LES MICRO-ORGANISMES

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1 LES MICRO-ORGANISMES Les micro-organismes (germes) ou microbes sont des organismes vivants microscopiques (invisible à l'œil nu) et qui ne peuvent donc être observés qu'à l'aide d'un microscope. La maladie infectieuse est la conséquence de la pénétration et de la multiplication de microorganismes pathogènes dans notre organisme. Notre environnement présente une infinité de germes. On distingue : Les germes non nuisibles Les germes agressifs qui en passant les barrières naturelles de défenses (peau) vont avoir une activité pathogène. Les micro-organismes sont généralement unicellulaires. La maladie infectieuse, pour se déclarer doit présenter trois conditions : 1. Il faut un germe (micro-organisme) 2. il faut une défaillance au niveau de la barrière naturelle 3. (un déficit immunitaire (SIDA)) GERMES Virus Bactérie Prion Parasite Champignon -I- Les Bactéries C est un micro-organisme unicellulaire appartenant au règne végétal. (1 micron = 1x10-6 mètre. La plupart d entre sont détruit par la chaleur (>60 C) ou par les désinfectants (eau de Javel sur surface lavée avant au savon diluée dans l eau froide) ou encore par les antibiotiques. Les bactéries peuvent vivre et se reproduire de manière autonome dans la nature. Structure d une bactérie On y retrouve les éléments contenus dans les cellules à savoir, la membrane, le noyau avec sont ATN et son ADN (un seul chromosome), les ribosomes pour la synthèse des protéines, les mitochondries (poumon de la cellule : cycle respiratoire).

2 L ADN est dans le noyau et il contient l information génétique de l individu, c est se qu on appelle le génotype, pour pouvoir faire des copies du phénotype, l information doit passer du noyau vers le cytoplasme, il faut pour cela faire appel à un intermédiaire l ARN, c est ce qu on appelle la transcription. La différenciation des bactéries :Test de Gram 1 er prédicat Le colorant dit «violet de gentiane» vire au rose lorsqu il est en contact avec l alcool. 2 ème prédicat Certains genres de bactéries ont en commun une membrane qui retient certains colorants. Ils forment le groupe des bactéries Gram Positives (Gram +) Toutes les autres bactéries soit qu'elles n'ont pas de membrane soit que la nature de leur membrane est totalement différentes se laissent décolorer par la méthode de Gram. Elle sont dites Gram négatives. (Gram -) Analyse : Les éléments tissulaires et les bactéries Gram- sont colorés en rose. Les Bactéries Gram+ sont colorés en violet. Différents type de bactéries sphériques (cocci), cylindriques (bacille), spiralées (spirille), enroulées (spirochète) à appendice bourgeonnante ou filamenteuse. Un cocci est une bactérie de forme sphérique, par opposition à la forme allongée en bâtonnet, appelée bacille.

3 Bacille est de forme cylindrique. Un bacille est une bactérie en forme de bâtonnet, d'où son nom. Il existe des bacilles à Gram négatif (comme Escherichia coli) et des bacilles à Gram positif comme ceux du genre Bacillus. Spirilles : Terme désignant les bactéries en forme de filaments allongés et contournés en spirale. Spirochète : Bactérie très mobile ayant la forme d'une petite hélice (hélicoïdale). Les éléments nécessaires à la vie d une bactérie L eau La chaleur (entre 20 et 40 C) La présence ou non d O² (aérobie ou anaérobie) Un ph neutre (ou légèrement alcalin) Energie (sucre, graisse, proteïne) ph 0 acide 7 Basique 14 Reproduction Les bactéries sont des organismes asexués, la reproduction se fait par division cellulaire. Une cellule (appelée cellule mère) va donner naissance à deux cellules identiques appelées cellules filles, qui à leur tour deviennent mères, etc... Dans des conditions optimales et pour certaines espèces, le temps que met une cellule mère pour donner deux cellules filles est de l'ordre de 20 minutes.

4 Les liquides réservoirs ECBU : L'examen cytobactériologique des urines, pour détecter une infection urinaire ECBC : Techniquement, l ECBC consiste en un examen direct immédiat du crachat pour le comptage des cellules et la recherche de micro-organismes après coloration de Gram, puis sa mise en culture dont le résultat ne revient que 48 à 72 heures plus tard Hémoculture : Prélèvement de sang pour mise en culture et recherche de germes Ponction lombaire (ponction de LCR) :La ponction lombaire est un examen médical consistant à recueillir le liquide céphalo-rachidien (LCR), ou liquide cérébro-spinal, pour l'étudier (examen cytologique pour rechercher des cellules, en particulier les globules blancs, biochimique pour le dosage du glucose, des protéines, des ions chlorure, bactériologique par la mise en culture pour identifier un éventuel germe en cause et réaliser un antibiogramme pour savoir quels antibiotiques seront efficaces sur ce germe). Le PU (prélèvement à l aide d écouvillon) (déchet immunitaire et de bactéries). Le pus consiste en des macrophages (un type de leucocytes), des débris, des cellules mortes ou mourantes La flore commensale S'applique spécifiquement aux micro-organismes qui colonisent l'organisme (généralement la peau ou les muqueuses) sans provoquer de maladie. Les bactéries commensales peuvent devenir pathogènes pour le sujet immunodéprimé. La Flore commensale, transmise au nouveau-né au contact de la mère, et qui participe à la digestion et à sa protection contre les agressions bactériennes pathogènes. Germes commensaux. La flore saprophyte La flore saprophyte désigne l'ensemble des bactéries nécessaires à l'organisme se situant dans les intestins. Ces bactéries symbiotiques sont indispensables pour la digestion des aliments et synthétisent de très nombreuses molécules nécessaires à la vie humaine ou animale telle que certaines vitamines. La flore pathogène Elle est constituée par un ensemble de germes vivant sur l hôte (ici l(homme) qui cause des troubles pathologiques. Exemple de bactéries Le Staphylocoque doré est retrouvé chez 15 à 30 % des individus sains au niveau des fosses nasales et de la gorge. Il est également retrouvé en faible quantité dans le tube digestif et souvent au niveau du périnée. À partir du rhinopharynx, la bactérie est disséminée sur la peau du visage et des mains par aérosols. L Escherichia coli est un bacille gram négatif de la famille des entérobactéries. C est un hôte commun de la microflore commensale intestinale de l Homme.L E. coli constitue alors tout au long de la vie de l hôte l espèce bactérienne dominante de la microflore anaérobie facultative de l intestin. (dans les matières fécales, les eaux usées)

5 -II- Les Virus a) Définition Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier. Les virus sont des objets particulaires, infectieux, constitués au minimum d'un acide nucléique et de protéines. Les virus ont une taille qui les situe tout en bas de l'échelle des dimensions. En moyenne, la taille d'un virus n'est qu'un millième de celle d'une bactérie, ce sont les plus petits microorganismes soit 10-9 m (nanomètre) b) Structure du virus Une particule virale complète, appelé virion, est composé d un filament d acide nucléique, généralement stabilisé par des nucléoprotéines basiques, enfermé dans une coque protéique protectrice appelée capside. La forme de la capside est à la base des différentes morphologies des virus. De nombreux virus sont entourés d'une enveloppe (ou péplos) qui prend naissance au cours de la traversée des membranes cellulaires. Sa constitution est complexe et présente un mélange d'éléments cellulaires et d'éléments d'origine virale. On y trouve des protéines, des glucides et des lipides. Les virus possédant une enveloppe sont les virus enveloppés. Les virus ne possédant pas d'enveloppe sont les virus nus. c) La pénétration dans la cellule et la multiplication virale Les virus se localisent dans les cellules, c'est à dire qu'ils vont pénétrer dans une cellule, utiliser les constituants cellulaires pour se multiplier, puis ressortir de la cellule en la détruisant. Ainsi, puisque des cellules saines sont détruites alors l'organisme fonctionne moins bien, ce phénomène provoque des maladies. On observe, en quelques chiffres, que la multiplication virale est très rapide, ainsi on peut passer d'un seul virus à presque en une journée. Les virus ne peuvent se multiplier qu au sein de cellules vivantes, par réplication de leur acide nucléique. C est l interaction du génome viral et de la cellule hôte qui aboutit à la production de nouvelles particules virales. L infection d une cellule par un virus, puis la multiplication du virus peuvent se résumer en différentes étapes. Toutefois, après pénétration du virus dans la cellule, ces étapes peuvent différer selon la nature du virus en question et notamment selon qu il s agit d un virus à ADN ou d un virus à ARN.

6 L'attachement ou adsorption : au cours de cette étape, il y a liaison d une protéine virale à un récepteur de la surface cellulaire. Les récepteurs eucaryotes peuvent être soit des glycoprotéines, soit des glycosphingolipides. Les récepteurs des bactériophages sont des glycoprotéines ou des lipopolysaccharides. Les cellules végétales ne possèdent pas de récepteurs spécifiques aux virus. La pénétration : selon les virus, il existe plusieurs mécanismes de pénétration du virus à l intérieur de la cellule. Chez les bactériophages, seul le génome viral pénètre dans la cellule bactérienne. Chez les virus animaux le virus peut pénétrer par plusieurs mécanismes. Le virus peut pénétrer par pinocytose : la nucléocapside virale, entourée de la membrane plasmique pénètre dans la cellule. C est souvent le cas des virus nus. Dans le cas des virus enveloppés, le virus peut pénétrer soit par fusion (il y a fusion de l enveloppe virale et de la membrane plasmique cellulaire) soit par endocytose (il y a accumulation de particules virales dans des vésicules cytoplasmiques). La décapsidation après la pénétration (ou en même temps), il y a libération de l acide nucléique. Selon les virus, la décapsidation peut avoir lieu dans le cytoplasme ou dans le noyau. La réplication ou multiplication virale : lors de cette phase, il y a réplication du génome, expression du génome sous forme d ARNm (transcription) et traduction des ARNm en protéines par la machinerie cellulaire. Selon les types de virus et la nature de leur génome, le mécanisme de la multiplication virale peut être très différent. L'assemblage (phase de maturation) : il y a assemblage et maturation des virus dans les cellules infectées. Il y a encapsidation du génome. Les virus enveloppés acquièrent leur enveloppe par bourgeonnement, au détriment de la membrane plasmique ou de la membrane nucléaire de la cellule-hôte. La libération : le virus reconstitué est libéré à l extérieur de la cellule.

7 d) Les défenses de l organisme contre les virus 1. les barrières naturelles 2. La phagocytose 3. La production d anticorps spécifiques e) Le traitement des virus Limiter la transmission - En nettoyant les plaies avec de l'alcool. - En nettoyant les fruits, les légumes, les mains.. Les risques de contamination et d'infection sont limités par la pratique de l'asepsie et par l'utilisation de produits antiseptiques. Des antibiotiques appropriés permettent d'éliminer les bactéries pathogènes. Les vaccins spécifiques -III- Les champignons (micose) Dont l un des plus connus est le Candidat Albicans, il provoque la Candidose, infection provoquée par un champignon, le Candidat albicans, touchant généralement la peau et les muqueuse (la bouche, la vulve et le vagin, le tube digestif, l'appareil respiratoire et le coeur. Fait partie des infections opportunistes. Très répandu chez les personnes agées en surcharge pondérale (sous le plis du sein par ex.) Les champignons sont des organismes vivants, uni ou pluricellulaires, appartenant au reigne végétal, très répandus dans l environnement. Leur multiplication sur la peau et par conséquent leur manifestation, visible à l œil nu (la mycose), résulte généralement d une rupture de l équilibre cutané par cause externe (macération, irritation ) ou interne (diminution de l immunité, diabète ). Une mycose profuse ou récidivante doit systématiquement faire rechercher un facteur interne. -VI- Les parasites Ce sont des organismes vivants qui se nourrissent, s'abritent ou se reproduisent en établissant une interaction durable avec un autre organisme (l'hôte). La relation hôte/parasite n'est pas nécessairement délétère pour l'hôte, comme dans le cas du commensalisme. Deux types : 1. Les Ectoparasites Parasites vivant à l extérieur de l hôte, provocant chez lui des réactions locales (poux, puces, )

8 2. Les Endoparasites Parasites vivant à l intérieur de l hôte par ex. Le Ténia (vers solitaire) Deux types de Transmission : o Directe : Sans intermédiaire (vers solitaire) o Indirecte : Provenant d un autre organisme vivant. Les puces transmise à l homme par le chien. -V- Le Prion provoquant l Encéphalite Spongiforme Bovine (ESB) C est la plus petite particule infectante, elle est constituée de proteïne hydrophobe, elle ne possède ni ADN, ni ARN, de ce fait les PRIONs ne sont pas des virus. Ils sont responsables de l ESB. Action du prion sur le système nerveux : Mouvement volontaires Mouvement involontaires PRION Troubles des Mouvement volontaires Troubles des Mouvement involontaires Perturbation Cardiaques, pulmonaires, MORT LEXIQUE L infection communotaire C est une infection active en dehors d une institution de soins (grippe, ) L infection nosocomiale C est une infection acquise par un patient dans une institution de soins (par ex. un patient admis pour une fracture ouverte du fémur et qui contacterai une infection au streptocoque doré trois ou quatre jours après son hospitalisation).

9 Différents mode de transmission o Par Contact direct, lors d un contact avec un individu porteur d un microorganisme (tuberculose, SIDA, ) o Par contact direct à partir d un animal (infecté). Par exemple la rage avec le renard enragé. o Par contact indirect à partir d un vecteur vivant (non infecté) mais porteur du virus. Par exemple le moustique et chicoungougna. o Par contact indirect à partir d un vecteur non vivant infecté. Par exemple la toxoplasmose par contact de la femme enceinte avec la litière du chat.