Recherche bibliographique dans le domaine biomédical G. Quarck

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1 Recherche bibliographique dans le domaine biomédical G. Quarck

2 historique Fin du 19 ème siècle : Aux USA, les militaires indexent un certain nombre de périodiques, ils fondent l Index medicus

3 historique Vers 1960 : Informatisation de la NLM (national library of medecine) Création de la base de données MEDLARS 1979 : Medlars devient MEDLINE (medlars on line). Accessible sur réseau aux USA correspondant français = INSERM Aux USA -sortie d un CD ROM medline -création d un logiciel convivial pour les médecins: Grateful Med fin des années 80 : En France : Medline sur minitel

4 historique Années 1990 Les bibliothèques universitaires acquièrent Medline sur CD Rom. Création d Internet Grateful Med Puis développement de PubMed 26 juin 1997 PubMed est en accès libre, discours du vice-président Al Gore : «no longer will the public be left in the dark» juillet Plus de 200 millions de connexions par mois à PubMed

5 Structure de la base de données PubMed environ périodiques indexés, (quelques uns en français) 20 millions de références Medline n indexe que des articles de périodiques Les thèses et actes de congrès ne sont pas présents dans la base de données Références à partir de 1948.

6 SRUCTURE DE LA BASE DE DONNEES PUBMED Des livres dans PubMed Une collection de livres (traités) qui grossit Possibilité de chercher dans le contenu de ces livres pour éclairer le contexte scientifique d une notion rencontrée dans une référence accès : Book list Search Books

7 STRUCTURE DE LA BASE DE DONNEES PUBMED Quels sont les critères de choix des périodiques indexés dans PubMed? Critères définis par la NLM ( domaine couvert qualité du contenu qualité éditoriale (sélection des articles, charte éthique, ) public concerné (professions de santé, étudiants, ) type d articles publiés couverture géographique

8 STRUCTURE DE LA BASE DE DONNEES PUBMED PRÉMEDLINE (existe depuis 1996) Base de données constituée de références en cours d indexation (réf très récentes). Elles sont incomplètes, on ne leur a pas encore attribué de mots MeSH. Ces références possèdent: - N PMID (pubmed identifier) - Elles portent la mention [PUBMED in process] - De nouvelles ref sont ajoutées chaque jour - Chaque semaine des ref quittent premedline pour medline (mots MeSH adéquats)

9 PREMEDLINE Attention : la recherche par mots MeSH ne fonctionne pas avec premedline

10 MEDLINE C est le reste de la base de données PubMed (20 millions de ref ) - Chaque référence possède un PMID et la mention [indexed for Medline] - Les références sont accessibles depuis exemple :

11 MEDLINE Un cas particulier : les références soumises par les éditeurs - références soumises électroniquement et automatiquement par les éditeurs - ne sont pas encore physiquement des ref medline.

12 INTERROGATION D UNE BASE DE DONNEES Formuler la question, apprendre à poser des questions complexes Utiliser l index ou thesaurus de la base de données = MeSH pour PubMed Elaborer une équation de recherche en utilisant les mots MeSH en utilisant les opérateurs logiques, troncatures et parenthèses.

13 THESAURUS Définition C est un répertoire de termes (ou mots-clés) normalisés, c est à dire sélectionnés et organisés selon des relations sémantiques et hiérarchiques (termes génériques et termes spécifiques)

14 AVANTAGES DU THESAURUS Un certains nombre de bases de données fonctionnent avec un thésaurus (Medline, Psychinfo, Héraclès) question plus difficile à poser mais garantie de pertinence et d exhaustivité D autres s interrogent en langage naturel question facile à poser mais manque d exhaustivité si l on oublie les synonymes

15 EXEMPLE Articles de périodiques qui concernent le sport ou l exercice physique et la santé mais qui ne concernent pas les traumatismes

16 LES OPERATEURS Opérateurs logiques OU (OR) sélectionne les documents où apparaissent le 1er terme ou le 2ème ou les 2 : UNION ET (AND) founit les documents contenant les 2 termes exclusivement : INTERSECTION SAUF (NOT) élimine les notions non pertinentes : EXCLUSION Troncatures * : trauma* signifie que la recherche est faite sur tous les mots qui commencent par trauma (traumatisme, traumatismes, traumatique...)

17 SE CONNECTER AU SITE PUBMED Taper l adresse : Ou passer par un moteur de recherche

18 LA RECHERCHE DANS PUBMED PubMed propose plusieurs fonctions de recherche Limits advanced search Clipboard PubMed propose également des outils complémentaires : The MESH browser The journal Database The citation matcher Clinical queries

19 PAGE D ACCUEIL PUBMED Les différentes fonctions Les différents services

20 MESH Browser - Thesaurus électronique - La saisie des motsclés se fait en anglais mots MeSH - sélection des mots MeSH sur la fréquence d appari dans la littérature biomédicale américaine

21 MESH Browser Définition (issue généralement du dictionnaire dorland américain) Demo trauma*

22 Fonction details display Qualificatifs : termes ajoutés au descripteur MeSH 82 qualificatifs Chaque descripteur a ses qualificatifs autorisés Possibilité de pondération des mots-clés «explosion» du mot-clé par défaut Démo sport (details display)

23 Organisation des mots-clés selon une arborescence Démo sport (details display)

24 EXEMPLE Dans PubMed, l équation de recherche sera : ((sports OR exercise) AND health) NOT wounds and injuries Rq : les mots de la recherche sont tapés en minuscules et les opérateurs en majuscules. Les noms d auteurs s écrivent sous la forme : Dupont R J ou dupont rj

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27 Le MesH bilingue : L'Inserm, partenaire français de la NLM depuis 1966, a traduit le MeSH à l'intention des utilisateurs francophones en 1986, le met à jour chaque année et diffuse la version bilingue.

28 MeSH browser - EXERCICES 1)Quel est le mot-clé qui désigne le transport des patients? 2)Peut-on utiliser le terme «hypertension» pour décrire une tension intraoculaire élevée? 3)Quelle tranche d âge est concernée par le terme «Child, Preschool»? 4)Vous devez indexer les mots-clés pour des articles dont voici les titres: 1) Management of breast cancer 2) Treating depression with Prozac (fluoxetine) 3) Brain toxicity from Zinc Quand cela est possible, utilisez le qualificatif (subheading) approprié.

29 ADVANCED SEARCH - LIMITS Il est possible de limiter la recherche Les principales contraintes appliquées à la recherche sont des limites de : - Champ (descripteurs MeSH, mot du titre, nom de l auteur ) - Type de publication (article, revue, meta-analyse ) - Classe d âge - Date de publication - Langue

30 LIMITS

31 LIMITS - EXERCICES 1) Cherchez les articles de revue portant sur les statistiques concernant la réanimation cardio-pulmonaire 1) Trouvez les références qui parlent du diagnostique du cancer de la prostate comme sujet principal de l article. Limitez la recherche aux articles datant des deux dernières années 1) Trouvez les articles qui concernent le traitement chirurgical ou pharmacologique de l ostéosarcome chez l enfant. Limitez votre recherche aux études concernant l agent pharmacologique «cisplatin». L ostéosarcome doit être le sujet principal de l article. Limitez la recherche aux articles en anglais.

32 ADVANCED SEARCH- PREVIEW / INDEX

33 INDEX

34 LES DIFFERENTS FORMATS D AFFICHAGE DES RESULTATS Format d affichage «abstract» Source

35 Format d affichage Medline tous les champs d enregistrement Medline sont affichés Format à utiliser pour les sauvegardes et pour les exportations vers les logiciels de gestion bibliographique

36 Sauvegarde de notices bibliographiques

37 EXERCICE Chercher les résultats de la recherche concernant les conférence de consensus sur la réanimation cardiopulmonaire (sans limite de langue) 1) Afficher les résultats au format summury, 10 références par page, trier par titre 2) Afficher les 5 références les plus récentes au format abstract 3) Afficher les 10 références les plus récentes au format medline, sauver ces 10 références sur le disque dur de votre PC (sauvegarde au format texte).

38 CLIPBOARD

39 CLINICAL QUERIES Pour les cliniciens Utiliser PubMed au travers de filtres spécifiques.

40 Table for Clinical Queries using Research Methodology Filters Category Optimized for sensitivity Therapy specificity sensitivity Diagnosis specificity sensitivity Etiology specificity sensitivity Prognosis specificity PubMed equivalent "randomized controlled trial" [PTYP] "drug therapy" [SH] "therapeutic use" [SH:NOEXP] "random*" [WORD] (double [WORD] & blind* [WORD]) placebo [WORD] "sensitivity and specificity" [MESH] "sensitivity" [WORD] ("diagnosis" [SH] "diagnostic use" [SH] "specificity" [WORD] "sensitivity and specificity" [MESH] ( "predictive" [WORD] & "value*" [WORD] ) "cohort studies" [MESH] "risk" [MESH] ("odds" [WORD] & "ratio*" [WORD]) ("relative" [WORD] & "risk" [WORD]) ("case" [WORD] & "control*" [WORD]) "case-control studies" [MH:NOEXP] "cohort studies" [MH:NOEXP] "incidence" [MESH] "mortality" [MESH] "followup studies" [MESH] "mortality" [SH] prognos* [WORD] predict* [WORD] course [WORD] prognosis [MH:NOEXP] "survival analysis" [MH:NOEXP]

41 Stratégie de recherche correspondant à la fonction systematic review (("systematic review*" OR "systematic literature review*" OR metaanalysis [pt] OR meta-analysis [ti] OR metaanalysis [ti] OR metaanalyses [ti] OR evidence-based medicine OR (evidence-based AND (guideline [tw] OR guidelines [tw] OR recommendations)) OR (evidencedbased AND (guideline [tw] OR guidelines [tw] OR recommendation*)) OR consensus development conference [pt] OR health planning guidelines OR guideline[pt]orcochrane database syst rev ORacp journal club ORhealth technol assess ORevid rep technol assess summ ORevid based nurs ORevid based ment health ORclin evid)or((systematic [tw] OR systematically OR critical [tw] OR (study [tiab] AND selection [tiab]) OR (predetermined OR inclusion AND criteri* [tw]) OR exclusion criteri* OR "main outcome measures" OR "standard of care")and(survey [tw] OR surveys [tw] OR overview* OR review [tw] OR reviews OR search* OR handsearch OR analysis [tw] OR critique [tw] OR appraisal OR (reduction AND risk AND (death OR recurrence))) AND(literature [tw] OR articles OR publications [tw] OR publication [tw] OR bibliography [tw] OR bibliographies OR published OR unpublished OR citation OR citations OR database OR internet [tw] OR textbooks [tw] OR references OR trials OR meta-analysis [mh] OR (clinical [tw] AND studies) OR treatment outcome))not(case report [ti] OR case report [mh] OR review of reported cases [pt] OR editorial [ti] OR editorial [pt] OR letter [pt] OR clinical trial [pt] OR newspaper article [pt]) Permet de trouver des revues et des méta-analyses sur un sujet

42 JOURNAL DATABASE

43 JOURNAL DATABASE

44 CITATION MATCHER permet de trouver ou de compléter une référence bibliographique Le citation matcher peut également être utilisé pour obtenir la table des matières d un numéro de journal Rq : certains journaux sont indexés de façon sélective

45 CITATION MATCHER - EXERCICES Essayer de trouver les références en utilisant les informations suivantes : 1) Spine, 2008, page ) BMC neuroscience, 2006, Simoneau M

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47 Une nouveauté : des livres dans PubMed + de 50 grands traités pour éclairer le contexte scientifique d une notion rencontrée dans une référence utilisation : 2 façons d accéder aux livres : En cherchant directement depuis le bookshelf Depuis les résumés medline

48 Pour chercher dans les livres directement :

49 Archive numérique de journaux scientifiques dans le domaine biomédical Accès gratuit et sans restrictions à l intégralité du texte de plus de 160 revues