du nom du locus pour ajouter tous les tests disponibles pour le locus donné. Les tests seront ajoutés aux barrettes du même locus. P age 45

53 Supprimer des tests de la liste de travail Pour supprimer des tests du plan de plaque, sélectionnez le test sur la plaque en cliquant dessus. La zone Sélection (Selected Test) est activée. Cette partie peut être développée pour afficher davantage d informations sur le test sélectionné. Cliquez sur le bouton Retirer (Remove) pour enlever le test de la liste de travail. Les tests enlevés de la liste de travail sont affichés dans la liste des tests disponibles. Il est également possible de retirer des tests de la plaque en glissant-déposant les tests vers la liste des tests disponibles. Cliquez sur Enregistrer (Save) pour sauvegarder les modifications sur la liste de travail et pour ouvrir l écran Envoyer la liste de travail au système (voir chapitre 11.9 Transmettre la liste de travail au système) ou sur Annuler (Cancel) pour annuler toutes les modifications et fermer l écran. Pendant la modification de la liste de travail, il est possible de passer à un autre écran, en sélectionnant l une des fonctions disponibles sur le menu principal. Pour y revenir, affichez l écran de consultation des listes de travail. Toutes les listes de travail ouvertes sont affichées dans la partie Listes de travail ouvertes (Open Worklist). Double-cliquez sur un élément de la liste pour revenir à l écran de modification. P age 46

54 11.5. Importer une liste de travail initiale Une méthode rapide de création de listes de travail consiste à importer des listes de travail à partir d un fichier texte (.csv). Le fichier texte doit comporter une liste d enregistrements dont chacun doit avoir l un des deux formats suivants. 1) ID Patient Prénom Nom Date de naissance ID Échantillon Locus 2) ID Échantillon Locus Les champs doivent être séparés par une tabulation ou une virgule. Utilisez le caractère «#» pour les puits vides. Vous pouvez saisir des commentaires qui ne seront pas importés en commençant la ligne par les signes «//». Le nom du fichier correspondra au nom de la liste de travail dans HISTO MATCH. Un fichier modèle au format Excel est proposé et peut être téléchargé sur le serveur HISTO SPOT ( Il transforme une feuille de calcul Excel en format.csv correct. Les paramètres d accès sont disponibles auprès de BAG Health Care GmbH ou de votre représentant local. ID Patient : il s agit de l identifiant unique du patient. Prénom et nom : nom du patient. Date de naissance : date de naissance du patient (doit correspondre au format local de date). ID échantillon : l identifiant unique de l échantillon. Locus : le locus HLA pour lequel ajouter un test (par ex., A, HLA-A, HLA-A, B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 ou COE). Le fichier texte peut être importé à l aide du bouton Importer (Import) sur l écran d accueil ou du bouton Importer (Import) sur l écran de consultation des listes de travail. Sélectionnez Liste de travail CSV (CSV Worklist) dans la liste déroulante Fichier (File) et sélectionnez le fichier de la liste de travail. Une fois l import terminé, l écran de modification de la liste de travail s affiche. P age 47