TP BIOINFORMATIQUE Bases de Données relationnelles

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1 TP BIOINFORMATIQUE Bases de Données relationnelles Objectif : Construire et utiliser une base de données relationnelle simple. Déroulement : Ce TP se déroulera sur 2 séances. 1. Modélisation simplifiée sous forme de tables de la structure de la base de données. 2. Création des tables et stockage des données. 3. Mises à jour et requêtes dans la base de données. Documents utiles : - Manuel d utilisation (si nécessaire) de MySQL - en anglais, avec recherche par mot-clés Modélisation sous forme de tables de la structure des entrées de SWISS-2DPAGE A partir de l analyse des entrées P11604 et P04406 de SWISS-2DPAGE, déterminer la meilleure décomposition pour structurer la base de données SWISS-2DPAGE en tables. Préliminaire Création des tables et stockage des données TOUTES les lignes de commandes MySQL se terminent par un point-virgule. Les noms de commande et mot-clés de MySQL ne sont pas sensibles à la casse, mais pour les différencier dans la table qui suit, ils sont en majuscules. En revanche, les noms de bases de données, de tables, de colonnes des tables sont sensibles à la casse. Les instructions entre '[' et ']' sont optionnelles. Sélectionner une base de données, en connaître la structure,

2 Créer une table, insérer et modifier des données Commande SHOW DATABASES USE nombase SHOW TABLES DESC[RIBE] nomtable CREATE TABLE nomtable (col1 TYPE1, col2 TYPE2,...) INSERT INTO nomtable [(col1, col2,...)] VALUES ('valeur1', 'valeur2',...) LOAD DATA [LOCAL] INFILE 'chemin/complet/nomfichier.txt' INTO TABLE nomtable [FIELDS [TERMINATED BY '\t'] [[OPTIONALLY] ENCLOSED BY''] [ESCAPED BY '\\' ]] [LINES TERMINATED BY '\n'] [IGNORE number LINES] DROP TABLE nomtable DELETE FROM nomtable [WHERE UPDATE nomtable SET col1='valeur1',col2='valeur2',... [WHERE SELECT * FROM nomtable [WHERE Signification Liste des bases de données disponibles sélectionne la base de données 'nombase' Liste des tables disponibles pour la base sélectionnée Décrit la table 'nomtable' (donne les noms de colonnes, type, valeur par défaut...) créé la table 'nomtable', avec des colonnes col1, col2,... de type respectif TYPE1, TYPE2,... Principaux types que l'on utilisera - INTEGER, FLOAT, CHAR(n) avec 1<=n<=255, DATE (tous les types disponibles) Insère un enregistrement dans la table 'nomtable' avec col1='valeur1', col2='valeur2',... Remarque: si l'on ne précise pas les colonnes à initialiser après le nom de la table, toutes les valeurs des colonnes doivent être données, dans l'ordre établit par la commande CREATE. Insère les données du fichier texte 'chemin/complet/nomfichier.txt' dans la table 'nomtable'. Remarque - le fichier texte contient un enregistrement par ligne, les colonnes étant séparées par des tabulations supprime la table 'nomtable' et tout son contenu supprime de la table 'nomtable' tous les enregistrements [respectivement: ceux satisfaisant 'condition'] mise à jour de la table 'nomtable' avec les nouvelles valeurs col1='valeur1', col2='valeur2',... pour tous les enregistrements [Respectivement: pour ceux satisfaisant 'condition'] affiche toutes les lignes de la table 'nomtable' [respectivement: celles satisfaisant 'condition']

3 Pour MySQL en ligne de commande seulement (ceux qui l ont installé sur leurs machines), les autres sur c:\program Files\easyphp\mysql\data\ : Sur votre machine, explorer les répertoires '/mysql/data' : '/mysql/data' contient un sous-répertoire pour chaque base de données du serveur. Chacun de ces sous-répertoires contient pour chaque table de la base de données, 3 fichiers binaires: 1. 'nomtable.frm': définition de la table 2. 'nomtable.myd': données de la table 3. 'nomtable.myi': index de la table Getting Started MySQL via EasyPHP : Réaliser les opérations suivantes MySQL en ligne ou bien via l interface EasyPHP : 1. Créer une base de données 'nombase' 2. Lister les tables de votre base de données 3. Créer la table 'espece', ayant 3 colonnes: code (5 caractères), organisme (50 caractères), classification (255 caractères) 4. Vérifier la structure de cette table 5. Insérer la ligne suivante dans la table 'espece': HUMAN Homo sapiens (Human) Eukaryota; Metazoa; Chordata;Craniata; Vertebrata; Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini;Hominidae; Homo 6. Vérifier que le contenu de la table 'espece' est bien conforme à ce que vous attendez. 7. Créer un fichier 'espece.txt' (dans votre répertoire personnel) avec le reste des données de la table 'espece' (séparer les colonnes par des tabulations) : MOUSE Mus musculus (Mouse) Eukaryota;Metazoa;Chordata;Craniata;Vertebrata; Mammalia; Eutheria; Rodentia;Sciurognathi; Muridae; Murinae; Mus ECOLI Escherichia coli Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae; Escherichia DICDI Dictyostelium discoideum (Slime mold) Eukaryota; Dictyosteliida; Dictyostelium YEAST Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast) Eukaryota; Fungi; Ascomycota; Hemiascomycetes; Saccharomycetales; Saccharomycetaceae; Saccharomyces 8. Insérer les données du fichier 'espece.txt' dans la table 'espèce' 9. Vérifier le contenu de la table 'espèce'

4 10. Créer la table 'release', ayant 3 colonnes: code (entier), rel_num (2 caractères), rel_date (date) 11. Vérifier sa structure 12. Insérer dans la table 'release' les données du fichier 'release.txt' présent sur votre bureau 13. Vérifier le contenu de la table 'release' 14. Modifier les données, si nécessaire - Pour charger les données des autres tables, vous utiliserez en interactif la commande LOAD TABLE à partir des fichiers de données (la commande importer dans EasyPHP), respectivement pour chaque table par exemple le fichier espece.txt sert à charger la table espèce, entries.txt pour la table entries, etc. Des fichiers de commandes vous seront fournis : - Le fichier 'createtables.txt' contient les commandes à exécuter pour créer les différentes tables décomposant SWISS-2DPAGE. Visualiser ce fichier, puis l'utiliser pour créer les tables en mode batch (i.e. sql). Mises à jour et requêtes dans la base de données Commande SELECT * [col1,col2 FROM nomtable [WHERE ALTER TABLE nomtable modifications Signification Affiche toutes les colonnes [respectivement col1 et col2] et toutes les lignes de la table nomtable [respectivement : les lignes satisfaisant condition ] Modifie la structure de la table nomtable selon modifications Requêtes dans une table 1. Lister les espèces par ordre alphabétique 2. Lister les espèces eucaryotes 3. Lister les espèces de mammifères 4. Compter le nombre de protéines dans la base 'nombase' 5. Compter le nombre de protéines humaines dans la base 'nombase' 6. Afficher le ID et la description des protéines de l'espèce Dictyostelium discoideum, dans l'ordre alphabétique de la description 7. Combien de protéines (gene name dans swiss2dpage) ont plusieurs ACs? Afficher ces protéines 8. Rechercher les références disponibles pour l'auteur 'HOCHSTRASSER'. Afficher pour ces références le numéro Medline, les 50 premiers caractères des auteurs, et la localisation; classer par ordre alphabétique de la localisation. 9. Combien existe-t-il de références dont le premier auteur est 'SANCHEZ J.-C.'? 10. Afficher les 50 premiers caractères des auteurs, le titre et la localisation des références où les auteurs 'SANCHEZ' et 'TONELLA' apparaissent conjointement

5 11. Lister les releases par ordre chronologique 12. Afficher le nombre de protéines identifiées pour chaque master 13. Afficher les différentes bases de données cross-référencées par SWISS-2DPAGE, 14. afficher pour chacune le nombre de cross-références disponibles 15. Afficher le nombre de spots identifiés pour les masters de souris, les classer dans l'ordre croissant 16. Afficher le nombre de releases par année 17. Compter le nombre de protéines par espèce Requêtes dans plusieurs tables 1. Lister les références de l'entrée P Afficher le rang et la localisation de ces références dans leur ordre d'apparition dans l'entrée SWISS-2DPAGE 2. Donner la liste des espèces des protéines identifiées par 'MICROSEQUENCING' 3. Quelles sont les espèces étudiées par l'auteur 'YAN'? 4. Compter le nombre de protéines créées à la release 10. Donner la répartition par espèce 5. Donner la répartition par espèce (afficher l'organisme) du nombre de protéines créées depuis Quelles sont les protéines identifiées dans les masters ECOLI5-6 et ECOLI ? 7. Quelles sont les protéines ayant une cross-référence dans les bases de données PHCI- 2DPAGE et SIENA-2DPAGE? 8. Même requête que précédemment, mais afficher le AC des protéines dans l'ordre alphabétique des AC. Questions «Challenge» 9. Quelle espèce est la mieux représentée dans swiss2dpage (celle qui a le plus grand nombre d entrées) 10. Afficher le nombre de publications par protéine 11. Quelles protéines sont fortement citées 12. Quelles protéines sont exprimées dans toutes les espèces 13. Quelles protéines sont largement exprimées dans les gels de swiss2dpage (celles qui ont un maximum de spots, tous gels confondus)