Aspects épidémiologiques de la maladie à virus Ebola en Guinée (décembre 2013 avril 2016)

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1 Bull. Soc. Pathol. Exot. DOI /s ÉPIDÉMIOLOGIE / EPIDEMIOLOGY Aspects épidémiologiques de la maladie à virus Ebola en Guinée (décembre 2013 avril 2016) Epidemiological Aspects of Ebola Virus Disease in Guinea (December 2013 April 2016) R. Migliani S. Keïta B. Diallo S. Mesfin W. Perea B. Dahl G. Rodier Reçu le 2 mai 2016 ; accepté le 3 mai 2016 Société de pathologie exotique et Lavoisier SAS 2016 R. Migliani (*) École du Val-de-Grâce, 1, place Alphonse-Laveran, F Paris cedex 05, France migliani.rene@gmail.com R. Migliani S. Keïta Coordination nationale pour la lutte contre le virus Ebola en Guinée, Conakry, Guinée B. Diallo S. Mesfin Organisation mondiale de la santé, Camayenne corniche Nord, Dixinn, BP 81, Conakry, Guinée W. Perea G. Rodier Organisation mondiale de la santé, avenue Appia, CH Genève 27, Suisse B. Dahl Centers for Disease Control and Prevention, 1600 Clifton Rd, Atlanta, GA 30333, États-Unis Résumé Le virus Ebola de l espèce Zaïre variant Makona, entre son émergence en décembre 2013 et avril 2016, a provoqué en Guinée une épidémie d une importance et d une gravité sans précédent, avec cas notifiés, dont ont été confirmés (88,0 %) et (66,7 %) sont décédés. L épidémie a évolué en plusieurs phases : une phase silencieuse sans identification des cas qui sont tous décédés jusqu en février 2014 ; une première recrudescence à partir de mars 2014, où l alerte est lancée et le virus identifié, qui va durer jusqu en juillet 2014 ; une deuxième recrudescence, qui va être la plus intense, à partir d août 2014 jusqu à janvier 2015 centrée principalement sur la Guinée forestière et une dernière recrudescence à partir de février 2015 centrée sur la Basse-Guinée et la capitale Conakry. L adaptation en 2015 des stratégies de lutte (initiative «Zéro Ebola en 60 jours», recherche active de cas et de décès suspects et sensibilisation des préfectures actives, microcerclage des dernières localités touchées et ratissage autour de ces localités) et la vaccination des contacts en ceinture autour des cas confirmés ont permis de contrôler progressivement l épidémie principalement en octobre Mais un survivant excrétant du virus a été à l origine en zone forestière d une résurgence entre mars et avril 2016, avec dix cas dont huit sont décédés. Cette épidémie a plus particulièrement touché la région de la Guinée forestière (44 % des cas et 48 % des décès guinéens), les femmes les plus âgées ( 50 ans) et les professionnels de santé (211 cas dont 115 décédés), et près du tiers des malades (32,6 %) n ont pas été pris en charge dans les centres Ebola. L épidémie est marquée actuellement par la résurgence de petits foyers à partir de sujets guéris excrétant du virus, qui ont été contrôlés jusqu à présent avec succès. Les survivants font l objet d une attention particulière. Il est nécessaire de tirer tous les enseignements de la riposte afin de mieux préparer l avenir, d améliorer les connaissances sur l histoire naturelle de la maladie à virus Ebola et de repenser la communication avec la population et ses leaders. Mots clés Ebola Épidémie Létalité Épidémiologie Guinée Afrique intertropicale Abstract Ebola Zaire species variant Makona between its emergence in December 2013 and April 2016, resulted in an epidemic of Guinea importance and unprecedented gravity with 3814 reported cases of which 3358 were confirmed (88.0%) and 2544 were died (66.7%). The epidemic has evolved in phases: a silent phase without identification of all fatal cases until February 2014; a first outbreak from March 2014, when the alarm is raised and the virus detected, which lasted until July 2014; a second increase, which was the most intense, from August 2014 to January 2015 focused primarily on the forest Guinea; and a final increase from February 2015 centered on lower Guinea and the capital Conakry. Adapting strategies in 2015 (initiative Zero Ebola in 60 days active case search and suspicious deaths and awareness of active prefectures, microbanding the last affected communities and raking around these localities) and ring vaccination of contacts around confirmed cases has allowed to gradually control the main outbreak in October But

2 2 Bull. Soc. Pathol. Exot. a survivor was originally resurgence in forest areas between March and April 2016 with 10 cases including 8 deaths. The epidemic has particularly affected the forest Guinea region (44% and 48% of Guinean cases and deaths), elderly women ( 50 years), and health professionals (211 cases including 115 deaths); however, almost one-third of the patients (32.6%) was not provided supportive care in the Ebola centers. The epidemic is currently marked by the resurgence of small foci, from excreting subjects cured of the virus who have been controlled so far successfully. The survivors are the subject of special attention. It is necessary to learn lessons from the response to better prepare for the future, to improve knowledge about the natural history of the Ebola virus disease, and to rethink communication in this regard with the public and its leaders. Keywords Ebola Outbreak Case fatality Guinea Sub- Saharan Africa Introduction La maladie à virus Ebola (MVE), anciennement dénommée fièvre hémorragique à virus Ebola, est une zoonose grave à très mauvais pronostic chez les primates. L homme se contamine par le contact avec le sang ou les liquides biologiques de chauves-souris frugivores ou d autres animaux de forêt tropicale (singes, antilopes des bois) porteurs du virus, vivants ou trouvés morts. La transmission est ensuite humaine par contact direct avec le sang et les liquides biologiques des malades ou des défunts, par contact indirect avec des surfaces et des matériaux (literie, vêtements) contaminés, par injection parentérale avec du matériel contaminé ou par voie maternelle. Les rites funéraires, pratiqués en Afrique, sont très favorables à la transmission du virus chez les parents et les amis par le contact étroit avec le défunt et ses effets personnels [3,18,36,43]. Après une incubation non contagieuse de 2 à 21 jours, la MVE, non prise en charge, évolue en quelques jours avec une phase pseudogrippale fébrile suivie d une atteinte multiviscérale, associant troubles cutanéomuqueux, digestifs avec vomissements et diarrhées profuses, respiratoires et neurologiques, qui se termine par un tableau clinique où prédominent des signes neurologiques d encéphalite et des manifestations hémorragiques internes et externes. L évolution fatale est la règle dans la grande majorité des cas. Le décès survient dans un état de choc favorisé par les pertes hydroélectrolytiques liées aux vomissements et à la diarrhée avec, dans la moitié des cas, une coagulopathie diffuse. Dans les formes non fatales, la MVE évolue vers la guérison, au fur et à mesure de la disparition du virus dans le sang sous l effet de la réponse immunitaire. La prise en charge thérapeutique symptomatique précoce améliore le pronostic vital. La convalescence est marquée par une asthénie prolongée avec des séquelles rhumatologiques, neurologiques et oculaires et par des épisodes de rechute de la MVE par réactivation virale à partir notamment du compartiment neurologique. Ces éléments sont de mieux en mieux documentés avec les survivants de l épidémie d Afrique de l Ouest [16,18,41,43,72,77]. Lors de son émergence chez l homme en 1976 au Zaïre, actuelle République démocratique du Congo (R), la MVE était due au filovirus Ebola de l espèce Zaïre ebolavirus (EBOV), responsable d une létalité très élevée, la plus forte parmi l ensemble des cinq espèces connues de filovirus [7,32,63,76]. Durant cette première épidémie, en effet, 318 malades furent recensés, dont 280 décédèrent (88 %) [63]. Quatorze épisodes épidémiques (1 à 318 cas) avec l espèce EBOV sont survenus au total en Afrique centrale avant l émergence en 2013 en Guinée d un variant de la même espèce dénommé Makona (EBOV/Mak) [32]. Trois pays étaient concernés par ces épidémies : la R, le Gabon et le Congo. Le cas d Afrique du Sud était lié à un malade évacué du Gabon ayant contaminé une infirmière [5,19,20,23,25,28,31,36,44,49,51,62,63,78-82] (Tableau 1). La létalité moyenne de ces épidémies était de 79,2 % (médiane : 78,0 % ; extrêmes : 46,9 à 100,0 %), malgré des mesures de lutte de mieux en mieux codifiées mises en œuvre au fil du temps et une extension géographique limitée des foyers épidémiques. La proportion moyenne de cas confirmés pour ces 14 épisodes était égale à 16,9 % (extrêmes : 6,3 à 100,0 %). Le délai moyen d alerte était de 39 jours, et le délai médian de 23 jours (extrêmes : 9 à 115 jours). En Guinée, cas ont été déclarés durant l épidémie entre son émergence en décembre 2013, dans le village de Méliandou près de la ville de Guéckédou en Guinée forestière, la fin de la principale flambée le 29 décembre 2015 et la résurgence de mars-avril 2016 [8,43,85,87]. La létalité globale était égale à 66,7 % (2 544 décès) malgré toutes les mesures mises en œuvre, confirmant la gravité de la MVE due à l espèce EBOV, même s il s agissait d un variant [2]. Elle était toutefois inférieure à la létalité moyenne observée en Afrique centrale de plus de 10 %. La proportion de cas confirmés était beaucoup plus élevée que celle des épidémies précédentes, égale à 88,0 % [43,87]. La MVE était inconnue en Guinée lorsqu elle a émergé. L alerte par les autorités sanitaires locales a été lancée le 10 mars 2014, deux mois et demi (74 jours) après le début de la maladie chez le cas index (Tableau 1) [43]. Les objectifs de cet article sont de décrire l importance, l évolution et les principales caractéristiques épidémiologiques de l épidémie en Guinée entre décembre 2013 et avril La résurgence de la MVE survenue en mars 2016 dans la préfecture de N Zérékoré, en Guinée forestière, était liée

3 Bull. Soc. Pathol. Exot. 3 Tableau 1 Principales caractéristiques des épidémies d Ebola dues à l espèce Zaïre (EBOV) en Afrique centrale de 1976 à 2009 et au variant Makona (EBOV/Mak) en Guinée de 2013 à 2016 / Characteristics of Ebola epidemics due to the species Zaire (EBOV) from 1976 to 2009 and variant Makona (EBOV/Mak) in Guinea from 2013 to Pays Districts (villages) Période de survenue (cas index dernier cas a ) Délai d alerte (cas index alerte b ) [en jours] Nombre de cas (a) Nombre de cas confirmés (b) Nombre de décès (c) Létalité (c/a) %decas confirmés (b/a) Références Zaïre (R) Bumba (Yambuku), Abumonbazi, Kinshasa Cas index Origine delacontamination 01/09/ /11/1976 M44ans Zaïre (R) Talanda??/06/1977 F 9 ans Gabon Mékouna, Andock, Minbéké RD Congo Kikwit, Mosaango Gabon Makokou (Mayibout 2) Gabon Booué, Balimba, Lastourville, 13/11/ /02/ /01/ /07/ /01/ /03/ /07/ /01/1997 Libreville Afrique Johannesburg 02/11/1996- du Sud 26/11/1996 Gabon La Zadié 25/10/2001- (Mékambo), 22/03/2002 Ivondo, Impassa, Oyem Congo Mbomo, Kéllé 28/10/ /03/2002 Congo Mbomo, Kéllé 25/12/ /04/2003 Congo Mbomo, Mbandza Congo Etoumbi, Mbomo 11/10/ /12/ /04/ /05/2005 M42ans M39ans F46ans M44ans M44ans Inconnue ,1 % 11,9 % [62,63] Inconnue ,0 % 100,0 % [28] Chimpanzé, gorille ,8 % 37,3 % [20,44] Inconnue ,0 % 26,0 % [25,31] Chimpanzé ,7 % 6,5 % [44,79,81] Chimpanzé ,0 % 6,7 % [44,78] Homme malade Gorille, chimpanzé, céphalophe Gorille, chimpanzé, singe 1 Gorille, céphalophe 4 Singe, céphalophe M36ans ,0 % 100,0 % [44,80] ,5 % 43,1 % [44,49,82] ,6 % 15,3 % [82] ,5 % 9,1 % [19] ,9 % 48,6 % [5] Inconnue ,3 % 8,3 % [50] (Suite page suivante)

4 4 Bull. Soc. Pathol. Exot. Tableau 1 (suite) Références %decas confirmés (b/a) Létalité (c/a) Nombre de décès (c) Nombre de cas confirmés (b) Nombre de cas (a) Délai d alerte (cas index alerte b ) [en jours] Cas index Origine delacontamination Période de survenue (cas index dernier cas a ) Pays Districts (villages) ,5 % 6,4 % [23,36] H VV Chauvesouris frugivore RD Congo Luebo 15/05/ /10/2007 Inconnue ,9 % 6,3 % [23,51] F18ans RD Congo Luebo, Mweka 27/11/ /01/2009 Tous pays de 1976 à c 23 d 78,0% d 13,6% d ,2 % c 16,9 % c ,7 % 88,0 % [2,8,43, 65,87] Chauvesouris (?) M 2 ans 26/12/13-20/ 04/16 Guinée 27 préfectures/ 34 a Date de début des signes du cas index et date de guérison ou de décès du dernier cas ; b Date de début des signes du cas index et date d alerte ; c Moyenne ; d Médiane. R : République démocratique du Congo ; : décédé ; VV : vivant. au virus ayant circulé dans cette région entre fin 2014 et début La transmission était très probablement liée à un sujet guéri excrétant du virus. Cette résurgence a été en Guinée, à la date du 28 avril 2016, à l origine de dix cas, dont huit sont décédés [8,85, 87]. Par ailleurs, une femme, ayant participé aux funérailles d un des cas de Guinée, est morte de la MVE à Monrovia. Deux de ses enfants ont également été contaminés [85]. Matériels et méthodes Guinée La Guinée est un pays d Afrique de l Ouest de km 2 avec environ 11 millions d habitants, dont 1,7 million en 2014 dans la capitale Conakry située à l ouest sur la côte atlantique du pays [47]. On distingue quatre zones ou régions naturelles : une zone côtière ou Guinée maritime sur la façade atlantique à l ouest, une zone montagneuse ou Moyenne-Guinée, qui comprend le massif du Fouta-Djalon, une zone de savane au nord ou Haute-Guinée et une zone de forêt au sud-est ou Guinée forestière. Le pays est subdivisé en 34 préfectures administratives dont la capitale qui se compose de cinq communes. La Guinée est limitée au nord-ouest par la Guinée-Bissau (lusophone), au nord par le Sénégal (francophone), à l est par le Mali (francophone), au sud-est par la Côte-d Ivoire (francophone) et au sud par le Liberia (anglophone) et la Sierra Leone (anglophone). Les principales religions sont l islam (84,4 %) et le christianisme (10,9 %). Surveillance épidémiologique La notification des cas et des décès confirmés et probables est un élément important pour suivre l évolution de l épidémie et guider la riposte. Elle s appuyait en Guinée sur un système d alerte par la communauté et les structures de santé face à des cas suspects ou probables, un système de confirmation par les laboratoires et un système numérisé de recueil, de contrôle et d analyse des informations collectées sur les cas de MVE dans les centres de prise en charge spécialisés Ebola : centre de transit (CDT), centre de traitement Ebola (CTE) et centre de traitement des soignants (CTS) [43]. Trois niveaux de définition standardisée des cas, s appuyant sur des critères cliniques, épidémiologiques et biologiques, élaborés par l Organisation mondiale de la santé (OMS), ont été utilisés pour surveiller l épidémie : cas suspect, cas probable et cas confirmé [43,53]. Tous les cas cliniquement suspects ou probables ont été testés en Guinée pour être confirmés biologiquement dans les laboratoires des centres de traitement (CTE, CTS). Ces laboratoires ont utilisé comme technique de confirmation sur sérum, pour les

5 Bull. Soc. Pathol. Exot. 5 cas suspects et probables vivants et sur écouvillonnage buccal («SWAB») pour les sujets décédés, la RT-PCR avec le kit Filovirus, et à partir de 2015 le kit Zaïre ebolavirus [70]. En Guinée : les décès non testés biologiquement ayant un lien épidémiologique avec un cas confirmé ont été considérés comme des cas probables ; les cas testés non confirmés biologiquement ont été définis comme non infectés et n ont pas été comptabilisés dans le total des cas de l épidémie (~ cas suspects et décès testés négatifs pendant toute l épidémie) ; pour les communautés, l alerte rapide vers les équipes préfectorales de coordination était essentielle, avec des critères de définition des cas et des décès suspects adaptés et simples [43]. Des lignes téléphoniques dédiées, dont le numéro «115» au niveau national, ont été mises en place à cet effet [34]. Suivi des personnes contacts La surveillance épidémiologique des cas et des décès confirmés et probables était complétée par le suivi médical quotidien à domicile des sujets contacts (contact tracing) pendant 21 jours, durée maximale d incubation de la MVE. Les objectifs de ce suivi étaient de prendre en charge, dans un centre spécialisé Ebola, un contact dès qu il présentait les premiers symptômes de la maladie et donc devenait contagieux, afin de confirmer le diagnostic et, point capital, d éviter la transmission du virus à ses proches en cas de positivité. Dès qu un cas ou un décès confirmé ou un décès probable était identifié, une enquête était réalisée. Elle permettait de recueillir les informations sur l exposition de toutes les personnes ayant eu un contact avec ce cas ou ce décès et leurs fluides corporels [43,58]. Les informations sur l exposition devaient être vérifiées, puis leur cohérence et leur exhaustivité revérifiées lors des visites ultérieures, les enquêteurs s exposant à deux biais potentiels dans leur recherche : l oubli ou biais de mémorisation et la dissimulation ou biais de prévarication, la MVE étant particulièrement stigmatisante et la population souvent réticente à accepter les méthodes de lutte. Ces deux derniers éléments avaient également un effet délétère sur la qualité du suivi des contacts. Analyse des données Les analyses des cas notifiés ont été réalisées à partir de la base nationale de données, validée le 28 avril Après une phase de vérification de la base, les variables utilisées ont été les principales caractéristiques démographiques (âge en années, sexe), l appartenance à un métier de santé et le type de métier de santé, le lieu de résidence et celui de survenue de la MVE (préfecture, sous-préfecture), les principales variables descriptives de la MVE (date de début de la MVE [8,6 % de dates estimées], date de décès, résultat de la PCR Ebola Zaïre, catégorie épidémiologique [quatre catégories : sujet confirmé guéri, sujet confirmé décédé en centre de prise en charge, sujet décédé confirmé non pris en charge, sujet décédé dans la communauté non pris en charge en lien épidémiologique avec un cas confirmé]). Les dates de début de maladie et de décès prises en compte dans cet article sont celles figurant dans la base nationale. Pour les souspréfectures de début de la MVE non indiquées dans la base nationale (~10 %), la sous-préfecture de résidence a été utilisée lorsqu elle était indiquée dans la base, car les souspréfectures de début de maladie et les sous-préfectures de résidence étaient les mêmes dans la grande majorité des cas (~92 %). Les sous-préfectures de début de la MVE non identifiées étaient au total peu nombreuses (1 %). L erreur introduite par cette méthode a été sans doute très faible. Deux groupes ont été générés pour les besoins de l analyse de la létalité : les malades pris en charge dans les structures de soins spécialisées (CDT/CTE/CTS) et les sujets décédés dans la communauté témoins d un échec de la prise en charge (décès communautaires confirmés et décès probables avec lien épidémiologique). De même, la variable concernant les régions naturelles a été générée à partir des préfectures de survenue de la MVE. La létalité mensuelle cumulée correspond à la proportion de décès cumulés rapportés aux cas cumulés chaque mois depuis le début de l épidémie. Les données démographiques pour le calcul des taux d incidence sont issues du recensement de la population guinéenne de 2014 [47]. La répartition de la population selon l âge et le sexe a été obtenue à partir du site des Nations unies en charge de la démographie mondiale [71]. L effectif total des personnels de santé (public et privé), fin 2011, était de travailleurs dont 84 % de professionnels. La répartition des catégories professionnelles utilisée pour le calcul des taux d incidence a été fournie par le ministère de la Santé [45]. Les logiciels Excel, PowerPoint et Épi-Info 6 ont été utilisés pour la réalisation des graphiques, de la carte et des comparaisons statistiques. Le seuil de signification des tests statistiques a été fixé à 5 %. La description des activités et des stratégies développées tout au long de l épidémie a été faite à partir des rapports quotidiens de la situation épidémiologique et des comptes rendus de la Coordination nationale de Guinée et de l OMS, complétés par des publications scientifiques. Résultats Importance de l épidémie de MVE en Guinée Le 28 avril 2016, date de fin de la résurgence de MVE en Guinée, la coordination nationale avait recensé cas, avec cas confirmés (88,0 %), dont sortis guéris des centres de prise en charge Ebola, décédés dans

6 6 Bull. Soc. Pathol. Exot. ces centres, 788 cas décédés dans la communauté et 456 cas probables en communauté tous décédés par définition (Tableau 2). La létalité globale était égale à 66,7 % (2544/3814), la létalité des cas confirmés à 62,2 % (2 088/3 358) et la létalité dans les centres de prise en charge à 50,6 % (1 300/2 570). Description de l épidémie et des stratégies de riposte de 2013 à 2016 La Figure 1 montre l évolution mensuelle des cas confirmés et probables de MVE de décembre 2013 à avril 2016, ainsi que les principaux événements et activités de riposte mises en œuvre qui seront décrits dans ce chapitre pour plus de facilité. On constate qu après une phase où l épidémie a évolué de façon silencieuse et où tous les cas identifiés rétrospectivement étaient décédés (cas probables), l alerte a été lancée le 10 mars 2014 par les autorités sanitaires régionales de la Guinée forestière [43]. Le virus Ebola a été identifié le 21 mars par le laboratoire P4 Jean-Mérieux Inserm de Lyon [2,84]. Les cas suspects vont être pris en charge à partir de mars dans trois centres spécialisés mis en place par l organisation «Médecins sans Frontières-Belgique» (MSF-B), avec un CTE dans la capitale, un CTE à Guéckédou et un CDT à Macenta en zone forestière (localisation des chefslieux de préfecture sur la Figure 3). La confirmation de MVE des cas et décès suspects était réalisée par le laboratoire de l institut Pasteur de Dakar à Conakry et le laboratoire mobile européen à Guéckédou. Les volontaires de la Croix-Rouge guinéenne ont été en charge durant toute l épidémie des prélèvements et des enterrements dignes et sécurisés (EDS) dans la communauté (> EDS depuis mars 2014). Le 30 mars, l épidémie s étendait au Liberia dans le district frontalier de Lofa et le 30 avril en Sierra Leone dans le district frontalier de Kailahun [14,22,33,75]. Sous l effet des mesures de lutte, l incidence de la MVE diminuait de mai à juillet, faisant croire à tort à la fin de l épidémie en Guinée. En fait, c est à partir de ce moment que la phase qui a été la plus intense et la plus longue a Tableau 2 Distribution des cas et des décès de maladie à virus Ebola notifiés dans la population de Guinée et chez les professionnels de santé entre décembre 2013 et avril 2016 selon le statut biologique, le statut vital, le sexe (Coordination nationale contre Ebola) / Distribution of cases and deaths of Ebola virus disease among population and healthcare workers in Guinea from December 2013 to April 2016 according to biological status, vital status, gender (National Coordination against Ebola). Classification Cas (%) Décès (létalité en %) Cas confirmés pris en charge en CT/CTE/CTS - Sexe féminin a - Sexe masculin a - Population de 15 ans et plus (hors santé) - Professionnels de santé Décès communautaires confirmés - Sexe féminin - Sexe masculin - Population de 15 ans et plus (hors santé) - Professionnels de santé Décès probables (lien épidémiologique) - Sexe féminin - Sexe masculin - Population de 15 ans et plus (hors santé) - Professionnels de santé Total des cas et décès notifiés - Sexe féminin b - Sexe masculin b - Population de 15 ans et plus (hors santé) c - Professionnels de santé (67,4) d (51,7) (48,3) (67,1) d 184 (87,2) d 788 (20,7) 425 (54,3) 359 (48,7) 648 (20,9) 12 (5,7) 456 (11,9) 254 (55,9) 200 (44,1) 374 (12,0) 15 (7,1) (100,0) (52,7) (47,3) (100,0) 211 (100,0) (50,6) 649 (48,9)* 651 (52,5)* (50,4)*** 88 (47,8)*** 788 (100,0) 425 (100,0) 359 (100,0) 648 (100,0) 12 (100,0) 456 (100,0) 254 (100,0) 200 (100,0) 374 (100,0) 15 (100,0) (66,7) (66,2)** (67,2)** (66,7)**** 115 (54,5)**** a Pourcentages calculés sans les données manquantes ; b Six informations manquantes sur le sexe ; c 59 informations manquantes sur l âge ; d Pourcentages calculés sur le total des cas, sur le total de la population de 15 ans et plus (hors santé) et sur le total des professionnels de santé atteints de MVE. *p = 0,07 ; **p = 0,50 ; ***p = 0,50 ; ****p <10 3.

7 Bull. Soc. Pathol. Exot. 7 Fig. 1 Incidence mensuelle des cas confirmés et probables et stratégies de lutte en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination nationale contre Ebola) / Monthly incidence of confirmed and probable cases and control strategies in Guinea from December 2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola) débuté ainsi qu au Liberia et en Sierra Leone où elle va exploser, notamment dans les deux capitales Monrovia et Freetown. De nombreuses introductions du virus vont avoir lieu en Guinée forestière à partir de malades libériens à compter de juillet 2014 [22]. La Coordination nationale de la lutte en Guinée a été restructurée avec la nomination d un coordinateur national sous l autorité directe du chef de l État et renforcée avec l aide des partenaires techniques et financiers internationaux et nationaux après la déclaration d urgence de santé publique de portée internationale (USPPI) le 8 août 2014 par l OMS [52]. Treize centres de prise en charge ont été construits et six laboratoires supplémentaires mis en œuvre entre octobre 2014 et février 2015 en Guinée [43] (Fig. 1). En janvier 2015 enfin, une forte diminution de l incidence était constatée, en particulier en Guinée forestière (Fig. 2), comme au Liberia et à l est de la Sierra Leone. Profitant de cette inflexion de l épidémie, la Coordination a lancé dès le 10 janvier l initiative «Zéro Ebola en 60 jours». L objectif était de renforcer les stratégies de lutte (mobilisation sociale, prise en charge précoce des cas, EDS, surveillance des contacts) pour diminuer l incidence de la maladie à un niveau suffisamment bas pour être plus facilement contrôlable ensuite. Mais dès février, l épidémie a changé d épicentre en Guinée pour s amplifier en région maritime, principalement dans la capitale Conakry et dans la préfecture de Forécariah. Dans cette préfecture, la recrudescence était la conséquence de la levée des réticences communautaires, qui duraient depuis plusieurs semaines, gênant, voire empêchant l ensemble des activités de riposte. Le 19 janvier, après quatre mois de fermeture, les écoles et les universités du pays étaient ouvertes, avant celles du Liberia et de la Sierra Leone. En Guinée forestière, les deux derniers cas sont sortis guéris du CTE de Macenta le 10 mars C est à ce moment que le ministère guinéen de la Santé, aidé par l OMS, MSF, Epicentre et l Institut norvégien de santé publique, a mis en œuvre l essai avec le candidat-vaccin recombinant constitué du virus de la stomatite vésiculeuse exprimant la glycoprotéine du virus Ebola Zaïre (rvsv- ZEBOV-GP) de Merck-Sharp-Dome. La vaccination était réalisée en ceinture (ou anneau ou ring) dans la population chez les contacts exposés et les contacts des contacts de chaque cas et décès confirmé de façon immédiate ou retardée de 21 jours, après tirage au sort. Les résultats préliminaires sur 90 ceintures (7 651 contacts inclus) dans sept préfectures de Guinée maritime (Boffa, Boké, Coyah, Dubréka, Forécariah, Fria, Kindia) et dans la capitale montraient que ce vaccin était très bien toléré et que l efficacité vaccinale au dixième jour de la vaccination immédiate variait de 76,3 % chez les contacts en intention de vaccination à 100,0 % (IC 95 % : 74,7 100,0 %) chez les contacts éligibles et consentants [15,27,57]. Un essai, dont l investigateur principal était MSF-B, était également réalisé, principalement dans la capitale, chez les travailleurs de santé de première ligne [57].

8 8 Bull. Soc. Pathol. Exot. Fig. 2 Incidence mensuelle pour des cas confirmés et probables par région naturelle en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination nationale de lutte contre Ebola) / Monthly incidence rate per 100,000 of confirmed and probable cases by natural region of Guinea from December 2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola) À la fin de l initiative «Zéro Ebola en 60 jours», la Coordination nationale a réalisé jusqu en juin, dans les préfectures de Forécariah, Coyah et Dubréka où persistaient toujours des chaînes de transmission, des «campagnes de sensibilisation et de recherche active» de cas et de décès suspects dans l ensemble des ménages. Les cas ont continué à diminuer en nombre, malgré quelques cas notifiés dans les préfectures de Boké, Dubréka, Coyah et Fria, se concentrant fin juillet à Conakry et dans la préfecture de Forécariah. À partir de ce moment, la coordination nationale a mis en œuvre une dernière stratégie de lutte, le «microcerclage» autour des derniers cas sporadiques. Cette stratégie consistait au maintien à domicile des habitants des localités des derniers cas pendant trois semaines, qu ils soient contacts ou non, avec surveillance médicale quotidienne, associé à la fourniture de denrées alimentaires (riz, haricots, huile, etc.) et d un pécule financier («prix de sauce»), à des activités de sensibilisation, au renforcement des mesures d hygiène et à une aide scolaire aux enfants. Il s agissait au total d une véritable mise en quarantaine autour des dernières chaînes de transmission. Une recherche active de cas et de décès suspects, également appelée «ratissage», complétait cette stratégie de cerclage dans un périmètre de 5 à 10 km autour des localités en quarantaine. La dernière chaîne de transmission de la principale flambée épidémique était survenue dans la sous-préfecture de Kaliah, préfecture de Forécariah, en octobre 2015 à partir d une jeune femme résidante de cette sous-préfecture, décédée dans la capitale, sans que l alerte ne soit donnée (cas probable). L une de ses sœurs faisait partie des contacts exposés, sans avoir été identifiée. Elle va développer la MVE et consulter un guérisseur de Kaliah. L alerte n était donnée qu au moment de son décès. Au total, dix personnes ont été infectées dont trois sont décédées : le guérisseur, la coépouse de l aide-guérisseur et une amie de ce dernier. La coépouse de l aide-guérisseur était enceinte. Elle a donné naissance avant de décéder, au CTE de MSF-B à Conakry, à un bébé de sexe féminin qui va guérir, bénéficiant, à titre compassionnel, d une bithérapie par Zmapp et GS 5734 [12,74]. Ce bébé, dernier cas de l épidémie, est sorti du CTE le 16 novembre L OMS a déclaré la fin de la transmission interhumaine de la MVE en Guinée, 42 jours plus tard, le 29 décembre 2015 [60]. Une période de surveillance renforcée de trois mois débutait à partir de cette date. Onze jours avant la fin de cette période de surveillance, une résurgence est survenue à partir d un survivant excrétant du virus, dans la sous-préfecture de Koropara (préfecture de N Zérékoré). Cette résurgence a été à l origine de dix cas, dont huit sont décédés (sept à N Zérékoré et un dans la sous-préfecture de Kouankan [préfecture de Macenta]), et deux sont sortis guéris du CTE de N Zérékoré dirigé par l association Alima (un malade de Koropara et un de Kouankan). Le dernier cas est sorti guéri le 19 avril. La fin de la résurgence a été déclarée le 1 er juin 2016, aucun nouveau cas n étant survenu pendant les 42 jours de surveillance.

9 Bull. Soc. Pathol. Exot. La Figure 2 décrit l évolution de l incidence mensuelle pour de la MVE dans chaque région naturelle et dans la capitale. La MVE a été la plus intense en Guinée forestière, avec un pic épidémique en septembre 2014 (16,2 pour ). Dans la capitale, l épidémie a débuté dès mars 2014, puis elle a évolué jusqu en octobre 2015 en plusieurs vagues successives peu intenses (pic le plus élevé en décembre 2014 égal à 6,0 pour ). La Guinée maritime a été la plus touchée après la région forestière. Le premier cas y a débuté sa maladie en avril Ensuite, l épidémie est restée peu intense pour augmenter à partir d octobre 2014 et se terminer en octobre 2015 dans la préfecture de Forécariah. Deux pics épidémiques ont été observés l un en décembre 2014 (8,4 pour ), l autre en mars 2015 (7,7 pour ). En Haute-Guinée, après quelques cas sporadiques de mars à juillet 2014, l épidémie a connu un pic en novembre 2014 (5,3 pour ) avant de se terminer en mars La Figure 3 montre la répartition spatiale des cas de MVE en Guinée dans les sous-préfectures et les communes de la capitale après le 19 avril 2016 (carte), et indique l incidence cumulée des cas et des décès, la létalité et le taux d incidence pour dans les préfectures et les régions naturelles 9 (tableau joint à la carte). Deux épicentres épidémiques peuvent être décrits dans lesquels la MVE a diffusé dans une grande partie, voire dans la totalité des sous-préfectures. Le premier épicentre s est développé en Guinée forestière dans les préfectures de Guéckédou, Macenta, N Zérékoré et Lola de décembre 2013 à mars Le foyer de résurgence de 2016 est resté localisé à deux sous-préfectures. L autre épicentre s est développé dans un deuxième temps en Guinée maritime, principalement dans les préfectures de Forécariah, Coyah, Dubréka et Kindia de décembre 2014 à octobre Dans la capitale, dont le premier cas est survenu dès le 12 mars 2014 (cas probable), la MVE a touché les cinq communes de la ville, et des cas et des décès ont été notifiés tout au long de l épidémie jusqu en octobre 2015 (cas probable originaire de Forécariah). En dehors de ces deux épicentres, la MVE a diffusé le long des axes routiers avec apparition de cas sporadiques ou de foyers limités le plus souvent dans des chefs-lieux de préfecture, diffusant peu ou pas du tout dans les autres sous-préfectures. La Moyenne-Guinée (région administrative de Labé dans le Fouta-Djalon et région administrative de Mamou) a été très peu touchée par l épidémie. Aucun cas n a été déclaré dans ces deux grandes capitales régionales. Fig. 3 Incidence cumulée des cas de maladie à virus Ebola [carte] par sous-préfecture et incidence cumulée des cas et des décès, létalité et taux d incidence pour par préfecture et par région naturelle [tableau] en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination nationale contre Ebola) / Cumulative incidence of cases of Ebola virus disease [map] per sub-prefecture and cumulative incidence of cases and deaths, case fatality and incidence rate per 100,000 per prefecture and natural region [table] in Guinea from December 2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola)

10 10 Bull. Soc. Pathol. Exot. Le taux d incidence pour de la MVE a été le plus élevé en Guinée forestière (87,2) et en Guinée maritime (65,8), intermédiaire dans la capitale (36,6) et le plus bas en Haute-Guinée (12,5) et en Moyenne-Guinée (1,2). Caractéristiques de la MVE selon le sexe et l âge Les proportions de cas de MVE selon le sexe égales à 52,7 % chez les femmes et 47,3 % chez les hommes n étaient pas différentes des proportions de femmes et d hommes du recensement de la population 2014 (p = 0,20) (Tableau 2) ; de même que l incidence pour égale à 36,58 (± 1,60) chez les femmes et 35,02 (± 1,62) chez les hommes (p = 0,18). La Figure 4 décrit l évolution des taux d incidence pour de la MVE selon le sexe, l âge et la prise en charge ou non (décès communautaires confirmés et probables) dans les centres spécialisés Ebola. L évolution était différente selon que les malades avaient été pris en charge ou non. Chez les malades pris en charge, l incidence pour n était pas différente selon le sexe (24,18 chez les femmes et 24,11 chez les hommes) [p = 0,98]. L incidence pour était la plus basse chez les enfants de moins de dix ans (inférieure à 10), puis elle augmentait régulièrement jusqu à 40 ans pour atteindre Ensuite, l incidence restait stable jusqu à 60 ans à environ Enfin, l incidence diminuait après 60 ans pour être inférieure à 25 chez les malades de 70 ans et plus. Chez les malades non pris en charge avant leur décès, l incidence pour différait significativement selon le sexe. Elle était supérieure chez les femmes (12,37) par rapport aux hommes (10,87) (p = 0,02). L incidence pour dans ce groupe était la plus basse chez les sujets de moins de 20 ans stable entre 1 et 3. Ensuite, chez les hommes, l incidence augmentait régulièrement jusqu à 50 ans pour atteindre 13 et marquait ensuite un plateau stable autour de au-delà. Chez les femmes, l incidence augmentait également, mais jusqu à 60 ans pour atteindre 16 puis marquait un plateau stable jusqu à 70 ans avant que l incidence ne diminue légèrement au-delà. Au total, dans ce groupe de malades non pris en charge, donc tous décédés, l incidence pour était la plus élevée chez les femmes à partir de 50 ans (184 femmes). Caractéristiques de la MVE chez les professionnels de santé Parmi l ensemble des cas notifiés, 211 ont concerné des professionnels de santé, dont 115 sont décédés (54,5 %) (Tableau 2). C est dans la capitale que l incidence a été la plus élevée, avec 81 professionnels infectés, puis par ordre décroissant en Guinée forestière, en Guinée maritime et en Haute-Guinée, avec respectivement 58, 50 et 21 professionnels infectés. En Moyenne-Guinée, dans la préfecture de Pita, un seul professionnel de santé décédé de la MVE a été déclaré. La létalité chez les personnels de santé, préfecture de Pita exclue, a été la plus élevée en Haute-Guinée (71,4 %) et en Guinée forestière (69,0 %) et la plus basse en Guinée maritime (44,0 %) et dans la capitale (45,7 %) [p = 0,07]. Le CTS a pris en charge, de janvier à juillet 2015, 26 professionnels de santé, dont huit sont décédés (30,8 %). Les médecins et les infirmiers ont été les plus infectés (49 % des professionnels de santé infectés), ainsi que les Fig. 4 Incidence cumulée pour des cas de maladie à virus Ebola selon l âge, le sexe et le mode de prise en charge en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination nationale contre Ebola) [62 données manquantes] / Cumulative incidence rate per of cases of Ebola virus disease according to age, gender and healthcare management in Guinea from December 2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola) [62 missing data]

11 Bull. Soc. Pathol. Exot. 11 agents techniques de santé (18 %). Le dernier cas était un garçon de salle d une clinique de la capitale pris en charge et décédé le 30 août Les professionnels de santé ont été, avec un taux d incidence de 21,8 pour 1 000, près de 44 fois plus infectés que le reste de la population de 15 ans et plus (hors santé), dont le taux était égal à 0,5 pour Ce sont les techniciens de laboratoires (neuf infectés) et les médecins (53 infectés) qui ont présenté les plus forts taux d incidence avec respectivement 39,0 et 32,8 pour Quatorze guérisseurs traditionnels figuraient parmi les victimes d Ebola dans les cas notifiés, sans aucun doute en dessous de la réalité. Dix exerçaient en Guinée maritime, dont quatre de la préfecture de Forécariah, trois en Guinée forestière et un dans la capitale. Douze sont décédés (létalité 85,7 %), dont cinq sans avoir été pris en charge avant leur décès. Autres caractéristiques de la létalité de la MVE La létalité globale était différente selon la région naturelle. Elle était la plus élevée en Guinée forestière (72,5 % [1230/1697]), en Haute-Guinée (68,0 % [225/331]) et en Guinée maritime (65,8 % [757/1151]) et la plus basse dans la capitale (52,7 % [322/611]) et en Moyenne-Guinée (41,7 % [10/24]) [p <10 6 ] (Fig. 3). La létalité des malades pris en charge dans les centres spécialisés Ebola était également la plus élevée en Guinée forestière (56,8 % [614/1 081]) et en Haute-Guinée (56,2 % [136/242]), et la plus basse en Guinée maritime (48,5 % [371/765]), dans la capitale (37,7 % [175/464]) et en Moyenne-Guinée (22,2 % [4/18]) [p <10 6 ]. Ces létalités ne reflètent pas strictement les létalités spécifiques de chaque centre qui pouvait prendre en charge des malades de différentes régions. La létalité chez les femmes égale à 66,2 % (1 328 décès/ cas) n était pas différente de celle des hommes égale à 67,2 % (1 210 décès/1 801) [p = 0,50] (Tableau 2). La Figure 5 décrit la létalité due à la MVE selon l âge et le sexe de l ensemble des cas notifiés en Guinée. La létalité, comparable chez les femmes et les hommes, variait en fonction de l âge (p <10 6 ). Elle était la plus élevée aux âges extrêmes de la vie, proche de 80 % chez les moins de cinq ans et de 90 % chez les plus de 70 ans. Elle était la plus basse entre 10 et 20 ans, légèrement inférieure à 50 %. La létalité globale était significativement inférieure chez les professionnels de santé (54,5 %) par rapport à celle de la population comparable de 15 ans et plus (hors santé) (66,7 %) [p <10 3 ] (Tableau 2). La létalité chez les professionnels de santé pris en charge en centres spécialisés Ebola (47,8 %) n était pas significativement différente de celle en population comparable (50,4 %) [p = 0,50] (Tableau 2). La Figure 6 compare l évolution mensuelle de la létalité cumulée globale et celle des structures de prise en charge Ebola chez les professionnels de santé et dans la population de 15 ans et plus (hors santé). On constate dans les deux groupes que la létalité globale, qui prend en compte l ensemble des sujets décédés, était plus élevée que celle des seuls malades pris en charge et qu elle diminuait au fil du temps, passant de 100 % en février 2014 à 67 % dans la population et à 50 % chez les professionnels de santé en septembre Ensuite, la létalité globale ne variait plus dans la Fig. 5 Létalité des cas de maladie à virus Ebola selon l âge et le sexe en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination nationale contre Ebola) [62 données manquantes] / Case fatality rate of Ebola virus disease according to age and gender in Guinea from December 2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola) [62 missing data]

12 12 Bull. Soc. Pathol. Exot. Fig. 6 Évolution mensuelle des létalités cumulées globales et en centres de prise en charge (CDT/CTE/CTS) des cas de maladie à virus Ebola dans la population (15 ans et +, hors santé) et chez les professionnels de santé (Coordination nationale contre Ebola) [59 données manquantes sur l âge des malades de 15 ans et +] / Monthly evolution of global cumulative lethality and cumulative lethality in support centers of Ebola virus disease among population (15 years and over, excluding health) and healthcare workers (National Coordination against Ebola) [59 missing data on patient age of 15 years and +] population jusqu en avril Par contre, chez les professionnels de santé, elle augmentait jusqu à décembre 2014 pour atteindre 58 % avant de redescendre en mars à 55 % puis rester stable jusqu à la fin de l épidémie chez ces professionnels en août Sur cette figure, on constate que la létalité mensuelle cumulée dans la population générale de 15 ans et plus, prise en charge par les structures spécialisées Ebola, diminuait en début d épidémie, passant de 62 % en mars 2014 à 50 % en septembre 2014 puis restait stable jusqu à la fin de l épidémie. Par contre, la létalité mensuelle cumulée chez les professionnels de santé pris en charge évoluait différemment. Elle diminuait peu de mars 2014 à juillet 2014 passant de 40 à 35 %, puis augmentait de façon importante jusqu en décembre 2014 pour atteindre 50 %. Elle diminuait ensuite jusqu en mars 2015 pour atteindre 47 % et restait stable jusqu en août Discussion Les analyses réalisées portent sur des données d observation imparfaites et incomplètes. Le nombre de cas et de décès est probablement sous-déclaré, comme cela a été constaté au Liberia [21]. Il est donc important d en tenir compte afin de nuancer les constatations faites dans cet article. Cette épidémie a été la plus importante de celles survenues en Guinée au XXI e siècle non seulement par sa durée, plus de deux ans à la fin de la résurgence épidémique en avril 2016 (Fig. 1), mais également par son étendue géographique, puisqu elle a touché à des degrés divers les cinq communes de la capitale et les quatre régions naturelles et par sa gravité avec le décès de deux cas notifiés sur trois, malgré la forte mobilisation internationale à partir de septembre 2014 (Fig. 2, Tableau 2). Le virus Ebola responsable était un variant très proche des souches du virus EBOV de R et du Gabon (97 % d homologie) et aussi virulent. La très forte similarité des souches analysées sur les premiers malades suggérait une introduction unique dans la population humaine [2]. Le contact du cas index, un enfant de deux ans, avec des chauves-souris a été évoqué pour expliquer l introduction du virus chez les hommes sans toutefois être formellement prouvé. De plus, contrairement aux travaux antérieurs qui incriminaient les chauves-souris frugivores en Afrique centrale, les études réalisées dans le village du premier cas semblent incriminer des chauves-souris insectivores [6,36,65]. La MVE a émergé en Guinée forestière dans une zone densément peuplée proche des frontières de la Sierra Leone et du Liberia (région dite du «Bec de Perroquet»). La propagation dans les trois pays a été favorisée par plusieurs facteurs synergiques : la sous-estimation de l importance réelle de l épidémie et de son potentiel de diffusion jusqu en juillet 2014 ; les insuffisances des structures sanitaires avec des postes et des centres de santé non préparés et armés pour répondre à une telle maladie ; le recours fréquent aux médecines traditionnelles par les populations ; les rites funéraires au cours desquels les défunts sont lavés et touchés (love touch) favorisant la transmission virale ; la peur face à une maladie mortelle inconnue à l origine de fausses rumeurs désignant les personnels de santé comme responsables de l épidémie et de ses morts, du rejet parfois très violent des équipes de riposte avec «leurs pulvérisateurs qui inoculent le virus» et de la fuite hors des villages et des quartiers

13 Bull. Soc. Pathol. Exot. 13 urbains touchés par l épidémie ; la forte mobilité habituelle des populations locales favorisée par la porosité des frontières, sur lesquelles plusieurs ethnies sont établies de part et d autre, par la libre circulation et l existence d un réseau dense de circulation et de commerce dans cette sous-région, contrairement aux zones d émergence forestières d Afrique centrale [24,37,38,82,83]. Le village de Méliandou n est situé qu à 10 km de Guéckédou par une piste praticable. Des routes permettent ensuite de se déplacer plus ou moins rapidement vers les autres chefs-lieux de préfecture de la région forestière, la capitale Conakry et les deux pays frontaliers et leurs capitales. Ainsi, en avril 2016, étaient recensés près de cas et décès dans les trois pays épidémiques, la Guinée (22,5 % du total des décès), le Liberia (42,5 %) et la Sierra Leone (35,0 %), un nombre total de décès sous-évalué [21,26,59,86]. Du point de vue temporel, l épidémie a évolué en Guinée en plusieurs phases pendant plus de deux ans (Fig. 1) [43]. La première correspondait à l émergence du virus chez l homme. Cette phase est restée totalement silencieuse pendant deux mois et demi, malgré les décès de plusieurs personnels de santé de première ligne, avant que l alerte ne soit lancée. Ce fut également le cas dans plusieurs épidémies d Afrique centrale où les délais d alerte étaient du même ordre ou supérieurs à celui de la Guinée (Tableau 2). Le délai d alerte initiale doit être le plus court possible. L alerte a pour objectif de prévenir les autorités sanitaires pour l organisation de la riposte. Cela afin de contrôler le foyer initial avant que l épidémie ne diffuse sur un plus large territoire, la rendant plus difficilement maîtrisable. Ce retard de l alerte initiale en Guinée confirmait l impréparation du système de santé et des communautés à une telle éventualité et les carences des structures sanitaires de première ligne et de leurs personnels. Il est à noter que l alerte lors de la résurgence de 2016 n a été donnée que 25 jours après le début de la maladie du premier décès probable. Les alertes par les communautés villageoises et urbaines et par les structures de santé, face à la survenue d un cas ou d un décès suspect, devaient se poursuivre ensuite pendant toute la durée de l épidémie pour isoler rapidement les malades confirmés et sécuriser les décès. Malgré les moyens mis en œuvre, avec retard au début, des malades atteints de MVE sont restés cachés en Guinée. Beaucoup de ces malades cachés n ont été identifiés ou confirmés qu après leur décès, quelques-uns ne l ont sans doute jamais été. Ainsi, la proportion des cas probables et des cas confirmés après le décès représentait près du tiers (32,6 % [1 244/3 814]) de l ensemble des cas notifiés (Tableau 2). Ces cas, non pris en charge dans les structures spécialisées Ebola, ont été notifiés tout au long de l épidémie (Fig. 1). Cela était la conséquence des réticences profondes d une partie de la population qui préférait cacher les malades et les morts d Ebola et témoignait également des difficultés et des insuffisances de la communication communautaire de la riposte. Ces cas et décès dissimulés ont grandement participé à la persistance de la transmission du virus aux familles, aux amis et aux voisins, par exposition au virus pendant la phase de maladie et après le décès lors des rites funéraires. Le dernier décès confirmé, non identifié comme contact lors de la principale flambée épidémique, est d ailleurs survenu le 14 octobre 2015 dans la préfecture de Forécariah. Ce décès a été à l origine de dix cas secondaires, dont le dixième a été le dernier cas de l épidémie en Guinée. Lors de la résurgence de 2016, malgré plus de deux ans de lutte, quatre cas sur les dix notifiés n ont pas été pris en charge (trois décès probables et un décès communautaire confirmé). Au total en Guinée, le système d alerte a fonctionné avec beaucoup de retard lors de l émergence et est resté imparfait tout au long de l épidémie. Ce constat souligne la nécessité impérieuse d une remise en état des structures d offre de soins à tous les niveaux de la pyramide sanitaire. Il met en exergue d une part l importance face aux phénomènes épidémiques, émergents ou non, de l amélioration du système de surveillance et d alerte pour une riposte rapide et d autre part de la mise en œuvre de stratégies de mobilisation et de communication efficaces pour l engagement et l adhésion communautaire à la lutte contre ces phénomènes. Le ministère de la Santé a d ores et déjà initié ou programmé des actions en ce sens [43]. Malgré ces insuffisances, le foyer forestier, hors résurgence de 2016, s est tout de même éteint peu de temps après ceux du Liberia et de Sierra Leone en mars 2015 [56]. Du point de vue spatial, l épidémie a touché 27 préfectures sur 34 avec plus ou moins d intensité. La Moyenne- Guinée et les préfectures du Nord du pays ont été peu, voire pas du tout, touchées par l épidémie, tout comme la préfecture de Mandiana frontalière du Mali à l Est (Fig. 3). On peut décrire schématiquement plusieurs dynamiques spatiales de l épidémie. La première a concerné les deux épicentres successifs de Guinée forestière et de Guinée maritime où la diffusion intrapréfectorale de la MVE a été forte. Cette diffusion était en général centrifuge à partir des chefs-lieux de préfecture et par contiguïté à partir des préfectures frontalières comme ce fut le cas à Macenta par exemple. La deuxième dynamique s est développée rapidement entre les épicentres en suivant les principaux axes routiers. La MVE n y a concerné, sous forme de cas sporadiques ou de foyers limités en nombre, que des sous-préfectures proches de ces axes routiers et des chefs-lieux de préfectures (Fig. 3). La dernière dynamique a été celle de la capitale où l épidémie s est développée dans les cinq communes par vagues successives, donnant une image en «crête-de-coq» de la courbe épidémique, de mars 2014 à octobre 2015 (Fig. 2). Mais l épidémie à Conakry n a jamais atteint les intensités observées à Monrovia et à Freetown, où les incidences cumulées ont été cinq fois plus élevées dans chacune d elles sur des périodes plus