Rapport annuel d activités. Centre de national de référence du Paludisme. Année d exercice 2012

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1 Rapport annuel d activités 2013 Centre de national de référence du Paludisme Année d exercice 2012

2 Table des matières 1. RESUME ANALYTIQUE DES ACTIVITES MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR RAPPEL DES MISSIONS ET OBJECTIFS MAJEURS DU CNR ET DES LABORATOIRES ASSOCIES EQUIPES DU CNR LOCAUX DU CNR DESCRIPTION DE LA DEMARCHE QUALITE DES LABORATOIRES Pôle Métropole Pôle Antilles-Guyane : Laboratoire associé Institut Pasteur de Cayenne ACTIVITES D EXPERTISE CAPACITES TECHNIQUES DU CNR ACTIVITES D EXPERTISE DE L ANNEE Pôle Métropole Pôle Antilles Guyane ACTIVITES DE SURVEILLANCE SURVEILLANCE DE L EVOLUTION ET DES CARACTERISTIQUES DU PALUDISME D IMPORTATION POLE METROPOLE Réseau de partenaires Epidémiologie du paludisme d importation SURVEILLANCE DE L EVOLUTION ET DES CARACTERISTIQUES DES INFECTIONS POLE ANTILLES GUYANE Définition des isolats collectés Réseau de partenaires Contribution à la surveillance en interface avec l InVS SURVEILLANCE DE LA SENSIBILITE DES ISOLATS DE P. FALCIPARUM POLE METROPOLE Analyse phénotypique Génotype des isolats SURVEILLANCE DE LA RESISTANCE DE PLASMODIUM FALCIPARUM AUX ANTIPALUDIQUES EN GUYANE Chimiosensibilité de P. falciparum aux antipaludiques Génotypes des isolats DECES ET EVOLUTION DU PALUDISME GRAVE EN Décès déclarés dans la base CNR du Paludisme en 2012, description des cas Cas graves déclarés dans la base CNR du Paludisme en 2012, observations et analyses préliminaires MALACEF (ARTESUNATE) : RESUME DU RAPPORT DE SYNTHESE N 2 (PERIODE DE MAI A NOVEMBRE 2012) PALUDISME D IMPORTATION DE LA FEMME ENCEINTE EN FRANCE METROPOLITAINE (2012) DETECTION ET INVESTIGATION DES CAS GROUPES ET DES PHENOMENES ANORMAUX EN GUYANE CONTRIBUTION AUX RESEAUX DE SURVEILLANCE INTERNATIONAUX, Réseau Mondial de surveillance de la résistance aux antipaludiques (WWARN)

3 Réseau de surveillance de la résistance dans le bassin amazonien (RAVREDA) Organisation panaméricaine de la santé (OPS) ENQUETES OU ETUDES PONCTUELLES CONCOURANT A LA SURVEILLANCE Suivi in vivo de l efficacité des traitements de P. falciparum et P. vivax Surveillance de la résistance de Plasmodium vivax aux antipaludiques Paludisme en Guyane : données comparées du pôle métropole et du pôle Antilles Guyane Paludisme à la Réunion et à Mayotte Mise en place d un laboratoire de chimiosensibilité in vitro à l Hôpital Principal de Dakar (Sénégal) Evaluation du paludisme en Mauritanie ALERTE PROCEDURE D ALERTE EN CAS DE DETECTION DE PHENOMENE ANORMAL PHENOMENES AYANT FAIT L OBJET D UN SIGNALEMENT OU D UNE ALERTE En métropole Aux Antilles Guyane ANALYSE DES TENDANCES ET DU FONCTIONNEMENT DU SYSTEME ACTIVITES D INFORMATION, DE FORMATION ET DE CONSEIL ENSEIGNEMENTS, FORMATIONS AUX PROFESSIONNELS DE SANTE, ACCUEIL DE STAGIAIRES GUIDES ELABORES MODALITES DE DIFFUSION DES DONNEES DE SURVEILLANCE ET PRODUCTION DU CNR Le bulletin de rétroinformation sur la chimiorésistance du paludisme en Guyane Le rapport annuel du LA-AG ACTIVITES DE CONSEIL A DESTINATION DU PUBLIC ACTIVITES DE CONSEIL AUX PROFESSIONNELS ACTIVITES D EXPERTISES AUPRES DU MINISTERE CHARGE DE LA SANTE, DE L INSTITUT DE VEILLE SANITAIRE, DES AGENCES DE SECURITE SANITAIRE, DE L HAUTE AUTORITE EN SANTE OU DE STRUCTURE EUROPEENNE (ECDC ) OU INTERNATIONALE (OMS ) TRAVAUX DE RECHERCHE EN LIEN DIRECT AVEC L ACTIVITE DU CNR RECHERCHE DE MARQUEURS MOLECULAIRES DE RESISTANCE DE P. FALCIPARUM A LA DOXYCYCLINE EN GUYANE IDENTIFICATION DE MARQUEURS MOLÉCULAIRES IMPLIQUES DANS LA DIMINUTION DE SENSIBILITE A LA QUININE ANALYSE DU POLYMORPHISME DU GENE CODANT LA PROTEINE HRP2 ET DE SON IMPACT SUR LE DIAGNOSTIC PAR TEST DE DIAGNOSTIC RAPIDE EVALUATION DE NOUVEAUX ANTIPALUDIQUES ATTITUDE PROPHYLACTIQUE DES VOYAGEURS AYANT DECLARES UN ACCES PALUSTRE ETUDE DE LA VARIABILITE GENETIQUE DE P. VIVAX PLACE DE LA PCR DANS LE SUIVI THERAPEUTIQUE DE L ACCES PALUSTRE A P. FALCIPARUM

4 8. LISTE DES PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS PUBLICATIONS INTERNATIONALES PUBLICATIONS NATIONALES : COMMUNICATIONS INTERNATIONALES COMMUNICATIONS NATIONALES PROGRAMME D ACTIVITES 2013 ET REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

5 Table des figures Figure 1. Recrutement guyanais, CNR du paludisme laboratoire associé pour la région Antilles- Guyane (2004/2012) Figure 2 : Distribution des cas de paludisme déclarés par les correspondants du réseau du CNR du Paludisme en France métropolitaine en fonction des trois grands profils épidémiologiques pour l année Figure 3 : Distribution des cas de paludisme déclarés par les correspondants du réseau du CNR du Paludisme en France métropolitaine en fonction des cas inclus pour l analyse des résistances pour l année Figure 4 : Evolution du paludisme d importation, cas déclarés et cas estimés et évolution du nombre de voyageurs vers les zones impaludées en France métropolitaine de 1986 à Figure 5 : Répartition régionale des cas de paludisme déclarés par le réseau des correspondants du CNR du Paludisme, France métropolitaine, année 2012, n= Figure 6 : Distribution mensuelle des cas de paludisme déclarés par le réseau des correspondants du CNR du Paludisme, France métropolitaine, année 2012, n= Figure 7 : Distribution mensuelle des cas de paludisme déclarés par le réseau des correspondants du CNR du Paludisme, par périodes de 3 ans (moyenne mensuelle des cas) entre 2001 et 2012, France métropolitaine Figure 8 : Evolution annuelle des cas de paludisme d importation des sujets d origine africaine et caucasienne entre 1996 et 2012 en regard du nombre de voyageurs en zone d endémie Figure 9 : Evolution annuelle des proportions de paludisme d importation des sujets d origine africaine et caucasienne entre 1996 et Figure 10 : Protection personnelle anti-moustiques (PPAM) Figure 12 : Classification des échecs prophylactiques selon les dosages plasmatiques Figure 13. Réseau de partenaires du CNR Paludisme, laboratoire associé pour la région Antilles- Guyane Figure 14. Carte du risque de paludisme en Guyane, janvier Figure 15. Réseau des partenaires antillais : Martinique Centre Hospitalo-Universitaire (CHU) de Fort de France, Guadeloupe CHU de Pointe à Pitre Figure 15. Evolution du nombre de cas déclarés de paludisme en Guyane entre 2002 et Figure 16 : Evolution de la résistance à la chloroquine des isolats de voyageurs au retour du Cameroun, de Côte d Ivoire, du Mali et du Sénégal entre 2004 et Figure 17 : Evolution de la résistance moléculaire à la pyriméthamine et au cycloguanil des isolats de voyageurs au retour du Cameroun, de Côte d Ivoire, du Mali et du Sénégal entre 2004 et 2011 (Gharbi et al., 2012) Figure 18 : Proportion d isolats de P. falciparum importés en France métropolitaine présentant une diminution de sensibilité aux antipaludiques entre 2006 et Figure 20 : Proportion d isolats sauvages et mutés pour chaque génotype de 2006 à Figure 21 : Niveau de sensibilité in vitro de P. falciparum envers six molécules antipaludiques Figure 22 : Evolution des chimiosensibilités entre 2008 et 2012 : chloroquine (gauche), atovaquone (droite) Figure 23 : Evolution des chimiosensibilités entre 2008 et 2012 : quinine (gauche), doxycycline (droite) Figure 24 : Evolution des chimiosensibilités entre 2008 et 2012 : dihydro-artémisinine (gauche), artéméther (droite) Figure 25 : Evolution des chimiosensibilités entre 2008 et 2012 : luméfantrine (gauche), méfloquine (droite) Figure 26 : Evolution des chimiosensibilités entre 2008 et 2012 : monodéséthylamodiaquine (gauche), pyronaridine (droite) Figure 27 : Pipéraquine : évolution des chimiosensibilités entre 2009 et Figure 27 : Evolution clinique des accès palustres, CNR du paludisme, année 2012, n = Figure 28 : Répartition des cas en fonction de l'état clinique, CNR du Paludisme, année 2012, n = Figure 29 : Évolution de la répartition de l état clinique selon les années de 2007 à Figure 30 : Évolution des cas graves de paludisme d importation en France de 2000 à Figure 31 : Évolution globale et spécifique de la létalité de 2000 à Figure 33 : Evolution du délai diagnostic pour paludisme grave de 1996 à Figure 34 : Evolution du pourcentage des cas graves de paludisme d importation en fonction de la zone géographique visitée de 2000 à

6 Figure 35 : Evolution de la prise de chimioprophylaxie déclarée des cas de paludisme graves et simples de 2000 à Figure 36 : Evolution en pourcentage des cas graves de paludisme d importation en fonction de l origine ethnique africaine ou caucasienne de 2000 à Figure 37 : Analyse comparative en fonction de l ethnie, caucasienne ou africaine, de l influence de la prise d une chimioprophylaxie déclarée selon le type d accès clinique simple versus grave dans la période Figure 37 : Répartition géographique des lieux de prise en charge des cas de paludisme d importation traités par l Artésunate IV en France fin novembre 2012 (N=84) Figure 38 : Suivi biologique des patients avec un accès graves, patients traités par artésunate IV pour l année Figure 40 : Suivi biologique des patients avec un accès graves, traités par quinine IV pour l année Figure 41 : Suivi biologique des patients avec un accès graves, traités autrement que par quinine ou artésunate par voie IV pour l année Figure 42 : Suivi biologique des patients avec un accès simple pour l année

7 Table des tableaux Tableau 1 : Récapitulatif des missions du CNR Paludisme exercées par chacun des laboratoires Tableau 2 : Nombre de cas déclarés (dont les rechutes) et nombre d isolats transmis à un des sites d analyse du CNR du paludisme en 2012 par hôpital correspondant Tableau 3 : Evolution du pourcentage d isolats transmis à un des sites d analyse du CNR du Paludisme entre 2006 et 2012 par hôpital correspondant Tableau 4 : Cas déclarés et cas estimés de paludisme en France métropolitaine, tendances évolutives Tableau 5: Répartition des cas en fonction des tranches d âge pour la population totale, France métropolitaine, année 2012, n = Tableau 6 : Répartition des hommes et des femmes en fonction des tranches d âge pour la population totale, France métropolitaine, année 2012, n = Tableau 7 : Population des cas inclus pour l analyse des résistances (n = 1509) Tableau 8 : Répartition des hommes et des femmes en fonction de l origine ethnique pour la population totale en 2012 (n=1776) Tableau 9 : Répartition des cas en fonction du profil épidémiologique et de l origine ethnique en Tableau 10 : Répartition des cas en fonction du profil épidémiologique et du pays de résidence en Tableau 11 : Comparaison des cas déclarés avec les cas retenus pour l analyse des résistances en fonction de l origine ethnique en Tableau 12 : Comparaison des cas déclarés avec les cas retenus pour l analyse des résistances en fonction du pays de résidence en Tableau 13 : Répartition des cas en fonction du profil épidémiologique et de la région d endémie Tableau 14 : Répartition des cas en fonction du profil épidémiologique pour les 17 pays de contamination les plus fréquemment cités en Tableau 15 : Comparaison des cas déclarés avec les cas retenus pour l analyse des résistances en fonction de la région d endémie visitée en Tableau 16 : Méthode de diagnostic de l accès palustre Tableau 17 : Répartition des espèces en effectifs et en pourcentages dans les différentes régions et sous continents en 2012 pour la population totale (n = 1854) Tableau 18 : Répartition par espèces en pourcentage dans les différentes régions et sous continents en 2012 pour la population totale (n = 1854) Tableau 19 : Répartition des espèces plasmodiales en effectifs dans les différentes régions et sous continents : population des isolats inclus pour l analyse des résistances en 2012 (n = 1509) Tableau 20 : Concordance entre l espèce déclarée et l espèce confirmée après réception au CNR du Paludisme en 2012 (n=1377) Tableau 21 : Types des accès cliniques en effectifs et en pourcentages en fonction des espèces plasmodiales pour la population totale en 2012 (n = 1846) Tableau 22 : Type des accès cliniques à P. falciparum (seul ou en association) en effectif et en pourcentage, en fonction de l âge pour la population totale en 2012 (n = 1846) Tableau 23 : Evolution clinique des accès en fonction du type d accès clinique, en effectifs et en pourcentages pour la population totale en 2012 (n = 1845) Tableau 24 : Evolution des accès cliniques en effectifs et en pourcentages en fonction de l âge pour la population totale (n = 1854) Tableau 25 : Type des accès cliniques en effectif et en pourcentage en fonction des espèces plasmodiales pour la population des cas inclus pour l analyse des résistances en 2012 (n = 1503) Tableau 26 : Evolution des accès cliniques en effectifs et en pourcentages en fonction de l âge : population des cas inclus pour l analyse des résistances en 2012 (n = 1509) Tableau 27 : Délai d apparition des symptômes (en jours) par rapport à la date du retour de la zone d endémie en fonction de l espèce plasmodiale pour l année 2012 : population totale (n = 1536) Tableau 28 : Délai diagnostic (en jours) en fonction de l espèce plasmodiale pour l année 2012 : population totale (n = 1674) Tableau 29 : Cas à Plasmodium falciparum seul, caractéristiques de la parasitémie en fonction de l état clinique, de l âge et de la zone d origine : population totale en Tableau 30 : Cas à Plasmodium falciparum seul, caractéristiques hématologiques des cas en fonction de l état clinique : population totale en

8 Tableau 31 : Molécules utilisées en chimioprophylaxie en fonction de l observance déclarée pour la population totale à Plasmodium falciparum en 2012 (n=351) Tableau 32 : Molécules utilisées en chimioprophylaxie et observance déclarée par les patients ayant fait un accès à Plasmodium falciparum pour l année 2012, population des cas inclus pour l analyse des résistances (n=270) Tableau 33 : Interprétation après dosage plasmatique des échecs chimioprophylactiques pour les accès à P. falciparum Tableau 34 : Utilisation des médicaments de première intention en fonction du type d accès et de l âge pour l ensemble de la population (n = 1794) Tableau 35 : Evolution dans le temps ( ) de la prescription en traitement initial de P. falciparum Tableau 36 : Evolution dans le temps ( ) de la prescription en traitement initial de P.vivax, P.ovale et P. malariae Tableau 37 : Efficacité thérapeutique jugée sur la présence de formes asexuées dans le sang lors des contrôles programmés à J3-J4 ; J7 +/-1 et J28 +/-2 pour la population totale Tableau 38 : Classification des évolutions cliniques et parasitologiques des accès palustres. Comparaison des cas déclarés avec les cas retenus pour l analyse des résistances en fonction de l évolution clinique et parasitologique des accès en Tableau 39 : Contrôle parasitologique des accès palustres à P. falciparum analysés pour l année 2012 (n=1645) Tableau 40. Partenaires du LA-AG: localisation, fréquence des liaisons avec Cayenne et niveau de participation à la surveillance des résistances plasmodiales en Tableau 41. Missions de sensibilisation du LA-AG auprès des partenaires réalisées en Tableau 42 : Sensibilité in vitro des isolats de P. falciparum aux antipaludiques en fonction des pays d importation du paludisme en Tableau 43 : Proportion d isolats sauvages et mutés pour chaque génotype en Tableau 44 : Détail des accès graves avec un signe de gravité isolé versus les accès graves avec association de signes de gravités selon les années de 2006 à Tableau 45 : Évolution de la prise de chimioprophylaxie déclarée des cas de paludisme graves et simples de 2000 à Tableau 46 : Lieux de prise en charge en France des cas de paludisme d importation traités par MALACEF, mai 2011-novembre 2012 n= Tableau 47 : Pays de contamination des cas de paludisme grave traités en France par MALACEF, mai 2011-novembre 2012 n=

9 1. RESUME ANALYTIQUE DES ACTIVITES 2012 Les activités que nous rapportons sont celles de l année 2012, première année de fonctionnement du nouveau CNR du paludisme avec le regroupement des données du pôle métropole (ancien CNR Paludisme) et du pôle Antilles-Guyane (ancien CNR de la Chimiosensibilité du Paludisme Antilles Guyane). Pôle métropole Les données du CNR du paludisme mettent en évidence, au plan du fonctionnement du réseau en métropole, que la saisie en temps réel des dossiers épidémio-cliniques est globalement satisfaisante, en particulier pour les cas dont les isolats sont transmis aux laboratoires du CNR du Paludisme, avec une exhaustivité des renseignements épidémiologiques supérieure à 95,7%, témoignant de l adhésion de nos correspondants à l organisation et au fonctionnement du réseau. La réorganisation des envois vers les laboratoires du CNR en métropole n a pas pénalisé son fonctionnement puisqu en 2012, l exhaustivité de la transmission est de 96,6% pour 1509 cas dans les 52 hôpitaux (sur les 80 hôpitaux correspondants) qui ont été retenus pour mesurer les prévalences de résistance en raison du volume de leur recrutement et de leur réactivité dans l envoi des prélèvements. Pour ces mêmes cas, la surveillance post-thérapeutique recommandée par la conférence de consensus 2007 de prise en charge du paludisme reste incomplète avec en 2012, 31,5 % de suivis parasitologiques et cliniques pour la détection des échecs précoces et seulement, 18,8% pour la détection des échecs tardifs. La mobilisation des équipes cliniques pour cette surveillance est difficile compte tenu de la bonne efficacité des traitements antipaludiques actuellement recommandés, mais dont la biodisponibilité est variable quelle que soit l association thérapeutique considérée. Une supervision quotidienne de chaque dossier, avec vérification des données saisies dans la base, s impose pour les échantillons transmis pour analyse, les tests étant choisis en fonction du contexte épidémiologique de chaque patient. La qualité des données d analyse est donc meilleure quand un échantillon est transmis par rapport à un cas notifié sans échantillon transmis. Sur le plan de l épidémiologie, pour l année 2012, un total de cas de paludisme a été déclaré au Centre national de référence (CNR) du Paludisme par les correspondants du réseau métropolitain. Un cas concerne un paludisme autochtone survenu dans les suites d une transfusion sanguine. Ainsi, à partir des cas de paludisme d importation finalement retenus, le nombre de cas de paludisme d importation 2012 pour l ensemble de la France métropolitaine est estimé à environ 3510 cas. Une diminution des cas d environ 1,3 % par rapport à 2011, à déclarants constants, est observée. Comme pour les dernières années, les pays de contamination sont toujours majoritairement situés en Afrique subsaharienne (95,8 %), les cas surviennent principalement chez des sujets d origine africaine (78 %), résidant en France ou arrivant d Afrique, et ils sont dus en majorité à l espèce Plasmodium falciparum (88 %). Ce dernier chiffre apparait en augmentation par rapport aux % habituels. Il est probablement en rapport avec la proportion croissante de cas originaires d Afrique subsaharienne versus les autres zones d endémie. La diminution exceptionnelle des cas observée pour les Comores en 2011 (-80 %) se maintient (moins de 50 cas en 2012 comme en 2011) alors que l on observe une augmentation pour la Côte d Ivoire (+23 %) et le Mali (+45 %) qui avaient fortement baissé en 2011 (- 40 %) et une diminution pour le Cameroun (-54 %) dont le nombre avait augmenté d environ 20 % en Le nombre et la proportion des accès graves 198 (10,7 %) sont en augmentation par rapport à l année 2011, (135, 7,1 %). Un total de 9 décès est déclaré, soit une létalité de 0,48 % sur l ensemble des cas et de 4,5 % sur les formes graves. Ces chiffres sont supérieurs à ceux de 2011, mais la différence observée n est pas significative au plan statistique. Au final, l année 2012 confirme la tendance à la diminution des cas observée depuis Cependant, en dehors des Comores pour lesquelles la forte diminution des cas observée en 2011 a été confirmée, il existe de fortes variations entre les pays à l origine des cas sans qu il soit possible d établir l origine de ces variations brutales. L augmentation de la proportion des sujets d origine africaine dans la distribution des cas de paludisme est une tendance nette et persistante qui semble indiquer que les mesures de prévention actuelles ont une moindre efficacité pour cette population. Les données sur l évolution des chimiorésistances aux antipaludiques en 2012 confirment les recommandations prises en La forte proportion (46,1%) d isolats provenant de Madagascar présentant une triple mutation sur le gène de la pfdhfr a incité les autorités sanitaires à inclure 1 BEH n 25-26, 2008 : passage Afrique continentale en groupe 3 9

10 Madagascar dans le groupe 3 pour les recommandations de chimioprophylaxie du paludisme, en adéquation avec les recommandations internationales. Les rares cas de chimiorésistance à la méfloquine, à l atovaquone-proguanil et à l'artéméther-luméfantrine en traitement curatif incitent à recommander des contrôles post-thérapeutiques tardifs (vers J28) pour ces médicaments à longue demi-vie d élimination. En 2012, quand une chimioprophylaxie est alléguée par le patient (23,0 %), celle-ci est infirmée dans 70,8 % des cas par le dosage d'antipaludique dans le plasma. Alors que la proportion de patients déclarant la prise d une chimioprophylaxie était comprise entre 35 % et 23% entre 2006 et 2012, celleci était également infirmée dans 64 % à 87 % des cas ces dernières années. Le non-respect des recommandations de prévention est à l origine de la plupart des cas de paludisme d importation étudiés. Sur le plan du diagnostic et de la prise en charge du paludisme importé, le recours à un test immunochromatogaphique antigénique rapide augmente (+1,9%) associé au frottis dans 67,8 % des diagnostics. La concordance entre le diagnostic d'espèce initial et celui réalisé au CNR du Paludisme est bonne. L'atovaquone-proguanil (Malarone ) reste la première ligne thérapeutique (50,8%) suivie par la quinine (18,1%), la prescription de l artéméther-luméfantrine (Riamet ) augmente et devient la troisième ligne de traitement (15,1%), 12 traitements par Eurartésim ont été déclarés dans la base. Les échecs thérapeutiques curatifs liés à la résistance parasitaire à l atovaquone-proguanil (Malarone ) sont inférieurs à 1% sur la période Aucun cas d'échec prophylactique de l'atovaquone-proguanil n'a été confirmé. Au plan de l efficacité et de la tolérance des traitements du paludisme importé, il n est pas observé d augmentation de résistance à l atovaquone-proguanil et la sensibilité in vitro à la luméfantrine, à la pipéraquine et à la dihydroartémisinine reste élevée. La sensibilité moyenne des isolats à la chloroquine continue à s élever du fait de la baisse des pressions sélectives sur les parasites en Afrique. Des clairances parasitaires supérieures à 60h sont observées dans les cas importés, sans être associées à des échecs thérapeutiques. Pôle Antilles-Guyane La tendance initiée en 2008 en termes de recrutement s est poursuivie cette année. Elle a permis à LA-AG, d atteindre une représentativité de 48,5% des cas déclarés de P. falciparum (130 isolats reçus) et 39,2% des cas de P. vivax (252 isolats). Cette année marque le début de la collaboration avec nos partenaires Antillais et l entrée active du laboratoire dans la démarche d accréditation selon la norme NF ISO Suite à la détermination de la chimiosensibilité de 85 isolats et l étude des marqueurs de résistance informatifs en Guyane, aucune résistance particulière n a pu être observée et rien ne suggère pour l heure les modifications des recommandations prophylactiques ou thérapeutiques. Des cas de résistance sporadiques à l atovaquone-proguanil sont régulièrement observés sans que la mutation ne circule au sein de la population parasitaire générale. Le suivi in vivo de l efficacité thérapeutique des antipaludiques fait l objet d une analyse particulière surtout dans le contexte de retard de clairance parasitaire observée chez nos voisins du plateau des Guyanes en ce moment. Les résultats définitifs de ce suivi seront publiés au cours de l année Deux nouveaux foyers de transmission ont été signalés aux autorités sanitaires cette année dont l un est situé sur la RN1 dans un quartier regroupant un grand nombre d habitant. Des activités de prévention et d information de l ARS ont été menées dans cette zone. L année 2012 marque également l entrée du laboratoire dans la démarche de désignation comme centre collaborateur OMS et son intégration officielle au réseau de surveillance des résistances en Amérique du Sud, RAVREDA. Les activités de recherche se concentrent toujours sur l acquisition d une meilleure connaissance des mécanismes de résistance des plasmodies et sur l identification des parasites résistants avec notamment la mise en place d un test in vitro pour évaluer le niveau de sensibilité de P. vivax en collaboration avec une équipe de l Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA). 10

11 2. MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR 2.1. Rappel des missions et objectifs majeurs du CNR et des laboratoires associés Le Centre National de Référence du Paludisme (CNR du Paludisme) a été créé en 2012, par le regroupement du CNR Palu (Centre National de Référence du Paludisme) et le CNR Chimiorésistance du Paludisme pour la région Antilles-Guyane (CNRCP AG) pour répondre aux missions définies par l InVS qui sont : 1) Apporter une expertise parasitologique en : participant au développement et à l évaluation des techniques de diagnostic, investiguant les dossiers spécifiques signalés par nos correspondants ou par l InVS (paludisme autochtone ) par une expertise diagnostique et le typage des souches, évaluant la sensibilité des isolats reçus aux différents antipaludiques, expertisant les souches résistantes afin de contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes de résistance, documentant le risque de paludisme chez les voyageurs ainsi que les facteurs de morbidité et de mortalité qui lui sont associés, évaluant les mesures de prévention et les thérapeutiques curatives. 2) Contribuer à la surveillance épidémiologique : du paludisme d importation pour permettre la mise à jour des recommandations aux autorités de santé et aux voyageurs, en assurant la surveillance épidémiologique des cas avec une analyse annuelle et actualisée des données, en assurant la surveillance des chimiorésistances associées afin de définir des zones de résistance, du paludisme autochtone pour permettre la mise à jour des recommandations aux autorités de santé, à la population locale et aux voyageurs, en contribuant à la surveillance épidémiologique des cas en lien avec les Cires concernées, en assurant la surveillance des chimiorésistances associées afin de définir des zones de résistance. 3) Développer des collaborations avec les réseaux de parasitologie et de surveillance du paludisme à l échelle nationale, européenne et internationale. 4) Contribuer à l alerte en signalant tout évènement inhabituel concernant le paludisme d importation et autochtone. 5) Conseiller les autorités sanitaires locales et nationales sur les questions relatives au paludisme. Les missions des différents pôles constituant le CNR sont listées dans le tableau ci-dessous (Tableau 1). 11

12 Tableau 1 : Récapitulatif des missions du CNR Paludisme exercées par chacun des laboratoires. Pôle Métropole Plateforme Plateforme Pitié- IRBA Bichat Salpêtrière Animation du réseau des correspondants Gestion de la base de données Pôle AG Etude épidémiologique des cas de paludisme Expertise diagnostique des échantillons transmis (PACA) Préparation et validation des plaques pour phénotypage (contrôle dosage, contrôle clones et isolats) Etude in vitro des sensibilités de P. falciparum (PACA) Etude des marqueurs moléculaires de résistance Veille technologique marqueurs de résistance Cryoconservation des isolats (PACA) Dosages plasmatiques des antipaludiques à visée prophylactique Dosages plasmatiques des antipaludiques à visée thérapeutique Surveillance de la mise à disposition de l artésunate intraveineux Etude ex vivo de la sensibilité aux dérivés de l artémisinine Surveillance Réunion Mayotte Surveillance des résistances en zone d endémie Projection laboratoire mobile (épidémie) Plus particulièrement, les missions du CNR du paludisme, laboratoire associée pour la région Antilles Guyane (LA-AG) sont les suivantes : i. Assurer la surveillance des résistances aux antipaludiques en s appuyant sur des réseaux représentatifs en Guyane afin notamment de définir les zones de résistance pour adapter les schémas prophylactiques et thérapeutiques. Cette mission est étendue depuis 2012 aux cas diagnostiqués aux Antilles françaises ; ii. Contribuer, en liaison avec l Agence Régionale de Santé (ARS) et le bureau régional de l Institut de Veille Sanitaire (InVS) aux Antilles-Guyane, la Cellule Inter-Régionale d Epidémiologie Antilles-Guyane ou Cire-AG, à la surveillance épidémiologique du paludisme en Guyane ; iii. Contribuer à l alerte en signalant toute apparition de phénotype de résistance ou tout phénomène émergent ; iv. Apporter un soutien scientifique et technique aux autorités locales dans le cadre de programmes internationaux de lutte contre le paludisme dans la région Guyane et celle des Amériques ; v. Développer des collaborations avec les réseaux de parasitologie régionaux et internationaux Equipes du CNR Afin de répondre au cahier des charges de ses missions, le CNR du Paludisme est organisé en trois laboratoires (quatre plateformes techniques), répartis dans 2 pôles, dans le but d assurer la surveillance des cas de paludisme, importés et autochtones, sur l ensemble du territoire français, métropole et Départements d Outre-Mer (DOM) compris : Le pôle métropole qui prend en charge l ensemble des isolats de France métropolitaine comprend le laboratoire AP-HP, coordonnateur du CNR, qui est géographiquement implanté sur l'hôpital Bichat pour les activités analytiques et sur l'hôpital Pitié Salpêtrière, pour les activités épidémiologiques et analytiques liées aux accès palustres graves à P. falciparum, et le laboratoire associé de l'irba, qui prend en charge les activités analytiques des isolats de la région PACA, et de Mayotte. Le Pôle Antilles-Guyane qui prend en charge les isolats des correspondants hospitaliers des Antilles et des structures de soins procédant au diagnostic du paludisme en Guyane. 12

13 Ce CNR anime un réseau de correspondants répartis sur l ensemble du territoire. Les correspondants métropolitains du CNR du Paludisme déclarent en ligne les cas de paludisme pris en charge dans leur structure et envoient les isolats selon leur localisation sur le territoire et selon la nature de l accès. La composition de chaque équipe ainsi que les organigrammes sont présentées en annexe de ce rapport Locaux du CNR La description des locaux alloués à chaque laboratoire du CNR du paludisme est présentée en annexe de ce rapport 2.4. Description de la démarche qualité des laboratoires Pôle Métropole Laboratoire coordonnateur AP-HP Plateforme de Bichat AP-HP Le service de parasitologie-mycologie dont le secteur du CNR est engagé dans la démarche d accréditation COFRAC : les personnels sont habilités à leur poste, les procédures sont rédigées et régulièrement actualisées selon nécessité et selon les exigences normatives, l ensemble des activités analytiques sont enregistrées. Le service est abonné à un programme d évaluation externe de la qualité pour le diagnostic du paludisme. Le contrôle de qualité des dosages pharmacologiques et des phénotypages in vitro repose sur l utilisation de solutions titrées, contrôlée par dosage HPLC à l IRBA et à l hôpital St-Louis, pour chaque antipaludique utilisé 2. En terme de contrôle qualité externe, le laboratoire est membre du réseau mondial de surveillance de la résistance aux antipaludiques, WWARN (WorldWild Antimalarial Resistance Network). Ainsi, concernant la technique des tests in vitro, ces derniers font l objet une fois par an d un contrôle qualité externe. Pour le contrôle de chaque lot de plaques, les clones Pf 3D7 et Pf W2, sont utilisés pour valider le lot avec traçabilité des valeurs obtenues. Ces souches de référence servant à la validation interne sont toutes caractérisée génotypiquement en interne à l aide de marqueurs microsatellites et re-contrôlées en externe régulièrement par le laboratoire WWARN. Afin de normaliser les résultats présentés, les valeurs de CI 50 obtenues par calcul avec le logiciel IVART, sont également exprimées en ratio 3D7 et W2. Les procédures de contrôle de sécurité des collections sont le relevé quotidien des températures à + 4 C, -20 C et à -80 C, le relevé quotidien des paramètres d incubateur de culture (température, humidité, mélange gazeux) et la traçabilité des anomalies. Les collections sont déclarées aux CRB APHP. Les procédures analytiques suivent les recommandations internationales du réseau WWARN (WorldWide Antimalarial Resistance Network). Plateforme de Pitié Salpêtrière Au même titre que le service de Parasitologie-Mycologie auquel il est rattaché, le secteur du CNR est engagé dans la démarche d accréditation selon la norme NF EN ISO depuis le début de l année Les personnels sont habilités à leur poste, les procédures sont rédigées et actualisées selon les exigences normatives, l ensemble des activités analytiques sont enregistrées. Un abonnement à un programme d évaluation externe de la qualité pour le diagnostic du paludisme est programmé pour Le contrôle de qualité des dosages pharmacologiques et des phénotypages in vitro repose sur l utilisation de solutions titrées, contrôlée par dosage HPLC à l IRBA et à l hôpital St-Louis, suivant la même procédure que décrite pour la plateforme Bichat. En terme de contrôle qualité externe, le laboratoire est membre du réseau mondial de surveillance de la résistance aux antipaludiques, WWARN (WorldWild Antimalarial Resistance Network). Les procédures de contrôle de sécurité des collections sont le relevé en temps réel d une majorité des enceintes réfrigérées à + 4 C, -20 C et à - 80 C, avec un système d alerte et d intervention 24h/24 7j/7. Le relevé quotidien des paramètres d incubateur de culture (température, humidité, mélange gazeux) et la traçabilité des anomalies. Les 2 Depuis 2010, les antipaludiques utilisés pour préparer chaque lot de plaques pour antipaludogramme sont obtenus sous forme de pesées précises à 0,01 mg réalisées par le laboratoire de pharmacologie et de QAQC du projet WWARN ( 13

14 procédures analytiques suivent les recommandations internationales du réseau WWARN (WorldWide Antimalarial Resistance Network) Laboratoire associé IRBA IRBA Marseille : l Institut a engagé un processus de certification globale des activités en particulier des activités rattachées au CNR du Paludisme. Les différentes étapes nécessaires au bon fonctionnement de ces activités ont été rédigées sous forme de procédures, modes opératoire ou encore formulaires revus avec une fréquence minimum d un an. Ces documents couvrent aussi bien la phase analytique que les phases pré-et post-analytiques. Fin 2009 début 2010, il a été mis en place un système centralisé de surveillance des températures des appareils critiques. Des sondes thermiques ont été installées à demeure au sein des réfrigérateurs (+4 C), congélateurs (-20 et -80 C) et étuve (+37 C). Un point de contrôle est relevé toutes les 15 minutes sur chaque appareil. Des seuils de criticité ont été définis, en cas de dépassement une alarme se déclenche alertant ainsi les référents désignés de chaque service. Un report d alarme a été effectué installé au niveau de la cellule métrologie de l IRBA Marseille. En dehors des heures de service ce report est dirigé vers le poste de garde. Depuis 2009, pour l ensemble des partenaires du réseau, un transporteur rapatrie les échantillons en moins de 24h, les colis permettent un maintien des échantillons une température inférieure à 8 C pendant 48h, la présence d enregistreur de température permet d assurer la traçabilité de cette phase pré-analytique. La préparation des plaques de chimiosensibilité est automatisée depuis Chaque lot de plaques est validé avec les clones Pf 3D7 et Pf W Pôle Antilles-Guyane : Laboratoire associé Institut Pasteur de Cayenne Le laboratoire de parasitologie, déjà impliqué depuis plusieurs années dans une démarche qualité suivant le référentiel GBEA, s engage dans la démarche d accréditation selon la norme NF EN ISO imposée par le ministère de la santé aux CNRs (arrêté du 17 octobre 2012). Ainsi, les quatre CNR hébergés à l Institut Pasteur de la Guyane (IPG) déposeront une demande d accréditation multisite le 31 mai 2013 auprès du Comité FRançais d Accréditation (COFRAC). Dans un premier temps, deux techniques seront accréditées, le test de chimiosensibilité in vitro ainsi que la PCR diagnostique d espèce. Cette démarche sera conduite avec l appui de l unité qualité de l IPG et de celle de l Institut Pasteur à Paris et grâce au suivi de la société PREISO. Un membre de cette société est d ailleurs venu en Guyane en septembre 2012 pour effectuer un état des lieux et définir un premier plan d actions. L accréditation impose de renforcer la traçabilité des manipulations effectuées et des résultats générés et permet d améliorer le mode de fonctionnement du laboratoire. Elle est cependant très lourde pour des laboratoires de petite envergure tels que le laboratoire de parasitologie et risque de s effectuer dans les deux années à venir au détriment des programmes de recherche et de développement d outils innovants de plus, dans un contexte économique difficile. En terme de contrôle qualité externe, le laboratoire est membre du réseau mondial de surveillance de la résistance aux antipaludiques, WWARN (WorldWild Antimalarial Resistance Network). Ainsi, concernant la technique des tests in vitro, ces derniers font l objet une fois par an d un contrôle qualité externe. En interne, les solutions mères d antipaludique sont contrôlées au début et à la fin de leur période d utilisation en comparant les valeurs obtenues sur des souches de référence communes aux laboratoires du réseau WWARN, de sensibilité connue. Les souches de référence servant à la validation interne des solutions mères d antipaludiques sont toutes caractérisée génotypiquement en interne à l aide de marqueurs microsatellites et re-contrôlées en externe régulièrement par le laboratoire WWARN. Concernant la méthode de PCR diagnostique, un contrôle de qualité interne aux différents laboratoires composant le CNR du paludisme est envisagé pour l année ACTIVITES D EXPERTISE 3.1. Capacités techniques du CNR Les techniques de référence mises en œuvre par le CNR ainsi que les marqueurs épidémiologiques et les collections de souches sont présentées en annexe de ce rapport. 14

15 3.2. Activités d expertise de l année Pôle Métropole Nombre de souches réceptionnées On retrouve en 2012, sur la base sécurisée Internet du CNR du Paludisme : fiches déclarées (dont 1 cas de paludisme autochtone) par 80 hôpitaux (dont 5 militaires) et 1 Département d Epidémiologie et de Santé Publique (DESP) isolats transmis à l APHP (n=1309) et à l IRBA (n=149) par 52 hôpitaux correspondants du CNR qui participent à l expertise biologique des isolats des Plasmodium sp. (HIAR = 1=) et 31 échantillons transmis par des correspondants hospitaliers qui n envoient pas systématiquement les isolats mais ponctuellement pour des expertises spécifiques (Tableau 2). Toutes les lames ont été examinées et conservées, tous les ADN ont été extraits et cryoconservés, les plasmas ont été cryoconservés et dosés, les isolats de P. falciparum ont été phénotypés et génotypés. - parmi les isolats précédents, 354 isolats ont été transmis à l APHP en provenance de 33 hôpitaux pour la mesure du «pitting» naturel (épépinage des remnants parasitaires) dans le cadre de la surveillance thérapeutique des accès graves. Tableau 2 : Nombre de cas déclarés (dont les rechutes) et nombre d isolats transmis à un des sites d analyse du CNR du paludisme en 2012 par hôpital correspondant. % transmissio n Hôpital Laboratoir e N de cas déclarés N de cas déclarés+ rechutes N transmis HIA R Amiens AP-HP ,9 1 Angers AP-HP Aulnay sous-bois AP-HP Besançon AP-HP Bicêtre AP-HP ,2 1 Bobigny-Avicenne AP-HP Bondy-Jean Verdier AP-HP Bordeaux IRBA- Marseille ,8 1 Boulogne AP-HP ,3 1 Chambéry AP-HP Clermont-Ferrand AP-HP Colombes-Louis Mourier AP-HP Creil AP-HP ,5 1 Créteil-Henri Mondor AP-HP ,1 1 Dijon AP-HP Fréjus St Raphaël AP-HP Grenoble AP-HP HIA Brest-Clermont-Tonnerre AP-HP Lariboisière AP-HP Le Havre AP-HP Le Mans AP-HP Lille AP-HP Limoges AP-HP Mantes-la-Jolie AP-HP Marseille-Timone IRBA- Marseille

16 Montpellier IRBA- Marseille ,9 1 Mulhouse AP-HP Nancy AP-HP Nantes AP-HP ,9 1 IRBA- Nice Marseille ,5 1 Niort AP-HP Orléans AP-HP ,5 1 Paris-Bichat AP-HP Paris-Cochin AP-HP Paris-HEGP AP-HP Paris-HIA Begin AP-HP ,8 1 Paris-Necker AP-HP ,7 1 Paris-Pitie-Salpêtrière AP-HP ,8 1 Paris-Robert Debré AP-HP ,2 1 Paris-Saint-Antoine AP-HP ,9 1 Paris-Tenon AP-HP ,4 1 Paris-Trousseau AP-HP Poitiers AP-HP Reims AP-HP ,3 1 Rennes AP-HP Saint-Denis AP-HP ,8 1 Strasbourg AP-HP IRBA- Toulouse-Rangeuil Marseille ,9 1 Tourcoing AP-HP ,2 1 Tours AP-HP Troyes AP-HP Versailles AP-HP ,5 1 Total HIAR : hôpitaux inclus dans l analyse des résistances Les tests phénotypiques En 2012, les laboratoires du CNR ont reçu 1458 isolats de Plasmodium (dont 1299, soit 89,1% de Plasmodium falciparum) correspondant à 1223 patients (2 à 4 isolats étudiés chez 31 patients) transmis par 52 hôpitaux métropolitains. Parmi l ensemble des isolats reçus, seuls 373 ont pu être phénotypés en raison des contraintes techniques : délais de transmission du prélèvement, viabilité des parasites et parasitémie compatible avec les techniques mises en œuvre Les tests génotypiques En 2012, 1245 isolats de P. falciparum ont été génotypés et plus particulièrement : - l étude du gène pfcrt impliqué dans la résistance à la chloroquine a été réalisée sur 1230 isolats de P. falciparum, - l étude du gène pfdhfr impliqué dans la résistance aux antifoliniques dont le proguanil, a été réalisée sur 124 à 126 isolats de P. falciparum selon la mutation : ce marqueur est étudié pour les isolats en provenance des pays du groupe 2 de chimiorésistance et/ou pour les isolats de patients ayant déclarés une chimioprophylaxie par proguanil, seul ou en association avec la chloroquine, - l étude du gène pfcytb, impliqué dans la résistance à l atovaquone-proguanil, a été réalisée pour 1228 isolats de P. falciparum, 16

17 Analyse de l évolution des tendances en termes d activités En 2012, la transmission des prélèvements pour analyse biologique par nos correspondants est satisfaisante (Tableau 3). Le nombre d isolats de P. falciparum analysés est en augmentation par rapport à l année 2011, en relation avec la réorganisation de notre activité analytique, malgré une diminution du nombre d isolats reçus (-4%) : +10% de phénotypage, +30% de génotypage. La proportion d isolats de P. falciparum phénotypés est en augmentation par rapport à 2011 (+10%) : cette activité est très contrainte par les exigences de qualité pour la conservation des échantillons, tributaire des délais de transmission des prélèvements sanguins, et sous la dépendance d une parasitémie minimum pour obtenir la croissance cellulaire du parasite : l ensemble de ces éléments limite l obtention de résultats. La transmission des prélèvements en provenance de La Réunion et de Mayotte a commencé fin 2012, et va se poursuivre en 2013 pour compléter l obtention de données biologiques sur les isolats de ces régions (paludisme d importation à La Réunion, paludisme autochtone à Mayotte) en collaboration avec les ARS locales. Tableau 3 : Evolution du pourcentage d isolats transmis à un des sites d analyse du CNR du Paludisme entre 2006 et 2012 par hôpital correspondant (Dernières lignes : nombre d hôpitaux correspondants des 3 laboratoires du CNR du paludisme inclus pour l analyse sur la résistance in vitro des isolats (HIAR) de 2006 à 2012) Hopitaux Groupe Aix en Provence SSA Amiens AP-HP Angers AP-HP Aulnay sous-bois AP-HP Besançon AP-HP Bicêtre AP-HP Bobigny-Avicenne AP-HP Bondy-Jean Verdier AP-HP Bordeaux SSA Boulogne-Ambroise Paré AP-HP Brest AP-HP Brest Clermont Tonnerre AP-HP Chambery SSA Clermont-Ferrand AP-HP Colombes-Louis Mourier AP-HP Creil AP-HP Créteil-Henri Mondor AP-HP Dijon AP-HP Fréjus St Raphaël SSA Grenoble SSA Le Havre AP-HP Le Mans AP-HP Lille AP-HP Limoges AP-HP Lyon-Rockefeller-HEH SSA Mantes-la-Jolie AP-HP Marseille-HIA Laveran SSA

18 Marseille-Nord SSA Marseille-Timone SSA Meaux AP-HP 14 Montpellier SSA Mulhouse AP-HP Nancy AP-HP Nantes AP-HP Nice SSA Nîmes SSA Niort AP-HP Orleans AP-HP 98 Paris Inst Pasteur AP-HP 14 Paris-Bichat AP-HP Paris-Cochin AP-HP Paris-HEGP AP-HP Paris-HIA Begin AP-HP Paris-Lariboisière AP-HP Paris-Necker AP-HP Paris-Pitie-Salpêtrière AP-HP Paris-Robert Debré AP-HP Paris-Saint-Antoine AP-HP Paris-Saint-Louis AP-HP 4 Paris-Tenon AP-HP Paris-Trousseau AP-HP Poitiers AP-HP Pontoise AP-HP Reims AP-HP Rennes AP-HP Saint-Denis AP-HP Saint-Malo AP-HP 50 Strasbourg AP-HP Toulon Naval SSA Toulouse-Rangueil SSA Tourcoing AP-HP Tours AP-HP Troyes AP-HP Valenciennes AP-HP 100 Versailles AP-HP Villeneuve Saint-Georges AP-HP 3 Total hôpitaux correspondants HIAR GEN Rouge <65% d isolats transmis, Orange [65-75%[ d isolats transmis, vert 75% d isolats transmis 18

19 Pôle Antilles Guyane Nombre et niveau de caractérisation des isolats reçus au LA-AG En 2012, le LA-AG a reçu 384 isolats de 10 partenaires (Laboratoire de Biologie Médicale - LBM, Hôpitaux ou Centres Délocalisés de Prévention et de Soins de Guyane - CDPS). Parmi ces isolats, on en dénombrait 115 infectés par P. falciparum, 252 par P. vivax, 15 co-infectés par P. falciparum et P. vivax et deux par P. malariae. Les activités d expertises du LA-AG concernent essentiellement l étude des isolats de P. falciparum collectés en Guyane et aux Antilles avec : i) les tests phénotypiques, in vitro et in vivo avec le suivi de l efficacité thérapeutique des antipaludiques chez les patients traités pour un paludisme au CHC et ii) les tests génotypiques sur les marqueurs de résistance. Des outils de caractérisation de P. vivax sont en cours de développement (cf. 7) Les tests phénotypiques En 2012, 142 tests in vitro de chimiosensibilité ont été effectués avec un pourcentage de succès de la méthode de 70,1% pour l ensemble des molécules et des isolats (27% pour la pipéraquine). Si on ne considère que les tests effectués avant l adaptation des isolats à la multiplication in vitro, ce pourcentage de succès du test est de 63%. Le fait que le test soit réalisé jusqu à quatre jours suivant le prélèvement explique certains de ces échecs. Pour les tests effectués après l adaptation des isolats à la multiplication in vitro, ce pourcentage atteint 80% (n=55/69). Ainsi, la chimiosensibilité à 11 molécules de 82 isolats de P. falciparum a pu être déterminée (cf. 4.4). Depuis le mois de juillet 2009, un suivi de l efficacité thérapeutique in vivo des antipaludiques est effectué systématiquement à l hôpital de Cayenne (CHC) pour les patients infectés par P. falciparum et traités par artéméther/luméfantine et pour ceux infectés par P. vivax, traités par chloroquine. Dans ce cadre, 570 échantillons ont été collectés par le laboratoire (209 tubes et 361 buvards) dans le but de mieux caractériser les dossiers intéressants. Ces échantillons sont associés au suivi de 144 patients ont été reçus au LA-AG (89 suivi pour un P. vivax et 55 pour un P. falciparum) Les tests génotypiques Ces activités portent sur : - l étude du gène pfcytb, impliqué dans la résistance à l atovaquone-proguanil, a été réalisée pour 145 isolats de P. falciparum parmi lesquels, quatre étaient ininterprétables. - la détermination du nombre de copies du gène pfmdr1 impliqué dans la résistance à la méfloquine et à l halofantrine. En 2012, elle a été réalisée pour 144 des 150 isolats de P. falciparum reçus parmi lesquels, quatre étaient ininterprétables Nombre d échantillons issus des collections du CNR mis à disposition d autres laboratoires En 2012, deux isolats et une souche de référence ont été mis à disposition de l UMR 216 Santé de la mère et de l'enfant en milieu tropical par l intermédiaire du Dr J. Clain, dans le cadre d un projet de recherche portant sur la résistance à l atovaquone-proguanil chez P. falciparum. Ce transfert s est effectué dans le cadre d un accord de transfert de matériel Analyse de l évolution des tendances en termes d activités La proportion d isolats reçus par le LA-AG par rapport au nombre de cas déclarés en Guyane est en légère augmentation, soit 48,5% en 2012 vs 41,1% en 2011 pour P. falciparum et 39,2% en 2012 vs 35,2% en 2011 pour P. vivax (Figure 1a). Cette tendance initiée en 2008 est liée à la sensibilisation régulièrement menée auprès de nos partenaires ainsi qu à la très forte participation du CHC au travers de son laboratoire hospitalo-universitaire de parasitologie-mycologie dirigé par le Pr Carme et l Unité de Maladies Infectieuses et Tropicales du Dr Djossou. Depuis mi-2012, LBM de Kourou participe également activement au recueil des isolats. 19

20 Figure 1. Recrutement guyanais, CNR du paludisme laboratoire associé pour la région Antilles-Guyane (2004/2012). Courbes : nombre absolu d isolats reçus. Histogrammes : proportion d isolats collectés en fonction du nombre de cas déclarés à la Cire Antilles- Guyane, Le nombre d échantillons reçus est plus faible qu en 2011 (384 vs 445 (Figure 1b)), que ce soit pour les isolats de P. falciparum ou de P. vivax. Cette baisse générale est liée à la diminution du nombre de cas de paludisme déclarés en Guyane (-25% en 2012 par rapport à 2011, cf ). En 2012, le nombre de tests in vitro réalisés a légèrement diminué, conséquence de la diminution du nombre d isolats de P. falciparum reçus au laboratoire. Cependant, la mise en culture systématique des isolats a permis de déterminer la sensibilité in vitro de 37 échantillons dont le test à J0 était non interprétable (+45%) ou pour lesquels les caractéristiques de l échantillon ne permettait pas sa mise en œuvre. Les activités de génotypage sont stables avec l analyse des marqueurs de résistance (pfmdr1 et pfcytb) de P. falciparum de 144 isolats vs 145 en ACTIVITES DE SURVEILLANCE 4.1. Surveillance de l évolution et des caractéristiques du paludisme d importation Pôle métropole Réseau de partenaires Avant analyse, les données brutes de la base ont été validées (identification des doublons de déclaration, des doublons de transmission d échantillons, correction des incohérences). En 2012, l analyse des cas de paludisme d importation en France métropolitaine a porté sur la totalité des cas déclarés et sur les cas observés selon le profil épidémiologique (Figure 2). On distingue parmi les cas déclarés de paludisme d importation, trois grands profils épidémiologiques en fonction principalement de l exposition au risque d impaludation (durée, type d exposition et attitude prophylactique essentiellement). Le premier concerne les civils résidents en zone d endémie palustre, ce groupe inclus deux populations distinctes i/ les sujets autochtone de la zone d endémie à l origine supposée de la transmission palustre, de passage en France métropolitaine pour des raisons touristiques ou professionnelles ii/ les sujets dit «expatriés» nés en France ou plus généralement hors d une zone endémique pour le paludisme et résidents > 6 mois sur les 12 derniers mois dans la zone d endémie supposée à l origine de la transmission palustre. Le second regroupe les civils voyageurs en zone d endémie palustre, là encore il convient de distinguer deux catégories de voyageurs i/ les sujets immigrants, de retour d un séjour dans leur pays d origine pour visiter la famille ou les amis et ii/ les 20