SITE INTERNET BASE DE DONNÉES COLLABORATIVE

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1 SITE INTERNET ET BASE DE DONNÉES COLLABORATIVE Rapport d activités janvier 2008 J. de Vaugelas(1) & D. Garcia(2) (1) Université de Nice-Sophia Antipolis, Laboratoire Environnement Marin Littoral (2) Société AlternativeSud 1

2 Introduction Une partie significative du site internet et de la base de données (BDD) d Ecimar ( a pu être élaborée dès 2007 grâce à un partenariat étroit entre l équipe de développement (J. de Vaugelas ; D. Garcia) et les chercheurs du groupe Ecimar. Le but principal était d établir le plus rapidement possible un noyau fonctionnel, directement utilisable par les chercheurs, notamment pour enregistrer immédiatement dans la BDD les échantillons récoltés lors des misions de terrain de Les étapes de ce développement ont été successivement exposées aux : - réunions du Comité de Pilotage : CP1 du 13 février, CP 2 du 3 avril, CP 3 du 5 avril, CP 4 du 6 sept. et CP 5 du 27 novembre, - Colloque de Nice (3 au 5 avril), - session de formation BDD du 17 octobre à Nice, - Assemblée Générale 1 de Banyuls (27 au 29 novembre). La présentation du modèle de base de données et du site internet collaboratif a beaucoup évolué au fur et à mesure de ces réunions. Le Colloque de Nice en avril puis la session de formation à la BDD en octobre ont permis de former les premiers utilisateurs (groupes de Nice et d Endoume en particulier), et de prendre en compte les remarques du groupe pour 2

3 mieux définir les priorités. L AG de Banyuls a également permis de saisir dans la BDD les coordonnées de la plupart des participants au projet Ecimar (fig. 1). Fig. 1 : le listing des chercheurs participants à Ecimar est accessible en ligne via la BDD. Pour la base de données, la priorité a été donnée aux informations concernant les chercheurs (tables «laboratoire» et «personne»), les espèces cibles (table «espèces») et les échantillons (table "échantillon") (Fig. 2). Le but était (1) que les échantillons récoltés lors de la mission de juillet à Marseille par l équipe d Endoume puissent être immédiatement intégrés à la base de données et, (2) que la relation entre la liste des espèces biologiques et la liste des échantillons puisse être établie. A ce propos saluons l excellent travail de Mme. Boury-Esnault qui a renseigné la table «espèces» concernant les Spongiaires, l un des principaux groupes faunistiques étudiés par Ecimar. Fig. 2 : en gras les rubriques de la BDD implémentées en

4 En ce qui concerne la consultation en ligne du site lui-même, le site statique temporaire mis en place pour le Colloque de Nice a rapidement été remplacé dès le mois de juin par le site collaboratif basé sur un CMS 1. Cela a permis aux membres d'ecimar, dès le mois de juillet mais surtout après la formation à Nice en octobre de diffuser en temps réel les informations relatives à l'évolution de leur projet : avancement des WP 1, 2 et 3, annonces des réunions, fiches de présentation des étudiants en thèse, etc. Dans l optique d une fusion progressive entre le CMS et la BDD, quelques modules de la base de données, notamment les tables «personnes» et «laboratoires», sont déjà accessibles en consultation libre depuis la page d'accueil du CMS ( -> rubrique «Accès à la Base de Données»). L accès en écriture sur la partie CMS comme sur la BDD est rêglé par un système hiérarchisé d autorisations. Récapitulatif technique de ce qui a été fait en ) Février à avril : création du site temporaire "Ecimar" en vue du Colloque de Nice. But : présentation générale de l ANR. 2) Juin à octobre : mise en place des fonctionnalités de base du CMS. 3) 17 octobre 2007 : formation des équipes de Nice et de Marseille à l utilisation du CMS et de la BDD. Dès octobre le CMS permettait aux membres autorisés du groupe Ecimar de : - rédiger des articles dans les rubriques actualités et offres d'emploi et de stages, - proposer des informations générales aux membres d' Ecimar et aux visiteurs du site, - récapituler, en page d'accueil, les informations les plus importantes et l'actualité d' Ecimar, - alimenter une liste de liens vers des ressources en rapport avec les problématiques étudiées. 4) Un module calendrier a été ajouté en novembre pour annoncer les événements et les réunions Ecimar. 5) Avril à Novembre : mise en place de la structure de la base de données avec, en priorité : 1 ) Content Management System : site internet permettant une gestion directe du contenu par les utilisateurs, sans avoir recours à des logiciels spécialisés et avec un accès en ligne en permanence. L accès en mode édition aux diverses rubriques est rêglé par un système hiérarchique de login et mots-de-passe. 4

5 5.1) Création et gestion de la table "échantillons". La table "échantillons" a été ajoutée au modèle de la base de données pour permettre aux chercheurs de recenser et de suivre les traitements des prélèvements. L'entité "échantillons" est liée à l'entité "média" de sorte qu'il est possible d'associer une photo de l'échantillon à chaque enregistrement. 5.2) Mise en place des modules "laboratoires" et "personnes". La stucture des entités "laboratoire" et "personnes" a été mise en place et validée. La liste des personnes avec leurs coordonnées constitue un annuaire en ligne des membres d' Ecimar. Les entités "laboratoire" et "personnes" sont liées, de sorte que lorsque l'utilisateur clique sur la fiche de détail d'un laboratoire, l'onglet "Personne" permet d'accéder à la liste des personnes qui y travaillent. 6) Gestion des droits d'accès en écriture au CMS et à la BDD via des login et mots-de-passe. Opérations prévues en 2008 Améliorer l'ergonomie de la base de données en modes saisie et consultation, en tenant compte des remarques du groupe Ecimar et continuer la formation interne. Les listes contenant un grand nombre d'informations comme la liste des échantillons est déjà difficile à lire et son chargement à l'écran est long car tous les enregistrement sont affichés au chargement de la page. Un système de navigation et de pagination permettra de proposer un lot d'enregistrement plus petit au départ (25 ou 50 premiers enregistrements par exemple). L'accès aux autres enregistrements se fera en actionnant les liens "page suivante" et "page précédente" ou par sélection selon des mots-clés ou des valeurs. Etoffer le module "Espèces". En 2007, l'entité "espèces" a été développée a minima pour permettre la saisie des échantillons. La table "espèces" pourra, le cas échéant, être étoffée en proposant, par exemple, des liens vers les fiches espèce de sites Internet scientifiques (cf. site "World Porifera Database" signalé par Madame Boury-Esnault) Développer le module "lieux". L'entité "lieu" a été mise en place, comme l'entité "espèces" pour rendre possible la saisie des échantillons (cf. rubrique "zone de prélèvement") et la géolocalisation des lieux de récolte : coordonnées GPS, liens vers Google Earth, carte Google Maps, etc. Module "chimie/molécules". Une discussion a été entamée sur ce thème, en particulier avec le Dr. Jean-Michel Kornprobst. Les principales rubriques ont été définies. La mise en place du module "chimie/molécules" est un chantier à lancer en

6 Les modules "publications" et "brevets" seront développés ultérieurement. Conclusion Le site internet d Ecimar et la base de données associée sont d ores et déjà opérationnels pour (1) la gestion des actualités du projet, tant entre équipes que vis à vis de l extérieur et (2) la codification dans la BDD des échantillons ramenés des premières missions de terrain réalisées en Par ailleurs, des modules fondamentaux comme le module "chimie/molécules" ou lieux restent à développer, ce qui est prévu dès Une bonne prise en main et une appropriation rapide du CMS et de la BDD ont été constatées pour les chercheurs responsables des WP1, WP2 et WP3, ce qui confirme les choix initiaux au niveau des technologies employées. La base de données commence à héberger un certain nombre de données intéressantes, en particulier les données relatives aux nombreux échantillons récoltés lors de la mission de terrain à Marseille en juillet. Dès 2008 et par la suite, il est prévu de travailler à la mise en valeur du contenu des tables. Ainsi il sera possible d extraire des informations de la BDD et de présenter les résultats sous forme de tableaux consultables sur internet ou pouvant être directement intégrés dans un rapport ou une publication. La structure de la BDD telle que déjà visible sur le CMS est le socle du système d'information d Ecimar. Il est prévu, dès 2008, de renforcer de plus en plus l interconnexion entre le CMS et la BDD, de manière à parvenir, à terme, à un site internet essentiellement basé sur la ase de données. 6