Déprtement Ressurces Bilgiques et Envirnnement Lbrtire de Génétique et Pthlgie, IFREMER L Tremblde Hervé CHAVANNE, Elise MAUROUARD, Crline YONNEAU, Débr HEROIN, Christphe LEDU, Linel DEGREMONT & Abdellh BENABDELMOUNA Cnventin DPMA IFREMER n /29297 reltive à l mise en plce d un pln d pprvisinnement de suvegrde 20 de l filière stréicle. Pln de suvegrde 20 : synthèse des résultts 20 202. mrs 203
Tble des mtières. Intrductin... 4 2. Mtériels et méthdes... 5 2.. Mtériel bilgique... 5 2.2. Suivi bimétrique : survie et pids... 6 2.3. Détectin du virus OsHV-... 7 2.4. Anlyse du pedigree... 8 2.5. Anlyses sttistiques... 9 3. Résultts... 3.. Vérifictin du pedigree... 3... Diversité des mrqueurs... 3..2. Cmprisn des géntypes... 3 3.2. Détectin du virus OsHV-... 4 3.3. Perfrmnces de crissnce à l âge dulte du pln de suvegrde 200... 5 3.3.. Synpsis... 5 3.3.2. Crissnce et sélectin... 6 3.4. Prmètres de crissnce... 9 3.5. Mrtlité... 2 3.5.. Cinétique de mrtlité... 2 3.5.2. Tux de mrtlité finl... 23 4. Discussin... 27 4.. Vérifictin du pedigree... 27 4.2. Détectin du virus OsHV-... 27 4.3. Mrtlité... 28 4.4. Crissnce... 3 5. Cnclusin... 33 Annexe : Histrique des lts diplïdes «R»... 34 Annexe 2 : Crctéristiques des huîtres utilisées pur le pln de suvegrde 20... 38 3
. Intrductin Depuis 2008 l stréiculture frnçise subit de plein fuet les effets de l surmrtlité estivle qui mence les pprvisinnements en nissins et, pr vie de cnséquence, met en péril l équilibre même de l filière. C est dns ce cntexte que l IFREMER, l DPMA, le CNC, et des eclseries privées signtires nt mis en plce le pln de suvegrde 20 (PS2) qui fit suite u premier pln de suvegrde lncé en 200 (PS). L bjectif premier de ce pln est d pprter une répnse u déficit de prductin grndissnt en furnissnt ux éclseurs des géniteurs présentnt une résistnce ccrue ux mrtlités estivles (crctère nté R dns l suite du rpprt). Ces géniteurs, sélectinnés pr l IFREMER, snt des mâles tétrplïdes (4nR) qui, crisées vec des femelles diplïdes (2n), prduisent du nissin triplïde prtnt le crctère méliré (3nR). Ce pln prévit églement d évluer le crctère R sur différents lts, sélectinnés u nn, prvennt à l fis de l IFREMER et des éclseries. Le testge des lts été cnduit dns deux sites du bssin de Mrennes- Olérn et de fçn cntinue sur une péride d envirn 8 mis, vnt, pendnt et près les pics de mrtlités 202. Le présent rpprt se limiter à présenter les résultts inhérents ux seules phses de testge des lts. Les éclseries ynt pris prt u pln de suvegrde 20 snt u nmbre de 5. C est dns ce cdre qu elles nt chcune prduit et furni u mins un lt triplïde résistnt (3nR). Elles nt églement furni chcune u mins un lt témin triplïde (3n) prduit à prtir de tétrplïdes nn R et, pur certines d entre elles, un lt témin diplïde (2n) issu de leur prpre prc géniteurs. L IFREMER de sn côté prduit et furni les géniteurs mâles tétrplïdes 4n et 4nR qui nt servis à prduire les triplïdes. Il églement furni pur l cmpgne de testge des lts diplïdes sélectinnés de trisième génértin (2nR) insi que des lts 2n prduits à prtir de géniteurs suvges échntillnnés dns le bssin de Mrennes-Olérn. Ces lts, qui fnt ffice de témins nnsélectinnés, nt un prcurs ztechnique entièrement cnnu, en prticulier en ce qui cncerne les épisdes de mrtlité vnt testge. 4
Afin de dnner u lecteur une visin glble sur l fçn dnt le crctère survie (R) été méliré, nus reprtns en nnexe et 2 les infrmtins déjà présentées dns le précédent rpprt cmplétées des dnnées inhérentes u PS2. 2. Mtériels et méthdes 2.. Mtériel bilgique Tus les lts nt été prduits entre vril et septembre 20 pr les éclseries prticipntes (ci-près ntées ECLO) et le Lbrtire de Génétique et Pthlgie de l IFREMER L Tremblde (LGP). Nus utiliserns pr l suite le terme "grupe" pur qulifier l cmbinisn prvennce des lts (ECLO/LGP) et niveu de plïdie sscié u nn u crctère R (2n/2nR/3n/3nR). Au ttl 26 lts nt été suivis dns le cdre du pln de suvegrde 20 dnt 2 furnis pr les éclseries. Les crctéristiques des lts testés snt résumées dns le tbleu. Les neuf lts ECLO 3nR nt été prduits à prtir de prents présentnt des niveux de sélectin vribles, qu il s gisse des mâles 4nR (génme de 75 à 00% sélectinné) u des femelles diplïdes R. Il fut dnc s ttendre à une certine hétérgénéité des lts ECLO 3nR pur ce qui cncerne le niveu de sélectin tteint. Les lts témins ECLO 2n et 3n snt tus issus de lignées diplïdes prpres ux éclseries sns que l n sche si elles nt été u nn mélirées pur l survie, tndis que les mâles 4n utilisés pur prduire les 3n n nt subi ucune mélirtin pur ce crctère. Les lts LGP 2nR snt les descendnts sélectinnés des fmilles G2A sumises à une nuvelle sélectin mssle, lesquelles vient déjà été utilisées cmme lt LGP 2nR lrs du précédent pln de suvegrde. Il est dnc prbble qu ils se distinguent de ces derniers pr une meilleure survie ux mrtlités estivles. En prvennce du LGP églement deux lts témins prduits à prtir de géniteurs échntillnnées sur des bncs suvges dns le bssin de Mrennes-Olérn (LGP 2n). A l différence des 2n en prvennce des éclseries, le prcurs ztechnique des lts LGP 2n est entièrement cnnu. 5
Tbleu : Crctéristiques des lts testés dns le cdre du PS2. Origine : lts prduits pr les éclseries privées (ECLO) et pr le Lbrtire de Génétique et Pthlgie de l IFREMER (LGP). rigine plïdie lt ECLO LGP 2n 3n 3nR 2n 2nR dte de pnte réceptin u LGP tille à réceptin huîtres/pche (Agns) Z6 04/07/20 08//20 T6 200 200 Z8 03/08/20 08//20 T6 200 200 Z3 08/07/20 23//20 T5 00 00 Z4* 3/08/20 23//20 T3 00 200 Z25* 22/06/20 5/2/20 T4 00 200 Z2 9/04/20 2/0/20 T9 200 200 Z4 0/06/20 08//20 T6 200 200 Z7 3/07/20 08//20 T6 00 00 Z2 23/08/20 23//20 T2 200 200 Z5* 28/06/20 23//20 T5 50 00 Z7 4/04/20 3/2/20 T4 00 00 Z26 23/06/20 5/2/20 T4 200 200 Z3 23/06/20 2/0/20 T6 200 200 Z5 23/06/20 08//20 T6 00 00 Z0 2/07/20 23//20 T4 00 00 Z 04/08/20 23//20 T3 200 200 Z6* 3/09/20 23//20 T2 00 200 Z8 0/06/20 3/2/20 T4-T8 200 200 Z9 09/09/20 3/2/20 T3 00 00 Z24 04/08/20 5/2/20 T4 00 00 Z27 09/08/20 20/02/202 T6 00 00 Z2 6/05/20 5/2/20 T5 200 200 Z23 3/08/20 5/2/20 T6 200 200 Z9 3/08/20 2//20 T8 200 200 Z20 6/05/20 5/2/20 T5 200 00 Z22 3/08/20 5/2/20 T6 200 200 * : densité pr pche à L Flride duble de celle d Agns. huîtres/pche (Flride) 2.2. Suivi bimétrique : survie et pids Les lts ECLO nt été réceptinnés pr le LGP du 2/0/20 u 20/02/202 et stckés dns un bc de 800 litres du lbrtire dns l ttente de leur trnsfert sur estrn, en mrs 202. L phse de stckge vnt testge dnc duré de 30 à 49 jurs en fnctin des lts. Durnt cette péride l mrtlité, vrible en fnctin des lts ( à 87%), été mesurée fin d être prise en cmpte dns l nlyse des résultts. Cmme pur le PS, le testge sur estrn été rélisé dns le bssin de Mrennes-Olérn sur les sites d Agns et de L Flride. Le suivi sur un trisième site, à l éclserie du LGP dns un bssin de 6
800 litres, dû être interrmpu dès le mis de juillet en risn de mrtlités précces et récurrentes recnductibles à Vibri esturinus. Celles-ci, en tuchnt indistinctement les lts R et nn R, diplïdes cmme triplïdes, nt biisé le crctère survie, les lts R n ynt ps été sélectinnés pur une résistnce u vibrin. Les dnnées relevnt de ce site nt dnc été exclues des nlyses. Tus les lts nt été testés sur les deux sites, vec une pche de 00 à 200 huîtres pr site, à l exceptin d un lt ECLO-3n à Agns cntennt 50 individus, ce nmbre vrint en risn des mrtlités survenues vnt mise sur estrn. Il n y vit ps de réplicts pur chque lt cr nus vns cnsidéré que le testge pur but d estimer les perfrmnces des nissins du grupe ECLO- 3nR (triplïdes R) prduits durnt une nnée dnnée pr tutes les éclseries et nn ps de tester les perfrmnces reltives des nissins triplïdes R de chque éclserie. Dns ntre cs de figure, les différents lts snt à cnsidérer cmme utnt de réplicts pur leur grupe respectif (grupe ECLO- 3nR). Le testge débuté vec l mise à l eu des pches le 20/03/202 sur le site d Agns et le 22/03/202 sur le site de L Flride. Un lt (Z2) cependnt été mis sur estrn vec deux semines de retrd le 05/04/202. Le suivi des mrtlités débuté en juin et s est prlngé jusqu u mis d ctbre inclus (fin de testge le 22/0/202) vec un cmptge mensuel des mrtes et des vivntes. Pur le suivi de l crissnce, deux prmètres nt été enregistrés pur chque pche en début et fin de testge : le pids individuel de 30 huîtres et le pids ttl des huîtres vivntes. 2.3. Détectin du virus OsHV- Le virus OsHV- est suspecté d être impliqué de fçn prépndérnte dns le phénmène des mrtlités mssives et, pr cnséquent, reste le fcteur principl sur lequel l mélirtin pur l survie est susceptible d pérer. Il est dnc utile de cnnître le niveu d infectin des lts testés fin d interpréter u mieux les niveux de mrtlités bservés. L recherche de l présence du virus OsHV- été effectuée pr l technique nlytique du lbrtire ntinl de référence (Ifremer, L Tremblde). Elle été rélisée sur tus les lts vnt 7
(du 8//20 u 5/2/20), pendnt (début juin 202) et près le pic de mrtlité (8/09/202) (tbleu 2). Pendnt l péride de mrtlité mssive l échntillnnge prté exclusivement sur des individus mribnds (mrts depuis peu u sur le pint de murir), lrs qu vnt et près cette péride l échntillnnge s est fit de fçn préférentielle mis nn systémtique sur ces mêmes individus. Des nlyses snitires nt églement été effectuées durnt l péride de stckge sur certins lts ynt subis de frtes pertes. Tbleu 2 : Nmbre d échntillns nlysés pr lt pur l détectin d OsHV-. vnt/pic/près : échntillnnge vnt/pendnt/près le pic de mrtlité ; réceptin/stckge/flride/agns : échntillnnge à réceptin des lts/en éclserie vnt mise sur estrn/sur estrn à L Flride/sur estrn à Agns. vnt pic près lt rigine réceptin stckge L Flride Agns Agns Z6 0 5 5 5 0 Z8 0 5 5 5 0 Z3 ECLO-2n 0 0 5 5 0 Z4 0 0 5 5 5 Z25 0 0 0 5 4 Z2 0 3 5 5 0 Z4 0 5 5 5 0 Z7 0 5 5 5 0 Z2 ECLO-3n 0 0 5 5 0 Z5 0 5 5 5 0 Z7 0 0 5 5 5 Z26 0 0 4 0 3 Z3 0 0 5 5 0 Z5 0 5 5 5 0 Z0 0 5 5 9 Z 0 0 3 5 8 Z6 ECLO-3nR 0 0 5 5 0 Z8 0 0 5 5 0 Z9 0 0 6 5 9 Z24 0 5 5 5 0 Z27 0 0 5 2 0 Z2 0 5 5 5 0 LGP-2n Z23 0 5 5 5 0 Z9 0 0 5 5 0 Z20 LGP-2nR 0 0 2 0 Z22 0 5 4 5 0 2.4. Anlyse du pedigree 8
Les prvennces vriées des lts 3nR, prduits pr 5 éclseries différentes, les nmbreux trnsferts dnt ils nt fit l bjet insi que l spécificité des géniteurs utilisés pur les prduire ( 4nR et 2nR en prvennce de l IFREMER) impse que l n vérifie leur pedigree. Cel été rélisé en géntypnt, sur 4 mrqueurs micrstellites (CG0, L0, CG49 et Amy), tus les lts 3nR et des individus pprentés à leurs géniteurs, les vris géniteurs n ynt pu être échntillnnés. Leurs prfils génétiques nt ensuite été cmprés. Les géntypges rélisés sur les différents grupes snt présentés dns le tbleu ci-dessus. Tbleu 3 : Nmbres de géntypges rélisés vec 4 mrqueurs micrstellites sur les lts ECLO-3nR et des individus pprtennt u même pl de géniteurs que leurs prents (géniteurs et ). crisements ( ) et ( ) : plns de crisement à l rigine des lts ECLO-3nR, les chiffres crrespndnt ux expsnts reprtés dns l clnne «lts». lts plïdie types nmbre crisements ( ) x ( ) d échntillns G5R 2nR géniteurs 25 - G5R2 2 2nR géniteurs 20 - G5R3 3 2nR géniteurs 25 - G5R4 4 2nR géniteurs 2 - G5R5 5 2nR géniteurs 25 - G5R6 6 2nR géniteurs 20 - G6R 7 2nR géniteurs 30 - G6R5 8 2nR géniteurs 8 - G6R25 9 2nR géniteurs 20 - G7R5 0 2nR géniteurs 5-4n4R5-Sp 4nR géniteurs 6-4n4R55 2 4nR géniteurs 40 - Z03 ECLO-3nR descendnt 30 (8+9) x () Z05 ECLO-3nR descendnt 30 (+2+3+4+5+6) x () Z0 ECLO-3nR descendnt 30 (7+8+9+0) x () Z ECLO-3nR descendnt 30 (2+4+6+8+9+0) x () Z6 ECLO-3nR descendnt 30 (0+G7R5) x (2) Z8 ECLO-3nR descendnt 30 (8+9) x () Z9 ECLO-3nR descendnt 30 (0+G7R5) x (2) Z24 ECLO-3nR descendnt 0 (9) x () Z27 ECLO-3nR descendnt 30 (9) x () 2.5. Anlyses sttistiques Les nlyses sttistiques nt été rélisées à l ide du lgiciel SAS (versin 9.3, SAS Institute Inc., Cry, NC, USA). 9
Pur le tux de mrtlité T m, une nlyse de vrince (prcédure ANOVA) tut d brd permis d identifier les fcteurs principux. Elle permis d exclure l effet suppsé des mrtlités survenues pendnt l péride de stckge à l Ifremer vnt le début du testge. L prcédure GLIMMIX ensuite été utilisée en fisnt le chix d une distributin binmile vec Lgit cmme fnctin de liisn et en ppliqunt le mdèle linéire générlisé suivnt : T = grupe+ site + grupe* site + P m i + lt ( grupe) vec cmme vrible de répnse T m crrespndnt u rpprt entre les événements de mrtlité sur l ensemble des évènements bservés pr pche; les effets fixes grupe (fcteur prvennce ECLO/LGP cmbiné u fcteur plïdie 2n/2nR/3n/3nR), site (site de testge d Agns et de L Flride) et P i (pids individuel en début de testge) et l interctin grupe*site ; enfin l effet létire Lt hiérrchisé à l effet grupe lt(grupe). Pur l nlyse de l crissnce nus vns clculé le rendement jurnlier RJ, qui cmbine les crctères crissnce et survie. Il exprime le gin de crissnce en purcentge jurnlier et s écrit sus l frme : RJ ( Pv f Pvi ) = 00 Pv j i ù Pv i et Pv f représentent les pids pr pche des huîtres vivntes en début et fin de testge et j est l durée du testge exprimée en jurs. Cependnt, en risn de l grnde vribilité entre lts du nmbre d huîtres en début de testge (50 à 200) et du nmbre d huîtres survivntes en fin de testge ( à 78), un utre prmètre, que nus ppellerns rendement jurnlier justé (RJA), églement été clculé en utilisnt l frmule suivnte : N f Pv f Pvi N i 200 RJA = 00 N f N i Pvi j N i ù N i et N f crrespndent ux nmbres d huîtres vivntes pr pche en début et fin de testge. 0
L cmprisn des pids individuels en début et en fin d expérience été rélisée vec l prcédure ANOVA de SAS. Les cefficients de crréltins entre le RJA et le tux de mrtlité d une prt et le pids et l âge à l dte de mise sur estrn d utre prt nt été déterminés à l ide de l prcédure CORR. L prcédure REG été utilisée pur étudier l cinétique de mrtlité durnt les qutre derniers mis de testge en estimnt les cefficients et b de l reltin linéire y = x + brelint le tux de mrtlité à l dte de mesure. Enfin, pur le pids cmme pur le tux de mrtlité, l significtivité des différences entre tritements pris deux-à-deux été testée pr le clcul des cntrstes (instructin CONTRAST). 3. Résultts 3.. Vérifictin du pedigree 3... Diversité des mrqueurs L diversité llélique glble reste reltivement élevée vec un minimum de 9 llèles pur le lcus AMY et jusqu à 28 llèles pur le lcus CG49. Cependnt cette diversité chute frtement u niveu des grupes prentux cmme dns le cs des femelles cnsnguines G7R5 dnt l myenne se limite à 3,5 llèles pr lcus. L diversité mximle pur un grupe prentl dnné se retruve chez les femelles nn cnsnguines G6R25 vec une vleur prche de 0 llèles pr lcus. Les fréquences lléliques snt hutement vribles d un llèle à l utre, certins llèles dminnts se rpprchnt des 40% (figures lcus L0). D utres llèles très présents chez les prents disprissent dns l descendnce cmme pur l llèle 226 du lcus AMY. A l inverse certins llèles myennement présents chez les prents deviennent dminnts dns l descendnce (llèle 24 du lcus L0). Le purcentge d llèles sns géntypes est lrgement plus élevé chez les 4n vec un ttl de 2,7% sur les 4 lci suivi pr les 2n (4,0%) et les 3n (,5%). Figures : Fréquences lléliques ux lcus L0, AMY, CG49 et CgSili4 pur le grupe 3nR et leurs prents diplïdes et tétrplïdes.
...... "-' l'v l'v t-.j lu w... l'v t-.j lu w W.f>. -f>. rn m "'- "- "- "'- "'- "'- "- "'- " 2DO 08 0 204 8 S 208 22 22..---- 24 26 24 28 2S 28 30 32 220 ::f; 34 222 36 224 38 40 225 42 228 46 230 48 50 232 52 Q lq 234 54 56 F 235 60 238 62 0 68 n 0 240 g : e 68 70 n 5" 246 e II! li! Si» l> 72 r-r :;: 250 -< 90 b 0 240 g 68 v- w N W " " " " " " 2
3..2. Cmprisn des géntypes Les 9 lts 3nR nt été prduits à prtir de différents grupes prentux en crisnt un lt de mâles vec un à six lts de femelles pur un ttl de deux à dix lts utilisés respectivement (tbleu 3). Les effectifs des lts prentux distribués ux éclseries snt présentés en nnexe 2. L cmprisn des prfils génétiques entre prents et enfnts ux qutre lci cnsidérés s intéresse ux différences de type exclusives c est à dire à l fis frtes (nmbre de nuveux llèles élevés), 3
répétitives (même nuvel llèle rencntré plusieurs fis) et significtives (différences de ± 2 pb). Ces résultts snt synthétisés pr lt et pur chque lcus dns le tbleu 4. Tbleu 4 : Différences géntypiques ux lci cnsidérés entre les prents 2n et 4n et leur descendnce 3nR. Vleurs entre prenthèses : nmbre llèles ssciés u nmbre de différences. lt Z3 Z5 Z0 Z Z6 Z8 Z9 Z24 Z27 Types de différences L0 AMY CG49 CgSili4 Ttl sns géntype 0 0 0 ± 2 pb 0 0 5 0 5 > ± 2 pb 0 0 0 0 0 sns géntype 0 0 0 2 2 ± 2 pb 0 0 0 > ± 2 pb 0 0 0 0 0 sns géntype 0 0 0 0 0 ± 2 pb 0 0 0 0 0 > ± 2 pb 0 0 0 0 0 sns géntype 0 0 0 0 0 ± 2 pb 3 0 0 0 3 > ± 2 pb 0 0 0 0 0 sns géntype 2 4 2 2 0 ± 2 pb 4 7 > ± 2 pb 3 (2) 3 () 3 () 3 () 2 (5) sns géntype 0 0 0 0 0 ± 2 pb 9 0 0 0 9 > ± 2 pb 0 0 0 0 0 sns géntype 0 0 0 2 2 ± 2 pb 0 0 2 > ± 2 pb 0 () 32 (2) 0 43 (3) sns géntype 0 0 0 0 0 ± 2 pb 0 0 0 0 0 > ± 2 pb 0 0 0 0 0 sns géntype 6 6 0 2 24 ± 2 pb 0 0 2 0 2 > ± 2 pb 0 0 0 0 0 3.2. Détectin du virus OsHV- L recherche du virus u mment du pic de mrtlité fit pprître une présence systémtique du pthgène dns tus les lts à l exceptin d une huître sur les 237 nlysées (tbleu 5). Ce purcentge bisse frtement u mment de l réceptin des lts et près le pic de mrtlité. A nter l bsence de signl (dnc l bsence suppsée du virus u une présence en quntité inférieure 4
u seuil de détectin de l technique nlytique utilisée) chez les ECLO-2n et les LGP-2nR à réceptin des lts et près le pic de mrtlité, respectivement. L quntité d ADN détectée est reltivement élevée durnt le pic de mrtlité, u-dessus de 0 4 cpies d ADN virl pr mg de tissu dnc à un niveu cnsidéré cmme critique pur l ppritin de signes cliniques. Ce nmbre bisse vnt et près le pic de mrtlité ù le nmbre de cpies d ADN virl se cmpte pr dizines à quelques centines. Tbleu 5 : Résultts nlytiques de l recherche de l présence du virus dns les 26 lts regrupés pr grupe et pr dte d échntillnnge. Réceptin Pic mrtlité (Agns) Pic mrtlité (L Flride) Après le pic (Agns) Grupe Nmbre d'échntillns nlysés Fréquence de détectin Quntité d'adn* Ecl-2n 50 0% 0 Ecl-3n 70 9% 3E+0 Ecl-3nR 90 33% 6E+02 LGP-2n 20 35% 4E+0 LGP-2nR 30 30% E+02 Ecl-2n 25 00% E+04 Ecl-3n 30 00% E+04 Ecl-3nR 42 00% 2E+04 LGP-2n 0 00% 2E+04 LGP-2nR 2 00% 2E+04 Ecl-2n 20 00% 2E+04 Ecl-3n 34 00% 4E+04 Ecl-3nR 45 98% E+04 LGP-2n 0 00% E+04 LGP-2nR 9 00% 2E+04 Ecl-2n 39 23% E+02 Ecl-3n 58 9% E+02 Ecl-3nR 86 2% 2E+0 LGP-2n 20 0% 2E+0 LGP-2nR 30 0% 0 * : exprimée en nmbre de cpies d ADN virl pr mg de tissu. 3.3. Perfrmnces de crissnce à l âge dulte du pln de suvegrde 200 3.3.. Synpsis Durnt l nnée 202, 24 lts du pln de suvegrde 200 (PS) nt été mis en testge sur estrn, sur le site d Agns. Nus nus intéresserns ici ux résultts liés ux seuls prmètres de crissnce, les lts ynt été peu ffectés pr l mrtlité (7% en myenne, ps de différence significtive entre 5
grupes) en risn de l tille des huîtres en début de testge (5 g en myenne pur un âge de 8 mis). Le 2 mrs 202, 24 lts du PS nt été cmptés, pesés (pids pr pche et pids individuel) et mis en pche (une pche pr lt, tbleu 6). En fin d expérimenttin, 22 jurs plus trd, les mrts et les vivnts de chque lt nt été cmptés et le pids des vivnts mesuré, dnt 30 individuellement. Les cdes spécifint le niveu de plïdie (2n, 3n, 2nR et 3nR) et l rigine des lts (ECLO et LGP) suivent les mêmes définitins que dns le PS2. Tbleu 6 : Crctéristiques des lts en prvennce du PS testés en 202. Origine : lts prduits pr les éclseries privées (ECLO) et pr le Lbrtire de Génétique et Pthlgie de l IFREMER (LGP). * et ** : début et fin d expérimenttin les 2/03/202 et 23/0/202, respectivement. rigine plïdie lt pids individuel myen initil (g)* pids individuel myen finl (g)** âge début testge huîtres pr pche ECLO LGP 2n 3n 3nR 2n 2nR PS2 20,3 53,4 643 20 PS2 4,5 4,7 606 84 PS6 4,5 45,2 733 65 PS25 4,8 47,0 547 67 PS3 23,6 70,4 636 204 PS5 22,9 66, 645 99 PS4 8,7 68,8 684 5 PS9 9,6 53,8 669 87 PS26 8,0 54,8 533 92 PS 9,9 65,7 628 202 PS4 22,2 65,6 65 94 PS,7 74,2 605 29 PS3 3,6 57,6 599 5 PS5 4,9 57,9 58 203 PS7 6,8 59,5 593 200 PS8 8,9 46,0 654 36 PS24 7,9 46,2 545 203 PS27 2,4 34,5 564 4 NAT 9,6 45,5 59 09 NAT2 4,2 42, 59 48 PS6 4,0 33, 627 88 PS8 2,5 33,5 66 66 PS20 7,7 37,0 66 207 PS2 8, 39, 573 203 3.3.2. Crissnce et sélectin 6
L nlyse mntre une frte vribilité du pids individuel entre lts (erreur stndrd élevée vec p<0,000) en début d expérimenttin sns qu ucune différence n pprisse entre grupes (p=0,98) (figure 2). En fin d expérimenttin l vribilité se mintient entre lts et se renfrce entre grupes u pint de devenir significtive (p=0,0025). Figure 2 : Pids individuel myen pr grupe du pln de suvegrde 200 (PS) en début et fin d expérimenttin. Brres d erreur : intervlle de cnfince pur α=0,05. Une nlyse plus détillée, pr cntrstes, révèle en fin d expérimenttin des différences mrquées entre, d une prt, les lts diplïdes sélectinnés 2nR et, d utre prt, les lts triplïdes 3n et 3nR, ces derniers présentnt de meilleurs tux de crissnce. Des différences qui se mnifestent églement, mis dns une mindre mesure, entre les 3n et les 2n. Tutefis, à même niveu de plïdie, il n y ps de différence significtive entre méliré R et nn méliré (tbleu 7). Tbleu 7 : Tests de significtivité pr cntrstes pur le pids individuel finl myen entre grupes du pln de suvegrde 200 (PS) en fin d expérimenttin. * : test suivnt l distributin F de Snedecr. Cntrste Vleur F Prb>F* 7
ECLO-2n vs. ECLO-3n 4,8 0,04 ECLO-2n vs. ECLO-3nR 3,0 0,0 ECLO-2n vs. LGP-2n 0,2 0,66 ECLO-2n vs. LGP-2nR 3,9 0,06 ECLO-3n vs. ECLO-3nR 0,6 0,45 ECLO-3n vs. LGP-2n 4,9 0,04 ECLO-3n vs. LGP-2nR 8,4 <0,00 ECLO-3nR vs. LGP-2n 3,3 0,08 ECLO-3nR vs. LGP-2nR 6,6 <0,00 LGP-2n vs. LGP-2nR,4 0,25 En risn des tux de survie élevés, les vleurs de rendements RJ et RJA snt très similires (p=0,29, r=0,99). Le rendement jurnlier RJ myen est de 2,0 %/jur, il vrie de 0,4 à 7,6 entre lts et de 0,8 à 2,5 entre grupes (tbleu 8). Les différences de rendements entre grupes s estmpent u pint de devenir nn significtives. Tbleu 8 : Rendement jurnlier RJ pr lt et pr grupes du pln de suvegrde 200 (PS). rigine plïdie lt ECLO LGP 2n 3n 3nR 2n 2nR RJ PS02 0,7% PS2 2,0% PS6,2% PS25 4,5% PS03 0,8% PS05 0,8% PS4 2,0% PS9 4,3% PS26 2,6% PS0,0% PS04 0,8% PS 3,5% PS3 2,5% PS5,% PS7,% PS8 2,7% PS24 2,0% PS27 7,6% NAT,% NAT2 3,4% PS06,3% PS08 0,9% PS20 0,4% RJ pr grupe 2,% 2,% 2,5% 2,2% 0,8% 8
PS2 0,5% 3.4. Prmètres de crissnce Le pids (individuel u pr pche) été utilisé cmme mesure de bse pur étudier les prmètres ssciés à l crissnce et vérifier l fçn dnt ceux-ci purrient éventuellement intergir vec le crctère survie. A l exceptin du lt ECLO-3n Z26, crctérisé pr un tux de mrtlité de 00% en fin de testge, tus les lts nt furni des dnnées de crissnce en début et fin de testge sur les deux sites chisis. Lrs de l mise sur estrn, le pids individuel myen de chque lt (tbleu 9) étit hmgène entre sites (t-test pr pires : p=0,8) et frtement crrélé (r=0,98) vec une frte hétérgénéité entre lts, le test de Tukey mettnt en évidence 5 grupes significtivement différents, indépendmment du niveu de plïdie u de l rigine des lts (ECLO u LGP). Aucune différence significtive n pprît entre les grupes (test Tukey ANOVA SAS). En fin de testge le cdre chnge, vec un pids individuel myen intr-lt significtivement supérieur à L Flride (t-test pr pires : p=0,0), églement crrélé entre sites (r=0,8), les lts étnt plus hmgènes qu en début du testge (2 grupes distincts pprissent vec le test de Tukey). Tbleu 9 : Pids individuel myen pr lt, pr grupe et pr site en début et fin de testge. * : bsence de pids en risn de l bsence de survivnts en fin de testge. pids individuel initil pids individuel finl lt rigine Agns L Flride myenne Agns L Flride myenne Z6,34 0,90 8,2 25,4 Z8,47 0,76 20,6 3,2 Z3 ECLO-2n 0,89 0,68 0,78 22,2 25,8 2,7 Z4 0,7 0,43 7,7 4,5 Z25 0,40 0,22 0,0 32,0 Z2 6,54 4,82 35,9 5,8 Z4 2,27,48 28,9 33,5 Z7,33 0,89 25,4 4,7 Z2 ECLO-3n 0,37 0,27,52 3,3 27, 28,3 Z5,29 0,78 26,5 3,9 Z7 0,40 0,23 8,2 5,7 Z26 0,48 0,2 * * Z3 4,79 3,48 3,8 38,4 ECLO-3nR,08 Z5 2,43,84 27,3 35,7 7, 9
Z0,06 0,70 3,3 23,4 Z 0,58 0,33,3 2,4 Z6 0,50 0,34 9,8 3,2 Z8 0,93 0,43 4,8,7 Z9 0,28 0,20 9,0 9,7 Z24 0,62 0,34 3,3 6,3 Z27 0,3 0,30 0,3 5,5 Z2 4,87 4,06 26,6 30,5 LGP-2n 2,66 Z23,0 0,7 7,8 28,7 Z9,53 0,9 6, 9,2 Z20 LGP-2nR 6,03 6,03 2,80 9, 29,2 Z22,30 0,99 8,6 9,9 25,9 20,4 Lgiquement, le rendement jurnlier justé RJA en fin de testge (figure 3) est lrgement supérieur u rendement jurnlier RJ (myenne de 9.7% cntre 4.3%) cr, en prennt en cmpte les effectifs initiux et finux, RJA exprime vnt tut l effet crissnce, plutôt que l effet cmbiné crissnce et survie. Cmme pur le pids individuel en fin de testge nus retruvns ussi des niveux de rendements significtivement supérieurs à L Flride (t-test pr pires : p=0,02). Figure 3 : Rendement jurnlier justé RJA en fin de testge en fnctin des lts. Les lts Z2, Z7 et Z25 ne cmptent que à 7 individus pr pche en fin de testge. 20
L nlyse des crréltins met en évidence, en intr-site mis églement en inter-sites, des reltins significtives entre prmètres sscint crissnce et mrtlité. Les crréltins entre le tux de mrtlité T m et RJA snt psitives, elles deviennent négtives entre le pids initil P i et T m insi qu entre P i et RJA (tbleu 0). A nter que les crréltins en intr et inter-sites entre P i et RJA snt identiques (r -0,66 et p<0,00) si l n élimine de l nlyse les tris lts cmptnt le mins de survivnts pr pche (entre et 7 pur Z2, Z7 et Z25). A nter églement qu ucune crréltin significtive n est truvée entre T m et l âge des lts en début de testge (tbleu ), et ce mlgré l reltin significtive lint P i le et l âge et l grnde vribilité de ce dernier (87 à 336 jurs). Tbleu 0 : Crréltin de Persn r entre le pids individuel initil myen pr lt P i, le rendement jurnlier justé RJA en fin de testge et le tux de mrtlité T m en fin de testge. * : test de significtivité suivnt l distributin t de Student. T m x RJA P i x RJA P i x T m Site r p-vlue* r p-vlue* r p-vlue* Agns 0,44 0,026-0,68 <0,00-0,56 0,003 L Flride 0,45 0,023-0,45 0,026-0,58 0,002 2 sites 0,40 0,004-0,45 0,00-0,57 <0,00 Tbleu : Crréltin de Persn r de l âge des lts en début de testge Age vec le pids individuel initil myen pr lt P i, le rendement jurnlier justé RJA en fin de testge et le tux de mrtlité T m en fin de testge. * : test de significtivité suivnt l distributin t de Student. Age x P i Age x RJA Age x T m Site r p-vlue* r p-vlue* r p-vlue* Agns 0,73 <0,000-0,53 0,006-0,06 0,7925 L Flride 0,70 0,0002-0,54 0,0095-0,3 0,5568 2 sites 0,7 <0,000-0,5 0,0004-0,09 0,5456 3.5. Mrtlité 3.5.. Cinétique de mrtlité A l première mesure, début juin 202, le tux de mrtlité tus lts cnfndus tteint 36% à Agns et 48% à L Flride (figure 4). Dès l deuxième mesure, fin juin, et jusqu à l fin du testge, qutre mis plus trd, l différence entre les deux sites se mintient stble entre de 4 à 6%, le tux de mrtlité finl étnt de 57% à Agns cntre 63% à L Flride. 2
Figure 4 : Evlutin de l tempérture et du tux de mrtlité en fnctin du site et du grupe durnt les 7 mis de testge. : site d Agns, : site de L Flride ; lignes en pintillés : myenne sur les grupes ; ligne ruge : tempérture ; : seuil de 6 C de l eu de mer tteint le /05/202. Tempértures en prvennce des bulletins Ifremer BULLDOSER. Une nlyse plus fine mntre que cette hiérrchistin des tux de mrtlité s bserve tut u lng de l péride de testge u niveu des grupes nn sélectinnés, en mintennt prtiquement à l identique les différences entre sites. Mins cnstnts dns les différences entre sites, les lts sélectinnés présentent une inflexin de l pente de l drite de régressin qui duble u niveu de L Flride pr rpprt à Agns (tbleu 2). Les cefficients et b reprtés dns ce tbleu snt tus hutement significtifs et les vleurs de R 2 restent élevées. Tbleu 2 : Prmètres de l régressin linéire du tux de mrtlité sur l dte de mesure à prtir de l secnde mesure. : pente de l drite; b : rdnnée à l rigine. Grupe Site b R 2 ECLO-2n LGP-2n ECLO-3n Agns 0,08 80 92% L Flride 0,08 8 85% Agns 0,05 47 92% L Flride 0,05 6 00% Agns 0, 64 89% L Flride 0,09 69 89% 22
ECLO-3nR LGP-2nR All Agns 0,06 42 99% L Flride 0, 40 99% Agns 0,04 98% L Flride 0,0 5 98% Agns 0,07 49 96% L Flride 0,08 53 97% L cinétique de mrtlité illustre églement le fit que les différences entre grupes snt fixées préccement, pendnt l première phse de testge. Cette phse inclut l péride de sensibilité mjeure ux fcteurs cusux, en prticulier le mment ù l tempérture de l eu tteint le seuil de 6 C et déclenche le phénmène des mrtlités estivles. 3.5.2. Tux de mrtlité finl L nlyse glble inclunt les dnnées des deux sites fit pprître des effets significtifs sur le tux de mrtlité en fin de testge pur tus les fcteurs cnsidérés, vec des différences mrquées pur les effets lt(grupe) et grupe (tbleu 3). 2 Tbleu 3 : Tests de significtivité des effets du mdèle. *: test χ sur les cvrinces pur l effet létire lt(grupe) ; test F sur les myennes pur les utres effets. Effet DDL Vleur du test* Prb>F grupe 4 2,6 <0,00 site,4 0,03 grupe*site 4 4,4 0,0 pids_initil 7,8 0,0 lt(grupe) 79,3 <0,00 Les différences entre grupes reflètent les effets du niveu de plïdie et de l sélectin. Cmme ttendu les lts sélectinnés 2nR expriment une plus grnde cpcité de résistnce, supérieure à celle des utres grupes testés (figure 5). A nter que les frts intervlles de cnfince du grupe LGP-2n snt dus à des erreur-types élevées mis surtut u fible degré de liberté qui lui est sscié, ce grupe n étnt cnstitué que de deux lts. 23
Figure 5 : Tux de mrtlité finl pr grupe en fnctin du site. Brres d erreur : intervlle de cnfince pur α=0,05. L cmprisn des grupes pris deux-à-deux pr l technique des cntrstes cnfirme ces écrts systémtiques en fveur des 2nR (tbleu 4). Elle révèle ussi des différences significtives entre les 2n insi qu entre les ECLO-3nR et les utres lts en prvennce des éclseries. Enfin elle ne mntre ucune différence entre les diplïdes et les triplïdes nn sélectinnés en prvennce des éclseries. Tbleu 4 : Tests de significtivité pr cntrstes sur le tux de mrtlité finl entre grupes. * : test suivnt l distributin F de Snedecr. Cntrste Vleur F Prb>F* ECLO-2n vs. ECLO-3n 2,0 0,7 ECLO-2n vs. ECLO-3nR 25,8 <0,00 ECLO-2n vs. LGP-2n 5, 0,03 ECLO-2n vs. LGP-2nR 32,9 <0,00 ECLO-3n vs. ECLO-3nR 5,5 <0,00 ECLO-3n vs. LGP-2n,8 0,9 ECLO-3n vs. LGP-2nR 25,2 <0,00 ECLO-3nR vs. LGP-2n,4 0,25 ECLO-3nR vs. LGP-2nR 4,8 0,04 LGP-2n vs. LGP-2nR 7,3 0,0 24
L interctin entre les effets grupe et site illustre l répnse différentielle des différents grupes d un site à l utre : si elle est qusi-identique pur les ECLO elle chnge ntblement pur les LGP (figure 6). Figure 6 : Tux de mrtlité finl pr grupe en fnctin du site. Enfin, l effet du pids individuel initil sur le tux de mrtlité finl est églement significtif. L vleur négtive du prmètre estimé de cet effet, bien que fible (-0,22 ± 0,08), indique une tendnce inverse entre pids et tux de mrtlité, celui-ci étnt plus élevé pur des huîtres de petite tille u mment de leur mise à l eu. Les deux figures suivntes reprtent le tux de mrtlité pr lt dns chcun des sites de testge. Elles mntrent le reltif mintien de l clssifictin des lts entre sites et l nette différence entre les ECLO-2n et les 2nR. Figure 7 : Tux de mrtlité finl pr lt en intr-site. 25
26 226 22S 208 27 206 22 24 224 223 23 207 204 2S 227 28 20 26 22 29 202 222 20S 2 203 209 220 w mrtlité (%),. en '" " '" '" r- OI "TI ë "' il: to 226 22S 208 27 206 23 22 24 20 207 204 224 227 2S 223 29 28 2 22 202 20S 26 222 203 209 220 w mrtlité (%),. en '" " '" '" ;>.. '" QI '" Z26 Z2S Z08 Z7 Z06 Z2 Z4 Z24 Z23 Z3 Z07 Z04 ZlS Z27 Z8 Z0 Z6 Z2 Z9 Z02 Z22 ZOS Zl Z03 Z09 Z20 w mrtlité (%),. "' '" " '" '" r- III "TI ë.. ;;: Z26 Z2S Z08 Z7 Z06 Z3 Z2 Z4 Z0 Z07 Z04 Z24 Z27 ZlS Z23 Z9 Z8 Zl Z2 Z02 ZOS Z6 Z22 Z03 Z09 Z20 w mrtlité (%),. "' '" '" '" l: ::: III '" Z26 Z2S Z08 Z7 Z06 Z2 Z4 Z24 Z23 Z3 Z07 Z04 ZlS Z27 Z8 Z0 Z6 Z2 Z9 Z02 Z22 ZOS Zl Z03 Z09 Z20 w mrtlité (%),. "' '" " '" "' r- III "TI ë.. ;;: Z26 Z2S Z08 Z7 Z06 Z3 Z2 Z4 Z0 Z07 Z04 Z24 Z27 ZlS Z23 Z9 Z8 Zl Z2 Z02 ZOS Z6 Z22 Z03 Z09 Z20 w mrtlité (%),. "' '" " '" "'.. ::: III '"
4. Discussin 4.. Vérifictin du pedigree On cmpte prmi les neuf lts 3nR nlysés 29 llèles présentnt une différence de ± 2 pb vec le prfil génétique prentl. Ces 29 cs pprissent insignifints u regrd des 3000 prfils lléliques btenus et snt le fruit d erreurs de géntypge incnturnbles inhérentes à tute nlyse de prenté. L nlyse des llèles nn prentux présentnt une différence de plus de deux pires de bses permet de vlider imméditement sept des neuf lts cnsidérés (tbleu 4). En revnche un dute pprît sur l véritble rigine des lts Z6 et Z9 en risn du nmbre élevé d llèles présentnt de telles différences. Cependnt, il se truve qu un des deux grupes de femelles utilisées pur prduire ces lts (le grupe G7R5) n pu être échntillnné et n dnc ps été géntypé. Le prfil génétique de G7R5 dnc été btenu indirectement, mis de fçn prtielle, à prtir de celui de ses prents, à svir les G6R et G6R5. Cmpte tenu de l incertitude cncernnt le prfil d un des géniteurs il pprît pprtun d sscier le nmbre reltivement fible des nuveux llèles identifiés chez Z6 et Z9 (5 et 3 respectivement) à l btentin indirecte du géntype des femelles G7R5. En plus des sept lts précédents nus smmes dnc en mesure de vlider l rigine de ces deux lts vec cnfince si l n cnsidère le nmbre d individus nlysés pur chque lt (30) et l diversité llélique sur lquelle s est bsée l nlyse. Enfin il cnvient de suligner que le géntypge prté sur des pprentés et nn sur les véritbles géniteurs et qu un nmbre élevé d llèles sns géntypes été bservé chez les prents. Mlgré ces limites l nlyse permis d identifier dns l qusi-ttlité des cs les prfils génétiques ttendus. Tus les lts 3nR peuvent dnc être cnsidérés cmme pprtennt u grupe des ECLO-3nR vec une prbbilité élevée. 4.2. Détectin du virus OsHV- 27
Si l n ccepte le principe seln lequel le virus OsHV- cntribue u phénmène des mrtlités estivles, les résultts des nlyses pthlgiques snt là pur le cnfirmer. En effet, vec une fréquence de détectin de 00% sur un nmbre élevé d échntillns (237) et des quntités d ADN virl supérieures à 0000 cpies, les vleurs lissent peu de plce u dute. L interpréttin des résultts vnt et près le pic de mrtlité permet de suligner une tendnce vers une mindre présence du virus. En effet le tbleu 5 reprte des myennes pr grupe qui ne reflètent ps l diversité u niveu des lts, à l exceptin tutefis des lts ECLO-2n et LGP-3nR vnt et près testge ù le virus n est ps détecté. Cel peut signifier dns le premier cs que les éclseries dispsent de prtcles d élevge qui permettent de prduire du nissin nïf, schnt que les lts de cinq éclseries snt cncernés. Dns le secnd cs, représenté pr 3 lts et 30 échntillns, n purrit imginer que les survivnts des lts sélectinnés snt en mesure de se débrrsser du virus. Ce dernier pint ne peut cependnt être générlisé cmpte tenu des cnditins d élevge et d échntillnnge nn ptimles pur tirer de telles cnclusins. 4.3. Mrtlité Durnt les tris premiers mis de testge, du 20 mrs u 9 juin 202, le tux de mrtlité cumulé tteint 48% à Agns et 53% à L Flride, équivlents dns les deux cs à 8% du tux de mrtlité finl. Pendnt les 4 mis qui nt suivis l mrtlité cntinué à ugmenter à un rythme cnstnt mis nettement plus fible. Le pic de mrtlité s est dnc prduit dns l première phse de testge durnt lquelle le seuil de 6 C de l eu de mer été dépssé. Les 2nR et 3nR se distinguent des utres grupes pr leur cpcité à mieux mrtir ce chc, en prticulier pur le grupe 2nR dnt le cumul de mrtlité pendnt cette péride n tteint que 62% du tux finl, cntre des vleurs supérieures à 88% chez les grupes nn R. L linérité de l prgressin de l mrtlité bservée près le trisième mis se retruve dns tus les grupes, cmme le mntrent les vleurs élevées du R 2 de l régressin linéire. Les huîtres 28
cntinuent dnc de murir à un rythme cnstnt durnt l péride estivle, mis de fçn hétérgène seln le grupe u le site. Ainsi, l prgressin de l mrtlité intr-grupe peut ne présenter ucune différence ntble entre sites, ce qui se trduit pr une évlutin cnstnte du tux de mrtlité et devient une crctéristique des grupes nn sélectinnés. Au cntrire, tujurs à prtir du trisième mis, les grupes sélectinnés vient leur curbe de mrtlité diverger d un site à l utre vec un niveu deux fis mindre à Agns cmpré à l Flride. Cette cinétique de mrtlité, vrible entre site, met insi en évidence l cpcité de mieux résister ux cnditins d Agns typique des ECLO-3nR et LGP-2nR. D une fçn plus générle elle interpelle sur l cnstnce de l mrtlité une fis le pic pssé, et ce jusqu en ctbre. On peut se pser l questin de svir quelle en est l cuse et, si l présence d utres pthgènes cmme Vibri seturinus étit mise en évidence, chercher à cmprendre quel rôle purrit juer le crctère R. Si l n s intéresse mintennt u tux de mrtlité finl n nte en premier lieu un net effet dû u grupe, et u trvers de celui-ci à l sélectin pur le crctère R. Les cmprisns entre grupes pris deux-à-deux mntrent un vntge significtif et systémtique du grupe 2nR qui, clculé sur les myennes entre sites, pprte un gin de survie de 38 à 67% pr rpprt ux grupes nn-r. Tujurs en fveur du crctère R, le grupe 3nR présente un tux de survie nettement supérieur ux utres grupes ECLO (p<0,00). Ici ussi le gin de survie est ntble cmpré ux nn-r puisqu il scille entre 8 et 37%. Enfin l différence détectée entre les 2nR et les 3nR, plus ténue (p=0,04), s explique pr le mindre niveu de sélectin tteint pr ces derniers : d une prt leurs prents présentent une génértin de sélectin en mins pr rpprt ux 2nR et, d utre prt, leur génme n est que prtiellement sélectinné cr seuls les mâles tétrplïdes nt pprté le crctère R. Ces résultts mntrent sns mbiguïté que des mélirtins ntbles pur l survie peuvent être btenues u trvers de l sélectin. De plus, le crctère est efficcement trnsmis ux individus triplïdes qui, bien que seule une prtie de leur génme sit sélectinné, s vèrent plus résistnts que les utres grupes ECLO. Le rpprt du précédent pln de suvegrde vit nticipé une 29
mélirtin des perfrmnces pur les lts 3nR testés dns le cdre du PS2 en risn d un mtériel génétique plus perfrmnt trnsmis pr le biis des nuveux 4nR. Mlgré des cnditins de testge différentes rendnt l cmprisn délicte, cette prévisin truve s cnfirmtin dns les meilleurs gins de survie bservés chez les 3nR. L interpréttin des résultts liés ux lts LGP-2n (Z2 et Z23) est plus délicte. On puvit en effet s ttendre à les retruver prmi ceux présentnt les tux de survie les plus bs en risn de l rigine suvge de leurs géniteurs. Ainsi dns le PS le grupe LGP-2n pprît cmme le plus sensible de tus vec un tux de mrtlité supérieur à 96% dns les tris sites. Au lieu de cel les lts Z2 et Z23 du PS2 se situent dns une psitin intermédiire u niveu des deux sites (figure 7), et ne se différencient ps des lts 3n, en prticulier des 3nR (p=0,25). On peut rppeler ici le fit que Z2, le mins tuché des deux lts, été mis sur estrn vec 5 jurs de retrd, mis cmme l eu de mer n tteint le seuil de 6 C que 36 jurs plus trd ucune incidence sur l mrtlité n est ttendue. Le tux de mrtlité durnt l phse de stckge vnt testge ne peut servir d explictin cr les vleurs btenues pur Z2 et Z23 (30 et 64% respectivement) se truvent dns l prtie médine des vleurs bservées. En fit les huîtres destinées à ces deux lts nt subi une mrtlité nrmlement élevée en éclserie, à des stdes précces ntérieurs à l phse de stckge, ce qui peut expliquer ces résultts inttendus. De plus un sus-grupe de ces mêmes lts ynt subi un prcurs ztechnique différent églement été testé pr l Ifremer pur butir à des tux de mrtlités prches de 90%, en phse vec les résultts ttendus. Ces différences mntrent l imprtnce de dispser de l histrique ztechnique cmplet des lts en testge et, dns l mesure du pssible, de trviller vec du mtériel bilgique nïf. Cncernnt les lts 2n en prvennce des éclseries il est surprennt de cnstter le niveu de mrtlité tteint, 89% en myenne, schnt que ces mêmes éclseries nt, depuis plusieurs nnées, entmé des prgrmmes d mélirtin de leurs cheptels pur le crctère survie. Il cnvient cependnt de signler que les lts ECLO-2n n nt fit l bjet d ucune mentin prticulière 30
cncernnt ce crctère dns l mesure ù ucune demnde prélble n été fite en ce sens. Enfin cette vleur myenne reltivement élevée cche des disprités u sein des lts, les myennes intrlts vrint de 78 à 99%. Enfin ces lts snt les seuls nn prteur du virus u mment de leur réceptin u LGP, le tux de mrtlité du grupe ECLO-2n dnc pu pâtir de cet étt nïf pr rpprt ux utres grupes. On vit ussi pprître un effet d interctin entre le site de testge et le grupe. Cet effet peut être ssimilé à une interctin de type géntype*envirnnement, même si en cmbinnt les niveux de plïdie et de sélectin le crctère génétique de l effet grupe un sens plus cmplexe que celui qui lui est générlement ttribué. Les lts ECLO fnt preuve d une plus grnde pssivité fce u chngement d envirnnement ù les différences du tux de mrtlité restent cnstntes. Au cntrire les lts LGP semblent plus sensibles ux chngements, u plus ptes à s dpter, vec un effet psitif ttendu chez les 2nR. 4.4. Crissnce Preuve que l mise en pche de chque lt été effectuée seln un échntillnnge létire, le pids individuel myen pr lt en début de testge (P i ) est identique entre les deux sites mis significtivement différent d un lt à l utre. Pr cntre l densité entre sites n est ps hmgène pur tus les lts cr qutre d entre eux cmptent deux fis plus d huîtres à L Flride (tbleu ). Mlgré cel les lts pris dns leur glblité présentent de meilleures perfrmnces de crissnce à L Flride, que ce sit pur le pids finl u pur le rendement jurnlier justé RJA (+28% et +54% respectivement en exclunt les lts Z2, Z7 et Z25). Les différences initiles de pids entre lts snt à ttribuer ux différentes dtes de pnte, les deux prmètres étnt crrélés (r=0,7 vec p<0,000). Cependnt, les tests de significtivité des effets du mdèle le mntrent (tbleu 3), c est le fcteur pids qui prédmine et influence le tux de mrtlité finl. L crréltin négtive entre ces deux prmètres (r=-0,57 ; p<0,00), identique d un 3
site à l utre, indique que les huîtres résistent mieux lrsqu elles snt plus grsses u mment de leur mise à l eu, P i vrint de 0,8 à 6,24 g pur une vleur médine de 0,46 g (tbleu 9). Pr illeurs l reltin négtive qui relie P i u rendement RJA (r -0,66; p<0,00) indique que, pur l ctégrie de pids et l durée de testge cnsidérées, les huîtres les plus petites réussissent à cmpenser leur mindre tux de survie pr un meilleur tux de crissnce. Il cnvient tutefis de rppeler qu à l différence du pids finl le rendement RJA exprime un purcentge de crissnce jurnlier, dnc une vleur reltive. Le rendement est dnc prticulièrement sensible ux différences qui peuvent exister entre les pids initiux, et dns ntre cs précis elles restent élevées puisqu un multiple de 35 sépre les pids extrêmes. Cependnt, en cmprnt les résultts des deux plns de suvegrde et en fisnt bstrctin des différences qui les crctérisent à l exceptin de P i, n s perçit que cette reltin négtive se cnfirme. En effet les vleurs myennes de RJA snt nettement supérieures dns le cs du PS2 (7%/j cntre 2,2%/j pur le PS) pur un pids individuel myen initil nettement inférieur (0,96 g cntre près de 5 g pur le PS). Cncernnt l âge des huîtres en début de testge il est frt prbble que l bsence d effet et de crréltin sur/vec le tux de mrtlité u le rendement sit due à l durée et ux cnditins d élevge qui nt précédé l envi des lts à l Ifremer, frcément différentes d une éclserie à l utre. De plus, mlgré l crréltin psitive lint l âge u pids en début de testge (r=0,7 pur p<0,00) celle-ci est encre trp fible pur trnspser l reltin pids tux de mrtlité et, pr le jeu de vribilités ppsées, rends cduque tute influence de l âge sur le tux de mrtlité. En risn des frtes différences du pids individuel initil et de densité des pches qui crctérisent les lts PS2, il pprît difficile de cmprer les grupes entre eux pur le crctère crissnce. Cependnt les résultts du PS de 202, dnt les cnditins de testge initiles étient mieux cntrôlées, permettent d pprter un éclirge sur ce pint. Rppelns-le, ucune différence de pids n pprît entre les grupes u mment de l mise à l eu des pches. On bserve que les lts 2nR grssissent mins bien que les 3n sélectinnés et nn sélectinnés (p<0,00) lrs que les 2n ne 32
présentent ps de différences significtives vec les 3nR (p>0,08) u snt légèrement inférieurs ux ECLO-3n (p=0,04). Cette mindre perfrmnce qui cntrste vec leur plus grnde cpcité de survie n est ps une surprise en sit cr le prcessus de sélectin prté sur le crctère R et nn sur l crissnce. De plus ces lts snt le prduit d une successin de cycles de sélectins (3) et de prpgtins initiés en 2000 vec le prgrmme MOREST. L bse génétique rpidement été restreinte à peu de fmilles et les génértins se snt succédées sns qu il n y it jmis eu d intrgressin génétique extérieure. Dns le temps cette situtin est prpice à l ugmenttin du tux de cnsnguinité et à l mnifesttin d effets négtifs qui peuvent tucher, entre utres, les perfrmnces de crissnce. L utre résultt cncerne l crissnce des 3n qui, cmme n puvit s y ttendre, est supérieure à celle des lts 2n (p=0,04) vec une différence du pids myen prche de 30%. 5. Cnclusin Le pln de suvegrde 20 mntre que des mélirtins ntbles pur l survie peuvent être btenues u trvers de l sélectin. On remrquer cependnt que, nn pris en cmpte dns l index de sélectin, le crctère crissnce peut subir une régressin pr le biis des effets d une sélectin négtive (crréltin survie - crissnce) u de l cnsnguinité. On nter que le crctère de rbustesse ussi étit trnsmis efficcement ux individus triplïdes mlgré un niveu de sélectin incmplet sur le génme. L nlyse du pids en début de testge mntre que, dns des cnditins de crissnce identiques, n peut s ttendre à un gin de survie pur les lts prduits préccement dns l sisn pr rpprt à ceux prduits plus trdivement. Enfin, cmme dns tute expérimenttin inclunt des chllenge vec pthgènes, l justesse de l nlyse nécessite de cnnître l histrique ztechnique cmplet des lts testés et de dispser de mtériel bilgique nïf. 33
Annexe : Histrique des lts diplïdes «R» (Tel que décrit dns le rpprt du pln de suvegrde 200 et jurné à 20) Cinq génértins d huîtres nt été prduites depuis 200 (G à G5). Une sélectin divergente été effectuée entre l G et l G2, visnt à mélirer u diminuer l survie pendnt l péride estivle pur des huîtres Crssstre gigs âgées de 6 mis. Depuis, plusieurs génértins de reprductin nt été rélisées sns ucune pressin de sélectin supplémentire. Pur chque génértin G2, G3, G4-2004, G4-2005 et G5, les prents utilisés n nt jmis cnnu d épisdes de mrtlités et il été prduit une lignée sélectinnée résistnte et une lignée sélectinnée sensible ux mrtlités estivles insi qu un témin. Les mrtlités estivles en Rivière d Aury pur les divers grupes prduits en G2, G3 et G4 snt rppelées dns le tbleu. Dns les sites répertriés cmme fvrbles ux mrtlités estivles chez les juvéniles C. gigs (ex: Rivière d Aury, Rnce-Perquis), les lts sélectinnés résistnts nt tujurs mntré des mrtlités plus fibles que les lts sélectinnés sensibles, les lts témins (nn sélectinnés) ynt des perfrmnces intermédiires ux lts sélectinnés. Tbleu : Mrtlités estivles (% ± écrt-type) des lignées sélectinnées et du témin en Rivière d Aury pur des huîtres âgées de 6 mis. Année Génértin Résistnt - R Sensible S Témin T2n 2002 G2 7 ± 3 43 ± 2 24 ± 7 2003 G3 27 ± 3 73 ± 3 48 ± 8 2004 G4* (prductin 2004) 32 62 57 2005 G4* (prductin 2005) 9 ± 7 70 ± 4 58 ± 0 * Deux G4 nt été prduites à prtir d nimux de l G3. Vir p 69 in Summer mrtlity f Pcific yster Crssstre gigs pur plus d infrmtins. 34
Cncernnt l G5, elle diffère des génértins précédentes pr une prductin (juin 2007) et une crctéristin des lignées sélectinnées plus trdives (huîtres âgées de 6 mis en ctbre 2008), pr l bsence de testge en Rivière d Aury et pr l dispritin de plusieurs lts sélectinnés sensibles insi que les témins à cuse de frtes mrtlités en micrnurserie à L Tremblde (Vibri mytilii) et en nurserie à Buin (OsHV-) en ût et ctbre 2007 respectivement. En cnséquence, l cmprisn vec les génértins précédentes est trnquée. Cependnt, l épisde de mrtlité entre mi et juillet 2008, mntre une nuvelle fis que les huîtres R meurent mins que les huîtres S dns l ensemble des envirnnements testés (Tbleu 2). Pur le site B, les mrtlités des lts cmpsnts les lignées sélectinnées R et S snt représentées en figure. Tbleu 2 : Mrtlités estivles (% ± écrt-type) des lignées sélectinnées de l G5 pur des huîtres âgées de 7 mis. Site Résistnt - R Sensible S A = Mris 32 ± 0 66 ± 2 B = Buin puis Géfsse 29 ± 5 77 ± 0 C = Agns puis Blinville 44 ± 5 67 ± 2 L surmrtlité tuchnt les deux grupes sélectinnés déjà été cnsttée pur l G3 en 2003. Cette mrtlité été clssée cmme d rigine incnnue et n ps fit l bjet de recherche visnt à étudier les prmètres génétiques. L diminutin de l écrt entre les mrtlités des lts R et S purrit être fcilement expliquée pr : l élimintin de deux lts S en nurserie et dnc diminutin de l mrtlité myenne du grupe S, l différence entre les lts R et S est réduite pur des huîtres âgées (Dégremnt et l., 200). 35
00 90 80 70 Mrtlités (%) 60 50 40 30 20 0 0 S S2 S3 S4 S S9 R8 R R3 R4 R7 R6 R5 R2 Figure : Mrtlités 2008 des lts sélectinnés G5 résistnts ux mrtlités estivles (R en bleu) et des lts sélectinnés sensibles ux mrtlités estivles (S en ruge) ynt cnnu le prcurs ztechnique B (testge à Buin puis à Géfsse, Vir Tbleu 2). En 2009, une nuvelle génértin d huîtres sélectinnées été prduite le 23 février 2009 à l éclserie du Lbrtire de Génétique et Pthlgie (Ifremer, L Tremblde), insi que des témins. Ces lts sélectinnés cnstituent l G6 et ils nt été testés à plusieurs reprises pendnt l péride estivle. Le tbleu 3 mntre les mrtlités bservées en ctbre 2009 des lts R et R5, des deux témins et des lts S4 et S. Cmme pur les génértins précédentes, les mrtlités des lts R nt été plus fibles que celles des lts S, lrs que les témins nt mntré des mrtlités intermédiires. Glblement, les mrtlités des lts S snt restées élevées quelque sit l dte de mise sur estrn lrs que les mrtlités des lts R nt frtement diminué lrsque l mise sur estrn étit plus trdive. Ce résultt peut être expliqué pr l âge des nimux, l résistnce des nimux ugmentnt vec l âge (et/u l tille) (Dégremnt et l., 200), et/u, pr le pic de mrtlité des cheptels en élevge qui eu lieu en mi-juin dns les sites ù les nimux nt été testés. 36