Laboratoire de Génétique et Pathologie

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1 Laboratoire de Génétique et Pathologie 16 avril 2009

2 Le LGP est une unité opérationnelle Avec 38 agents statutaires et deux implantations géographiques, il est aujourd hui une des deux composantes du Département Amélioration génétique, Santé animale et Environnement

3 Un laboratoire Deux implantations La Tremblade Bouin 30 agents permanents : 16 NC/14 C 8 agents permanents : 6 NC/2 C

4 Le LGP est un laboratoire thématique de l Ifremer Il est le lieu de réalisation de travaux de recherche, de surveillance et d expertise dans le cadre des Programmes et Projets mis en œuvre par l Ifremer

5 Objectifs Le LGP par les compétences qu il intègre en génétique, pathologie et écophysiologie joue un rôle dans le développement de la filière conchylicole Il aide d une part au développement et au soutien d activités de production et d autre part, il participe à la définition d outils permettant d évaluer les effets de ces activités de production sur l environnement et mesurer leur acceptabilité

6 Le laboratoire contribue à l'amélioration lioration des coquillages par la polyploïdie et par la sélection et le testage des souches obtenues l'étude des organismes pathogènes infectant les coquillages et à leur surveillance (LCR, LNR, laboratoire référence r rence OIE) l analyse et la gestion des risques biologiques et écologiques liés s aux stratégies aquacoles, l él étude des interactions entre espèces en élevage et environnement la a bio-sécurisation des filières aquacoles la décontamination d et la purification des coquillages par le biais de la connaissance de leur physiologie

7 Organisation du laboratoire Secrétariat : V. Betto Gestion : M. Grasset et A. Guilpain Bibliothèque : F. Albert-Rivet Logistique : S. Bodin Responsable LGP (T. Renault) Equipe Equipe Equipe «Génétique» Animation : S. Lapègue Equipe «Pathologie» Animation : C. François/ D. Saulnier «Ecloserie» Animation : R. Brizard Ecloserie de La Tremblade «Sauvegarde - Détoxification» Responsable J. Haure Station expérimentale de Bouin

8 Les effectifs aujourd hui Nombre d agents permanents : 38 Nombre de CDD : 4 Nombre de thésards : 3 (bourses de thèse Ifremer) Nombre de Post Doctorant : 2 Nombre de NC : 22 (58%)/Nombre de C : 16 (42%) Nombre de femmes : 15 (39,5%)/Nombre d hommes : 23 (60,5%) L ensemble des agents Ifremer du LGP font partie du Département «Amélioration génétique, Santé animale et Environnement» (DGSE)

9 Evolution des effectifs Une augmentation des effectifs totaux du laboratoire depuis 2004 Recrutements (5 : trois cadres, un agent administratif et un technicien pour la période p ) 2007) Mobilités s internes au profit de l implantation l de La Tremblade (3)

10 Les compétences en génétique Génétique des populations Marqueurs moléculaires et amélioration par la sélection Sylvie Lapègue Cytogénétique moléculaire Obtention et amélioration de polyploïdies Abdellah Benabdelmouna Génétique quantitative et amélioration par la sélection Lionel Pierre Degrémont Boudry Cytométrie en flux Marqueurs moléculaires Florence Cornette Marqueurs moléculaires Informatique Serge Heurtebise Induction de ploïdie Christophe Ledu Reproduction et élevage de bivalves

11 Les compétences en pathologie Pathologie générale Virologie Tristan Renault Anatomo-pathologie Cellule analytique Céline Garcia Parasitologie Coordination LCR Isabelle Arzul Bactériologie Biologie moléculaire Frédérique Leroux Analyse de Risque Epidémiologie Laurence Miossec Virologie Biologie moléculaire Jean-François Pépin Coordinateur REPAMO Cyrille François Anatomo-pathologie Assurance Qualité Jean-Pierre Joly Bactériologie Biologie moléculaire Denis Saulnier Microbiologie Biologie moléculaire Nicole Faury Bactériologie Biologie moléculaire Philippe Haffner Bactériologie Histologie Biologie moléculaire Maeva Robert Histologie Microscopie électronique Bruno Chollet Histologie Assurance Qualité Sylvie Ferrand

12 Les compétences présentes au sein de l écloserie de La Tremblade Production de phytoplancton Production de larves Jean Christophe Billy Zootechnie Optimisation des installations et des élevages (bivalves) Raphaël Brizard Production de larves (bivalves) Cytométrie en flux Pascal Phelipot Entretien des installations Production de phytoplancton Pascal Schwerdtle

13 Moyens financiers Fonctionnement* Investissement* ** Projets européens, programmes nationaux, Régions, Conseils généraux ** euros pour MET

14 Laboratoire de Génétique et Pathologie En bref

15 Laboratoire de Génétique et Pathologie Des atouts et des points forts Une synergie entre recherche, surveillance et expertise (pathologie, génétique) Une approche intégrée de la recherche : pathologie, génétique et zootechnie avec des structures d élevage (stations expérimentales) Des recettes (en réponse à des appels d offre) Des locaux adaptés et des équipements lourds (microscope électronique à transmission, séquenceur 16 capillaires, cytomètre en flux,.) Une équipe «jeune» et des recrutements récents

16 Laboratoire de Génétique et Pathologie Des atouts et des points forts Des collaborations nationales et internationales Une reconnaissance extérieure : LNR, LCR, Laboratoire OIE pour les maladies de coquillages et avis/expertises La valorisation des résultats scientifiques (publications, communications, posters et brevets) L accueil de thésards et la reconnaissance comme site Marie Curie (projet européen PLUDAMOR)

17 Laboratoire de Génétique et Pathologie Des points faibles et des questions Adéquation moyens/missions et multiplicité des tâches? Masse critique insuffisante, en particulier en génétique et écloserie, mais aussi en pathologie (recherches thématiques et missions institutionnelles réalisées au sein du même laboratoire) Pérennité des recettes (Europe, Régions, )? Isolement géographique (pour les deux implantations : Bouin et La Tremblade) Insuffisance d intégration dans des structures communes de recherche (GDR, UMR, )* * (GDR IMOPHYS "Inté "Intégration de ré réponses MOlé MOléculaires et PHYSiologiques aux contaminants chimiques en milieu côtier«côtier«et Fé Fédération de Recheche en Environnement pour le Dé Développement Durable: FREDD, Université Université de La Rochelle)

18 Merci de votre attention

19 Implantation de La Tremblade Bouin La Tremblade

20 Implantation de Bouin Bouin La Tremblade

21 1. Résultats R marquants - Génétique Forte base génétique g pour la survie du naissain d hud huître creuse en période p estivale (MOREST) et faisabilité d une amélioration par la sélections Développement de la filière huîtres creuses triploïdes (2n x 4n) et suivi de l impact potentiel sur l environnement l Démonstration de l impact l de polluants (atrazine) sur l aneuplol aneuploïdie des huîtres creuses du bassin de Marennes-Ol Oléron Etudes moléculaires des ressources génétiques, de la structure des populations et de l él évolution des espèces

22 2. Résultats marquants - Pathologie Séquençage complet des génomesg de Vibrio splendidus et du virus OsHV-1 Etude transcriptomique et en cytométrie trie en flux des interactions entre le parasite Bonamia ostreae et les hémocytes d huître plate Détection de bactéries et du virus OsHV-1 lors d éd épisodes de mortalité survenant en été Démarche qualité en vue de l accréditation des analyses histologiques Démonstration de l impact l de pesticides sur la sensibilité des huîtres à une infection bactérienne

23 3. Résultats marquants - Ecloserie de La Tremblade Aménagement d une zone d élevage pour les polyploïdes Réfection de la station de filtration d eau de mer : fiabiliser le fonctionnement pour sécuriser les élevages

24 L actualité : mortalités d huîtres en 2008 Mobilisation des compétences présentes au sein du LGP pour explorer l hypothl hypothèse de l implication l d organismes pathogènes dans les mortalités observées es chez l hul huître creuse, Crassostrea gigas, dans le cadre d un d continuum surveillance / expertise / recherche

25 Mortalités d huîtres en 2008 Recherche d organismes d pathogènes par des techniques utilisées en routine au travers du réseau r Repamo et la Cellule Analytique du LGP (détection de Vibrio splendidus et du virus OsHV-1) Soutien des chercheurs par la réalisation r d analyses d «sophistiquées» : PCR en temps réel, r microscopie électronique à transmission, séquens quençage, Expertise des agents dans le domaine des maladies des coquillages (expertise individuelle, LCR, LNR, Afssa,, laboratoire OIE de référence, r rence, réseaux r de chercheurs étrangers) permettant de répondre aux sollicitations des administrations et des professionnels

26 Mortalités d huîtres en 2008 Réalisation d expd expérimentations en pathologie expérimentale. Cette approche a été possible grâce aux installations disponibles sur le site de La Tremblade (induction de mortalités s par injection de broyats filtrés s 0,22 µm) Développement d une d étude épidémiologique afin de définir d quels peuvent être les facteurs en cause pour expliquer les mortalités observées es (en lien avec la présence d un d organisme pathogène) Vers des propositions de gestion d une d maladie infectieuse et des propositions de travaux de recherche

27 Valorisation et indices de productivité ( ) 2007) Articles dans des revues à comité de lecture : 111 Ouvrages ou articles de synthèse se dans des ouvrages : 22 Communications à des colloques ou groupes de travail : 388 Missions à l étranger et groupes de travail : 128 Avis et expertises ayant donné lieu à un document écrit : 236 Rapports finaux de contrat (UE, FAO, Convention) : 38 Mémoires d éd étudiants (DEA, ISPA, IUT, Maîtrise trise ) : 56 HDR d agents d Ifremer : 4 Brevets : 3 Données archivées dans des bases de données : 1000 (Repamo( Repamo)

28 Valorisation et indices de productivité Doctorants ayant soutenu entre 2004 et 2007 : 6 Doctorants étrangers accueillis entre 2004 et 2007 : 7 (site Marie Curie) Doctorants accueillis aujourd hui : 3 Post Doctorants accueillis entre 2004 et 2007 : 2 Post Doctorants accueillis aujourd hui : 2 Stagiaires accueillis entre 2004 et 2007 : 48

29 L Ifremer doit promouvoir le développement d une filière en prenant en considération les impacts possibles de son développement sur l environnement (utilisation d animaux polyploïdes des, émergence de maladies infectieuses, )

30 3. Résultats marquants - Station expérimentale de Bouin Estimation des stocks d hud huîtres en baie de Bourgneuf (huîtres d éd élevage : tonnes - huîtres sauvages : tonnes) Comparaison de la croissance et de la survie des huîtres triploïdes et diploïdes des en élevage contrôlé Aménagement d une d zone d éd élevage pour les huîtres tétraplot traploïdes Étude de la sauvegarde d hud huîtres à l approche d éd épisode toxique (DSP) Décontamination d hud huîtres toxiques (PSP) par l apport l de nourriture (Skeletonema costatum)

31 Enjeux et perspectives 1. Recherche 2. Surveillance 3. Expertise 4. Infrastructures 5. Compétences

32 1. Enjeux et perspectives en terme de recherche Intégration des avancées en génomique g fonctionnelle (gènes candidats, puces à ADN ) ) en amélioration génétique g et en santé animale Développement de l aml amélioration par la sélection s (assistée e par marqueurs) et par la polyploïdie Amélioration des connaissances du génome g de l hul huître : cytogénétique tique moléculaire et séquens quençage du génomeg Développement de modèles de maladies (virus, bactéries, parasites) afin de comprendre les interactions entre animal/agent infectieux x et environnement Intégration dans des structures communes de recherche au plan national (collaboration INRA/Ifremer)

33 2. Enjeux E et perspectives en terme de surveillance Soutien à la filière conchylicole au travers de la surveillance de la santé des animaux et de la ploïdie Optimisation de l él évaluation de l él état de santé des mollusques marins et de leurs interactions avec leurs environnements dans un cadre réglementaire r (directive 2006/88/CE) et propositions en terme de contrôle et de gestion des maladies infectieuses Accréditation du LGP dans le cadre de ses missions de laboratoires de référence r rence (LNR et LCR) : obligation réglementairer Développement d un d réseau r de laboratoires impliqués s dans le contrôle de la santé des mollusques marins

34 3. Enjeux et perspectives en terme d expertise Maintien de la position de laboratoire de référence r rence pour les maladies des mollusques marins à l échelle communautaire et internationale Maintien de la reconnaissance internationale en terme de génétique g des bivalves marins Entretien des collaborations internationales au travers de l accueil l de chercheurs étrangers Entretien des compétences des agents du laboratoire pour assurer des capacités s d expertise d aux niveaux individuel et collectif

35 4. Enjeux et perspectives en terme d infrastructures Mise en place d un d système de mesures et du suivi pour faciliter le suivi des expérimentations et amélioration de la gestion d eau d dans les installations expérimentales Aménagement du site de Bouin (plateforme technologique) et projet de rénovation r de l él écloserie de La Tremblade Recherche de procédés s pour le traitement des rejets d éd élevage et optimisation de circuits fermés s : élevage d hud huîtres tétraplot traploïdes et sauvegarde/décontamination des cheptels de coquillages vis-à-vis d efflorescences d algues d toxiques (DSP, PSP) Mise en place de systèmes de management de la qualité et de management environnemental (La Tremblade et Bouin) Meilleure gestion et économie d éd énergie pour les installations expérimentales

36 5. Enjeux et perspectives en terme de compétences Remplacement des agents partant à la retraite dans le cadre d une d politique Ifremer de gestion prévisionnelle des emplois et des compétences Recrutements pour renforcer et compléter les équipes existantes : besoins identifiés s en génétique, g zootechnie, écologie/environnement, écophysiologie, épidémiologie et analyses de risque Entretien des compétences des agents du laboratoire au travers du plan de formation et par la promotion de formations collectives réalisées dans les installations du laboratoire