I 3 -CRB: infrastructure informatique interopérable pour les CRB

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1 I 3 -CRB: infrastructure informatique interopérable pour les CRB Dr Christophe COMBET Institut de Biologie et Chimie des Protéines Département BioStructures Moléculaires Equipe Bioinformatique et RMN Structurales Pôle BioInformatique de Lyon Pôle Rhône-Alpin de BioInformatique IFR128 BioSciences Lyon-Gerland Département Protein Science UMR 5086 CNRS - Université Lyon 1 7, passage du Vercors Lyon CEDEX 07 - FRANCE

2 I 3 -CRB: objectifs Mise en place d une infrastructure informatique interopérable à l échelle nationale pour les CRB Pérennisation, standardisation, intégration, mise à disposition et exploitation des données Interconnexion avec les projets nationaux/ internationaux 2

3 I 3 -CRB: contexte ~ CRB ~50% des CRB n ont pas de SI et d autres ont des SI évolués Feuille de papier -> excel -> oracle DataBiotec, Tumorotek, Biobase, Biobank, Stocky Norme NF S (juillet 2008) Projet européen BBMRI (P3G,PHOEBE,ELIXIR, EU FP6/7, ) Projets infrastructure informatique dans les autres pays européens 1M à quelques 10 M Contact 24 juillet > clôture appel d offre IBiSA 9 septembre 2008 => interconnecter les données des collections des CRB 3

4 Physique - LHC Un site tier 0 Acquisition des données Stockage long terme Distribution aux centres tier 1 Traitement (reconstruction) Des sites (15) tier 1 Stockage d une partie des données Traitement (reconstruction) Des sites (4 à 5 fois tier 1) tier 2 Traitement (analyse de données et simulation, CPUs+100aine de TB) 4

5 Physique (2) 5

6 Physique (3) 6

7 Physique (4) Acquisition tier 0 tier 1 tier 2-4 Stockage 7 Traitements

8 Biologie Acquisition tier 2 tier 0 tier 1 tier 0 Stockage 8 Traitements

9 Biologie (2) Acquisition tier 2 tier 0 tier 1 tier 0 Stockage 9 Traitements

10 I 3 -CRB: partenaires A. Bathelaix (Angers) - CRB A. Burgun (Rennes) - Modélisation conceptuelle de connaissances biomédicales M. Savonnet (Dijon) - Informatique et CRB C. Libersa (Lille) - CRB E. Tabone (Lyon) - CRB C. Combet (Lyon) - Bioinformatique 10

11 I 3 -CRB: stratégie : système de gestion de base de données (e.g. PostgreSQL) : système de gestion de stockage (e.g. SRB) CRBd SSL:Secure Socket Layer Les flêches noires représentent les flux de données Les flêches blanches représentent les flux de métadonnées CRBd SSL CRBi CRBd CRBi CRBi IBCP CRBd CRBd CRBi CRBi 11

12 I 3 -CRB: stratégie : système de gestion de base de données (e.g. PostgreSQL) : système de gestion de stockage (e.g. SRB) SSL:Secure Socket Layer CRBi CRBd Les flêches représentent les flux de données CRBd HTTPS+Authentification CRBd CRBi CRBi CRBd IBCP WWW Intgérateur CRBd CRBi CRBi 12

13 I 3 -CRB: structuration Tutelles GT1 GT1: Gestion GT2: Nomenclature et Standardisation GT3: Questions et Enjeux Scientifiques GT4: Infrastructure Informatique GT5: Intégrateur Bioinformatique de Données Comité de pilotage Autres projets GT2 GT4 GT3 Autres projets GT5 CRB, Hôpitaux, Laboratoires de recherches 13

14 I 3 -CRB: points clefs Réunions de compétences complémentaires aux niveaux des partenaires Réseau informatique en appui sur quelques centres répartis géographiquement (sécurité avec réplication des données) avec équipement mi-lourd SI pour CRB sans SI (stockage distant) Equipement informatique léger (client léger) au niveau des CRB acquisiteur de données Automatisation (au maximum) de la collecte des données en appui sur les outils en place et en préservant les procédés de travail des CRB (effort en ressource humaine minimum pour les CRB) Entrepôt de méta-données dynamique permettant l interrogation en temps réel des données accessible par une interface web (= annuaire des données des CRB dynamiques) Intégration d outils d analyses de données => Valorisation des collections des CRB français 14

15 I 3 -CRB: nouveaux objectifs Financement partiel par IBiSA Démarrage 1 janvier 2009 Etat des lieux SI des CRB (MRC INSERM, BBMRI) Site Web du projet ( Annuaire des CRB ( Animation (workshop,conférence) Proposer un projet amélioré / cahier des charges 15

16 I 3 -CRB et BBMRI BBMRI:Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure Période de planification WPs WP5 Database harmonisation and IT infrastructure WP6 Biocomputing 16

17 BBMRI WP5 Intégration par approche fédérative Architecture (hub and spoke, thématiques/naotinaux/régionaux) Echange de méta-données (réaliste) 17

18 BBMRI WP5 discussions en cours Identification des biobanques, sujets, spécimens Définition d un Minimum Dataset Terminologies médicales (ICD-10, mapping, UMLS, pas HL-7 pour l instant) Protection des données (k-anonymisation, l-diversité) -> ELSI Technologie (Set Definition Language, XML, Web Services) 18

19 Autres projets Nationaux: ReNaBi GdR BIM Européens ELIXIR Tara oceans PHOEBE Internationaux P3G 19

20 Bilan Sites web + annuaire Workshop Hétérogénéité et complexité Données / Métadonnées Logiciels Ontologie Technologie Infrastructure informatique? 20