HENRIOT Solenne Virologie 10 RB CALIEZ Olivier 04/11/11 VIRUS RESPIRATOIRES. - Virus respiratoire syncytial (RSV)

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1 HENRIOT Solenne Virologie 10 RB CALIEZ Olivier 04/11/11 VIRUS RESPIRATOIRES Introduction I. Famille des Paramyxoviridae 1) Présentation 2) Virus respiratoire syncytial (VRS) 3) Le virus para-influenza (PIV) 4) Métapneumovirus humain (hmpv) II. Rhinovirus III. Coronavirus IV. Adénovirus Introduction 80% des infections respiratoires sont dues à des virus. La gravité de ces infections se fait en fonction du virus mais aussi et principalement en fonction de la susceptibilité de l hôte. Les bactéries sont un risque de surinfection. Il faut donc mettre l antibiothérapie en fonction des signes cliniques et biologiques d infection bactérienne (fièvre, infection qui ne passe pas ). Les virus impliqués - virus para-influenza - virus respiratoire syncytial - métapneumovirus - rhinovirus - coronavirus - adénovirus : ne donne pas forcément que des infections respiratoires I. Famille des Paramyxoviridae 1) Présentation Elle est constituée de : - Virus respiratoire syncytial (RSV) - Virus para-influenza (PIV) - Métapneumovirus humain (hmpv) Au sein de cette famille, il y a 2 sous-familles : Paramyxovirinae : para-inluenza 1, 2, 3, 4 ; virus des oreillons et de la rougeole Pneumovirinae : RSV et hmpv 1

2 a) Structure commune Les virus de la famille des Paramyxoviridae ont une structure commune. Ils sont très pléiomorphes (prennent des formes différentes). Ils mesurent entre 150 et 400 nm. Leur génome est un ARN simple brin, à polarité négative, non segmenté. Ce sont des virus enveloppés, leur membrane dérive de la membrane cytoplasmique des cellules. La membrane contient des glycoprotéines d attachement, de fusion. La nucléocapside est de forme hélicoïdale. b) Caractéristiques Les paramyxoviridae n ont pas de variation antigénique, contrairement au virus de la grippe. Ils n ont pas de cassure ni de glissement. Les sérotypes sont donc stables, il n y a donc pas de pandémie. Ils créent uniquement des épidémies saisonnières tous les ans. c) Le cycle viral Le virus doit d abord se fixer au niveau de la cellule grâce aux protéines d attachement. Ensuite, il y a pénétration et fusion de la membrane du virus et de la membrane cytoplasmique. Puis il y a décapsidation. Le cycle de réplication du virus se fait au niveau du cytoplasme : l ARN négatif, une fois qu il est décapsidé, est transcrit en un ARN positif (c est l antigénome), qui va servir d intermédiaire pour la réplication, et donner de nouveau des ARN génomiques négatifs. L ARN négatif du virus doit passer sous forme d ARN messager (positif). L ARN positif donnera des protéines qui vont ensuite maturer au niveau de la membrane cytoplasmique. Une fois que le nouveau génome et les protéines sont produits, les protéines membranaires se fixent sur la membrane et il y aura un bourgeonnement. d) Transmission C est une transmission respiratoire, qui est interhumaine directe et favorisée par les temps froids et humides. 2

3 Le virus est enveloppé, donc fragile. Il ne résiste pas de l environnement. Il n y a pas de transmission hydrique ou oro-fécale. e) Pouvoir pathogène Ces virus entraînent une atteinte des voies aériennes supérieures, puis excrétion virale par voie rhino-pharyngée, il y a une forte charge virale. Il y a diffusion aux voies aériennes inférieures par contiguité. La multiplication du virus se fait uniquement au niveau de l épithélium respiratoire, il n y a pas de phase de virémie, contrairement aux virus de la rougeole et des oreillons. La période d incubation est courte (2 à 3 jours) et la pathologie reste localisée. f) Diagnostic virologique Comme pour la plupart des virus, la méthode de diagnostic de référence est la culture cellulaire, mais elle est difficile. Mais cette méthode n est pas utilisée dans les laboratoires. Les laboratoires utilisent l immunofluorescence. Elle permet de détecter les Ag viraux présents au niveau des cellules, que l on récupère par aspiration naso-pharyngée ou écouvillonnage. Les cellules sont fixées sur des lames, on dépose dessus des Ac monoclonaux fluorescents. Si le virus est présent dans une cellule, cela donne une fluorescence. Théoriquement, l aspect de la fluorescence permet de reconnaître le virus responsable ; en pratique, c est difficile car toutes les fluorescences se ressemblent. En réalité, ce sont les Acs spécifiques de virus qui permettent de reconnaître le virus responsable : on remplit des puits avec dans chacun des puits un Ac spécifique de virus, et on regarde quel puits produit de la fluorescence, ce qui permet d identifier le virus responsable. Théoriquement, si il y a une infection respiratoire, un seul puits produira de la fluorescence. Mais il peut aussi y avoir des co-infections. Cette technique est rapide (2h), moins sensible que la culture, non automatisable. L autre technique utilisée dans les laboratoires pour le diagnostic est la PCR en temps réel. Elle est plus sensible, spécifique et standardisée, mais elle coûte cher. Les techniques de détection par sérologie sont non commerciales. Elles sont peu utilisées en routine car il faudrait mettre en évidence une séroconversion, alors que pour la plupart des patients ce sont des réinfections ; donc vu la forte prévalence dans la population, cette technique est peu utile. g) Caractéristiques d un bon prélèvement Il faut un bon prélèvement pour pouvoir faire le diagnostic virologique. Pour les infections hautes, le prélèvement se fait par aspiration ou écouvillonnage. Pour les infections basses, il se fait par LBA (Lavage broncho-alvéolaire). La meilleure période pour faire le prélèvement est le début de la phase aigue. Il faut recueillir une grande quantité de cellules. Le prélèvement doit être conservé à +4 C et être amené rapidement au laboratoire. 3

4 2) Virus respiratoire syncytial (VRS) Il donne des épidémies chaque hiver, qui durent 6 semaines à 2 mois (d octobre à mars). Il y a cas par hiver de bronchiolites du nourrisson. Cliniquement, tous les virus respiratoires peuvent donner tous les types d infection respiratoire (bronchite, rhinopharyngite ). Sauf la bronchiolite du nourrisson qui est à 90% due au VRS. La primo-infection par le VRS se fait chez le nourrisson. A 1 an, 1 nourrisson sur 2 a été infecté par le VRS. A 3 ans, tous les enfants ont rencontré au moins une fois le VRS. Il peut y avoir des réinfections chez l adulte ou chez l enfant en période scolaire, ce qui provoque la diffusion du virus. Le titre infectieux est très fort dans les sécrétions nasales. La transmission est directe (toux, éternuements) mais aussi indirecte : le virus peut rester présent sur les vêtements et les mains (30 min) et 6h sur le linge infections nosocomiales dans les services de pédiatrie. La bronchiolite du nourrisson Chaque hiver, 50% des nourrissons sont infectés par le VRS. 50 à 90% des bronchiolites sont dues au VRS. L incubation est courte (2 à 4 jours). Ca commence par une rhinopharyngite puis en 24 à 72h, ça évolue en une bronchiolite avec un tableau de détresse respiratoire. L évolution de la bronchiolite est généralement favorable. Les signes d obstruction disparaissent au bout d une semaine, et la toux au bout de 15 jours. Il y a moins de surinfections bactériennes avec le VRS qu avec les autres virus respiratoires. Les formes graves représentent environ 1% des bronchiolites du nourrisson, avec une mortalité de 1 à 3% des cas hospitalisés. Les facteurs de risque des formes graves de la bronchiolite du nourisson sont : les prématurés, les moins de 3 moins, les malformations et les maladies respiratoires. Le VRS peut être grave chez les personnes âgées et les immunodéprimés. Le VRS ne fait pas grand chose chez les adultes et les immunocompétents. Le traitement de la bronchiolite du nourrisson est principalement la kiné respiratoire et l hydratation des enfants, avec oxygénothérapie si nécessaire. L utilisation de corticoïdes et de bronchodilatateurs n a pas montré d intérêt flagrant. Pour le traitement du VRS, une antibiothérapie est donnée si fièvre, aggravation de l état respiratoire ou hyperleucocytose à PNN. La ribavirine donnée en aérosol a prouvé son efficacité in vitro, elle permet de diminuer la durée de l oxygénothérapie. Elle n a pas d influence sur la mortalité des enfants. Prévention Se laver les mains, porter des masques, retirer les enfants de la crèche, éviter le contact. Il existe des Ig anti-vrs qui peuvent être données aux nourrissons à risque. Il n existe pas de vaccin. 3) Le virus para-influenza (PIV) Il en existe 4 types (1,2,3 et 4). Le PIV 1 et PIV 2 donnent des petites épidémies tous les 2 ou 3 ans. Le PIV 3 est celui qui diffuse le plus chaque hiver. 100% des infections PIV du nourrisson dues au type 3. Le PIV 1 et 2 donnent des formes respiratoires non spécifiques. Le PIV 4 est peu documenté. 4

5 Traitement Uniquement symptomatique : antipyrétique, sédatif, humidification de l atmosphère. Les corticoïdes sont controversés. L utilisation de la Ribavirine contre le PIV n est pas validée. 4) Métapneumovirus humain (hmpv) Il a été découvert récemment en 2001, aux Pays-Bas. Il circule depuis très longtemps mais n avait jamais été identifié. 90% de la population est infectée par hmpv à l âge de 10 ans. Le hmpv circule en même temps que le VRS pendant l hiver. Clinique Chez l enfant, il n y a pas de tableau clinique particulier. Le hmpv entraîne des bronchites, bronchiolites, pharyngites, pneumonies Le hmpv peut être grave en cas de co-infection avec le VRS ou le coronavirus. Chez l adulte, il entraîne des rhinites et des syndromes grippaux. Il peut y avoir des formes plus sévères chez le sujet âgé ou les immunodéprimés. Ces formes peuvent être mortelles chez le greffé hématopoïétique. Traitement Il n y a pas de traitement anti-viral mais uniquement du traitement symptomatique. Il n y a pas de vaccin. II. Rhinovirus Ils appartiennent à la famille des picornaviridae (entérovirus, virus hépatite A). Ce sont des petits virus nus à ARN positif. Il se multiplie à 32 C (à la différence des entérovirus et de l hépatite A), au niveau de l épithélium nasal. Il est détruit à ph acide, donc il reste limité à l arbre respiratoire supérieur. Le rhinovirus est le responsable principal des rhumes banals avec sinusite, otite, bronchite Chaque hiver, il y a une probabilité de 75% qu un adulte fasse au moins une infection à rhinovirus. Il y a plus de 100 sérotypes différents de rhinovirus et il n y a pas d immunité croisée entre chaque sérotype. Il n y a donc pas de vaccin car il faudrait plus de 100 souches différentes. III. Coronavirus Ce sont des virus à ARN monocaténaire, non segmenté, à polarité positive. Le coronavirus est un virus enveloppé, mais il est quand même résistant dans l environnement. Il peut être présent dans les selles. Il est l agent du rhume et des rhinites, derrière le rhinovirus. Quasiment tout le monde rentre en contact avec le coronavirus avant l âge adulte. SRAS-CoV 5

6 Épidémie en 2002 en Chine, due à un coronavirus d origine animale personnes ont été infectées et 300 morts. Le diagnostic se fait par biologie moléculaire (PCR en temps réel). On ne peut pas cultiver le virus ni faire d immunofluorescence, car il n y a pas d Acs spécifiques anti-coronavirus. Il n y a pas de traitement. L isolement est la seule mesure efficace. La mortalité était assez importante (>10%). L incubation est de 6 jours. IV. Adénovirus Les adénovirus ne donnent pas que des infections respiratoires. Il y a 51 sérotypes différents classés en 6 sous-groupes (A, B, C, D, E, F). Structure Les adénovirus sont des virus non enveloppés. Ils sont résistants aux solvants, aux variations de ph et à la température. Ce sont des virus à ADN avec une capside icosaédrique. Epidémiologie 50% des infections à adénovirus sont asymptomatiques. Les sérotypes endémiques sont les adénovirus 1, 2, 5 et 6. Les autres sérotypes ne donnent que des petites épidémies. Il n y a pas d immunité croisée entre les différents sérotypes. La transmission peut se faire par les gouttelettes respiratoires, par transmission oro-fécale mais aussi dans les piscines ou les matériels ophtalmiques (donne des conjonctivites). Infections respiratoires Les sérotypes responsables des infections respiratoires sont en ordre décroissant : 2>1>7>3>5 (ne pas retenir). 5 à 10% des infections respiratoires de l enfant sont dues à l adénovirus mais tout dépend du moment où on fait l étude : si on la fait pendant l épidémie de grippe, le adénovirus va être bas statistiquement mais si on la fait hors période d épidémie de la grippe et du VRS, il y aura plus d adénovirus. Infections oculaires En dehors des infections respiratoires, l adénovirus donne des infections oculaires : syndrome adéno-pharyngo-conjonctival. Au niveau clinique, on trouve des conjonctivites avec un peu de fièvre. Le sérotype responsable de ces infections oculaires est le type 3. Manifestations rares Cystites hémorragiques chez l enfant. L adénovirus peut aussi donner des gastro-entérites (sérotypes 40 et 41). On recherche l Ag dans les selles. L adénovirus peut se réactiver chez les patients greffés de cellules souches hématopoïétiques (patients immunodéprimés). Le virus est présent au niveau du tissu lymphoïde. Il y a donc des infections disséminées qui peuvent aussi bien donner des pneumonies que des hépatites, des 6

7 encéphalites. Cela est grave et souvent mortel. Le traitement est le cifofovir, mais il ne marche pas très bien. Maladie disséminée Elle survient chez les patients immunodéprimés mais aussi chez les enfants indépendamment de leur statut immunitaire. On retrouve une atteinte de différents organes (poumon, foie, cerveau) avec une mortalité importante. La virémie est constante. Diagnostic virologique La méthode de référence est la culture cellulaire. Elle n est plus utilisée en routine dans les laboratoires. On utilise plutôt la recherche d Ag viraux par immunofluorescence dans les sécrétions naso-pharyngées ou dans les LBA (pour les infections respiratoires). Pour les infections disséminées, on utilise la détection par biologie moléculaire avec la PCR en temps réel. Traitement Le traitement anti-viral de l adénovirus est le cifofovir, il ne marche pas très bien. Pour ce qui est de la prévention : lavage des mains, eau de javel (pour qui est de l environnement, les piscines ) ou la solution de Dakin. Il existe un vaccin contre le type 7 et le type 4 par voie orale, qui a été donné aux militaires américains, qui est efficace. 7

8 Famille Caractérisques IV PIV RSV Orthomyxoviridae Paramyxoviridae Paramyxoviridae Enveloppé, ARN Enveloppé, Enveloppé, simple brin, ARN simple ARN simple génome segmenté brin brin Bronchiolite, 3 : bronchiolite rhume Epidémies en variable Très répandu en Pathogénicité Sd grippal 1-2 : laryngite Epidémio hiver (pandémies Direct ou indirect hiver Direct ou indirect Mode de transmission Direct ou indirect Incubation 1-4 jrs 4-5 jrs 4-5 jrs Transmissibilité 3-5 jrs Plusieurs semaines Culture MDCK (2-3 jrs) LLCMK2 (3-12 jrs) Recherche Ag IF, ELISA, EIA IC, IF sur mb MRC5-HEP2 (6-10 jrs) IF, IC, ELISA, EIA sur mb Métapneumovirus Adénovirus Coronavirus Famille Paramyxoviridae Adenoviridae Coronaviridae Caractéristiques Enveloppé, ARN simple brin Non enveloppé, ADN Enveloppé, ARN simple brin Pathogénicité Divers Pharyngites, rhume bronchopneumonies Epidémio Répandu en hiver et au printemps Répandu toute l année Répandu en fin d automne Mode de transmission Direct ou indirect Direct ou indirect Direct ou indirect Incubation 3-4 jrs 3-10 jrs 2-5 jrs Transmissibilité 4-10 jrs après début symptômes Pendant phase aigue Jusqu à convalescence Culture LLC-MK2 (14-17 Hep2, MRC5 (1-2 Non jrs) jrs) Recherche Ag IF IF, IC, ELISA, peroxydase Non 8