DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE D UNE INFECTION URINAIRE

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1 TOPO ECBU Page 1 sur 3 TD-ED DCEM1 Bactériologie P. Bidet Propriété de la Faculté de Médecine Université Paris 7-Denis Diderot DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE D UNE INFECTION URINAIRE Une femme d une trentaine d année consulte à votre cabinet pour des brûlures mictionnelles apparues brutalement la veille. Elle ne présente ni fièvre, ni douleur lombaire. 1. Quel diagnostic évoquez-vous? Cystite aiguë. Correspond à une infection uniquement vésicale. A différencier de la Pyélonéphrite aiguë, caractérisée par une atteinte du parenchyme rénal fièvre ± frissons, douleur unilatérale de la fosse lombaire irradiant vers le pubis. 2. Quelles bactéries responsables pouvez-vous attendre dans ce contexte? Quel est le mécanisme physiopathologique habituel?

2 TOPO ECBU Page 2 sur 3 Examen direct Famille Espèce % (coloration de Gram) Bacilles Gram négatif Entérobactéries Escherichia coli 68 Proteus mirabilis 8 Klebsiella (K. pneumoniae, K. oxytoca) 5 84 % Autres entérobactéries 3 Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa 1 Cocci Gram positif en chainettes Streptococcaceae Enterococcus (E. faecium, E. faecalis) Streptocoques B (Streptococcus agalactiae) 5 3 Cocci Gram positif en amas Micrococcaceae Staphylococcus aureus 3 S. saprophyticus 3 Autres bactéries 1 Le mécanisme physiopathologique le plus fréquent pour les IU communautaires résulte d une colonisation ascendante des voies urinaires par des bactéries possédant des facteurs de virulence spécifiques : Adhésines (P fimbriae chez E. coli, hémagglutinine chez S. saprophyticus) permettant la fixation aux cellules uro-épithéliales Sidérophores permettant la captation du Fer par la bactérie Uréase favorisant la survenue de lithiase (Proteus spp., S. saprophyticus..)

3 TOPO ECBU Page 3 sur 3 Chez la femme, la longueur réduite de l urètre favorise l infection Chez la femme enceinte, la diminution des défenses immunitaires, la compression de l urètre par l utérus et l imprégnation progestative sont des facteurs favorisants. Reins Rein Uretères Uretère Vessie Vessie Urètre Prostate Urètre Vessie Sacrum urètre vagin 3. Quel(s) examen(s) devraient vous permettre de confirmer votre suspicion?

4 TOPO ECBU Page 4 sur 4 L Examen CytoBactériologique des Urines (ECBU). Il doit permettre de mettre en évidence Une réaction inflammatoire (polynucléaires neutrophiles) Des bactéries dans l urine vésicale, physiologiquement stérile. a. Conditions de recueil Elles sont standardisées pour éviter une contamination de l échantillon par les bactéries commensales de l urètre et du périnée, une multiplication ou une destruction des bactéries avant analyse et permettre une conservation des leucocytes. De préférence les premières urines du matin (concentrées) Toilette soigneuse du méat urinaire (femme +++) Urine de milieu de jet Avant tout traitement antibiotique Transport rapide au laboratoire : conservation 2h à T ambiante, < 24h à +4 C. Certaines situations imposent un prélèvement différent ce qui modifie les critères d interprétation : Poche stérile adhésive chez le jeune enfant. Doit être laissée en place < 30 min. Fort risque de contamination fécale, seule une urine stérile est facilement interprétable. Recueil par sondage urinaire (Réanimation, incontinence, ). La leucocyturie est difficilement interprétable. Une colonisation de la sonde est possible sans infection.

5 TOPO ECBU Page 5 sur 5 b. Au laboratoire Le jour du prélèvement (J0) : - Numération des leucocytes et des hématies. - Si la présence de germes est notée, une coloration de Gram sur une fraction de l urine centrifugée permet une première orientation - Ensemencement de 10 µl d urine sur un milieu permettant la culture des Entérobactéries ± un milieu au sang pour les bactéries Gram +. Actuellement remplacés par un milieu de culture Gram+/Gram- chromogène Cytologie quantitative : Lamelle Microscope Cellule Quadrillage Leucocyte Hématie Examen à la coloration de Gram : 10 4 leucocytes et nombreux bacilles à Gram négatif Infection probable Traitement antibiotique probabiliste Si plusieurs types de germes au Gram : Souillure probable refaire un ECBU

6 TOPO ECBU Page 6 sur 6 Le lendemain (J1) : Numération des bactéries sur les cultures, première orientation pour l identification bactérienne, interprétation biologique 1 colonie = 10² bactéries/ml Leucocyturie/mL Bactéries/mL INTERPRETATION < 10 4 < 10 4 Pas d'infection Infection urinaire < Bactériurie sans leucocyte Contamination du prélèvement avec mise en culture tardive surtout si plusieurs espèces Infection débutante Infection sur terrain particulier : femme enceinte, nourrisson, diabétique ou aplasique, immunodéprimé Un nouveau prélèvement est nécessaire 10 4 < 10 4 Leucocyturie sans germe Infection décapitée par traitement antibiotique précoce avant prélèvement. Sécrétions génitales Tuberculose urinaire : bactéries ne cultivent sur les milieux usuels (Cf. cours sur les mycobactéries). Urétrite (Chlamydiae, mycoplasme), donnant signes de cystite chez la femme. Réaction inflammatoire d'origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur) Tableau 1 Le surlendemain (J2) : identification complète et antibiogramme(s). Identification : Escherichia coli Antibiogramme : Résistance acquise à l amoxicilline (pénicillinase plasmidique) +++ Vérifier la sensibilité du germe à l antibiotique initialement prescrit

7 TOPO ECBU Page 7 sur 7 Place des bandelettes urinaires Elles détectent la présence de : Leucocyte estérase produite par les polynucléaires. - Négatifs : infection débutante, neutropéniques - Faux négatifs : Urine diluée (diurèse importante, femme enceinte), Vitamine C - Faux positifs : urétrites, inflammation non infectieuse (dont la présence d une sonde urinaire) Nitrites produits par les bactéries. - Négatifs : microorganismes en faible nombre ou non producteurs (Enterococcus, S. saprophyticus, Pseudomonas, Acinetobacter, Candida). - Faux négatifs : Régime végétarien, Vitamine C, ph urinaire < 6. - Faux positifs : mauvaise conservation de l échantillon VPN = 95% si les deux tests sont négatifs chez le patient non sondé Si un des deux tests est positif, il faut faire un ECBU Exception : chez les patients à risque de complication (femmes enceintes, diabétiques, neutropéniques), en cas de sondage urinaire ou suspicion forte d'infection, l'ecbu est réalisé d'emblée, sans bandelette préalable.

8 TOPO ECBU Page 8 sur 8 4. Quels sont les risques encourus? Les complications de la cystite simple sont exceptionnelles chez l adulte sain Chez la femme enceinte et le nourrisson le risque de pyélonéphrite est accru (Pyélonéphrite cicatrice rénale Insuffisance rénale chronique, HTA) Chez la femme enceinte, accouchement prématuré, hypotrophie foetale, mort in utero peuvent survenir. 5. Traitement Entérobactéries (Bacilles à Gram négatif) : β-lactamines (Pénicillines et céphalosporines) Résistance naturelle aux pénicillines G et M (imperméabilité) Escherichia coli, Proteus mirabilis : 50% de résistance acquise à l amoxicilline Klebsiella : toujours résistant à l amoxicilline (Pénicillinase) Autres : résistance à amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, C1G (Céphalosporinase) Cystite : C3G orale Céfixime (Oroken ) ; Pyélonéphrite C3G injectable Autres antibiotiques utilisables : Quinolones*, Fosfomycine*, Bactrim*, Aminosides *Traitement minute possible si cystite chez femme jeune non-enceinte sans FR, sinon traitement 7-10 j. Entérocoques (Cocci à Gram positif en chainette) : Résistance naturelle aux céphalosporines, au Bactrim, aux quinolones Amoxicilline Conseils d hygiène, mictions fréquentes, diurèse abondante, traiter une constipation Le contrôle de l ECBU n est pas nécessaire pour les cystites, sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement. La survenue d une fièvre doit faire craindre une pyélonéphrite et impose une hospitalisation pour réalisation d hémocultures et traitement par voie parentérale (C3G).

9 TOPO ECBU Page 9 sur 9 A RETENIR : L ECBU est un examen simple et peu coûteux (B70 = 18,90 ) Il peut donner une première indication dès le 1 er jour L'ECBU DANS SES DIFFERENTES ETAPES Urines de milieu de jet J 0 Examen Cytologique Examen Bactériologique Quantitatif Leucocyturie Qualitatif Germes Ensemencement(s) (Anse calibrée 10 µl) J 1 à 2 Dénombrement Différenciation des colonies, Premières identifications J 2 à 3 Antibiogramme(s) éventuel(s) Tableau 2 Les bactéries les plus fréquemment rencontrées sont des Entérobactéries L infection urinaire est très fréquente, généralement peu grave... sauf chez certains patients à risque.