Exploiter des images avec le logiciel EZ-Rhizo

Transcription

1 Exploiter des images avec le logiciel EZ-Rhizo Les icônes de la barre d outils Installation du logiciel Télécharger le logiciel sur le site : On télécharge un logiciel d installation EZsetup.exe Lancer le logiciel d installation A la fin accepter l installation de Easy PHP (gestionnaire de données). Attention, ne fonctionne que sous XP! Lancer le logiciel à partir de l icône créé sur le bureau. Traiter une image Ouvrir une image : File/Open : charge une image en.bmp ; l image apparait sur l écran. Convertir l image en noir et blanc : Cliquer sur black and white. Choix d une valeur seuil d élimination des pixels entre et Eliminer le bruit de fond : Cliquer sur Remove noise. Choix «gaussian -2»

2 Retoucher l image : Le logiciel ne reconnait les racines que si elles sont continues. Dilater les pixels pour visualiser les défauts de l image : cliquer sur Dilate. Passer à la fonction Re touch : les discontinuités sont visibles. Utiliser un pinceau blanc (bouton gauche de la souris) pour reconnecter des discontinuités dans le réseau racinaire ou un pinceau noir (bouton droit de la souris) pour séparer des racines enchevêtrées ou couper un segment qui n appartiendrait pas à la racine (morceau de tige au dessus du collet). La taille du pixel peut être choisie (prendre la taille la plus fine). Pour plus de précision, on peut augmenter le grossissement (magnification) et déplacer l image dans le cadre (Up, Right, Left, Down). Lorsque l image est «réparée, cliquer sur OK pour valider. Identification des racines : Supprimer les pixels de bordure afin d avoir un squelette d un pixel d épaisseur : cliquer sur Skeletonise. Identifier tout objet constitué de pixels contigus et qui peut être considéré comme racine : cliquer sur Find roots (un ensemble de pixels en connexion est figuré dans une même couleur). Possibilité de revenir à la fonction retouche autant de fois que nécessaire (Dilate puis Skeletonise). Accepter ou refuser les racines détectées : cliquer sur Confirm roots (on peut refuser deux fragments d une même racine non connectés mais il est, à ce stade, trop tard pour revenir à la retouche). Enregistrement des mesures : Mesurer et stocker les paramètres du réseau racinaire dans un fichier.bmp.txt. (exemple : lent_j15_2.bmp.txt) : cliquer sur Save experiment. Préciser le nom d utilisateur, le nom de l expérience (A noter que «média» désigne le milieu de culture!) Remarque : les fichiers.bmp.txt sont stockés dan un répertoire «results» créé à l installation du logiciel (souvent dans le même dossier que celui où l on a installé Ez-Rhizo). Vider ce répertoire (après en avoir fait une sauvegarde) lorsqu on souhaite faire une nouvelle série d analyses. Le fichier créé pour un échantillon est lisible avec un éditeur de textes. Voir annexe 1.

3 Exemple de contenu d un fichier.bmp.txt lent_j25_1.bmp User name: jy Experiment name: 4 Box name: len4 Genotype: lentille blonde Media: scan Age of plants: 25 day(s) after germination Number of plant: 1 scale.254 Traiter les données avec le gestionnaire de données (Easy PHP) Exemple de données Root 1: Main root length: Main root vector: Main root angle: Number lateral root(s): 3 R1-LR2: Length: Position: Vector: Angle: Number secondary root(s): 4 R1-LR2-LR1: Length: Position: Vector: Angle: Number secondary root(s): R1-LR2-LR2: Length: Position: Vector: Angle: -45. Number secondary root(s): R1-LR2-LR3: Length: Position: Vector: Angle: Number secondary root(s): R1-LR2-LR4: Length:.7135 Position: Vector: Angle: Number secondary root(s): R1-LR3: Length: Position: Vector: Angle: Number secondary root(s): R1-LR4: Length:.254 Position: Vector:.254 Angle:. Number secondary root(s): Intérêt du logiciel A l installation de EZ Rhizo, un répertoire Easy-PHP s est créé. On y trouve un easyphp.exe qui lance le gestionnaire de données. Objectif : réaliser un traitement statistique des données à partir d un nombre signification de mesures. Sélectionner les données intéressantes pour l étude. Traiter une image Transférer les données vers la base de données : Lancer Easy-PHP. Refuser l installation d une nouvelle version (incompatible avec Ez-Rhizo). Lancer Ez-Rhizo. Cliquer sur Add Data : Ne pas donner de mot de passe (OK). Sélectionner le répertoire «results».bmp.txt. Le stockage de données contenues dans «results» est confirmé par «data correctly inserted»(ok).

4 Créer un fichier de données exploitable sous Excel (ou autre tableur) : Cliquer sur Inquire : sélectionner le répertoire dans lequel vous souhaitez retrouver les données et nommer ce fichier en.csv = données en séquences séparées par des virgules. Cliquer sur Enregistrer. Sélectionner les données que vous souhaitez voir figurer dans le fichier. données générales : important : âge ou le milieu, Racine principale, racine secondaire : choisir, Autres paramètres : les dimensions des zones basales ramifiées ou apicales, la dimension totale de la racine, etc. L opération est confirmée par «Request done» OK : on peut retrouver le fichier dans le répertoire spécifié (ex : publication.csv). Enregistrer le fichier au format Excel (.xls par exemple). Remarque : s il existe des données redondantes (imperfection du logiciel ou répertoire «results» mal vidé), supprimer les lignes superflues.

5 Exploiter des données dans un tableur : Organiser des données ( fichier.csv) sous Excel : Ouvrir le fichier.csv et le mettre au format exploitable dans votre tableur : Sélectionner la colonne A (clic en haut de la colonne sur A) Choisir «données» puis «convertir», Choisir «type de données d origine» : délimité puis suivant, Choisir «séparateurs» : virgule puis suivant, Choisir «format des données» : standard, puis «avancé» : séparateur de décimales : choisir le point «.» puis OK puis terminer. Les données s organisent dans le tableau Enregistrer le fichier au format Excel (.xls par exemple). Tous les traitements opérables par un tableur-grapheur sont possibles. Courbe de croissance de la racine principale dimension en cm ou nombres 9,8 lentille blonde 13,8 15,33 15,96 longueur racine principale Age