Profil Utilisateur I-DOC-2

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1 Page 1 sur 29 Date :25 /05/2010 Objet Documentation présentant les fonctionnalités du système d information de la plate-forme et le déroulement des principales étapes pour un profil «utilisateur». Exécutant Voir annexe (fiche de lecture) Conditions et/ou contraintes à respecter Voir Description Documents et matériels nécessaires INRA_PFEM_-_LIMS_secure_account-E-DOC-9.pdf Charte_informatique_du_systeme_d_information_PFEM-LIMS_I-DOC-1.pdf Conduite à tenir face aux principaux problèmes Voir, le responsable : Franck Giacomoni (admin-lims-pfem@clermont.inra.fr) Rédacteurs : Franck Giacomoni

2 Page 2 sur 29 Description Pré requis : A quoi sert un système de LIMS? Quelques conseils d utilisations de l interface du LIMS? Comment obtenir un compte LIMS d utilisateur? Pourquoi demander autant de comptes que de membres du projet? Comment se connecter au LIMS? Comment changer le mot de passe de son compte LIMS? Comment retrouver un mot de passe oublié? Comment se déconnecter de sa session LIMS? Etape 01 Comment créer un nouveau projet scientifique? Comment ajouter des membres à un projet scientifique? Comment créer une nouvelle demande d analyse? Etape 03 Comment consulter un devis et qu en faire? Comment créer de nouvelles feuilles d enregistrement? Comment attacher une liste d échantillons à une feuille d enregistrement? Etape 08 Comment consulter ses résultats d analyses? Comment voir sa facture?

3 Page 3 sur 29 A quoi sert un système de LIMS? [Plan] La traduction de la définition de l acronyme LIMS est «Système de Gestion de l Information de Laboratoire». Le LIMS de la Plate-Forme d Exploration du est un outil permettant d assurer une complète traçabilité des projets d analyses, des documents et de la gestion des équipements. Cet outil s intègre complètement dans la démarche qualité de la plate-forme et aux exigences de la norme ISO Le choix de cette norme repose sur la volonté de fournir régulièrement des prestations de qualité et de viser la satisfaction du client. En outre, la norme ISO 9001 est une norme internationale qui confère une reconnaissance et une visibilité mondiales. La certification ISO 9001 : 2008 est donc un gage de confiance pour l ensemble de nos clients et collaborateurs actuels et potentiels Au niveau de sa structure, le LIMS comprend une base de données, une interface disponible à travers le Web et un serveur de stockage.

4 Page 4 sur 29 Quelques conseils d utilisations de l interface du LIMS? [Plan] - Respectez les conditions d utilisations normales décrites dans document «Instruction pour les utilisateurs du PFEM-LIMS» (I-DOC-1) disponible au format PDF sur le site web de la plateforme ; - Evitez d utiliser des caractères spéciaux dans les champs de saisies. Ceux-ci sont souvent propagés par des copier/coller depuis un environnement Windows ; - Les champs de saisies dans les formulaires qui comportent des astérisques sont obligatoires ; - Compléter de la manière la plus précise les différentes informations demandées, elles sont nécessaires pour réaliser les analyses dans les meilleures conditions ; - Lire le présent document.

5 Page 5 sur 29 Comment obtenir un compte LIMS d utilisateur? [Plan] Il est nécessaire d'appartenir à une équipe de recherche ou une société impliquée dans un projet demandant l'intervention de la plate-forme dans la réalisation d'analyses. Les étapes sont les suivantes : Se rendre sur le site web de la plate-forme, dans la rubrique «Demande d analyses» : Télécharger et lire le document Instruction pour les utilisateurs du PFEM-LIMS I-DOC-1.pdf fixant les conditions d utilisations du LIMS. Télécharger et remplir le document INRA_PFEM_-_LIMS_Secure_account_E-DOC-9.pdf, le dater, le signer et le renvoyer à : * par courrier : à l'attention de Franck GIACOMONI INRA, site de Theix UNH Plate-forme d'exploration du SAINT GENES CHAMPANELLE France * par fax : à l'attention de Franck GIACOMONI au 33(0) * par couriel : admin-lims-pfem@clermont.inra.fr Dès réception du formulaire, l'administrateur procèdera à la création de votre compte et vous avertira par mail. Le mot de passe envoyé est temporaire et il est nécessaire de le modifier dès sa première connexion.

6 Page 6 sur 29 Pourquoi demander autant de comptes que de membres du projet? [Plan] Tous les comptes du LIMS sont strictement individuels. Le détenteur d un compte est le seul autorisé à l utiliser et en assume seul la pleine responsabilité. Les mots de passe sont confidentiels et strictement personnels. Comme un code de carte bancaire, ils ne doivent pas être couchés par écrit ni transmis à un tiers, même si celui-ci est habilité à consulter les données du LIMS. Ainsi, il est demandé au responsable de faire une demande d ouverture de compte par membre du projet scientifique ayant un lien avec les futures analyses demandées. Une fois les comptes disponibles, le responsable du projet pourra alors créer l objet «projet» par l interface du LIMS et ajouter les différents membres. Voir la partie «Comment ajouter des membres à un projet scientifique?». Cette précaution permettra de limiter les problèmes de connexion dans le cas d implication de personnels avec des contrats à durée limité (CDD, Thèse, Post-doc ) dans les étapes de demandes d analyse.

7 Page 7 sur 29 Comment se connecter au LIMS? [Plan] Pour se connecter au site web du LIMS de la plateforme Exploration du métabolisme, il est nécessaire de disposer d un compte utilisateur. Dès confirmation de votre compte, vous pouvez vous connecter à partir de l url suivante Votre interface ressemble à la fenêtre suivante : Taper votre login et votre mot de passe dans les champs proposé et cliquer sur le bouton «Connexion». Si votre login et/ou votre mot de passe n est pas valide le message suivant apparait : Couldn't log you in as 'yourlogin' En cas de problème de connexion, contacter l administrateur : admin-lims-pfem@clermont.inra.fr

8 Page 8 sur 29 Comment changer le mot de passe de son compte LIMS? [Plan] Lors de la première connexion, vous utiliserez un mot de passe temporaire. Il est donc nécessaire de le modifier. Nous vous conseillons d utiliser le mot de passe LDAP INRA fourni à tous par l EIC. Ce mot de passe est composé d une combinaison complexe de 8 caractères alpha-numériques. Se rendre sur la page web du LIMS Ouvrir sa session personnelle à l aide de son Login et son mot de passe. La fenêtre suivante apparait. Cliquer sur le lien «Consulter mon profil» situé en haut à droite de l interface. Votre profil apparait contenant l ensemble des informations liées à votre compte. Taper votre nouveau mot de passe dans le champ «Mot de passe» et le confirmer dans le champ «Password confirmation». Cliquer sur le bouton «Sauvegarder».

9 Page 9 sur 29 Comment retrouver un mot de passe oublié? [Plan] Si vous avez perdu votre mot de passe de votre compte LIMS, rendez vous sur la page web de connexion du LIMS Cliquer sur le lien «Mot de passe oublié». La fenêtre suivante s ouvre : Renseigner le champ « » et cliquer sur le bouton «Créer». L adresse mail renseignée doit être la même que lors de la demande de création de compte. Un avec le titre [PFEM-LIMS] Change your password vous est alors envoyé. Vous devrait suivre le lien donné en cliquant dessus. Le LIMS vous demandera de ressaisir un nouveau mot de passe et de le confirmer.

10 Page 10 sur 29 Comment se déconnecter de sa session LIMS? [Plan] Lorsque vous avez terminé une session avec le LIMS, il est conseillé de vous déconnecter du site web. En effet, un système de cookies permet de conserver votre identification de connexion tant que votre explorateur internet reste ouvert. Cliquer sur le lien Déconnexion situé en haut à droite de la page web. Valider en cliquant sur le bouton Ok de la fenêtre qui vient d apparaître.

11 Page 11 sur 29 Comment créer un nouveau projet scientifique? [Plan] Il est important que les projets soient créés dans le LIMS par les responsables des projets scientifiques pour éviter des problèmes de sécurité et d accès aux données découlant du départ des CDD ou des étudiants. Il n est pas autorisé de créer un projet avec un compte appartenant à un autre utilisateur de la même équipe. Un schéma a été réalisé dans le but de vous familiariser avec les étapes successives faisant intervenir le LIMS. Il est disponible ici au format PDF. La création d un objet «Projet scientifique» est la première étape de la demande via le système d information LIMS. Se connecter au LIMS via son interface web dont l adresse est la suivante : Cliquer sur l onglet «Mes projets». Dans cette fenêtre n apparaissent que les projets dont vous êtes strictement membres. Si votre demande correspond à un nouveau projet scientifique, cliquer sur le lien «Nouveau projet» Le formulaire suivant apparait : Les champs portant un astérisque sont obligatoires. Les champs grisés se remplissent automatiquement. Il vous est demandé de remplir obligatoirement les champs suivants : Nom : c est le nom de votre projet scientifique. Il est conseillé de donner de préférence un sigle ou un terme d une dizaine de caractères. Libellé : C est un champ libre décrivant le sous titre du projet scientifique. Objectif général : champ libre permettant de décrire l objectif général du projet. Les champs non obligatoires vous permettent d apporter des informations supplémentaires.

12 Page 12 sur 29 4 Protocole expérimental : Il est possible et souhaitable de déposer un document décrivant le protocole général du projet en cliquant sur le bouton «Parcourir». 5 Remarques : Ecrire ici vos remarques éventuelles liées au projet. Les champs grisés suivants sont soit auto incrémentés soit découlant de liaison entre objet (relation entre un responsable de projet et un nom de projet par exemple). 6 7 Identifiant : Numéro du projet scientifique dans la base de données du LIMS Responsable : Nom du responsable scientifique du projet Une fois le formulaire «Nouveau projet» complété, le projet est créé en cliquant sur le bouton «Créer». Votre nouveau projet est alors visible dans la liste de vos projets en cliquant sur l onglet «Mes projets».

13 Page 13 sur 29 Un projet est modifiable en le sélectionnant via sa «case à cocher» et en cliquant sur le bouton «Editer».

14 Page 14 sur 29 Comment ajouter des membres à un projet scientifique? [Plan] Une fois un objet projet créé, il est possible d ajouter de nouveaux membres (Post doctorants, CDD, stagiaires ). Pour accéder à l onglet «Membres», éditer votre projet en le sélectionnant via sa «case à cocher» et en cliquant sur le bouton «Editer». La page «Editer le projet» s ouvre. L onglet portant le nom «Membres» apparait à droite : Cliquer sur cet onglet «Membres», la page suivante apparait : Une liste des utilisateurs potentiel est présentée. Il ne reste plus qu à sélectionner via sa «case à cocher» les utilisateurs de cette liste comme nouveau membre de votre projet et cliquer sur le bouton «Mettre à jour». Les nouveaux membres auront alors accès aux projets et pourront intervenir sur les formulaires de renseignements. Il est bien sûr obligatoire que les utilisateurs, futur membre d un projet existant, aient demandé l ouverture d un compte LIMS.

15 Page 15 sur 29 Comment créer une nouvelle demande d analyse? [Plan] Suite à la création d un projet scientifique, il est demandé de créer une nouvelle demande d analyse. Ceci est le troisième point de notre schéma présentant les étapes successives faisant intervenir le LIMS. Se connecter au LIMS via son interface web dont l adresse est la suivante : Cliquer sur l onglet «Mes projets». Dans cette fenêtre n apparaissent que les projets dont vous êtes strictement membres. Sélectionner via sa «case à cocher» le projet pour lequel vous souhaitez créer une demande d analyse. Puis cliquer sur le bouton «Demande d analyse». Cette étape permet de lier un projet à une demande. La page listant les demandes d analyses pour le projet sélectionné s affiche. La liste peut être vierge s il s agit de la première création d une demande d analyse.

16 Page 16 sur 29 Cliquer sur le lien «Nouvelle demande d analyse», le formulaire suivant s ouvre. Les champs portant un astérisque sont obligatoires. Les champs grisés se remplissent automatiquement. Il vous est demandé de remplir obligatoirement les champs suivants : Nom : C est le nom de la demande d analyse. Pour vous faciliter des requêtes futures, nous vous proposons de suivre les recommandations suivantes fixant une nomenclature : NomUnite_Espece_Date_TypeAnalyse (avec Date = MMaaaa) Date : C est la date de création du formulaire, elle est automatiquement mise à jour mais il est possible de la modifier. Projet : Possibilité de modifier la liaison entre un projet scientifique et la demande d analyse en cours de création. Type d analyse : sélectionner le type d analyses envisagée d après la liste des prestations de la plate-forme. Nb d échantillons ou de standards : Indiquer le nombre d échantillons et/ou de standards qui devront être traités dans cette demande. Cette donnée sera utile pour établir votre devis. Objectifs : Définir l objectif de la demande d analyse. Nature des molécules : Sélectionner la nature de la molécule ciblée. Si elle n est pas disponible parmi la liste proposée, choisir «Autre» et préciser la molécule dans le champ «Remarques». Les champs non obligatoires vous permettent d apporter des informations supplémentaires : 8 Remarques : Ecrire ici vos remarques éventuelles liées au projet. Il peut être intéressant d indiquer une date prévue d arrivée des échantillons Les champs grisés suivants sont soit auto incrémentés soit découlant de liaison entre objet (relation entre un responsable et un nom de demande d analyse par exemple) Identifiant : Numéro du projet scientifique dans la base de données du LIMS Responsable de la demande : Nom du responsable de la demande Il peut être différent du responsable du projet (Notion de membre de projet).

17 Page 17 sur Une fois le formulaire «Nouveau demande d analyse» complété, la demande est créée en cliquant sur le bouton «Créer». Votre nouvelle demande est alors visible dans la liste de vos demandes d analyses en cliquant sur l onglet «Mes Demandes d analyses». Une demande d analyse est modifiable en la sélectionnant via sa «case à cocher» et en cliquant sur le bouton «Editer». Après création de la demande d analyse, le responsable de la plate-forme reçoit un d alerte.

18 Page 18 sur 29 Le comité de pilotage de la plateforme se réunit périodiquement pour accepter ou refuser les projets scientifiques soumis. En cas d acceptation, le responsable de la composante va créer un devis relatif à la demande. Vous serez directement alerté par en retour que le devis est prêt sur le site du LIMS.

19 Page 19 sur 29 Comment consulter un devis et qu en faire? [Plan] Après chaque création de demande d analyse, le responsable de la plate-forme reçoit un message d avertissement et édite un nouveau devis pour répondre à votre demande. Dès la création de votre devis par le responsable, vous recevez un d alerte portant le titre [PFEM-LIMS] Un devis a été créé. Il vous suffit de cliquer sur le lien joint dans le corps de cet . Exemple : La fenêtre de connexion apparait et le LIMS vous invite à vous identifier avec votre login et votre mot de passe. Une fois identifié, vous accédez directement à votre devis au format PDF. Vous pouvez enregistrer le document généré sur votre poste personnel. Si vous acceptez ce devis (montant et prestations), imprimer le document PDF, signer, dater et renvoyer le à : Anne Diot, INRA Site de Theix, UNH, PlateForme d Exploration du, St Genès Champanelle ou par fax au 04/73/62/46/88. Si vous refusez le devis (erreurs, désaccords ), contacter la responsable de la plate-forme. Un nouveau devis sera édité après nouvelle entente. Il est possible de consulter l ensemble de ses devis sans utiliser les liens contenus dans les s mais au moyen de la fonctionnalité suivante : Se connecter au LIMS via son interface web dont l adresse est la suivante : Cliquer sur l onglet «Mes devis» et la liste de vos devis apparait : 1 2 Vous pouvez consulter les informations portées par un devis de 2 manières : 1 Via l interface du LIMS : cliquer sur le lien «Montrer» du devis voulu. 2 Via un fichier PDF : cliquer sur le lien «Télécharger» du devis voulu.

20 Page 20 sur 29 Comment créer de nouvelles feuilles d enregistrement? [Plan] Suite à la création d un projet scientifique et à la création d une nouvelle demande d analyse, il est demandé de créer une nouvelle feuille d enregistrement. Se connecter au LIMS via son interface web dont l adresse est la suivante : Cliquer sur l onglet «Mes Feuilles d enregistrement». Dans cette fenêtre n apparaissent que les feuilles d enregistrement dont vous êtes strictement membres. Puis cliquer sur le lien «Nouvelle feuille d enregistrement» situé en bas à gauche de votre page. Le formulaire suivant s ouvre : Les champs portant un astérisque sont obligatoires. Les champs grisés se remplissent automatiquement. Il vous est demandé de remplir obligatoirement les champs suivants : 1 2 Nom : C est le nom de la feuille d enregistrement. Pour vous faciliter des requêtes futures, nous vous proposons de suivre les recommandations suivantes fixant une nomenclature : InitialeAnalyste_Tissu_Molecule ou InitialeAnalyste_Tissu_Mode (avec Mode = Positif ou Négatif ou Both) Date : C est la date de création du formulaire, elle est automatiquement mise à jour mais il est possible de la modifier.

21 Page 21 sur Demande : c est la demande d analyse à laquelle la nouvelle feuille d enregistrement sera liée. Ce menu déroulant vous propose uniquement vos demandes d analyse déjà créées. Condition de stockage avant analyse : Préciser les conditions de stockage de vos échantillons avant leur arrivé sur la plate-forme (exemple avec un stockage à -20 C). Préparation réalisée en externe : Préciser le protocole de préparation des échantillons utilisé avant leur arrivé sur la plate-forme (Exemple centrifugation, décongélation ) Préparation réalisée en interne : Préciser le protocole de préparation des échantillons à utiliser après leur arrivé sur la plate-forme (Exemple centrifugation, décongélation ). Les champs non obligatoires vous permettent d apporter des informations supplémentaires : Aspect : Donner l aspect global des échantillons (Exemple : limpide, trouble) Volume : Préciser le volume moyen des échantillons. Quantité estimée : Préciser une valeur de la concentration de la molécule à étudier si elle est disponible (Référence bibliographique par exemple) Stabilité : Préciser la stabilité de vos échantillons. Gamme : Vous avez la possibilité de déposer un fichier contenant des informations sur la gamme de vos échantillons. Matrice : Donner la matrice de votre échantillon (Exemple : sang, urine ) Espèce : Préciser l espèce de votre modèle d étude. Remarques : Ecrire ici vos remarques éventuelles liées au projet. Il peut être intéressant d indiquer une date prévue d arrivée des échantillons Les champs grisés suivants sont auto incrémentés : 10 Identifiant : Numéro de la feuille d enregistrement dans la base de données du LIMS

22 Page 22 sur Une fois le formulaire «Nouvelle feuille d enregistrement» complété, la feuille est créée en cliquant sur le bouton «Créer». Votre nouvelle feuille est alors visible dans la liste de vos feuilles d enregistrement en cliquant sur l onglet «Mes Feuilles d enregistrement». Une feuille d enregistrement est modifiable en la sélectionnant via sa «case à cocher» et en cliquant sur le bouton «Editer». Après la création de votre feuille d enregistrement, le client peut alors saisir sa liste d échantillons. Le LIMS dispose d une fonctionnalité avancée d aide à la saisie pour les séries d échantillons incluant des facteurs. Ceci est présenté dans la partie «Comment attacher une liste d échantillons à une feuille d enregistrement?»

23 Page 23 sur 29 Comment attacher une liste d échantillons à une feuille d enregistrement? [Plan] Cliquer sur l onglet «Mes feuilles d enregistrement». Cocher la feuille à laquelle la nouvelle liste d échantillons sera liée et cliquer sur le bouton «Editer» Votre feuille d enregistrement précédemment complétée s ouvre et vous avez accès alors à la dernière partie du formulaire de la feuille : Le LIMS utilise un format d échange nommé CSV (Comma-separated values) qui représente des données tabulaires sous forme de «valeurs séparées par des virgules». Pour disposer d un modèle de ce fichier CSV, cliquer sur le lien «EXPORT DES ECHANTILLONS AU FORMAT CSV» La fenêtre suivante s ouvre. Sélectionner «Enregistrer le fichier» et cliquer sur «Ok».

24 Page 24 sur 29 Afin de correctement importer et exporter ce fichier, il faut vérifier le paramètre Windows qui définit les séparateurs de listes. Pour cela, il faut ouvrir le panneau de configuration et sélectionner «options régionales et linguistique».

25 Page 25 sur 29 Puis cliquez sur «Personnaliser» Saisir «,» ou «;» comme séparateur de liste Le fichier généré s ouvre automatiquement dans Excel (si Excel est installé sur l ordinateur). Ce fichier comporte par défaut 3 colonnes : - Client_series qui devra contenir un identifiant de série d échantillons. - Client-name qui devra contenir votre identifiant de l échantillon. - Client_notes est optionnel. Si vous voulez que des analyses statistiques soient réalisées par la plate-forme, saisissez dans cette colonne les informations sur le désign expérimental (lot, régime, cinétique, etc ). L intégration de votre liste d échantillon est possible en cliquant sur «IMPORT DES ECHANTILLONS AU FORMAT CSV».

26 Page 26 sur 29 La fenêtre suivante s ouvre. Déposer votre fichier en cliquant sur le bouton «Parcourir», sélectionner votre liste au format CSV, puis cliquer sur «Importer un CSV et remplacer». Le LIMS va vérifier la validité de votre format. Il est possible de forcer l importation pour des erreurs simples en cochant la case «Ne pas arrêter l import s il y a des warnings». Si l import s est bien passé, le LIMS affiche votre feuille d enregistrement avec le message «Les échantillons ont bien été mis à jours». La liste est disponible à la fin de la feuille. Votre saisie est terminée. Important : La personne chargée de réaliser l analyse rentrera en contact avec vous pour discuter de la date et des conditions d accueil de vos échantillons.

27 Page 27 sur 29 Comment consulter ses résultats d analyses? [Plan] Après les analyses en laboratoire, un rapport d analyse va être rédigé par l analyste chargé de vos échantillons. Il est alors possible de consulter ce rapport via le LIMS. Se connecter au LIMS via son interface web dont l adresse est la suivante : Cliquer sur l onglet «Mes Rapports d analyse». Dans cette fenêtre apparaissent l ensemble des rapports déposés pour toutes vos analyses. Cliquer sur le lien «Montrer» du rapport que vous souhaitez consulter et/ou télécharger. La fenêtre suivante dresse la liste des métadonnées relatives à votre rapport et fourni un lien vers un ou des fichier(s) téléchargeable(s) : cliquer sur le lien du ou des fichiers liés. Plusieurs types de rapports sont disponibles : - les rapports d analyses - les rapports bioinformatiques - les documents annexes (fichiers Excel de calculs )

28 Page 28 sur 29 Comment voir sa facture? [Plan] A la fin d un projet ayant donné lieu à une ou plusieurs demandes d analyse, le responsable de la plateforme établit et édite un document donnant le montant total des analyses. Dès la création de ce document par le responsable, vous recevez un d alerte portant le titre [PFEM-LIMS] Une facture a été créée. Il vous suffit de cliquer sur le lien joint dans le corps de cet . Exemple : La fenêtre de connexion apparait et le LIMS vous invite à vous identifier avec votre login et votre mot de passe. Une fois identifié, vous accédez directement aux détails de votre future facture : Il est possible de consulter l ensemble de ses «factures» sans utiliser les liens contenus dans les s mais au moyen de la fonctionnalité suivante : Se connecter au LIMS via son interface web dont l adresse est la suivante : Cliquer sur l onglet «Mes Factures» et la liste de vos factures apparait : Il est possible de télécharger un document PDF du montant de vos analyses en cliquant sur le lien «Télécharger». Pour ce même document, un lien est également disponible à travers l onglet «Mes Devis» en cliquant sur le lien «facture» lorsque que cette dernière est disponible. Le document disponible sur le LIMS n est pas une pièce comptable. Il ne remplace pas la facture réelle, il permet de préparer la facturation effectuée par les services compétents de l'inra.

29 Page 29 sur 29 Annexe : Fiche de lecture Les personnes soussignées attestent avoir lu et prendre en compte le document : Equipe Nom Date Signature PMSM PMSM PMSM DIOT PUJOS GUILLOT GICOMONI