Biologie Intégrative Projet Fédérateur Biogenouest

Transcription

1 Biologie Intégrative Projet Fédérateur Biogenouest Coordinateurs: C. Pineau (INSERM U625 & PF protéomique BGO) D. Eveillard (LINA Université de Nantes UMR CNRS 6241) Animateur: Y. Le Bras (Biogenouest)

2 Quelques infos me concernant Master recherche en Sciences Biologiques Marines à l IUEM Doctorat (MENRT) à l INRA de Rennes (SCRIBE et GAren) Enseignement : prépa kiné (St Malo) / monitorat (Rennes1) Travaux de recherche: M1, Ecologie Benthique, station de Roscoff, Delphine Muths / Dominique Davoult M1+, Institut des Sciences de l Evolution Montpellier, Bruno Guinand M2, Ecogénétique et Evolution Moléculaire Concarneau, Alain Van Wormhoudt Thèse, INRA SCRIBE Adaptation et Réponse au stress, Patrick Prunet INRA Génétique Animale, Pascale Le Roy Etude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss

3 La Biologie Intégrative, Was ist das? Développement dans les 90s Technologies en génomique Interprétation plus fidèle des processus biologiques Beaucoup de perspectives / espoirs, peu de démonstrations

4 La Biologie Intégrative, Was ist das? Reconsidérer l individu dans son ensemble Besoin de sortir de l approche réductionniste Niveau de connaissance actuel suffisant Mécanismes cellulaires Génotypage Dosages plasmatiques Expression de gènes

5 La Biologie Intégrative, Was ist das? 3 principales définitions Intégration horizontale (génomique intégrative) approches omics Intégration verticale (prise en considération de différents niveaux d organisation du vivant) Intégration transversale (biologie comparative)

6 La Biologie Intégrative, Was ist das? Objectifs de la B.I. Donner du sens aux données (particulièrement en génomique) Avancer dans la compréhension du comment et du pourquoi Signification du processus (approche holistique) Explication du processus (approche réductionniste)

7 Le projet fédérateur de BioGenOuest : Constat Echantillons analysés sur plusieurs échelles cellulaire (gènes, protéines, métabolites..) Nouvelles technologies de plus en plus accessibles Données hétérogènes Méthodes d analyses et de représentations différentes Comment intégrer ces données hétérogènes?

8 «how to turn data into knowledge» (Sydney Brenner)

9 Objectifs du projet Faciliter l acquisition et l analyse de données hétérogènes, issues des différentes plateformes technologiques de Biogenouest Promouvoir une approche systémique de la biologie Définir des méthodes et proposer des outils informatiques pour l intégration et l analyse des données. Intégration et exploitation des données

10 Comment? Biologie intégrative Génomique intégrative Domaine évoluant très rapidement Existence de liens + ou - direct entre les différents niveaux Applications variées (physiologie, biologie cellulaire, biologie des organismes, biologie des populations, écologie, biotechnologies, santé, ) Informer et fédérer

11 Propositions OBJECTIFS Informer Fédérer Recenser les verrous Les faire remonter Proposer des solutions Enquêtes STRATEGIES Informer Communiquer Former Groupes de travail

12 Echanger Internet Séminaires Groupes de travail

13 Formations Introduction à la bionformatique (O. Collin / F. Lecerf) Culture multidisciplinaire utilisant et fournissant outils puissants et pratiques Manipulation de fichiers et banques de données Etablissement de plans expérimentaux Analyses de données haut débit Applis web AMEN

14 Ecole thématique / école chercheurs S immerger 3 jours dans la biologie intégrative Compléter sa formation Développer des collaborations inter-organismes Exemples d utilisation

15 Ecole thématique / école chercheurs

16 Groupes de travail Identifier les pbs, avancer dans leurs résolutions Structure: 1 coordinateur expert du domaine Thèmes Structuration des données Web service Ontologies et annotations fonctionnelles Visualisation Modélisation Biostatistiques NGS

17 Groupes de travail Groupes ouverts Modélisation A. Siegel INRIA Rennes Métabolomique A. Bouchereau INRA Rennes L. Rivet PF Corsaire

18 Groupes de travail Next Generation Sequencing Développement technologique Méthodes d analyse Besoins algorithmiques P. Peterlongo INRIA Rennes

19 Groupes de travail Statistics for Integrative Biology Group Analyses de données *omic Nouveaux challenges NGS D. Causeur INRA Agrocampus Ouest Rennes

20 Groupes de travail Standardisation Entrez Gene ID Ensembl Genome Localisation ID ID commun UniProtKB Swiss-Prot ID F. Chalmel INSERM U625 Rennes Ensembl Genome Localisation ID -MADGENE -AILUN -AMEN

21 Groupes de travail Structure des données Données Données Méta-données Avantages Stockage Traçabilité Partage -Bii -Isa infrastructure O. Collin CNRS INRIA Rennes data data Genouest.org metadata metadata metadata data Avec les plateformes Transparence Dans votre In laboratoire your Lab

22 Groupes de travail Manipulation de fichiers Plateformes Web: Mobylenet Galaxy GenePattern Babelomics Analyses statistiques Sauvegarde des workflows Travail collaboratif Puissance de calcul Rapidité d exécution O. Collin CNRS INRIA Rennes

23 Perspectives Encourager les échanges Information Soutenir les projets fédérateurs Mer, Agro, Santé, Environnement Pérenniser les actions Formations Groupes de travail Structure de la recherche en biologie intégrative dans le grand ouest

24 Merci de votre attention Yvan Le Bras Charles Pineau Olivier Collin Jocelyne Le Seyec